4A6CA

Stereoselective synthesis, x-ray analysis, and biological evaluation of a new class of lactam based hiv-1 protease inhibitors
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis, X-Ray Analysis, and Biological Evaluation of a New Class of Stereopure Lactam-Based HIV-1 Protease Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL PROTEIN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4a6cA00
1HPOA 5P7XA 2QD6A 5P6MA 4Q1YA 5FIVA 2AOJA 3BUGA 1GVUA 5HTZA 2VIJA 3OHFA 5P6CA 5P0VA 2I4WA 1APWE 3MXEA 3PGIA 3CKTA 3SLZA 5OYYA 4D83A 4RGHA 1HHPA 5P0PA 4APEA 4DPIA 3OOZA 5P6FA 5P1UA 4L7HA 1Z1RA 4YD3A 4B78A 4Y4XA 5P6TA 4LP9A 4LXMA 4Y54A 1IZDA 1BXQA 2AVMA 3K5DA 5IVSA 3CYWA 1K2BA 3DJKA 6UPJA 5P4VA 3OU4A 4R93A 3Q70A 5OZXA 5P7TA 2FXDA 2G24A 3NDTA 5HCTA 2ZHUA 5DQ1A 5P8RA 4OBZB 2O4NA 1DP5A 1T7IA 4M8YA 2NMZA 1F7AA 4OD9A 3QIHA 2FGVA 1UPJA 2Q63A 5KOQA 1JLDA 3NU6A 3DM6A 4Y5EA 5P83A 2ER6E 4QJ6A 1EBYA 3UDMA 3NXNA 3BHEA 3INDA 5P3SA 3RSXA 5P38A 4DJUA 4DQHA 5I3YA 1NPWA 4H3FA 5OZEA 1IDBA 3PWWA 5P1CA 5P1TA 1LYWB 3O9FA 5P3AA 1FEJC 1W6IA 5C9BA 1ZBGA 3IA9A 3EKYA 2BPWA 4QJ2A 2HAHA 1YTGA 3VLAA 1ODWA 1G2KA 5P0OA 3EL5A 5P46A 2HC0A 4Y4JA 4Y44A 5I3WA 4Y57A 5ISKA 1W50A 1K1UA 5P4KA 5HE4A 5OZ2A 5P4XA 2B7FA 3N4LA 1IZHA 1KJHA 1HXWA 1RL8A 4Y3HA 1LF4A 4FM8A 5P4DA 5OZFA 1QBRA 4CKUA 5JFUA 1UH9A 3EXOA 1FQ8A 3OXXA 3RTNA 5P31A 3H5BA 2QI6A 2WEBA 1MT7A 5PEPA 1A30A 1E82E 3IVIA 1VIKA 5OYRA 5P5CA 3VG1A 1SMRA 3ER5E 4ER4E 3DV1A 5P3FA 4YOAA 1A8GA 3PI0A 5P5WA 2BKSA 3EL1A 4Y4UA 2ZJKA 1TCWA 3HD8A 4EJ8A 5P6AA 5KR1A 5P3WA 4QJ8A 5P5LA 1BIMA 5P48A 3MSKA 4FAFA 2H6TA 4U8WA 5P03A 5P4OA 3URLA 3L59A 2HPEA 3EKXA 5KQFA 4RRNA 5OZ9A 5P8KA 5P88A 4KE1A 4K4PA 5P1BA 4OBZA 5P5TA 3IXJA 1YTJA 2WEAA 5P7EA 4AZYA 2V0ZC 4YCKA 5P0MA 5SZ9A 1ZPAA 5HDXA 3GI6A 3T3CA 4I0IA 5P8BA 5P0LA 1MT8A 5P5GA 5P50A 3FNTA 1HSHA 1PPKE 5KOSA 3IXKA 4EQ0A 4YCTA 2QZKA 5OZ8A 2WF3A 1MESA 1RV7A 4Z22A 4DJOA 1LYWA 4Y5CA 2IENA 1J71A 3KMXA 1SDUA 1QS8A 1XN3A 2VA5A 5HD0A 4BFBA 3NSHA 4Y3EA 3VV8A 2QI5A 1FQ5A 3GGUA 2OF0A 4Q1XA 3OADB 1BDLA 5P1PA 5P77A 5P5ZA 2VNMA 3K4VA 5P2WA 3WB4A 3HLOA 5P8EA 5P5HA 4Y6MA 5P0TA 5P2RA 4AMTA 5P70A 1Q9PA 4HZTA 4DQGA 2NXMA 5P05A 1FMXA 1ZJ7A 4Y3WA 3K1WA 3B80A 5P60A 5BRYA 3PCZA 1GVTA 3ZKXA 3VF7A 3QRMA 5P3EA 1HIHA 3L5BA 4RYCA 4ZPGA 1IDAA 5P6LA 5P4UA 2QD7A 1CPIA 4Y3DA 3HZCA 4HE9A 4QGIA 3PBZA 5P1ZA 3TPPA 1HVKA 5EZXA 2Q5KA 4B1CA 4MC9A 5P87A 2BPXA 5OZMA 3EL4A 5P2JA 2WF2A 3EBZA 5P67A 5P5RA 3R1GB 4DQCA 5P7IA 3K5FA 5DGWA 2ASIA 3QN8A 1UH8A 5P8VA 4J1HA 2BB9A 1KJ4A 2HB2A 5AHAA 3U7SA 1BWBA 5P1GA 1MEUA 4PZWA 3OWNA 4F75A 3VV7A 1ZSFA 5ENKA 5P1JA 4N00A 1B6MA 1U8GA 5P1VA 2ER0E 2XFIA 5P57A 5P6QA 3INFA 4ER1E 1PPLE 4F74A 2ZJLA 5OZ4A 3PWRA 4Y47A 1E80E 5P5AA 4ZLSA 3UCBA 3IVHA 5P7QA 5P2TA 2P83A 4I0HA 4Y3SA 5P1WA 4Y5MA 3K4VC 3O9EA 3LNKA 5OZWA 1D4JA 2HB4A 4B00A 5P4CA 3I7EA 4FM7A 4Y5BA 2VS2A 1BWAA 5P5MA 5P6SA 3O9IA 2JE4A 3PBDA 3URIA 1MVPA 2AVSA 2ZE1A 2QHZA 4Y3JA 5DR7A 3OQ7A 3OADA 5OZJA 1ODYA 1APVE 3WZ8A 1BV9A 1NPAA 3T7XA 4WTUA 3QP0A 1D4IA 4A6CA 4QJAA 4DH6A 3EM4A 1TSUA 2OHUA 4Y37A 3QVCA 4DUSA 3LZVA 4Y4TA 3DV5A 3RTMA 2NXLA 3PCWA 1EPME 5IS4A 2P3CA 3VYFA 4KE0A 4RVXA 4YDFA 5P3TA 3VFAA 3OK9A 4J5JA 1HVRA 5P06A 2BBBA 5P7SA 3KA2A 2AZCA 5P2NA 5OZLA 1SIPA 1FQ4A 2PC0A 3NR6A 4Y5LA 3GGXA 4KB9A 4NJSA 5P5YA 3QRVA 2F80A 4J1CA 5HE7A 1EPPE 4Y58A 1G6LA 1MRXA 5OZGA 5P79A 2AOEA 5P0XA 1EBZA 3O9LB 4GJ9A 3OU1B 3U6AA 2UXZA 3C9XA 5P62A 2ZHSA 1YM4A 5OYQA 4Q1NA 1LEEA 3EL0A 2QCIA 4I12A 1ZAPA 3KDBA 3OQDA 5P25A 3SA4A 5SXNA 5P40A 5P1FA 1B11A 4FM6A 2R5PA 2PYMA 2IKOA 4RYGA 5P2FA 4M8XA 5P6DA 4EXGA 2QMFA 1MTRA 4L1AB 6APRE 2HB3A 2BPYA 5ER1E 5P8MA 1K6TA 2QHCA 4GJ7A 5BWYA 4I0FA 5P0EA 5P1YA 4R91A 3QI1A 5P8OA 5P04A 5P4SA 5OZ1A 1T7JA 3VV6A 5P7OA 1IBQA 4A4QA 1EBKC 3D91A 4X2LA 4EPJA 1HVHA 2NXDA 2QI4A 5P82A 5P5OA 4YDGA 3ER3E 2Z54A 3R0YA 2PWRA 5P86A 2O4LA 5P2IA 3BUFA 4K4RA 5P66A 1BVEA 1LS5A 2I1AA 1APTE 2PK6A 4Y3LA 5P7CA 5P37A 4LXKA 5P64A 5P5PA 4JECA 4DVFA 4OC6B 1HXBA 3BVAA 2B60A 5P4NA 4RVJA 4DJWA 5P73A 3APRE 4ER2E 5P5JA 3NDWA 5P0FA 4BELA 5P00A 3SAAA 5IVTA 3Q4BA 1XE5A 5P1QA 4PZXA 5P45A 3CYXA 5APRE 3IN4A 2ANLA 4I0EA 2FGUA 5P0YA 5F00A 3H0BA 3B7VA 2I4QA 2G1NA 5P0KA 5P3QA 3AUPA 3FKTA 3QS1A 4NPUA 5P8LA 5P2QA 4Z4XA 4FCOA 3O9LA 5P8JA 1FFIC 2CENA 2RSPA 4FGXA 3OU1A 4J0VA 5P54A 5P2AA 2I4XA 4Y3QA 4EQJA 3UDHA 3OUAA 3OXCA 4FRSA 5I70A 5P0JA 5P43A 5P7NA 1LYBB 1ZLFA 5P1MA 4NJUA 2OAHA 2AQUA 3OAGB 4LXAA 4Y4WA 5P1HA 4CPXA 4D88A 5OZHA 2AOFA 6FIVA 4ZSMA 1D4YA 3UDKA 5P5XA 3DCKA 4WY1A 3TPLA 5P4LA 4L1AA 1EC3A 4R95A 5ER2E 1HPVA 2JJJA 5P2XA 3R4BA 1NH0A 2UY0A 3SA9A 2Q3KA 4Y51A 1SIVA 3S85A 4Y4BA 5P4GA 1PROA 4Y3RA 3GGVA 2F3KA 4FSLA 3WZ7A 1EPNE 4CMSA 5P71A 5P27A 4DPFA 3RVIA 1EPLE 2ZGAA 3SKFA 2V10C 5P7KA 5OYXA 2QMPA 2F8GA 5P4AA 5P8FA 3T7QA 2VNNA 2OHRA 5OZAA 4Y41A 2WEZA 1XS7D 4HDPA 4KUPA 5P7ZA 1HOSA 4L6BA 1EPOE 2XYFA 5P4RA 4H3GA 3FSMA 1T7KA 4B05A 3G72A 4COEA 1C6ZA 2NNKA 3TLHA 2B7ZA 5P6XA 3L5FA 3L5EA 4I0GA 5IVRA 5P2BA 4WY6A 4OC6A 5OYVA 2Z4OA 1LZQA 3F9QA 2QU3A 4Y3YA 5T4SA 3DUYA 3SM2A 4YD6A 2VJ9A 5AGZA 3UDJA 1HTEA 3UTLA 2AOGA 4R8YA 3LINA 1D4LA 1TZSA 1MSNA 5P6BA 2ZJJA 3INEA 5OYTA 5P0AA 4YE3A 4ZEAA 4AA8A 2IGXA 2V13A 4FL8A 5JODA 3SM1A 3O9BA 5P2OA 3SA3A 1FQXA 2FNTA 4U7VA 1LYBA 4J54A 4NPTA 4Y4AA 1ME6A 2J9JB 3D1XA 3OAGA 1Z8CA 3O9AA 5P5UA 2AODA 5DQ5A 1T3RA 4Q1WA 1BVGA 3OHHA 3TKWA 5P3RA 1D4KA 5P76A 2V16C 3TNEA 3LZYA 5P5FA 4LHHA 1ZTZA 5OZ3A 5P41A 5P89A 5P8CA 5P5VA 3S43B 5P2UA 3GW5A 2G21A 3PJ6A 1K6CA 3ZKGA 2WEDA 3QROA 3S45A 5P8SA 2FMBA 3TOFA 3BRAA 4XX3A 4QLHA 1BXOA 3LHGA 4XX4A 5I3VA 3UDNA 4EHCA 3SPKA 4B70A 5P58A 5P3BA 5DQCA 1HSIA 3LIVA 5P4BA 1UH7A 2V11C 1MSMA 5P1KA 5KQYA 1DW6C 1HSGA 5P63A 5P6JA 1DIFA 2RKFA 5C9DA 3I6OA 2APRA 4YD4A 1AZ5A 1HVSA 2ZDZA 1FIVA 3LPIA 4DJYA 2AOCA 3KDCA 5P01A 5P84A 4OBKA 3IXOA 1WKRA 5B18A 4GJDA 5KR0A 2JJIA 3L5CA 1KJFA 3INHA 1PSOE 3QBFA 4Y9WA 5P8AA 4DJQA 5P16A 1YM2A 1APUE 1T6EX 2HS1A 2WECA 5P2CA 5JG1A 2P3BB 3GGAA 4J1IA 4YBIA 3LITA 5P8GA 4X7IA 5DR8A 2J9JA 4BFDA 3KFRA 5P72A 5P6KA 2UPJA 4GIDA 4EJLA 4B72A 3KN0A 2V00A 2QZLA 7HVPA 1IVQA 2AZ9A 5P22A 5ENMA 2VIYA 3R2FA 3MSJA 4GB2A 2R3WA 2QNQA 1MTBA 1CMSA 3D1ZA 5P3NA 3CICA 1MIQA 4E43A 1MRWA 1XDHA 3DK1A 5HVPA 3S43A 1TQFA 3FNUA 3ZOVA 1FMUA 5P7DA 3QAAA 5P5DA 2XFJA 2WKZA 1KJGA 3IAWA 5OYWA 1YX9A 2ZJNA 1K2CA 3VFBA 5P59A 2NNPA 1MPPA 3CKRA 2HS2A 5P53A 5AH6A 3PHVA 2QI1A 4FLGA 2R9BA 3S56A 3UDYA 4GYEA 3SO9A 1HPSA 5P4ZA 2AVVA 4B77A 2QI0A 5DQ2A 1PFZA 1VIJA 2BKTA 1XL2A 2ZJIA 4PPHA 3S7MA 4EP3A 3TOGA 3NU4A 5P29A 5OZ5A 5AHCA 3PI5A 5P7AA 4MC1A 3NU3A 5P7VA 3DOXA 2IGYA 4Y5GA 1M43A 2CEMA 2G69A 1LF3A 5P5SA 4I11A 5P39A 3D3TA 2AVOA 5HE5A 1RNEA 2IS0A 4B1DA 1FF0C 4HDFA 4Y3PA 4I0ZA 4ACUA 5P6GA 1W5WA 2QP8A 5OZCA 5P14A 3T7PA 2G1OA 4FSEA 3JVWA 1G0VA 2B8VA 5KR8A 4R5NA 5P7RA 1GKTA 1ER8E 2P3BA 5CONA 2JXRA 2VA7A 5P23A 3ZMGA 1YTIA 2I4UA 1HTGA 1C6YA 5P81A 2PMAA 3TL9A 3OTYA 5P47A 5I3XA 2QNPA 3Q3TA 3O9CA 4EWOA 4Y3AA 3PB5A 1ZP8A 1SGZA 3R0WA 5P3YA 5P65A 3KT5A 3NYGA 4Y43A 4RZ1A 1A9MA 4K8SA 3NUJA 3GI0A 5P78A 1MUIA 2FLEA 2XFKA 2XYEA 4HA5A 2PH6A 3KYRA 2JYSA 2F3EA 5UPJA 2O4SA 4BEKA 5HDZA 4I1CA 2OHMA 2P8HA 5P3OA 3D1YA 3QRSA 5P4EA 1EPRE 2PSGA 5P7LA 1ZSRA 3QBHA 4I8WA 1C70A 3ZKQA 3OUBA 2QMGA 2OHTA 5P4MA 5P3DA 1D4HA 4NKKA 4MC2A 4Y50A 2I0AA 2G26A 4J17A 4J1FA 4EJDA 4A6BA 1HVLA 3BGCA 3KT2A 2QZXA 3BUHA 3VSWA 3TH9A 5BS4A 1BAIA 2AVQA 5HU0A 4RCEA 5DPZA 2PQZA 4APRE 5EZZA 3JVYA 2QMDA 1OEWA 5C9FA 3CIBA 4EJKA 2Q55A 3MSLA 3BXSA 3BVBA 2B42A 5P6UA 3M9FA 5P4JA 5TOLA 2Q11A 2RMPA 1SBGA 2SAMA 3UDRA 3G6ZA 5P34A 3TTPA 5P0QA 2MIPA 4K9HA 5P2HA 9HVPA 2IQGA 2OHNA 5P0UA 5P24A 4XXSA 2P3AA 5P52A 3UDQA 3I25A 1BILA 2ZJMA 5COOA 4CPTA 1GVXA 5P74A 3SACA 1SH9A 3PSUA 3BXRA 5AH9A 3ZPSA 1TCXA 2CEJA 3UFLA 4CPRA 4NJVA 5P4IA 3K5GA 3UQPA 5P1RA 5DGUA 3KF0A 3VUCA 1YTHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HPO A;  5P7X A;  2QD6 A;  5P6M A;  4Q1Y A;  5FIV A;  2AOJ A;  3BUG A;  1GVU A;  5HTZ A;  2VIJ A;  3OHF A;  5P6C A;  5P0V A;  2I4W A;  1APW E;  3MXE A;  3PGI A;  3CKT A;  3SLZ A;  5OYY A;  4D83 A;  4RGH A;  1HHP A;  5P0P A;  4APE A;  4DPI A;  3OOZ A;  5P6F A;  5P1U A;  4L7H A;  1Z1R A;  4YD3 A;  4B78 A;  4Y4X A;  5P6T A;  4LP9 A;  4LXM A;  4Y54 A;  1IZD A;  1BXQ A;  2AVM A;  3K5D A;  5IVS A;  3CYW A;  1K2B A;  3DJK A;  6UPJ A;  5P4V A;  3OU4 A;  4R93 A;  3Q70 A;  5OZX A;  5P7T A;  2FXD A;  2G24 A;  3NDT A;  5HCT A;  2ZHU A;  5DQ1 A;  5P8R A;  4OBZ B;  2O4N A;  1DP5 A;  1T7I A;  4M8Y A;  2NMZ A;  1F7A A;  4OD9 A;  3QIH A;  2FGV A;  1UPJ A;  2Q63 A;  5KOQ A;  1JLD A;  3NU6 A;  3DM6 A;  4Y5E A;  5P83 A;  2ER6 E;  4QJ6 A;  1EBY A;  3UDM A;  3NXN A;  3BHE A;  3IND A;  5P3S A;  3RSX A;  5P38 A;  4DJU A;  4DQH A;  5I3Y A;  1NPW A;  4H3F A;  5OZE A;  1IDB A;  3PWW A;  5P1C A;  5P1T A;  1LYW B;  3O9F A;  5P3A A;  1FEJ C;  1W6I A;  5C9B A;  1ZBG A;  3IA9 A;  3EKY A;  2BPW A;  4QJ2 A;  2HAH A;  1YTG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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