4A6CA

Stereoselective synthesis, x-ray analysis, and biological evaluation of a new class of lactam based hiv-1 protease inhibitors
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis, X-Ray Analysis, and Biological Evaluation of a New Class of Stereopure Lactam-Based HIV-1 Protease Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus
molecule keywords POL PROTEIN
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4a6cA00
4I0ZA 5OZOA 1HTEA 4D89A 2OHPA 5OZYA 5P6CA 3VCMA 3F9QA 5I3YA 2FDDA 4QJ7A 3UDHA 5P61A 5AH9A 1MTBA 1E5OE 5P0FA 5P8PA 3H5BA 2V0ZC 7HVPA 3NLSA 5P01A 2A1EA 5E5JA 5P80A 4GMIA 1HOSA 1CMSA 5DQ5A 5KR8A 3R0YA 3VYFA 2B8LA 5P8MA 2F3EA 5P5OA 1MT7A 2AOEA 5P6SA 5P6AA 1BV7A 1SDTA 1C6ZA 3GI0A 3OOTA 5IVSA 5P1BA 5P47A 5C9DA 5OZVA 1TW7A 2VIYA 1EC1A 5P7LA 3OGPA 2G22A 3PSUA 1HVCA 3LIXA 5P0UA 1MT9A 5DQ1A 4Y4ZA 5P28A 3OHFA 5P37A 4QJ9A 1HVHA 4R95A 4XKXA 5COPA 5KQYA 1LF3A 2QCIA 1RQ9A 2I4UA 3L58A 4RVJA 3DM6A 4OC6B 2NMZA 2FMBA 3GGVA 3TOFA 5P7TA 3UF3A 1XN3A 3R2FA 5P29A 2PK6A 1FF0C 5P0CA 2G69A 2ER9E 3LIVA 5P76A 5P8BA 2O4SA 4RCDA 5P7JA 3OUDA 5P59A 5P83A 5P20A 2JXRA 3QIHA 4YDGA 3DCKA 5P0VA 5P69A 5P5IA 4XX4A 3CKTA 3C9XA 5P2HA 2AIDA 4B78A 2R3TA 3BUHA 5P5LA 5OYUA 2NMYA 3K5FA 3BVBA 4FRJA 5OZTA 3PGIA 1ME6A 1K6TA 3WSJA 4AA9A 5P53A 3ER3E 4S1GA 4Y3SA 4J0TA 5OZBA 3O9IA 5P05A 4ZPFA 4DH6A 2QI1A 9HVPA 3L5FA 4J1IA 2I4QA 2AOIA 3WB5A 5P2JA 4B1DA 3TPPA 1GVVA 2JE4A 3OAGB 5ENKA 4RVIA 4Y5CA 1MTRA 3R0WA 4RRSA 4YCYA 1DW6C 3S2OA 1Z8CA 2IQGA 4YBIA 4A6CA 5P7WA 3DK1A 3S53A 2IDWA 2I4DA 2BKTA 2R5PA 5P54A 3ZL7A 3KMYA 5P1RA 4ER4E 1FQXA 4HVPA 2V00A 4Y6MA 1KJGA 5OZ9A 2OHNA 4K4RA 1MRXA 3VG1A 6FIVA 2HIZA 5AHCA 3EC0A 5P42A 3T7XA 4DFGA 3KT5A 4I12A 4Y3FA 5P84A 4RCEA 3EKYA 1LYBA 5P55A 4Y3JA 1META 3OUAA 5AHBA 5P77A 5P0LA 3UDKA 1PPME 4OBHA 4MC2A 5EZZA 5TOLA 5P35A 5P1EA 5P46A 3R4BA 2QMDA 3S54A 1PPLE 1HXWA 5JFUA 3QP0A 5P5JA 5P1ZA 3SFCA 3GI6A 3VLBA 1TSUA 3I8WA 4WTUA 1MSNA 5P6KA 5P0WA 5P8NA 3KM4A 4PZXA 4Y5MA 4EHCA 1W51A 4CKUA 5P4VA 5OZCA 1K2CA 2QI7A 4R91A 1EBYA 5P86A 1E80E 3KFPA 5P4SA 3WB4A 2HS1A 5P6RA 5OZ8A 1LS5A 1T3RA 2RENA 1FQ5A 3OXCA 2QNNA 4RZ1A 1YTIA 4OD9A 2PSUA 5P5DA 5P1FA 3BHEA 5P07A 4OC6A 4YD3A 3QBFA 5P3TA 1ZSFA 3LZYA 3EL0A 3NU4A 4CPUA 4GJDA 3WZ8A 4N00A 5P3YA 5P0DA 5P51A 4QLHA 5P6NA 4Z50A 3ZPSA 5P5WA 1HVJA 5P6IA 4ZEAA 5P6EA 4J1HA 3TPJA 3HLOA 5P2YA 3JW2A 1HSHA 3PBZA 4Y3EA 4Y45A 2AVVA 4EJDA 4TRYA 2UXZA 1YM4A 4RLDA 4Y9WA 4H3FA 1FMBA 4DPIA 5P0BA 1HVIA 5P1XA 3UDNA 5P40A 2OHTA 1A94A 1OD1A 5P17A 1SDUA 3LIYA 4BEKA 2OAHA 3MSKA 3OQKA 3LZSA 5P2GA 3UDRA 4Y36A 2IEOA 5P1QA 3I6OA 4I0HA 5P0AA 5KR0A 3OQFA 5P89A 1MERA 2AVQA 4GJ9A 4ZPGA 3TL9A 4YBFA 3IAWA 3PVKA 2XYFA 4LL3A 5P73A 3QVCA 2ZJHA 5P4EA 3B7VA 3Q4BA 4Y5GA 2QZLA 5P2OA 5P58A 4Y4WA 2R5QA 5P06A 4UPJA 3OAGA 3LIQA 5OZ3A 1W5VA 5P6HA 1BV9A 1KJFA 5P0KA 5P14A 2AVOA 5P8JA 5HD0A 3GGAA 5KQXA 5OZKA 3VSWA 3S7MA 3OU1B 4FE6A 5P78A 2QMPA 2O4LA 3VF7A 5P7QA 3L38A 5P67A 1QBUA 2ASIA 3UTLA 5KR2A 1IDAA 5P6MA 3BC4A 4Y3RA 3HDKA 5P5NA 1OEWA 5P7XA 4ER2E 5DR4A 4YOBA 3D1ZA 2R9BA 3UHLA 2QZWA 4Y4JA 1NSOA 4DJVA 3PWRA 1K1TA 2QI6A 1Z1RA 5OZMA 2P8HA 5DQ4A 1MEUA 5P4YA 5P1KA 2WL0A 2RKGA 2HAHA 5P30A 3T7PA 5P3PA 4Q5MA 2AOCA 5P70A 3BXRA 5SZ9A 1IZEA 5P3XA 1F7AA 8HVPA 2NR6A 1TZSA 2WECA 5P22A 2F81A 5P18A 5OZEA 2B8VA 3IVIA 4J0PA 4ZSQA 2AQUA 3IGBA 3LPKA 4FCOA 2Q63A 1FGCC 1HEFE 3B80A 4EP3A 2QI3A 2ZJIA 2UPJA 1OHRA 3CIBA 2V10C 1VIJA 1B6JA 3SA7A 4FRIA 3OOZA 1DMPA 5P43A 3L5DA 4K9HA 1FG6C 5P7VA 5P7AA 5OZNA 3M9FA 3TKGA 5P2ZA 2ZHSA 3NU5A 5P5YA 2P3BB 3D1XA 5P4JA 4Y3GA 4Y43A 5P7CA 4HA5A 2HS2A 4Y3TA 1OEXA 3PI0A 3K5CA 2QU3A 5AH8A 4Q1WA 3QI1A 2Q55A 3NDWA 3BGBA 2J9JB 5P0IA 3KDDA 3HVGA 4JECA 1W5YA 4F73A 3LNKA 4CPQA 2RKFA 1BDQA 1EAGA 4B1CA 2QNPA 2AZCA 3IN3A 4E43A 3HW1A 5P0RA 1IZHA 5P6XA 5P7BA 5ISKA 3SQFA 5I3WA 4Y4XA 1SMRA 1GVXA 2IENA 3VV8A 5P6JA 2Q11A 5COOA 2JJIA 3IVHA 3DUYA 2QMGA 3O9FA 2VS2A 4L7GA 4EJ8A 2ER6E 4NJVA 5P4OA 1SDVA 3NDXA 3PLDA 4YE3A 3LPIA 5P31A 1AVFA 5P7PA 3MSJA 2QMFA 3SAAA 5HU0A 4FS4A 5DQ2A 1J71A 4GJ8A 3VF5A 2VA5A 1C6YA 1M4HA 2I0AA 2OHUA 5P3LA 4R92A 5OZWA 4GB2A 3O9LA 4OBZB 1HPVA 3A2OA 4APRE 1ZTZA 1HVLA 1HIIA 1D4YA 5P4FA 1IZIA 1LV1A 4ZSPA 1XL5A 1EPOE 3WZ6A 2O4NA 3TOHA 5P2XA 3D91A 4FAFA 5P79A 3OQAA 2I4XA 4YD7A 3ST5A 1TCWA 4FSLA 2A4FA 2F80A 5P3RA 5SY2A 3O9EA 5P1AA 3KMXA 4Y5NA 1HEGE 1IVPA 3TTPA 4H1EA 4U7QA 3VEUA 1B5FA 1YTGA 2IS0A 1SGZA 5HCOA 3VV6A 4YCKA 3QRVA 5OZXA 1DP5A 3ECGA 5PEPA 4DQCA 3T3CA 2G1YA 2AOGA 2AVMA 2ANLA 2WF4A 4EP2A 5P7OA 4Z4XA 1MUIA 4FRSA 5P7RA 3CYWA 3VLAA 3OADA 3NU9A 3S7LA 5P3QA 3VF3A 3FNTA 5P4TA 5OZGA 5P4RA 4Y3WA 5P1HA 3RTNA 4APEA 5P8VA 3EBZA 5OZSA 1RNEA 2ZHVA 3EM4A 3EKPA 2G26A 2WF3A 5AH6A 3FNSA 5P8RA 5P1NA 2FXEA 5P3SA 5P8CA 2VNNA 5OZQA 4L6BA 1ZP8A 3OTYA 1LYWB 1KJHA 3NYGA 4U7VA 4LXKA 1FIVA 1C6XA 1YT9A 2O4KA 3KT2A 1QRPE 5P8TA 3TOGA 5P2SA 2FGUA 2H6TA 4JOOA 2Z4OA 2P83A 1GVWA 3O9AA 5HU1A 5P60A 5DR7A 4Y4UA 5P1DA 4Y5BA 1RL8A 1QS8A 4FGXA 5OYQA 2CEMA 3UFNA 2IGYA 1C70A 5P8EA 1W5XA 3FX5A 5B18A 3SA9A 4QJAA 2OHKA 3OXXA 3ZKIA 3DOXA 5P68A 4I10A 2QU2A 1BILA 4DJQA 5P38A 4HEGA 2B7FA 3RSVA 4J1EA 5P7FA 5P0EA 5P2CA 2JYSA 3IA9A 1HXBA 3MXDA 3NU6A 2G1NA 1KJ4A 2I4WA 4H3JA 4Y47A 2XFIA 1MPPA 3OU4A 2BPWA 3ZLQA 1HHPA 5P8OA 5P2EA 5P65A 2QAKA 2G20A 2QD6A 2B60A 5P2FA 5P88A 1F34A 3CYXA 1DPJA 1BBSA 1LYAA 3BVAA 5DGUA 1W6HA 2AOFA 2QHZA 5P3OA 5P8QA 2PC0A 1YTHA 3D20A 3NR6A 3OGQA 4GJCA 3AUPA 4ZSMA 3PI5A 2ZE1A 4OBZA 5P5XA 3BRAA 3TNEA 5P0TA 2R43A 4JPEA 5HDUA 3IXJA 1APTE 2FDEA 1B6PA 5P6QA 2VNMA 3ZPUA 2BPZA 1UPJA 2BPVA 4Y5KA 3ZKQA 5P3AA 5P3FA 5P8UA 3EL9A 2IL2A 5P0PA 4JP9A 3SLZA 4FM8A 2ZJKA 5P7HA 5P5RA 4J0YA 5P2KA 2PMAA 5FIVA 4FM6A 3BUFA 1MESA 4LHHA 5P0OA 2V11C 2OHLA 2P4JA 5P0HA 1MSMA 3S45A 3UDMA 4EXHA 4I8WA 5EZXA 4Y57A 1HBVA 2G1SA 2NXDA 3T6IA 4IVTA 5OZJA 1ZSRA 1WBMA 5P3GA 3PEPA 1T7KA 1PFZA 1SGUA 4WY6A 5OZ6A 4RYGA 3EKVA 1SBGA 4RVXA 5OZUA 5P7ZA 5P3JA 3QAAA 2QI0A 4B00A 1GVTA 1QBTA 2FGVA 1T6GA 1NPAA 5P3WA 1NPWA 2XYEA 3UQXA 4D88A 5P3DA 5SXNA 3HVPA 3DCRA 3OUCA 1W50A 3UQUA 5CLMA 3INHA 3OQDA 5P4UA 5P7MA 3FIVA 2IKOA 2ZHRA 4L1AB 2WEDA 5AHAA 4I1CA 4ZE6A 5P2MA 3PSGA 4MC1A 5P5ZA 3NWXA 2VIZA 2RMPA 2XFJA 3EL5A 3OK9A 3WZ7A 2ZJNA 3CIDA 2PSGA 4FAEA 3PCWA 1Z1HA 3S43B 3MSLA 1ZJ7A 5P15A 5P7IA 1SMEA 4TRZA 3NUJA 4B0QA 4LXAA 1BIMA 3APRE 5F01A 4GZFA 4J0ZA 4CPXA 2QI5A 1HVSA 4QJ6A 5P56A 5P8KA 4YA8A 1PROA 2OHMA 3QVIA 4QJ8A 1D4IA 3ZKGA 2H6SA 5P5BA 5P4PA 4GIDA 1E82E 5KQZA 1PPKE 5P0QA 2BBBA 2QZXA 5P36A 1FKNA 5P10A 3SA4A 3UPJA 5P4IA 4Q1NA 5P6DA 5JFPA 3VYDA 5DPZA 1EPQE 5P5MA 3K5GA 5P6ZA 4Q1XA 1IZDA 1EPNE 4NKKA 3HAWA 5P1MA 3SA3A 4J55A 3URJA 3ZKMA 3MXEA 4PYVA 5KOQA 1K1UA 1G2KA 5P23A 3L5BA 5P0ZA 5P8IA 2G24A 3KN0A 1EBKC 3IN4A 3G6ZA 4Y5PA 4J1KA 1T7JA 5P6OA 4EYRA 5HDVA 5HDXA 4Y35A 1N49A 2QNQA 3UDPA 2BPXA 3K4VA 1AJVA 4RCFA 5P1JA 2BPYA 3I7EA 1AXAA 4I0IA 5P3NA 1IBQA 5DQCA 5P4QA 4Y50A 5OYZA 3UQPA 1HSIA 4FSEA 1DIFA 4Y3MA 5P0JA 2PH8A 3OXVA 5P71A 3ZKSA 5P2BA 3INDA 5P45A 4DJUA 1ZPKA 1D4KA 4F76A 4I0EA 4J1CA 3U71A 4EQJA 4HLAA 3LHGA 4CP7A 5P4HA 3L59A 5P1LA 2NXMA 1B6KA 2R38A 2QI4A 2WEBA 2UY0A 1AZ5A 4WY1A 5OZAA 3INEA 4LBTA 2AOJA 4DJOA 3BUGA 5P0MA 2Q54A 5IVTA 5COKA 3BGCA 5P03A 3U6AA 4PZWA 4ZSRA 4Y3YA 1U8GA 3AIDA 4K4PA 1SIVA 1YTJA 2FNSA 3QPJA 4R8YA 5IVRA 5P50A 3NU3A 3NWQA 4DJRA 1AJXA 1HPXA 5P2DA 5UPJA 5P7YA 1FQ6A 2AZBA 5SY3A 2HPFA 3BXSA 4EWOA 1BXOA 1PSNA 3QN8A 5OZLA 2QD8A 1QDMA 2PWCA 2OHQA 5P3MA 3QROA 4NJSA 3FNUA 3O9DA 3EKWA 6APRE 4L1AA 4LC7A 3H0BA 5P52A 1B6LA 3PHVA 2RSPA 5P1GA 4AUCA 3CKPA 3HBOA 4MC6A 3I2LA 5P3CA 3S43A 5P27A 1HTGA 4EJKA 5P5EA 5P6LA 5P25A 2VJ6A 5OZPA 5CONA 5P64A 2O4PA 1APUE 2I1AA 2VJ7A 4Y39A 3G72A 2WKZA 4TRWA 2HC0A 5ER1E 1K6VA 1EPLE 1XE6A 2HB3A 2P3CA 5P5VA 1AM5A 4Y37A 4TVGA 4J1FA 4OBFA 4AZYA 2J9KA 2ZGAA 4GJAA 5P74A 3DV1A 5APRE 4I0JA 1IIQA 4EXGA 4DQHA 4DVFA 3ZKNA 4ZIPA 5P4WA 1KZKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4I0Z A;  5OZO A;  1HTE A;  4D89 A;  2OHP A;  5OZY A;  5P6C A;  3VCM A;  3F9Q A;  5I3Y A;  2FDD A;  4QJ7 A;  3UDH A;  5P61 A;  5AH9 A;  1MTB A;  1E5O E;  5P0F A;  5P8P A;  3H5B A;  2V0Z C;  7HVP A;  3NLS A;  5P01 A;  2A1E A;  5E5J A;  5P80 A;  4GMI A;  1HOS A;  1CMS A;  5DQ5 A;  5KR8 A;  3R0Y A;  3VYF A;  2B8L A;  5P8M A;  2F3E A;  5P5O A;  1MT7 A;  2AOE A;  5P6S A;  5P6A A;  1BV7 A;  1SDT A;  1C6Z A;  3GI0 A;  3OOT A;  5IVS A;  5P1B A;  5P47 A;  5C9D A;  5OZV A;  1TW7 A;  2VIY A;  1EC1 A;  5P7L A;  3OGP A;  2G22 A;  3PSU A;  1HVC A;  3LIX A;  5P0U A;  1MT9 A;  5DQ1 A;  4Y4Z A;  5P28 A;  3OHF A;  5P37 A;  4QJ9 A;  1HVH A;  4R95 A;  4XKX A;  5COP A;  5KQY A;  1LF3 A;  2QCI A;  1RQ9 A;  2I4U A;  3L58 A;  4RVJ A;  3DM6 A;  4OC6 B;  2NMZ A;  2FMB A;  3GGV A;  3TOF A;  5P7T A;  3UF3 A;  1XN3 A;  3R2F A;  5P29 A;  2PK6 A;  1FF0 C;  5P0C A;  2G69 A;  2ER9 E;  3LIV A;  5P76 A;  5P8B A;  2O4S A;  4RCD A;  5P7J A;  3OUD A;  5P59 A;  5P83 A;  5P20 A;  2JXR A;  3QIH A;  4YDG A;  3DCK A;  5P0V A;  5P69 A;  5P5I A;  4XX4 A;  3CKT A;  3C9X A;  5P2H A;  2AID A;  4B78 A;  2R3T A;  3BUH A;  5P5L A;  5OYU A;  2NMY A;  3K5F A;  3BVB A;  4FRJ A;  5OZT A;  3PGI A;  1ME6 A;  1K6T A;  3WSJ A;  4AA9 A;  5P53 A;  3ER3 E;  4S1G A;  4Y3S A;  4J0T A;  5OZB A;  3O9I A;  5P05 A;  4ZPF A;  4DH6 A;  2QI1 A;  9HVP A;  3L5F A;  4J1I A;  2I4Q A;  2AOI A;  3WB5 A;  5P2J A;  4B1D A;  3TPP A;  1GVV A;  2JE4 A;  3OAG B;  5ENK A;  4RVI A;  4Y5C A;  1MTR A;  3R0W A;  4RRS A;  4YCY A;  1DW6 C;  3S2O A;  1Z8C A;  2IQG A;  4YBI A;  4A6C A;  5P7W A;  3DK1 A;  3S53 A;  2IDW A;  2I4D A;  2BKT A;  2R5P A;  5P54 A;  3ZL7 A;  3KMY A;  5P1R A;  4ER4 E;  1FQX A;  4HVP A;  2V00 A;  4Y6M A;  1KJG A;  5OZ9 A;  2OHN A;  4K4R A;  1MRX A;  3VG1 A;  6FIV A;  2HIZ A;  5AHC A;  3EC0 A;  5P42 A;  3T7X A;  4DFG A;  3KT5 A;  4I12 A;  4Y3F A;  5P84 A;  4RCE A;  3EKY A;  1LYB A;  5P55 A;  4Y3J A;  1MET A;  3OUA A;  5AHB A;  5P77 A;  5P0L A;  3UDK A;  1PPM E;  4OBH A;  4MC2 A;  5EZZ A;  5TOL A;  5P35 A;  5P1E A;  5P46 A;  3R4B A;  2QMD A;  3S54 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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