4ACXA

Aminoimidazoles as bace-1 inhibitors. x-ray crystal structure of beta secretase complexed with compound 23
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
386
structure length
370
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Aminoimidazoles as BACE-1 inhibitors: the challenge to achieve in vivo brain efficacy.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 370
sequence length 386
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4acxA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4acxA02
3EKYA 5ER2E 5P4GA 3QBHA 4Y4ZA 4XXSA 4ZEAA 6APRE 1HSHA 3NDUA 2WEAA 5JODA 1HPVA 3ZPUA 1M4HA 1C6ZA 3OOZA 5HTZA 4MC6A 1D4KA 1BVGA 3QRSA 3KFPA 3PVKA 4FS4A 1KJ7A 5P0BA 2BPYA 4QJ7A 4J55A 1D4LA 4I0JA 1B6KA 1IZIA 5P1JA 5P7EA 1BXOA 5OZPA 3PLDA 2P83A 5P8AA 5OZNA 1YTHA 5T4SA 3ZKNA 1AAQA 3S85A 5P0FA 5C9BA 4DFGA 3TNEA 3KN0A 5P2LA 4RVXA 5HE5A 3O9CA 1HSGA 3H0BA 2I4WA 2F3KA 2UXZA 3MSLA 7HVPA 3APRE 4TRZA 5P0JA 1C6XA 2HS2A 5P0NA 1QBSA 4Q1YA 4DJQA 2HC0A 5HDXA 1YM4A 1J71A 2V11C 5P44A 3NR6A 5P5VA 3D3TA 3LHGA 1D4JA 1PSNA 2ZHTA 4ZPFA 1MVPA 2FDDA 4J0YA 5P5WA 5HD0A 2P3BB 3VLBA 1EBYA 3GI5A 5P46A 3L5CA 1HRNA 2G1NA 4J0VA 3TPPA 1HWRA 2BKTA 3OU3A 1HVCA 3GI6A 2FNSA 4Y3GA 4Y3SA 1APTE 5OZSA 5I3YA 4FCOA 4DPFA 5P5KA 3R0WA 1TCWA 5DGUA 3UDRA 4ZPGA 3KFNA 5OZEA 3ZKMA 1GVWA 5P08A 2ER6E 4H3GA 2B8LA 4B00A 4EP3A 4GJCA 4M8YA 4Y4BA 4J54A 4B70A 5P3RA 2NNKA 3KYRA 5P54A 2FNTA 5OZ3A 3NYGA 5P47A 3HLOA 4X7IA 1PSAA 4Y36A 3R2FA 2QNPA 3OXCA 4NKKA 1B6PA 5P3EA 1K6VA 1EBZA 2B60A 5OZKA 1EBKC 1XN3A 1IDAA 5P4IA 5P6YA 1K1TA 5P3XA 3S43B 1W51A 4Y4DA 3VEUA 3UQUA 3URIA 1XN2A 5P3PA 5JFPA 4K9HA 4Y4XA 1ZTZA 2Q5KA 3HD8A 3NSHA 5P5DA 2AVQA 2AOEA 3OADB 5P3MA 4PZWA 3OQDA 3LIZA 4CMSA 4FGXA 4Y4GA 1BBSA 1MTBA 1UH8A 5OZ9A 5P6TA 3NUJA 2P3CA 3ER3E 1ZPKA 5P5XA 1QDMA 1GKTA 1HVHA 2WL0A 5P5EA 2QU2A 4KB9A 2ZHVA 5P5MA 5P2GA 5P1BA 4R92A 1FQ4A 4Y3MA 5SXNA 3OUDB 2O4LA 3CKRA 2G69A 1BILA 3LPKA 4RCDA 5P7TA 2VIJA 3ZPTA 4CPSA 5KQZA 4LXKA 5P1HA 5P1FA 5HDUA 1T7JA 5P6AA 1NPAA 3SLZA 3PMUA 1AZ5A 1WKRA 3TOHA 4Y3WA 3GGXA 5P4QA 4I8ZA 4RYGA 4EJLA 4Y56A 5P1SA 4B1CA 5P19A 4AA8A 1HTGA 2OHPA 5P0CA 1FMUA 4QJ8A 3RTMA 4R5NA 3GGUA 5P4BA 3SQFA 1BDRA 5P7CA 4RVJA 4EWOA 5P23A 4Y35A 5P6RA 2IENA 5P7DA 3SO9A 4Y3AA 5P33A 1OHRA 2PWCA 3EM3A 2HM1A 4NJUA 5P36A 5OZOA 3EXOA 4JP9A 4QGIA 3EMYA 5P6BA 3O9LA 5P07A 1XDHA 4Y44A 3LZSA 1BV7A 5P8MA 3DUYA 4YDFA 5F01A 2VJ9A 1AM5A 3PMYA 2G26A 1D4YA 1RQ9A 5OYSA 2G27A 2NXLA 2HB3A 1IVQA 5P71A 1SMRA 2IGYA 3UCBA 2I4XA 5P18A 4FM7A 4OBZA 3WZ8A 1F34A 4JECA 2P8HA 3CICA 4Y43A 4OD9B 5P0EA 4OBDA 1RNEA 1W5WA 5P37A 5P26A 3C9XA 3LIVA 2UY0A 3WZ7A 3VFBA 3SA8A 2ZHRA 3T6IA 5DQ1A 5P74A 1CZIE 1HBVA 2HPFA 2FXDA 4DJPA 1KJFA 5OZ4A 4LP9A 4Z50A 2R3TA 2ZHUA 3CIDA 1EEDP 1K2CA 1FB7A 4DQFA 4A4QA 1EC1A 5ISKA 5P2HA 4I1CA 7UPJA 3NU9A 4NJTA 5P2KA 3OAGB 3L59A 1PROA 2WEZA 5P88A 2HPEA 3EL1A 5P8RA 5IS4A 3CYXA 3WSJA 5P3HA 4OBJA 5P8LA 3SA3A 5P2CA 3BUHA 5P81A 5AHCA 5P49A 4L6BA 5P3FA 1LYBA 5P2MA 3RTHA 5OZVA 3BXRA 1GVVA 4LXAA 3UF3A 5E5KA 1Z1RA 1LYAA 3I25A 5HVPA 1HTFA 4I0ZA 4PYVA 5P8UA 4J1HA 5P09A 3DJKA 5P27A 5P7JA 5P89A 5P6MA 4Y54A 4GJ9A 4FRKA 1SIVA 1UH7A 5P3LA 3OUDA 4DV9A 2WHHA 5P1GA 1HPXA 3UQPA 2OHQA 4AUCA 4OC6A 5P7FA 5P4UA 5OZ5A 4AA9A 1XE5A 4B0QA 3RVIA 3DV1A 5AH7A 3BRAA 3VYDA 3PSGA 4I11A 2NR6A 1PFZA 5P1ZA 3BGBA 5P1IA 5KAOA 4U7QA 3MXDA 3NWQA 3NDXA 4Y3DA 3EL9A 5P8VA 4FRSA 3IVIA 2OHTA 4IVTA 5P8QA 3SA9A 5P1YA 4YCYA 4H3FA 2APRA 3UQXA 2RENA 4YCKA 3NDWA 1K6TA 2R5QA 1K1UA 5E5JA 1GVUA 5OYXA 1M43A 2FDPA 2IGXA 4EQ0A 4EP2A 5P1VA 1HHPA 5P61A 3EM6A 1FFIC 2BPWA 3PHVA 4J1IA 5IVTA 3OU1B 4Y4WA 2B7ZA 2RMPA 3WB5A 1IZEA 2HAHA 5P25A 5OYRA 4J1FA 5AH9A 2PMAA 1LEEA 5P3AA 2WJOA 1CPIA 1EPOE 4D89A 2QAKA 5HU1A 1KJGA 1MSMA 4RYCA 1EAGA 1T7IA 4TVGA 4BEKA 2BPZA 5P2VA 3RSVA 1SDTA 3APPA 1EC2A 4DQGA 1MPPA 2QD8A 4Y5PA 5I3WA 5OYTA 1DW6C 4AZYA 4B77A 3UPJA 3FNUA 2Q3KA 3HBOA 3OGPA 1PPLE 5OZAA 1B11A 4K4RA 3HW1A 2QI3A 5P5LA 2O4NA 3O9EA 3SA7A 2I4UA 3OQKA 3L58A 1ODXA 1JLDA 3LITA 4DJWA 4DJUA 3PJ6A 2R9BA 3IXOA 3EL4A 5P7WA 3GGVA 4K8SA 3O9BA 5P6WA 3VSWA 3OTYA 4J1CA 1HVKA 3BGCA 4ACXA 4F74A 1AJXA 3M9FA 4H3IA 3PBZA 4FRIA 3KDCA 5P0KA 2OF0A 5P5NA 4UPJA 4EJKA 4QJAA 3DCRA 2P3DA 4I0DA 1BWBA 4Y5GA 1LF4A 5OZUA 4Y3ZA 1IBQA 4DQBA 5P12A 5P4WA 1HVSA 2ZHSA 3EBZA 1D4IA 2Q55A 3ST5A 5P7QA 4YCTA 2V10C 5P76A 5P1CA 1ER8E 1MRWA 3PEPA 4QJ2A 4B78A 5OZTA 5P35A 5UPJA 5P4OA 4RRSA 3OQ7A 5P4YA 4FM6A 5P16A 3O9IA 4I0GA 5P72A 3TKGA 5P4TA 3SA5A 4LL3A 4AMTA 5P45A 3D1ZA 4Y5NA 5P1PA 1YTJA 2F81A 3IXJA 2PC0A 5FIVA 4GMIA 5HE7A 4L7JA 3R1GB 5P5QA 4DQEA 3EM4A 5P80A 2V0ZC 5P4JA 5BRYA 5ER1E 1E5OE 4NPUA 3BVAA 3EKVA 5P6EA 2AOFA 5P5YA 1RV7A 4Y41A 2BKSA 5DR4A 3OHFA 5DQ5A 1Z1HA 1E81E 3VYEA 1TSUA 4WTUA 4MC2A 2G1YA 2I1AA 2BPVA 5P3ZA 2VIYA 5IVQA 4JPCA 1OEWA 4Y3NA 4FAFA 5P22A 1RPIA 5P7RA 5P4PA 4MC9A 5P7IA 5P8FA 5P3GA 4DJXA 2PK6A 4PPHA 3PRSA 1LV1A 1RL8A 5P43A 2VA5A 2BQVA 2NMZA 4ACUA 3T3CA 1MT7A 4ZSQA 1FMBA 1FGCC 3QIHA 2F3EA 5P62A 1AXAA 4BFBA 5APRE 4L1AA 2AZ8A 1YG9A 3QN8A 2OHLA 4XX4A 4APRE 3FX5A 3PWRA 5P68A 3A2OA 5P0MA 2HIZA 5P3YA 1MRXA 3VCMA 2I0AA 4Y5KA 5AH6A 5P79A 2XFIA 1HIVA 3S45A 3HDKA 4QJ6A 2QNNA 1IZDA 1UPJA 1MSNA 3OHHA 5P20A 3ZKIA 3INFA 2NXDA 4EXGA 5HDZA 3D1XA 5P77A 2O4KA 3PSUA 2QU3A 3DCKA 3HAWA 4F76A 1B5FA 1AIDA 5P5RA 2B8VA 2QD6A 6FIVA 2XYEA 4OBKA 3FSMA 1OEXA 5P2TA 2FIVA 4PZXA 1TCXA 2R5PA 2QCIA 1Z8CA 3IAWA 2FLEA 2WEBA 3SA6A 2QZLA 3KT5A 3KA2A 4QJ9A 3IN3A 3VF3A 2QHYA 1DPJA 5P7VA 4HA5A 3LZUA 2Q63A 1QBUA 5P7HA 5P34A 3O9FA 5P0YA 3QAAA 5OYYA 2PH8A 2V16C 5BWYA 1C6YA 1DAZC 2PH6A 3ECGA 4N00A 3BUGA 1DMPA 2QP8A 5P87A 4FIVA 3PCZA 1NH0A 2NNPA 2JE4A 3EL0A 4CPQA 1ZPAA 1MEUA 3UQWA 3ZMGA 5OZFA 2QMGA 3AUPA 4I12A 5HCTA 5P2XA 2F8GA 3NDTA 5P7SA 5P5OA 2QNQA 5P05A 5OZLA 2OHMA 3PLLA 5OZ2A 2QK5A 3LINA 3ZKQA 1ENTE 5P1LA 3NU4A 5P7UA 2PK5A 5OYZA 3EKTA 4B1EA 2P3AA 3OQAA 2J9JB 1EPNE 5EZXA 5P8PA 1FG6C 5P4CA 3I6OA 3Q4BA 5P06A 4DQCA 4Y3LA 3UDPA 1SGUA 5P5UA 1BDLA 3L5BA 5P6GA 5DR3A 5P58A 4R8YA 2OHUA 2V00A 4Y3RA 3BHEA 1B6LA 3ZOVA 3ER5E 5P0PA 2QMPA 5P6HA 3VYFA 4E43A 3GI0A 5P7YA 3S54A 4DUSA 1XS7D 3K5DA 1MT8A 3L5EA 5P3OA 2P3BA 1DP5A 2BPXA 3G70A 4ZSMA 4XX3A 3VF7A 1M0BA 4R93A 1FLHA 2P4JA 4YD3A 5KR2A 4CPTA 2JJJA 3QI1A 4DJYA 3TKWA 5P59A 2QHCA 4RCEA 4Y3EA 5P0IA 3OK9A 1D4HA 3UQRA 5OZDA 1ZJ7A 4Y51A 4Y57A 4DJVA 5P0UA 4WY1A 2AOGA 2G21A 5P6IA 2OHKA 4DQHA 5CONA 1HOSA 1G35A 3PM4A 5OYWA 3NXNA 5P8IA 2NXMA 5P0WA 1IVPA 2RSPA 4COEA 5SZ9A 5P4RA 1A30A 5P1XA 3NU5A 4GJAA 4TRYA 2R8NA 3OXXA 1A94A 3FIVA 3OXWA 5DR0A 2QMDA 2Z54A 2ZJNA 1HIIA 5P70A 5P39A 5P0RA 3EKXA 2G1RA 4K4PA 2J9KA 5P8TA 4DJOA 1Q9PA 5P1RA 2IDWA 5KOSA 3S43A 2AOCA 3SPKA 1T6GA 4Z2ZA 1FF0C 2RKGA 4EJDA 5P17A 3L5FA 3PB5A 2AZBA 3IGBA 4GZFA 5P7ZA 3PWWA 1HIHA 1LYWB 5KQXA 5KR8A 1QBTA 1FIVA 2V13A 4FAEA 3OADA 1WBKA 5P5JA 5OZQA 5P6OA 5ISJA 1BVEA 5P51A 4Q1WA 1LS5A 3TOFA 5P53A 5P3TA 2QI4A 4LHHA 1HVIA 5P1UA 4I0IA 5OZYA 3WB4A 2B42A 4GJDA 5P6XA 1KJ4A 3CKPA 4OBGA 1LZQA 5P11A 3PWMA 1EC3A 4I0FA 2IQGA 1ODWA 2QI1A 5P64A 3LNKA 1HXWA 5KOQA 3HVGA 5P2ZA 4D88A 3CMSA 3EKWA 1HVJA 4H3JA 3UDJA 2EWYA 4I8WA 2O40A 4Y9WA 3EKQA 3IN4A 5P28A 2PQZA 3O9AA 1BWAA 1HPSA 1APVE 2QI0A 2AOJA 4Y4EA 2PYNA 1EPME 1NSOA 3DOXA 4ER4E 5P5TA 5OZHA 1FQ8A 3L5DA 1MESA 4Y53A 2AVVA 3KMYA 4YDGA 1PPKE 5OZMA 3TTPA 4QLHA 2CEJA 4BELA 2BJUA 5COOA 2JYSA 1W5XA 1B6MA 5P5HA 3VG1A 4DI2A 1KJHA 1TW7A 5OZRA 5P55A 1SGZA 5P7XA 1ZBGA 5P2YA 3PCWA 4IVSA 2G20A 5P3JA 2VA6A 3L3AA 2G1OA 1W6IA 1YTGA 4Y3YA 4ER2E 5P29A 3S56A 4RLDA 1ZP8A 4YE3A 3VFAA 2IL2A 4FSLA 1MIQA 2R38A 4RROA 3ZL7A 5P2RA 5I3XA 1BXQA 2Q15A 3Q70A 5C9FA 5P15A 5SY2A 4DH6A 4Q1NA 1TZSA 3QRMA 3ZKSA 4A6BA 5OZ1A 2XFKA 4Q5MA 4OD9A 2G24A 5P0QA 4D8CA 2IS0A 2XFJA 1IZHA 2OHNA 3RSXA 6UPJA 5P57A 1MT9A 3INEA 2JXRA 1BDQA 2AQUA 5P8CA 5P4EA 4J0TA 5P4XA 3LPJA 5P31A 4U7VA 4TVHA 5HDVA 3DK1A 3UFNA 1ME6A 5DPZA 5DQ4A 3NXEA 5P1WA 4GYEA 3CYWA 5P6QA 4YD6A 4HEGA 2FXEA 4D85A 4KUPA 3INHA 2SAMA 5P0TA 1EPRE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EKY A;  5ER2 E;  5P4G A;  3QBH A;  4Y4Z A;  4XXS A;  4ZEA A;  6APR E;  1HSH A;  3NDU A;  2WEA A;  5JOD A;  1HPV A;  3ZPU A;  1M4H A;  1C6Z A;  3OOZ A;  5HTZ A;  4MC6 A;  1D4K A;  1BVG A;  3QRS A;  3KFP A;  3PVK A;  4FS4 A;  1KJ7 A;  5P0B A;  2BPY A;  4QJ7 A;  4J55 A;  1D4L A;  4I0J A;  1B6K A;  1IZI A;  5P1J A;  5P7E A;  1BXO A;  5OZP A;  3PLD A;  2P83 A;  5P8A A;  5OZN A;  1YTH A;  5T4S A;  3ZKN A;  1AAQ A;  3S85 A;  5P0F A;  5C9B A;  4DFG A;  3TNE A;  3KN0 A;  5P2L A;  4RVX A;  5HE5 A;  3O9C A;  1HSG A;  3H0B A;  2I4W A;  2F3K A;  2UXZ A;  3MSL A;  7HVP A;  3APR E;  4TRZ A;  5P0J A;  1C6X A;  2HS2 A;  5P0N A;  1QBS A;  4Q1Y A;  4DJQ A;  2HC0 A;  5HDX A;  1YM4 A;  1J71 A;  2V11 C;  5P44 A;  3NR6 A;  5P5V A;  3D3T A;  3LHG A;  1D4J A;  1PSN A;  2ZHT A;  4ZPF A;  1MVP A;  2FDD A;  4J0Y A;  5P5W A;  5HD0 A;  2P3B B;  3VLB A;  1EBY A;  3GI5 A;  5P46 A;  3L5C A;  1HRN A;  2G1N A;  4J0V A;  3TPP A;  1HWR A;  2BKT A;  3OU3 A;  1HVC A;  3GI6 A;  2FNS A;  4Y3G A;  4Y3S A;  1APT E;  5OZS A;  5I3Y A;  4FCO A;  4DPF A;  5P5K A;  3R0W A;  1TCW A;  5DGU A;  3UDR A;  4ZPG A;  3KFN A;  5OZE A;  3ZKM A;  1GVW A;  5P08 A;  2ER6 E;  4H3G A;  2B8L A;  4B00 A;  4EP3 A;  4GJC A;  4M8Y A;  4Y4B A;  4J54 A;  4B70 A;  5P3R A;  2NNK A;  3KYR A;  5P54 A;  2FNT A;  5OZ3 A;  3NYG A;  5P47 A;  3HLO A;  4X7I A;  1PSA A;  4Y36 A;  3R2F A;  2QNP A;  3OXC A;  4NKK A;  1B6P A;  5P3E A;  1K6V A;  1EBZ A;  2B60 A;  5OZK A;  1EBK C;  1XN3 A;  1IDA A;  5P4I A;  5P6Y A;  1K1T A;  5P3X A;  3S43 B;  1W51 A;  4Y4D A;  3VEU A;  3UQU A;  3URI A;  1XN2 A;  5P3P A;  5JFP A;  4K9H A;  4Y4X A;  1ZTZ A;  2Q5K A;  3HD8 A;  3NSH A;  5P5D A;  2AVQ A;  2AOE A;  3OAD B;  5P3M A;  4PZW A;  3OQD A;  3LIZ A;  4CMS A;  4FGX A;  4Y4G A;  1BBS A;  1MTB A;  1UH8 A;  5OZ9 A;  5P6T A;  3NUJ A;  2P3C A;  3ER3 E;  1ZPK A;  5P5X A;  1QDM A;  1GKT A;  1HVH A;  2WL0 A;  5P5E A;  2QU2 A;  4KB9 A;  2ZHV A;  5P5M A;  5P2G A;  5P1B A;  4R92 A;  1FQ4 A;  4Y3M A;  5SXN A;  3OUD B;  2O4L A;  3CKR A;  2G69 A;  1BIL A;  3LPK A;  4RCD A;  5P7T A;  2VIJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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