4AZYA

Design and synthesis of bace1 inhibitors with in vivo brain reduction of beta-amyloid peptides (compound 10)
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
388
structure length
375
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Design and synthesis of beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme (BACE1) inhibitors with in vivo brain reduction of beta-amyloid peptides.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
total genus 104
structure length 375
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4azyA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4azyA02
5E5KA 1EPLE 2RMPA 5P44A 2EWYA 2P3AA 1ODWA 1HRNA 4Y3LA 2AOCA 2HS2A 5P88A 3UDYA 1SIVA 3UDNA 1QS8A 3QVIA 5P1DA 5P16A 1BDRA 4K9HA 4HVPA 2O4KA 3OUDB 2ZYEA 4GB2A 4FSLA 4L1AB 1QBRA 5P65A 2QI6A 2QU2A 4Y54A 2QHZA 3ZPTA 2QMFA 3FKTA 3HBOA 2G22A 3EM6A 5HDVA 5P7RA 4YE3A 2OHKA 3HVGA 1APUE 1EPOE 4R8YA 5DR1A 5P79A 3H5BA 2UPJA 2O4LA 1B6PA 1A30A 1BVGA 1RNEA 2R5PA 3CMSA 4YD3A 1FKNA 1K6PA 3QI1A 5P8OA 2JE4A 5P81A 1HIVA 4F76A 5P58A 3TPLA 2I4VA 5P0IA 3IA9A 1FIVA 5P2EA 5P6SA 4Y5EA 4ZIPA 3KMXA 2WEAA 1G2KA 5P6KA 4QGIA 3GGUA 1DW6C 5B18A 5OZWA 3OADB 4DJWA 4Y4WA 1KJ7A 2HS1A 2MIPA 5ER1E 4FM7A 1IZHA 3U71A 1A9MA 5P6JA 3INFA 4XX4A 3LNKA 4J0YA 2IDWA 2AIDA 5P5FA 1EC2A 2OHPA 5P1HA 2BPWA 4ZLSA 5HCTA 3OTSA 3URLA 5P76A 4FCOA 3HDKA 4LBTA 4I0IA 2QAKA 5P2YA 3OTYA 4I10A 1Z8CA 5SXNA 1SP5A 2WF4A 4Y5AA 3SPKA 1HPXA 3EXOA 1AM5A 2ZJJA 4F75A 5P89A 3VG1A 4CKUA 2G1RA 4JECA 1A94A 4FL8A 5HTZA 3OQAA 9HVPA 3KT2A 5P4QA 1FG8C 2AVVA 2AOEA 3U6AA 2ZJKA 1QRPE 5P5OA 3ZKXA 4B05A 2WF3A 4HLAA 1B6JA 3N3IA 2QNQA 2WEDA 5P1OA 5IE1A 3OQFA 2AOJA 5ENMA 1HSGA 2AVSA 3VFBA 5AHBA 1T6EX 2B60A 2ZJIA 4L7HA 3KFRA 5OZLA 1RL8A 2WEZA 2PK6A 2I0AA 3R0YA 5P5BA 4GJ5A 5HU1A 5OZTA 3LZSA 5P1SA 3K1WA 5P2BA 5F01A 5COOA 4RVJA 3SQFA 3PSYA 1HVHA 1ZP8A 3SA6A 5P1CA 4I0FA 5EZXA 1HEFE 3RU1A 3TLHA 4YCYA 3R4BA 5P7HA 4Y4AA 4DQHA 2R8NA 5P35A 4MC2A 4Y5KA 5P39A 2WF1A 4I0HA 2QU3A 5P1ZA 2P3BB 1YT9A 5P5LA 5P5ZA 4R5NA 3JVWA 5OZRA 4Y3WA 5P8GA 3ZLQA 1EBKC 1FFIC 5P1TA 1T3RA 1FQ6A 4RRNA 2WHHA 1LF3A 1T7KA 1LF4A 3ZKMA 3KM4A 5P6AA 4FRSA 5P8KA 3UQRA 1HVSA 2PYNA 3NYGA 5P5KA 5C9FA 3URIA 2ZHUA 4L7GA 5P06A 5OZPA 4B78A 4YCTA 2AODA 5P5RA 4RRSA 2QI5A 1EEDP 2SAMA 2QZXA 3TKWA 2OHRA 2Q3KA 3Q3TA 1BWAA 1SGUA 3PMYA 3LZYA 2RKGA 5P5DA 2HAHA 4ACXA 5P4ZA 3O9EA 3OUBA 5P6QA 5OZ1A 3UDJA 2PYMA 3INDA 5OZ9A 4DQGA 5P8MA 5KQZA 1EPNE 1LYBB 1BWBA 3UHLA 5P8AA 5OZCA 1HVIA 2AVQA 2PH6A 3OGQA 1Z1HA 5P3FA 4RROA 3S56A 3HD8A 5P0JA 2I1AA 3NUJA 7HVPA 2V0ZC 3LPJA 4YD6A 5P3ZA 5P6HA 5OZEA 1HOSA 5DQ1A 3L5DA 4OBJA 2NPHA 4PPHA 5P6XA 3EL4A 5P3YA 2ER9E 3CIBA 5I3VA 3PEPA 5P53A 5P1RA 3QVCA 4CPUA 1W6HA 5P1QA 5OZZA 5AHCA 3HZCA 5P2AA 3UFLA 2O40A 5P4OA 1MVPA 5OZ0A 1XL5A 4Y3XA 1LYBA 5P25A 3OXWA 3QPJA 5HVPA 3O9BA 5P8EA 3K5DA 3ZKQA 5P2UA 1FMBA 5P5IA 1XS7D 1K2CA 5P0MA 2JYSA 4B1CA 3UTLA 5P3DA 4LL3A 1ME6A 7UPJA 1ZLFA 3PVKA 4RYCA 4Y3PA 5P2TA 1FQ4A 2Q64A 1SIPA 1JLDA 5AGZA 2JJIA 3UQUA 3GI0A 2BPYA 1FLHA 5P60A 4HEGA 4Y53A 5P4JA 3ZKIA 1OHRA 5DGWA 3LPKA 5AH9A 2G1SA 5P03A 4EQ0A 2HPFA 5P51A 4EP3A 2I0DA 5P5JA 1GVUA 1DMPA 3L5EA 1EPQE 5KR0A 3OXCA 4M8XA 4R93A 3F9QA 3OOTA 3TL9A 4Y4XA 4Y38A 5DQ5A 3TPPA 5KR8A 1HTEA 4QJ9A 1LYWB 5BWYA 4I11A 5P7LA 5P2LA 3APPA 2FDEA 1ENTE 4Y5LA 3OHFA 3KDDA 5OYZA 5P1YA 4Q1YA 1IBQA 1TQFA 3QAAA 5P2KA 3ST5A 1ZTZA 5P4PA 5KQXA 1RV7A 5HE7A 4PYVA 2AVMA 5P2CA 3OAGA 5P85A 2I4UA 1EBWA 4Q5MA 1W5YA 5P3CA 3KFSA 4Y5CA 3NWQA 4LXAA 3MXEA 5P1GA 5P3RA 3UDQA 2O4NA 5P72A 2OHLA 1M4HA 3EC0A 5P27A 2FMBA 4X2LA 3NXEA 1QBTA 4BFBA 3DCKA 1IZEA 1PSNA 1YM2A 5HD0A 5P4UA 2R43A 5UPJA 1MUIA 5P74A 4J1CA 3EKPA 3FIVA 3SA3A 1MTBA 4LXMA 4RCFA 5HE5A 5P31A 5P0YA 1D4SA 2P3CA 5P32A 5P0RA 4Y56A 3S54A 4GJ6A 5OZDA 3VSWA 3CYXA 5P4SA 4B00A 3R1GB 4A6CA 4ZPFA 4OC6B 1EC0A 1DP5A 5P4EA 4B77A 2NMYA 3L59A 4Y3MA 4DFGA 3SM2A 8HVPA 3ZPUA 3TOHA 2BKTA 2Z4OA 5P7OA 5P1MA 2OHSA 1IZIA 2XYEA 2RSPA 4QLHA 2ER7E 2RENA 3IXKA 3GI6A 1MTRA 4Y3GA 2VS2A 5HDZA 4OBDA 2J9JA 2QD6A 3VYFA 4TRWA 6APRE 4OC6A 4Y3TA 5P5SA 2PQZA 3VLBA 3Q6YA 2BQVA 4Y4TA 1D4IA 3SA4A 3RTNA 4JOOA 5P37A 3H0BA 5APRE 3D1XA 3ZKGA 5P6WA 5P6LA 5P3TA 2QMDA 4Y3FA 2QHCA 3OUAA 4Y3ZA 4XX3A 5P2QA 4H3GA 5P4BA 1BBSA 2PSGA 1HSIA 5P2RA 5OZYA 4FRIA 4RLDA 4Z2ZA 3O9AA 3B7VA 3TTPA 3DUYA 2QMGA 1WKRA 5P5TA 1YM4A 5P7QA 1B5FB 5P2WA 3G6ZA 5P5MA 4OBGA 1PSOE 2F81A 3K5GA 5KR1A 5P0DA 2VA6A 5OYVA 5P28A 2R3TA 4OBZB 4EJLA 4H3JA 1CMSA 3INHA 2IS0A 3PBZA 4FRKA 1E80E 3BVBA 3OU4B 5P40A 5P1XA 4I0JA 5P6IA 2NNPA 3EMYA 2ZJMA 3DOXA 4Z4XA 4YDFA 3O99A 1ZJ7A 3UDHA 2FXEA 1MEUA 3PWMA 5P61A 1UH8A 4TRYA 5KR2A 5P8HA 3KF0A 3T7XA 5DR0A 4AA9A 2NMZA 1B6LA 3L58A 2I4WA 4KB9A 4DQFA 5SY2A 1KJGA 5P17A 2QMPA 5BRYA 3KA2A 1APWE 4LXKA 3TPRA 5P7AA 3G72A 4Q1NA 1B5FA 1G6LA 1BXQA 5P0LA 2IENA 4TVGA 3ECGA 3SACA 1LZQA 5P7WA 1FMXA 5P1NA 3OUDA 5P78A 5OZGA 4L1AA 3HVPA 4DJPA 5P3IA 3ZL7A 5P7DA 2APRA 2G21A 1M43A 4CP7A 3QBFA 4DV9A 2HIZA 2ZE1A 5P4MA 1F34A 4J0ZA 2VJ6A 5P2SA 4R95A 5OZOA 2G1NA 5P5NA 3S8IA 5P0OA 4DJOA 1M0BA 3GGXA 3OQ7A 4EJ8A 3OQKA 4EJKA 5P05A 1E81E 1KJFA 1AXAA 1TZSA 3DM6A 3NU6A 3SKFA 5P42A 1SBGA 1BAIA 3R2FA 3WZ8A 5AH8A 1MSMA 4GJ7A 5P0BA 5P7TA 3PM4A 3K4VC 1SH9A 1ODXA 4PZWA 2WF2A 4FM8A 1D4JA 1HTGA 4JPCA 1NPWA 3OADA 3NU3A 3L3AA 5J25A 1IDAA 5P56A 5P71A 2QZKA 4NKKA 3GI5A 4X7IA 1PSAA 5P8FA 3BGCA 3OK9A 3AUPA 4ZPGA 5P2OA 2WL0A 5P4XA 4DJVA 4DI2A 2P8HA 5P1LA 1QBUA 5P3EA 1SDUA 1FQ5A 4A6BA 1EAGA 2AOFA 3HW1A 3FSMA 4APRE 3LITA 3OWNA 3T7QA 3NR6A 5P3PA 4CMSA 4GYEA 1PPME 1FFFC 3N4LA 5DQ2A 3BHEA 3T11A 3O9LB 3SA9A 1XN2A 5P6NA 5P8VA 4H3FA 4Y4ZA 2WEBA 1T7IA 4J1FA 1KJHA 2BJUA 4GMIA 4EJDA 1D4KA 3CKTA 4J1KA 3DV1A 1D4HA 4Y5NA 5OZ4A 3HAUA 1HVLA 3VF5A 4J1HA 5OZ3A 4GJDA 2Q15A 4F73A 5P38A 1F7AA 4Y50A 1T7JA 1ZSFA 2J9KA 1PROA 5P0GA 3VFAA 2OF0A 1SGZA 4EXGA 3D91A 4E43A 1Q9PA 5P45A 5P0EA 4Y37A 5P6ZA 1GVXA 1K1UA 1HTRB 1BXOA 1HPSA 2CENA 4Y36A 4DJRA 5P14A 3O9LA 2QI1A 5P5UA 3VUCA 2IEOA 3PSUA 1HWRA 1PPLE 5P4DA 4Y44A 4EWOA 3M9FA 1YX9A 3RTHA 2HB3A 3QRMA 3SA5A 5C9BA 2F3EA 5P19A 2V16C 5P0AA 1NPVA 3EL5A 2NTRA 3IGBA 2FS4A 4EQJA 3D3TA 4F74A 3SKGA 1TSQA 1NSOA 3LIXA 5P70A 1CPIA 3WB5A 3NDXA 2QI7A 2P3BA 5P5EA 4CPQA 5IVQA 1APTE 4HE9A 4FM6A 3KN0A 5JG1A 5P11A 4Y5BA 5P69A 4EXHA 2OAHA 5I3WA 1MT7A 4YOBA 5P49A 3ZPSA 2G1YA 1MT9A 3R0WA 5ENKA 4OBHA 4ZPEA 2UY0A 1Z1RA 3CICA 5DGUA 2PC0A 5OYUA 3PCZA 4UPJA 5BS4A 1FMUA 1U8GA 4MC6A 4J17A 1IZDA 1DAZC 1QBSA 4R91A 3EL9A 4DJYA 1FQ8A 3WZ6A 2FXDA 4BEKA 1AAQA 5P12A 4DH6A 5P7SA 5OZHA 4RZ1A 5P22A 4J1IA 5P2NA 3EL0A 5P8TA 3O9GA 1NPAA 4TVHA 3BUHA 4Y41A 4Y9WA 2QZLA 5P7YA 2H6TA 3LINA 4Y4GA 1ER8E 4HA5A 4Y5GA 1E82E 5P0NA 5OYRA 1FEJC 1UH9A 3BXRA 5P07A 5P8QA 5PEPA 5P29A 5P8LA 3MSJA 4PZXA 2QD7A 1W5VA 4K4QA 3IVIA 1FG6C 2VA7A 4ER1E 3NDTA 5P2JA 2QK5A 4J5JA 2HB2A 2FLEA 4YOAA 3LPIA 5OZUA 1AJXA 5P52A 5P3XA 3RSXA 3LIQA 1HTFA 1EC1A 3LZUA 5P1WA 3OY4A 2I4DA 1LYAB 5P6DA 3OU1B 4D89A 1BDQA 1BV7A 4D8CA 5P1AA 3RSVA 5C9DA 4PEPA 4B1EA 4ZSRA 4AMTA 2RKFA 4RVIA 2BKSA 5P0FA 5COKA 1HPOA 3L5CA 4J54A 3S7LA 5IVRA 3PHVA 2VIJA 5HDUA 4Y3HA 4U7QA 3T6IA 3NU4A 1UPJA 3QP0A 5P0QA 2VA5A 2ANLA 4GZFA 4FAEA 1PPKE 1EBZA 5P30A 3BC4A 3IXJA 5KOSA 1VIKA 1GVVA 4U7VA 5P68A 4WY1A 1LYAA 2O4PA 5E5JA 1HVCA 3ZOVA 1QDMA 4J0PA 4GJ9A 4QJ7A 4QJ2A 5CLMA 6FIVA 4HDFA 4QJ8A 5JFPA 4XXSA 3LIZA 1HEGE 4Y4DA 2P4JA 5P8JA 1EPPE 3MXDA 2I4QA 3L5BA 2ZJLA 3IN4A 4Y51A 5P80A 5P6VA 1BILA 2ASIA 3K5CA 1LYWA 5P0KA 5CONA 2Q11A 1LF2A 1IDBA 1B6KA 4H3IA 5P50A 5SY3A 3I25A 1FQ7A 4NPTA 3UDRA 4Q1XA 4I0EA 1MPPA 1B11A 3SFCA 3UDPA 4Z22A 3S7MA 4J55A 4CPWA 3EKYA 5P64A 4J1EA 3WZ7A 5JODA 4Y57A 5P5YA 5P48A 5P3JA 5P3QA 4DQEA 4YD7A 5EZZA 4K4PA 4RGHA 3S53A 1HHPA 1HSHA 3CKRA 4I0GA 1AZ5A 3RTMA 3PJ6A 5P1FA 3KDBA 3EBZA 1MSNA 4Y4EA 3S43B 2G1OA 2V12C 4JPEA 5P34A 2ZHTA 3JVYA 5P5WA 3PLLA 2OHQA 4AUCA 2BPXA 3VF3A 1MRWA 2QI3A 3FV3A 4EP2A 3JW2A 2ZDZA 4TRZA 5P6FA 4Y43A 3U7SA 1HBVA 5P1IA 2NR6A 4Y6MA 1HXWA 5P2IA 3KFPA 2IRZA 2QNNA 2G26A 5P8CA 5P3KA 1B6MA 2NNKA 4DPIA 3DK1A 5P6EA 5P10A 3DJKA 2IKOA 3D1YA 2IQGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5E5K A;  1EPL E;  2RMP A;  5P44 A;  2EWY A;  2P3A A;  1ODW A;  1HRN A;  4Y3L A;  2AOC A;  2HS2 A;  5P88 A;  3UDY A;  1SIV A;  3UDN A;  1QS8 A;  3QVI A;  5P1D A;  5P16 A;  1BDR A;  4K9H A;  4HVP A;  2O4K A;  3OUD B;  2ZYE A;  4GB2 A;  4FSL A;  4L1A B;  1QBR A;  5P65 A;  2QI6 A;  2QU2 A;  4Y54 A;  2QHZ A;  3ZPT A;  2QMF A;  3FKT A;  3HBO A;  2G22 A;  3EM6 A;  5HDV A;  5P7R A;  4YE3 A;  2OHK A;  3HVG A;  1APU E;  1EPO E;  4R8Y A;  5DR1 A;  5P79 A;  3H5B A;  2UPJ A;  2O4L A;  1B6P A;  1A30 A;  1BVG A;  1RNE A;  2R5P A;  3CMS A;  4YD3 A;  1FKN A;  1K6P A;  3QI1 A;  5P8O A;  2JE4 A;  5P81 A;  1HIV A;  4F76 A;  5P58 A;  3TPL A;  2I4V A;  5P0I A;  3IA9 A;  1FIV A;  5P2E A;  5P6S A;  4Y5E A;  4ZIP A;  3KMX A;  2WEA A;  1G2K A;  5P6K A;  4QGI A;  3GGU A;  1DW6 C;  5B18 A;  5OZW A;  3OAD B;  4DJW A;  4Y4W A;  1KJ7 A;  2HS1 A;  2MIP A;  5ER1 E;  4FM7 A;  1IZH A;  3U71 A;  1A9M A;  5P6J A;  3INF A;  4XX4 A;  3LNK A;  4J0Y A;  2IDW A;  2AID A;  5P5F A;  1EC2 A;  2OHP A;  5P1H A;  2BPW A;  4ZLS A;  5HCT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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