4AZYA

Design and synthesis of bace1 inhibitors with in vivo brain reduction of beta-amyloid peptides (compound 10)
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
388
structure length
375
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Design and synthesis of beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme (BACE1) inhibitors with in vivo brain reduction of beta-amyloid peptides.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 375
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4azyA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4azyA02
4Y4GA 3APPA 3PHVA 1HVLA 3O99A 2APRA 2XYEA 3F9QA 3Q5HA 3VF3A 5P4LA 3TH9A 3HVGA 4LXKA 3OHHA 1YM2A 4EWOA 5P3KA 2OHQA 4Y3GA 2PH6A 5P3HA 1EAGA 3IVHA 4RROA 2BPVA 1G6LA 4Y3AA 2ANLA 4YOBA 5P3OA 5KOSA 5P85A 2FXDA 3DCKA 1YM4A 5P3IA 5P0QA 1META 4J55A 5SY3A 5P7BA 3O9LA 5P4XA 4EPJA 1ZSFA 3S53A 1Z1HA 5P5BA 6APRE 1BV9A 5P2DA 4DI2A 5OZEA 1QBRA 4ZLSA 3SABA 3UDHA 5P4DA 2I4DA 5P6AA 5P0MA 5P1UA 4RLDA 5P1QA 1HSIA 1K6VA 2ZHVA 3NSHA 5FIVA 1T6GA 3DCRA 5P2NA 3UFNA 3PSGA 5P8AA 3S43A 1HVIA 3TTPA 3O9LB 1EEDP 1SIVA 5P2IA 5P32A 1HVSA 4Y3FA 3TPLA 1FG8C 5P26A 2I4XA 5P3TA 4Q1YA 3EMYA 4HLAA 3KYRA 3LPJA 1D4KA 3FV3A 4Y3MA 5P8LA 1M43A 3EKTA 3VEUA 2G24A 2RKGA 4ZPFA 5P7AA 3OQKA 4CMSA 4B72A 2WHHA 4Y5LA 2OF0A 2QZWA 5P05A 2VA6A 3I8WA 5P71A 3TOGA 4DQEA 4AZYA 4Y5GA 2EWYA 5P8NA 5P1AA 7UPJA 5OZ0A 2NTRA 1BDQA 5HVPA 4GIDA 5P6KA 1K2CA 3NLSA 5P66A 2V10C 3LIQA 2BJUA 3L59A 5HU1A 2RKFA 5P07A 5P5HA 3UDQA 3SM2A 4I0HA 4Y3PA 4Y5EA 4L7HA 1E80E 5P46A 3L5FA 5IE1A 4Y3YA 3U6AA 5P0LA 3T6IA 2QMFA 4EP3A 3S45A 3GW5A 3KMXA 4ER4E 4GMIA 2V11C 5KOQA 2F3EA 4AA9A 5P44A 2Q11A 2R9BA 2G22A 5P2ZA 5P15A 2HC0A 5P62A 4RZ1A 3OQFA 5C9BA 3I7EA 4Y9WA 3HZCA 4FRIA 1FMUA 5P1CA 3LZSA 4CPQA 3NU4A 4ZPEA 2R3TA 3BUHA 1FQ4A 3SO9A 2B8LA 4RRNA 3N3IA 3O9HA 5P3AA 5P3XA 5KR8A 1XE5A 3RTMA 5P3WA 3ST5A 4Y4JA 1HPSA 5P41A 1AM5A 3UDKA 4MC1A 4TVGA 5ER2E 1SBGA 3MSKA 5OZFA 4ZSMA 5P6BA 3EL0A 5OZQA 1SMRA 5P5GA 4DVFA 3OOTA 4RVIA 3APRE 1NPWA 5P7IA 4APEA 1WBMA 3INFA 4LP9A 1HVKA 3URJA 5P30A 2IS0A 1W6HA 5KQYA 3EKWA 5P8OA 4RCEA 2NNKA 1HXBA 3BRAA 2A1EA 3FNSA 1IVPA 4IVTA 4UPJA 3OTYA 2PH8A 4QJAA 3S2OA 5HDVA 4GJ5A 1EC0A 1NPVA 1PPLE 2ER9E 2F80A 1EPME 3K4VC 3HD8A 3RTNA 4B1EA 4RCDA 4Y4UA 5P09A 5DR0A 4ER2E 5P4ZA 2B42A 3OGPA 3OHFA 1LV1A 1W5XA 2AOGA 4EYRA 5P84A 3EM6A 5P42A 4OBZB 4H3GA 1B6KA 4M8YA 3GGAA 1EPPE 5P1KA 1NSOA 3U7SA 1IIQA 3H0BA 1F7AA 5CONA 2HB3A 3OY4A 5B18A 3K5CA 5P2OA 1VIJA 4L6BA 4IVSA 4D89A 5P3EA 4YA8A 4RRSA 2P3BB 2WEAA 4KE1A 3S7LA 1ZBGA 4FE6A 5P8VA 4DV9A 1SGUA 5DGWA 5P7WA 4YD7A 5P7YA 5P31A 1CPIA 4OBGA 3VSWA 4Y5CA 4J5JA 5P2UA 3EM3A 3UDPA 1EC3A 3OXXA 2QP8A 3HDKA 1SGZA 3PMUA 4Y3TA 4DQGA 4N00A 1D4JA 5ISKA 4QLHA 1BXQA 2G1YA 2UXZA 4XX4A 3R2FA 5P38A 4Q1NA 4YDFA 1SP5A 5OZBA 4APRE 3HBOA 2Q15A 2QI4A 3EBZA 3KN0A 5OZRA 1E5OE 3OAGB 4Y48A 1J71A 3L38A 3RSXA 2V00A 2AZ8A 1IVQA 5P0TA 1YTJA 2WL0A 4EJLA 5P5VA 4Y53A 1B5FA 2AODA 2G20A 2V0ZC 3IXJA 4DJXA 5P2JA 1HTGA 4GJ7A 4JOOA 5P48A 4B1CA 5P0NA 5DPZA 1SH9A 3NDXA 1XN2A 4DJQA 1QS8A 3TLHA 1SDTA 3ZKGA 1FB7A 2ZHUA 5P01A 1HBVA 3O9AA 4D8CA 4NKKA 5P7DA 3EL9A 2QMGA 5KR2A 5P2GA 2PYMA 2WF4A 1LF4A 2AVOA 1MT8A 2G94A 5P7FA 5P67A 5P1YA 4Y4TA 1B5FB 1AXAA 5P6IA 1W5VA 3SFCA 3VYDA 3BVAA 3QP0A 5P08A 1ZPKA 4ZSQA 5P5EA 1GVUA 1PROA 5P13A 4Y4AA 4A6CA 5BS4A 3HAWA 3HAUA 4EXGA 2QZLA 5EZZA 1BWAA 4U7QA 3QVIA 4Y35A 3PSUA 2OHLA 4PZXA 5P59A 3KDCA 1A9MA 3VV7A 3BGBA 1TCWA 5P2BA 1HSGA 4D88A 5OYUA 2O4SA 2VJ7A 1G2KA 3UTLA 4B78A 1C6YA 4FLGA 3VLAA 2IKUA 3IGBA 5P0XA 3PJ6A 3INDA 5P29A 5P4NA 5P3DA 3SM1A 5P8DA 2ER6E 3ECGA 3B80A 5E5KA 4AA8A 3UDYA 5J25A 2OHRA 2G1RA 2ZJHA 3WZ6A 4YBIA 3PM4A 1HOSA 5P8IA 4ZEAA 5DQ5A 2HIZA 5P55A 3PMYA 1W5YA 3H5BA 5P02A 2NNPA 4FAFA 5P0BA 3R4BA 5P5PA 3EKPA 4TVHA 3CIDA 5P1GA 1FG6C 4I12A 1B11A 1ME6A 5P00A 3EM4A 3SA6A 3SKGA 4Y4XA 3SA8A 5P4UA 4DJRA 4R5NA 4OBHA 2I1AA 2WEDA 3WSJA 4Y3RA 3T11A 4J54A 4NPTA 5P6UA 5P86A 5HDUA 2J9KA 5OZ1A 1RPIA 2VJ6A 2VJ9A 3D1ZA 1HTRB 5P8HA 3R0YA 3O9CA 4DJUA 2FGVA 1XDHA 5P7LA 4Y57A 2H6SA 1IZHA 3PB5A 5P75A 2V16C 2FMBA 7HVPA 4JPCA 2G1SA 5P1DA 2IGXA 2I4VA 3OGQA 5P2YA 1EC2A 1ZLFA 2JE4A 5P27A 1LF3A 6FIVA 5P6MA 1LYBA 1EPQE 5P4GA 2IDWA 2R5PA 5P68A 5P1TA 5P1LA 3KT2A 2VIZA 3NDWA 2ZJNA 5P3PA 2Q5KA 3L5EA 4KE0A 2QI5A 3AUPA 3LPIA 5P3MA 5P0FA 3S7MA 5OYYA 3UQUA 5OZAA 5P79A 1GVVA 3ER5E 4GJCA 4J17A 2IGYA 5P24A 4B77A 1C70A 5C9FA 4OD9B 5P1XA 4JP9A 1AZ5A 1C6ZA 2VNMA 2ZJIA 3PI0A 5P2TA 1K6TA 3VF5A 1FEJC 2IEOA 3GGXA 5P7QA 2Q54A 2VS2A 4RVJA 5AH8A 3LZVA 1HPVA 1AAQA 5KAOA 5OZNA 4YD6A 3ZLQA 3PCWA 1D4LA 3QPJA 1LF2A 1XN3A 5CLMA 4J0VA 4YDGA 2AVSA 1OD1A 4K4PA 1LYWB 2QD7A 5BRYA 1HTFA 2QHYA 2CEMA 4Y51A 5AHBA 1FIVA 4Z50A 2O4LA 3UQXA 2AVMA 3QROA 2F8GA 2QZXA 3OXCA 5P4CA 2I4QA 3JVYA 5KQFA 3URIA 1A94A 3PEPA 5P0JA 4GZFA 5ENMA 4YD4A 2OHSA 3K4VA 5P0EA 5P0WA 5P4MA 1RL8A 4L7JA 5P7SA 3PWRA 2AOIA 3OADA 1ODWA 1SIPA 2AIDA 2VIJA 4CPXA 1OHRA 1WKRA 1LEEA 2F3FA 3UF3A 5P22A 4DQHA 4EXHA 5P4YA 5P7JA 1OEXA 3OUCA 2PK6A 5P47A 4Z4XA 5P2CA 1GVTA 4OC6A 3JW2A 2I4WA 5P8CA 5P1FA 2AZ9A 2QMDA 1APVE 5P65A 2WEZA 3KM4A 2AVQA 1TSQA 5COOA 3IAWA 5P18A 5P5JA 2FDPA 5OZLA 3LHGA 5HD0A 2FNSA 4DJPA 3VUCA 3UHLA 1IDBA 5P0IA 2NPHA 5P7KA 3MSLA 1RNEA 5P4VA 5P1ZA 5P6VA 2PQZA 2PMAA 5P2EA 1IZIA 3IVIA 5OZ6A 3A2OA 5DR4A 4QJ2A 3EL4A 4YD3A 4CPUA 4I11A 3KFRA 1YTGA 3GI0A 3S43B 3KFNA 5P3RA 5P2SA 3C9XA 1BBSA 5P5DA 5OZWA 2PSGA 5P17A 5P6OA 1BDLA 2A4FA 5SY2A 4J1EA 4Y4DA 4K4RA 3PVKA 3TOHA 4DUSA 1TW7A 1DMPA 3PRSA 3U71A 2ZHSA 4GJ6A 2G21A 1F34A 2QNPA 3OU4A 3AIDA 2QU3A 2R38A 2R5QA 5P0SA 3NWXA 4DJVA 1HEGE 3KF0A 4EP2A 5P2LA 2WKZA 1Q9PA 3QN8A 2HB4A 5P2QA 3CYXA 2WJOA 3UCBA 4J1IA 2FS4A 5OZ9A 2AQUA 2AZCA 2IENA 3K5FA 1FQXA 3ER3E 2BPYA 5P5MA 2QZKA 5P5IA 5OZ8A 3D1YA 5OZVA 4J1FA 4OBFA 1DIFA 5P54A 3EL1A 3VF7A 3BVBA 2QU2A 1T7IA 1FF0C 5P50A 2BB9A 4GJ8A 3LZUA 5P5RA 5P64A 5P3LA 4FSEA 2P3DA 4Y54A 5P1NA 2OAHA 5IVQA 1DP5A 4HVPA 5P28A 5P6JA 4Y4ZA 1LYAA 3VV6A 1D4YA 1FQ5A 4RVXA 3EKVA 4R92A 4YHQA 3ZKNA 2Z4OA 3OUDA 3ZL7A 4PEPA 2QI0A 2ZHRA 3UPJA 2P83A 3BXRA 4MC6A 5EZXA 4Y3SA 5P0PA 2AVVA 2CENA 1MTBA 1HIVA 5P1RA 5P5CA 5P10A 3O9BA 4BFDA 1EPLE 4Y38A 5P6PA 3GI6A 5P7OA 3ZPUA 1KJFA 3EKXA 5P2MA 5P80A 4FCOA 1YT9A 1YTIA 4R93A 5P3YA 4NJVA 5P57A 5P5SA 3EKYA 4LXAA 1MUIA 5P8JA 2OHPA 2OHTA 5P37A 2QI6A 2I4UA 5P0UA 2AOCA 3VYEA 5P1IA 4FIVA 4LHHA 5HCTA 5P20A 3D20A 3ZPSA 1HVCA 2Q55A 4FL8A 3LIYA 1ZAPA 3EL5A 5KQXA 2HS2A 2B7ZA 4I10A 4Y4WA 3PWWA 4CPSA 2UY0A 5P0ZA 3CMSA 1T7KA 3Q70A 3IXKA 3T7PA 2RENA 2NXLA 3QS1A 3S54A 5OZIA 5AGZA 2AOEA 3DV1A 4PYVA 4R91A 5P4IA 9HVPA 2Z54A 2R8NA 5OYTA 1GNMA 5P7RA 1LZQA 1TQFA 1FQ8A 5HU0A 4I0DA 4DJWA 5OZSA 1EBYA 2O4NA 3OU3A 5IVSA 5KR0A 1EPNE 1HPOA 4QJ6A 4A4QA 1VIKA 3BC4A 4J0ZA 5P63A 3K1WA 3OUBA 5P4EA 4A6BA 5I3VA 4BFBA 3EC0A 5P6SA 4YBFA 5F00A 3NYGA 3INHA 1QRPE 1FKNA 3O9FA 5P4FA 5P23A 5P5QA 5P1EA 5DR1A 5P5XA 2ZJLA 4HZTA 2QNQA 5SZ9A 1W51A 5P19A 1PSOE 4PZWA 4CPRA 3NDUA 5P4AA 4QGIA 2P3CA 1G0VA 3BHEA 5OZ5A 5P52A 5OZHA 4Z22A 4GJ9A 2QD6A 2QHCA 2R43A 2IKOA 2OHUA 4F73A 5P5WA 5P8SA 5AH6A 3VSXA 1FGCC 4KB9A 4Y5MA 4Y4BA 3SA9A 5P3JA 2FGUA 3VYFA 1ZTZA 4M8XA 4Y56A 3MWSA 3SQFA 5OYWA 3SACA 2QCIA 5P83A 3KT5A 3ZKIA 5P7XA 2XYFA 5P34A 4DH6A 1MESA 2OHKA 3MSJA 1ZJ7A 1EPRE 2ASIA 3NXNA 5P1OA 5P8FA 3NWQA 5P6LA 3PLDA 3NXEA 5PEPA 4Y3ZA 5P0AA 2VNNA 4E43A 2FDEA 1HVJA 4DQFA 2VIEA 4B70A 3WB5A 3O9IA 4OBDA 4Y3JA 2BPZA 3CKTA 3G6ZA 1JLDA 1AJVA 1BWBA 1ZSRA 5P5FA 5P12A 5P6HA 5P2FA 2WECA 5P7UA 2JJIA 2B60A 4XX3A 1EBWA 4Y3XA 5C9DA 2Q64A 4I1CA 3CKPA 3SPKA 1UH7A 1UH9A 5OZKA 2RSPA 3HLOA 1BAIA 5P0YA 4B00A 5P7HA 4ZE6A 5P6WA 1EBZA 1W50A 3QIHA 4J0TA 1HXWA 4LXMA 2HPEA 5UPJA 5P6XA 3NDTA 1HVRA 5P3SA 1APTE 1DW6C 5P8TA 1HSHA 3ZMGA 5F01A 3NR6A 1ZPAA 1HPXA 4X7IA 5I3YA 1D4HA 3LIXA 3FKTA 4I0FA 3KDBA 5P8PA 4FSLA 2FXEA 4LC7A 5P0HA 3T3CA 5P0RA 4TRZA 2ZDZA 5P89A 4WY6A 5OYSA 4X2LA 5P3NA 1HEFE 2XFIA 1PPKE 3PBZA 1K1UA 2IL2A 1QBTA 5P4TA 4GYEA 1MSNA 3DK1A 5OZOA 2V13A 3T7QA 5I3WA 3KFSA 5P11A 5P56A 5P0VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y4G A;  3APP A;  3PHV A;  1HVL A;  3O99 A;  2APR A;  2XYE A;  3F9Q A;  3Q5H A;  3VF3 A;  5P4L A;  3TH9 A;  3HVG A;  4LXK A;  3OHH A;  1YM2 A;  4EWO A;  5P3K A;  2OHQ A;  4Y3G A;  2PH6 A;  5P3H A;  1EAG A;  3IVH A;  4RRO A;  2BPV A;  1G6L A;  4Y3A A;  2ANL A;  4YOB A;  5P3O A;  5KOS A;  5P85 A;  2FXD A;  3DCK A;  1YM4 A;  5P3I A;  5P0Q A;  1MET A;  4J55 A;  5SY3 A;  5P7B A;  3O9L A;  5P4X A;  4EPJ A;  1ZSF A;  3S53 A;  1Z1H A;  5P5B A;  6APR E;  1BV9 A;  5P2D A;  4DI2 A;  5OZE A;  1QBR A;  4ZLS A;  3SAB A;  3UDH A;  5P4D A;  2I4D A;  5P6A A;  5P0M A;  5P1U A;  4RLD A;  5P1Q A;  1HSI A;  1K6V A;  2ZHV A;  3NSH A;  5FIV A;  1T6G A;  3DCR A;  5P2N A;  3UFN A;  3PSG A;  5P8A A;  3S43 A;  1HVI A;  3TTP A;  3O9L B;  1EED P;  1SIV A;  5P2I A;  5P32 A;  1HVS A;  4Y3F A;  3TPL A;  1FG8 C;  5P26 A;  2I4X A;  5P3T A;  4Q1Y A;  3EMY A;  4HLA A;  3KYR A;  3LPJ A;  1D4K A;  3FV3 A;  4Y3M A;  5P8L A;  1M43 A;  3EKT A;  3VEU A;  2G24 A;  2RKG A;  4ZPF A;  5P7A A;  3OQK A;  4CMS A;  4B72 A;  2WHH A;  4Y5L A;  2OF0 A;  2QZW A;  5P05 A;  2VA6 A;  3I8W A;  5P71 A;  3TOG A;  4DQE A;  4AZY A;  4Y5G A;  2EWY A;  5P8N A;  5P1A A;  7UPJ A;  5OZ0 A;  2NTR A;  1BDQ A;  5HVP A;  4GID A;  5P6K A;  1K2C A;  3NLS A;  5P66 A;  2V10 C;  3LIQ A;  2BJU A;  3L59 A;  5HU1 A;  2RKF A;  5P07 A;  5P5H A;  3UDQ A;  3SM2 A;  4I0H A;  4Y3P A;  4Y5E A;  4L7H A;  1E80 E;  5P46 A;  3L5F A;  5IE1 A;  4Y3Y A;  3U6A A;  5P0L A;  3T6I A;  2QMF A;  4EP3 A;  3S45 A;  3GW5 A;  3KMX A;  4ER4 E;  4GMI A;  2V11 C;  5KOQ A;  2F3E A;  4AA9 A;  5P44 A;  2Q11 A;  2R9B A;  2G22 A;  5P2Z A;  5P15 A;  2HC0 A;  5P62 A;  4RZ1 A;  3OQF A;  5C9B A;  3I7E A;  4Y9W A;  3HZC A;  4FRI A;  1FMU A;  5P1C A;  3LZS A;  4CPQ A;  3NU4 A;  4ZPE A;  2R3T A;  3BUH A;  1FQ4 A;  3SO9 A;  2B8L A;  4RRN A;  3N3I A;  3O9H A;  5P3A A;  5P3X A;  5KR8 A;  1XE5 A;  3RTM A;  5P3W A;  3ST5 A;  4Y4J A;  1HPS A;  5P41 A;  1AM5 A;  3UDK A;  4MC1 A;  4TVG A;  5ER2 E;  1SBG A;  3MSK A;  5OZF A;  4ZSM A;  5P6B A;  3EL0 A;  5OZQ A;  1SMR A;  5P5G A;  4DVF A;  3OOT A;  4RVI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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