4AZYA

Design and synthesis of bace1 inhibitors with in vivo brain reduction of beta-amyloid peptides (compound 10)
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
388
structure length
375
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Design and synthesis of beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme (BACE1) inhibitors with in vivo brain reduction of beta-amyloid peptides.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 375
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4azyA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4azyA02
3VYEA 2QMGA 2PYNA 4B72A 4OBGA 4RZ1A 4Y3JA 1EC1A 5OZSA 5P8NA 1RNEA 1EPOE 3VG1A 1Z1HA 4EPJA 3CYWA 1AAQA 4Z50A 3SA7A 5P6IA 3L5EA 4LC7A 4J0ZA 5P5VA 4MC2A 4OBHA 1K2CA 4TVGA 3PM4A 5P7CA 4TRWA 5P0SA 1EPNE 4L6BA 3SPKA 5P8BA 3SA8A 5P8OA 1HTRB 5I70A 3D1ZA 5OYTA 5P7KA 5P7TA 3GI0A 4Y9WA 2APRA 3Q70A 4F73A 3PSGA 1HVSA 1EBYA 5P4OA 3NU3A 4LP9A 2QNQA 2ER9E 1A9MA 3SKFA 5P58A 3KT5A 5P8IA 2QP8A 1ZAPA 2BJUA 1BWBA 3U71A 2OHQA 2R9BA 5P27A 3EL9A 5P3FA 3VF7A 4LXKA 5P84A 3OQFA 1NPAA 2PSGA 4Q1WA 3OK9A 4Y5CA 3ZKSA 1K1TA 4J0TA 5P4RA 1ZLFA 5P6DA 1OEXA 2ZJMA 5OZXA 3NDXA 5P2DA 5P0TA 5P48A 4F75A 5P3ZA 5P53A 4CPXA 4A6BA 5OZZA 5OZ7A 3Q4BA 3K5FA 4I0DA 4DJUA 5P5ZA 4I1CA 5P6BA 3UPJA 2HC0A 1TQFA 3B80A 1PPLE 5OZQA 4PYVA 2G1RA 5E5KA 4EJ8A 2O4SA 5P89A 5TOLA 1TCXA 5OZ2A 4I10A 5P4UA 3H5BA 4NPTA 1KJFA 3NXEA 5P8AA 4Y3HA 5OZNA 3SAAA 2FDEA 2VA5A 3KDBA 5DQ1A 4Y51A 5OZEA 5P0QA 4FSLA 1ODWA 5P7NA 1JLDA 5JODA 1UH9A 3ZKXA 3PJ6A 1W6IA 4J1EA 5P0UA 5P12A 5P5SA 2I4UA 3LZUA 5P2OA 2IEOA 4HVPA 3Q5HA 5ER2E 3LIXA 5IS4A 5P8RA 5P19A 5P1MA 3OUDB 3PHVA 2QD8A 5P7VA 2G1YA 1CZIE 3S43A 3NSHA 2VKMA 1D4SA 2G22A 3UDRA 4JP9A 3WSJA 5OYSA 1IBQA 3LNKA 2V00A 4Y3XA 5P6QA 4DVFA 5P2MA 1HRNA 4EQ0A 2JYSA 1DIFA 5P1CA 5P7WA 1MT7A 2PSUA 4HDPA 5P07A 2IKUA 5P2YA 2HPEA 2NNKA 5OZIA 1OHRA 1Q9PA 5P05A 1GNMA 3DV5A 5IVRA 1E5OE 2VNMA 4FAEA 2Q11A 4Q1XA 5P0VA 2WJOA 3ECGA 1MESA 1XN3A 2BPXA 4M8YA 5P83A 2O4KA 1K6PA 4ER2E 3TH9A 1HSHA 3T7QA 1SDTA 3BXRA 1AJVA 2BPVA 4BEKA 4PHVA 4DJWA 1GVXA 2P8HA 2O40A 4YD3A 4Y4GA 1HTGA 4Y4XA 1LV1A 5P6RA 2OHKA 4Y5AA 3OUCA 3QVIA 5P3NA 5OZLA 5P00A 5FIVA 2QI4A 5P46A 5P0CA 4DPFA 5HE4A 5HE7A 4J1HA 3IGBA 5P55A 2ASIA 1PSOE 3UDJA 5P1EA 2ER6E 2V13A 3CYXA 5P0ZA 2I4XA 2WEZA 1BDRA 5P4KA 3UDMA 1M43A 4GMIA 1VIJA 2HB2A 4ZPEA 3K5CA 3BUGA 1YTJA 5AHBA 3NLSA 3UDHA 4DFGA 5P09A 5P73A 3LPJA 2QU2A 4EQJA 4B70A 5P0DA 4CPTA 2QMPA 1BDQA 2WEAA 1BVGA 5P82A 5P8GA 3EL0A 2QI5A 4L7HA 5AHAA 3FNTA 5P2RA 2JXRA 3DV1A 5P6YA 4YCYA 5P68A 3EBZA 5UPJA 4DJOA 5KOQA 4FS4A 1IVPA 5P5UA 4FSEA 4Y36A 5P4DA 5P1FA 4KE1A 4Y44A 5P24A 3LZYA 5P4EA 4GJDA 2OHMA 1IZHA 3QAAA 4FLGA 2FNSA 1HVHA 2QZWA 5KOSA 2BQVA 4Q5MA 1ZPKA 3VV7A 4Y41A 4KUPA 2G1SA 3SA5A 1YTGA 5P0RA 5P2CA 2IENA 4DJRA 3L3AA 5HDXA 4I8WA 4OC6A 4ZLSA 1BIMA 5P7GA 5I3XA 2OHUA 3S8IA 1FFIC 1A8KA 4D85A 3QIHA 4J17A 5AH7A 4GJ7A 5BRYA 2H6SA 4ER1E 4Y3WA 3SA3A 3OWNA 3VLBA 3KFSA 3BRAA 4BFDA 3HAUA 4DI2A 3BC4A 3I2LA 3WB4A 3SQFA 4H1EA 1HVRA 5P7DA 5P6JA 1B11A 3ZKGA 4OD9A 5P2AA 4LBTA 5EZZA 3UQRA 1MPPA 2RMPA 2WL0A 1YTHA 4R95A 3VSXA 5P6NA 4YA8A 5P1TA 4ZSPA 1ZSFA 3PEPA 5P85A 2IDWA 3IN3A 3OOZA 5P0YA 1ZP8A 2AVVA 4GJ9A 2JJIA 1KJ4A 3QVCA 5P1BA 1LEEA 3SA6A 3NWQA 4OBZA 1YM2A 1W50A 4FRIA 4ZEAA 2AOGA 4XKXA 2P4JA 4OC6B 5P7BA 4Y48A 4H3FA 1FMXA 1B6JA 5P8UA 5P08A 2R3TA 5P2BA 4DJPA 5P2HA 4GJ6A 3KMYA 1MTBA 4AA8A 3OAGA 3OY4A 4Y4JA 1MSMA 5HU1A 5P1WA 5P7UA 3OOTA 1T7JA 4Y53A 2FXDA 2J9JA 3GI4A 5P1XA 1T3RA 5OZ1A 2WF2A 3PCWA 2NNPA 5P1NA 2G21A 2BKSA 3EKXA 5ISJA 1LYAA 2H6TA 5P4TA 5P6TA 1HEFE 4FIVA 3KM4A 3PI5A 1GKTA 5P87A 4FAFA 1BXOA 2FDDA 4X7IA 5BS4A 5P2WA 5P49A 3O9BA 3M9FA 3KMXA 3EM6A 5P79A 5OYXA 5P0BA 5P5WA 3EM4A 5P0HA 5P25A 5P40A 5P66A 1NSOA 4GIDA 5P81A 4OBZB 5P3UA 5DGWA 2G69A 2V11C 3OHHA 5OZTA 4Y37A 1BBSA 4HDFA 3I6OA 2XFIA 3QROA 5P50A 5P1KA 3OAGB 1UPJA 5P3CA 5P5DA 3EMYA 1TCWA 3QS1A 4IVTA 3OU1A 5P45A 2ZJLA 1GVVA 1N49A 2J9JB 1A8GA 2ZYEA 5OZPA 5P26A 2AODA 5OZ3A 4PEPA 3K4VC 3PWMA 4LHHA 5P65A 5SZ9A 5P0XA 1LYAB 2AOFA 3KDCA 5P42A 5P47A 2QI7A 2F81A 4FCOA 3CIDA 1FMUA 5P5GA 1QBSA 5P5TA 1AZ5A 2P3BA 5P32A 2ZJNA 1EPQE 4Q1YA 5P4NA 3IXJA 2P3DA 4QGIA 4Y4WA 2HB4A 5P6OA 5HVPA 1MTRA 5P7SA 2QD7A 3GGXA 1VIKA 3UFLA 5C9BA 4DQGA 3NU4A 5IE1A 5KQYA 2Z54A 4RVIA 4QJ7A 5P5QA 5P52A 3EKYA 2WHHA 2B7ZA 3TL9A 3IA9A 3N3IA 3SA9A 3LZVA 5P2KA 1KJGA 5P1PA 5DR4A 5C9DA 5I3WA 4QJ8A 1T7KA 3OU1B 5P1SA 1W5XA 5P3YA 1G0VA 5HDVA 2PH6A 2OHTA 5P37A 5P4CA 4APRE 4YDGA 4D83A 2HS1A 4APEA 3CICA 3TPJA 2NMZA 5IVTA 3UQPA 3C9XA 5P5LA 2P3BB 1PPME 3GI6A 3LIZA 2RENA 3L5DA 5OZOA 3WZ6A 5OZRA 2QMFA 1NPVA 3UDKA 4Y4DA 4I0GA 3FNSA 1EC0A 5IVSA 4Y5EA 3SFCA 4YHQA 2QI3A 5P4ZA 4DQFA 4DJYA 4ZIPA 2VA6A 3F9QA 5HDUA 4MC1A 1FQ5A 5P4IA 1HXWA 4GB2A 3T11A 2WF3A 3HBOA 3INDA 3UFNA 3INHA 3O9CA 5P3BA 4QJ9A 5P34A 1FG6C 5P1ZA 5P41A 2RSPA 3A2OA 4ER4E 5JFPA 5OYQA 2AVQA 2PH8A 3HW1A 5P4QA 1PSNA 4QJAA 2WEBA 3BHEA 5P1VA 4DJVA 3UDYA 5OZVA 4DH6A 1MVPA 3TPPA 1DP5A 5P4JA 5P23A 5HDZA 5DR8A 4DQCA 3PLDA 3PSUA 5P62A 2O4NA 3QI1A 5P4XA 1HWRA 4Y38A 3I8WA 5P1AA 3UTLA 5P10A 5P6SA 3APRE 5P8CA 3INFA 3OUDA 4J1FA 3OGPA 3S2OA 1PFZA 4J54A 1LF2A 2FGVA 4LXMA 1OD1A 4HZTA 4CMSA 1SDUA 4HDBA 2J9KA 3EM3A 2UXZA 2AOIA 3OADB 3T3CA 2CEMA 4WTUA 3FV3A 5P4LA 3UQUA 1EPRE 2CEJA 5P4AA 4Y3YA 2OHNA 5ISKA 5P2UA 3EKVA 1FGCC 1AJXA 4XX4A 1K6CA 5P7PA 1J71A 2CENA 4Y5GA 3DUYA 2Q64A 3ZPSA 3NDTA 1G6LA 2G94A 3KT2A 3LZSA 3NU9A 5P54A 2NXMA 4Y3NA 5P8FA 2WF1A 5COOA 1GVUA 1RL8A 1YT9A 3G70A 5P1LA 4B78A 5P0IA 4S1GA 3DCKA 4R92A 1GVTA 4K4PA 5CLMA 4Y54A 1B6PA 2V10C 2B8LA 1ODYA 1QBTA 2I0DA 5P18A 1EBWA 4Y3EA 5P01A 2PWCA 1BWAA 2FXEA 3RSXA 2FDPA 4QJ2A 3OHFA 5P5BA 4Y5LA 2AOCA 4EXHA 2OHLA 1MEUA 2R5QA 3HVPA 5P2QA 4B0QA 3PBDA 4FGXA 1HTFA 3O9DA 4Y58A 5OZHA 2BBBA 4HLAA 1HSIA 4F74A 3EC0A 2Q3KA 4Y39A 3O99A 1HSGA 3PB5A 5P6UA 2Z4OA 2G20A 4GJ8A 4Y3DA 3G6ZA 5APRE 5P77A 5P7XA 2IKOA 5P5CA 4Z2ZA 1FIVA 3PCZA 3UQWA 4H3JA 3OQAA 2BPWA 4GZFA 5OZAA 5P30A 4PZWA 4YDFA 1FFFC 1HXBA 3WB5A 5P15A 1EC3A 1M0BA 3KYRA 1D4KA 1FMBA 5I3VA 1IZDA 5P06A 2BB9A 4Y3SA 4AA9A 3IAWA 3O9HA 3VYDA 4I0JA 4Y4UA 3VFBA 5P2GA 1SIPA 3GGUA 4PZXA 5DPZA 5P8VA 5OYRA 4DQBA 3VF3A 4B1DA 1YX9A 4LL3A 5P4WA 5P7LA 2NXLA 1E82E 5P4GA 3R0WA 3VCMA 4FM6A 1HPVA 4BELA 2ZHUA 2I4VA 5P3SA 4FRJA 1FF0C 1B6LA 3OUBA 2V0ZC 3S45A 4YBIA 3BVAA 3NDUA 3TPLA 2IRZA 2A4FA 4J1KA 2I4QA 3TPRA 1SBGA 1HTEA 5COKA 2FGUA 4MC9A 3L5FA 3TLHA 4EXGA 5P78A 5P0JA 4UPJA 1APUE 4Y4AA 4EJDA 1PPKE 3NU6A 3QRMA 5CONA 5P3QA 5P6MA 5P11A 5P8PA 3TKWA 3MXDA 2ZJKA 2B8VA 2AZ9A 2V16C 5OZMA 3O9EA 3SM2A 1XL5A 1META 3ZL7A 1HIIA 5P8MA 5I3YA 3IXKA 3TOGA 5P6EA 1APTE 2O4LA 4MC6A 1UH8A 4JPEA 4Y3AA 5P1GA 2AVOA 3HZCA 2ZHTA 3QRSA 5P3AA 4CKUA 5P33A 3UQXA 1XN2A 5P17A 5P6GA 3L38A 1IZIA 2WECA 3R1GB 2P83A 4RLDA 1MT8A 5P1QA 1APVE 4J5JA 4YCTA 4J1CA 4E43A 5KQZA 5P04A 1ME6A 3S85A 5P6WA 5P3MA 1B5FA 1YTIA 2HIZA 5OZBA 4RROA 3EL4A 4J1IA 7HVPA 2G27A 2PWRA 3O9IA 2OF0A 5P2TA 5P3IA 4WY6A 1FEJC 3Q6YA 3KFNA 1IZEA 3BGCA 4EYRA 4DV9A 2FNTA 5P1JA 4FM8A 3CIBA 1HPXA 2VIZA 3PGIA 5P7MA 4GJAA 4YD5A 3ZPUA 1BILA 5P29A 1W5VA 5P64A 1IDBA 5P8QA 1W5WA 2QK5A 1SP5A 5P70A 3QPJA 3VV8A 4I0HA 2G1NA 3TKGA 6FIVA 3UCBA 3PVKA 4I8ZA 4Y6MA 4YD6A 1TSUA 5P2VA 3AUPA 1Z1RA 4Q1NA 3SACA 1KJHA 5P6PA 3HLOA 1ODXA 3O9AA 3SABA 2JJJA 1B5FB 4KE0A 1K2BA 6APRE 1HVCA 3LHGA 4Y35A 3SLZA 1YM4A 1AVFA 1IDAA 2ZJJA 4YOBA 5KAOA 3D20A 3OXCA 5P0LA 5P8LA 2AVMA 4FRSA 1DW6C 2QI0A 5P2JA 4B1CA 2ER0E 1RV7A 5OYWA 5P31A 2UY0A 1RPIA 2F80A 5P6XA 5OZFA 3SM1A 5P1RA 4J0VA 1AXAA 5P5NA 2IS0A 5P5IA 3NYGA 5P4YA 3ZOVA 1SDVA 1EPPE 5OZKA 4AUCA 2ZJHA 3D3TA 1XS7D 1HOSA 5P7QA 4EP3A 1QS8A 3IVIA 3UDNA 3S7MA 2VIYA 4Y4EA 2Q15A 1ENTE 2NXDA 4RYGA 4ACXA 5AH8A 3G72A 4NKKA 3ZMGA 3HAWA 1PSAA 8HVPA 3UF3A 1WKRA 1D4YA 2IGYA 3WZ8A 4CPUA 5P0EA 1HHPA 5DQ2A 2Q54A 1FB7A 3UDPA 1DAZC 5P67A 5P5AA 1ER8E 1AIDA 2ZHVA 3VUCA 4JPCA 1ZJ7A 2G24A 5OZ9A 4LXAA 2OHPA 5T4SA 5OZ5A 1FQ4A 5P6VA 5P22A 5P0OA 2VIJA 2ZHRA 3IXOA 2V12C 5DQ5A 3CKTA 2QZXA 5P1UA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VYE A;  2QMG A;  2PYN A;  4B72 A;  4OBG A;  4RZ1 A;  4Y3J A;  1EC1 A;  5OZS A;  5P8N A;  1RNE A;  1EPO E;  3VG1 A;  1Z1H A;  4EPJ A;  3CYW A;  1AAQ A;  4Z50 A;  3SA7 A;  5P6I A;  3L5E A;  4LC7 A;  4J0Z A;  5P5V A;  4MC2 A;  4OBH A;  1K2C A;  4TVG A;  3PM4 A;  5P7C A;  4TRW A;  5P0S A;  1EPN E;  4L6B A;  3SPK A;  5P8B A;  3SA8 A;  5P8O A;  1HTR B;  5I70 A;  3D1Z A;  5OYT A;  5P7K A;  5P7T A;  3GI0 A;  4Y9W A;  2APR A;  3Q70 A;  4F73 A;  3PSG A;  1HVS A;  1EBY A;  5P4O A;  3NU3 A;  4LP9 A;  2QNQ A;  2ER9 E;  1A9M A;  3SKF A;  5P58 A;  3KT5 A;  5P8I A;  2QP8 A;  1ZAP A;  2BJU A;  1BWB A;  3U71 A;  2OHQ A;  2R9B A;  5P27 A;  3EL9 A;  5P3F A;  3VF7 A;  4LXK A;  5P84 A;  3OQF A;  1NPA A;  2PSG A;  4Q1W A;  3OK9 A;  4Y5C A;  3ZKS A;  1K1T A;  4J0T A;  5P4R A;  1ZLF A;  5P6D A;  1OEX A;  2ZJM A;  5OZX A;  3NDX A;  5P2D A;  5P0T A;  5P48 A;  4F75 A;  5P3Z A;  5P53 A;  4CPX A;  4A6B A;  5OZZ A;  5OZ7 A;  3Q4B A;  3K5F A;  4I0D A;  4DJU A;  5P5Z A;  4I1C A;  5P6B A;  3UPJ A;  2HC0 A;  1TQF A;  3B80 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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