4B00A

Design and synthesis of bace1 inhibitors with in vivo brain reduction of beta-amyloid peptides (compound (r)-41)
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
388
structure length
375
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Design and synthesis of beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme (BACE1) inhibitors with in vivo brain reduction of beta-amyloid peptides.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 375
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b00A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b00A02
4X7IA 3OU4B 4EP2A 3FNTA 5P46A 1IBQA 1EPME 5P5GA 4DQHA 4FRJA 3ZKMA 2AZ9A 3QRVA 5P3ZA 4APEA 3OQKA 3NLSA 5P11A 1QDMA 3A2OA 2JJIA 5P2CA 1GNNA 2Q55A 3R4BA 2QMDA 1BBSA 5P3BA 1QBUA 5P4FA 1IZIA 5P12A 1LF2A 4Y3WA 2QP8A 5OZYA 4DJRA 2NXMA 1EPNE 5P6VA 1FIVA 5P6PA 4I8ZA 3SO9A 1FMUA 5P5XA 2QNPA 1G6LA 4DUSA 1HSIA 5OZ1A 4R92A 4CPTA 5P2QA 2JXRA 3O9FA 3UDPA 1BDLA 4DJOA 3IGBA 3NDUA 3SQFA 4CPUA 3LZUA 4Y4WA 3DV5A 3GI6A 4Z22A 5P2AA 1C6XA 1W5YA 4ZPGA 5IE1A 5P1SA 2QD7A 4NJSA 5P75A 5P1AA 5PEPA 4QJ6A 4JECA 2UPJA 1EPRE 2BBBA 5P4QA 5P5VA 2IKOA 3FNUA 3PI0A 5P4GA 5P07A 2NMZA 3BVBA 4I0ZA 3TTPA 4HA5A 5OZKA 5P59A 3EBZA 4XKXA 1FKNA 3IXKA 4EPJA 2IENA 1E80E 5HDUA 4Y43A 2IRZA 4H3IA 5APRE 3L5CA 4I0FA 4RLDA 1WKRA 1B6JA 3T7QA 4QJ2A 2BJUA 4Y5KA 5KOQA 4APRE 2HM1A 1MT7A 5HCTA 5P2DA 2AOCA 4Y35A 3VYEA 4OBDA 3BVAA 2PYNA 2FXEA 3VEUA 4Y3GA 4YE3A 1MVPA 1AJVA 4HLAA 1A8GA 3PCWA 4Q1YA 3PGIA 3TLHA 3I25A 3DOXA 5P18A 3KFPA 3ZKXA 4H3JA 3EL9A 5P6KA 4GJCA 3KDCA 3OXVA 4I8WA 2OHMA 3CIDA 3NDTA 3LITA 3T7XA 3FKTA 2CENA 3ER5E 2RKFA 3PSUA 3LIVA 5P1KA 5P70A 1QS8A 5AH8A 5P47A 5EZXA 3WSJA 2R3TA 5P7AA 1MT9A 2O4PA 2ZHRA 5OYSA 5I70A 2FLEA 3OADA 2IL2A 3IAWA 4DJXA 4EJDA 4YOBA 2QNNA 5P0VA 1HSHA 4GJAA 1DAZC 4UPJA 3QRMA 5OZ4A 5C9DA 4LBTA 4DJWA 7HVPA 3O9CA 5OZ9A 4WY1A 2FGUA 5OZ6A 5P7JA 4M8YA 1IVPA 5P2JA 5P3AA 2G1RA 3OU3A 4Y3AA 4FM8A 2QU2A 4ZEAA 4RYCA 4Y3YA 4PEPA 4RVIA 3APPA 3BUFA 5P5WA 2VKMA 5P2NA 5P5LA 1AZ5A 1EPQE 2QD8A 5P4AA 1YX9A 5P37A 2JJJA 1RNEA 2UXZA 6FIVA 2HC0A 3TOGA 1KJFA 3ZKGA 2QI6A 2Q54A 5P52A 4Y4TA 5P03A 3EXOA 1SDUA 2VIZA 5KQFA 3ZOVA 1VIKA 1GVVA 3INFA 4EJKA 1EC2A 3S43B 4Y54A 4PHVA 1BIMA 5P76A 5P0SA 3TPLA 4FAFA 2VA7A 3IXOA 4DJVA 5KQXA 5P6FA 2QMPA 4OBHA 4Y3PA 1IDAA 5P2HA 2V0ZC 3PEPA 5P05A 5P0UA 1EBYA 3KF0A 3BRAA 5J25A 4J1FA 3SPKA 4I10A 5P3HA 3S2OA 4ZPFA 5P1RA 5P3CA 5P23A 2QNQA 5P1NA 1M0BA 4FM6A 3VV8A 5P60A 2CEJA 1HTRB 2BQVA 4NKKA 1NH0A 2ZGAA 1K2BA 4L1AA 3SABA 3S85A 1MT8A 4Y5AA 5DQ2A 5P8VA 2AVVA 5P57A 2ZHTA 3LIQA 4Y50A 3EL0A 3CICA 5HU1A 5P6SA 1N49A 5P0ZA 4FRSA 5OZSA 3R2FA 4Y3ZA 3ZKSA 3INHA 3RSXA 4CPQA 2UY0A 5P2UA 1KZKA 5OZFA 2IQGA 5P1EA 3FV3A 5P6YA 2WF0A 5P1UA 1PSAA 1YM4A 5OZZA 3B7VA 3UQXA 5P89A 1T3RA 5P6BA 3HAUA 5P49A 3T7PA 4Y41A 5P1QA 5P38A 4RROA 3OHFA 5P2TA 3VLBA 2F81A 2I4WA 4IVSA 1HPVA 1BWAA 3LNKA 3KFNA 5P34A 5SY2A 3KN0A 4Y5CA 2VJ9A 2VNNA 5P4YA 4XX3A 2PH6A 5P7MA 3SA7A 4DVFA 5HE7A 1ODYA 2ZYEA 3VSWA 2VIEA 3S8IA 2WF4A 3TPPA 2Q5KA 3FX5A 1QBTA 5C9FA 5P78A 5ER2E 1K6PA 2BPVA 3UDMA 4B70A 5P5BA 2NXDA 5P8GA 3K1WA 2QI3A 4OBGA 4RRNA 5P5SA 4FLGA 5P6NA 2J9JA 5P0FA 1YT9A 1D4KA 1HEGE 2AZ8A 4X2LA 3UFLA 1MERA 2I4UA 1HIHA 1KJ7A 5P65A 5P4ZA 5P1XA 3NSHA 3OGPA 5P3WA 5KOSA 3U6AA 4Y5NA 1XL5A 1B11A 1D4YA 4H3GA 4DJUA 5P1MA 5P0IA 5P6JA 5OZCA 3RSVA 4EQ0A 5B18A 4QJ7A 5DGUA 3WZ8A 5SXNA 3QBHA 5P3TA 1MEUA 2FIVA 3BXRA 4Q5MA 2EWYA 2HPFA 1FQ7A 3G72A 2AOEA 1E81E 4EJ8A 2FXDA 5SY3A 3OOZA 5CONA 1AJXA 1PSOE 5COKA 2WEBA 4F76A 5P7TA 5P7DA 5P13A 4RYGA 4HDPA 5P6OA 5P0OA 5P09A 5KAOA 4OBZA 3DCRA 4YHQA 5P2VA 5P44A 4I0EA 3H0BA 1W50A 3GGUA 1AM5A 4J0YA 5P3QA 3DCKA 5P71A 3G70A 3WB4A 5TOLA 1EEDP 1HPSA 5FIVA 3OTYA 3DJKA 5P7ZA 2ANLA 4Y39A 2O4NA 4NPUA 1FG8C 2H6SA 5DPZA 4GB2A 5P7UA 5P7IA 3MSKA 5P4BA 5P7SA 3PBDA 4J0VA 4H3FA 4GJBA 1HIIA 5P82A 5P0DA 4GJDA 3PSYA 1D4HA 4A6CA 1FLHA 1NPVA 1BXOA 1XS7D 4D88A 3OU1A 2PSVA 2AOJA 1SBGA 4Y5LA 5P4PA 5P6RA 1TZSA 3VYDA 2BPZA 3G6ZA 2G22A 2FS4A 5CLMA 2ZHVA 4FS4A 2FMBA 3NR6A 1EPPE 4Y9WA 1HVJA 2B8VA 2WEDA 5P87A 2IS0A 2BKSA 3SA6A 4D8CA 5P6HA 3CKRA 3VYFA 3MSJA 5OZBA 3UQUA 5BRYA 2XYEA 3D20A 5P45A 5P20A 1F7AA 5P83A 5ER1E 2AVQA 5P0HA 2V10C 5OZTA 3SM2A 1IZHA 4J1EA 1FFIC 5P81A 5P08A 5P6ZA 4DPFA 3LPJA 1TCXA 1SGZA 2AIDA 4A4QA 5IVRA 3ZPSA 5HDZA 5P4JA 1WBMA 2QD6A 1TCWA 3OK9A 1BDQA 1LS5A 1DPJA 2F80A 4Y51A 5P86A 2XFKA 3UQRA 4J17A 5P4KA 4RRSA 8HVPA 3OQ7A 4B78A 3VF5A 2NMYA 5P16A 5P6QA 4F75A 3K5FA 5P19A 5P2YA 2B7ZA 2P3BA 3GGVA 4R95A 2AQUA 4Y5MA 4BEKA 3VF7A 5P0AA 4AZYA 2G1NA 1HVIA 5BWYA 4Y3NA 4Y3XA 5P3XA 4B77A 3KA2A 1LYAA 1UH9A 2QHYA 1SIPA 2B7FA 5P62A 4DJYA 1D4LA 1FMBA 2Q63A 5P8DA 1A94A 1Q9PA 1EBWA 4ZSQA 1D4JA 4ACUA 5KR0A 3LZSA 5I3YA 3ECGA 4F73A 1HTGA 1APWE 4EXGA 3D3TA 3TL9A 4AA8A 1QRPE 1PROA 3D1YA 5P4VA 3DM6A 4CMSA 5P0XA 4B0QA 4KUPA 5P1JA 1NPWA 5OZ3A 3TKGA 2WEZA 1TSQA 2P3DA 1GVWA 5P1DA 1QBSA 5C9BA 3LINA 5P5DA 1MPPA 4N00A 4D85A 2AODA 3KFSA 2RMPA 4YCTA 3LIYA 5P8OA 4QGIA 5P33A 5HCOA 3PMUA 5UPJA 2ZJKA 2B8LA 4Q1NA 4EQJA 5P7LA 1EPOE 1B5FA 5P7XA 2R9BA 4Y4DA 3LZYA 4R5NA 4JOOA 2PK6A 3GGXA 2AZCA 2I4DA 5P5HA 3OADB 5P6LA 1UH7A 4FCOA 5P0MA 2V13A 5OZRA 3NWXA 4TRZA 3KFRA 4ACXA 5KQZA 1LYWA 3BUGA 5OZ8A 5JFUA 4EWOA 4Y3LA 3QVCA 3Q3TA 4LP9A 5P0QA 3UDYA 1FQ6A 5P7PA 4RCFA 3QP0A 4L7GA 3BHEA 3RVIA 4J5JA 5P4EA 5AGZA 1HVKA 5P3KA 5P64A 5DQ4A 2HS2A 4J1IA 1FQ8A 1ZTZA 2PMAA 2ZJNA 2IEOA 5JFPA 4OD9A 5P3DA 5P5FA 3L59A 2QZKA 5P0EA 3SKFA 2P83A 3HDKA 5P32A 4B05A 5P3GA 4Y58A 2ZHSA 2O4KA 5IVSA 5OZXA 2ER7E 2APRA 5P7NA 1IIQA 1W6HA 2HB4A 4YD3A 3QVIA 5P25A 3KYRA 5OZ0A 3NU6A 5DR1A 5P2OA 3PRSA 1META 4Y5EA 3UDRA 5P0KA 1SMEA 2QI4A 4J0ZA 5P50A 5P7KA 4K4PA 2G26A 5P66A 5P1IA 3HBOA 3PMYA 3EKYA 3HVPA 5P5MA 5P3IA 3OQDA 4DH6A 3VV7A 4LAPA 1A9MA 5OZOA 3ZL7A 2P4JA 3ZPUA 5P02A 4Y36A 1IVQA 1HEFE 4FL8A 1GVTA 1EBKC 2FDDA 2PWRA 5OYQA 5OYZA 4YCYA 1HPOA 4I0DA 4Y5BA 2WHHA 1SGUA 1G35A 5E5KA 4FRIA 1OD1A 1UPJA 4LXKA 3NYGA 1FEJC 3WB5A 2ZJLA 4B1DA 3ST5A 5P7GA 2Q64A 1ENTE 1D4IA 5P7FA 1APVE 3EC0A 4HZTA 4Y3JA 1VIJA 2G27A 3URJA 5P28A 2FNTA 2IDWA 4YDFA 2I0AA 1K6TA 3L5BA 1MUIA 4YBFA 4IVTA 3ZKQA 4U7QA 1FGCC 4PYVA 3UHLA 3GI0A 3OXCA 3GGAA 3HAWA 1K6CA 4PZXA 1EBZA 1ODXA 3MXEA 3TH9A 2JYSA 4Z2ZA 3SA8A 2IGXA 3L5FA 3PM4A 2Z4OA 4Y56A 5P0RA 2R3WA 1ME6A 1ZP8A 4EXHA 5OZJA 5P4UA 4GJ8A 3S53A 1GNMA 3PSGA 5P14A 2VJ6A 1HVRA 1AIDA 3I7EA 1TSUA 5P58A 4DQBA 1ODWA 3NWQA 5ISJA 4ZSRA 3SKGA 5P40A 1OEXA 5OYYA 2Q11A 4GZFA 2AVOA 2XFIA 5P79A 4QJAA 3GI4A 3PLDA 3O9AA 4Y3FA 3Q6YA 4OC6A 4YD4A 5ENKA 1HRNA 1ZSRA 4WTUA 4Y3MA 5P06A 2PSUA 1FB7A 1RQ9A 6UPJA 5I3VA 3UTLA 4ZIPA 5P6EA 1MSMA 2OHQA 4OBKA 3VSXA 2J9JB 3K5GA 1EC3A 3RTNA 5P5KA 5OZPA 1EC0A 2BB9A 4I0IA 3NDWA 4RVXA 5P22A 5AH6A 1OEWA 2I0DA 4MC2A 4Y4BA 5P41A 5P4DA 4CPRA 2ER6E 5P8MA 4BFBA 3D1ZA 3VG1A 1LF3A 2G1SA 5P3VA 3K4VA 3S43A 2ER9E 2BPYA 1HBVA 3F9QA 4CPWA 5P0PA 5P5EA 5DR0A 2ZJJA 2O40A 2QI0A 5P8JA 1T6GA 3LIXA 5P55A 4Y53A 3NDXA 5OYTA 1HVLA 2QHZA 1TW7A 2QU3A 3OWNA 4OBZB 1Z1HA 3VCMA 3O9EA 2QI7A 1FQ4A 4Y45A 2PH8A 5OZGA 3N4LA 5P8RA 1SMRA 2V00A 4QJ9A 4Y3DA 4DQFA 4J54A 2I1AA 4EYRA 3HZCA 3NU3A 1LEEA 3TOFA 5DR8A 1Z8CA 5P2SA 1XE6A 5P4IA 3UDNA 3OGQA 5OZNA 5P2RA 3CIBA 3PWRA 5AHBA 4COEA 2NR6A 1FF0C 1W51A 4D83A 2WECA 2ZHUA 5P8UA 3OU1B 3SM1A 3L58A 2OF0A 4Y3QA 2PYMA 1J71A 3EKWA 5ISKA 5P7VA 1B6KA 5P24A 4MC9A 5P1GA 4YD6A 4Z4XA 3NUOA 3QRSA 4J55A 3GW5A 1JLDA 2A4FA 5P54A 4QLHA 1RPIA 4NJTA 3PJ6A 5DR3A 5T4SA 5P8HA 4RZ1A 5P4SA 4NJVA 2AZBA 2QI1A 1BVGA 1WBKA 2G1OA 4NPTA 4LXAA 3R0WA 4Y4GA 3BGCA 5P2MA 5DQ1A 4Y6MA 4Q1WA 4FSEA 5P8SA 4J1HA 4LL3A 5P5PA 1G0VA 4GJ9A 3O99A 4ZPEA 5P7EA 1K2CA 4DJQA 1LYBA 3KMYA 1B6LA 5OZ7A 4DI2A 4YD5A 5F01A 3OQFA 5P6CA 5OZVA 5SZ9A 1A30A 3UPJA 3OUDA 4GYEA 4JPCA 5DGWA 5P0NA 1OHRA 5P2FA 3DK1A 5P8FA 5KR1A 1BAIA 5P43A 3O9BA 5P48A 5P6WA 5P5ZA 5OZMA 1EAGA 1YTJA 3D1XA 1BILA 1W6IA 2JE4A 3INDA 1GNOA 3UCBA 3R1GB 3OQAA 4ZE6A 4D89A 1PSNA 5I3WA 1HSGA 3PBZA 1HWRA 2B42A 5IVQA 3KMXA 5OYXA 3INEA 2NNPA 1HXWA 4I1CA 4DJPA 1XN2A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4X7I A;  3OU4 B;  4EP2 A;  3FNT A;  5P46 A;  1IBQ A;  1EPM E;  5P5G A;  4DQH A;  4FRJ A;  3ZKM A;  2AZ9 A;  3QRV A;  5P3Z A;  4APE A;  3OQK A;  3NLS A;  5P11 A;  1QDM A;  3A2O A;  2JJI A;  5P2C A;  1GNN A;  2Q55 A;  3R4B A;  2QMD A;  1BBS A;  5P3B A;  1QBU A;  5P4F A;  1IZI A;  5P12 A;  1LF2 A;  4Y3W A;  2QP8 A;  5OZY A;  4DJR A;  2NXM A;  1EPN E;  5P6V A;  1FIV A;  5P6P A;  4I8Z A;  3SO9 A;  1FMU A;  5P5X A;  2QNP A;  1G6L A;  4DUS A;  1HSI A;  5OZ1 A;  4R92 A;  4CPT A;  5P2Q A;  2JXR A;  3O9F A;  3UDP A;  1BDL A;  4DJO A;  3IGB A;  3NDU A;  3SQF A;  4CPU A;  3LZU A;  4Y4W A;  3DV5 A;  3GI6 A;  4Z22 A;  5P2A A;  1C6X A;  1W5Y A;  4ZPG A;  5IE1 A;  5P1S A;  2QD7 A;  4NJS A;  5P75 A;  5P1A A;  5PEP A;  4QJ6 A;  4JEC A;  2UPJ A;  1EPR E;  2BBB A;  5P4Q A;  5P5V A;  2IKO A;  3FNU A;  3PI0 A;  5P4G A;  5P07 A;  2NMZ A;  3BVB A;  4I0Z A;  3TTP A;  4HA5 A;  5OZK A;  5P59 A;  3EBZ A;  4XKX A;  1FKN A;  3IXK A;  4EPJ A;  2IEN A;  1E80 E;  5HDU A;  4Y43 A;  2IRZ A;  4H3I A;  5APR E;  3L5C A;  4I0F A; 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 1TSQ A;  2P3D A;  1GVW A;  5P1D A;  1QBS A;  5C9B A;  3LIN A;  5P5D A;  1MPP A;  4N00 A;  4D85 A;  2AOD A;  3KFS A;  2RMP A;  4YCT A;  3LIY A;  5P8O A;  4QGI A;  5P33 A;  5HCO A;  3PMU A;  5UPJ A;  2ZJK A;  2B8L A;  4Q1N A;  4EQJ A;  5P7L A;  1EPO E;  1B5F A;  5P7X A;  2R9B A;  4Y4D A;  3LZY A;  4R5N A;  4JOO A;  2PK6 A;  3GGX A;  2AZC A;  2I4D A;  5P5H A;  3OAD B;  5P6L A;  1UH7 A;  4FCO A;  5P0M A;  2V13 A;  5OZR A;  3NWX A;  4TRZ A;  3KFR A;  4ACX A;  5KQZ A;  1LYW A;  3BUG A;  5OZ8 A;  5JFU A;  4EWO A;  4Y3L A;  3QVC A;  3Q3T A;  4LP9 A;  5P0Q A;  3UDY A;  1FQ6 A;  5P7P A;  4RCF A;  3QP0 A;  4L7G A;  3BHE A;  3RVI A;  4J5J A;  5P4E A;  5AGZ A;  1HVK A;  5P3K A;  5P64 A;  5DQ4 A;  2HS2 A;  4J1I A;  1FQ8 A;  1ZTZ A;  2PMA A;  2ZJN A;  2IEO A;  5JFP A;  4OD9 A;  5P3D A;  5P5F A;  3L59 A;  2QZK A;  5P0E A;  3SKF A;  2P83 A;  3HDK A;  5P32 A;  4B05 A;  5P3G A;  4Y58 A;  2ZHS A;  2O4K A;  5IVS A;  5OZX A;  2ER7 E;  2APR A;  5P7N A;  1IIQ A;  1W6H A;  2HB4 A;  4YD3 A;  3QVI A;  5P25 A;  3KYR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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