4B70A

Aminoimidazoles as bace-1 inhibitors: from de novo design to ab- lowering in brain
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
385
structure length
372
Chain Sequence
VEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Core Refinement Toward Permeable Beta-Secretase (Bace-1) Inhibitors with Low Herg Activity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 372
sequence length 385
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b70A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b70A02
2PWCA 4S1GA 4LP9A 5P81A 5P78A 3WZ8A 3HD8A 1K6TA 1B6JA 5P0CA 1C70A 2AVVA 3CYXA 3RSVA 1QBSA 1BILA 1FMBA 3KFRA 1K2CA 4JPEA 5P7JA 2F3KA 2UPJA 4Y3EA 3CIDA 2OHSA 4J5JA 2A1EA 4Y4WA 1ZSFA 5P83A 2I1AA 4DV9A 3KM4A 2ZHVA 5P2ZA 4HLAA 4Y58A 2VKMA 1NH0A 5P4LA 3L3AA 6APRE 5P0TA 5P00A 5P65A 5P7YA 5P1BA 5P0DA 3PB5A 1MPPA 4U7VA 5P18A 2ER9E 4B1DA 3UQUA 2AVMA 3FNUA 5JFPA 1NPWA 3OGPA 1IZDA 3VLAA 5DQ4A 4X2LA 2I4QA 1GVXA 1MERA 1BWAA 1ODWA 4R5NA 5J25A 4RVIA 2QI6A 5P0RA 1HVCA 4NJTA 7UPJA 1B5FA 4TRYA 2V10C 5DPZA 5IS4A 3GGXA 3MWSA 2V16C 3LPJA 2I0DA 4FSEA 3D91A 4Y57A 2QMFA 4RCFA 4XKXA 2PH6A 3OADA 3CICA 1LYBA 3UHLA 3QIHA 4OBZB 5OZOA 5P3OA 5P1LA 2B8VA 3VYDA 5P6XA 4EP2A 2OHUA 4YBIA 3L5EA 2HIZA 2PC0A 5P0HA 1K1UA 5P7DA 5P6MA 4RRSA 3L38A 1HIVA 2AZCA 5DR8A 2F8GA 3D1XA 2BPVA 5P7SA 1DP5A 5P0QA 4R95A 4AA9A 4EYRA 4J0YA 2I4WA 4ZSQA 5P4BA 1BAIA 3QS1A 4X7IA 5OZFA 5P71A 3S7MA 3PWRA 4DJUA 4AA8A 3F9QA 3KA2A 3OU3A 5COPA 3MXEA 4OC6B 5P8MA 1HXBA 5P4MA 2XYFA 5P64A 5P5DA 1F34A 2QP8A 3MSKA 2G21A 4JP9A 3NUJA 4NPUA 3IVHA 3LPKA 4Y44A 1ZJ7A 1D4LA 5AHBA 3O9EA 4DQCA 4FL8A 2WEBA 5P2WA 3OQDA 4B72A 2APRA 4B77A 3QBHA 4J1CA 5SZ9A 4YHQA 1APTE 3LZVA 3K5FA 5P86A 5P8KA 3MSLA 3PVKA 4K4RA 5P20A 2ZJNA 1K6CA 1G6LA 2R8NA 5P5OA 5P1UA 4APEA 5P2BA 1HPSA 2SAMA 5HD0A 1A94A 5OZEA 5JFUA 2OHQA 2QHZA 4Y3XA 2IDWA 3PCWA 2Q54A 3DV5A 5P52A 4GMIA 3S43A 2P3DA 1FQXA 4TVHA 5P6QA 4COEA 3HVGA 4QJAA 4Z50A 1HBVA 3WZ7A 5ISJA 4DFGA 1D4SA 5DR1A 3K1WA 5P6UA 1W5XA 5P7WA 2CEJA 3ZPUA 4ZE6A 1BIMA 1YM2A 2A4FA 1ZLFA 4Y4EA 2P8HA 3TPJA 2O4LA 1HTGA 5ENMA 5OYWA 3VF5A 5I70A 5P35A 3SA9A 5P6FA 3S2OA 2G69A 4Y5NA 5P4VA 5P3BA 2QK5A 1GVVA 4ER4E 5P1AA 4Y4AA 1ER8E 9HVPA 3R1GB 4CPSA 2PYNA 3ECGA 2H6SA 1PROA 4LXAA 3GI6A 3O9GA 3OTYA 4YDGA 1HIHA 1B6PA 5P2JA 5P8QA 4Y3AA 5P2OA 2NTRA 4TRZA 3FX5A 1RV7A 3UQPA 3NWQA 2Q63A 2HPFA 1HTEA 5P3FA 5KQFA 5HE5A 1B5FB 1G35A 3NR6A 1XL2A 2FDEA 3N3IA 2ER7E 5P89A 1MSMA 1FMXA 4F76A 1CMSA 1D4KA 1MUIA 1HTFA 2ZJLA 3H0BA 3INHA 5P3YA 3URIA 3CKTA 2BB9A 3OADB 4U7QA 3H5BA 5OYQA 5P8RA 3GGAA 3UPJA 2BPZA 1YTGA 3I6OA 5HCTA 5OZKA 5P84A 3LHGA 1M0BA 5P3JA 2R3WA 4GB2A 1W6HA 5P8IA 4Y5AA 5P4YA 4FAFA 1GNNA 2NXMA 2O4NA 2P3CA 2J9JB 4I0ZA 4FSLA 5KQXA 2NXDA 3DJKA 4GJ5A 5P4EA 3PJ6A 3TKGA 3OGQA 1IIQA 3VEUA 5P7LA 1XN3A 5P5TA 4R91A 5P3TA 4LL3A 3OHHA 1AM5A 3SM2A 5P0MA 4M8YA 1DMPA 1HPVA 1GKTA 3CKPA 4DJXA 3LIXA 3CYWA 4Y3PA 7HVPA 1SIPA 2VIJA 5FIVA 2G27A 3LZSA 5P69A 1GNOA 4FE6A 5P3WA 1N49A 2FS4A 2PMAA 3KDCA 4JPCA 5P4RA 3EKWA 3O9AA 5P7FA 3EC0A 5OZRA 3OXVA 1KJGA 4QGIA 1FMUA 4GJDA 2VNNA 5P1GA 8HVPA 3OUAA 5KAOA 3DM6A 2O40A 3G72A 5P3ZA 4Y39A 2WEAA 5I3YA 5OZIA 4QJ7A 5P66A 4J0VA 5P37A 3R0YA 3FV3A 3IGBA 1A8KA 1FEJC 1MSNA 3NXNA 3SM1A 2UY0A 3O9BA 4ZSRA 4I11A 1K2BA 4DI2A 3OUDB 2QHYA 5P56A 4CPTA 3S43B 5P7XA 5P7VA 5P22A 1W5VA 1HXWA 2Q55A 5P5SA 2HAHA 3AUPA 3K4VC 3NU5A 4Y56A 4Y3ZA 5P3KA 5P48A 1LYWA 3T6IA 5OZNA 3EKTA 3LIVA 3TOGA 3OK9A 5P34A 2AVOA 3I8WA 3HBOA 5E5JA 2XFJA 3MXDA 2PK6A 1XN2A 4Y54A 5P0ZA 2BKTA 5ER1E 2ZE1A 1DIFA 5P1MA 2OHKA 2QZXA 5P45A 2PSVA 3OHFA 3NWXA 3SKGA 2V11C 2NMZA 3WB4A 2Q11A 4RROA 1W50A 5P88A 5OZGA 5OZBA 4N00A 3VV7A 3FSMA 3NSHA 3WSJA 1EPQE 5KR1A 5JODA 1OEXA 1VIJA 3BUFA 1MT7A 3RTHA 3PWWA 1NPVA 2ZHRA 2OHLA 3BC4A 4Y5KA 4CP7A 4OBJA 3Q6YA 3BRAA 3S85A 3Q70A 2OHPA 2QU3A 3INEA 1T7KA 3VFAA 5AHCA 3T11A 5OZUA 5P05A 3OQAA 2G1NA 4GJAA 4RYCA 3OAGA 5OZ1A 5P7GA 2RENA 4GJ9A 4I0HA 5P17A 5P5MA 3QRMA 3IN4A 5P6RA 2VNMA 5P1YA 4Y5EA 1T3RA 5P54A 5P0AA 3S45A 3B80A 3VV8A 3WZ6A 1IBQA 2ER6E 4HZTA 4OC6A 5P8HA 2ZGAA 4I10A 2F80A 1EPNE 3NDXA 1MTBA 3UQWA 2AOIA 5P8CA 2IS0A 2AZBA 2IQGA 5P40A 4FLGA 1SIVA 5P4OA 4DH6A 5P4SA 5P2DA 3SPKA 2HS2A 4RVJA 1KZKA 3IAWA 3QBFA 4DQBA 4EJDA 1GNMA 2RSPA 5P0XA 4EXHA 2HM1A 1XE6A 2QNQA 5BRYA 1TCXA 5P1WA 5P55A 3EL0A 5P6AA 1BWBA 5SY2A 5P5EA 4HDBA 1OD1A 4Q1NA 2QD6A 2VJ7A 3LZUA 3DK1A 1HSGA 3IXJA 4J0PA 3LITA 5P5UA 3SA6A 5P09A 5P3CA 1YX9A 4J55A 1HVIA 5P0VA 2F3EA 3ZKMA 2BPYA 1FQ8A 4FAEA 1T6EX 5P47A 3UDYA 3B7VA 4PZWA 5DR7A 4A6CA 5P4XA 2FMBA 1WBKA 5P1VA 2QI5A 1RQ9A 3EL1A 1LF4A 5P50A 4DJOA 5P4NA 5P4QA 5P2MA 1K6VA 3UDQA 4FM6A 5HDZA 5P6WA 4F73A 3UDNA 5P7OA 5OZ5A 5P6KA 4GIDA 2ZHUA 1B6MA 2UXZA 5OZCA 5P72A 5P3EA 2FXEA 4YD5A 2ZJHA 5P2HA 5P8DA 5OZ9A 2QD7A 5P0NA 4PZXA 1W5YA 3URJA 1HTRB 2IGYA 2QI4A 4FM7A 4RLDA 5P5KA 5P2YA 5IVQA 5P8UA 2IL2A 3LINA 4Y4JA 4H3GA 4EJKA 1MESA 1LYWB 1QBUA 3U71A 3VF7A 4YOAA 3EL5A 2QZKA 3PLLA 5P03A 5P4WA 2FXDA 5P57A 1A30A 5P46A 5P7RA 2AOGA 5OYTA 5P6ZA 2AODA 1EPPE 5P3RA 4Y3YA 3RTMA 1LEEA 3SO9A 3NU6A 3PLDA 1T6GA 2V12C 5OZ7A 3OU4A 5P4PA 5HTZA 1D4JA 1AXAA 3KDBA 3R0WA 3ST5A 5P8LA 5P82A 3INDA 3PBZA 1MRXA 4CPWA 4I0EA 5P6JA 3WB5A 5P4TA 4J0ZA 2NMYA 2BJUA 3GGVA 1Z1RA 3IVIA 2AVQA 1B6LA 4D8CA 5P0IA 5P79A 2R9BA 3PMUA 5P8SA 2J9JA 3OAGB 1W6IA 5KQYA 4OD9B 3UDRA 4Y3WA 4YDFA 2AOCA 2PYMA 2BKSA 4Y35A 5P7TA 3ZL7A 3O9IA 4Y4UA 5P5XA 2QAKA 5P68A 3PCZA 5P1SA 1K1TA 5IVTA 4WTUA 1KJ4A 4DUSA 5P3XA 5P44A 1XDHA 4I12A 1AJVA 2ZDZA 4Y3SA 3EMYA 2FNTA 5OZ6A 1EBKC 3BGCA 3TOHA 4PEPA 4DJYA 5EZZA 4EQJA 5P1QA 2G26A 3QVIA 1LF3A 3NDTA 3UDMA 5P2SA 3CMSA 3O99A 1NSOA 3ER5E 1TQFA 4F74A 4DJPA 3RVIA 5P5PA 2O4SA 3ZKQA 1C6YA 1VIKA 3OY4A 2WF3A 4ZEAA 5P23A 3LZYA 2F3FA 3BUHA 3O9FA 1HEGE 1FQ7A 3QN8A 1GVTA 3Q5HA 1G0VA 2B42A 3KT2A 5P63A 1FIVA 4KB9A 1E5OE 1UH9A 3EKPA 2G1YA 5P3VA 2Z54A 3OUDA 5P0JA 1BDLA 5P3DA 4K4QA 4YA8A 5OZXA 5P39A 5JG1A 1BVEA 3FNTA 3KFSA 2AZ9A 1YTIA 5P24A 5T4SA 5COOA 1PPME 4Y3NA 2QNPA 1EEDP 2WF1A 1FQ6A 4J1EA 4Z2ZA 1QBTA 2BQVA 5P7KA 3I2LA 5P2CA 1IZEA 2XYEA 1BXQA 5P08A 5P75A 5P5YA 5SXNA 1AJXA 4Z4XA 2BBBA 5P2IA 2OHTA 4BFBA 4J54A 2J9KA 3O9DA 2OAHA 1B11A 4Y4XA 3PWMA 2VJ9A 1CZIE 2CEMA 5KR8A 5P0UA 2AQUA 2HB3A 4FS4A 4CPUA 5P4DA 4DQHA 2HS1A 4Y3MA 3PGIA 3K5DA 2RMPA 1PPKE 4Y3TA 3OU4B 5P7CA 1YT9A 4J0TA 2V0ZC 3GI0A 5I3XA 5P6SA 4Y6MA 3TOFA 4OBKA 3BVBA 3T7PA 3HLOA 3UFLA 5AHAA 1QDMA 2G22A 2IENA 4KUPA 1HVLA 1YTJA 5HE4A 4NJVA 1PSOE 3ZPTA 4Y45A 1SBGA 1XE5A 1LV1A 3VLBA 2G20A 1KJ7A 3FIVA 5P38A 4YBFA 3R4BA 4WY6A 4Y53A 3C9XA 4RCDA 4OBGA 5P1NA 5P6NA 2WJOA 1HVJA 3IXKA 5P5IA 5P8OA 5KOQA 4LAPA 3NXEA 2AIDA 3QP0A 4R8YA 5HU0A 1EPRE 1M43A 5P4UA 3OUCA 5P0LA 5P3MA 4YD4A 5P29A 5P6CA 2RKGA 4Z22A 5P1PA 3GI4A 5P6EA 3EBZA 1HVSA 5P2UA 2B60A 2PSGA 2NXLA 2QZWA 2IEOA 5P1JA 5CLMA 2IKOA 3O9LA 2ZYEA 4FRIA 5OZJA 5OYXA 5P8AA 2HC0A 3OXXA 5P85A 4DPFA 1TW7A 4NPTA 4DJVA 5OZ2A 4J1IA 3ZKNA 3SFCA 2R5PA 4Y38A 2G1SA 4KE1A 5TOLA 3ZOVA 4CKUA 5P59A 4CPRA 4MC6A 5P0FA 2MIPA 4Y5CA 5OYVA 3O9CA 4DQGA 3A2OA 1ZBGA 1IDAA 5P6VA 1JLDA 2QI3A 2BPWA 3DOXA 4DQFA 5P1RA 5OYRA 5E5KA 5KQZA 3SA8A 4Y5PA 5AH7A 4BFDA 3OOZA 2WF4A 5P1IA 5UPJA 5P49A 4J17A 5P4IA 3ZPSA 5AGZA 5P3HA 3NLSA 3AIDA 3PSUA 3TNEA 2AOFA 5OYZA 5P58A 5P5RA 1PSAA 4LC7A 2I0AA 3BXSA 2QI7A 4H3IA 3T7XA 5P77A 4EPJA 1ME6A 2AOHA 6FIVA 4K4PA 2I4UA 4EJ8A 1LS5A 5OYSA 4Y5BA 4LXMA 1MT9A 3PSGA 2B8LA 5P13A 5P41A 2ZJKA 2V13A 2ZHTA 3CIBA 4I8ZA 3JVWA 5P8PA 3NU3A 3INFA 5IE1A 4Y36A 3KMYA 5AH9A 5HVPA 3UQXA 2AZ8A 5EZXA 3TH9A 3EKYA 2OF0A 4QJ2A 5C9BA 5P6LA 5DQ1A 3KF0A 4B1EA 2PH8A 4ZPEA 3FNSA 1SDTA 3OQKA 1TZSA 2F81A 4F75A 5P4CA 4QJ8A 4E43A 5DR3A 5P61A 3ZKGA 4ER1E 3EKQA 2VIEA 5P0PA 3QAAA 1HVHA 1BBSA 4IVTA 4OD9A 4D89A 5P5FA 5P87A 1ZSRA 5P4ZA 2QMDA 2NNKA 2HPEA 4FGXA 4CMSA 5I3WA 5P36A 4LHHA 1MEUA 3L5DA 3BUGA 2QCIA 4LBTA 1EPOE 3UCBA 3VSXA 4YCYA 1EC3A 4ZPFA 2FDPA 5OYUA 2B7ZA 3QRSA 3U7SA 4GZFA 4A4QA 5PEPA 1HEFE 3M9FA 5P7IA 1XL5A 1DPJA 3JVYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PWC A;  4S1G A;  4LP9 A;  5P81 A;  5P78 A;  3WZ8 A;  3HD8 A;  1K6T A;  1B6J A;  5P0C A;  1C70 A;  2AVV A;  3CYX A;  3RSV A;  1QBS A;  1BIL A;  1FMB A;  3KFR A;  1K2C A;  4JPE A;  5P7J A;  2F3K A;  2UPJ A;  4Y3E A;  3CID A;  2OHS A;  4J5J A;  2A1E A;  4Y4W A;  1ZSF A;  5P83 A;  2I1A A;  4DV9 A;  3KM4 A;  2ZHV A;  5P2Z A;  4HLA A;  4Y58 A;  2VKM A;  1NH0 A;  5P4L A;  3L3A A;  6APR E;  5P0T A;  5P00 A;  5P65 A;  5P7Y A;  5P1B A;  5P0D A;  3PB5 A;  1MPP A;  4U7V A;  5P18 A;  2ER9 E;  4B1D A;  3UQU A;  2AVM A;  3FNU A;  5JFP A;  1NPW A;  3OGP A;  1IZD A;  3VLA A;  5DQ4 A;  4X2L A;  2I4Q A;  1GVX A;  1MER A;  1BWA A;  1ODW A;  4R5N A;  5J25 A;  4RVI A;  2QI6 A;  5P0R A;  1HVC A;  4NJT A;  7UPJ A;  1B5F A;  4TRY A;  2V10 C;  5DPZ A;  5IS4 A;  3GGX A;  3MWS A;  2V16 C;  3LPJ A;  2I0D A;  4FSE A;  3D91 A;  4Y57 A;  2QMF A;  4RCF A;  4XKX A;  2PH6 A;  3OAD A;  3CIC A;  1LYB A;  3UHL A;  3QIH A;  4OBZ B;  5OZO A;  5P3O A;  5P1L A;  2B8V A;  3VYD A;  5P6X A;  4EP2 A;  2OHU A;  4YBI A;  3L5E A;  2HIZ A;  2PC0 A;  5P0H A;  1K1U A;  5P7D A;  5P6M A;  4RRS A;  3L38 A;  1HIV A;  2AZC A;  5DR8 A;  2F8G A;  3D1X A;  2BPV A;  5P7S A;  1DP5 A;  5P0Q A;  4R95 A;  4AA9 A;  4EYR A;  4J0Y A;  2I4W A;  4ZSQ A;  5P4B A;  1BAI A;  3QS1 A;  4X7I A;  5OZF A;  5P71 A;  3S7M A;  3PWR A;  4DJU A;  4AA8 A;  3F9Q A;  3KA2 A;  3OU3 A;  5COP A;  3MXE A;  4OC6 B;  5P8M A;  1HXB A;  5P4M A;  2XYF A;  5P64 A;  5P5D A;  1F34 A;  2QP8 A;  3MSK A;  2G21 A;  4JP9 A;  3NUJ A;  4NPU A;  3IVH A;  3LPK A;  4Y44 A;  1ZJ7 A;  1D4L A;  5AHB A;  3O9E A;  4DQC A;  4FL8 A;  2WEB A;  5P2W A;  3OQD A;  4B72 A;  2APR A;  4B77 A;  3QBH A;  4J1C A;  5SZ9 A;  4YHQ A;  1APT E;  3LZV A;  3K5F A;  5P86 A;  5P8K A;  3MSL A;  3PVK A;  4K4R A;  5P20 A;  2ZJN A;  1K6C A;  1G6L A;  2R8N A;  5P5O A;  5P1U A;  4APE A;  5P2B A;  1HPS A;  2SAM A;  5HD0 A;  1A94 A;  5OZE A;  5JFU A;  2OHQ A;  2QHZ A;  4Y3X A;  2IDW A;  3PCW A;  2Q54 A;  3DV5 A;  5P52 A;  4GMI A;  3S43 A;  2P3D A;  1FQX A;  4TVH A;  5P6Q A;  4COE A;  3HVG A;  4QJA A;  4Z50 A;  1HBV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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