4B77A

Aminoimidazoles as bace-1 inhibitors: from de novo design to ab- lowering in brain
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
388
structure length
376
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Core Refinement Toward Permeable Beta-Secretase (Bace-1) Inhibitors with Low Herg Activity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 376
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b77A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b77A02
5P1KA 4K4QA 4XX4A 5ENMA 4RRSA 5KR0A 5P2GA 5KOSA 1BV7A 3AUPA 5P8MA 3UDPA 1QBUA 2PH8A 5P2AA 1Z1RA 3LIQA 5KR2A 3TKWA 5OYZA 2F81A 4OD9A 4DV9A 3KMXA 4NPTA 3ZKSA 5B18A 2AOFA 3SM1A 3SFCA 3ZMGA 1XE6A 3PWRA 1D4SA 1HIIA 3PWWA 5P7OA 3VF7A 5P6ZA 2G22A 4DPIA 5P72A 5P0ZA 1GNOA 5P5YA 5OZDA 5IS4A 3QROA 3TLHA 1M0BA 2ZHRA 3ER3E 5P5BA 5DQ2A 3ECGA 3FNSA 3DCRA 5AGZA 1AJVA 3I7EA 5P25A 3U7SA 1LF4A 4J54A 2V00A 3SA5A 4Y4JA 5P1LA 4CKUA 3EKQA 4QJ2A 4ZPEA 3UFLA 4Y41A 5P0LA 1PROA 1K6CA 4YHQA 5P3DA 4HDPA 5KQXA 2QHYA 4Y4DA 1ZPKA 1HVSA 2AIDA 5P7QA 5P67A 5OYXA 3BRAA 5P3TA 5DR8A 4X7IA 1RL8A 3SM2A 2HM1A 4F73A 3MSJA 2VNNA 4J1EA 5P6DA 5P3XA 2RENA 4L7JA 3SKFA 1HTGA 2G24A 2FNTA 5OZJA 3LPIA 3N3IA 3DK1A 4PZXA 3L5FA 3S43B 4K4RA 1XL2A 3BXSA 1G35A 4JPEA 2FMBA 3LZYA 5P3YA 2NXDA 3INDA 4UPJA 5P2UA 5OYQA 2PK5A 3SLZA 2OHKA 4J17A 5P4JA 2BBBA 2R8NA 4RGHA 5P7SA 2ER9E 3CMSA 4LHHA 3EC0A 3EM6A 4CPSA 1W5VA 1AM5A 4EHCA 2BPXA 1T7KA 2FNSA 2WEDA 5HTZA 5P6NA 1IIQA 5P1NA 3U6AA 5HDZA 2HAHA 4K9HA 1XE5A 3T7QA 5DGWA 3OGQA 1K2CA 4Q5MA 5P01A 2AVMA 3FSMA 4HDBA 4EXHA 3CICA 4OC6B 3L5DA 5P7CA 1B11A 1SGZA 5HCOA 3KT2A 2RKFA 2HPEA 3GI5A 3N4LA 5P5PA 3T11A 6FIVA 4ZSRA 5P6OA 4L6BA 4H3IA 5OZQA 5P48A 2ZJHA 5P1CA 3LPJA 4GJ6A 4MC1A 5P10A 3MSKA 4Y4GA 1YG9A 1QRPE 4L1AA 5PEPA 4J1FA 4EJDA 1KJ7A 2FGVA 3TL9A 2P3AA 5JFPA 1YM2A 1YT9A 1A8GA 2VIYA 3UHLA 5OZFA 3L5BA 3WB4A 5P5EA 2WF4A 1PSAA 2EWYA 3TOFA 4I0ZA 5P7VA 1T6EX 1MTBA 3SA6A 2I0AA 4CPUA 2NPHA 5P33A 1IDBA 5P2EA 5P1EA 3UDNA 3QBFA 5P0FA 5OZKA 2ZJJA 1TSUA 3BVBA 3OQ7A 4U8WA 3PI0A 3TPPA 4Y3RA 5P2BA 5P1VA 2WEZA 3LIYA 2BPVA 5P2XA 1A30A 3IXOA 4YCTA 5P74A 5P3NA 3ZKQA 2B60A 3ZKNA 3K5GA 5OZTA 5DR7A 5AH7A 5P8TA 7HVPA 4EWOA 4TRWA 1SH9A 5P11A 4YDFA 3UPJA 1E82E 2BKTA 5P8GA 5P86A 4HA5A 4DQEA 1ZTZA 1APVE 4A4QA 3O9BA 4EJKA 2PYMA 5HE4A 4B1CA 5OZWA 3VYFA 3RVIA 1WKRA 2G1RA 2QZWA 3OUAA 4Y3XA 4B77A 4GJCA 1QS8A 5OZ1A 4DJOA 5P05A 3QP0A 3VG1A 3IN3A 4Y39A 4DUSA 2I4QA 1Q9PA 2AVVA 4Y5GA 5P0KA 1ZLFA 3OQFA 2QP8A 5E5JA 3O9EA 4M8YA 9HVPA 3TPRA 5P8DA 3Q3TA 1RPIA 1IZHA 4AZYA 4J0PA 3O9IA 3KMYA 1YTJA 5C9DA 3QI1A 1FMBA 5P1QA 3IAWA 4NPUA 2BPYA 3CYWA 1EAGA 5AHBA 4Y3YA 2HPFA 4K8SA 3B80A 5IVRA 3SQFA 5P27A 3INEA 5P0HA 1W51A 4Y3SA 1TW7A 5DR3A 4ZPFA 3OWNA 3VV8A 3OU3A 3NUJA 3IVIA 3EKYA 3SPKA 3I25A 5P39A 3HW1A 3D1ZA 2O40A 2G1YA 5JODA 2R3WA 5P26A 5P6MA 5OYUA 4H3JA 2XYEA 2WJOA 4Y38A 5P0QA 4CPTA 2Q15A 3NWQA 3URIA 3JW2A 3D3TA 3VF5A 1HPSA 3OU4B 4WY6A 4Y37A 5P7KA 4YBIA 1IZEA 4EXGA 4FAEA 5P1OA 1EPQE 5P4KA 1SP5A 3KFSA 4YOBA 2V0ZC 4BELA 1MPPA 4QJ8A 1FQ5A 1TZSA 5P2TA 2BJUA 3QIHA 3VLAA 5OYVA 5P54A 2AODA 5P4YA 1A94A 1SMRA 1UPJA 3Q5HA 3CKPA 3RTHA 5P4HA 5P68A 3OAGB 1QBSA 5HU1A 2HB2A 4Z22A 3OU1A 3IXKA 2PSUA 5P6RA 2PWCA 4Q1WA 4OBZA 5P88A 2QI1A 4Y3FA 5OZ7A 2CEJA 5P0EA 1EBWA 4JP9A 5P3ZA 3SA3A 5P6JA 1BXQA 5P3VA 3UQRA 2CEMA 5P5WA 2FIVA 5OZRA 4I1CA 4Y54A 1FQXA 1OD1A 4J1KA 3KFRA 3BHEA 3I2LA 4A6BA 5OYSA 5P4UA 5AHCA 1BDQA 2IGXA 1BILA 3DM6A 3K4VA 4L7GA 5OYWA 1RQ9A 2FDEA 1APUE 4EPJA 3VFBA 3ZPSA 5FIVA 4LP9A 4J55A 5P8PA 1CPIA 4Y6MA 5P82A 2P8HA 5P87A 5COPA 1G6LA 1KJHA 4R92A 1AXAA 1ZBGA 2B8VA 2AOJA 1FQ7A 5P77A 3OUDA 4Z4XA 2B7FA 1MIQA 3OXXA 1UH9A 3EKWA 5P32A 5P5DA 4S1GA 3PEPA 5P6QA 3TPJA 4GJ5A 4AUCA 1JLDA 5P41A 3EMYA 5P5OA 1C6ZA 4DJUA 3CYXA 2UY0A 4YD4A 4NJTA 1AJXA 3GGUA 3I6OA 2R38A 3QRVA 5P3RA 5P3IA 3VLBA 2WF0A 1UH7A 5P0JA 2Q5KA 2SAMA 1MUIA 2NTRA 4DFGA 2AOCA 5P5KA 3TOHA 5P8QA 3FNTA 5DQ1A 5P4RA 3CKTA 5P3UA 2HC0A 5KQFA 4B78A 5P0MA 2R43A 2Z4OA 5P58A 5P2HA 3H0BA 3EL9A 4CP7A 1LYBA 3VV7A 4YD5A 3ER5E 5P0SA 5P6BA 3F9QA 4J1IA 5JFUA 1XL5A 2O4SA 3NDWA 4F75A 1NSOA 1YTHA 1APWE 5P55A 5P78A 3GI4A 4RROA 3EM3A 5P56A 2AVSA 5P1PA 1M4HA 3DOXA 2PK6A 3TKGA 3OQDA 3D20A 4RYGA 3NU4A 1QBRA 2NMZA 3SKGA 4EP2A 3OQAA 1FMXA 3FIVA 4MC2A 5P6UA 4KE0A 5P8CA 5P4XA 3PGIA 1T3RA 2OHSA 1IZIA 3VYEA 2QK5A 1HVHA 2AZCA 1ZSFA 3UCBA 1BXOA 5P8LA 1FQ4A 4AA9A 5P24A 2AZBA 5ER1E 3M9FA 1AIDA 4KB9A 1T7IA 5E5KA 5P5MA 5P3LA 2QAKA 1FG8C 4Y4EA 1ODXA 2HS1A 3NXEA 4ZSQA 4KUPA 5P66A 3S7MA 3G6ZA 1HIHA 4FRJA 1LYAA 4D88A 2PYNA 1EPME 1EPRE 1NPVA 2ZHUA 2WECA 5P1UA 4FGXA 5OZVA 2PWRA 4GJ8A 2P83A 3LPKA 3OTYA 4DQHA 5P1WA 2JE4A 3RSXA 3KT5A 2JJJA 4KE1A 1Z1HA 5DQ4A 3OOZA 5P7EA 4RYCA 5P8BA 3UDHA 4J0YA 1B5FB 4B1DA 8HVPA 5P4FA 4I8WA 1HXWA 3SA7A 5P3PA 3WSJA 4J1HA 3S53A 1PSOE 5P06A 3ZPUA 3SAAA 5P3GA 5P0AA 5P3MA 3VUCA 3UFNA 3O9HA 3UDJA 4YD3A 5P2ZA 7UPJA 3R0WA 1BVEA 1K6VA 3IN4A 4Y3JA 1DIFA 5P4VA 3BUHA 3K5FA 4ZEAA 3PWMA 1KJ4A 4DQBA 2B8LA 3HAWA 3LIZA 4PYVA 4Y56A 1BBSA 5P20A 3LZUA 2XFJA 5P2CA 4B1EA 3RTMA 4GMIA 2UPJA 4NKKA 5P37A 4F76A 4HVPA 3S85A 5T4SA 5P6GA 5OZHA 5P0GA 5P13A 3URLA 2IRZA 3NR6A 2QI5A 2A4FA 1TSQA 3HVPA 4CPRA 5JG1A 4R91A 1MT7A 4GIDA 5I3WA 3AIDA 5P46A 1HVLA 1NH0A 2VJ6A 5P62A 3G72A 2VIJA 3OXWA 3T6IA 4QJ6A 5P3KA 1D4IA 1SMEA 3NU6A 4MC9A 5P8HA 3VEUA 4ZPGA 4JOOA 2R5PA 3PLLA 1EBKC 4DJQA 2ZHTA 3GI0A 5HVPA 5P5ZA 2ZGAA 3LNKA 2J9JB 1OEXA 5P12A 5OZ4A 4XX3A 5P15A 2JYSA 2VS2A 5OZZA 5P7YA 4LXMA 5P34A 3O9DA 4A6CA 5P17A 3D1YA 4AA8A 4R5NA 4I0HA 5P79A 1Z8CA 3BGCA 5P5RA 5EZZA 1A9MA 1FQ8A 5P4BA 4Y43A 5P3AA 2I4WA 5UPJA 4EQ0A 5OZUA 5P2SA 5P2VA 1W5WA 2ZJNA 2G1NA 1FF0C 1FFIC 5P02A 1LYWA 1GVVA 3EL4A 1IVPA 2P3BB 1GVTA 3RTNA 1RV7A 2HB3A 2FDPA 4OBJA 2HS2A 4RVJA 2IEOA 1AVFA 5P1YA 1BVGA 3UQPA 1D4JA 4MC6A 3VYDA 4R93A 5P8UA 3NWXA 4QJAA 3APRE 2VA6A 5P7LA 1SDUA 4NJUA 1XN2A 2AZ9A 3SA4A 5P3FA 1W6IA 5KOQA 5OZYA 2ER0E 3K4VC 3OADA 2V10C 2ZJIA 5P1HA 2R5QA 3BUGA 5P1IA 2PH6A 5P53A 4EJLA 1IBQA 5P6YA 3S2OA 2F3EA 1C6XA 1FLHA 2G27A 5IVSA 3NU9A 5ISJA 3O9LB 2BB9A 4CPQA 4Y3HA 1VIJA 5P2QA 2QU3A 4FM7A 1W5XA 1M43A 4LL3A 1HHPA 3K5CA 3BGBA 1AZ5A 5HCTA 5HE5A 5OZ3A 5P5GA 1MTRA 4AMTA 5P29A 2QNNA 1XS7D 2QZXA 4RLDA 4TRZA 4DI2A 3SA9A 1ER8E 4BEKA 3R0YA 1BAIA 2AZ8A 5HDUA 2R9BA 4OBDA 5KQZA 4K4PA 2QI7A 5P0IA 4Y35A 4I0IA 2OHNA 4YDGA 6UPJA 4DQCA 3APPA 5OZ6A 4EJ8A 1MT8A 3HDKA 3NSHA 5P7AA 1HTFA 2O4KA 3MXDA 4HE9A 3HD8A 2FLEA 5P6SA 2P3CA 3EKVA 3KF0A 3FKTA 3TOGA 2BPWA 5P60A 5P8FA 3PM4A 2A1EA 1KJFA 1K6PA 1G0VA 5P6TA 5P5VA 3VSWA 3NUOA 4F74A 3CIBA 3OUCA 5C9BA 1LEEA 1B6KA 5OZCA 1B6LA 5P5JA 1QBTA 2QHZA 1FMUA 2OF0A 4DQGA 2QI3A 5P2LA 3EL1A 4Y3GA 3UQUA 2V11C 5P2YA 3L38A 5P8SA 5CONA 4PPHA 1TQFA 2QCIA 4OD9B 3WB5A 1APTE 2ANLA 5P7IA 5P2WA 5OZSA 4Y5LA 4FSEA 2APRA 3D91A 1EEDP 5P85A 3R2FA 3MWSA 5F01A 4FCOA 3S56A 4I10A 3ZKMA 3L58A 1SGUA 5IE1A 1FKNA 4ZLSA 5P5QA 4I0EA 5P4MA 1HTRB 2IL2A 5ER2E 1HRNA 3KA2A 3SA8A 5P1ZA 5P38A 5P1XA 3FV3A 5OZLA 5P3OA 1HSHA 3K1WA 4YBFA 3GW5A 4Y57A 2I4VA 5DR0A 2IS0A 5P7FA 5P59A 2QI6A 2PMAA 4WTUA 3KFPA 2WF3A 3JVYA 5KQYA 3L59A 1HSGA 4GJ9A 1LZQA 3OUBA 2ZDZA 5P00A 2OHUA 1T7JA 3DV1A 3S43A 5BRYA 3ZPTA 2UXZA 5P8VA 3C9XA 5P22A 3I8WA 5P36A 4X2LA 1BDRA 4H1EA 1HVIA 1ZAPA 2J9KA 4FRSA 4TRYA 1BWAA 3NLSA 4FSLA 4RVIA 1FFFC 4LXKA 5P4LA 2V12C 4B0QA 5P7MA 1MSNA 1EC0A 5P50A 1D4YA 2OHRA 5P18A 2VA5A 4IVTA 4HEGA 1SDTA 1HPOA 1MT9A 4I0GA 2CENA 5KR1A 1TCWA 5P1GA 3TTPA 1ZP8A 4HDFA 5P6KA 4OC6A 3FNUA 5P2NA 3NU3A 1N49A 3WZ7A 1ODWA 5P69A 5CLMA 4B70A 5P4QA 4ZE6A 5P3WA 5TOLA 5P03A 5P5TA 2NXMA 3INHA 1HOSA 3SO9A 5P8EA 4Y3TA 1B6JA 4R8YA 1F7AA 3CIDA 1F34A 2P3DA 2VKMA 5P0DA 3UDQA 3HBOA 1HVKA 4CPWA 2BKSA 5P6PA 1EPLE 4FRIA 2VIEA 2OHPA 5P19A 2MIPA 3VF3A 3ZLQA 5KR8A 4FRKA 5I3XA 3PB5A 4H3GA 1D4LA 4ER1E 4JPCA 5P35A 3BUFA 4FAFA 4OBGA 1GNMA 4FIVA 3DV5A 4ZSMA 1XDHA 3OGPA 4DJVA 3QAAA 2Z54A 4FM6A 3R1GB 1VIKA 3ZKIA 5P6VA 4NJSA 5P0TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1K A;  4K4Q A;  4XX4 A;  5ENM A;  4RRS A;  5KR0 A;  5P2G A;  5KOS A;  1BV7 A;  3AUP A;  5P8M A;  3UDP A;  1QBU A;  2PH8 A;  5P2A A;  1Z1R A;  3LIQ A;  5KR2 A;  3TKW A;  5OYZ A;  2F81 A;  4OD9 A;  4DV9 A;  3KMX A;  4NPT A;  3ZKS A;  5B18 A;  2AOF A;  3SM1 A;  3SFC A;  3ZMG A;  1XE6 A;  3PWR A;  1D4S A;  1HII A;  3PWW A;  5P7O A;  3VF7 A;  5P6Z A;  2G22 A;  4DPI A;  5P72 A;  5P0Z A;  1GNO A;  5P5Y A;  5OZD A;  5IS4 A;  3QRO A;  3TLH A;  1M0B A;  2ZHR A;  3ER3 E;  5P5B A;  5DQ2 A;  3ECG A;  3FNS A;  3DCR A;  5AGZ A;  1AJV A;  3I7E A;  5P25 A;  3U7S A;  1LF4 A;  4J54 A;  2V00 A;  3SA5 A;  4Y4J A;  5P1L A;  4CKU A;  3EKQ A;  4QJ2 A;  4ZPE A;  3UFL A;  4Y41 A;  5P0L A;  1PRO A;  1K6C A;  4YHQ A;  5P3D A;  4HDP A;  5KQX A;  2QHY A;  4Y4D A;  1ZPK A;  1HVS A;  2AID A;  5P7Q A;  5P67 A;  5OYX A;  3BRA A;  5P3T A;  5DR8 A;  4X7I A;  1RL8 A;  3SM2 A;  2HM1 A;  4F73 A;  3MSJ A;  2VNN A;  4J1E A;  5P6D A;  5P3X A;  2REN A;  4L7J A;  3SKF A;  1HTG A;  2G24 A;  2FNT A;  5OZJ A;  3LPI A;  3N3I A;  3DK1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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