4B78A

Aminoimidazoles as bace-1 inhibitors: from de novo design to ab- lowering in brain
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
384
structure length
372
Chain Sequence
EMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Core Refinement Toward Permeable Beta-Secretase (Bace-1) Inhibitors with Low Herg Activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 372
sequence length 384
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b78A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b78A02
5P6YA 4B1EA 1ODXA 2FXDA 3JW2A 4DH6A 2G21A 3O9AA 4TVGA 3TLHA 5P86A 5APRE 1M43A 4Q1NA 5P1DA 3S54A 5AH6A 1GNOA 1PROA 5P48A 5P06A 5P6RA 2Q5KA 4E43A 4Y3MA 5P1BA 4RRSA 1J71A 3H5BA 2G69A 5P5UA 3PHVA 2H6TA 2ZJIA 5P8CA 2B60A 2G1OA 1PPKE 3OU1B 2JXRA 2V11C 5P1TA 5P6TA 4ZSMA 1BWAA 2V13A 1FF0C 5AGZA 5P3XA 3N3IA 1E81E 3OWNA 2UXZA 1YM2A 4Y5AA 4K4RA 3PJ6A 5P1VA 5P4NA 5P5QA 3PGIA 4Y4WA 5P1QA 2NXMA 1EPQE 3VG1A 1BXOA 1CPIA 3Q70A 5P2EA 5P65A 3SQFA 1KJ4A 3INDA 5C9FA 4I11A 4I8ZA 4RCDA 3K5FA 4F75A 3VYEA 5P4EA 3O9LB 5P79A 3PMYA 3T11A 1ZLFA 4FE6A 1SMEA 4RCFA 3NWQA 2UY0A 1HXWA 5HE4A 3ZKNA 3DM6A 4I0IA 3ZLQA 5FIVA 3BXSA 2Z4OA 4GJCA 4JPEA 3PMUA 5P0NA 4TRWA 2J9JB 1HTRB 1HXBA 1ZPKA 5P3EA 4F74A 5P8BA 4YA8A 3OUCA 3DCRA 1MSNA 5P02A 3QPJA 5P0AA 3BVAA 4RLDA 5P7OA 2MIPA 3EKXA 1GNNA 4UPJA 2SAMA 3ZMGA 4R91A 1APUE 2JYSA 1A8KA 1TQFA 5P7WA 5P74A 5KQZA 4QJAA 5P4MA 3UDQA 5P89A 2OHUA 5P51A 5I70A 5P4KA 1SGZA 2QI6A 4DUSA 5P6KA 5HE7A 5P0VA 2JJIA 5P6QA 5P2CA 5P3UA 5P7LA 3NDWA 3SM2A 1XL2A 2AODA 5OYRA 3B80A 3NUOA 3SA9A 4YHQA 1EPLE 3ZL7A 3KFRA 5AHCA 3D91A 5OYQA 4LC7A 4APRE 4Q1YA 4Y53A 2BPWA 1EC0A 2IGYA 4OBHA 2ZDZA 2ZJLA 3L5BA 2QHZA 2V16C 1Q9PA 3JVWA 2FS4A 2AOGA 5P5FA 6APRE 3NUJA 1FEJC 1AVFA 5P60A 4BFBA 5P5MA 4S1GA 4MC1A 5P2OA 3O99A 5KR0A 4J1FA 3IA9A 3UPJA 4R95A 2I4DA 4HA5A 5DR8A 4HEGA 2BBBA 2F8GA 2ZYEA 5OZXA 5P4HA 5P8EA 1MTBA 3OOZA 5P7CA 5P1CA 3LZUA 5ER1E 3SO9A 3CMSA 3I25A 2FGUA 5P07A 2PWCA 1HIHA 3Q5HA 4NJVA 2JJJA 5P2GA 2FDDA 2I4WA 4J0VA 5P0YA 1AZ5A 3SA4A 2WF2A 1SBGA 2ANLA 2NMYA 5P67A 3U7SA 3LPIA 4OD9A 4Y4EA 2IKOA 1UH8A 4ACXA 4ZPFA 2AZCA 3VCMA 3BVBA 3NU4A 4GIDA 4RRNA 4Y3NA 2WF0A 4FLGA 1EPME 5P5AA 2V10C 4U7QA 3BRAA 3HW1A 1RL8A 4TVHA 1EPOE 5P63A 5OZRA 3VEUA 1HEGE 1NH0A 5OZGA 5P7NA 4R93A 5P7BA 4ER4E 4QJ7A 4XX4A 5P8IA 3QP0A 1EBKC 1B6LA 5BWYA 2P8HA 5ER2E 1EEDP 3H0BA 3IAWA 5OYXA 2ER9E 3ST5A 1LYAB 3NXNA 2P3BA 5P49A 5P5NA 4Y56A 1ZSFA 4CPWA 4PPHA 2NXDA 3KT5A 4NKKA 1HVIA 2HB2A 4Z2ZA 1HPSA 2FDEA 1SP5A 2G1NA 3MXDA 2BJUA 5P1RA 2AZ8A 4GJ9A 3O9FA 4DVFA 5P2DA 3U6AA 2HIZA 2OHQA 5P47A 4EJKA 5P36A 4CPTA 5P1ZA 3BXRA 5DQ5A 5OZ6A 5P28A 1ENTE 5P4CA 5P5VA 4FM6A 5P6AA 5P25A 6FIVA 2RENA 3PWRA 5OZVA 3PB5A 5P2WA 3O9IA 5P7HA 4AZYA 3UCBA 2QI7A 4EP3A 2AOCA 3OADA 2QMDA 5P5EA 5P8LA 5IS4A 3VF3A 2BPZA 3EMYA 5P1UA 2PSVA 4YDFA 5P20A 5P7ZA 1YTGA 3BC4A 3MSKA 2FNTA 3IVHA 2OHSA 2WF3A 4DJYA 3APRE 3B7VA 1YT9A 1FMUA 5P3SA 5P4YA 3K4VC 5P2MA 5P46A 1BBSA 2ER7E 3QRSA 1GVVA 3L5DA 5P0WA 1HOSA 3ER5E 5P0RA 4ZSPA 5P8RA 4RCEA 2F81A 1SGUA 5P2IA 5P84A 4YE3A 3EKPA 4YBFA 4DQHA 3CIDA 2WHHA 3VLBA 1D4LA 3WZ6A 5P1WA 5CLMA 4R8YA 2OAHA 5P6JA 3FNTA 3KDCA 5P64A 3OU1A 3QROA 5P8NA 3ZKQA 1DIFA 1QBUA 3EKYA 2XYFA 4ZEAA 3GGAA 1B5FB 3TPPA 3LITA 5P45A 4JOOA 3T6IA 2IRZA 4Y3AA 4LXMA 3DUYA 3AIDA 3I8WA 3R0WA 5P2JA 8HVPA 1FFFC 3CYWA 4AA8A 3QI1A 5P30A 5P0OA 3EBZA 1C6YA 3QN8A 1U8GA 2R3WA 5OZ1A 4GZFA 5P0ZA 3LHGA 3UQRA 2O4KA 5HDUA 2VNMA 3S8IA 3OTYA 3VYDA 2PK6A 5P5YA 1AM5A 5P7IA 5F00A 4Y5BA 4AUCA 3OU4A 3G72A 2P4JA 4J1HA 4F76A 1C6ZA 2AQUA 5JG1A 3EM6A 5P3GA 4GJBA 5J25A 3O9HA 4Y3ZA 4TRYA 1EC3A 4QGIA 5P26A 4Y4TA 2R5QA 5P3FA 4Y35A 5P3MA 4Y36A 2QZWA 5BRYA 5KQYA 4DJOA 5JODA 2R3TA 1RV7A 3TL9A 1AJXA 3L58A 3T7XA 1HSGA 4Y57A 4L7JA 1APTE 3O9GA 4WY6A 4PEPA 5P05A 4FRKA 2R43A 1SMRA 4OBZA 1Z1RA 1QBSA 4Y4DA 5P7MA 4L6BA 2O4SA 3HLOA 3KMYA 3SA3A 5P3OA 2QNPA 3OUBA 5P0XA 5P57A 1FG8C 1DMPA 4Z22A 1HVSA 4Y5CA 2ZJKA 4EJ8A 3TNEA 1HVKA 5P29A 4PZXA 5P78A 4YCTA 3LIQA 5P54A 2BB9A 3PRSA 1YM4A 4BEKA 1A8GA 3VV8A 5P6GA 5OYUA 2QZLA 2ZJJA 3KYRA 2WF1A 2V0ZC 2OHNA 1FQ7A 3TTPA 4NJSA 2IS0A 4LP9A 4Y3HA 1ODYA 4B0QA 3T7PA 1XE6A 1T6GA 2QP8A 5P5XA 3OHFA 3NWXA 2Q63A 3R0YA 5OZMA 4PYVA 1MT7A 2QMFA 1K1TA 1AXAA 4Y50A 1MERA 1PFZA 1YG9A 5P7TA 3ZOVA 3IXKA 5P13A 3EC0A 5OYVA 4Y3XA 5OZHA 2PYMA 4KB9A 5P0IA 2OF0A 5P1IA 3S43B 5P70A 5OZTA 3OUDB 3UQPA 1SDUA 5P8UA 4A6CA 3R1GB 5IVTA 1XDHA 5P4ZA 3UQWA 4A6BA 1Z1HA 3O9DA 1TSQA 4Y3SA 4Y5GA 5P3DA 2O40A 3ZPTA 4GB2A 5IE1A 1BWBA 1MRWA 3IN3A 3PBZA 2R5PA 5P8JA 4GJAA 1LZQA 2ZHUA 5P2ZA 3PI5A 3KN0A 4NJTA 4CPXA 4RZ1A 5P4BA 5P3TA 4I8WA 5P8OA 4GYEA 4A4QA 2ZHRA 5P2BA 4GJ7A 1BV9A 5P31A 1ZTZA 3NU6A 3L59A 1W5XA 2AZBA 4ZSQA 3I6OA 1ME6A 4DJWA 2F3EA 3KDDA 5P0KA 4JPCA 4EPJA 4R92A 3K1WA 2O4PA 4HDPA 4FCOA 2ZGAA 5P03A 4Y45A 1BAIA 3UDKA 4KE1A 1LS5A 4Y4JA 4OBFA 4J55A 5P7JA 5P5OA 2OHKA 2QD6A 2AZ9A 2VKMA 4J1KA 4L1AA 2WEZA 5OZZA 3S7MA 4FAEA 1HPOA 5P5IA 5DR0A 1EPNE 2PWRA 4Y37A 3HDKA 2F3FA 5P08A 2HS1A 4XKXA 2RKGA 5P0QA 5P6LA 2WKZA 4Y4BA 2B8LA 4FS4A 3URJA 3UDHA 3SFCA 4J1IA 5OZFA 4OBGA 3NDTA 3OQKA 4COEA 5P1GA 4GJ6A 1BV7A 3T3CA 4J0ZA 5P7KA 4PHVA 3DCKA 5OZYA 4FAFA 2AVVA 5P7SA 3UDMA 3EL4A 4J0PA 4KUPA 2ZHVA 1META 4F73A 2OHMA 5P3QA 3FKTA 1LYBB 1EAGA 5P3WA 3I2LA 4OBKA 3OXWA 3WZ8A 1KZKA 4BELA 5P22A 5HDVA 2BKTA 2G1SA 3BHEA 4I0FA 4Y4UA 5HDZA 5OZKA 2Q54A 4I0JA 3VFBA 1K1UA 5OZ5A 4EHCA 1SIPA 5KQXA 3SA6A 4Z50A 2ZJNA 2HS2A 2RMPA 3VV6A 1IZIA 3DV5A 3OXXA 3EKTA 1HVLA 5P0PA 4K9HA 5P7RA 4OC6A 2RKFA 2ZHSA 3K5DA 1GVWA 5P8PA 1KJFA 2WL0A 3BUFA 5P2UA 1HVRA 3TPLA 5P73A 4EXGA 3PWWA 5P3RA 5P8GA 4XX3A 5KR2A 3D1XA 2QU2A 4MC9A 3WB5A 3UFLA 4Y3JA 1ER8E 5P6CA 1FIVA 2VIJA 5P32A 5P5KA 5F01A 1YX9A 3PCZA 3D20A 5P4RA 4Y6MA 7UPJA 5P0GA 1LYWB 1M0BA 4J5JA 2IGXA 2BPVA 1IVQA 5COOA 3QIHA 1APVE 1PSAA 5P7UA 3BGCA 4YD3A 5OZAA 5E5KA 3ZKXA 1D4HA 1W6IA 5P8FA 5DR7A 5P1FA 5P43A 2NR6A 4Y3YA 1KJGA 4Y3FA 4H3IA 3OXCA 1QS8A 1XL5A 4DJRA 5P11A 4FRIA 3NDXA 5HE5A 3OQFA 4IVTA 3PVKA 5P56A 1T7IA 3MSLA 1OD1A 2FNSA 1BVEA 1RQ9A 4D88A 2G20A 5ENMA 3UQUA 3SA5A 4DJPA 3TOGA 2QK5A 1MPPA 4N00A 4FM8A 2PMAA 3MXEA 2FIVA 4JECA 4WY1A 2VIYA 4J1EA 5P7XA 1W5WA 3RSXA 5P81A 1ZPAA 1FB7A 5P2AA 5P4VA 3CKPA 1HBVA 4ZSRA 4CPRA 5OZUA 2I4VA 5P80A 1FQXA 5P6PA 3DV1A 2BPXA 4Y4ZA 2QMPA 5P6ZA 3EM4A 2AVMA 3SA7A 1LV1A 1LF3A 1YTJA 3QRMA 5OZOA 3INEA 3KM4A 5OZ2A 4RVXA 2AOEA 1T3RA 5P3BA 1G6LA 4YCKA 5P3YA 1PSNA 3INFA 5P1LA 5ISJA 1MUIA 5P6DA 2OHLA 4B1CA 5OZNA 5P14A 2VJ9A 1QDMA 2WEDA 3RVIA 5SY2A 3GGVA 4Y5PA 1MVPA 1T7JA 5P0LA 3KDBA 1ZJ7A 2IQGA 2I4XA 5P3ZA 3UDJA 4X7IA 3TPRA 5DPZA 1CZIE 4XXSA 5P33A 3HVGA 2BKSA 4YBIA 3URLA 5OZIA 2VJ6A 1RPIA 3QVIA 1YTIA 3SKGA 1HIIA 4QLHA 4H3FA 3NDUA 2XFKA 2VA6A 5P8KA 3VSXA 4LL3A 5P88A 1EC2A 5OZJA 5P2SA 4RYCA 3KA2A 4X2LA 1C6XA 5E5JA 5BS4A 2Q3KA 5P4QA 2V12C 5HVPA 3OOTA 5OZPA 5I3XA 3G70A 3QRVA 1AJVA 1UPJA 4I0EA 4Q5MA 1FQ8A 4DPFA 4ZPEA 4FSEA 3LIVA 1D4KA 5P3NA 2Q15A 4EJDA 1HVJA 2B8VA 1TW7A 4J0TA 5P1SA 4CPQA 1GVXA 4OBDA 3URIA 3Q6YA 3SAAA 3FX5A 3PM4A 1N49A 2G94A 5P1EA 1FQ5A 5P6MA 4LXAA 5P1XA 3T7QA 5P38A 5P3AA 2Q11A 2I1AA 4IVSA 3VSWA 2B7ZA 2F80A 5P12A 5P4FA 3SKFA 1GVUA 2XFIA 5P40A 3ZKMA 3L38A 5P2QA 3GI0A 5P1OA 1BDRA 3O9LA 5OZDA 5P00A 5AHAA 5P5DA 4RVIA 2PH6A 2HM1A 1PSOE 2NNPA 3O9CA 5P1NA 1GKTA 4Y5KA 4KE0A 5P7QA 1HWRA 5OZ0A 3RTHA 3VFAA 5KOQA 2J9JA 3OXVA 4YD6A 2QCIA 3HVPA 3O9BA 2I0AA 3PLLA 5P2RA 4D89A 3TKGA 5HTZA 1IDAA 1W51A 5KAOA 2F3KA 5P39A 1VIKA 1W50A 2QU3A 3JVYA 1OEXA 2QHCA 4I10A 4OD9B 2XFJA 1W5YA 2HPFA 5P6OA 5P4PA 4DPIA 5P4AA 5OZ9A 4Y58A 2WF4A 3A2OA 2R8NA 2HB3A 3S85A 3DK1A 1B6JA 4Q1XA 1FGCC 5P1JA 3INHA 3ZKIA 4DQBA 5SXNA 1BILA 1DW6C 3PSUA 5P7AA 3APPA 4EYRA 3RTMA 3LNKA 1MSMA 4EWOA 5P2TA 3S45A 5COPA 3SA8A 3WSJA 3L3AA 2ASIA 2G24A 2ER6E 3GI5A 3BGBA 5P4TA 4EJLA 3CIBA 3IN4A 5P04A 4FRSA 5COKA 5P0JA 2HPEA 4APEA 5P4GA 3GI4A 4J54A 2QD7A 6UPJA 2P3BB 1IBQA 5P6BA 3KFSA 1K6PA 5DGUA 5OZ7A 4ACUA 2QI5A 3IXJA 2VJ7A 4LBTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6Y A;  4B1E A;  1ODX A;  2FXD A;  3JW2 A;  4DH6 A;  2G21 A;  3O9A A;  4TVG A;  3TLH A;  5P86 A;  5APR E;  1M43 A;  4Q1N A;  5P1D A;  3S54 A;  5AH6 A;  1GNO A;  1PRO A;  5P48 A;  5P06 A;  5P6R A;  2Q5K A;  4E43 A;  4Y3M A;  5P1B A;  4RRS A;  1J71 A;  3H5B A;  2G69 A;  5P5U A;  3PHV A;  2H6T A;  2ZJI A;  5P8C A;  2B60 A;  2G1O A;  1PPK E;  3OU1 B;  2JXR A;  2V11 C;  5P1T A;  5P6T A;  4ZSM A;  1BWA A;  2V13 A;  1FF0 C;  5AGZ A;  5P3X A;  3N3I A;  1E81 E;  3OWN A;  2UXZ A;  1YM2 A;  4Y5A A;  4K4R A;  3PJ6 A;  5P1V A;  5P4N A;  5P5Q A;  3PGI A;  4Y4W A;  5P1Q A;  2NXM A;  1EPQ E;  3VG1 A;  1BXO A;  1CPI A;  3Q70 A;  5P2E A;  5P65 A;  3SQF A;  1KJ4 A;  3IND A;  5C9F A;  4I11 A;  4I8Z A;  4RCD A;  3K5F A;  4F75 A;  3VYE A;  5P4E A;  3O9L B;  5P79 A;  3PMY A;  3T11 A;  1ZLF A;  4FE6 A;  1SME A;  4RCF A;  3NWQ A;  2UY0 A;  1HXW A;  5HE4 A;  3ZKN A;  3DM6 A;  4I0I A;  3ZLQ A;  5FIV A;  3BXS A;  2Z4O A;  4GJC A;  4JPE A;  3PMU A;  5P0N A;  4TRW A;  2J9J B;  1HTR B;  1HXB A;  1ZPK A;  5P3E A;  4F74 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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