4B78A

Aminoimidazoles as bace-1 inhibitors: from de novo design to ab- lowering in brain
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
384
structure length
372
Chain Sequence
EMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Core Refinement Toward Permeable Beta-Secretase (Bace-1) Inhibitors with Low Herg Activity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 372
sequence length 384
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b78A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b78A02
1E80E 2V10C 4LXMA 1QBSA 5P7HA 5P89A 1HHPA 4Y4JA 4J0VA 2QNQA 5BS4A 3SM2A 5P8JA 4EPJA 4D89A 4EJKA 4M8YA 3FNTA 5DGWA 3BVBA 4ZLSA 2G1NA 2ZGAA 5P0IA 4DFGA 5OZZA 4RLDA 2NTRA 2XYFA 2PC0A 3MSJA 5P47A 3BGBA 5P7DA 5P4CA 1ZPKA 3VYEA 1SH9A 2F8GA 3TL9A 4I1CA 3LZVA 4Y3EA 5P0DA 5P08A 1EC3A 2G94A 4APRE 3ZKQA 4HA5A 5P3FA 5P6ZA 3EKWA 3B7VA 2FS4A 4Y4AA 1SDTA 3OUAA 4GJ7A 5DR0A 2B42A 1BDQA 5P41A 5P2LA 3VF5A 2FGVA 2R9BA 5P7TA 5P61A 1K6TA 4ZSMA 1DPJA 4J54A 4YOAA 3S54A 1KJ4A 4FRKA 4XXSA 5P82A 5P6FA 3L58A 5P3KA 4D85A 4LXKA 4YD7A 4PZWA 3NDWA 2WEDA 5P0BA 2QI3A 5P5SA 4FAFA 1APWE 2QD7A 3ZL7A 4TRZA 3S7MA 2VNNA 3EKQA 5P06A 5P73A 5P0FA 1RL8A 1MT8A 4NJVA 5P2MA 5P11A 4K8SA 5P51A 4EWOA 5P2YA 4CPRA 1IZIA 4J1CA 2H6TA 3WSJA 3ZKIA 1YM2A 5P8AA 3EL4A 2VS2A 4J5JA 4Y3WA 4YOBA 2HB3A 3OTSA 5OZOA 2QI5A 2QZKA 1EPPE 5OZHA 2XFKA 2A1EA 3S2OA 1NPAA 1W50A 4B1CA 5P5VA 4DJQA 4EQ0A 3PGIA 3IVHA 1NSOA 2PWRA 3INEA 5OZXA 1EBYA 4HVPA 3IAWA 3K4VA 4CPUA 2AOIA 4JPEA 3L5CA 4OC6A 3APPA 1C6YA 1XL5A 1Q9PA 1HPSA 1W5VA 7HVPA 1GVVA 1PROA 1BV9A 3BC4A 3SLZA 4R8YA 4I10A 1YG9A 4Y39A 3K5CA 1LZQA 3QIHA 1OHRA 2ZHRA 3NXEA 1YTHA 1HPXA 4BFDA 5SXNA 2HPEA 1DMPA 5P0MA 5P4HA 3KMXA 5P5LA 5DQ1A 4AA8A 3VEUA 5P0HA 2HC0A 1B6LA 1SGUA 3EM4A 3SAAA 2JYSA 3PJ6A 3O9LB 3NDTA 5KQFA 4Y5MA 3HAWA 3SA5A 4Y4BA 1OD1A 4H3JA 2ER7E 3GI4A 2WL0A 1AJXA 3OU4B 1G2KA 1ZP8A 5P57A 4AUCA 2OHTA 4DVFA 4IVSA 1FQ5A 4H1EA 5P4SA 1DAZC 2WKZA 4DH6A 3KFSA 4I0GA 2PQZA 3N3IA 4RVIA 3DM6A 3UDKA 3OQKA 1A94A 1FG8C 1PSOE 2QNNA 1ODXA 4FS4A 3BXSA 1FFIC 1LYBA 2VA5A 5OYUA 1SMRA 4OBZA 2G27A 4Y3GA 5P3TA 4YDFA 2G26A 4GZFA 3OUDB 5OZRA 4JP9A 5P07A 1MIQA 5P2AA 5P2XA 3O99A 5KR1A 4FAEA 4MC6A 1ENTE 3QRVA 4QLHA 2SAMA 5P6SA 3MWSA 4RCEA 2QU3A 5P1XA 5B18A 5P2OA 5P14A 1TCWA 2O4LA 2AIDA 5UPJA 3EKTA 3SQFA 3HBOA 5P3HA 4TVHA 3U6AA 3TKWA 4B1EA 5P4AA 1SDUA 2V11C 5P1LA 5P8SA 2ZJIA 4OD9A 1RQ9A 1SGZA 1NPVA 3OHHA 5P6YA 1K6VA 3MSLA 1IDAA 4Y58A 3UFNA 3T6IA 4NJTA 2IDWA 5P4NA 4Y4DA 5P30A 1MERA 5P1MA 3TPPA 5P2RA 2HAHA 1QS8A 1G0VA 5P7OA 1MTRA 1ODYA 4EXGA 3VLBA 2NXMA 3OU4A 4H3FA 2UPJA 3K5FA 2FXDA 2OHKA 4J17A 4XX3A 3SKFA 5P6RA 4I0FA 2QP8A 5OZUA 1ZLFA 2PK6A 4Z22A 3I25A 4Y3HA 5HU0A 3UQPA 5P5GA 2B60A 4Y38A 3UF3A 1HVHA 2BKSA 4KE0A 4NJSA 2IGYA 5HDUA 4TRYA 5P45A 3DCKA 5P88A 4FLGA 5P1BA 4K4RA 5P0ZA 3KFPA 1IZHA 3L5BA 5P4ZA 3OWNA 4Y5CA 2P3CA 5OZNA 3BGCA 3PCZA 1BVEA 1W6HA 3Q6YA 2RENA 5P3YA 4ZPEA 4Q1NA 3LPKA 1YM4A 4FIVA 1SBGA 5P8GA 1HPOA 5P34A 5P7RA 1AJVA 4AZYA 2P3BB 4Y5PA 2HIZA 1OEWA 4J0ZA 5OZ5A 4DJOA 1B11A 2RKFA 3LITA 2OHSA 5P5XA 1B6KA 5P1WA 5P1YA 1FKNA 2F3FA 1ZBGA 3EL1A 4J1EA 3NR6A 3I8WA 1IDBA 2CEMA 4ACXA 5CONA 4RYGA 2AVOA 3ZKGA 5P3SA 4B72A 1ME6A 2PK5A 1WKRA 4J0YA 4Y43A 3QBFA 1UH9A 3I7EA 3FNSA 1EC2A 5P4VA 3OQAA 3NU5A 4KB9A 5CLMA 3K1WA 1HBVA 1WBKA 2PYMA 4BELA 1GNMA 5COKA 5P62A 4GJ8A 4Y9WA 5AHAA 3HVPA 4I12A 3UDJA 4Y41A 4Y3LA 5P0AA 5P3MA 5OZDA 4EP3A 3JW2A 3EL9A 3VSXA 3NU3A 4Y36A 3SA9A 4A4QA 4L6BA 4I8ZA 3SM1A 4CPQA 5P76A 5P1IA 5P7FA 5P03A 3LZYA 3TTPA 3AUPA 2AOJA 5P3QA 3LIQA 6APRE 5P7WA 3HZCA 1ER8E 4Y4EA 1BWAA 5P5MA 4F76A 2PH8A 3QI1A 5OYYA 5P7YA 4EHCA 3IXKA 1HVRA 2JJIA 5P00A 4D88A 3VF3A 3L38A 5J25A 4F75A 2WHHA 5P71A 5P5EA 3O9CA 5P0JA 5OZPA 1OEXA 2QI6A 2F3KA 3O9DA 4Q5MA 2WF0A 1EC0A 3G72A 1K1TA 5P4OA 1HOSA 1YTGA 5KOSA 1HSGA 1IZEA 4Y3XA 2Q63A 2R5QA 3PWMA 3I2LA 2QMFA 3NWQA 5P70A 4Y35A 4DQGA 4QJAA 2FNTA 4EYRA 1EPME 5P8IA 2ZJHA 4K4PA 2AOHA 5P3PA 4RROA 1W5WA 5P6NA 5DQ5A 5P0EA 1UH7A 4DQCA 4MC9A 4FM7A 4Y50A 2P8HA 2I4DA 3EL5A 2FIVA 5F00A 5ISJA 2QMDA 3Q3TA 5P0TA 2G21A 4COEA 1D4HA 2F80A 2WJOA 5P72A 2ZHSA 1AXAA 3UQXA 3L5DA 4EXHA 2O4NA 1BXOA 4JECA 3PEPA 1RV7A 4QJ6A 4Y3RA 4CPXA 4RZ1A 2VJ9A 5P1ZA 2B8VA 5P78A 5P3WA 3RVIA 5DGUA 5P65A 3O9GA 1UPJA 5FIVA 3VV7A 5P2DA 4PEPA 5P1CA 1M0BA 3OY4A 3PM4A 1FMBA 4ZPGA 3ER3E 2Q3KA 5P6BA 3PBDA 5AH6A 2AODA 5P8OA 3RTMA 2ZJNA 4HZTA 3T3CA 1QBTA 1FGCC 5P64A 1TZSA 3GGVA 4OBFA 1BIMA 3PVKA 5OYSA 1PSAA 3UCBA 3SA8A 5P5UA 5P87A 1HIVA 1SP5A 5P75A 3DUYA 5OZ8A 5P1RA 4DQEA 2QU2A 4OBHA 4KUPA 1YT9A 2J9KA 1K1UA 5I3VA 3Q70A 1XDHA 2OHQA 4Y3ZA 2QI4A 3O9AA 5KOQA 2ER0E 5T4SA 3S53A 2BPZA 3CYWA 4PZXA 1XS7D 2PSUA 2UY0A 3EKXA 5P4TA 4J0PA 2FGUA 3N4LA 2OF0A 3KF0A 5P3ZA 4ZPFA 3OGPA 3EM6A 5P7PA 1M4HA 2QMPA 1QBRA 4EJDA 4Y56A 2Q15A 5AHCA 5ER1E 4I0ZA 2QI0A 4MC2A 4U7VA 4L7GA 1C6XA 2RKGA 5BWYA 4LP9A 3VV6A 5P7CA 5DQ4A 2WF2A 3KFNA 5P3RA 2IEOA 5P8KA 3APRE 2CEJA 1K2CA 5P3NA 5P7MA 5P32A 3LNKA 5APRE 1B6PA 4DPIA 4OC6B 3DK1A 5P5DA 2NMYA 1MT7A 3LIXA 3TLHA 5DR4A 2P4JA 2ER9E 5P67A 1APUE 2ZE1A 3L3AA 2G22A 5P2EA 1HXBA 1MRXA 3JVWA 3B80A 1RNEA 3S8IA 1Z1RA 4ER2E 1EEDP 5P52A 2P83A 4GJ9A 3SACA 5P5CA 5P6JA 2ZDZA 1GVXA 4CP7A 3A2OA 5SY2A 4FM8A 5P63A 5P5HA 3OADA 4UPJA 3LIZA 5OZJA 5ISKA 1FIVA 1FQ6A 1PFZA 5P0QA 5P49A 2R5PA 4Z50A 3BUHA 1GNNA 1A8KA 5P4XA 2VIJA 3SA4A 3TPJA 5P09A 1TW7A 2OAHA 3DV1A 2Z54A 3OXXA 2BPWA 1LYBB 5AH9A 4K9HA 4OBZB 5P4QA 1FB7A 2XYEA 1EBWA 4HDBA 1AIDA 1MSMA 1BVGA 5P7BA 1EAGA 2QD6A 4TRWA 1BAIA 3EKVA 2BQVA 4Y3AA 2WF1A 3GI5A 3MSKA 1FLHA 5ER2E 2IRZA 3KT2A 1KJGA 1ZSRA 2G69A 1HPVA 3PSGA 2A4FA 4Z2ZA 5P4PA 5P20A 5P5KA 1Z1HA 4Y6MA 1TSUA 3QN8A 4Y4WA 5P7JA 2NNKA 5P48A 4IVTA 2AZ8A 4B05A 3PLLA 2G24A 3OUCA 3K5DA 4Y48A 1RPIA 4Y3PA 4OD9B 2QHCA 3NU4A 2Q55A 2PSVA 4EQJA 3PBZA 4DI2A 3QP0A 5KAOA 5P2GA 3UDNA 5P7NA 3S43A 5P68A 3WZ7A 4ZSPA 5OZ3A 6FIVA 5P3AA 5P3UA 2VJ6A 2QNPA 4DJUA 1HVLA 3TOFA 5P5PA 2FXEA 4RRNA 5P83A 4A6BA 1AVFA 3DJKA 2FDEA 3ZPTA 4A6CA 5P4BA 5DR1A 3RTNA 5OYTA 1F34A 5HDXA 3KM4A 3NWXA 3T7QA 3VCMA 1C70A 1BWBA 3R0WA 3UPJA 3ZKSA 3FKTA 4ZEAA 3CYXA 1D4KA 2J9JA 4FCOA 3FSMA 4ZIPA 1K6PA 4I0EA 2ZJMA 1EPNE 1SMEA 2QCIA 5OZ2A 3O9HA 4CPWA 3IXJA 3EL0A 5OZ0A 3RSXA 4DJRA 2P3DA 3PSUA 1IZDA 5I3YA 4B0QA 4KE1A 3LHGA 1G35A 2I4QA 3QPJA 3OTYA 3SO9A 2I1AA 5P3JA 5P8PA 4Y4TA 2Q11A 5KQZA 4EP2A 2R3WA 1FFFC 2BBBA 1PSNA 1PPLE 2QI7A 3OXVA 4HE9A 2AVQA 1B5FA 4HDFA 1TCXA 3GW5A 1LYWB 5P1VA 4N00A 5P1UA 2FLEA 1HVIA 2R38A 4LBTA 5P0PA 2ASIA 4Y5GA 8HVPA 4QJ2A 5P4EA 1D4YA 3QRMA 2OHNA 1LF4A 5P7XA 2ZJKA 3TOGA 3VSWA 3GGUA 2JXRA 5HCTA 2HS2A 5P2VA 5DR7A 3QROA 2QHYA 1FEJC 5E5JA 4FRJA 5P1EA 4FSEA 3SA6A 5JFPA 5P5QA 2AZCA 3OU1A 4I0IA 2CENA 1FQ7A 5HDVA 4QJ9A 5P44A 2OHMA 1LYAA 5KR0A 5P36A 2PH6A 5OZMA 2VKMA 3FNUA 5OYZA 3VUCA 5P1FA 3SA3A 4OBDA 5P1AA 3OXCA 5HD0A 3G6ZA 5P6KA 5P10A 1FQXA 5P2QA 1EPRE 5P1GA 2WEAA 1Z8CA 4Y3YA 3SABA 5P6MA 4Y4XA 5EZXA 2H6SA 4H3GA 2FDPA 5P5IA 1DW6C 3BRAA 3ZMGA 1B6JA 3EKPA 3JVYA 2I4VA 4Y44A 3UDMA 4Y3QA 2WEBA 4J1IA 3LPIA 1BBSA 3CKPA 4YE3A 4E43A 4DQBA 4U8WA 4NJUA 5P5RA 1GKTA 3OGQA 1LYWA 2V0ZC 5P6CA 5AH7A 1BDLA 1CPIA 2HB2A 5HE7A 5P18A 3IA9A 3L59A 2G20A 5KQYA 3TOHA 4LHHA 1UH8A 1GVTA 4DJWA 4DV9A 3SA7A 5P2UA 3VV8A 4DPFA 2XFIA 3LIYA 2AOCA 2B7FA 1LS5A 1HTEA 4Y51A 5P12A 4NPUA 3O9IA 4I0JA 4Y3DA 3HVGA 1B6MA 3R4BA 3I6OA 3UQWA 3O9EA 5AH8A 5OZCA 3KDDA 3TKGA 5P05A 5P1HA 5P5YA 2HB4A 2I4UA 3S56A 1CZIE 1HTRB 2XFJA 4X7IA 3WZ8A 5P2ZA 1F7AA 2R8NA 5P2HA 4ER1E 1QRPE 1T7KA 3FV3A 3PRSA 4ACUA 5P6AA 5JG1A 4ZSRA 5P6UA 2IKOA 1SIVA 5P1NA 5P8EA 5IVRA 4GJ5A 5P1DA 1D4JA 4YCYA 5P2FA 6UPJA 3LZUA 4Y5NA 5OZBA 5PEPA 2AZ9A 3LINA 3KA2A 5P6LA 4XKXA 5P60A 1EPOE 3KFRA 5P79A 3IN3A 2BKTA 5OZAA 3KDCA 4AA9A 5JFUA 2FMBA 4NPTA 5OZQA 3D1YA 3D20A 5P3BA 1HVSA 1TSQA 2ZHVA 1ZAPA 1D4IA 3CKTA 2V16C 1LV1A 3NDXA 5P35A 3TPRA 2V13A 3KT5A 4YHQA 2OHRA 1NPWA 1PPME 3BHEA 5P24A 3U71A 4Y5AA 3PWRA 4I0DA 1QBUA 3DOXA 4L7JA 5OZ7A 5HE5A 5P8DA 2VJ7A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1E80 E;  2V10 C;  4LXM A;  1QBS A;  5P7H A;  5P89 A;  1HHP A;  4Y4J A;  4J0V A;  2QNQ A;  5BS4 A;  3SM2 A;  5P8J A;  4EPJ A;  4D89 A;  4EJK A;  4M8Y A;  3FNT A;  5DGW A;  3BVB A;  4ZLS A;  2G1N A;  2ZGA A;  5P0I A;  4DFG A;  5OZZ A;  4RLD A;  2NTR A;  2XYF A;  2PC0 A;  3MSJ A;  5P47 A;  3BGB A;  5P7D A;  5P4C A;  1ZPK A;  3VYE A;  1SH9 A;  2F8G A;  3TL9 A;  4I1C A;  3LZV A;  4Y3E A;  5P0D A;  5P08 A;  1EC3 A;  2G94 A;  4APR E;  3ZKQ A;  4HA5 A;  5P3F A;  5P6Z A;  3EKW A;  3B7V A;  2FS4 A;  4Y4A A;  1SDT A;  3OUA A;  4GJ7 A;  5DR0 A;  2B42 A;  1BDQ A;  5P41 A;  5P2L A;  3VF5 A;  2FGV A;  2R9B A;  5P7T A;  5P61 A;  1K6T A;  4ZSM A;  1DPJ A;  4J54 A;  4YOA A;  3S54 A;  1KJ4 A;  4FRK A;  4XXS A;  5P82 A;  5P6F A;  3L58 A;  5P3K A;  4D85 A;  4LXK A;  4YD7 A;  4PZW A;  3NDW A;  2WED A;  5P0B A;  2QI3 A;  5P5S A;  4FAF A;  1APW E;  2QD7 A;  3ZL7 A;  4TRZ A;  3S7M A;  2VNN A;  3EKQ A;  5P06 A;  5P73 A;  5P0F A;  1RL8 A;  1MT8 A;  4NJV A;  5P2M A;  5P11 A;  4K8S A;  5P51 A;  4EWO A;  5P2Y A;  4CPR A; 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 1ZLF A;  2PK6 A;  4Z22 A;  3I25 A;  4Y3H A;  5HU0 A;  3UQP A;  5P5G A;  2B60 A;  4Y38 A;  3UF3 A;  1HVH A;  2BKS A;  4KE0 A;  4NJS A;  2IGY A;  5HDU A;  4TRY A;  5P45 A;  3DCK A;  5P88 A;  4FLG A;  5P1B A;  4K4R A;  5P0Z A;  3KFP A;  1IZH A;  3L5B A;  5P4Z A;  3OWN A;  4Y5C A;  2P3C A;  5OZN A;  3BGC A;  3PCZ A;  1BVE A;  1W6H A;  3Q6Y A;  2REN A;  5P3Y A;  4ZPE A;  4Q1N A;  3LPK A;  1YM4 A;  4FIV A;  1SBG A;  5P8G A;  1HPO A;  5P34 A;  5P7R A;  1AJV A;  4AZY A;  2P3B B;  4Y5P A;  2HIZ A;  1OEW A;  4J0Z A;  5OZ5 A;  4DJO A;  1B11 A;  2RKF A;  3LIT A;  2OHS A;  5P5X A;  1B6K A;  5P1W A;  5P1Y A;  1FKN A;  2F3F A;  1ZBG A;  3EL1 A;  4J1E A;  3NR6 A;  3I8W A;  1IDB A;  2CEM A;  4ACX A;  5CON A;  4RYG A;  2AVO A;  3ZKG A;  5P3S A;  4B72 A;  1ME6 A;  2PK5 A;  1WKR A;  4J0Y A;  4Y43 A;  3QBF A;  1UH9 A;  3I7E A;  3FNS A;  1EC2 A;  5P4V A;  3OQA A;  3NU5 A;  4KB9 A;  5CLM A;  3K1W A;  1HBV A;  1WBK A;  2PYM A;  4BEL A;  1GNM A;  5COK A;  5P62 A;  4GJ8 A;  4Y9W A;  5AHA A;  3HVP A;  4I12 A;  3UDJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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