4BELA

Bace2 xaperone complex
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
384
structure length
358
Chain Sequence
NFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASSDGFWTGSQLACWTPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMCYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/immune system
source organism Homo sapiens
molecule keywords BETA-SECRETASE 2
total genus 94
structure length 358
sequence length 384
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.45: Memapsin 1.
pdb deposition date 2013-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4belA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4belA02
4EJ8A 4QJ6A 3URJA 3PI0A 2QMPA 5OZCA 3UFNA 4A6CA 3TPPA 4COEA 1ZLFA 1XE6A 2QU2A 5P8EA 3DV1A 4K4PA 3KYRA 4Y3MA 1N49A 2FDEA 3HDKA 2VS2A 2HB3A 5F01A 5P5CA 1WKRA 4MC6A 3OU4B 5JG1A 3QAAA 2ER0E 3TKWA 5AH9A 5OYXA 1B11A 3APPA 4M8YA 2PYNA 3LZVA 5P7SA 4I8ZA 5P8FA 2NNKA 5P2VA 2WKZA 4LL3A 1GVWA 3HLOA 4DI2A 3SFCA 2JYSA 4TVHA 4DJWA 4XXSA 5P3AA 3ER5E 5DQCA 3GGXA 5OZ6A 3JVWA 3TPLA 3ZKXA 4B00A 5P50A 5DGUA 3D20A 5P3ZA 4Y3GA 3PWWA 5P36A 2R43A 5P62A 4I12A 5P8MA 1IVPA 3TKGA 5OYUA 3VYEA 5P1ZA 2BKTA 4DV9A 3OUDA 4ZSRA 5P0GA 1PPKE 4H3GA 3AIDA 4YOAA 3Q5HA 5P7BA 5P65A 4Y4JA 2BB9A 4HE9A 5P4LA 3L5FA 2AVVA 1SIPA 4Z50A 5P6AA 6FIVA 5P19A 3NWQA 5P1JA 5P7NA 5P5PA 4LXAA 3BUFA 4GZFA 4YA8A 5P69A 3PLDA 5OZQA 4I0EA 2Q55A 4OBFA 4J0PA 3KT5A 4GJBA 2ZGAA 4AMTA 1HSGA 3TH9A 4K4QA 3BVAA 3Q3TA 2XFJA 5P12A 3OXCA 4E43A 5BWYA 5P47A 1Z1RA 1QBRA 4Y39A 5DGWA 1BWAA 4L1AA 4R91A 2ZHUA 3DCKA 2R8NA 3VCMA 5P78A 1MSNA 3LPJA 5SZ9A 1HPVA 3FX5A 5ISKA 4TRWA 4Y3XA 5P6VA 2ZJLA 5HDVA 5P5EA 5KQYA 3RTMA 5P3QA 5P4SA 3FSMA 4Y53A 5P63A 4CMSA 1C70A 5P3WA 1EPQE 3L5EA 5P3SA 4DJQA 1HVLA 1T7JA 2Q15A 1MERA 5P7JA 5P7AA 1HVHA 5KQZA 4TVGA 3GW5A 5OZJA 1AM5A 4Y41A 3VG1A 5P46A 3T11A 3S7MA 5OZIA 3UDJA 4HLAA 4Y3EA 1MTRA 1F34A 1DIFA 3OUAA 4L1AB 3IN4A 1UH7A 3CIDA 4JPEA 2IGXA 5OZUA 3UDYA 5P5YA 3TNEA 3S56A 4OBGA 2QD6A 2QU3A 5COKA 3NU6A 4I0JA 5OZAA 3LIXA 3PHVA 5HDUA 2AZCA 4I1CA 3KDBA 3IXJA 5P17A 1W5WA 1ER8E 2AOEA 3T7XA 4Y5AA 5P6XA 1EBKC 2JJIA 3WZ8A 1YX9A 3FNSA 5HCOA 3SA4A 5P2EA 1B5FA 5C9DA 4YCKA 2F3FA 3VV6A 5P0VA 2WHHA 5OZRA 1RPIA 2PMAA 3HVPA 4Y4GA 3PGIA 5P4OA 1SH9A 3VV7A 5HE7A 1HBVA 3OUBA 4DQBA 3EC0A 5P4WA 5P4GA 3NWXA 1LYWA 5P1SA 1FQ4A 5OZYA 5P2NA 5BRYA 2R5PA 4EJDA 5P8SA 4YCTA 4Y4ZA 3R1GB 3NU4A 5P4XA 2QI1A 4FAEA 5P3PA 2P3CA 1B5FB 3GI6A 1AJXA 3GI4A 5P8VA 3JVYA 1AAQA 2HIZA 3MSJA 5DR4A 1MRWA 4J1EA 3UTLA 5P3CA 3BC4A 5DR8A 5OYTA 5P6HA 2AIDA 4FM6A 2UY0A 5OZ3A 1QS8A 3I8WA 5P5TA 3RSVA 1FMXA 5OZXA 1LYWB 5P55A 1KJ4A 3QRMA 4I8WA 1MVPA 4Y44A 2I0AA 3DM6A 2VNMA 2F3EA 5P2LA 5OYSA 5SXNA 2J9JA 4L7JA 2RMPA 3PMUA 4YDFA 5P3LA 2ZJNA 2V16C 5COPA 4YBFA 2PSGA 3OXXA 4J54A 3VSWA 4I0HA 4OBZB 1HEFE 3G70A 4EQJA 3TOHA 3KN0A 5P0XA 5CLMA 1HRNA 4QJAA 4Y3NA 5IVQA 5P5VA 3ZKMA 2PSUA 5P28A 3VYDA 1FLHA 1HVIA 5I3XA 2HS2A 3DK1A 4NJSA 3OU1A 4OBKA 4KE1A 3OQAA 4Y5LA 3ZPUA 4NJTA 5P0OA 5I3WA 2HB4A 5P8OA 4A6BA 5P4EA 2R5QA 4GMIA 5P7ZA 3VSXA 3R4BA 4J1HA 4FE6A 5P7GA 2G26A 3EL4A 2V10C 4Y35A 2CENA 5P53A 1LYBA 2QK5A 1AZ5A 4RRNA 4F74A 4Y3PA 4Q1WA 9HVPA 5DR0A 5OZMA 5P0JA 1IZHA 5P1QA 5P34A 5KQFA 2G1NA 4ZPGA 3OQDA 5P37A 4OC6A 5HVPA 2VA6A 4RLDA 2NR6A 3OU1B 2IQGA 2J9KA 2AOCA 4LXKA 1G2KA 5P5IA 5P57A 2PQZA 5P5RA 2O4PA 3NYGA 2O4SA 5P8PA 5P6TA 4Y5NA 4FAFA 3R2FA 4EXGA 1LYBB 4GJAA 3UQUA 2VIZA 1D4HA 3UF3A 1KJ7A 3PSYA 4Y4WA 3UQWA 3D1ZA 5P7YA 2P3DA 2G27A 4QJ9A 5P8RA 3SQFA 2ZJMA 2QNPA 3BGCA 4OC6B 5P4DA 5P7PA 3GGVA 3URLA 2PWCA 4AZYA 4Y3DA 5KOQA 4YD3A 3PSUA 4ZEAA 5P2IA 1ZSRA 4Y4XA 4Y51A 2HAHA 2BPVA 5P2DA 3SA3A 2V00A 4Y4BA 4KB9A 5P0WA 4DQGA 1TSQA 5P0PA 4DPIA 1LF4A 5P49A 4OBDA 5P5ZA 5P45A 1MT7A 3NU3A 3CYWA 5P6FA 4QLHA 5P1XA 2WF2A 2IKUA 5KR8A 5P2OA 3EKXA 3OTYA 3QN8A 3L5DA 3UDMA 5P1VA 1ZP8A 3U6AA 1W50A 3OTSA 3OOTA 2ER7E 4FM7A 2AVSA 2XFKA 3S54A 2I4VA 3SLZA 1HPXA 4Y4DA 1PPLE 2Q5KA 4GJDA 2Q11A 3KFNA 2A4FA 3MSLA 1TCWA 5P1TA 3UFLA 3R0YA 2QNNA 4R95A 3QI1A 4RROA 5P2AA 1G6LA 2H6TA 2O40A 3S7LA 4CPQA 4EQ0A 1SDTA 3LHGA 5P51A 5HU0A 3EM3A 5P15A 4H1EA 4Y3TA 4R5NA 5OYZA 2QCIA 4GJ9A 3O9IA 3I25A 5P44A 1Q9PA 1TW7A 5P8CA 4Q5MA 2BBBA 1OD1A 5P8UA 4U8WA 1SP5A 3OAGB 1EPOE 4RZ1A 3PRSA 5P20A 2CEJA 4ZSPA 2EWYA 5P09A 4I0IA 2PWRA 3PBDA 3L3AA 5IS4A 3VV8A 3SAAA 5P8JA 2NTRA 5P0DA 1T7IA 3SACA 2WEBA 2VA7A 5P7XA 3T3CA 4LC7A 2HS1A 5P0QA 1LS5A 5P8KA 1EBZA 5BS4A 3VYFA 1IDBA 3BGBA 1YTIA 3K5DA 2OHLA 3UQXA 2ZDZA 1SMEA 3CKTA 5P72A 3BHEA 5P0ZA 3UHLA 5P4BA 5P3UA 4J0YA 3O9GA 5P3DA 4HDBA 5P3JA 7HVPA 2RKGA 4AA8A 3INEA 5P1BA 4RCDA 3HW1A 5P74A 5P7MA 3SM1A 5P7KA 4GJ5A 5JODA 4M8XA 1UH9A 5P8HA 2B60A 2NMYA 3D1XA 3SA7A 5P0EA 3OU3A 1A30A 4PEPA 2P3BB 5P5OA 3D91A 1EC3A 3SO9A 1FQ7A 2NXDA 4Q1NA 3EBZA 5OYYA 4Y45A 5P89A 5P61A 4B1CA 1ZJ7A 2SAMA 2NMZA 5P2HA 3H0BA 5HU1A 1PFZA 1MT8A 5P8GA 3SA8A 3TOGA 2FIVA 5P24A 3MSKA 3UQRA 1BXQA 1C6YA 4CPUA 3UCBA 5P08A 2QHZA 2VNNA 5OYRA 2OHQA 1K1TA 4H3JA 4TRYA 5AHBA 4ER2E 2JJJA 3VFAA 4LBTA 3LZSA 2QI6A 1BV7A 2WF3A 3PLLA 4FS4A 5AH7A 5KR2A 3VF7A 3NXNA 5P39A 5OZ5A 2WF0A 4YBIA 1ODWA 3UDKA 5KR0A 4RGHA 1MUIA 5I70A 2FMBA 5OZHA 3QP0A 1KJHA 3TOFA 3NSHA 2JXRA 3JW2A 4Y3HA 3KDCA 5IVRA 3OUCA 5P0BA 4JPCA 2HB2A 3NR6A 5P2MA 3HAWA 3O9EA 4J17A 1IZEA 3FKTA 2ZHRA 2Z4OA 1APVE 1DPJA 1W6HA 4DQCA 4NJVA 2BKSA 2G94A 3KT2A 5DR7A 1E82E 4D85A 3O9FA 4CPWA 2AOIA 1AVFA 3PWMA 1HXWA 5P4HA 5DQ2A 5P1MA 1YG9A 3VF5A 4YD5A 1EPNE 3GI5A 4Y3AA 3RTHA 4QJ8A 4Y4AA 1ENTE 1C6XA 4Z2ZA 2ZHSA 4I0GA 2I4QA 3BVBA 5HD0A 5P1NA 3UDHA 1GKTA 3ZLQA 5DQ4A 1XN2A 2VA5A 4Y48A 3VUCA 2Z54A 5P33A 1HVKA 3EKVA 1BXOA 3D1YA 5HE4A 5P6QA 3TLHA 2QP8A 3QS1A 2G69A 5KAOA 3SABA 5P4VA 1BWBA 5OZBA 3DV5A 5OZ9A 1MTBA 2ZE1A 3QRSA 5P0RA 4APEA 3QIHA 2OHSA 3PSGA 2BPZA 4Y3ZA 2FNSA 4EYRA 5DPZA 3O9CA 5P6ZA 5P56A 4LP9A 3IA9A 5P1WA 3PI5A 1FB7A 1PROA 1K6CA 2AVMA 3WZ7A 3B80A 5P30A 2JE4A 2QNQA 5P2WA 1VIKA 1HXBA 3BXRA 3IAWA 2QI3A 1EEDP 5KQXA 2F81A 5P29A 1K6TA 1BVGA 1IZDA 5HE5A 4IVSA 5P4UA 3IVIA 5P5XA 3ER3E 3BUHA 1HTGA 1G35A 4FL8A 5P5WA 1ODYA 4XX4A 1CPIA 2ZJHA 2AOHA 5P6IA 1LV1A 2AVOA 3LIYA 1UH8A 3Q4BA 1OHRA 3FNUA 1IZIA 5C9BA 3UDNA 2XYEA 2OAHA 2R3WA 5P23A 3OQ7A 4Y6MA 3PBZA 4S1GA 5P6SA 4DJPA 4K9HA 5P4QA 4Z4XA 3S43A 1FEJC 1JLDA 3VF3A 4LAPA 5P4IA 4EHCA 5P52A 4RYGA 5OZPA 3TTPA 4H3FA 3NDXA 4FRIA 4B72A 1FFIC 5P82A 3IGBA 1E5OE 1DMPA 1IVQA 4QJ7A 5OZZA 5P5DA 3QROA 4OBZA 4CKUA 1CZIE 1ZAPA 5P3FA 1OEWA 2OHTA 3C9XA 5P31A 1AIDA 4GJ6A 1FIVA 5FIVA 2F8GA 5P16A 3S43B 1BILA 1PSNA 2IEOA 1NSOA 1K2BA 2G1SA 3FV3A 4YHQA 4JP9A 3HD8A 3PJ6A 4I10A 2PYMA 2IENA 1PPME 2WEZA 1BBSA 5P83A 4Y5KA 3O9HA 1XN3A 5P40A 3G72A 4L6BA 5P5FA 5P2KA 1T3RA 2AQUA 2G1YA 4OD9A 6UPJA 2G22A 4YDGA 1HTRB 1FKNA 2MIPA 5P7TA 5P14A 5P1KA 5P6YA 4FSEA 5P3KA 1T6EX 5IVSA 3T7QA 3PB5A 5P6WA 5OYQA 1QBUA 3K5GA 2FDPA 5P0LA 5P7RA 1GVXA 4B05A 4F73A 5P32A 1QDMA 4Y4TA 1EC0A 7UPJA 1W51A 5P1PA 1GVTA 2VIYA 1HOSA 1FMBA 1W5YA 4H3IA 4J1KA 4LHHA 4WY1A 1SDVA 5P5NA 5P3IA 1EC2A 2XFIA 3LIQA 4IVTA 4NPTA 4JOOA 4OD9B 5P73A 3EL9A 1XDHA 5KOSA 5P6PA 5P6CA 2QI7A 5P66A 5P27A 3N4LA 1PSAA 3ZKSA 5P01A 2OHNA 5P2UA 5P1DA 1EPME 1D4KA 4EJKA 4L7HA 1NPWA 4ZPFA 1ME6A 1QBSA 2OHUA 3RVIA 4DFGA 1NPAA 1W6IA 2B7FA 1HVJA 1MESA 5OZKA 4RVJA 5DR3A 2VJ9A 5P4NA 1GNMA 4QGIA 2PC0A 5P3RA 4Y3JA 3I6OA 4HEGA 4Z22A 3QPJA 2Q3KA 4GJ8A 5OZ0A 1J71A 4EXHA 5P5SA 1GNOA 4CPRA 1U8GA 1KJFA 3L59A 3EKTA 3K1WA 5P5UA 1CMSA 5P70A 3NU5A 3KDDA 3LPKA 2QI5A 1HIIA 5PEPA 3OGQA 3EM4A 4GB2A 2R9BA 4Q1XA 5E5KA 2FXEA 5P22A 5EZXA 1C6ZA 1A9MA 5HDXA 1MSMA 5P3YA 2BPXA 4KE0A 5ENKA 5P5BA 3RU1A 4J0TA 3ZMGA 3SA9A 4X7IA 3HAUA 3QVIA 5ER2E 2NXLA 3D3TA 4Y3FA 5P7VA 3ZOVA 2G1OA 2FS4A 4PZXA 4Y38A 3OHFA 5P1RA 3NDTA 1OEXA 5P8NA 4FRJA 2AOGA 1HPOA 6APRE 3UPJA 1FGCC 3OAGA 3ZKQA 5P3BA 2OHMA 5TOLA 3DUYA 4HZTA 3S45A 4Y4EA 1EBYA 1YTHA 5P05A 5OZ8A 5P2ZA 3LZUA 4DJVA 5KR1A 5P7DA 5P0FA 5P26A 1HPSA 5P2YA 2O4NA 1RV7A 4ACUA 3KA2A 5P5JA 1YM2A 4Y47A 1XE5A 5P2FA 3LPIA 3O9DA 3S8IA 2R3TA 4I0FA 4ZSMA 2HC0A 1FFFC 1YTGA 3RTNA 3OY4A 4B77A 2FGUA 2QZLA 3IXKA 5F00A 3FIVA 5ER1E 4U7QA 5C9FA 3DCRA 4F76A 3GGAA 2B8LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4EJ8 A;  4QJ6 A;  3URJ A;  3PI0 A;  2QMP A;  5OZC A;  3UFN A;  4A6C A;  3TPP A;  4COE A;  1ZLF A;  1XE6 A;  2QU2 A;  5P8E A;  3DV1 A;  4K4P A;  3KYR A;  4Y3M A;  1N49 A;  2FDE A;  3HDK A;  2VS2 A;  2HB3 A;  5F01 A;  5P5C A;  1WKR A;  4MC6 A;  3OU4 B;  5JG1 A;  3QAA A;  2ER0 E;  3TKW A;  5AH9 A;  5OYX A;  1B11 A;  3APP A;  4M8Y A;  2PYN A;  3LZV A;  5P7S A;  4I8Z A;  5P8F A;  2NNK A;  5P2V A;  2WKZ A;  4LL3 A;  1GVW A;  3HLO A;  4DI2 A;  3SFC A;  2JYS A;  4TVH A;  4DJW A;  4XXS A;  5P3A A;  3ER5 E;  5DQC A;  3GGX A;  5OZ6 A;  3JVW A;  3TPL A;  3ZKX A;  4B00 A;  5P50 A;  5DGU A;  3D20 A;  5P3Z A;  4Y3G A;  3PWW A;  5P36 A;  2R43 A;  5P62 A;  4I12 A;  5P8M A;  1IVP A;  3TKG A;  5OYU A;  3VYE A;  5P1Z A;  2BKT A;  4DV9 A;  3OUD A;  4ZSR A;  5P0G A;  1PPK E;  4H3G A;  3AID A;  4YOA A;  3Q5H A;  5P7B A;  5P65 A;  4Y4J A;  2BB9 A;  4HE9 A;  5P4L A;  3L5F A;  2AVV A;  1SIP A;  4Z50 A;  5P6A A;  6FIV A;  5P19 A;  3NWQ A;  5P1J A;  5P7N A;  5P5P A;  4LXA A;  3BUF A;  4GZF A;  4YA8 A;  5P69 A;  3PLD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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