4BFBA

Bace2 xaperone complex
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
383
structure length
373
Chain Sequence
FLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVAGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/immune system
molecule keywords BETA-SECRETASE 2
publication title Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 99
structure length 373
sequence length 383
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.45: Memapsin 1.
pdb deposition date 2013-03-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4bfbA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4bfbA02
3U71A 5P2CA 4Y5GA 1HPXA 4BEKA 1FFIC 3NU5A 2FDDA 3UDHA 4NJUA 1FQ5A 1HPOA 2PWCA 5OYUA 1KJ7A 1LEEA 2O4PA 1LF3A 4ZPGA 1Z8CA 3UQPA 5AHBA 5P5BA 3D1XA 4FRIA 3LIXA 5DR3A 5KQYA 4Y4ZA 3TNEA 1DP5A 4ZSMA 4FM8A 3O9LB 1ZSFA 4DH6A 1K1TA 3WZ8A 5P6FA 2BPYA 5P3EA 3R4BA 1MTBA 5P1VA 1HVCA 1YTIA 5IVQA 1D4SA 4PEPA 3VYFA 1EBZA 3AUPA 5P1BA 2XFJA 1HSGA 3IAWA 3NLSA 5OZJA 1HPSA 1MT7A 3VF7A 5P0TA 1WBMA 2AOJA 4COEA 3OU3A 3CKTA 3PM4A 5P31A 3SFCA 2WEAA 3KT5A 5KQFA 2ZJHA 3OOTA 1D4YA 5P5PA 1EC3A 4BELA 1FQ4A 1BDRA 4DQBA 3G72A 4Y3AA 3VG1A 5P8DA 4ACUA 5P7CA 5P0IA 4J54A 4Y3GA 5P13A 5P62A 2H6TA 1W5YA 1FEJC 3DCRA 2QCIA 5OZVA 3PLDA 5P5KA 3UQXA 5P6BA 2QI3A 5P3GA 5P83A 5P2NA 3OAGB 5P6NA 4EQJA 1APUE 5P88A 3R0YA 3HVPA 1BILA 5P3AA 4Y37A 2BPWA 4EHCA 3OQFA 1FKNA 4QJ2A 3IN3A 1FMUA 1F7AA 2OHPA 4DJWA 4JOOA 3PI5A 4LAPA 5P68A 1UH7A 1HWRA 5P2JA 5P4DA 1FGCC 2PSVA 5DR0A 2QD8A 1OEWA 4Y4DA 1LYBB 5P08A 1TSUA 3OXXA 3Q5HA 4XKXA 4RCEA 5P34A 4RGHA 2CEJA 3K4VA 3G70A 5HD0A 5P0XA 5OZOA 1EBWA 3OK9A 1RPIA 2BJUA 5DGWA 4HA5A 3T7PA 3EL5A 7HVPA 2VA6A 5ER2E 1YM4A 5P57A 4ZSQA 3DM6A 4DV9A 3SA7A 3KN0A 3QVCA 5P32A 3PWMA 5P52A 2IGXA 5P7WA 1LYWB 4RVXA 4B0QA 3FX5A 3OU4B 4I10A 1FG6C 3PMUA 2PYMA 4CPWA 3G6ZA 2FMBA 2ZJMA 2NXLA 5DQ2A 3GI4A 1PPLE 5P2KA 2R5QA 5P1MA 4Y4XA 2Z54A 5I3YA 2IRZA 2P83A 4DJPA 3RVIA 4Y36A 3TH9A 3VSWA 3EM4A 1BBSA 5P7YA 3UCBA 1QRPE 3S8IA 1D4HA 5P8IA 1KJFA 2A1EA 5EZZA 1APWE 4B05A 3QBFA 3CKRA 2PK5A 5P4AA 2NNPA 2QZWA 3JVWA 5P1LA 4L7HA 4I0JA 1HTFA 1HIHA 2HIZA 5P18A 1MTRA 2AZBA 5ISJA 4QJ8A 5OZSA 4CKUA 4LXMA 5P7MA 4J1CA 5P5EA 4NKKA 2PK6A 1AVFA 2FIVA 4HZTA 5OZ4A 6UPJA 5UPJA 3TTPA 5P2YA 5P7KA 4GJAA 5P2WA 5P65A 2P8HA 5P1HA 2FXDA 4B78A 3O9IA 2AZ9A 5P4QA 1HVRA 3S43B 4DJOA 4B00A 2QD6A 1Z1HA 2OHQA 2FGUA 4CPQA 5P3PA 3EXOA 5SY3A 4H3IA 2AQUA 3IXKA 3NUOA 1UPJA 3NWQA 5P8OA 2IGYA 4Q1YA 5P3IA 3MWSA 1IDBA 3OU1A 1GVWA 5ENMA 3SA9A 1E82E 5P06A 4QJAA 3S54A 4I0EA 5P1EA 1W50A 5P6GA 3LZVA 1OD1A 4D88A 5AH6A 5P37A 5P28A 5P50A 2Q64A 1ZPKA 2J9JB 5P42A 3PRSA 4YA8A 3UDNA 5P4KA 5I70A 3UHLA 2P3DA 1K6VA 3PBZA 4ER2E 1T6EX 5P8AA 5P7IA 2HS2A 5KR0A 3VF5A 1PSOE 2AOEA 1EC0A 1PPKE 5HU1A 2HS1A 5P5JA 1GNOA 4NPUA 5P73A 5P01A 4Y4GA 5CONA 5P3MA 3WSJA 4Y54A 1HTEA 4YCTA 1FG8C 2P3CA 2G94A 3U7SA 5P0AA 2R8NA 1W5XA 4RROA 3SM2A 1F34A 3OQAA 4DJXA 1EPLE 5P45A 4GJ7A 3KDBA 3LPJA 4Y43A 5P5GA 5AHCA 1BXOA 1MUIA 3D91A 3CYXA 5P5IA 3BUHA 1B6MA 5P61A 5P1QA 3OXVA 4EWOA 4I0HA 4H3FA 4I0FA 5P76A 2V11C 2QZXA 4L1AA 4J0ZA 4H3GA 2V10C 5P6PA 4K8SA 4J1HA 4CMSA 4TRZA 1PPME 5P3SA 4KUPA 3BXSA 4S1GA 2VA5A 3QS1A 3BVAA 5P53A 3KMYA 1EBKC 5P3KA 3PGIA 4D8CA 2NNKA 3PWWA 4Y44A 4HVPA 4B70A 3R0WA 5P71A 2APRA 1IDAA 5P7JA 3EBZA 5P29A 4L7GA 4Y5AA 1IZHA 1HHPA 2QHZA 2NPHA 2HM1A 3KDDA 5P8FA 3APRE 3U6AA 2G21A 3EKWA 2G27A 5P20A 1MT9A 2V0ZC 4J0TA 3EKPA 5P3NA 3L5EA 1CPIA 2Q3KA 5P48A 2QMGA 2IS0A 5P26A 4Y6MA 4HDFA 5HDVA 5IE1A 4I0GA 2UPJA 5P55A 5P3LA 3HLOA 3SO9A 4WY1A 3SM1A 5P8UA 4FCOA 5APRE 3DCKA 5P6ZA 5P80A 4ER4E 5DR4A 4YDGA 5P8QA 4NJTA 4DFGA 3PB5A 3HDKA 1GNNA 3NXNA 1HIVA 5P5VA 4XXSA 3DV1A 5P4SA 4EP2A 3O9DA 1K6CA 1K6PA 5P3VA 2BB9A 5P2GA 2PYNA 1JLDA 3O9HA 2WJOA 1XL5A 1IZIA 1BWBA 2I1AA 2HPFA 3VLAA 5P5ZA 1B6PA 4FRJA 5HVPA 1GNMA 5IVRA 1MIQA 3PCZA 3OHFA 5P4EA 3T6IA 3UQUA 2IDWA 1CMSA 5OZPA 1K2BA 5P0NA 3SA3A 5P4VA 5P4GA 5DQCA 2B8VA 5OYVA 4IVTA 4H3JA 3UPJA 3ZKSA 2F3FA 5P0HA 3ECGA 3LPKA 4YCKA 4EJDA 1OHRA 4U7VA 3URLA 4BFDA 3TOHA 3PWRA 5DR1A 4J0PA 5COOA 4AUCA 3QIHA 4EP3A 5P22A 3I8WA 3KYRA 4EYRA 4B1EA 3EKVA 1SP5A 5KOSA 5P56A 4KE0A 1Z1RA 3EL4A 1NPVA 5C9DA 1HSHA 3HZCA 4Y5MA 4RZ1A 5P24A 5P14A 4U8WA 1NPAA 3UTLA 5P3CA 1HVKA 1TCWA 3KM4A 3GGXA 1FB7A 5HDZA 5P6OA 2AZCA 2PWRA 5P64A 5P63A 5P5FA 5P4MA 3OUAA 3EKQA 4JP9A 4FM7A 5KR2A 2EWYA 5OZ1A 5P7TA 4OBHA 5P0VA 1FQ7A 2AIDA 5P72A 5P87A 1VIKA 3QP0A 1B6JA 3BUFA 2F81A 2I0AA 2OHUA 2G1OA 1XL2A 4J17A 1MESA 2WHHA 3OTSA 5P6DA 1ZP8A 5P2MA 3TOGA 5P04A 1APVE 4TRYA 3OQ7A 5P5SA 5KQXA 5P8VA 8HVPA 3QAAA 3IXOA 3NDUA 5P12A 3LINA 3PSUA 5P6HA 3URJA 4YCYA 1A30A 4DVFA 1ODXA 4JPCA 1HPVA 3OOZA 5P3JA 4LBTA 2FS4A 4Y47A 4Y50A 1SDVA 4FSLA 5P0KA 5P89A 2QMDA 1ENTE 2B60A 4HDBA 2P3BB 3URIA 4Y3WA 2Q63A 3DJKA 5P4CA 4Q1WA 1ZSRA 1EPOE 1SDTA 3BC4A 4R92A 1U8GA 1C6ZA 3HW1A 5P2HA 5P6MA 5P5LA 5P6SA 5OZMA 3GGUA 5P3RA 5OYWA 3T7QA 5OZLA 4CPTA 5P8TA 3IVHA 3SA6A 2IKUA 3SA4A 3VFAA 4GJDA 5HE7A 4Y53A 2F80A 5OZIA 1LS5A 2RSPA 3SAAA 3VUCA 4GJCA 1DPJA 3HAWA 3EL9A 5P6QA 3TLHA 1HVJA 1W51A 4OD9A 1IZDA 2AOFA 3O9CA 4EQ0A 1VIJA 5P7GA 4YBIA 4F74A 5I3WA 3VYEA 4FS4A 2ER7E 1N49A 5OYXA 5P5YA 4PPHA 4DJQA 4XX4A 1FQXA 4FAFA 2WF3A 4DPFA 7UPJA 5P5AA 2QI4A 2P3AA 3VV8A 4B72A 3OXCA 3UDKA 5P5MA 2NR6A 5OZYA 4RYCA 1MEUA 3OY4A 4APEA 1SGUA 5P0FA 1M0BA 5P8PA 3O9EA 3B7VA 3GI6A 1SBGA 1G0VA 6APRE 5JODA 1D4KA 5OZFA 1MERA 3ZKQA 1EPRE 5P3HA 5DPZA 4K4RA 4Y3TA 5P8KA 1E5OE 1YX9A 5SY2A 4EXHA 3PSGA 2OHLA 4OC6B 5P3UA 4M8XA 1PROA 4I12A 5PEPA 3DV5A 1QBTA 3S7MA 5P46A 5JFUA 1UH9A 4YD4A 4OBZB 5P8CA 3UDPA 1ME6A 5P1JA 3WZ7A 3OADB 3CKPA 3VCMA 4Y4UA 4TVHA 4Z22A 5HE5A 1ER8E 2O40A 2O4KA 3OQKA 4Y3LA 5HCTA 4NJVA 3S56A 1G35A 1GVXA 5P7LA 9HVPA 1M43A 4OBKA 3S85A 5J25A 2VJ9A 2V00A 2PMAA 3HBOA 5P60A 1BXQA 1AIDA 1BWAA 5P3QA 4XX3A 4Q1NA 1MSMA 5P4ZA 1AJXA 1AXAA 5P8LA 1A8KA 1T6GA 4JPEA 1TCXA 3GW5A 2VJ7A 1RQ9A 1W5WA 4D89A 5P2RA 1ZBGA 5P0JA 1YG9A 4KB9A 5P1DA 1NH0A 4Y56A 3UFNA 3JVYA 3NSHA 2UXZA 4MC6A 1D4IA 4ZSRA 3LPIA 5P6LA 4DJRA 5P79A 4Y5PA 1SMRA 3K1WA 1C6XA 1FQ8A 5P85A 2QI7A 5DQ1A 1MRWA 4Y3SA 2JE4A 2WECA 2QU2A 3WZ6A 1BV7A 3RTNA 4Y4BA 5P49A 5P7AA 4KE1A 3CIDA 1NSOA 4N00A 1ODWA 1A94A 2VIJA 4FL8A 5COKA 4LP9A 3QRSA 3ZKMA 1EC2A 2WF2A 3O9LA 1T7JA 3D20A 2R43A 3NU9A 5P4XA 3OHHA 4RYGA 2QU3A 5CLMA 2G24A 4HEGA 2ZGAA 4K4QA 2B8LA 3INDA 5P1IA 5OZAA 4HE9A 5P6CA 4WY6A 5P3ZA 4Y5KA 4I8ZA 2F8GA 2ZJJA 5SXNA 2QI0A 5P47A 3L58A 1BV9A 4Q5MA 5P2TA 3K5DA 5OZBA 1TW7A 5JG1A 5P19A 3O9BA 4Y51A 5AH7A 4EXGA 4QJ6A 5F00A 1PSAA 1G2KA 2Z4OA 5P00A 2I4DA 4DQHA 5P5WA 2G1YA 1YT9A 1LZQA 3R2FA 5P1OA 3PHVA 2VNNA 4OBFA 4YD7A 2BPVA 4DQEA 3NU4A 4Y3HA 1HSIA 4YOAA 3LHGA 3NU6A 3PJ6A 3OAGA 4ZPFA 5P58A 5P38A 4DQGA 5OYRA 1HVHA 2AZ8A 2OHMA 1K2CA 3RSVA 4I0ZA 3ZKGA 5P0LA 1XE5A 3OUBA 4J1IA 5P74A 3S45A 2ZE1A 4F73A 4CPXA 5P0ZA 3OUDA 5P4TA 1FLHA 5P3YA 4EJKA 5P4LA 1YTHA 1LYBA 5P8RA 2HC0A 4AA9A 4J55A 5P6YA 4BFBA 2G1SA 5OZTA 5P4OA 1C70A 5HTZA 5P23A 5P0BA 4K4PA 1LYAB 3KDCA 4GJBA 1K6TA 2QHCA 3TPPA 1B11A 5KAOA 3L3AA 1LYWA 2SAMA 5P5TA 4GIDA 3RTHA 2G20A 2VIYA 3PEPA 1ZTZA 5B18A 5HE4A 1SH9A 2OHNA 2G1NA 3TOFA 3VV6A 2R3TA 3INHA 2IQGA 1T7KA 5P36A 1HRNA 2AVVA 2VIEA 3LIZA 5OZQA 2FGVA 1B5FB 4RCDA 5P2LA 2ZHRA 1QBSA 4Y57A 5P7XA 4FIVA 5P3TA 4RVIA 4LC7A 5P2VA 3RU1A 1BDQA 4RLDA 5OYSA 2F3EA 1RL8A 3SA8A 1BVGA 3PI0A 2Q11A 1A9MA 4RVJA 3OGPA 3GGAA 5P6VA 4DI2A 2OHKA 1ZAPA 2RKGA 2JYSA 4Y3PA 5P1KA 4RCFA 5P7RA 3O9FA 3QVIA 5P35A 2JXRA 2QMFA 3S43A 4GJ5A 1BDLA 5DR7A 5OZRA 1YTJA 2QZLA 5OZDA 5P4YA 3MXDA 2ZJNA 5P2EA 5P0GA 2HPEA 3ER3E 4Y4TA 1C6YA 1RNEA 1EC1A 5P8BA 4M8YA 5P59A 5P66A 1E80E 1D4LA 3BUGA 1KJGA 4FRSA 5P3FA 4APRE 4MC2A 3RSXA 4NPTA 5I3XA 4MC1A 5P4JA 3NDTA 2J9JA 5IVSA 3NUJA 2OHRA 1M4HA 5P5UA 3RTMA 2BPXA 1EPQE 3DUYA 5P7ZA 2QD7A 3D1YA 3NR6A 2I4WA 4TVGA 1IZEA 5OZXA 5P1YA 1T3RA 4FSEA 5P11A 4J1EA 5P0UA 3BHEA 3PLLA 3M9FA 3C9XA 5OZUA 5P3DA 5P67A 3UF3A 5P17A 4QGIA 5OZ6A 1KJ4A 5KR1A 2NXMA 5HU0A 2B7FA 3KT2A 4ZIPA 3FNTA 1IIQA 5P70A 1HXBA 3KF0A 4U7QA 4K9HA 3NDXA 5ISKA 5AHAA 5P5XA 4DQFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3U71 A;  5P2C A;  4Y5G A;  1HPX A;  4BEK A;  1FFI C;  3NU5 A;  2FDD A;  3UDH A;  4NJU A;  1FQ5 A;  1HPO A;  2PWC A;  5OYU A;  1KJ7 A;  1LEE A;  2O4P A;  1LF3 A;  4ZPG A;  1Z8C A;  3UQP A;  5AHB A;  5P5B A;  3D1X A;  4FRI A;  3LIX A;  5DR3 A;  5KQY A;  4Y4Z A;  3TNE A;  1DP5 A;  4ZSM A;  4FM8 A;  3O9L B;  1ZSF A;  4DH6 A;  1K1T A;  3WZ8 A;  5P6F A;  2BPY A;  5P3E A;  3R4B A;  1MTB A;  5P1V A;  1HVC A;  1YTI A;  5IVQ A;  1D4S A;  4PEP A;  3VYF A;  1EBZ A;  3AUP A;  5P1B A;  2XFJ A;  1HSG A;  3IAW A;  3NLS A;  5OZJ A;  1HPS A;  1MT7 A;  3VF7 A;  5P0T A;  1WBM A;  2AOJ A;  4COE A;  3OU3 A;  3CKT A;  3PM4 A;  5P31 A;  3SFC A;  2WEA A;  3KT5 A;  5KQF A;  2ZJH A;  3OOT A;  1D4Y A;  5P5P A;  1EC3 A;  4BEL A;  1FQ4 A;  1BDR A;  4DQB A;  3G72 A;  4Y3A A;  3VG1 A;  5P8D A;  4ACU A;  5P7C A;  5P0I A;  4J54 A;  4Y3G A;  5P13 A;  5P62 A;  2H6T A;  1W5Y A;  1FEJ C;  3DCR A;  2QCI A;  5OZV A;  3PLD A;  5P5K A;  3UQX A;  5P6B A;  2QI3 A;  5P3G A;  5P83 A;  5P2N A;  3OAG B;  5P6N A;  4EQJ A;  1APU E;  5P88 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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