4BFDA

Crystal structure of bace-1 in complex with chemical ligand
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
390
structure length
372
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Bace1 Inhibitors: A Head Group Scan on a Series of Amides.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 372
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-03-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4bfdA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4bfdA02
5OZNA 5P8SA 4A6CA 4B72A 4OBHA 1T7KA 2G27A 2WF2A 4FRIA 4I0IA 5P5BA 3SAAA 1WBKA 5P5OA 3OTSA 2V10C 4Y4DA 4LXKA 1UPJA 1GVTA 3UDYA 2V11C 5P3RA 3EKWA 5ISKA 2QD6A 5P3FA 3QRMA 3OY4A 5P4VA 1B6LA 1QBTA 2Q63A 2R9BA 5P3ZA 3UPJA 2IQGA 3ZKGA 3S53A 4APRE 2WF1A 3SABA 4ZPFA 1DMPA 1IBQA 4Y36A 4KUPA 4EXGA 1GVXA 4Y3RA 5P2AA 5P3UA 1E81E 4Y58A 4FIVA 1W6HA 2PH8A 2O4PA 2SAMA 1QBRA 2BB9A 5P43A 4L6BA 5P1EA 3SFCA 1HWRA 5P8TA 1AZ5A 3OXVA 1DPJA 2XFJA 5DQ4A 2ZE1A 4QJ6A 2F3EA 4I12A 1LV1A 2JJJA 4RVJA 3HAWA 4DJVA 5P2IA 3T7QA 5OZ2A 5KQZA 3TPRA 4Y50A 1HIVA 3R0YA 5ER2E 4ZSMA 2Q11A 3ZPSA 5P0SA 2ZJIA 1SIPA 5HCOA 1B11A 2Z4OA 4L1AA 1FQ4A 4OBZA 2BPZA 3UDRA 5IVQA 4LAPA 3OQAA 3LHGA 3SM1A 1IZDA 2P3BA 1CPIA 2AOIA 5P42A 5C9FA 2VIZA 1FMBA 3O99A 1RQ9A 5P2BA 5P08A 5P1BA 4FAFA 4CMSA 1FG6C 3WB4A 1XDHA 3BXSA 1IDAA 1TZSA 3L3AA 4XX4A 3G70A 2PQZA 4PZXA 2BJUA 3NUJA 2G26A 3K5FA 4EHCA 4GZFA 1J71A 4YE3A 2WF3A 1MRWA 1TSUA 1JLDA 3MSKA 3OXXA 4DQCA 3UQRA 3LPJA 1LF2A 3EKYA 4L1AB 4OBZB 3K4VA 1SP5A 3SA7A 1IZEA 3A2OA 5P4YA 3D3TA 3VSXA 2OHMA 2P3BB 5P7BA 1XN3A 5P75A 2B7FA 3LZUA 3OTYA 5P3TA 5HTZA 4FS4A 5P0NA 1APWE 4FL8A 5OZBA 3DK1A 1HVCA 3OU3A 4CPXA 3IA9A 2IKUA 1M0BA 3CIBA 4DQFA 4AUCA 1ZP8A 4PZWA 1NPVA 3EKXA 5ISJA 2QHZA 3S7MA 2BQVA 2HIZA 1W50A 2AODA 5P09A 5P01A 3L58A 2Q15A 2PSGA 5P7ZA 7UPJA 1IIQA 5P40A 1ODWA 3VV8A 5ER1E 2O4KA 3CICA 3D1ZA 3SKGA 4DJQA 1IZIA 3GI0A 1EBWA 5IVTA 4A6BA 5P15A 2IENA 5P3CA 5P36A 1FF0C 5P4BA 4Y5EA 1K6CA 5P6EA 1G35A 4FSEA 1ZSRA 1FGCC 3RTMA 4OBKA 4Y51A 3S85A 3OXWA 4LBTA 3OOTA 1GVUA 3U7SA 3WB5A 5JODA 7HVPA 5OZEA 2QU2A 5P1YA 4RRSA 4DJUA 3OHFA 5P54A 5OZ9A 4Y9WA 1BVEA 5OZ1A 2FGVA 3KMXA 4MC6A 4CP7A 3ZPUA 3TKWA 1VIJA 2HC0A 1Z1RA 4OC6A 5P7RA 3ZKQA 4K4PA 4Y5MA 3IN3A 3TL9A 2VA7A 5KAOA 1QS8A 1UH7A 5P6HA 4D83A 4NJSA 3BGBA 5OYXA 2VIEA 4I0GA 2H6SA 5P8UA 3S2OA 5P2QA 1MUIA 4Y5BA 3O9EA 5OZLA 3K5GA 1IZHA 4Y3PA 2AZ9A 5P6ZA 5P69A 2P3DA 3OQKA 2UPJA 4Y44A 1BXQA 5DGWA 3L5CA 3R0WA 2QHYA 5P3WA 2QI6A 3EL1A 3NXEA 4QJ2A 3Q5HA 5P7TA 1YM2A 1LYAA 3EKQA 1KJHA 2QZWA 4I0JA 5P7FA 2OAHA 1TSQA 2ZJKA 4RROA 5P5YA 5OZUA 2RKGA 5P3PA 3OADB 5P2EA 5OYSA 4JECA 5P02A 1BAIA 5P1UA 3AUPA 4COEA 2AOCA 4FGXA 2Q3KA 4DQHA 5P85A 4M8XA 3O9LB 5P16A 2XFKA 3ZL7A 5C9DA 4YD6A 4ZEAA 4HZTA 5P71A 5P2MA 3CKTA 2G1RA 1SIVA 1XN2A 4J1EA 5P2LA 1BXOA 1W5WA 2FXEA 2J9JA 2F81A 1GNNA 2AZCA 4LP9A 4OBFA 5P34A 3VLBA 1BDQA 3TNEA 5P7JA 5KR8A 3EKVA 5P25A 2ER7E 1MPPA 4B78A 4Y4UA 1VIKA 4ZLSA 4HVPA 5OZOA 3Q70A 3KFSA 4EQJA 1C70A 4GJ5A 5P1IA 3TOFA 4YBFA 3Q6YA 4LXMA 3SQFA 2V13A 1CZIE 4MC1A 4CKUA 5BS4A 5P4GA 2G69A 5OZPA 3LZYA 4DQEA 5P0IA 3OUDA 2ZGAA 2QI7A 3VCMA 3BHEA 2WEBA 5OYZA 3NU5A 3UQPA 4TVHA 1SGUA 5P8LA 1ODYA 5P8BA 3UDNA 2NMZA 4Y4JA 1UH8A 1HPSA 2WEAA 1SMEA 2QU3A 5P5FA 2AZ8A 1T7IA 4GIDA 5OZ5A 3PBZA 4J17A 4WTUA 3IXJA 5P04A 1FB7A 3OU1B 5P3JA 1LS5A 3FX5A 6APRE 5P3LA 3T7PA 4OD9A 5P6KA 4BFBA 5P1QA 1EPLE 4ZSQA 2FLEA 4EYRA 3OUCA 3EM3A 2I4UA 3URLA 2HB2A 5P62A 5OZKA 5P5RA 2BPXA 3QPJA 1KZKA 1A8KA 3Q3TA 1WKRA 3I2LA 3OOZA 1C6XA 4Y53A 2EWYA 2F3FA 5P6CA 2PSUA 3ZKIA 4EP3A 3OU4B 5P5MA 5P72A 4J5JA 2I4WA 4DJXA 2P8HA 2WL0A 5OZJA 3U71A 2OHPA 1F34A 2QI5A 4FRKA 2QD7A 4PPHA 1FQXA 4H3IA 4R92A 4Y4AA 3TOHA 3BC4A 5P4IA 5P6JA 5KR1A 5P4NA 1APTE 2QI4A 1RNEA 2G24A 3NU6A 5P1JA 5P6VA 1Q9PA 3O9BA 5P2NA 4HDFA 1A8GA 1G6LA 2RMPA 4YD3A 1QBUA 4Y3WA 5P6DA 1ZAPA 5P8JA 3RU1A 3TKGA 5KOQA 2OHQA 3QI1A 2P4JA 5SY2A 3VV6A 1YTJA 3N4LA 2VIJA 5DQ5A 5P0MA 5P6WA 2WHHA 3O9CA 3EL5A 3PI5A 3NUOA 2WEZA 4DQBA 5P4SA 2FXDA 1YTIA 3OGQA 5P4LA 3I8WA 4XX3A 2G1OA 5P4ZA 3LITA 5P7VA 1HVIA 5OZWA 4NPTA 3BUFA 4DH6A 5OYTA 3KYRA 3LIQA 2JE4A 5SXNA 4Y3ZA 4B0QA 2B7ZA 5P7MA 1EC0A 5DR8A 3SA9A 3INEA 2HB4A 1PROA 5OYYA 5P18A 1HSHA 1HXBA 2V00A 3UFLA 1ZJ7A 3PEPA 1HTEA 2WKZA 1EC1A 5P0KA 5JFUA 5P0DA 4NJVA 2VA6A 2XFIA 5AH9A 1F7AA 1SMRA 5P2CA 5P8QA 4LC7A 1TQFA 1ZBGA 4AA8A 3FNSA 2P83A 2NXDA 3G72A 5P49A 4I0HA 3K5DA 1XE6A 2R5QA 4Y56A 2PK6A 3PVKA 4Y48A 1A94A 5P39A 5P4JA 5P22A 2I0AA 4FAEA 1OEXA 5E5KA 5P4WA 4R5NA 5BRYA 2FDPA 1MVPA 5P3SA 4Y47A 4XXSA 2G22A 4GJ9A 2PWCA 3UTLA 4HEGA 3EC0A 5P4MA 3CKPA 4Y3EA 2QI3A 1W5VA 1SH9A 3F9QA 2Q5KA 1YTHA 5P4CA 1DW6C 3S43A 3DCKA 4R93A 4Y38A 4R91A 5OZDA 4K8SA 5P86A 3EXOA 5P7IA 4Y5PA 2R43A 3S56A 4Q1NA 4Z50A 4B1DA 5P3DA 2NTRA 1LEEA 2ER0E 5P2RA 5P3EA 4FSLA 1LF4A 3LZSA 5P7DA 1BWAA 4ZIPA 3LIVA 1FQ7A 3UQUA 3GI6A 4Y3FA 4B00A 3ZKMA 3PWMA 5P65A 3NDTA 1HBVA 5OZYA 4FLGA 5P6QA 2VS2A 1LYWA 2QZLA 5P6GA 1DAZC 4ER1E 1PPKE 3ZKNA 2QHCA 5P53A 3RTHA 3UHLA 1AIDA 5DQCA 1PFZA 4A4QA 5COOA 3OHHA 4Y3HA 2AVMA 4KE0A 5EZXA 3HW1A 5DQ2A 1XL5A 1IVPA 4Y37A 3K5CA 2BPVA 1E5OE 3RSXA 4FCOA 4I8WA 5EZZA 5HCTA 3T11A 3R4BA 2AVVA 3LINA 2R38A 2G94A 4Y4ZA 1AJXA 5P70A 3ZKXA 3PLLA 2BPWA 2QMGA 2IEOA 3SA3A 3PMUA 5P1RA 5P2JA 3QVCA 3FKTA 3LIYA 2BKSA 4RGHA 1MT9A 5OZGA 4IVTA 4I0DA 5KR2A 3L5FA 2VJ7A 3UDKA 1FLHA 2P3AA 3HVGA 4Y3YA 2IRZA 3B80A 1Z8CA 4ZSPA 1APUE 1HVKA 2AZBA 3L59A 3NDWA 3DV1A 3TH9A 3SACA 4Y35A 3I6OA 4Y57A 5P8GA 2O40A 4K4RA 3NU9A 5B18A 2F3KA 1OHRA 2O4LA 4GYEA 3QBHA 5P28A 2FDEA 4QJ8A 4TRYA 5P7WA 4CPTA 1G0VA 2QMPA 2FNSA 2Q64A 1BWBA 5P30A 2FMBA 5CONA 3HLOA 5P4QA 4EJLA 5P0RA 4J0PA 2QD8A 4YOAA 2QZKA 1YX9A 4I8ZA 1PPME 5P6NA 5OZVA 3I25A 2OHTA 4YCKA 1FQ8A 3NYGA 1G2KA 5P0XA 5P1HA 2NXLA 4EXHA 5P7EA 5P84A 5P5DA 3CYXA 3VF5A 3L5EA 2ZHUA 3K4VC 4FM8A 4CPRA 4TVGA 5P5HA 5P3HA 3OUBA 2HS2A 3ER3E 3IVIA 5OZ4A 3HAUA 3VV7A 5P4DA 2OHNA 5HDVA 4J1HA 5OZCA 2I4VA 2FGUA 4EJ8A 3UQXA 1FFIC 5P7UA 5P37A 5P5JA 5P56A 4DFGA 4YDGA 5DR0A 4LL3A 2WECA 1AXAA 3ST5A 5DPZA 5P7YA 1LZQA 5OZSA 3KFPA 3UQWA 1B6JA 1YG9A 1HPXA 5DGUA 2AOFA 4NKKA 4NPUA 4Y5LA 1EPPE 5KQFA 2WEDA 5P1GA 5AH6A 3TPJA 3TLHA 5OZ7A 3CIDA 3EKPA 3NDUA 4Y4EA 3TTPA 3PSUA 3TPLA 1AJVA 1B6KA 3RVIA 5P0AA 5P14A 5P3YA 5P66A 5P2ZA 3APPA 3D1XA 3IN4A 2OHUA 3TPPA 4DPIA 1M43A 4HDPA 4QLHA 4Y45A 2QNQA 1BV7A 5P26A 1XL2A 2NXMA 3KDDA 3ECGA 3OAGA 4JOOA 3KN0A 4Y3TA 3SKFA 1RV7A 5P8CA 3PCWA 3DOXA 3INFA 2HAHA 5DR4A 5P4OA 1D4SA 5ENMA 5P5IA 4Y4TA 1D4KA 5HU0A 1XS7D 5P7NA 3VG1A 1FQ6A 2ZHVA 3UDHA 3S45A 2ER6E 4OC6B 3QAAA 5P7GA 3SA6A 5P2FA 5OYVA 9HVPA 3ZKSA 2NMYA 1KJGA 2HPEA 1HIHA 4RVIA 3PGIA 4CPWA 2PK5A 3IXKA 1T3RA 1HEFE 1ODXA 3FV3A 4DVFA 3DV5A 2XYEA 1AM5A 5P2XA 5P8EA 2H6TA 5P6OA 3LPKA 5P7OA 4ACXA 4DJRA 5DQ1A 2AOJA 2V16C 5J25A 5P1SA 1GNMA 2CENA 4QGIA 4Z2ZA 5OZ3A 1LYAB 1CMSA 5P67A 4RCDA 5P8OA 4ER4E 5P8HA 4YA8A 1AAQA 4U7VA 1HVSA 5P5PA 5P1VA 1U8GA 2ZJJA 4Y4BA 3HVPA 4Y4GA 4KB9A 4K4QA 3JW2A 4QJ9A 5OZTA 4Y3QA 4Z22A 5JG1A 3BVAA 2VNNA 4IVSA 1EBKC 1N49A 4J1IA 4Y5GA 1D4IA 5P1NA 3KM4A 2NPHA 2G1NA 4H1EA 2NNKA 4Y41A 2B8LA 1B5FA 5OZMA 4PYVA 1BV9A 3EL4A 4WY1A 5PEPA 3NWQA 5P7HA 1SDUA 5P07A 1SDVA 1C6YA 1HVLA 1TW7A 5OZIA 5P55A 1RL8A 5AHAA 1YM4A 3PMYA 1HTRB 3KFRA 2J9JB 4EJDA 1D4HA 3OQFA 5P3OA 3ER5E 2HM1A 4J54A 5I3XA 4D8CA 2G1YA 4CPSA 3PWWA 5P5VA 4J0VA 4Y5AA 5FIVA 5DR3A 4YDFA 1META 4QJAA 5P0GA 4ACUA 1MTRA 5P8VA 3UFNA 1W5XA 4NJUA 2F8GA 3GGAA 4EQ0A 3HD8A 5P6IA 4RRNA 5P51A 3R1GB 4Y5CA 5I3WA 3RTNA 1OEWA 1SBGA 3L5DA 3OUDB 3G6ZA 4RCEA 2AQUA 5P57A 4H3GA 3VUCA 2CEMA 4YD5A 2FS4A 4WY6A 3T6IA 4N00A 3KA2A 3UCBA 3FNTA 3T3CA 4J55A 5P12A 1KJFA 5P2YA 5SZ9A 3O9GA 2VJ6A 1E82E 4Y4WA 3GGXA 4I11A 4OD9B 4RLDA 3KDCA 4TRZA 1MT8A 5P06A 5OZZA 4U8WA 5BWYA 4JP9A 3O9FA 1RPIA 1EPOE 5P2GA 4I0ZA 1AVFA 5P3QA 1ER8E 4PHVA 1FG8C 1WBMA 2RKFA 2NNPA 4Y3SA 2OHKA 5P5XA 5P4AA 3GW5A 2AOHA 5P2SA 2HS1A 3EMYA 3ZOVA 4H3FA 4Y39A 5P3NA 2QNNA 1BBSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZN A;  5P8S A;  4A6C A;  4B72 A;  4OBH A;  1T7K A;  2G27 A;  2WF2 A;  4FRI A;  4I0I A;  5P5B A;  3SAA A;  1WBK A;  5P5O A;  3OTS A;  2V10 C;  4Y4D A;  4LXK A;  1UPJ A;  1GVT A;  3UDY A;  2V11 C;  5P3R A;  3EKW A;  5ISK A;  2QD6 A;  5P3F A;  3QRM A;  3OY4 A;  5P4V A;  1B6L A;  1QBT A;  2Q63 A;  2R9B A;  5P3Z A;  3UPJ A;  2IQG A;  3ZKG A;  3S53 A;  4APR E;  2WF1 A;  3SAB A;  4ZPF A;  1DMP A;  1IBQ A;  4Y36 A;  4KUP A;  4EXG A;  1GVX A;  4Y3R A;  5P2A A;  5P3U A;  1E81 E;  4Y58 A;  4FIV A;  1W6H A;  2PH8 A;  2O4P A;  2SAM A;  1QBR A;  2BB9 A;  5P43 A;  4L6B A;  5P1E A;  3SFC A;  1HWR A;  5P8T A;  1AZ5 A;  3OXV A;  1DPJ A;  2XFJ A;  5DQ4 A;  2ZE1 A;  4QJ6 A;  2F3E A;  4I12 A;  1LV1 A;  2JJJ A;  4RVJ A;  3HAW A;  4DJV A;  5P2I A;  3T7Q A;  5OZ2 A;  5KQZ A;  3TPR A;  4Y50 A;  1HIV A;  3R0Y A;  5ER2 E;  4ZSM A;  2Q11 A;  3ZPS A;  5P0S A;  2ZJI A;  1SIP A;  5HCO A;  1B11 A;  2Z4O A;  4L1A A;  1FQ4 A;  4OBZ A;  2BPZ A;  3UDR A;  5IVQ A;  4LAP A;  3OQA A;  3LHG A;  3SM1 A;  1IZD A;  2P3B A;  1CPI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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