4COEA

Macrocyclic transition-state mimicking hiv-1 protease inhibitors encompassing a tertiary alcohol
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis of P1'-Functionalized Macrocyclic Transition-State Mimicking HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus
molecule keywords PROTEASE
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4coeA00
4L1AB 2OHMA 1EPQE 1NH0A 4B1DA 2AVSA 1EBYA 3DOXA 3OQ7A 4KE0A 2QU2A 3UFNA 3OTYA 1HWRA 5P6QA 4WY1A 1FB7A 3PSUA 4X7IA 1LYBB 1HVCA 5P82A 3D1YA 1XDHA 4FRJA 3NXNA 4H3FA 4Y3DA 2H6SA 3EL9A 4RYGA 5AH7A 2ZDZA 3T7XA 4EYRA 1ZLFA 1MPPA 5OZXA 3VYFA 5P4HA 2RKFA 2V13A 3GGXA 2BB9A 3DM6A 4DQBA 3D1XA 2QZWA 5I3VA 2VNNA 5P7FA 2OAHA 2P3BB 4K4PA 2QHZA 2IGYA 2FMBA 4Y41A 1MT7A 3SABA 4J5JA 3BGBA 4LHHA 1OEXA 1U8GA 1K6TA 1KJFA 5P27A 1BVEA 5P2MA 3LZVA 5P4FA 3S43A 5P4JA 2PYNA 4RCEA 2G26A 3VSWA 2P3AA 1FLHA 3JVYA 2V0ZC 5P0DA 5P1FA 1XE5A 2WKZA 4K4QA 4J1KA 5P5RA 5KR2A 1IIQA 2I4XA 5P6HA 4NPTA 4FSLA 2G27A 5OYWA 1T3RA 2R9BA 3OUDA 3D91A 3LIQA 4Y3YA 3SLZA 3VCMA 3G72A 5P54A 5P5CA 3TNEA 4Y53A 1T6GA 3KMXA 1FKNA 1HSGA 5HCTA 2ZHVA 5P6GA 4HLAA 5OZ5A 5ER2E 4FM7A 2XYFA 3L5BA 5P04A 2AZBA 3AUPA 3LPIA 5P1YA 2RMPA 3PLDA 5DR3A 5P46A 5P2XA 4K9HA 4NJTA 4LXKA 2I4DA 4GJ9A 3LIXA 3IN4A 3L5CA 2HS2A 2ER6E 5HVPA 5P1QA 1UH8A 2NNKA 5P3IA 5P4OA 3OOTA 1OEWA 2PWCA 1AZ5A 6FIVA 4GJ6A 5AH6A 5HD0A 5P18A 2G1OA 2NXDA 1FMUA 4HE9A 3OY4A 4Z22A 5P2YA 5E5JA 4EJ8A 1DIFA 4APEA 2HB4A 3IVHA 4Y3NA 3EL4A 4YBFA 5P3TA 5P53A 5OZ9A 3NU3A 5P5AA 2G94A 5P8SA 3SA9A 2OHPA 3QI1A 4NJSA 4GIDA 3GGUA 3HBOA 2QD7A 3K5CA 1EAGA 5P5YA 1BXOA 2R43A 5P4WA 5P1DA 3EKVA 5DGUA 4FRKA 5P4CA 3L58A 3EC0A 5OZZA 4D88A 3TKWA 4J54A 4FL8A 4EJLA 1EBKC 4I0DA 3MSKA 2WL0A 5E5KA 2XYEA 5P5NA 5P8UA 4J0ZA 4Y37A 1W5WA 3HVPA 5P68A 5P5WA 5P5QA 3VV8A 1AJVA 1EPOE 3R0YA 4TRYA 4FS4A 5P05A 1AM5A 3TOGA 3Q3TA 4DJPA 3H0BA 2B8VA 3JW2A 1LYWB 1XE6A 5P6XA 2J9KA 4NKKA 3OGQA 3TOHA 5P2KA 3BHEA 4Y6MA 2QI5A 2ER9E 4FLGA 3OUDB 4Q5MA 4B72A 3ZOVA 1YT9A 3NU4A 3BVBA 2AOGA 2Q55A 1DMPA 1B5FB 1PPKE 1GVWA 4B05A 2V16C 3S45A 5P6UA 4Y5EA 3PI5A 3SA6A 1A30A 1YTJA 3FSMA 3TPJA 3OXVA 5DQ2A 4AMTA 5T4SA 4F73A 2AIDA 2ZJNA 3BUFA 1D4YA 4FIVA 3LNKA 4LXMA 5DQ5A 5P4UA 3HZCA 3EL1A 2ZJKA 2ASIA 3OUCA 3HD8A 3PJ6A 5J25A 3NWQA 1HVHA 3URJA 1EBWA 1AJXA 5P89A 4DQCA 5P0ZA 1FG6C 3VYEA 3HW1A 3TKGA 3UDKA 1HPSA 2ZJLA 4YOBA 4TRZA 5OZ7A 5P47A 3VF3A 3OQDA 5P0LA 1BAIA 2I1AA 4FAFA 3TTPA 5P77A 3EL0A 5KR8A 5P7RA 1MRXA 2PK5A 3LIZA 1ENTE 5P3GA 1BV9A 2BKTA 4OD9A 2WF0A 2AZCA 5P0YA 3TL9A 5KQXA 1A9MA 2G1YA 3G6ZA 3AIDA 5COKA 5OZEA 2V00A 5P79A 4FAEA 5KR1A 5P2VA 3TPRA 5OZGA 3WB5A 4QLHA 3K4VA 2G1RA 4Y3QA 4Y5MA 5P4KA 3Q6YA 4TRWA 5P8GA 5IVRA 4Y54A 3IXKA 6APRE 3KN0A 4DQFA 3IXOA 5IVSA 3UQWA 4E43A 5P4QA 5P3WA 3RVIA 1BXQA 2HB3A 3EL5A 5P3OA 3LIVA 4PYVA 5KOSA 3ZKMA 2FGUA 1LZQA 3RSVA 4RRSA 1APWE 2QCIA 4GZFA 5P4GA 3O9BA 4GJDA 5P13A 4DQEA 4L7GA 3T7PA 3OXWA 5P7YA 2ANLA 4EQJA 5P36A 5P7LA 5P51A 2AODA 4DJQA 4I11A 2WJOA 4XKXA 1FMXA 1W6IA 5P52A 3ER5E 3INEA 3SFCA 1ZTZA 1MERA 5P5HA 4DJYA 4J1FA 4M8XA 2ZJJA 3NDWA 4Y4BA 4J0YA 2O4SA 4ER2E 3QPJA 3VEUA 1YM4A 5P63A 2QHYA 2F81A 5P44A 5I70A 1LYAA 3O9LA 1ODXA 4QJAA 4Y45A 4NJVA 3T7QA 2AZ9A 6UPJA 4AA8A 3PBZA 1FQ6A 2BBBA 5OYQA 1HVKA 2IQGA 5P5KA 5F01A 1FMBA 5P26A 3PSYA 1K6VA 4LAPA 2A1EA 4Y4UA 3DUYA 5C9DA 1G6LA 3SKFA 1BBSA 2P3CA 2VA5A 2WEDA 5P5UA 5P6OA 2B7FA 3PWWA 3TH9A 4Q1XA 3LHGA 2QZXA 5OZFA 2F8GA 2V11C 1BDRA 3I6OA 5P3DA 2IRZA 3L5EA 5P8JA 5P7OA 4I0ZA 3QIHA 3TLHA 4L7JA 5P7MA 1APVE 5P6VA 3PVKA 2ZGAA 5P09A 1HPOA 3PCWA 1RL8A 3VG1A 4Y5LA 3OOZA 3BC4A 1HVIA 1RV7A 3UDJA 5P0HA 2VJ6A 4Y5CA 5OYVA 2VJ7A 4YDGA 5P2HA 4EJDA 2QHCA 1A94A 5P3MA 4YE3A 5P1HA 5P5VA 2FXDA 5P3FA 5P2DA 5P2QA 5P88A 1HVRA 4YD4A 3S85A 5P5EA 4UPJA 4GJ7A 5P24A 1TZSA 5P0TA 1EC2A 2BPWA 2ZJHA 5P49A 5P5FA 3KDDA 1HPXA 1FG8C 5P01A 5P6RA 3UCBA 2PSGA 4B00A 5C9FA 4BFBA 1Z1HA 4ACUA 4EP3A 1OD1A 2BJUA 5P2BA 4ZLSA 3PLLA 5P75A 3ECGA 4LBTA 3KFNA 3ZKNA 3NYGA 3SM2A 3C9XA 1W5YA 5P7KA 5OYXA 4RRNA 4Y3SA 5P8IA 5OZ4A 4CPWA 1IDBA 4X2LA 3EKWA 3NDUA 3ZKXA 4YCTA 5P7GA 3ZL7A 5P16A 5P3NA 2I4QA 5CLMA 5OZ8A 4PHVA 4OBJA 5P0XA 5P0IA 4J0TA 1MT9A 4EHCA 4KB9A 2FDEA 1F7AA 5OZSA 5P30A 2QNQA 1RPIA 5OZNA 5P3KA 3OGPA 3H5BA 4OBFA 1PROA 4I0EA 2AOJA 1MSMA 1M4HA 5OZTA 2QI7A 3S53A 3OU3A 5P37A 3OUAA 3GI0A 5OZMA 3VF7A 1E81E 4R91A 5TOLA 4Y3RA 1LEEA 3APPA 3NXEA 2JJIA 3OU1A 1D4SA 1DAZC 5P11A 5B18A 2Q11A 2JYSA 3DCRA 1F34A 4Y39A 3S56A 3EM4A 1ODYA 5P35A 5P5IA 4R93A 3HVGA 4RZ1A 4GJBA 5P33A 5P56A 3QAAA 2H6TA 5P7IA 3ZPUA 3OADA 1LF3A 1E80E 4MC1A 5P43A 1ER8E 2QMGA 5P3PA 5DQ4A 4BEKA 3PHVA 5P0UA 1EEDP 4I8WA 1YTIA 5HDVA 2UPJA 3UHLA 4Y4TA 1NPAA 2QMFA 2PK6A 1YM2A 4B70A 3KT5A 1HVJA 3MSLA 3UQRA 2WEZA 4QJ8A 5OZIA 5P4BA 3KM4A 3SA7A 4A4QA 1BIMA 4IVSA 1QS8A 1GVUA 4R92A 4DJXA 3O9IA 3ZKGA 4DH6A 5OZ6A 1VIJA 5DR8A 2ZJMA 4MC6A 3SKGA 1MUIA 2QNNA 5P8NA 4Y3JA 5P62A 1LYWA 4ZSMA 4Y3FA 5KQZA 4YD5A 3HAUA 5P7HA 1MTBA 5OZKA 2EWYA 2IDWA 3OUBA 3VLAA 2Q3KA 2BPVA 2CENA 3G70A 5P2NA 5P1BA 2R5PA 1B5FA 5AH8A 3PWRA 1SP5A 2B42A 5I3WA 3QP0A 5P48A 3PWMA 1E82E 2VIEA 4ZPEA 4B0QA 5HDUA 2F3EA 5DR4A 3OXCA 1E5OE 1KJHA 3FV3A 4RVJA 3FKTA 3K4VC 4I0JA 3S7LA 1ZPAA 3FX5A 4DJWA 1KZKA 5P2RA 1LF4A 3IN3A 4CPQA 2HPEA 4Y5AA 2ER7E 4U7QA 3MWSA 3O9AA 5OZAA 5P6KA 3O9GA 5P6PA 2JXRA 3TPPA 3PSGA 4QJ2A 3OXXA 1KJ4A 3OU1B 3Q70A 1PSOE 4GMIA 2PH8A 2ZHTA 3KFRA 2VA7A 5OZWA 4Y48A 1QBRA 5P45A 1TW7A 1DP5A 3OADB 4Z4XA 3DCKA 1RNEA 4J55A 3SPKA 3KDBA 3QVIA 3ZPTA 5P4NA 1YTGA 1HTEA 3R2FA 5P6NA 5P7DA 5P6LA 7HVPA 5OZQA 1MRWA 4L7HA 2FLEA 5OZRA 4CPRA 4ZE6A 2OHQA 5JODA 5P0MA 3DV1A 5P3UA 1Z1RA 3SQFA 3VSXA 2G1NA 2Q5KA 1BILA 5P0GA 1MSNA 4B78A 4OBHA 4Y44A 2QD6A 5P5BA 5P5JA 2NTRA 5P2ZA 4YOAA 3NDTA 5P57A 5P6IA 5P8RA 2O4LA 2QZLA 1A8GA 5P2GA 5P28A 4NPUA 1W50A 5CONA 1MESA 4YD7A 3BRAA 2I0AA 4DUSA 5AGZA 4HEGA 1UH7A 3MXEA 4Y4WA 1SDUA 1QBSA 7UPJA 3EXOA 3T3CA 3NUOA 5OZVA 1IVPA 3K5DA 5P7NA 2F80A 2QNPA 4Y3EA 1D4HA 3IAWA 5P41A 3L5DA 2AVOA 5P8TA 5P65A 5P34A 4Y4GA 4YHQA 2FS4A 1W51A 4CPUA 4A6CA 2OHUA 1GKTA 3SACA 5P06A 1WKRA 4Y38A 3CMSA 1FQXA 5JFPA 2R8NA 3NU6A 5P84A 3MXDA 3CKRA 3BUGA 3SA4A 1T7JA 4ZSPA 4Q1WA 1XN3A 3DV5A 4RYCA 3BVAA 1ZBGA 4Y3LA 3URLA 1HHPA 5P7ZA 5P32A 1T7KA 3APRE 3CKPA 4B1EA 1PSAA 4CMSA 3PMYA 2FXEA 3NR6A 3INHA 4DFGA 1QRPE 3UQUA 5P2FA 5P7SA 1AIDA 1HSHA 1FEJC 3NSHA 2FNTA 3O99A 2O4PA 4JECA 1MEUA 5P2CA 4QJ6A 5P12A 1WBKA 5P2LA 4TVHA 5OZOA 5UPJA 2O4KA 5P4RA 2NR6A 1FGCC 3U7SA 5P6WA 5P03A 4H1EA 4TVGA 2QU3A 5F00A 5P87A 4Y3MA 3B80A 5OYSA 1HIIA 5P1XA 1G0VA 3SM1A 4FRSA 5P72A 1QBTA 4HDPA 2VIZA 2QZKA 4JOOA 1BVGA 2VIJA 5P6FA 2ZJIA 3UDMA 1NSOA 5P4XA 5KQYA 4Y56A 5P15A 3FNTA 2BKSA 2QMDA 3NDXA 5P6TA 1TSQA 3WZ6A 3CYWA 1HTFA 4ZPFA 4AUCA 3PBDA 2PSVA 2AOCA 2ER0E 1G35A 4RGHA 1A8KA 5P14A 5P1TA 5P6MA 2A4FA 2QI3A 5P3JA 3O9DA 3SAAA 2RENA 5P2SA 2BQVA 4JPEA 4Y5NA 4YA8A 1EC0A 2FGVA 5DQCA 4YDFA 3HLOA 4EXHA 4RLDA 4PZWA 3OQKA 3SO9A 5P2TA 1ZP8A 5P22A 4MC2A 2PSUA 1K2CA 5P4IA 2JJJA 2RSPA 1HOSA 2ZHUA 3URIA 2ZHRA 2OHNA 1LF2A 5P0WA 2B7ZA 2I4UA 5P4DA 2AZ8A 2Q64A 2NMZA 2ZYEA 4H3IA 4XX3A 5P3LA 5P19A 4Y5KA 2VIYA 5P4EA 1HIHA 2P83A 5P8PA 4BELA 4QJ9A 4CPTA 3BGCA 4I0FA 3DJKA 5P60A 3I8WA 3NU5A 4F75A 4XX4A 3VV6A 5P6BA 5P1MA 5KAOA 4Y4DA 3BXSA 5DGWA 1K6CA 2AVVA 5P8KA 2AOEA 5P1LA 5P4SA 3R1GB 1XN2A 2FDDA 1SDTA 3K5FA 3PB5A 3LZYA 3TPLA 1YTHA 4PZXA 3VFBA 3I2LA 3QBHA 4ZEAA 5P1ZA 5OZ0A 4AA9A 5BWYA 4I0HA 3ZMGA 1HIVA 2PC0A 5OZ2A 2P8HA 3KMYA 3EMYA 1FQ8A 4A6BA 5P39A 3R4BA 3PI0A 4APRE 5P1WA 2AQUA 1LS5A 2OHRA 2FDPA 1BV7A 3EKTA 5P0QA 1BWBA 3S8IA 4CPXA 4R95A 1AVFA 1GNNA 5P20A 2QI6A 2ZE1A 3INDA 5P8VA 3UQXA 1W5XA 2CEMA 1M0BA 3F9QA 1VIKA 2WF1A 1Z8CA 5P7TA 4D83A 3OK9A 5P76A 3RTMA 1MT8A 3U71A 4RCDA 1B6PA 1WBMA 1HTGA 5P3SA 3S7MA 1B6KA 2HPFA 5HDXA 4LP9A 4HA5A 4FGXA 5DR7A 1SMRA 2PH6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4L1A B;  2OHM A;  1EPQ E;  1NH0 A;  4B1D A;  2AVS A;  1EBY A;  3DOX A;  3OQ7 A;  4KE0 A;  2QU2 A;  3UFN A;  3OTY A;  1HWR A;  5P6Q A;  4WY1 A;  1FB7 A;  3PSU A;  4X7I A;  1LYB B;  1HVC A;  5P82 A;  3D1Y A;  1XDH A;  4FRJ A;  3NXN A;  4H3F A;  4Y3D A;  2H6S A;  3EL9 A;  4RYG A;  5AH7 A;  2ZDZ A;  3T7X A;  4EYR A;  1ZLF A;  1MPP A;  5OZX A;  3VYF A;  5P4H A;  2RKF A;  2V13 A;  3GGX A;  2BB9 A;  3DM6 A;  4DQB A;  3D1X A;  2QZW A;  5I3V A;  2VNN A;  5P7F A;  2OAH A;  2P3B B;  4K4P A;  2QHZ A;  2IGY A;  2FMB A;  4Y41 A;  1MT7 A;  3SAB A;  4J5J A;  3BGB A;  4LHH A;  1OEX A;  1U8G A;  1K6T A;  1KJF A;  5P27 A;  1BVE A;  5P2M A;  3LZV A;  5P4F A;  3S43 A;  5P4J A;  2PYN A;  4RCE A;  2G26 A;  3VSW A;  2P3A A;  1FLH A;  3JVY A;  2V0Z C;  5P0D A;  5P1F A;  1XE5 A;  2WKZ A;  4K4Q A;  4J1K A;  5P5R A;  5KR2 A;  1IIQ A;  2I4X A;  5P6H A;  4NPT A;  4FSL A;  2G27 A;  5OYW A;  1T3R A;  2R9B A;  3OUD A;  3D91 A;  3LIQ A;  4Y3Y A;  3SLZ A;  3VCM A;  3G72 A;  5P54 A;  5P5C A;  3TNE A;  4Y53 A;  1T6G A;  3KMX A;  1FKN A;  1HSG A;  5HCT A;  2ZHV A;  5P6G A;  4HLA A;  5OZ5 A;  5ER2 E;  4FM7 A;  2XYF A;  3L5B A;  5P04 A;  2AZB A;  3AUP A;  3LPI A;  5P1Y A;  2RMP A;  3PLD A;  5DR3 A;  5P46 A;  5P2X A;  4K9H A;  4NJT A;  4LXK A;  2I4D A;  4GJ9 A;  3LIX A;  3IN4 A;  3L5C A;  2HS2 A;  2ER6 E;  5HVP A;  5P1Q A;  1UH8 A;  2NNK A;  5P3I A;  5P4O A;  3OOT A;  1OEW A;  2PWC A;  1AZ5 A;  6FIV A;  4GJ6 A;  5AH6 A;  5HD0 A;  5P18 A;  2G1O A;  2NXD A;  1FMU A;  4HE9 A;  3OY4 A;  4Z22 A;  5P2Y A;  5E5J A;  4EJ8 A;  1DIF A;  4APE A;  2HB4 A;  3IVH A;  4Y3N A;  3EL4 A;  4YBF A;  5P3T A;  5P53 A;  5OZ9 A;  3NU3 A;  5P5A A;  2G94 A;  5P8S A;  3SA9 A;  2OHP A;  3QI1 A;  4NJS A;  4GID A;  3GGU A;  3HBO A;  2QD7 A;  3K5C A;  1EAG A;  5P5Y A;  1BXO A;  2R43 A;  5P4W A;  5P1D A;  3EKV A;  5DGU A;  4FRK A;  5P4C A;  3L58 A;  3EC0 A;  5OZZ A;  4D88 A;  3TKW A;  4J54 A;  4FL8 A;  4EJL A;  1EBK C;  4I0D A;  3MSK A;  2WL0 A;  5E5K A;  2XYE A;  5P5N A;  5P8U A;  4J0Z A;  4Y37 A;  1W5W A;  3HVP A;  5P68 A;  5P5W A;  5P5Q A;  3VV8 A; 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 2QMF A;  2PK6 A;  1YM2 A;  4B70 A;  3KT5 A;  1HVJ A;  3MSL A;  3UQR A;  2WEZ A;  4QJ8 A;  5OZI A;  5P4B A;  3KM4 A;  3SA7 A;  4A4Q A;  1BIM A;  4IVS A;  1QS8 A;  1GVU A;  4R92 A;  4DJX A;  3O9I A;  3ZKG A;  4DH6 A;  5OZ6 A;  1VIJ A;  5DR8 A;  2ZJM A;  4MC6 A;  3SKG A;  1MUI A;  2QNN A;  5P8N A;  4Y3J A;  5P62 A;  1LYW A;  4ZSM A;  4Y3F A;  5KQZ A;  4YD5 A;  3HAU A;  5P7H A;  1MTB A;  5OZK A;  2EWY A;  2IDW A;  3OUB A;  3VLA A;  2Q3K A;  2BPV A;  2CEN A;  3G70 A;  5P2N A;  5P1B A;  2R5P A;  1B5F A;  5AH8 A;  3PWR A;  1SP5 A;  2B42 A;  5I3W A;  3QP0 A;  5P48 A;  3PWM A;  1E82 E;  2VIE A;  4ZPE A;  4B0Q A;  5HDU A;  2F3E A;  5DR4 A;  3OXC A;  1E5O E;  1KJH A;  3FV3 A;  4RVJ A;  3FKT A;  3K4V C;  4I0J A;  3S7L A;  1ZPA A;  3FX5 A;  4DJW A;  1KZK A;  5P2R A;  1LF4 A;  3IN3 A;  4CPQ A;  2HPE A;  4Y5A A;  2ER7 E;  4U7Q A;  3MWS A;  3O9A A;  5OZA A;  5P6K A;  3O9G A;  5P6P A;  2JXR A;  3TPP A;  3PSG A;  4QJ2 A;  3OXX A;  1KJ4 A;  3OU1 B;  3Q70 A;  1PSO E;  4GMI A;  2PH8 A;  2ZHT A;  3KFR A;  2VA7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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