4CPQA

Macrocyclic transition-state mimicking hiv-1 protease inhibitors encompassing a tertiary alcohol
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis of P1'-Functionalized Macrocyclic Transition-State Mimicking HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4cpqA00
5P34A 5OYTA 3DCKA 4GZFA 1FMXA 4LL3A 3EC0A 4U7VA 4BELA 5DQ5A 4L6BA 5I3XA 5OZBA 5AHCA 2ZHTA 4COEA 4Y44A 2QAKA 5P69A 4Y48A 4QJAA 5KR1A 4YD3A 1SGZA 5P25A 5I70A 5P8BA 5P37A 3K5CA 1FQXA 5P2BA 1BAIA 1HVSA 3KM4A 2ER6E 3OXXA 4M8XA 4EJ8A 4GJ7A 1T3RA 3G70A 1EC2A 4CMSA 1EPLE 3CYXA 4JOOA 5P4LA 5P77A 4CP7A 2ZJLA 3PCWA 5COOA 5P7BA 2OHLA 1KJ7A 2IS0A 1F34A 2V10C 2IENA 3B80A 2G20A 5P5CA 5P1JA 3INHA 3QROA 3KMYA 4YBIA 5DR8A 4Z50A 5P3AA 3ZMGA 2NMZA 5P7CA 1HTFA 1TCXA 5P2EA 2PK5A 4Y4UA 3S7MA 2QI1A 1ZTZA 4PZXA 1IVPA 4J1HA 3UDMA 1GVVA 4J1FA 4LHHA 5P6TA 2QZKA 3BGBA 5OZCA 5P4IA 5P8IA 3QRSA 5P1OA 4AZYA 5P11A 3O9HA 5HD0A 2NNPA 4ZEAA 2I0DA 1ER8E 2V16C 3R0YA 3R0WA 1GVWA 1OD1A 4RCFA 1ODYA 3OHFA 5P3HA 5P1PA 2HS2A 2IGYA 2IGXA 3S2OA 1ZAPA 5P0HA 5P8RA 5CLMA 2VA7A 5P4CA 5P33A 2BB9A 4DPFA 4R93A 5P1TA 2OHSA 4Y3DA 5P2NA 3IVHA 4CPSA 5P18A 5P5QA 5P4UA 2OHUA 3QIHA 1BDRA 1HWRA 5OYUA 3VSXA 2P3BB 5P0IA 5P2FA 4J5JA 1YT9A 1EBYA 5P6DA 1LYBB 4DH6A 5ER1E 3L3AA 5P8TA 5P6QA 5OZ3A 4ER4E 2OHPA 4FRJA 1TZSA 4Y4GA 5OZXA 4DUSA 5P3TA 3B7VA 2QD6A 5P1UA 1G35A 5P6UA 5OZRA 1HHPA 3WB4A 5P8NA 5P10A 3ZPSA 2JJIA 4R92A 4H3GA 5OZQA 3GGVA 4DVFA 1XL5A 3OQAA 2F3KA 4F76A 5EZXA 5OZHA 4K8SA 5P89A 4Y3ZA 3PLLA 3OOTA 4Y57A 9HVPA 4Q1NA 1FGCC 3QPJA 3IXOA 1MT9A 2Q64A 2P3CA 5P3RA 5P2KA 5P7LA 5P8CA 1RV7A 3U6AA 5DGWA 2FS4A 3VYEA 2AOHA 1B5FA 3KA2A 3RSXA 3LIYA 4Y4ZA 5EZZA 5P6MA 5P3LA 4QJ8A 3OU4B 2Q3KA 2BPXA 2H6TA 3S7LA 4Y3AA 1B11A 1NPAA 4DJQA 5P1ZA 1BWBA 1HVLA 4QJ6A 1CPIA 1PPKE 5P0CA 4Z2ZA 1F7AA 4RCEA 3NWQA 2ZGAA 2P3DA 5P57A 3K4VC 3H5BA 5P03A 3CICA 2I4WA 4FLGA 2NR6A 5P5VA 2O4PA 3VV6A 5P16A 4CPQA 5P2OA 2XFKA 5P5OA 5P6VA 3PGIA 2PSUA 3ECGA 6UPJA 3NDXA 1HVJA 1IDAA 1XN2A 4QGIA 1E5OE 4CPTA 3OQ7A 2P8HA 3L5EA 2QU2A 5P51A 5P4GA 2H6SA 2AZBA 1IZIA 4ZSPA 5P74A 1AZ5A 2RSPA 4ZE6A 3BUGA 1PFZA 3FV3A 5OZZA 3QP0A 5P6AA 2NTRA 4Y5EA 3PRSA 3HBOA 4FGXA 4QJ2A 3APPA 5HTZA 1ZJ7A 1GNMA 2QNPA 5P59A 3DUYA 5P2IA 2B7ZA 2FDPA 1NPWA 3DCRA 2PH6A 2CEJA 2HIZA 5P45A 3RVIA 3G6ZA 3VEUA 1ODWA 2NXLA 1K6TA 3QRMA 2ER9E 2WHHA 1FF0C 3OQKA 4Y9WA 5P53A 4I0IA 5P6HA 5P7DA 2WL0A 1NH0A 3EKVA 3O9LA 5C9BA 5P8AA 2WEDA 1YTHA 5P4YA 2APRA 3KFSA 2I4QA 5P41A 5P23A 2NPHA 5P55A 2I1AA 3K5FA 2AZ9A 4U8WA 4LP9A 2F80A 1FLHA 2JYSA 3OOZA 4GJBA 3FNUA 3N4LA 1FIVA 2B60A 2P3BA 1YTGA 3GGUA 2R38A 5P06A 5P7VA 3CKRA 3SO9A 1D4SA 5COKA 5P3VA 5P0JA 5P68A 3OQFA 4IVTA 1YM2A 4YOAA 4L7HA 5P0VA 2Q15A 4Y37A 4BEKA 2ZHVA 3KT5A 4Y5AA 1FQ6A 2QCIA 3O9CA 4ZSRA 3LNKA 4Y4TA 1K1UA 2A1EA 1BVGA 1HVKA 1RNEA 2AVOA 3S43B 1ENTE 4DJOA 4XKXA 4B0QA 3KN0A 4GJ8A 5P5DA 3RSVA 5ISKA 2AOFA 5P3EA 2O40A 5P6PA 5P70A 2NNKA 5FIVA 2WJOA 3ER3E 4K4PA 3EL0A 2SAMA 3EKTA 2JE4A 5P8OA 1BBSA 3NU3A 2G21A 1BIMA 3URLA 1VIJA 5DR3A 4Q1XA 3TKWA 1MPPA 4YD5A 4J0PA 4Y41A 5P81A 4WTUA 5P0LA 4ZSQA 4B77A 3DM6A 2FDEA 5P4NA 1MT7A 5P7GA 2FNSA 2NXDA 3PWWA 4HE9A 2G94A 1TQFA 4J1EA 4LXAA 2QZLA 3KDDA 5P7AA 2F8GA 4LAPA 5JG1A 1HVCA 5P6SA 3ZL7A 4ER2E 3ZKGA 3GI5A 5P2QA 4L1AA 4DQFA 3T6IA 3QVCA 3DJKA 5OZSA 4AA9A 2QZXA 1TSUA 5P5WA 3LIVA 3QI1A 5P01A 5P07A 5HE7A 2QP8A 4EQ0A 3GI4A 4Y54A 1IIQA 1BV7A 5B18A 5P7FA 3TOFA 3U7SA 5P2WA 5OYYA 4BFBA 3LHGA 3FX5A 3L59A 5P7UA 5P0ZA 2P83A 2QI5A 3EL1A 2ZJJA 4X2LA 4IVSA 3ST5A 4I11A 3Q4BA 3URIA 3K5DA 4E43A 4F73A 3NDTA 5AH7A 4FRKA 1MEUA 2AODA 5P20A 3PB5A 2OAHA 4FS4A 3VLBA 4LXKA 4Y39A 1T6GA 3JVYA 3QRVA 1EBKC 5P5PA 3DV1A 1XE5A 5DPZA 4YD7A 5OZLA 2PSGA 1W6IA 4HDBA 3NU6A 3IA9A 3VG1A 4J55A 1LEEA 5P2MA 5P61A 4Y5NA 5P8UA 1LF2A 3NYGA 2VA6A 2HS1A 5P7TA 1MRWA 2FXEA 2QI6A 2NMYA 2WF4A 1IZDA 2G1YA 2FMBA 3SA8A 5P1FA 1E82E 5C9DA 4DQEA 5DQ1A 3PJ6A 3LPIA 4Y3JA 5KR2A 4OBFA 3PEPA 5P2TA 1HVHA 2F3FA 3SA6A 2VJ6A 1ODXA 4OBJA 4FAFA 3WZ7A 2FIVA 3NSHA 5P8GA 5DR1A 1A30A 5P19A 1NPVA 3QS1A 5P4OA 5P3YA 4H3FA 5HE4A 5OZ7A 5P6XA 3VV7A 3S45A 4GJ5A 3Q3TA 3S53A 4Y58A 4BFDA 4NPUA 5HU1A 2AOJA 2WKZA 1B6JA 2O4KA 4FSEA 2QK5A 1EPNE 1UH7A 4Y3HA 3TLHA 4NPTA 2V11C 2QD8A 3UFLA 3VF5A 3S43A 3NDUA 2PWCA 4H3JA 5P4ZA 5BS4A 1FB7A 3KYRA 5OZOA 4HA5A 5P0AA 5P46A 4Y47A 4Y35A 5P3NA 1U8GA 2IL2A 2PYMA 1ZSFA 5F00A 3BXSA 4XX4A 1HSIA 1SIVA 4FRIA 1PSOE 5P52A 3R2FA 4EP2A 3APRE 3D20A 1A8KA 3OXCA 5P3GA 4DQCA 3JVWA 5KOSA 2G69A 4I8WA 4Y3TA 1QBUA 4EHCA 2QMGA 5P4QA 2Q54A 4J17A 5AGZA 4YDGA 5KQYA 1AIDA 3TOGA 3TPPA 1HSGA 5I3YA 5P6WA 1APVE 4Y3GA 5HU0A 1EBZA 5P3PA 5P63A 3EKPA 2AOCA 4R95A 4GB2A 2FLEA 1BV9A 3S54A 1GKTA 5P4FA 3Q6YA 3MSLA 5P88A 1DPJA 3PBZA 3PSYA 5P84A 1FMUA 4AMTA 2P4JA 4H1EA 5P0GA 3PMYA 1MSMA 1A8GA 1EAGA 3BRAA 5P5AA 2R5QA 1IDBA 5E5JA 4Y43A 3O9LB 4Y4BA 5J25A 5P4EA 3G72A 3UDHA 4Y3FA 1TW7A 2ZJIA 5P5FA 3FIVA 1MERA 5DQ2A 5P42A 1ZBGA 2VA5A 5COPA 2O4NA 2I0AA 3SPKA 5P0OA 1PSNA 5P6OA 5P82A 3R4BA 3LZSA 5OZUA 3ZKSA 2VIYA 5P8QA 1XS7D 5P1NA 2B8LA 5P3FA 5P6ZA 5P3KA 4Y36A 5P4BA 2B8VA 3VSWA 5P8JA 1EC0A 4B00A 4DJYA 4Y3SA 5DGUA 5PEPA 5P0KA 4I0ZA 1MIQA 5OYZA 2CEMA 1GNNA 2ZHUA 3SQFA 3HVPA 1ME6A 1YG9A 2BJUA 5P0QA 5P3SA 3MWSA 3FNSA 3FSMA 1HIIA 3U71A 4Y3WA 1MTRA 3Q5HA 4OBKA 5P73A 1JLDA 4KUPA 2ZJKA 4FSLA 2BPWA 4PZWA 5P14A 3CKPA 1FEJC 4RZ1A 4Y45A 4Y4XA 5OZVA 4EXHA 1B6MA 1Z8CA 1HSHA 3NLSA 2HC0A 3SKFA 2I4XA 3INFA 3T7QA 1APTE 4YE3A 5P1XA 4ZLSA 5OZKA 2J9KA 1DW6C 4B72A 5P80A 1C6ZA 4LBTA 3ZLQA 1PROA 4PEPA 2QHYA 5P3WA 1K6VA 1OHRA 5P8HA 5P1GA 4Y51A 5IVTA 3KT2A 5P62A 5P1EA 4Y4AA 5OZ6A 3NR6A 5UPJA 3LINA 2OHTA 4EPJA 4EXGA 1WBKA 2AVVA 3S56A 5P2UA 4K4QA 1QBRA 4FIVA 1KJFA 5P04A 1T7IA 5P36A 5P6JA 2R3WA 3ZKQA 4L1AB 5P1HA 1FG6C 1EC3A 5P3BA 1G0VA 5JODA 5P5XA 4RGHA 2G24A 5P2SA 5P7YA 1LYAB 4F74A 1FFIC 1MRXA 2BKTA 3T7XA 5P7KA 1B6KA 1BILA 2AQUA 4GYEA 3LITA 3O9DA 3ER5E 1KZKA 2HPEA 3QAAA 3SA3A 5P13A 4B1EA 3IXJA 5P35A 3UF3A 1QBSA 1DAZC 5P12A 5P0EA 5KAOA 4RRSA 4Y3XA 3OK9A 2QZWA 5P1KA 3UDQA 1N49A 5OZAA 1BXQA 2JJJA 3CIBA 5P32A 2R8NA 5DR7A 3TL9A 3T3CA 2HPFA 2G1NA 5OYQA 1MSNA 5P6LA 5P4HA 3DK1A 5P7ZA 5JFPA 4K4RA 2V0ZC 5AHBA 5OYVA 2ZJNA 3UFNA 5AHAA 2QHCA 1D4LA 2G1RA 2ER7E 3O9FA 3OUAA 4OBDA 4HDPA 4NJSA 5P6FA 4EJLA 3EL4A 5P6NA 4D85A 3CYWA 1EEDP 4CPRA 2O4SA 1BXOA 1HTGA 5P0TA 2QNQA 1TSQA 3OXVA 3O9GA 2QMDA 5P71A 1HBVA 1D4HA 5P0BA 5P8VA 3OAGA 5P08A 3EM3A 5P3DA 3UQPA 3WZ8A 1Q9PA 5P1IA 1W6HA 5P6CA 5I3VA 2QU3A 5P1LA 5P4SA 2IRZA 2IQGA 3PM4A 4KE0A 5HDUA 4KE1A 3OWNA 2PQZA 1HTEA 1SBGA 3GI0A 4DJVA 3EKWA 2VKMA 1D4IA 5HCOA 1AJXA 1HTRB 3IGBA 3L38A 3HAWA 1XN3A 4DQGA 4Y5CA 1YX9A 1HEGE 5HDXA 2O4LA 1HPOA 2QMFA 5KR0A 5IVRA 5OZTA 5P7NA 5P3UA 5P0YA 1Z1RA 8HVPA 1DMPA 2OHRA 4NJUA 1FFFC 5JFUA 4DJXA 2EWYA 1ZPKA 1YTJA 2QI0A 3NDWA 1NSOA 3SABA 1D4JA 3NU9A 3CIDA 4Y4EA 3LPJA 3OTSA 5P1CA 2ZYEA 5P2CA 5P78A 3L5CA 2OHMA 1G6LA 1HXBA 3D1XA 1XDHA 5P5KA 3MSJA 4PHVA 3D3TA 4RVXA 2ZJMA 1HIVA 5P2AA 3I25A 3HD8A 2G1SA 3LZUA 4KB9A 3M9FA 4EP3A 3OGQA 1APUE 2QI4A 5P27A 1HVIA 1LYWB 1KJHA 4RCDA 2RKGA 3Q70A 5DQ4A 4Y5GA 3PLDA 5P87A 1W5XA 3KMXA 3GGXA 2J9JB 5OZEA 5P8LA 3UDKA 5P6GA 4J0TA 1QDMA 5P5EA 3TH9A 3L5BA 5OZ5A 4TRYA 4ZIPA 3KFPA 2R3TA 3VV8A 3LPKA 3EKXA 5P7WA 3OU1B 2UXZA 5P8EA 1AM5A 1D4KA 5P1WA 1J71A 4RROA 4R5NA 1SDTA 3NWXA 5E5KA 5P72A 4APEA 5P6KA 3WZ6A 4I0GA 1LYAA 4OD9B 2WEAA 5ENMA 3WB5A 5P8SA 4APRE 5P60A 3UDJA 3OUDB 2WEBA 3SA4A 3K1WA 4ZPEA 3VCMA 4A6BA 5P2DA 5P1RA 5P2XA 1SIPA 3KFNA 4Y56A 4Y3LA 1W50A 3D1YA 2WF2A 2ZJHA 3KDCA 1BDLA 2VIJA 3VFAA 5P5NA 5OZ4A 2HAHA 1RL8A 1MVPA 4XX3A 4DJRA 3ZKNA 1BWAA 3UDYA 2I4DA 2ZE1A 5P66A 4J1IA 1M4HA 3MXEA 5P5HA 3A2OA 4J0VA 2F3EA 5P1YA 5P3ZA 4FM7A 3RTNA 3L5FA 1LV1A 1XL2A 2G22A 2VIZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P34 A;  5OYT A;  3DCK A;  4GZF A;  1FMX A;  4LL3 A;  3EC0 A;  4U7V A;  4BEL A;  5DQ5 A;  4L6B A;  5I3X A;  5OZB A;  5AHC A;  2ZHT A;  4COE A;  4Y44 A;  2QAK A;  5P69 A;  4Y48 A;  4QJA A;  5KR1 A;  4YD3 A;  1SGZ A;  5P25 A;  5I70 A;  5P8B A;  5P37 A;  3K5C A;  1FQX A;  5P2B A;  1BAI A;  1HVS A;  3KM4 A;  2ER6 E;  3OXX A;  4M8X A;  4EJ8 A;  4GJ7 A;  1T3R A;  3G70 A;  1EC2 A;  4CMS A;  1EPL E;  3CYX A;  4JOO A;  5P4L A;  5P77 A;  4CP7 A;  2ZJL A;  3PCW A;  5COO A;  5P7B A;  2OHL A;  1KJ7 A;  2IS0 A;  1F34 A;  2V10 C;  2IEN A;  3B80 A;  2G20 A;  5P5C A;  5P1J A;  3INH A;  3QRO A;  3KMY A;  4YBI A;  5DR8 A;  4Z50 A;  5P3A A;  3ZMG A;  2NMZ A;  5P7C A;  1HTF A;  1TCX A;  5P2E A;  2PK5 A;  4Y4U A;  3S7M A;  2QI1 A;  1ZTZ A;  4PZX A;  1IVP A;  4J1H A;  3UDM A;  1GVV A;  4J1F A;  4LHH A;  5P6T A;  2QZK A;  3BGB A;  5OZC A;  5P4I A;  5P8I A;  3QRS A;  5P1O A;  4AZY A;  5P11 A;  3O9H A;  5HD0 A;  2NNP A;  4ZEA A;  2I0D A;  1ER8 E;  2V16 C;  3R0Y A;  3R0W A;  1GVW A;  1OD1 A;  4RCF A;  1ODY A;  3OHF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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