4CPRA

Macrocyclic transition-state mimicking hiv-1 protease inhibitors encompassing a tertiary alcohol
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis of P1'-Functionalized Macrocyclic Transition-State Mimicking HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus
molecule keywords PROTEASE
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4cprA00
1WKRA 2UXZA 5P0FA 5P78A 4AUCA 5JFUA 2BKSA 5P3BA 3DCRA 3UF3A 4QJ7A 5HDXA 4Y3LA 3ZPSA 3GI4A 5P8CA 5P4NA 2AZ8A 2OHPA 3EKTA 1JLDA 1TW7A 1UH7A 4TRZA 3VYFA 1MSMA 2B42A 4YD4A 3R0WA 3NSHA 1T7IA 5P5EA 5P1OA 2OHQA 3LIVA 4NKKA 5P2GA 5P7VA 3CYWA 4ZSRA 5P19A 2G26A 5P3RA 2NNPA 4RGHA 2RKFA 5SY3A 4K9HA 3UDRA 5P2RA 3ZPUA 5P70A 1SP5A 1HVJA 1BIMA 4LC7A 4EYRA 1UH9A 2H6SA 3O9IA 5P33A 5P74A 4B0QA 5P3QA 3OTYA 2ZJIA 5P1WA 2QHZA 2AVMA 3OQ7A 4Q1WA 5OYSA 2HAHA 3PSGA 1ENTE 4L7HA 1HIVA 1B6MA 5P4ZA 2AOGA 5DR8A 4NJUA 3CIDA 3K5DA 4ZPEA 4PEPA 3OGQA 2I4WA 5OYZA 1MPPA 2JXRA 3NUJA 1M0BA 5I70A 1B6KA 5OZEA 4YD6A 3UDNA 5P38A 4J1CA 1D4HA 1FQXA 1FEJC 5P2DA 5IVQA 3TL9A 3T7XA 1HVRA 2B60A 1AVFA 1FG6C 5KR1A 5P1ZA 2IRZA 3LIXA 3O9LB 4GJ6A 3KMXA 1YM2A 3VSXA 1OHRA 3AUPA 3OQAA 3TLHA 2PK6A 5DR7A 4EJ8A 3NXEA 1TSUA 4QJ6A 5E5KA 1ZAPA 4OC6B 3MXEA 2VA6A 3PMUA 4U7QA 5P7IA 1D4YA 3S43A 1EEDP 2B8VA 2HB3A 4K8SA 5P04A 5P44A 3TNEA 4FAEA 5P5LA 2Q54A 1ER8E 2ZHTA 3EKWA 4Y36A 3L3AA 1SGZA 5P05A 4Z4XA 4TRWA 5BRYA 3GI6A 1G2KA 1EPOE 1A30A 2G21A 5P3AA 4X7IA 5DGUA 4B77A 4D85A 1BBSA 3LHGA 3QI1A 2BPZA 3LZSA 2BQVA 3URJA 5SXNA 2QI7A 3TPJA 5P2QA 5OZPA 1EC0A 2VJ7A 3FX5A 2ZJMA 3UDQA 5P2CA 4DQHA 2FNSA 4Y45A 4XX4A 5P67A 5P5TA 1VIKA 2HIZA 5P0AA 3G70A 5P80A 4EJDA 2O40A 4FRJA 2CEJA 5P3PA 1A8GA 2QD7A 1HTFA 2WL0A 1MTRA 1HWRA 5P6MA 3OHHA 2FNTA 2IEOA 4OBGA 1W51A 1APUE 1ZBGA 3K4VA 4PPHA 1KJGA 3MSJA 3QPJA 2OHSA 4DJOA 2R9BA 5P0QA 3SA9A 3TKWA 4B72A 4HA5A 3ER3E 1ME6A 1OEWA 3PM4A 5KQFA 5SZ9A 2OHKA 5P06A 5P62A 3VFBA 2FXEA 3ER5E 1IDAA 1META 2P8HA 5P1RA 4Y48A 5DQ2A 4B70A 3NR6A 3LPKA 4HLAA 3EL4A 2NXLA 1ZSFA 2IS0A 2P4JA 2JJIA 4RCFA 4Q1YA 5P41A 5C9FA 4Y35A 5P4FA 5PEPA 4U8WA 1TCWA 4GJ7A 3KDDA 2NMYA 2Q55A 5P6WA 5HDZA 5P4EA 5P09A 1BAIA 2HS1A 3FSMA 2HB2A 1T3RA 3FV3A 2RMPA 1C70A 1PSOE 5DR1A 3D1YA 4WY6A 4ZSPA 4PHVA 3OXVA 3ZKSA 2WEAA 5P4OA 1EPPE 4ZIPA 1NSOA 3BXSA 4DQFA 4EXHA 1DIFA 5P2NA 5KR0A 5P68A 5P4QA 3VUCA 3OUAA 4WTUA 5P2XA 5IE1A 2G1SA 4MC2A 4BFBA 3OXXA 3VYDA 4BFDA 5KQZA 5P7YA 4J1KA 1PSAA 3BVBA 1K2CA 4ER4E 1RV7A 4J55A 1IBQA 1W6IA 4CPRA 4Y51A 5C9DA 1QS8A 5P6RA 1LYAA 3UFNA 1YTHA 4Y3FA 2HPEA 4Q5MA 2VA7A 2VNMA 3OU1A 5DQ1A 2ZGAA 3EKYA 5P82A 2QMPA 2AQUA 5P3VA 3CKPA 5P3WA 1MT8A 4CPWA 2I4XA 2H6TA 1DPJA 1HSIA 3G72A 5P1FA 3S2OA 1LEEA 2P83A 5P8HA 3F9QA 3PB5A 3PEPA 3KDCA 5P3FA 1FMXA 2QCIA 5P7TA 5P24A 1GNMA 2QAKA 4Y5NA 3PWRA 4YCTA 3VLBA 4R91A 3OU4B 5P5JA 1HEFE 3UQPA 3L5EA 1MERA 1KJFA 2WF2A 3KFNA 5P50A 3TTPA 4YCKA 2R3TA 3FIVA 5P1LA 3I8WA 5IVRA 3UCBA 5P0HA 1PROA 2IQGA 3SFCA 5FIVA 2OHRA 2BPVA 2OHUA 5TOLA 5P1TA 1DAZC 5P1YA 1MUIA 1YM4A 4GJCA 3PLDA 5P0LA 3RTHA 2G69A 2Z54A 4HEGA 3GGVA 3OQKA 2NR6A 4OBJA 1E80E 2SAMA 4EJLA 2HPFA 3APPA 2CEMA 5OZ3A 3WSJA 1FQ8A 1SH9A 1MIQA 4I0EA 1YX9A 5P0IA 5P23A 5P3OA 4YBFA 3O9FA 5KQYA 1ODYA 5OZQA 2VKMA 5OZFA 4KUPA 5P4RA 1RNEA 1HVCA 1AZ5A 3RSXA 3EL0A 1EPNE 2G24A 3PSUA 5P7BA 3BUFA 1QBTA 4EHCA 3VCMA 4GIDA 3UQWA 1LV1A 3VF5A 4ZSQA 3KDBA 3OOZA 2QNPA 1HPVA 5P5FA 3R1GB 2AZ9A 3BHEA 1D4JA 1EPLE 2QU3A 3HVPA 3T3CA 4XXSA 2WHHA 3OUDA 5P2JA 3I2LA 2OHTA 2QU2A 4I0GA 5IVTA 5P6HA 5P6FA 1YTGA 4YDGA 2HS2A 5P6SA 5OYWA 4R5NA 3VF3A 4IVSA 2VIYA 4F75A 2FMBA 1KZKA 4J54A 4L1AA 4Y58A 1FLHA 3HAUA 4LXAA 5P1IA 2QI0A 3MXDA 3EKVA 5DQ4A 5AH9A 5DGWA 5OZCA 5P61A 5P0BA 1FMUA 4B78A 3DJKA 2ER9E 5P0OA 5APRE 4RVIA 5P86A 3OAGA 2G1OA 5P77A 1RQ9A 5P7JA 5P7NA 2P3DA 5OZ5A 5P5VA 1AM5A 1K6PA 3BVAA 5P1CA 2R8NA 3ZKQA 1SDVA 2PWRA 5P48A 3LZVA 4MC6A 3WZ8A 4F76A 4GYEA 5P0CA 4EQ0A 3SAAA 3GGAA 5P7OA 3EL5A 5HVPA 2QMFA 5P30A 1D4SA 2J9JA 5P1HA 5I3XA 1ZP8A 1GNOA 1ODWA 4GB2A 5P83A 4D88A 3KT2A 2UPJA 3LIQA 1TSQA 3HD8A 3G6ZA 4U7VA 2R5QA 4Y4UA 5OZMA 5COKA 4OBZB 5P2OA 1HIIA 4OBKA 3TOGA 2F80A 1ZLFA 4RRNA 2G1NA 2ZHRA 2ZJHA 4Y3HA 5P54A 3S7MA 4I0DA 4LXKA 4J0YA 1GVXA 4B1CA 4F74A 1BWAA 1APWE 4RLDA 1APVE 9HVPA 2O4LA 5P15A 1T7KA 2ER7E 3OTSA 5OYVA 1BXOA 3R0YA 4Q1XA 5OZHA 5I3YA 4JOOA 5P0UA 1KJ7A 2B8LA 2QK5A 5P4XA 1T6GA 3NU6A 4H3GA 4Z22A 1IZHA 3O9AA 1M43A 5C9BA 3HLOA 2AOIA 4COEA 1K6TA 3KYRA 4ER1E 5P58A 4Y4WA 1B5FA 5CLMA 3PGIA 4B05A 5OZXA 2WEBA 5P55A 3HZCA 4B1DA 3PBZA 4IVTA 5P8EA 3DV5A 2IGYA 1FGCC 5AH6A 5P7EA 2Q3KA 2AZCA 2AVOA 1CZIE 1HTGA 2IENA 2PK5A 1GVVA 3ZKMA 2P3BA 5KR2A 3S54A 4RVJA 3SA4A 2O4SA 3OUCA 5COPA 4Y5CA 2VIZA 5OYUA 5P1JA 5P26A 1PPME 5P6KA 3R2FA 1WBMA 5P8LA 3T7QA 3QN8A 2XYFA 5OYQA 5DQCA 3I25A 3ZKXA 2B7FA 1EAGA 3IA9A 4YD7A 1XE5A 3FNUA 5P6UA 5AHBA 5P3JA 4Y54A 5HDVA 5UPJA 4Q1NA 3PHVA 2ASIA 3GI5A 2OF0A 2XFJA 4OD9B 3O9CA 4Y5EA 4CPSA 1ZJ7A 1GKTA 1GVWA 2WF1A 3HDKA 2IGXA 5P4JA 5OZDA 5HU0A 2IKUA 1SGUA 3RTMA 1KJHA 4TVGA 3VV6A 5P7FA 5P0XA 3BC4A 3U6AA 2AODA 4EJKA 2AOCA 1FQ4A 1RPIA 2V0ZC 3N4LA 1EBWA 3T11A 3IN4A 4MC9A 3NU9A 4Y3XA 4A6BA 5KAOA 1W50A 4FGXA 4EPJA 5DR0A 1XN2A 5P43A 4Y3WA 4R8YA 5OZ4A 1HVLA 3PWWA 3OADB 3HAWA 4I0HA 5OZ7A 3SPKA 5OZSA 1M4HA 2I4DA 5P3MA 5OZNA 3D1XA 2PC0A 3UPJA 5P7XA 1YT9A 1BV9A 4WY1A 2A4FA 4DJPA 5KOQA 1AIDA 4L6BA 4YOBA 1EC2A 3NU3A 5P71A 3OXCA 5P3GA 1ZSRA 5P0EA 3QS1A 3SLZA 5P6LA 4J1HA 4Y9WA 3CMSA 4DPFA 5P88A 1HRNA 4FRKA 5OZ2A 3O9LA 5AH7A 5P17A 5P3TA 3S85A 3PI5A 4I0FA 3S8IA 3TPLA 5P0RA 4Y3SA 4J17A 3S7LA 1K1UA 1BWBA 2FIVA 4OC6A 4H3IA 4PZXA 4YCYA 5P5KA 1HXWA 2V12C 3UDKA 1E5OE 5AH8A 4Y4EA 5P5GA 3CKRA 5P1QA 3SA5A 5P52A 2F81A 4HVPA 4F73A 3OK9A 2FXDA 5P51A 3LPJA 4EQJA 1HTRB 5OZGA 5P2SA 1G6LA 4GJDA 4BELA 3EKXA 3NDUA 1BILA 5ISKA 3BUGA 5P1NA 5P4GA 2EWYA 2QMDA 2IDWA 3GGXA 5P1GA 5P3HA 3K1WA 5P5PA 1BV7A 1LS5A 2V13A 1LYBB 2ZHVA 5P7PA 3SM2A 5P8UA 1KJ4A 2VNNA 5P5CA 5P5YA 3IXJA 5P4CA 4K4RA 3IXKA 5P11A 5P7MA 2VJ6A 3EMYA 3QBHA 4D83A 5P4HA 1ODXA 5P4VA 5OZ1A 3TPPA 2APRA 5OZBA 5OZYA 3LIZA 3D20A 5P63A 3DCKA 4QJAA 2PWCA 3EM6A 2BJUA 5P53A 1LF2A 5P1AA 3RTNA 4Y5BA 5P35A 4J1FA 5P3DA 5CONA 4Y5AA 4DUSA 2ZYEA 5P8NA 3RU1A 4Y56A 5P0KA 4I0IA 4J5JA 4Y4XA 3LPIA 4DQCA 5AGZA 7HVPA 4RYGA 5P47A 4EP3A 3JVWA 1LYWB 5P6BA 3QRVA 5P7SA 1XN3A 8HVPA 5P10A 4H3JA 2RENA 3VYEA 1FQ5A 4FRIA 5P4TA 1TCXA 4Y3PA 4HZTA 4KB9A 4GMIA 5P2VA 2QD6A 1NPAA 2VIEA 3SM1A 3L5DA 5OZLA 4CP7A 3KFRA 3UDMA 5B18A 2QZXA 3L5BA 3CIBA 3DUYA 5P0YA 5P57A 2G1RA 1HXBA 3NDXA 3L38A 3TH9A 4EXGA 2WKZA 5T4SA 2QI5A 3MWSA 5JFPA 3K5FA 5OZWA 3UFLA 5HD0A 1MT9A 3NU4A 2Q11A 1FFFC 5P5DA 1BVGA 6FIVA 5P2TA 3PJ6A 4Y3AA 4APEA 3INFA 1FQ6A 3I6OA 3S56A 2JJJA 4Y38A 3ZKNA 3EKQA 5JG1A 1SDUA 4Y4DA 5DR3A 3O9HA 5P5IA 5P6OA 4Y41A 2A1EA 3OHFA 3KFPA 3QAAA 4CPTA 3INDA 1ZPAA 4L7JA 4NJSA 1XDHA 2R38A 4E43A 5P6YA 5DQ5A 1NH0A 1MT7A 3BXRA 2NNKA 5P8MA 1GVTA 4DJWA 4LP9A 1FFIC 1QBRA 5AHAA 3OU4A 2AOEA 4QLHA 3UDHA 1D4IA 3QVCA 4RRSA 2G94A 2R3WA 3FKTA 1B11A 4OBHA 4Y3GA 1E81E 1HBVA 3UDYA 2BB9A 3NXNA 1J71A 1CMSA 5P27A 1IZIA 4PYVA 5P3UA 5P3LA 1AXAA 5P20A 3CKTA 4Y3MA 4Y43A 2I4VA 5COOA 5BS4A 2F3EA 3NDTA 2CENA 5P8SA 3HBOA 2Q63A 4FLGA 1YTJA 5P6EA 1MTBA 5ENKA 4I8ZA 5P2YA 3UHLA 2OAHA 4JECA 4RYCA 4Y4JA 1YTIA 5P3EA 5P0TA 4YDFA 5OYXA 1C6ZA 1FMBA 5J25A 3QROA 3M9FA 4Y5KA 5OZ0A 5SY2A 4KE0A 2FDEA 2ZE1A 4R95A 1QRPE 4J1EA 5P3SA 1A94A 6UPJA 2QI3A 3VV7A 5P4WA 2O4KA 5DR4A 3L5FA 3SQFA 5P1EA 4YD3A 4UPJA 5KOSA 4I0JA 5P6ZA 1RL8A 1PPKE 3VSWA 3L5CA 2BPXA 2MIPA 3D3TA 5P6IA 3KT5A 5P7GA 2Q64A 2ER0E 1QBUA 2WF4A 3KFSA 4YOAA 3U71A 5P4DA 4D89A 3WZ6A 2UY0A 4ZE6A 5P7DA 5P7WA 3TOFA 5AHCA 4Y5LA 1XL5A 1AJXA 2O4PA 4Y3TA 3PCZA 5P1XA 5P81A 2O4NA 1NPWA 5P0SA 4ZLSA 4DQGA 5P16A 5P3CA 4Y5GA 4FIVA 4YD5A 5P5OA 3ZPTA 5F01A 1F34A 3Q70A 4YHQA 2PYNA 5P7QA 5ER2E 3PCWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WKR A;  2UXZ A;  5P0F A;  5P78 A;  4AUC A;  5JFU A;  2BKS A;  5P3B A;  3DCR A;  3UF3 A;  4QJ7 A;  5HDX A;  4Y3L A;  3ZPS A;  3GI4 A;  5P8C A;  5P4N A;  2AZ8 A;  2OHP A;  3EKT A;  1JLD A;  1TW7 A;  1UH7 A;  4TRZ A;  3VYF A;  1MSM A;  2B42 A;  4YD4 A;  3R0W A;  3NSH A;  1T7I A;  5P5E A;  5P1O A;  2OHQ A;  3LIV A;  4NKK A;  5P2G A;  5P7V A;  3CYW A;  4ZSR A;  5P19 A;  2G26 A;  5P3R A;  2NNP A;  4RGH A;  2RKF A;  5SY3 A;  4K9H A;  3UDR A;  5P2R A;  3ZPU A;  5P70 A;  1SP5 A;  1HVJ A;  1BIM A;  4LC7 A;  4EYR A;  1UH9 A;  2H6S A;  3O9I A;  5P33 A;  5P74 A;  4B0Q A;  5P3Q A;  3OTY A;  2ZJI A;  5P1W A;  2QHZ A;  2AVM A;  3OQ7 A;  4Q1W A;  5OYS A;  2HAH A;  3PSG A;  1ENT E;  4L7H A;  1HIV A;  1B6M A;  5P4Z A;  2AOG A;  5DR8 A;  4NJU A;  3CID A;  3K5D A;  4ZPE A;  4PEP A;  3OGQ A;  2I4W A;  5OYZ A;  1MPP A;  2JXR A;  3NUJ A;  1M0B A;  5I70 A;  1B6K A;  5OZE A;  4YD6 A;  3UDN A;  5P38 A;  4J1C A;  1D4H A;  1FQX A;  1FEJ C;  5P2D A;  5IVQ A;  3TL9 A;  3T7X A;  1HVR A;  2B60 A;  1AVF A;  1FG6 C;  5KR1 A;  5P1Z A;  2IRZ A;  3LIX A;  3O9L B;  4GJ6 A;  3KMX A;  1YM2 A;  3VSX A;  1OHR A;  3AUP A;  3OQA A;  3TLH A;  2PK6 A;  5DR7 A;  4EJ8 A;  3NXE A;  1TSU A;  4QJ6 A;  5E5K A;  1ZAP A;  4OC6 B;  3MXE A;  2VA6 A;  3PMU A;  4U7Q A;  5P7I A;  1D4Y A;  3S43 A;  1EED P;  2B8V A;  2HB3 A;  4K8S A;  5P04 A;  5P44 A;  3TNE A;  4FAE A;  5P5L A;  2Q54 A;  1ER8 E;  2ZHT A;  3EKW A;  4Y36 A;  3L3A A;  1SGZ A;  5P05 A;  4Z4X A;  4TRW A;  5BRY A;  3GI6 A;  1G2K A;  1EPO E;  1A30 A;  2G21 A;  5P3A A;  4X7I A;  5DGU A;  4B77 A;  4D85 A;  1BBS A;  3LHG A;  3QI1 A;  2BPZ A;  3LZS A;  2BQV A;  3URJ A;  5SXN A;  2QI7 A;  3TPJ A;  5P2Q A;  5OZP A;  1EC0 A;  2VJ7 A;  3FX5 A;  2ZJM A;  3UDQ A;  5P2C A;  4DQH A;  2FNS A;  4Y45 A;  4XX4 A;  5P67 A;  5P5T A;  1VIK A;  2HIZ A;  5P0A A;  3G70 A;  5P80 A;  4EJD A;  2O40 A;  4FRJ A;  2CEJ A;  5P3P A;  1A8G A;  2QD7 A;  1HTF A;  2WL0 A;  1MTR A;  1HWR A;  5P6M A;  3OHH A;  2FNT A;  2IEO A;  4OBG A;  1W51 A;  1APU E;  1ZBG A;  3K4V A;  4PPH A;  1KJG A;  3MSJ A;  3QPJ A;  2OHS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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