4CPUA

Macrocyclic transition-state mimicking hiv-1 protease inhibitors encompassing a tertiary alcohol
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis of P1'-Functionalized Macrocyclic Transition-State Mimicking HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus
molecule keywords PROTEASE
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4cpuA00
2G20A 1BDLA 5OYWA 5HVPA 3HW1A 3RSXA 2F81A 2HC0A 3OAGA 5P0PA 2VIEA 2QI3A 5P3AA 3UFNA 3AIDA 3Q6YA 2VNNA 3INFA 5P4JA 1SP5A 4LHHA 1DP5A 2G22A 2V0ZC 1E81E 5P8OA 3U6AA 1ZSFA 3O9LB 2BJUA 5P08A 3I2LA 2I4UA 3BGBA 3URJA 3QRSA 1EPME 3ZL7A 5HE4A 4Y56A 2QHYA 5P8AA 2QU2A 3WSJA 1XN2A 3SAAA 3UQUA 2XFJA 3G72A 2AZCA 4B70A 1EC2A 2PH6A 4GJAA 4Y9WA 2IRZA 2I4QA 2JYSA 4YOBA 5P1UA 3HAWA 2ZGAA 3VUCA 3D1XA 4J1CA 3KFNA 2P8HA 2AOIA 4F76A 5P2TA 2WEDA 3EKWA 3G6ZA 1SIPA 3QRMA 1M4HA 4I10A 4PEPA 2IKUA 5P47A 3OXWA 4YHQA 3ZKNA 5OZNA 5P5KA 3VYDA 4EXHA 4BFBA 4OBZB 5P3TA 1BV7A 1WKRA 5P51A 5I3VA 2ASIA 1BDQA 5KR2A 1ENTE 3ZKQA 5P54A 4GIDA 4JP9A 1FMBA 3T3CA 4LAPA 1HTGA 5P0SA 3KMXA 1A30A 3OU4A 5KOSA 4QJAA 4NJVA 1FB7A 2PSVA 2QI4A 3DOXA 5HCTA 5P4AA 5UPJA 4LC7A 3URLA 3N4LA 5P63A 1HTEA 5OYXA 2OHRA 3LPIA 5P39A 2QNPA 2VNMA 5P8JA 5P02A 5E5KA 2FXDA 5P4CA 2ZJHA 3SQFA 4EHCA 1FFFC 3B80A 3OUBA 5P5LA 2I4VA 4EJKA 1YM2A 5HTZA 4J0VA 5P5EA 3L59A 3DV5A 3TLHA 1F34A 4Y5GA 3S85A 2I4XA 4DPIA 2FMBA 2WKZA 5P7JA 5P0HA 2P3DA 5P69A 2JE4A 1MTRA 2ZJJA 1LEEA 2AVSA 3IN4A 1HPOA 1MEUA 5P7KA 5KR1A 1OHRA 2G69A 2F3KA 1FQXA 2SAMA 4Y3WA 2PK5A 3HBOA 2ER9E 6APRE 5P2DA 5JFPA 5AHAA 4APEA 2V00A 2B8LA 3SLZA 1XS7D 5P5WA 4FSLA 4EQ0A 2VIYA 3R2FA 1BWBA 4Y3AA 1G0VA 3L5BA 5SXNA 5P2VA 1C6XA 1RL8A 3KYRA 2QD7A 5P3DA 5P5YA 4J0ZA 4DJQA 5AHBA 3HAUA 1F7AA 4DQGA 5OYRA 2ZJMA 5P2FA 4DFGA 1GNNA 5P2UA 4Y5MA 1FIVA 4Y54A 1MUIA 2WF3A 5P7RA 2O4KA 5P1GA 3MSJA 2Q15A 5P0QA 4EJ8A 5OZJA 5P8IA 1B6KA 3EL0A 5OZFA 3T7XA 5P5XA 1W6IA 4Y39A 1NPVA 2AVVA 1IVQA 3OY4A 2HPEA 4LXMA 5P4DA 2PQZA 1LYWB 5P8TA 1META 4Y3HA 1HPSA 3SA7A 5COOA 5OZMA 3UQPA 2QMDA 1EBWA 5P42A 5P80A 2ZJKA 5P1JA 1QBTA 5P8GA 5P3HA 5P8CA 3EL1A 5P5JA 3KMYA 5DR0A 5BRYA 5AGZA 2AOCA 3U7SA 5P65A 2FDPA 4FGXA 5P1LA 1ZP8A 5P5PA 1D4LA 5P6GA 5P3IA 5P1KA 1BVEA 5P77A 1HIVA 3BVAA 3LZUA 5P4SA 1IZHA 3BHEA 3NDTA 3VYFA 2G27A 2VA5A 1FLHA 3HZCA 4LBTA 1ZJ7A 2NNPA 5P6SA 3K5FA 4Y4WA 3HDKA 1BXOA 3RU1A 4R95A 3Q70A 4MC1A 4Y5AA 3VF7A 1ME6A 5F01A 5P0NA 5P5MA 3NU9A 5P0ZA 5P0RA 5P8SA 3Q3TA 3BC4A 5OZOA 4R5NA 3O9EA 3D91A 3UDNA 3NWQA 4RVJA 1YM4A 3DUYA 3LIQA 1CZIE 5KAOA 2WF2A 5P1EA 4Y3JA 3UHLA 5CLMA 2OHSA 1ZSRA 5P31A 2WF4A 5P00A 4BELA 1APTE 5OZSA 3DCKA 1SMEA 1XDHA 5DQCA 3HLOA 2F80A 5P0XA 2J9KA 5P7NA 4H3FA 5BS4A 4J17A 2JJJA 3OOZA 5P0CA 2XFKA 5P41A 3QVCA 2R8NA 3LINA 5OZ8A 2Q11A 1LZQA 4RCFA 3CIDA 5OZKA 4FSEA 1EBYA 5P6BA 4AMTA 5P1OA 3OQDA 3M9FA 1RQ9A 3S54A 3EL4A 5P4GA 4YCTA 5P2MA 3OUDA 5P1IA 1IDBA 2QI1A 4Y3GA 3BXRA 4EWOA 4HE9A 3VF3A 5P8LA 2OHPA 1FFIC 1XE5A 4FRJA 4J0YA 3TTPA 2PMAA 5OZGA 4FS4A 4R92A 2OHQA 4B1DA 4I12A 5IVSA 1UH9A 3NU3A 2OHLA 4Y4ZA 3MWSA 4OBFA 4L1AA 2HB3A 1EPNE 3VF5A 5APRE 1SDUA 5P2XA 5P2EA 4I0GA 2IEOA 5P4WA 4F73A 5P2SA 3WB4A 5BWYA 2O4SA 4I1CA 3KA2A 2ER0E 5P8KA 5HE7A 5P6AA 3APPA 2AOHA 2V12C 1MERA 1W51A 5P71A 4WY6A 3URIA 4U8WA 2G1SA 5P60A 1AXAA 4Y5BA 4ZEAA 4B78A 5P6KA 1B6LA 1BIMA 4NPTA 5AHCA 5OZHA 4Y3FA 1GKTA 3K1WA 5P1BA 4YD3A 3R4BA 5P3SA 4FLGA 2OHKA 5P12A 1N49A 2VA7A 2R5PA 5P17A 5P8MA 4H3IA 2VIJA 2AVOA 1IDAA 1ZPKA 3NR6A 1HXWA 3FV3A 5P83A 4DJPA 3LITA 4S1GA 1YX9A 4M8XA 5P3WA 4EJLA 1BDRA 2AVMA 5P1XA 3PHVA 2I4WA 5AH9A 3MXDA 2VA6A 5P2NA 3UTLA 3UQXA 1CPIA 3KM4A 4GJ7A 2QZXA 8HVPA 5P23A 4I0EA 4I8ZA 4Y3MA 2QI5A 5EZXA 2BQVA 2HB4A 1Z8CA 3QROA 4Y3ZA 3OAGB 2F8GA 1AIDA 5C9DA 3SA4A 1FQ7A 5OZLA 4Y4BA 4ER1E 3L5EA 7UPJA 1G35A 5P0JA 5P59A 5P7LA 3PJ6A 1W50A 4Y35A 3GI5A 3CYXA 5P18A 3D1ZA 5P2ZA 5OZCA 1B6PA 4Y36A 2PYMA 1APUE 2NMYA 4AZYA 2ANLA 4DQEA 1E82E 4B72A 5P7QA 3QAAA 2HB2A 3PMYA 5P09A 5P3ZA 5IVRA 3IN3A 4YCKA 2B60A 5P85A 1AJXA 4DQCA 5OZTA 3OQKA 1HSGA 4Y4EA 5P14A 2B7FA 4LP9A 3LNKA 2VIZA 5KR0A 2G94A 5P5IA 5P8FA 1KJHA 5P2HA 2Q63A 5P88A 4B77A 1LYBA 4L7GA 5P6XA 4Y3NA 1BILA 1T7KA 4IVTA 4YCYA 2O4PA 1OD1A 5ER2E 4RRSA 2FGUA 3SM1A 5P29A 5P4OA 3OUAA 3IAWA 5P57A 4YDGA 5OZUA 3BUFA 5P76A 2FNTA 1CMSA 5P1NA 5P2WA 2B7ZA 3OU4B 5P2GA 3UF3A 1G2KA 5P5UA 5P19A 2WF1A 3VV7A 5P1TA 4GJ6A 4K8SA 5P64A 3CKPA 1GVVA 1EPLE 1OEWA 3EKPA 5IS4A 3OQAA 1PFZA 3KDDA 3FIVA 2VS2A 1VIJA 1HVCA 3OADA 5DR4A 4I0ZA 4LL3A 4Y3RA 4DJUA 3ECGA 3Q4BA 4TRZA 1PSNA 5OZWA 1GVTA 3BGCA 1FG8C 2ZHSA 3BUGA 5P3OA 2Q55A 2O4LA 5P40A 1BWAA 5P0UA 3K5CA 5COKA 1HTRB 3NU5A 5P1QA 3GGVA 3D20A 3G70A 4J1KA 3VFAA 3H5BA 1C6ZA 3UDHA 2P3AA 1M43A 3VG1A 5P0VA 1HVIA 2NXLA 5P2LA 4YD7A 2ZHUA 2MIPA 3KFRA 4HZTA 4YBIA 2FIVA 5P5HA 5P2JA 5P1MA 2OHMA 2BPVA 3Q5HA 3OXXA 4FM8A 2P83A 2PH8A 3OTYA 1JLDA 3JVYA 1APWE 4NJTA 4OBGA 3I6OA 3GI4A 2ZJNA 5P2CA 3NSHA 4ZLSA 1XN3A 5DQ4A 3SO9A 3TOFA 5P67A 4ZIPA 3GI0A 5P03A 3ST5A 4ZPEA 1MPPA 4Y44A 3ZLQA 5P32A 4GYEA 4A6CA 1K6PA 4D8CA 4DPFA 4CPUA 4Y3LA 5HCOA 3D1YA 4GJ5A 4QLHA 5OYSA 5P37A 5PEPA 4DI2A 5P7CA 1K6CA 4WTUA 2H6SA 5P4VA 3INDA 4XX4A 2P4JA 1E80E 5P0FA 5P2QA 9HVPA 3UDKA 3LZVA 2JXRA 1SGUA 3K4VC 4BFDA 1KJ4A 1HIHA 2WEBA 3O9HA 3TKWA 1A94A 1LF2A 2PC0A 3PEPA 2QHCA 5P44A 3NUJA 3NDXA 5HDVA 1TCWA 5P0MA 4DJXA 4I0HA 2ZJIA 3ZKMA 1HOSA 1HVLA 4L7HA 5P11A 5P4KA 2NMZA 4DQBA 4U7VA 5P5NA 2NNKA 3LPJA 3PBDA 2A1EA 3NUOA 4I0IA 3CYWA 1BVGA 3DK1A 1BBSA 3MSLA 2XYEA 4Y4TA 3CIBA 3PGIA 5P7BA 3LHGA 1YTGA 5P81A 4H1EA 3ZKGA 5F00A 2B42A 5P35A 2ZHRA 5P24A 5KQYA 4Y3TA 5P46A 5P8EA 4Y3QA 5P0WA 3H0BA 3HD8A 4OD9A 6UPJA 4Y3YA 2AOEA 3BXSA 5P4TA 5P2RA 1SDVA 3EBZA 5P6UA 3C9XA 2QNQA 3KF0A 3TPLA 3R0WA 4CPSA 4Y58A 2QI6A 1LF4A 1U8GA 2HPFA 3WB5A 3OK9A 1D4KA 1QDMA 4Y4UA 2FLEA 5P38A 5P5ZA 1AVFA 2CEMA 2XFIA 4Y3XA 5DQ2A 5P75A 1ER8E 3MXEA 3UQWA 3LIXA 5P7SA 5CONA 5KQXA 5P5CA 1EC1A 1AJVA 2BBBA 4I0FA 4RZ1A 3SA9A 5DQ1A 5J25A 5I3YA 3KDBA 1W6HA 5P7VA 4TRYA 2Z4OA 2G1OA 3T7QA 4ER2E 1SBGA 1NSOA 4F75A 3IVIA 5P4YA 5JFUA 2RENA 1WBKA 4RROA 5P7AA 1HVRA 4Y3EA 5P86A 2BPYA 3ER3E 3EKVA 2NXMA 5P4HA 5P0IA 4OBJA 5P8HA 5SY3A 5KR8A 3OU1A 5P6IA 5I70A 1FQ5A 2HIZA 3FKTA 2WF0A 5P13A 3EMYA 3PI5A 4NPUA 4FRSA 4J0TA 3OUDB 2PK6A 3OHHA 5P5QA 1QBSA 3D3TA 5P07A 5P7MA 1AZ5A 1B5FA 1KJGA 3QIHA 3APRE 5P6PA 4CPRA 5P0LA 3QI1A 2QU3A 1IZEA 2QMFA 4OC6A 4EP2A 4Y57A 1HWRA 3JVWA 5OZ7A 5DR8A 5P5SA 4L1AB 3S53A 4HDPA 2FDEA 3ZKXA 4X7IA 4GJCA 5P1YA 2QD6A 2R5QA 4GMIA 4MC9A 5DQ5A 3SACA 2FXEA 4OBDA 3PSUA 4H3JA 5OZ1A 3O9IA 1GVUA 4KE0A 4DQHA 2IS0A 2AVQA 1W5XA 1FQ4A 5T4SA 3KT2A 4JPEA 2EWYA 4PPHA 5OYQA 3QS1A 5ENMA 5P3XA 2ZDZA 4EXGA 3INEA 5HU1A 3VFBA 4HA5A 4FRIA 5P0KA 1ZTZA 4GJ9A 2NTRA 4ER4E 2AOFA 1DAZC 1TW7A 2G21A 5P6VA 2BPZA 2FDDA 4RGHA 4K9HA 4R8YA 3PRSA 3LZSA 2AZ8A 4B05A 5OZ2A 4RVXA 1EBKC 3S7LA 1FKNA 2H6TA 4ACXA 5P5GA 3GGUA 5HE5A 5P3GA 1SH9A 3SA5A 5P2YA 4HEGA 4Z2ZA 1J71A 2VJ7A 4Y4JA 4DQFA 1QS8A 3GI6A 1W5VA 1BV9A 5OYYA 3UCBA 4BEKA 5P56A 3SKGA 5P6NA 2P3BB 4K4RA 3VSXA 4CPXA 3ZPTA 3CMSA 1HPVA 2R38A 3VEUA 1YG9A 2OHTA 5ISKA 3U71A 4J1HA 1GVXA 3S43A 4COEA 3PLDA 5P3LA 5P84A 4Q5MA 4IVSA 1D4HA 4Z4XA 3OQ7A 4Q1XA 4ACUA 2UY0A 1HVJA 1HVSA 1XL2A 5P8VA 3PB5A 5P0DA 1BAIA 2R3TA 1C70A 1XE6A 5JG1A 5DR1A 1ZLFA 3L5FA 4AUCA 5P53A 1FF0C 4YD4A 5P3FA 1FQ8A 2CENA 3L3AA 5P33A 1KJFA 2VJ9A 4DJRA 5P1RA 2ZHVA 5E5JA 1PPLE 3IA9A 4Y50A 1MSNA 3BVBA 4I0DA 3S8IA 2WECA 3EKYA 5C9BA 3HVGA 5P3CA 5P89A 4I0JA 1E5OE 1LYBB 4NJUA 5P0YA 2V10C 1DPJA 2P3BA 5OZQA 2VJ6A 1HPXA 3I25A 3OGPA 3PSGA 3R1GB 5P4QA 5P66A 5P48A 3MSKA 5P8QA 5P2OA 5P30A 4L7JA 1SDTA 3UDPA 1DIFA 4J1FA 5OZBA 2I1AA 5ENKA 5OZVA 1W5WA 2Q3KA 4Q1YA 4HLAA 4PHVA 3PCWA 4YOAA 5P45A 3QRVA 2OAHA 1SGZA 4L6BA 1LYAA 3OHFA 4Y5PA 3INHA 5P43A 5P4PA 5P3UA 3OXVA 2I4DA 1GNMA 5P78A 1FEJC 4EQJA 1RPIA 1EPOE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G20 A;  1BDL A;  5OYW A;  5HVP A;  3HW1 A;  3RSX A;  2F81 A;  2HC0 A;  3OAG A;  5P0P A;  2VIE A;  2QI3 A;  5P3A A;  3UFN A;  3AID A;  3Q6Y A;  2VNN A;  3INF A;  5P4J A;  1SP5 A;  4LHH A;  1DP5 A;  2G22 A;  2V0Z C;  1E81 E;  5P8O A;  3U6A A;  1ZSF A;  3O9L B;  2BJU A;  5P08 A;  3I2L A;  2I4U A;  3BGB A;  3URJ A;  3QRS A;  1EPM E;  3ZL7 A;  5HE4 A;  4Y56 A;  2QHY A;  5P8A A;  2QU2 A;  3WSJ A;  1XN2 A;  3SAA A;  3UQU A;  2XFJ A;  3G72 A;  2AZC A;  4B70 A;  1EC2 A;  2PH6 A;  4GJA A;  4Y9W A;  2IRZ A;  2I4Q A;  2JYS A;  4YOB A;  5P1U A;  3HAW A;  2ZGA A;  3VUC A;  3D1X A;  4J1C A;  3KFN A;  2P8H A;  2AOI A;  4F76 A;  5P2T A;  2WED A;  3EKW A;  3G6Z A;  1SIP A;  3QRM A;  1M4H A;  4I10 A;  4PEP A;  2IKU A;  5P47 A;  3OXW A;  4YHQ A;  3ZKN A;  5OZN A;  5P5K A;  3VYD A;  4EXH A;  4BFB A;  4OBZ B;  5P3T A;  1BV7 A;  1WKR A;  5P51 A;  5I3V A;  2ASI A;  1BDQ A;  5KR2 A;  1ENT E;  3ZKQ A;  5P54 A;  4GID A;  4JP9 A;  1FMB A;  3T3C A;  4LAP A;  1HTG A;  5P0S A;  3KMX A;  1A30 A;  3OU4 A;  5KOS A;  4QJA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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