4CPUA

Macrocyclic transition-state mimicking hiv-1 protease inhibitors encompassing a tertiary alcohol
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEASE
publication title Synthesis of P1'-Functionalized Macrocyclic Transition-State Mimicking HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4cpuA00
4RVJA 4GJ5A 4ACUA 3O9IA 2H6TA 3GI4A 3QS1A 1NPVA 3IN3A 5P72A 1B6MA 2G1NA 1IZDA 5P7GA 1HTFA 1T3RA 1EBWA 5P12A 4RYCA 3NDXA 3OWNA 1SGUA 2B42A 4JPEA 5P0QA 5P1TA 3M9FA 1W50A 4U8WA 4BELA 3TLHA 5OZ3A 4CPRA 2HB4A 1AAQA 2I4WA 3L38A 2G1YA 4Y58A 5P8UA 4HDFA 3FIVA 1VIJA 3QVCA 4Y3QA 1AM5A 4NJSA 3B80A 3DM6A 5P7ZA 3KFPA 5P1MA 1HIVA 3OXXA 4M8XA 1Q9PA 3DV1A 5JODA 1K6PA 5DR8A 1UH8A 4Y48A 2QD6A 2QI6A 4J0TA 4QJ6A 4YBIA 3BXSA 5P6JA 3O99A 1SDVA 4Y44A 5P52A 5KR0A 3LPKA 5P4UA 4PPHA 5P3KA 3OGPA 1HVCA 5P5FA 4OD9B 3B7VA 5P88A 2VS2A 5P0VA 3ZKNA 4B1DA 3WB4A 2QNQA 5P2KA 3TH9A 4YD4A 5OZEA 5P19A 2IEOA 5P73A 1YTIA 3HVGA 5E5JA 2APRA 3PI5A 2PC0A 4A6CA 1TCWA 1LYBA 2FLEA 3BUFA 4YDFA 3IXKA 1PROA 3KFNA 5P70A 1HPVA 3RSXA 5DR3A 3TOFA 3GI0A 2I4DA 2OHQA 4FM8A 5P5BA 4EHCA 2Q3KA 2VIYA 3TKGA 5P59A 4DJWA 5OYWA 1B11A 4I11A 2FNSA 5OZUA 4KUPA 5P7BA 5KR2A 3CMSA 1HHPA 4JP9A 4QJ9A 2B8LA 3FKTA 1NH0A 1SDTA 3K4VA 3O9AA 5P1PA 4LXMA 2VJ6A 5P8CA 3APRE 2G21A 5P3JA 2B7FA 2ZHRA 4TRZA 5OZBA 5P6ZA 5P84A 1XS7D 5P0JA 3MXEA 4OBFA 3HDKA 5P0UA 5P6UA 5P4IA 1ZJ7A 4Y3DA 1ZSFA 3TPPA 4EPJA 2FXEA 5KQZA 3T7XA 5P1GA 2VNMA 3SO9A 5DR0A 2ZJIA 3D1ZA 3RVIA 3URLA 5P8SA 5SY3A 3INEA 2Q5KA 4J17A 2IGXA 2HC0A 5CLMA 1QDMA 4CPTA 4I0HA 1B6JA 2J9JA 1FMBA 4K8SA 1HXBA 1YM2A 3APPA 3VCMA 1T6GA 5OZWA 5P31A 5HU1A 2AOEA 5P8MA 3HZCA 2JXRA 1FKNA 2EWYA 1LYAA 2VJ9A 5SXNA 5P4GA 3OHHA 1FQ7A 4H1EA 2NMZA 5P0OA 1W6HA 4ER4E 3LIYA 3MWSA 4NJTA 3EM3A 4DQHA 3N4LA 3LZVA 1XN3A 5P3YA 4EJDA 1KJ7A 5P3QA 5P00A 5C9FA 2Q55A 5DR7A 5P28A 5P74A 1MT8A 5P7LA 5P77A 2B8VA 3QBHA 2G1OA 4QLHA 4J1HA 2OHUA 2WF1A 5P01A 1BV7A 2WKZA 1IIQA 5P34A 1BV9A 5P2TA 2V13A 2F3KA 5P6WA 5HE7A 1MEUA 4ZSPA 4EP3A 3ECGA 4Y3NA 5HU0A 3O9GA 4Y36A 3KYRA 2V12C 2QNPA 5P2EA 3QAAA 4K4PA 2AZCA 5OZNA 5P5YA 3L5CA 3JW2A 5I3VA 1RL8A 5P8PA 5P2CA 3INFA 1EPOE 3OADB 5P2SA 5P6MA 3ZPTA 5P65A 5COOA 3S7LA 3UQPA 5P7QA 2A4FA 3KDCA 1EBZA 1MSMA 2ASIA 5HDZA 4Y5CA 3CYWA 1EPQE 1A30A 5P7TA 3UDMA 4GMIA 3QVIA 1HPOA 4J54A 5DR1A 3NU6A 4OBZA 2FS4A 5P4AA 4ER1E 5P58A 5P4YA 3Q70A 3R4BA 5OYRA 5ISKA 4GJ8A 5BS4A 5P5ZA 4QJ2A 3SAAA 3R0YA 4L1AA 3ZOVA 3Q5HA 5P57A 4JECA 2WJOA 3NXEA 4GJBA 1MERA 4YCTA 5P8VA 1LYWA 5P48A 3EM6A 2RKGA 1GNNA 4JOOA 4ZSMA 3TL9A 4I0IA 1RQ9A 5P0GA 5P1EA 2PSUA 3DOXA 5P4KA 3VF3A 2AZ9A 1K6CA 1G35A 2QHCA 4ZPEA 2QAKA 5P7CA 5P0AA 1HVSA 4Z50A 5P1DA 1EPNE 1BWBA 5HVPA 4GJAA 5P5TA 5P2WA 1SMEA 5P5JA 2ANLA 2PYNA 3OHFA 3BVAA 4Y57A 1BIMA 2WL0A 1MRXA 5P05A 4MC2A 1MESA 3GI5A 3L5DA 1HWRA 3KFRA 4A6BA 2R3WA 2ER0E 5OZ4A 4H3IA 1KJHA 3HVPA 1DIFA 2IKUA 3DCKA 3VV7A 1CMSA 3TKWA 1GVXA 4MC9A 3SA9A 3JVWA 1SBGA 5BWYA 4CPSA 5P0SA 5P7NA 3KN0A 3T7QA 2NPHA 5P8RA 4DJOA 3UQWA 3SLZA 5IS4A 5P7EA 1HXWA 2R8NA 2IQGA 3L5BA 1T7IA 3O9CA 4ZLSA 3ZKQA 5P4CA 3LIQA 3VYDA 5P3UA 3Q6YA 3D20A 1FQ6A 2FGVA 5OZXA 2NR6A 1EEDP 1FMUA 5T4SA 3UQRA 3PLDA 4S1GA 4U7QA 3KM4A 2F81A 4Y50A 1GVWA 1AXAA 1IDBA 4TVGA 1BDQA 3S43A 3PWRA 5P3OA 4FCOA 5P25A 2I4UA 1M4HA 5P2FA 3SA4A 4Y5GA 4FM7A 4R91A 3SFCA 4J1EA 3S85A 3QRMA 3SQFA 4YD5A 4D83A 2ZJJA 1W5VA 2QK5A 4Y4EA 5P06A 4Y4JA 3AIDA 3OUAA 1BVGA 5DPZA 2QHYA 4EP2A 3UDJA 4D8CA 1EC0A 2IENA 1A8GA 6APRE 5HE5A 1FFFC 3NU9A 4Y4GA 3I25A 1IZEA 3TPLA 2UY0A 1FLHA 2Q11A 5P8TA 4Y3JA 2PYMA 1QRPE 2PMAA 3OU4A 5P8EA 5B18A 5ENMA 5OZJA 4APRE 3OUDB 3EKTA 3MSLA 5P0BA 3R2FA 4Y56A 2AVMA 4B05A 2IS0A 3PSYA 5P4BA 5P55A 4Y51A 5HDXA 5SY2A 1D4YA 5JG1A 3K5CA 1K2CA 3D1XA 1IZHA 5OZGA 3QROA 5P33A 4RVXA 2FXDA 3TOHA 1EPLE 4Q1WA 3ZPSA 1D4KA 5AH8A 1MTBA 2ZHSA 1Z1HA 2AOFA 4HE9A 5OZOA 5P7VA 3DJKA 1BAIA 4B70A 1UPJA 5I3YA 4EWOA 3S45A 4F74A 3QRVA 4GB2A 2VA7A 1NPWA 4Y3LA 5OZ2A 1FF0C 4K4QA 3QRSA 4PHVA 3RSVA 2I4QA 3A2OA 4Y5MA 3NSHA 4XKXA 4B77A 5P2OA 2ER6E 1M0BA 1OHRA 3NXNA 2O4SA 2OHMA 4OBKA 1FB7A 5P81A 4Y3RA 5P4TA 4Y5EA 4HA5A 4AMTA 4M8YA 2Z54A 2RSPA 2WHHA 3PI0A 3SPKA 2OHNA 5OZ5A 2F3FA 4BEKA 5P76A 1APVE 3GW5A 1DPJA 1LF2A 5P6LA 5P6FA 5P0WA 5P08A 5P6BA 1D4IA 5JFPA 5HD0A 1BXQA 1HEGE 3OTSA 1SH9A 5P1RA 5P2BA 2ZHVA 4RRNA 4D85A 3S56A 2RMPA 2OF0A 3R1GB 1FQ5A 1FIVA 2WECA 3VYEA 5JFUA 3VUCA 4DJUA 1C6XA 1E80E 2P3AA 1SMRA 3KT2A 4ZSQA 4LP9A 1KJ4A 3VFAA 4U7VA 4ZEAA 5P0NA 3GGUA 2Q54A 5OYYA 3JVYA 1EBYA 1AIDA 3WSJA 3UFLA 2XYFA 1BDLA 5P8BA 5P86A 5P2XA 1MT9A 4WY1A 5P7UA 5P53A 4YE3A 4Q5MA 5P8JA 5P8NA 5OZ0A 5P5SA 5P3ZA 2FNTA 5P10A 4I12A 1LZQA 3EKXA 4MC6A 3OU1B 4FS4A 5P1HA 5OZIA 3OY4A 4NJVA 5P3NA 2VNNA 5P5CA 2BKSA 2V11C 2JJIA 4GZFA 4A4QA 5DGWA 3K1WA 4B00A 3UDPA 5P2HA 5P3MA 3K5FA 1GNOA 1SDUA 3NYGA 5HCTA 5P6TA 2CENA 4FE6A 1ZSRA 4DQGA 4XX3A 3SA6A 4QGIA 2PSVA 3MSKA 4H3FA 4Y35A 4LC7A 5APRE 4D88A 2AVSA 5P0PA 5P8LA 4Y4BA 4YHQA 5P63A 5P62A 4HDBA 4FM6A 3LIVA 2FMBA 3S2OA 2ZHTA 4I0FA 5P36A 1DMPA 2AQUA 5P0XA 2CEMA 1WBMA 4R5NA 4L6BA 4LHHA 3EXOA 4QJAA 1D4HA 4ZPGA 1FG6C 4Q1YA 4HEGA 5P23A 3IXOA 7HVPA 3TTPA 5P1AA 5P8FA 3PHVA 2F80A 4RRSA 2VA6A 3SACA 1HPXA 1HVHA 2AOHA 1BILA 4JPCA 1HVIA 2PWRA 4Y43A 3O9EA 2O4KA 3QBFA 1K6VA 1W5XA 1ZLFA 2WF3A 1BXOA 3INHA 2Z4OA 4Y3TA 5P7JA 5KQXA 2AOIA 5TOLA 2ZJNA 5P7YA 1ZPAA 3D1YA 4Y5LA 1AZ5A 1KJFA 5P1JA 5SZ9A 2J9KA 2FIVA 3O9LA 3INDA 3NLSA 5P6PA 5P5LA 5P7KA 3VYFA 3BVBA 3GGAA 5P2ZA 3UHLA 2PH6A 5P04A 4I0JA 5P80A 2BPYA 5P1WA 2P3BB 4Y37A 1T7KA 3HAUA 5P3SA 3GI6A 3H5BA 4DQCA 5P5HA 3KFSA 3RTNA 4DJQA 5P6RA 5P6YA 1C70A 4F75A 5P22A 2V00A 4ZE6A 4FRJA 1MSNA 4DV9A 5P1SA 5OZVA 3L3AA 5P89A 1PPKE 5P0YA 3FSMA 5DQ5A 5P85A 3VEUA 5P13A 5P4FA 3K4VC 3FNTA 5OYXA 2QI1A 5P6SA 3WB5A 5P5GA 5OZTA 3LZSA 3QI1A 4YDGA 5P4RA 5P3PA 3SA5A 3BHEA 5P09A 3NU3A 1XN2A 3KF0A 4GJ6A 5P4ZA 4WY6A 1K2BA 3KT5A 3RTHA 1EC1A 4GJDA 1PSAA 3QN8A 5P79A 3O9DA 5AGZA 5P82A 1ZP8A 4Y3GA 1PFZA 5P2IA 5KR1A 1FG8C 2PSGA 4FRIA 3BUGA 4FLGA 5P54A 2P83A 2G1SA 4F76A 3GGXA 3CKRA 2WF0A 1FQ8A 5ENKA 1E82E 3NU4A 3LHGA 4Y4WA 5P2JA 1YTJA 1QBUA 3PBZA 1VIKA 3TPRA 3LPIA 5P5MA 3G6ZA 2ZGAA 4RYGA 5IVQA 3K5GA 3LIXA 4DJVA 5P3WA 4I0DA 2PK5A 2V0ZC 4OBDA 3DV5A 1HRNA 4J1FA 2OAHA 5P8HA 5P7OA 2IL2A 2QP8A 5P4NA 4DJPA 1LYBB 2SAMA 2RKFA 2RENA 3LZUA 5P16A 5P4JA 4YBFA 4I10A 1LEEA 1LF3A 4Y4ZA 1MIQA 4EJKA 1C6ZA 5P60A 2QMDA 2O40A 4Y6MA 5P17A 3NDTA 5P20A 3KA2A 1IVQA 5P1CA 4J0ZA 1HSIA 2I0DA 3CYXA 2WEZA 5IVTA 2QI4A 5P1BA 1ER8E 5P0DA 5EZZA 4AA8A 2MIPA 2OHTA 4KB9A 5P3GA 4OC6A 2P4JA 2ZJKA 4DQEA 4YD3A 1ZAPA 1A8KA 2PWCA 5P5IA 3SKGA 5OZ9A 5P6EA 1APWE 2QZXA 2AZ8A 2PK6A 3OUDA 1TSUA 2G22A 2WEAA 3PVKA 2AODA 5KR8A 4ACXA 4Y5BA 5P41A 5AH6A 1LS5A 3UDKA 2HB3A 5P8GA 5AHAA 5P4LA 5P87A 4ZSRA 2ZDZA 4Y3SA 3ZKIA 1FMXA 2HS2A 5P68A 2ER9E 2R3TA 1IVPA 4XX4A 5P1OA 1FQ4A 4AUCA 2QZKA 3NUJA 2G1RA 4DVFA 5P02A 1TW7A 3S8IA 1GVTA 3NWQA 3ZKMA 5OZZA 3UDRA 4Y54A 5P49A 1D4JA 1ENTE 2NNKA 4J0PA 5I70A 3RU1A 3IXJA 4EJ8A 5DQ4A 3BRAA 4PEPA 3EKWA 2XFIA 1EAGA 4TRWA 1J71A 5P3IA 1MPPA 1B5FA 4I1CA 3BUHA 3QP0A 5P5DA 3EL4A 5P0LA 5P7MA 5AH7A 5P75A 4Y4TA 1GNMA 2G20A 3HAWA 5OYQA 5J25A 4L7HA 5I3WA 4Y4UA 5P5UA 3G70A 4QJ7A 3KDDA 3PEPA 5P2LA 1EPPE 3D91A 1FGCC 2WF2A 4B72A 1N49A 5OZ1A 4DJXA 3Q4BA 1OD1A 2I1AA 5P5AA 3ZMGA 4Q1XA 2AIDA 2G24A 1T6EX 4RCFA 1BBSA 2VIEA 1KJGA 4DQBA 5P0TA 1HEFE 4K9HA 4OBZB 4FSLA 2FDEA 2NTRA 3SA8A 4Y5NA 3OQKA 4FSEA 4GJ9A 3TOGA 3CKTA 4CPUA 5P5KA 1SGZA 2A1EA 5P3TA 5OZHA 4DPIA 5OYUA 4YOBA 3PWMA 5DR4A 3EKYA 1Z8CA 1LYWB 3D3TA 2ER7E 2F3EA 4Y38A 3FNSA 5P5PA 3OU1A 5P07A 4NPTA 4DQFA 4RCEA 5P46A 3CKPA 5P3CA 4DJRA 1MT7A 2QU3A 5OZPA 3UDHA 2XFJA 1KZKA 2Q63A 3VG1A 1OEWA 4Y47A 3WZ7A 1QS8A 2IKOA 4J0VA 5BRYA 4OBJA 5HDUA 3T7PA 1HOSA 3VSXA 5P6IA 4Y4XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RVJ A;  4GJ5 A;  4ACU A;  3O9I A;  2H6T A;  3GI4 A;  3QS1 A;  1NPV A;  3IN3 A;  5P72 A;  1B6M A;  2G1N A;  1IZD A;  5P7G A;  1HTF A;  1T3R A;  1EBW A;  5P12 A;  4RYC A;  3NDX A;  3OWN A;  1SGU A;  2B42 A;  4JPE A;  5P0Q A;  5P1T A;  3M9F A;  1W50 A;  4U8W A;  4BEL A;  3TLH A;  5OZ3 A;  4CPR A;  2HB4 A;  1AAQ A;  2I4W A;  3L38 A;  2G1Y A;  4Y58 A;  5P8U A;  4HDF A;  3FIV A;  1VIJ A;  3QVC A;  4Y3Q A;  1AM5 A;  4NJS A;  3B80 A;  3DM6 A;  5P7Z A;  3KFP A;  5P1M A;  1HIV A;  3OXX A;  4M8X A;  1Q9P A;  3DV1 A;  5JOD A;  1K6P A;  5DR8 A;  1UH8 A;  4Y48 A;  2QD6 A;  2QI6 A;  4J0T A;  4QJ6 A;  4YBI A;  3BXS A;  5P6J A;  3O99 A;  1SDV A;  4Y44 A;  5P52 A;  5KR0 A;  3LPK A;  5P4U A;  4PPH A;  5P3K A;  3OGP A;  1HVC A;  5P5F A;  4OD9 B;  3B7V A;  5P88 A;  2VS2 A;  5P0V A;  3ZKN A;  4B1D A;  3WB4 A;  2QNQ A;  5P2K A;  3TH9 A;  4YD4 A;  5OZE A;  5P19 A;  2IEO A;  5P73 A;  1YTI A;  3HVG A;  5E5J A;  2APR A;  3PI5 A;  2PC0 A;  4A6C A;  1TCW A;  1LYB A;  2FLE A;  3BUF A;  4YDF A;  3IXK A;  1PRO A;  3KFN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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