4D83A

Crystal structure of human beta secretase in complex with nvp-bur436, derived from a co-crystallization experiment
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
388
structure length
377
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of cyclic sulfone hydroxyethylamines as potent and selective beta-site APP-cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: structure based design and in vivo reduction of amyloid beta-peptides
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 95
structure length 377
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d83A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d83A02
5P6LA 5P12A 3SACA 3GGXA 2I4XA 5P4YA 2NXLA 3Q70A 5P7GA 3Q5HA 5P30A 2PWCA 1LF3A 4OC6A 4RYCA 1HTGA 4ER1E 4Y3MA 1Z8CA 3D91A 4Y3YA 1QBRA 3SKFA 4BFBA 5P8LA 5P32A 2QNPA 4U8WA 5P3JA 2ER7E 1BBSA 3UQPA 1EBZA 3S7MA 4R5NA 3GW5A 5P3OA 2PH6A 5P0WA 3EKTA 1HTFA 5P7RA 1UPJA 2HPEA 5C9FA 5P8KA 3OUAA 1HPOA 2IQGA 3CYXA 3KN0A 2R5QA 4EXHA 3MSJA 4DJWA 1IBQA 1KZKA 3LZUA 3UDHA 3OOZA 5P5IA 4I11A 4H3IA 5P3VA 4B70A 3LIXA 3NU4A 5P5NA 5EZZA 5P68A 2J9JA 5P7LA 1D4YA 1META 4L7HA 3NU5A 1J71A 5P84A 3BVAA 4Y3JA 1APWE 1BAIA 1BXQA 1E5OE 1EPOE 2FDEA 2PH8A 5P7YA 2WF4A 5JODA 2G69A 8HVPA 3T11A 3LZVA 1SIVA 4OC6B 4FAFA 5P36A 3PEPA 2F3KA 3IVIA 3SA7A 4GJ5A 1EPQE 5DGUA 1ODYA 4FSEA 4J1KA 5P8DA 1CZIE 3B80A 3UTLA 1BDLA 3INDA 4H1EA 3VV8A 3G72A 1T7JA 1HSHA 3MWSA 5DR0A 2FGUA 5P70A 5P24A 3ZPTA 5P0JA 5P3KA 3ECGA 2ZHRA 3KFSA 2VIEA 5P3XA 3SM1A 5OZKA 3IAWA 1W5VA 3JVYA 5OZAA 2FLEA 4Z2ZA 2Z4OA 3NU6A 5OYTA 4QJ6A 2J9JB 4YCYA 2G22A 4TVHA 4YHQA 5P4VA 2ZHUA 3EKVA 4YBIA 2F8GA 5P7ZA 4KB9A 1WKRA 5P2CA 5P04A 1E82E 3TPRA 3JVWA 5P82A 1IZIA 1FQ7A 2Q11A 5P62A 4I0ZA 1N49A 2Q3KA 5DQ2A 1HVRA 5P4XA 3BUGA 4Y3SA 2VJ7A 1LZQA 3GGAA 3R0YA 4ZSRA 1HXBA 3S56A 1ZP8A 2I4QA 3O9GA 4CP7A 1T3RA 5P6GA 5P77A 4BEKA 1K2CA 3BHEA 2AODA 5OZ7A 4FSLA 4A6BA 5APRE 3EL1A 2QI4A 3SA9A 4Y5LA 1A8KA 5P06A 3LHGA 1SBGA 1UH8A 4YCTA 2IGYA 4XX4A 5P3FA 4BELA 5P79A 3VV7A 5OZ5A 1G2KA 5P5FA 1BWAA 2NNKA 5P4UA 3T7XA 3UFLA 1EAGA 5P6QA 5P69A 4ZEAA 2FXEA 5P3IA 5P11A 3DCKA 5KR8A 2NTRA 5P1QA 3TPLA 2NXMA 1ENTE 3O9IA 3B7VA 5P3BA 4YD5A 2OHUA 3R0WA 5P0EA 5SXNA 5KQZA 3PB5A 1WBKA 3I6OA 3BUHA 3FIVA 4CPSA 5P07A 4FM6A 5CLMA 2R5PA 5P0IA 9HVPA 5P7CA 1EC0A 1APTE 1OEWA 5J25A 5HCTA 5KQXA 1AVFA 1Q9PA 3OAGA 5P73A 4HZTA 4Y3AA 2V0ZC 4Y39A 4NJVA 5ENKA 3LPKA 2VS2A 1W6HA 2G26A 2QAKA 2G21A 2XFIA 3BC4A 1BIMA 4EWOA 1KJHA 2AVQA 3ZKIA 7UPJA 4I0IA 1BV7A 5P57A 5P35A 5KR2A 1ODWA 4DH6A 4D88A 1TSUA 4COEA 5DPZA 3NSHA 1M0BA 1YM2A 4NKKA 1HIVA 1RNEA 4I10A 3ZKNA 5P1NA 3L5EA 5P0XA 2QZKA 5COPA 2I0DA 2PYNA 4Y9WA 3CIDA 3D1YA 5P2DA 1EPPE 5HDUA 5P6JA 3CYWA 2G1YA 2Q15A 5P5OA 5P8CA 2WEAA 3ZKSA 5P0ZA 3SA5A 4Y3GA 4LBTA 5SY2A 4Y3WA 5OZDA 3LIQA 2P3CA 4AMTA 2WL0A 5IE1A 2WEBA 3NDUA 5P76A 5P56A 4B00A 2WJOA 4RGHA 4CKUA 3IVHA 3PSGA 5P5JA 3OAGB 1QBUA 1ZPAA 3QRSA 3VLAA 3OTSA 5P2KA 1FFIC 5PEPA 4RVXA 2O40A 2NMYA 2H6TA 3JW2A 1IDAA 4FAEA 1HTRB 4U7QA 1K2BA 5OZTA 1D4SA 4GZFA 5P26A 3QIHA 4LXMA 1HBVA 2QMFA 5P10A 3URJA 5P5ZA 4JECA 5P1IA 5I70A 3EKPA 5AH6A 1PFZA 3T3CA 4DV9A 2AOHA 3NXNA 4E43A 2XYFA 3PJ6A 5OZOA 3EKXA 5P6TA 5P4JA 4R93A 4Z22A 5P00A 2R38A 1DP5A 5P7OA 3UQWA 5P2ZA 3TH9A 3Q3TA 3CIBA 5AH8A 1HPSA 3NDWA 5P28A 1W5XA 1T7IA 5P5MA 5ER1E 5P7UA 4Y3NA 2IRZA 4HDPA 3ZOVA 3L5FA 5IS4A 2QHZA 2V12C 3OHHA 4Y47A 3VF5A 4RZ1A 5HU1A 4PEPA 1HVHA 2I0AA 2AVOA 5P1RA 4J1HA 5P2OA 2VA7A 4FIVA 5KAOA 5P6XA 3OTYA 1MPPA 5P1MA 5P75A 5HCOA 3BGBA 4EQJA 1SMRA 5P4PA 5P2GA 2R8NA 5OZ6A 5P3YA 4YD3A 5OZFA 4Y41A 1NSOA 3ZKQA 5P4FA 2IL2A 2P3DA 5P14A 1D4LA 2PK6A 3PHVA 4Z50A 4I8WA 1G6LA 1FIVA 3VUCA 3OUDA 2I4DA 5P3LA 4WY6A 3O99A 1FQ8A 5P3RA 4LXKA 2R3WA 3VYEA 2HB3A 3NDTA 3K4VA 2V10C 5P7VA 5T4SA 5P88A 4ER2E 5OZBA 5P64A 1AXAA 1LYAB 1FQ4A 1GVVA 5P1JA 4RRNA 5P5CA 3SPKA 2AZBA 2O4PA 3D3TA 3OUBA 2ZJKA 3PBDA 3NR6A 4Y3FA 5P6IA 1F7AA 1AJVA 1MT9A 5P3DA 4WTUA 4B78A 4GB2A 1BILA 4APEA 4GJ8A 4X7IA 2I4VA 5P25A 1VIJA 4YE3A 3U6AA 4Y38A 5P85A 5P0MA 4FL8A 3HLOA 1SDTA 5OYRA 4Z4XA 3UHLA 2CEMA 2FDPA 5CONA 5P15A 3PCWA 5P1CA 4QJAA 1D4HA 1D4JA 2H6SA 4JP9A 3DK1A 2B7FA 4WY1A 5OYUA 1RPIA 1AM5A 3SA8A 2QD6A 3ZPSA 3Q4BA 2OHRA 4R8YA 4DJXA 2AOCA 4B72A 5P31A 2IS0A 3SA6A 5P7SA 1ZJ7A 2AIDA 4HA5A 5P5UA 5P7PA 4H3GA 5AHCA 1LF4A 3RTMA 1IDBA 4MC6A 3T7QA 3OUDB 2P4JA 5P63A 4J1FA 1MESA 5P0DA 5P4CA 3S2OA 5P72A 2ZJNA 3U7SA 2B8LA 3OQ7A 5P8PA 1EBKC 1FMXA 1HHPA 5P6VA 1MSNA 1M43A 1SMEA 1RV7A 5P4LA 5P0GA 5P8RA 2WF3A 5P2SA 2ZHSA 5P8IA 3TNEA 3R2FA 1TCXA 4FRIA 3H0BA 2IDWA 5P4EA 4CPUA 2ZE1A 3NUOA 4J1EA 3TL9A 1CPIA 5P89A 5P53A 3PSUA 5P18A 1TCWA 5P6HA 1K6VA 1MTBA 1SH9A 5P48A 4DJRA 1EC2A 3RU1A 5OYQA 4CPRA 5P3AA 4FRJA 1ZSRA 5F01A 5P42A 5P8SA 1W51A 5DR3A 5P5AA 3LIYA 1TZSA 4PZWA 4H3JA 1YTHA 1IIQA 1KJGA 4DPIA 4AA9A 4A6CA 4ZE6A 4FM7A 2ZJIA 2QHCA 3PMUA 2QMGA 5P0PA 1DIFA 2P8HA 2Z54A 5P1FA 2AOJA 3NU9A 5OZHA 3URLA 5DQ4A 3OXWA 1W5WA 1MUIA 2PK5A 3ZL7A 4Q1YA 3S85A 4HEGA 2QI3A 2P3BA 3SM2A 1A30A 2BJUA 2B8VA 3EM4A 5P4ZA 5P0OA 3EKWA 4J0YA 3VSWA 3KT2A 2R3TA 5P5DA 4J5JA 2R43A 5P44A 4D8CA 4OBZA 3S7LA 5AGZA 2FDDA 5AHBA 4YA8A 4FRKA 1HOSA 4OD9B 3SFCA 5P0CA 5P6BA 4S1GA 1C6XA 1PPLE 2G1OA 7HVPA 5P3NA 3KDDA 4Y3RA 3UDRA 4GJ6A 2OHTA 2QU2A 5P5RA 4D83A 4DVFA 5P7XA 5ISKA 3PI0A 2IEOA 2QMDA 1HVKA 4YD6A 3UF3A 3WB4A 5OZRA 5P8UA 1LV1A 3VG1A 3N3IA 1M4HA 4UPJA 3BUFA 3S45A 2O4NA 4NJSA 5DQCA 5P37A 1MT7A 3PGIA 4ZPFA 1UH7A 3D1XA 4EPJA 3SA4A 4YCKA 3WSJA 4MC9A 5OZJA 2WEDA 5OZGA 2WF2A 3R1GB 4LL3A 2P3BB 3ZKGA 5P6RA 4ZSQA 1EC1A 4YD4A 2I4UA 5P22A 4DJYA 5P5KA 5OZWA 4NPTA 4OBZB 3OU1A 5OYZA 2VA5A 5P3SA 4I0HA 2AOFA 5COOA 3VYFA 4GJAA 1QS8A 3BGCA 4L1AA 6UPJA 2QNNA 3KMYA 3N4LA 2QI1A 3DUYA 3GI0A 5IVQA 3UQUA 2ZHTA 5P8GA 5DQ1A 5P4QA 3IN3A 5P1OA 1XL5A 4B1EA 1EBWA 4J0TA 4YD7A 3C9XA 5P2XA 3VYDA 3DCRA 5P8EA 2P83A 3KA2A 4DJPA 1OD1A 5P1DA 4DQGA 1MERA 4EHCA 5IVTA 3HVPA 5P4NA 3KM4A 1B6KA 4GMIA 5P7DA 5P0BA 1APUE 4I12A 3D20A 3MXEA 4CPXA 1C70A 3FSMA 5P2HA 1FG8C 5P6KA 4YDGA 2OAHA 4QJ2A 4B77A 1A94A 4ER4E 3Q6YA 1EC3A 4J1CA 4F74A 5EZXA 4DJOA 5SZ9A 1BWBA 5DR7A 3FX5A 5P6NA 5BS4A 2BPZA 1K6PA 5P66A 1XN3A 5P2JA 3CICA 2B60A 2PYMA 4EJ8A 5P1YA 5HTZA 3OU1B 3INFA 2NR6A 2QNQA 2BPYA 2XYEA 5P60A 4U7VA 2FGVA 1FLHA 4L1AB 2HM1A 4J17A 4ACUA 4ZSMA 1APVE 2WECA 1MIQA 3INHA 2JE4A 3S54A 2FMBA 3UDKA 1D4IA 3OUCA 3TOFA 5P17A 3VEUA 1HEFE 2QP8A 5OZYA 1YM4A 3GI4A 5KR1A 3CKRA 3ZLQA 3PBZA 3SQFA 2G1RA 3K5FA 1LF2A 1XE6A 5P16A 2ANLA 4TRYA 4F76A 1IZDA 5C9DA 5P5HA 3WZ7A 5P8NA 3GGVA 5OZXA 4Y4BA 5P2NA 1E80E 4L6BA 3NU3A 5KR0A 3O9EA 2PC0A 5P87A 1NPAA 2VKMA 4Y3EA 3OXCA 1HVJA 5P41A 4IVSA 4QJ7A 2ZGAA 2WHHA 5OYXA 5JFPA 4LAPA 5OZLA 4K4PA 2XFKA 1FFFC 2BKSA 4I0DA 3HZCA 5HDVA 5P83A 1YG9A 4IVTA 4M8YA 4JPCA 2OHLA 4D89A 4I0EA 4RCEA 2B7ZA 3HAWA 5P78A 3TKGA 1G0VA 1HVIA 1F34A 2P3AA 2QD8A 4B0QA 3VLBA 2VA6A 1OEXA 5I3YA 2ASIA 3IA9A 5P5WA 4DPFA 3KYRA 3OHFA 3LZYA 1PSOE 1T6EX 5P0QA 3IXOA 4RCFA 1B6MA 2J9KA 3UQRA 2AVMA 2AOGA 5JFUA 5P8OA 1G35A 2QMPA 3BXSA 5P23A 4OBJA 5OZUA 2JYSA 5P2TA 1HVLA 4OBHA 3SLZA 1B6PA 4RVIA 5P4KA 1GVXA 5OZSA 2MIPA 3QBFA 1IVPA 5AH9A 3PLLA 1U8GA 5P2AA 5P6YA 3UCBA 4Y5PA 5HVPA 4J0PA 2JXRA 4Q1WA 1IVQA 1XL2A 2A4FA 5P7TA 2VNMA 5ER2E 2Q64A 4DQCA 3EKQA 5P7QA 2V00A 4Y4DA 2QCIA 4FRSA 4DQEA 4RROA 1QBTA 2BBBA 3S53A 5P52A 3NWQA 1XE5A 3H5BA 4HDFA 4Y6MA 1LYAA 4OBKA 3FV3A 4Y4EA 2AVVA 3OQKA 4FE6A 1DPJA 5P1TA 3I2LA 5KOSA 3DJKA 3EL9A 3AIDA 1BV9A 3OK9A 1W50A 3EC0A 3GI6A 3NYGA 1A9MA 5P7NA 3ER5E 2Q55A 2ZJMA 3LPJA 5P0SA 1E81E 3LIZA 3OQDA 5P3HA 1AIDA 2Q63A 4FLGA 2OF0A 3A2OA 3DV1A 2APRA 1XS7D 3L58A 4Y37A 1MTRA 3ZPUA 1FEJC 4Y54A 2BKTA 4Y4TA 2OHPA 3OADA 2HIZA 4Y45A 3FNUA 1XDHA 5P67A 5P0UA 5P39A 3ZMGA 3LNKA 4J55A 3L5CA 3UDJA 4CPTA 1HPVA 1XN2A 1HSGA 3DOXA 5P8HA 3EM6A 5P6SA 5P7EA 2QI7A 1BVGA 1KJ4A 3RVIA 4DJVA 5OZPA 3O9LA 1UH9A 2ER9E 2QU3A 1ZBGA 4Y5MA 2WEZA 4FGXA 3KT5A 5P5BA 4YOBA 1YX9A 5P1UA 4AZYA 2NPHA 2VNNA 2FIVA 2ZJJA 3K1WA 5P81A 3DM6A 3VF3A 5HE4A 2QK5A 3FNSA 4Y44A 4J0VA 5P2IA 4YOAA 2G94A 1HIIA 3O9DA 5P2WA 5P6ZA 2NMZA 5P1XA 3HW1A 5P4HA 5P3PA 2O4LA 2QI6A 2AZ9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6L A;  5P12 A;  3SAC A;  3GGX A;  2I4X A;  5P4Y A;  2NXL A;  3Q70 A;  5P7G A;  3Q5H A;  5P30 A;  2PWC A;  1LF3 A;  4OC6 A;  4RYC A;  1HTG A;  4ER1 E;  4Y3M A;  1Z8C A;  3D91 A;  4Y3Y A;  1QBR A;  3SKF A;  4BFB A;  5P8L A;  5P32 A;  2QNP A;  4U8W A;  5P3J A;  2ER7 E;  1BBS A;  3UQP A;  1EBZ A;  3S7M A;  4R5N A;  3GW5 A;  5P3O A;  2PH6 A;  5P0W A;  3EKT A;  1HTF A;  5P7R A;  1UPJ A;  2HPE A;  5C9F A;  5P8K A;  3OUA A;  1HPO A;  2IQG A;  3CYX A;  3KN0 A;  2R5Q A;  4EXH A;  3MSJ A;  4DJW A;  1IBQ A;  1KZK A;  3LZU A;  3UDH A;  3OOZ A;  5P5I A;  4I11 A;  4H3I A;  5P3V A;  4B70 A;  3LIX A;  3NU4 A;  5P5N A;  5EZZ A;  5P68 A;  2J9J A;  5P7L A;  1D4Y A;  1MET A;  4L7H A;  3NU5 A;  1J71 A;  5P84 A;  3BVA A;  4Y3J A;  1APW E;  1BAI A;  1BXQ A;  1E5O E;  1EPO E;  2FDE A;  2PH8 A;  5P7Y A;  2WF4 A;  5JOD A;  2G69 A;  8HVP A;  3T11 A;  3LZV A;  1SIV A;  4OC6 B;  4FAF A;  5P36 A;  3PEP A;  2F3K A;  3IVI A;  3SA7 A;  4GJ5 A;  1EPQ E;  5DGU A;  1ODY A;  4FSE A;  4J1K A;  5P8D A;  1CZI E;  3B80 A;  3UTL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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