4D88A

Crystal structure of human beta secretase in complex with nvp-bxq490
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
388
structure length
375
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of cyclic sulfone hydroxyethylamines as potent and selective beta-site APP-cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: structure based design and in vivo reduction of amyloid beta-peptides
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 99
structure length 375
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d88A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d88A02
5P1EA 1DPJA 3KMYA 3VLAA 2QI0A 5P7QA 3EM4A 4X7IA 5P4CA 2QZWA 2FDDA 2I1AA 3EL5A 1D4KA 2BQVA 4B1CA 2IKUA 5P6JA 5P6TA 3B80A 1E5OE 1W6IA 2IQGA 3OQFA 2NMYA 5P8FA 5P1LA 5OYYA 5B18A 3NXEA 4L7HA 2FXEA 1BV7A 5P65A 2PK5A 2J9KA 1GNOA 5P47A 1VIKA 1TCXA 4Y45A 1FQ4A 5P89A 2QI1A 3NWQA 1FMXA 1YG9A 3UFLA 5P1GA 5P3EA 4Y3NA 3HVPA 4J0ZA 3TH9A 1EPME 5P71A 3AUPA 2G22A 1BWBA 5P50A 2FDEA 3CYWA 5P5KA 2HB3A 1K6PA 4D8CA 5OZCA 5P6KA 5P2WA 1E81E 2NMZA 4R8YA 1LEEA 3U7SA 3GGXA 5P72A 5P5AA 3TTPA 2QZKA 1AJVA 4AA9A 1Q9PA 2G26A 1LF2A 1NH0A 3RTMA 4K8SA 2BKTA 1C6XA 3OUAA 2G94A 5BWYA 3LZYA 5P04A 3FIVA 4CPXA 3QBFA 3BRAA 5P2XA 3HD8A 2QI3A 1FFFC 4Y4DA 5KR0A 5P0YA 5P2JA 1BVEA 5P6HA 1UH8A 1SGUA 3ZOVA 4D83A 1K1UA 5P6FA 5P2UA 5P39A 1ZBGA 3NUOA 3OXVA 3WZ7A 4DJUA 2FLEA 3PI5A 4QJ9A 2BPXA 4Y3XA 4ZSRA 1T7IA 5P8LA 4B0QA 3K5GA 5JFUA 5P15A 2Z54A 2O4PA 3IVHA 5J25A 1IZIA 3C9XA 3DK1A 1A94A 1MSNA 4Y3HA 5P0NA 4AUCA 3VEUA 2AVQA 3KMXA 5P33A 2R43A 4Y5BA 1XE5A 1IVQA 3EKPA 3NLSA 5HCTA 1IDAA 1GVTA 5P06A 5P4FA 2I4VA 3RTNA 3ECGA 5P01A 5AHBA 2OHUA 5P3RA 4FSEA 3SKFA 5I3XA 4Z2ZA 3KM4A 5P4ZA 5OZXA 1YM4A 5P0FA 3SFCA 3ZL7A 5P4TA 2Q11A 3PMUA 5P1WA 4EQ0A 5P8PA 4YOBA 5P2QA 5P36A 3OXCA 2NPHA 4FAEA 2XFJA 4CPSA 4Y57A 2XYEA 5BRYA 1C70A 5P44A 2F3KA 2I0AA 2P3BB 4Y3RA 5SZ9A 4J0YA 3I2LA 3ZPUA 5P8OA 4OBDA 1D4IA 2OHTA 5P41A 2AOGA 1FEJC 3SA5A 1EPLE 2PWRA 3PLDA 4XKXA 5OZZA 4B00A 1C6ZA 3UFNA 3VLBA 4Y35A 1EPQE 2Z4OA 4QGIA 3KDDA 1W50A 4YBIA 1HBVA 2FXDA 3EKVA 3ZPSA 5P4JA 5HE4A 3VCMA 4D88A 4M8YA 5P56A 3OK9A 1N49A 1HRNA 2PSGA 2UXZA 5P3AA 5HE7A 2H6TA 4Y3JA 1MRWA 5COPA 1EBYA 2AOFA 5P5JA 4YDGA 4YCTA 4A6BA 3R2FA 2F8GA 5P64A 3INDA 1B6JA 3EM6A 4Y3AA 1KZKA 2XFIA 3DCRA 1ODXA 2A1EA 4Y5PA 3K5FA 4EP3A 3BXRA 5APRE 4RVJA 4FS4A 2PWCA 3OU3A 5OZUA 1GVXA 4DJPA 4I12A 1SMRA 3DCKA 4DQHA 2IGYA 4OBZA 5OZ3A 4QLHA 2F80A 1EPOE 1HPOA 1SBGA 2NXMA 2WL0A 4I0GA 5P52A 3UHLA 4YBFA 5P7FA 3I7EA 4Y3QA 1YTHA 4GJ6A 4Y4WA 2VIEA 3NU3A 3OAGB 1D4JA 3QN8A 5P3SA 3ZKSA 3OU4B 4DJQA 5AHCA 4PEPA 3G70A 3SA9A 4YD7A 4HDBA 5P85A 3S7MA 2PH8A 2G69A 1ZTZA 4CPRA 4GJCA 1IDBA 5P14A 5P0RA 5IE1A 1SIPA 4Y3LA 3NDXA 4Y3FA 3OXXA 5P7XA 5DQ4A 5P1HA 2PQZA 2QP8A 2WF1A 5P0BA 5P4PA 1WBMA 5P7VA 4OBGA 1T3RA 4Y4GA 5P82A 3EKXA 3APPA 2QZXA 4NJTA 2I4QA 3URJA 3EM3A 1ENTE 4Y50A 1ZP8A 2QMGA 5OZVA 4Y4TA 3H0BA 3EL9A 5P2CA 1TZSA 3DOXA 3VSWA 4Y5EA 4Y3YA 5P0OA 4R91A 5P6YA 5SY3A 1LYWA 3LZUA 1HSGA 1AJXA 2ZE1A 3QP0A 2WF2A 2PH6A 5JODA 4LXKA 4QJ6A 4RYCA 5OZ4A 4PZWA 1GKTA 4FM6A 5P10A 3SA8A 3DM6A 5P1XA 1RV7A 1GVUA 1LV1A 1PPME 2BBBA 4EJ8A 5P43A 4U7QA 3QROA 4D89A 1DP5A 4ZIPA 1AZ5A 4A6CA 5P1PA 5P2LA 3NDWA 5P55A 1HOSA 3QIHA 3PLLA 2Q3KA 1E80E 4RRSA 1B6KA 5P0LA 5P0KA 1HSIA 2XYFA 1IZDA 3G72A 5P23A 1GVWA 4QJ7A 3SA3A 5ISKA 4I8WA 3CKRA 5P5FA 5IVQA 2Q5KA 4CPWA 3KT2A 5OZHA 2I4DA 1XE6A 4YHQA 1EPPE 3NR6A 4GMIA 1RL8A 3S8IA 1META 5P6BA 1HSHA 5OZTA 1T7KA 5P31A 4GJ7A 3Q6YA 4Y39A 2R3TA 5P67A 5OYTA 1SMEA 4HZTA 2P8HA 1HIVA 5OYSA 3S43B 5P7GA 5P87A 4Y3ZA 4HDPA 4JOOA 5P8IA 4CMSA 5P5WA 1XL2A 2VA6A 3LHGA 4B72A 4DQGA 4Y44A 2V10C 4FRIA 4AZYA 1OEXA 3OQ7A 5P5OA 4Z50A 5BS4A 1D4SA 5OZ1A 5OZKA 2F3EA 1FF0C 3MXEA 4QJ8A 4OBKA 3KA2A 1BIMA 2RENA 3EMYA 6APRE 3ST5A 5P38A 1FG8C 4HA5A 5P84A 3MSJA 4Y3GA 4GJAA 5OZ2A 5P6DA 2VNNA 9HVPA 1YM2A 3GI5A 1KJHA 4RCEA 5P6QA 2I4WA 5P1FA 3HZCA 4Y4BA 5P8EA 5P42A 1KJ4A 2OHLA 2R9BA 3SM2A 3KDBA 1B5FA 1W5VA 3MXDA 1HTGA 5P4OA 3IGBA 3SPKA 3GGVA 5P5DA 5P79A 5P7WA 1AXAA 4GJ8A 3VYDA 3O9AA 1GVVA 2V0ZC 3RVIA 2AIDA 2ER6E 5HDUA 5AGZA 4PHVA 5P61A 4KE1A 4ZE6A 3DV5A 1QBTA 2NNPA 2O40A 3VG1A 3QRSA 5P1AA 3L5EA 1QBUA 3KN0A 1FQ6A 5P29A 5P4GA 1FQ5A 5P2YA 4EJDA 5KOSA 1IZEA 2O4LA 1PROA 2OHRA 5P7OA 5I3WA 5P5HA 5P0SA 1AIDA 5P09A 1UPJA 1T7JA 3BVAA 1YT9A 5IVSA 3O9GA 3H5BA 2IKOA 3FSMA 4U8WA 4UPJA 4HDFA 5ER2E 3PHVA 3T3CA 1T6EX 3KFRA 3EL4A 3SA4A 2P3BA 3MSKA 2H6SA 3L38A 4I0FA 4IVSA 4GYEA 5P1UA 5P7KA 5P7PA 3TKGA 5P0HA 4TRWA 2J9JA 5P1IA 4RVIA 1HTFA 3ZKGA 1WBKA 4Z4XA 3HLOA 3LIZA 5P2EA 4M8XA 2O4KA 5P6LA 2OHMA 1TCWA 4QJ2A 1B6MA 3S56A 4I0EA 4H3JA 5P2TA 5OZ7A 1FMBA 5P6XA 4FM8A 2QCIA 4K4PA 4YD4A 1Z1RA 5P1KA 4Y54A 2HAHA 1XDHA 1ME6A 3L59A 5P0IA 1LF3A 1ER8E 4R93A 3BVBA 5I70A 5P0EA 3S53A 1SP5A 5P70A 3VV7A 1EBZA 3ZPTA 3ZKXA 1SDVA 4DPIA 1MT8A 5P1OA 6FIVA 5P8AA 4ZSPA 2ZJIA 2ZJLA 5DQ1A 5C9FA 1HTEA 3BXSA 4RLDA 4FCOA 4CPTA 4EXGA 2EWYA 4Z22A 5P5BA 4PYVA 3EC0A 3CKPA 2VA7A 4JP9A 3OUDB 5P7SA 1IVPA 3B7VA 4IVTA 5UPJA 4DQEA 1E82E 2QHYA 4LL3A 2RMPA 3S54A 4B78A 5OZDA 2ZDZA 3UCBA 2HS1A 3EXOA 5P86A 5P32A 1EC2A 3OAGA 2CEJA 3OGPA 3O9CA 2VS2A 3OU4A 4CPUA 5DQCA 4Q1NA 2ER9E 1APVE 2JE4A 3SA7A 5P6IA 3G6ZA 2V16C 1BV9A 1HWRA 2HS2A 5P46A 4OD9A 4J0VA 3PWMA 5AH7A 4Y5LA 1MEUA 3ER3E 2JYSA 4DQBA 3SA6A 2AQUA 4NJUA 2ZJNA 5P4LA 2V11C 2QMPA 3OU1B 3UPJA 4B1EA 4NPTA 2B60A 2Q15A 3QVCA 4ZPGA 4JPCA 4JPEA 2AVSA 2F3FA 3Q70A 4Y3MA 5HD0A 3Q3TA 5P5SA 5KAOA 1CZIE 5P24A 3LPKA 1LYBB 2APRA 1M0BA 5P8SA 1ZPAA 5SY2A 5P7DA 5OZYA 2ZJKA 1HIHA 1MRXA 3LITA 3TKWA 5P5QA 2RSPA 4Y4AA 5P4DA 1APWE 1QRPE 4LBTA 5P22A 5P6RA 2P3DA 1LYAB 3D91A 4FLGA 1EC0A 5P7UA 4GZFA 3SO9A 1K6TA 5P6MA 4DJXA 2AOCA 3VSXA 4L7GA 2QHCA 5DR1A 2PYNA 1M43A 2BJUA 3KDCA 3R0WA 2CENA 3HDKA 1EPNE 4GB2A 3INFA 5P7MA 1DW6C 4I8ZA 2WEDA 4Y5KA 5P37A 1MPPA 2FS4A 4Y56A 3T7QA 3EKWA 4OC6A 4HE9A 2WEZA 2G1YA 2CEMA 3WB5A 5P2BA 5P7AA 3I6OA 3KFPA 1ODWA 2P83A 5OZQA 5P2FA 3ZKMA 5P5PA 5P8TA 1SGZA 5P2RA 1DAZC 4N00A 1HVRA 4L1AA 4PPHA 4HLAA 4NJSA 4DFGA 1ODYA 5P2MA 2AZCA 5P00A 5P5VA 2AZBA 2R3WA 3OQDA 5P8RA 3D3TA 2V13A 1BVGA 2AOJA 5P7BA 5SXNA 4MC6A 3NSHA 2Q54A 1BDRA 2FMBA 4Y41A 3O9FA 1ZLFA 2A4FA 4OBHA 3UQUA 2AZ8A 1A8GA 2HPFA 4APRE 3WZ8A 2ASIA 5JFPA 1CPIA 4RRNA 1LS5A 3HVGA 3JVYA 5P2AA 4QJAA 4DJVA 5P7NA 1FB7A 3EKTA 3L5DA 5P35A 5P0AA 4B1DA 4EXHA 4HVPA 3CICA 3OADA 2MIPA 1LF4A 5OZGA 1SIVA 5ER1E 5P4XA 1ZAPA 5P6CA 3KFNA 4GJ5A 5OZIA 3L58A 4R92A 1PFZA 4YCKA 5HU0A 4XX3A 4BEKA 3SQFA 4J1EA 1C6YA 5P3XA 2B42A 5P4WA 3OOZA 3VV6A 5P5UA 3U6AA 1HEGE 5DPZA 1FKNA 4APEA 5P8JA 4ZPEA 1SH9A 1NSOA 2OF0A 2Q63A 1PSNA 5P3DA 3I25A 1G2KA 2QI6A 5KQYA 3BC4A 3CIDA 3UDQA 5P3TA 5P4EA 4NPUA 3K4VA 4BELA 1D4LA 5P1RA 5P4VA 5KR1A 2PSUA 1F7AA 3BUGA 4FE6A 2NR6A 2ZHUA 4Y3WA 4WY6A 4TRZA 3LIQA 5P6WA 4BFDA 2QU3A 4RCFA 4Y3PA 3IN4A 5P7CA 4MC9A 3O9LB 5OZ9A 1IZHA 2QAKA 3TPRA 4Y4ZA 1A30A 1MERA 8HVPA 3LIYA 3S2OA 3PB5A 5OZ6A 5P5ZA 3MSLA 1HPVA 2HM1A 4DJYA 4HEGA 4I11A 5P2VA 5OYWA 5HDVA 1XN3A 4ZSQA 4BFBA 1UH9A 4I0ZA 1M4HA 2VJ9A 4Y3EA 1DIFA 1FQXA 2HPEA 4Y4JA 3FX5A 5P5RA 4E43A 4DQCA 2BPWA 1HPXA 5P3NA 1EBWA 4CP7A 3IN3A 5P4SA 4I0IA 5P2NA 3PRSA 1APUE 4LXMA 4ZEAA 1TQFA 3IAWA 1MT7A 1K6CA 4A4QA 2V12C 2FNTA 5P53A 1QDMA 2B7ZA 3Q4BA 5ENKA 3LNKA 5E5JA 4YA8A 4XXSA 3PSUA 4EJKA 2ZJHA 1F34A 2I0DA 5P26A 3NU5A 5P76A 1PPKE 3FNSA 3OTSA 2VIJA 3UDYA 4F75A 3WB4A 3PGIA 3CYXA 3OTYA 2RKFA 5P3CA 5P20A 3LINA 3PEPA 5KR2A 3NUJA 6UPJA 5P2KA 3VF5A 4DJOA 5OYVA 4KE0A 1APTE 5P1TA 2BKSA 5P7RA 3UDHA 5F01A 4I0HA 5T4SA 5P0JA 3PCZA 3OUDA 3RSVA 5P88A 3DJKA 5P58A 1MSMA 3OHFA 3RSXA 3R4BA 1XN2A 5OZ8A 3HAWA 4ACXA 5P2DA 3BGBA 5EZZA 3PSYA 4TVGA 1MTRA 1HVJA 2IEOA 4KB9A 4OBZB 4Y5MA 5HCOA 3UDKA 4I1CA 1QBRA 1HVLA 4GJBA 3O9DA 5DGWA 4WTUA 2R38A 1Z8CA 3OUCA 4R5NA 4LXAA 1HTRB 2R5PA 3MWSA 4K4QA 1SDUA 2NNKA 2VKMA 5AH8A 4MC1A 3S85A 2B8VA 4H3FA 1QBSA 3GGUA 3IVIA 4GJ9A 1TW7A 1D4HA 5P2IA 3TL9A 5P25A 4J1HA 4Y47A 5OZWA 3O99A 3IXKA 4Y6MA 3BHEA 4TVHA 5HE5A 5P17A 2OHPA 5KQFA 1ZSRA 1YX9A 5DR8A 1MVPA 1FFIC 5P4AA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1E A;  1DPJ A;  3KMY A;  3VLA A;  2QI0 A;  5P7Q A;  3EM4 A;  4X7I A;  5P4C A;  2QZW A;  2FDD A;  2I1A A;  3EL5 A;  1D4K A;  2BQV A;  4B1C A;  2IKU A;  5P6J A;  5P6T A;  3B80 A;  1E5O E;  1W6I A;  2IQG A;  3OQF A;  2NMY A;  5P8F A;  5P1L A;  5OYY A;  5B18 A;  3NXE A;  4L7H A;  2FXE A;  1BV7 A;  5P65 A;  2PK5 A;  2J9K A;  1GNO A;  5P47 A;  1VIK A;  1TCX A;  4Y45 A;  1FQ4 A;  5P89 A;  2QI1 A;  3NWQ A;  1FMX A;  1YG9 A;  3UFL A;  5P1G A;  5P3E A;  4Y3N A;  3HVP A;  4J0Z A;  3TH9 A;  1EPM E;  5P71 A;  3AUP A;  2G22 A;  1BWB A;  5P50 A;  2FDE A;  3CYW A;  5P5K A;  2HB3 A;  1K6P A;  4D8C A;  5OZC A;  5P6K A;  5P2W A;  1E81 E;  2NMZ A;  4R8Y A;  1LEE A;  3U7S A;  3GGX A;  5P72 A;  5P5A A;  3TTP A;  2QZK A;  1AJV A;  4AA9 A;  1Q9P A;  2G26 A;  1LF2 A;  1NH0 A;  3RTM A;  4K8S A;  2BKT A;  1C6X A;  3OUA A;  2G94 A;  5BWY A;  3LZY A;  5P04 A;  3FIV A;  4CPX A;  3QBF A;  3BRA A;  5P2X A;  3HD8 A;  2QI3 A;  1FFF C;  4Y4D A;  5KR0 A;  5P0Y A;  5P2J A;  1BVE A;  5P6H A;  1UH8 A;  1SGU A;  3ZOV A;  4D83 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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