4D89A

Crystal structure of human beta secretase in complex with nvp-bxd552, derived from a soaking experiment
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
388
structure length
375
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of cyclic sulfone hydroxyethylamines as potent and selective beta-site APP-cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: structure based design and in vivo reduction of amyloid beta-peptides
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 375
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d89A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d89A02
4OBGA 1BIMA 1AIDA 3R2FA 2B8VA 1ZBGA 5P0OA 1BDLA 3ZOVA 1AZ5A 4Y4EA 4YOAA 5P7OA 5P56A 3S53A 5P2YA 1NPAA 3PCWA 5P7AA 5P4MA 3ZKSA 4Y39A 4JPCA 4CPRA 1OEXA 5P3KA 2FS4A 4D8CA 5OZKA 1HHPA 3EBZA 2FGVA 4J55A 1FKNA 1ZPKA 4EQJA 3HBOA 1MRXA 4Y3JA 1HXWA 1CPIA 3GI4A 1F7AA 3C9XA 1T6EX 4HE9A 4J1KA 5E5JA 4YD6A 5P3EA 5P5HA 4HDFA 5HE7A 1KZKA 1NSOA 4Y36A 5IVRA 4HDBA 2PK5A 5KOSA 3GI0A 3FIVA 5P72A 3IVIA 5AHAA 1MSNA 3EKYA 3PGIA 5OZ5A 1B5FA 3I2LA 5P7PA 5HDUA 5DR1A 3PMYA 4R92A 2I4VA 4J0VA 4Z2ZA 5P1NA 1XN3A 4Y3RA 4MC2A 4XX4A 4Y3GA 4Y3LA 3QRMA 5P86A 4J5JA 3NSHA 1FQXA 1FQ6A 5P8RA 3OU4A 2MIPA 5UPJA 3VYEA 1D4LA 2VIZA 3TKGA 3VV8A 3OXVA 4HDPA 3R1GB 4DJQA 3S43A 2QI4A 4EJ8A 5P0PA 1RL8A 5CONA 1HRNA 1YTHA 5KR8A 5P43A 5P2AA 2H6SA 4LXMA 3UDJA 1K6VA 4Y50A 1BAIA 5P1YA 2JJIA 4ZPGA 3UQXA 5IVSA 3O9HA 4FM6A 3OQKA 2VA7A 5P53A 5HCOA 2I4DA 2BPXA 3T7PA 3BUFA 5P19A 2FDDA 3VSWA 2R8NA 3PMUA 4J1EA 1TQFA 3WZ7A 3OQFA 5P0KA 4GJCA 2QU3A 5P3GA 2JE4A 4Y35A 5P49A 3RU1A 4Y3QA 3OQAA 5P6MA 1YT9A 2HPEA 3QPJA 2HS1A 5P4UA 5P3WA 2HB3A 5HE4A 4AMTA 1TCWA 3QVCA 1K2CA 1JLDA 1WBKA 3L58A 4FM7A 4Y3HA 5P0AA 3DJKA 5P16A 1OD1A 5P8VA 3PLDA 5P3OA 3TPRA 3UFLA 2I4XA 1LYBB 5P81A 4ZLSA 2PMAA 3CKTA 1HEGE 5P57A 3UHLA 4CPTA 3PWWA 1K1TA 4Y44A 5OZOA 5TOLA 6FIVA 5P7LA 5P0DA 5KR2A 5P39A 5P6CA 3VYDA 3IN4A 1MIQA 3IAWA 3OU1B 1HTRB 4Q1XA 5P52A 5P7JA 5P61A 3O99A 4OBDA 5P66A 1C70A 3G70A 4DI2A 3VG1A 4ZEAA 1HVRA 1MRWA 1FQ8A 4R93A 2F80A 2V12C 5DQ4A 2HC0A 3U7SA 5P1MA 5P25A 1XN2A 2XYEA 2PH6A 1K6TA 5P6RA 1APTE 1YX9A 5P32A 5P1TA 2FNSA 5HU1A 2P3DA 3CKPA 3IN3A 3S2OA 3O9LA 2XFKA 3GI5A 4Y4ZA 5OZVA 5P4HA 5P08A 3PB5A 2AVOA 1PSNA 5P2VA 5P0BA 2RKGA 2NNKA 1D4KA 3UQWA 5P8IA 1EEDP 4OD9B 3PSGA 4J0PA 2VIJA 2QNNA 5P87A 2R38A 3RTNA 4DJUA 3TPLA 5B18A 2ER6E 2IL2A 3CIBA 4RZ1A 2R3WA 4RROA 1DP5A 4GJ9A 1D4IA 3I7EA 1QBUA 3UDPA 3OTYA 4GJDA 3FNUA 3N3IA 5P47A 2FLEA 2ZJLA 4Y5GA 4Y4JA 3GGAA 5P1CA 5P0EA 5OYTA 5P1HA 3EL5A 1BBSA 5P1LA 3DCRA 3IXOA 1ODXA 4AA9A 1Z1HA 5DQ2A 3O9FA 4Y4AA 2ZYEA 2NR6A 5KR0A 4ZSQA 4YOBA 2QHCA 5COOA 1G35A 1FGCC 4RLDA 4Y43A 2P3CA 4QJ8A 3PSUA 1EC2A 1KJGA 3DV5A 3L5DA 1APWE 4L7GA 4PZWA 5P6NA 3D3TA 3K4VA 5P20A 3I25A 2ZJNA 3VYFA 3B7VA 3QAAA 1Z1RA 2JXRA 5P0CA 2AVSA 2HAHA 2ZHRA 4NPTA 3AIDA 3KDDA 5P4NA 1GVXA 5P12A 3FKTA 1OEWA 1SIPA 5P4ZA 1W51A 4L6BA 3NDXA 3OAGB 4E43A 4RCDA 4Y3MA 4PPHA 4Y4TA 2O4NA 3NXNA 5P6SA 4L1AB 5P29A 2NMYA 5P06A 3VFAA 4Y9WA 1Z8CA 4OBZB 4GJ8A 2AOFA 3A2OA 3KFSA 4D89A 3IVHA 4B1CA 1BXQA 4DJWA 1QDMA 4S1GA 3EKVA 1B11A 2AZCA 2V00A 3AUPA 3DUYA 3OUCA 4RGHA 1SGZA 2SAMA 2OHUA 5I70A 4TRZA 3OUAA 1QRPE 4ZIPA 1LS5A 2I1AA 2R5PA 2AOGA 5P0XA 5P7FA 2O4SA 4BEKA 5HU0A 1HPSA 1YM4A 1B6MA 1MPPA 3O9CA 3SO9A 5OZUA 3RSXA 5P1EA 5P5NA 3KFNA 2OHMA 1ER8E 4I8ZA 3CIDA 1EPLE 2Q54A 2WEZA 1DW6C 1KJFA 1SGUA 3FX5A 5P6TA 4FL8A 4H3GA 3OTSA 2I4UA 1GNNA 4PZXA 1FMUA 3NXEA 3T6IA 3RTHA 2QK5A 3LZVA 3SA6A 3NDTA 5EZXA 5OZNA 3OWNA 4RVXA 3UQUA 4LL3A 3BUGA 1NPVA 2P3AA 4EQ0A 3ZKIA 2B60A 1LYAB 2QMFA 5C9FA 5JFUA 2HPFA 3D91A 5P59A 5P5LA 3QN8A 3T7XA 3FNSA 3IXJA 2QZKA 2VJ9A 5P02A 5I3WA 5AH8A 4R91A 1HTFA 1VIKA 1ODYA 4JOOA 2FXDA 2P3BA 4Y3EA 2J9JA 3ZKQA 1D4HA 4R5NA 1MVPA 3K5CA 4GMIA 5P1JA 4NKKA 3L5EA 3NLSA 1LF4A 4Y3PA 5P4VA 2Q5KA 9HVPA 1UPJA 3I8WA 1KJ4A 3NDUA 1D4SA 4OBFA 4MC1A 4Y4WA 5P1OA 2XYFA 5C9BA 3WZ8A 2WF0A 4Y51A 2AVMA 1SIVA 5P11A 1W6HA 5OYSA 5P1WA 5P3RA 2IS0A 2Q64A 3BRAA 5P5FA 5P4EA 4EPJA 4KE0A 5P22A 1QBTA 2CEJA 5P6YA 1LYWB 1BWAA 5E5KA 5DGUA 2XFIA 3LITA 5HD0A 2G1SA 4B1EA 5P5MA 4I8WA 4OC6B 2P8HA 5P89A 5OZ3A 4GIDA 4J0ZA 5P5OA 1GVVA 4D85A 2QP8A 3QS1A 4Y3SA 5P8HA 1HIIA 2F3EA 1AXAA 2V11C 5KQXA 4Q1NA 5P4QA 2Q63A 4RCFA 1SMEA 6UPJA 5OZLA 5P3LA 4R95A 3GGVA 4FLGA 4FS4A 5OZ0A 1GKTA 3S85A 1AJVA 1NPWA 1YTGA 1CMSA 5P04A 4U7VA 4Y56A 4I12A 1PPLE 4Z22A 5P0WA 4A6CA 2AZ8A 5P0VA 5P7XA 3SKFA 3S45A 1LZQA 1A94A 2QMDA 1GNMA 2JYSA 2AZ9A 4AA8A 5P5GA 5OZ2A 2G24A 1MERA 2WECA 2BKTA 2UY0A 3LIZA 3K1WA 2IGXA 5P3HA 3K5FA 4B0QA 5P71A 1IDBA 5P5WA 2FIVA 3U6AA 3GGUA 3NU4A 4Y3DA 1WKRA 3SQFA 3LZYA 5P18A 5P5TA 3HZCA 3PVKA 2QHYA 4Y54A 2PSVA 5P69A 3PCZA 5P8GA 5P10A 4GJAA 5P4GA 4U7QA 3L5BA 4Y38A 4J17A 1OHRA 3DCKA 2ZDZA 3L38A 2B7FA 2VNMA 1W5XA 1C6YA 3QROA 2EWYA 3R4BA 5P78A 5P7QA 4QJ6A 4FAFA 5OZ7A 3MXEA 5P6JA 5DQCA 1HWRA 2BPZA 4I0DA 3B80A 4HEGA 3PBDA 1ODWA 5P60A 1DAZC 5P88A 3T11A 1ZPAA 2WF4A 5P7RA 3TKWA 5P5DA 4APEA 4X2LA 5P6IA 1XL5A 1VIJA 4WY1A 2G22A 3T7QA 3EKQA 2PQZA 1TSUA 4CKUA 5P8UA 3QBHA 3SA3A 1LYBA 5P5RA 2QZLA 5P8MA 3ST5A 3IA9A 5P6VA 2PC0A 1EC1A 3KMYA 2I0AA 1UH8A 2QI7A 1C6ZA 4APRE 3QP0A 5P5AA 3SFCA 3OU1A 5P42A 1XE6A 5P8AA 4QJ7A 2VJ6A 2I0DA 4YCKA 5OZ4A 1T7KA 1GVTA 3S7MA 3VEUA 1FQ4A 5P2NA 2IENA 5P8BA 4FCOA 5P03A 1EPME 1FFFC 4DVFA 3BC4A 3INHA 2UXZA 1W5WA 3URLA 1EPNE 1M4HA 5P7GA 3QBFA 3OQDA 3TOGA 3CMSA 3HLOA 1ZP8A 5COPA 5P24A 2ZHUA 3KT5A 3OY4A 1FLHA 1FB7A 4OD9A 3K5GA 5AHBA 2HIZA 5DPZA 3KA2A 3UF3A 1BWBA 4K9HA 5P14A 5P1AA 5P0ZA 3BGBA 5P2DA 5P2BA 4EJLA 3EKPA 3WB4A 3ZKMA 2V13A 5P5SA 1B5FB 5P8EA 3VF3A 5P8DA 1AJXA 4Y3AA 5P3UA 5P4TA 1B6KA 4NJVA 4RYCA 3TPPA 5P5PA 3NYGA 2BB9A 1TCXA 4DQCA 4GJ7A 2O40A 1RV7A 3DOXA 5KOQA 3Q4BA 3WB5A 5AGZA 4YA8A 5OZEA 2J9KA 4FE6A 5P6ZA 1W5YA 3HVPA 4Y5AA 5P8SA 4Y4UA 5HCTA 4DV9A 3MSKA 5P7ZA 3KN0A 5P3PA 3UQPA 1A8GA 2PYMA 5P0NA 2G27A 1MT7A 3PJ6A 5DR4A 3S43B 5I3YA 5P85A 1SDUA 2NMZA 5KAOA 1T7JA 3URIA 5P7SA 4FSEA 4Y53A 1W5VA 1YM2A 1HPOA 1W6IA 3OADA 3EL9A 1HBVA 3OAGA 4YDFA 5P1XA 5AH9A 5P0UA 4KUPA 3ZL7A 5P7HA 3HW1A 5P34A 5P64A 1EBKC 4YHQA 4L1AA 4B00A 3D20A 3QRVA 2ER7E 5P1SA 3NWXA 5BWYA 4Y6MA 5P1KA 2CEMA 5P77A 5P3SA 4DUSA 1Q9PA 4YD7A 5OZMA 1RQ9A 1FF0C 4OBHA 3CICA 2FMBA 1IIQA 3SA5A 1BV9A 4JECA 4DQBA 1A8KA 2G1OA 3PRSA 1ENTE 4GJ6A 5P82A 4Y58A 3G72A 1EC3A 1ZLFA 2I4WA 5P5ZA 1IVQA 1BVGA 5P5VA 3FSMA 4TVHA 3EL0A 2WHHA 5P6QA 3MWSA 1D4JA 4J0YA 8HVPA 3JVYA 1HVSA 2H6TA 1AVFA 1J71A 2B8LA 1QBRA 4Z4XA 3KMXA 1HVLA 4LXKA 2Q55A 5P6EA 4LHHA 3PBZA 2QD8A 4Y3YA 3VCMA 3ZMGA 1AM5A 3N4LA 4YCYA 5AH6A 4DJRA 2OHTA 2R5QA 1BXOA 1SDTA 2QD7A 1YTIA 2PWRA 4Y5NA 5P6LA 5SXNA 5P4PA 3L5CA 4X7IA 1SMRA 4FRIA 2IKOA 4Q5MA 5ENMA 5P6FA 3EM4A 5P27A 2QMGA 3IXKA 5IVQA 1YTJA 1LV1A 2B7ZA 3OHHA 4EJDA 2BPYA 2G1RA 1APVE 2AOEA 4R8YA 2PK6A 2F3KA 1MEUA 1TZSA 1LYAA 3D1XA 5P4BA 2WF3A 5P6KA 4L7HA 2G94A 4GJBA 5P3NA 2VS2A 5OYWA 5P2QA 3PWMA 5P0JA 5P3JA 4Y5CA 5P4XA 3OU3A 2HB2A 2P4JA 2QCIA 2VNNA 4QJ2A 4B70A 2PH8A 5OZ1A 5OZGA 3LHGA 4J1CA 3UQRA 5P5KA 4IVTA 4I0IA 2JJJA 2IRZA 2IQGA 4J1FA 4DPFA 2OHSA 5P3XA 2AOIA 2VIYA 5T4SA 4F74A 1KJ7A 5P68A 4Y47A 3TPJA 1MTRA 5F01A 1PPKE 3R0WA 5P01A 1META 2XFJA 1TSQA 3TOHA 3OUBA 3EC0A 5HDXA 4Y3NA 1ZAPA 2QI3A 3VF5A 5P7KA 4F75A 2FXEA 5P6HA 4OC6A 2P83A 5P4RA 1W50A 5OZSA 2QNQA 4HA5A 3RSVA 2V0ZC 3LIXA 1B6LA 5SY2A 5P5JA 5P3YA 1K2BA 1PFZA 1BDQA 2OHKA 5P79A 4I0JA 3RVIA 2BBBA 4PYVA 1EPQE 3I6OA 1DPJA 2ANLA 3Q3TA 2AQUA 3PSYA 1HIVA 4Y3XA 5P74A 5JFPA 1BV7A 3VSXA 2BQVA 4M8XA 1T7IA 4Q1YA 5P55A 5P3QA 4ZSMA 2NPHA 3UFNA 1HVKA 2VKMA 1CZIE 3ECGA 4B78A 3F9QA 4Y5EA 5P36A 5SY3A 5P8OA 5P1PA 3LPIA 5P8LA 4QLHA 5OYRA 2BJUA 2BPWA 2NXDA 5OYXA 3BXSA 5OZYA 5I3VA 5P8QA 4LXAA 4Y48A 3OQ7A 4H1EA 5P50A 3NDWA 5P6DA 5P2HA 2HB4A 1HPVA 1MT9A 2ZJHA 1FEJC 4YDGA 5OZFA 5P2JA 5P44A 5P63A 4CPQA 4YBFA 4I0GA 5P4DA 3OUDB 4MC9A 4ER2E 5SZ9A 4AZYA 5P6XA 1FQ5A 5P0QA 4PEPA 4FSLA 5P3BA 4QGIA 3KDBA 4DQEA 4Y3ZA 5P4YA 3HAWA 5DGWA 5P8FA 4Y5PA 2G21A 5P2EA 4GYEA 4LP9A 5P5YA 3T3CA 3H0BA 4RRNA 1U8GA 4A6BA 2BPVA 5P2ZA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OBG A;  1BIM A;  1AID A;  3R2F A;  2B8V A;  1ZBG A;  5P0O A;  1BDL A;  3ZOV A;  1AZ5 A;  4Y4E A;  4YOA A;  5P7O A;  5P56 A;  3S53 A;  5P2Y A;  1NPA A;  3PCW A;  5P7A A;  5P4M A;  3ZKS A;  4Y39 A;  4JPC A;  4CPR A;  1OEX A;  5P3K A;  2FS4 A;  4D8C A;  5OZK A;  1HHP A;  3EBZ A;  2FGV A;  4J55 A;  1FKN A;  1ZPK A;  4EQJ A;  3HBO A;  1MRX A;  4Y3J A;  1HXW A;  1CPI A;  3GI4 A;  1F7A A;  3C9X A;  1T6E X;  4HE9 A;  4J1K A;  5E5J A;  4YD6 A;  5P3E A;  5P5H A;  4HDF A;  5HE7 A;  1KZK A;  1NSO A;  4Y36 A;  5IVR A;  4HDB A;  2PK5 A;  5KOS A;  3GI0 A;  3FIV A;  5P72 A;  3IVI A;  5AHA A;  1MSN A;  3EKY A;  3PGI A;  5OZ5 A;  1B5F A;  3I2L A;  5P7P A;  5HDU A;  5DR1 A;  3PMY A;  4R92 A;  2I4V A;  4J0V A;  4Z2Z A;  5P1N A;  1XN3 A;  4Y3R A;  4MC2 A;  4XX4 A;  4Y3G A;  4Y3L A;  3QRM A;  5P86 A;  4J5J A;  3NSH A;  1FQX A;  1FQ6 A;  5P8R A;  3OU4 A;  2MIP A;  5UPJ A;  3VYE A;  1D4L A;  2VIZ A;  3TKG A;  3VV8 A;  3OXV A;  4HDP A;  3R1G B;  4DJQ A;  3S43 A;  2QI4 A;  4EJ8 A;  5P0P A;  1RL8 A;  5CON A;  1HRN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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