4D8CA

Crystal structure of human beta secretase in complex with nvp-bxd552, derived from a co-crystallization experiment
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
388
structure length
377
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of cyclic sulfone hydroxyethylamines as potent and selective beta-site APP-cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: structure based design and in vivo reduction of amyloid beta-peptides
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 99
structure length 377
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d8cA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d8cA02
5IVRA 2P3DA 3C9XA 1RV7A 2XYFA 5P1YA 4CPXA 4R95A 3QVIA 3VV8A 3GGAA 5P39A 5P8SA 3O9HA 4KE0A 5P3NA 4FIVA 1YTGA 5P0VA 1PSNA 5P20A 3OY4A 1BXQA 4ER4E 1B6LA 5OYUA 5P8DA 1T7IA 5P1WA 1SIVA 2EWYA 3EC0A 3L59A 1EPLE 2QZKA 5JODA 1A94A 5P1LA 1MRWA 2AQUA 1LYBA 2OF0A 2NTRA 3QBHA 3VYFA 2F3KA 2VNMA 4CPWA 1QBUA 4Y41A 5P6YA 2AOFA 4TRZA 5ENMA 5OZVA 4CPRA 4A4QA 3PBZA 2JXRA 4ZPGA 3KFSA 1OEWA 3L5CA 4Q1YA 1G35A 5OZ6A 2G21A 3DOXA 2G20A 5P77A 4LP9A 4Y3SA 4Y3ZA 3TOHA 1ZSFA 4Y3LA 3D1XA 4ZLSA 2PH6A 5P1CA 4PZXA 3LPKA 5ENKA 5P2FA 4K4RA 4EJLA 3D3TA 5P3MA 2F8GA 5P0NA 5P3SA 3S43B 5P8HA 3I8WA 1FGCC 5P5SA 3O9FA 5P73A 3A2OA 2AZCA 2V00A 4Y53A 4X2LA 3BHEA 3U71A 5P4RA 1TCXA 2OHPA 5P15A 5P3BA 5P5YA 4Y3EA 2ZJIA 5P02A 5P3HA 1CPIA 3R0WA 5AH9A 1SMRA 5IVTA 5OYTA 2AZBA 4Y5NA 3EM4A 5P1AA 3T7PA 5TOLA 4F75A 4Q1NA 1UH9A 5AHAA 2IGYA 2G94A 1DMPA 3SFCA 4GJDA 3KYRA 5P28A 1META 2AZ8A 4COEA 5KQFA 5DPZA 2FDDA 5P1RA 5P4FA 1HSHA 3BXSA 4LL3A 2BPYA 1YTJA 5P4GA 1ODWA 2FS4A 3PI0A 2QCIA 4J0TA 5P8GA 1K1TA 5P4IA 3WZ8A 5OYXA 5P74A 5P86A 4ACUA 1MTRA 3NUJA 3SACA 1YM4A 3T6IA 1MT8A 2WF0A 4DV9A 4Q1WA 4JPEA 5EZXA 1EBWA 3O9IA 2XFIA 5P7CA 4Y3RA 2FGUA 3KDCA 3SO9A 5P2LA 1GNMA 3ZKIA 1AJXA 4QJ2A 2O4NA 3VEUA 3TKGA 1FQ6A 5DQ5A 5P55A 5DQCA 2ER6E 3APPA 4I11A 3N4LA 5P3QA 3TPLA 1T7KA 3PHVA 1Z8CA 1SDTA 3QRVA 2BB9A 2QNPA 3UDKA 3UQWA 4B72A 5I70A 3OQDA 2FMBA 3B7VA 2FDEA 3ZL7A 2NXDA 5P4WA 3KT2A 3O99A 6APRE 2FXDA 2JE4A 1LYBB 5HDXA 4WTUA 4Y4AA 2FLEA 4MC2A 2QZXA 2VA7A 5SY2A 3UDHA 5OZKA 5P2QA 5P4OA 4GYEA 5P0AA 1G0VA 5P0PA 5P5HA 2JJIA 1ODXA 4Y3WA 5P6PA 2O4PA 5OZHA 4Z4XA 1HVLA 5P1VA 1BDLA 5P71A 1PPLE 5P8VA 4Y3PA 4YHQA 3K1WA 2ZJHA 4L6BA 3ZPUA 1SMEA 3H5BA 2NNPA 2XFJA 1B6JA 1D4IA 2HS2A 5OZUA 2AIDA 4DUSA 2CEJA 3BVAA 4B05A 5P1HA 1FQ8A 5AH7A 5KR0A 1QS8A 5P52A 3RTHA 1QBRA 4I0DA 5P3XA 5P3RA 1K6TA 3BXRA 5DR3A 4EJDA 1PPME 3Q3TA 4DJPA 5P7NA 5P7TA 4PEPA 4HA5A 1W6HA 5P2BA 2WF1A 3I7EA 2ZHTA 1T6EX 3BVBA 4DVFA 2HB2A 5P18A 3ZPSA 3SPKA 5P68A 5P3AA 5P7OA 1DAZC 3WSJA 4OBHA 4YOBA 3G72A 4I10A 3OOZA 1SBGA 1YT9A 4Y3YA 5P7PA 3HAUA 3UQPA 3LIXA 3RTMA 1WKRA 5P19A 5P33A 1BVEA 2PSGA 1CMSA 5OZ5A 1A9MA 3FX5A 2ZYEA 4Y3JA 4TRWA 1YM2A 1FEJC 2B60A 4I0IA 1IDAA 3GI6A 5P2CA 2AOCA 3D1YA 5P50A 5P5VA 3CKRA 3S54A 4UPJA 5HCOA 5P2OA 2ZGAA 3EL9A 5P57A 4K9HA 5P0BA 1GKTA 3ZOVA 3VF5A 2I4VA 5P17A 2RSPA 5C9BA 2VJ9A 2G26A 3OQFA 3NXNA 3S7MA 4H3GA 4RZ1A 4Q5MA 4I0ZA 3FNUA 1G2KA 4EXGA 1TZSA 5DGUA 3L5DA 5P5QA 2IENA 3CIDA 4DJWA 3INHA 4Y3GA 1EEDP 1D4JA 5P76A 5KQXA 3QP0A 4EHCA 4Y3HA 2QU2A 5P8AA 1AIDA 3TPJA 4GJ9A 3U6AA 1HSIA 5P84A 2BPVA 2VNNA 5AH6A 4Y6MA 3Q6YA 5OZTA 3OK9A 2HS1A 3OXVA 1ZSRA 2UY0A 5OZEA 2OHQA 5P05A 5P4NA 1YTHA 3KFNA 5P46A 5P5LA 5OYWA 4Y4BA 5P0EA 5P12A 4CPQA 4OBJA 3WB4A 2PQZA 1RQ9A 5HDZA 5HCTA 3OADA 2V11C 2PWRA 3ER3E 2I1AA 2WEAA 5P16A 4FE6A 4DJRA 1A8KA 3LHGA 5DR4A 5P5BA 4B00A 3DV1A 5P06A 3QRSA 4Y43A 5P6MA 4GB2A 4RCEA 5P53A 5P88A 3NU4A 4LHHA 5P31A 5I3YA 4Y3DA 5P5NA 1LV1A 3UDYA 5P3UA 3NXEA 3HBOA 2FNSA 5P8JA 3QN8A 4Y5EA 1MIQA 3CYXA 1HBVA 3MSJA 2IRZA 3O9LA 5P6FA 3BRAA 5P26A 2B7ZA 5AGZA 5P2GA 5P6ZA 3K5DA 5KOSA 3CIBA 2Z4OA 2UPJA 3KF0A 3PJ6A 5OZWA 2P83A 4ZPFA 3PMUA 5P7QA 4ZSQA 4JP9A 1MT9A 4QJAA 5P2KA 1HIHA 4ZSPA 4K8SA 5P72A 3WZ7A 5P01A 4FS4A 5P7LA 2G1RA 3HD8A 3Q70A 5P7FA 4EPJA 3PMYA 4Y3FA 3K5CA 3NU3A 1T3RA 5P87A 1LF4A 4FM6A 5P54A 5P0TA 4FRIA 3UDPA 5P4BA 4LXMA 5P2ZA 2BPWA 3SA6A 4Y3TA 3OTYA 5SZ9A 3PWRA 4KUPA 1TCWA 3UDNA 1AAQA 1K6VA 2NPHA 5P56A 5P0QA 2QI0A 1FQXA 5P6VA 3FIVA 3UPJA 2R3WA 5DQ1A 2FXEA 4A6BA 5P7GA 3B80A 5P1GA 3UFLA 5P5OA 2WF4A 5P37A 4I0GA 5KR2A 3KFPA 4B78A 2PK6A 4FRSA 3R0YA 5P08A 5P3YA 1HTEA 5OZSA 1APUE 2QI6A 3H0BA 1SGUA 2QI4A 5HU0A 5DR1A 3OADB 5IVQA 5OZRA 5P3FA 5HVPA 3DM6A 4Y4TA 5PEPA 3S85A 5APRE 2G22A 2J9KA 3PB5A 5P10A 2V12C 4YD6A 3TKWA 5P60A 3EM6A 3VF7A 4Y58A 3UQRA 4FRKA 2F3EA 4Y4GA 5P6AA 1GNNA 5P4TA 5I3VA 1SDUA 5JFPA 3OU4A 5HU1A 2QMFA 5P3OA 3VYEA 3NDTA 2VJ7A 3O9CA 5UPJA 4JOOA 1EPNE 5P00A 2NMYA 3O9LB 1BDRA 1RPIA 3L38A 5F01A 1B6KA 4YCKA 1HVJA 4AA9A 5P65A 1HPSA 4B1CA 2RENA 1QBSA 1FG6C 3OU1A 4LAPA 1BXOA 5P4ZA 4GJ5A 5P7IA 5P1OA 4J1FA 5COPA 5P7DA 4FSEA 1RNEA 1HTRB 2ZJJA 5P8IA 4XXSA 4DJOA 1ZPAA 2AOJA 4R91A 5P78A 1MRXA 1K6CA 5ER2E 3GI4A 4IVTA 3EKXA 4YD7A 1MESA 5ISKA 1QRPE 5BRYA 5P1PA 1FG8C 5P1FA 3TL9A 2NXMA 4GZFA 4EJ8A 2VIJA 2PYNA 3HLOA 3HAWA 2G1SA 3F9QA 3KMYA 4KB9A 5P5UA 1KJHA 3O9DA 5P8MA 5P5JA 4GMIA 1IIQA 5P66A 2G69A 4Y4UA 3OQKA 4NJUA 2OHKA 5P5TA 5P35A 5P7UA 2F80A 5P49A 3QBFA 5P5WA 2XYEA 3WB5A 4Y57A 2UXZA 5C9DA 4CKUA 4RVXA 1EPQE 5P0GA 4U7QA 4L7JA 5P5DA 2BJUA 1OHRA 2NNKA 5P8LA 3BGBA 3RVIA 1D4LA 5P5AA 4H1EA 3K5GA 2AZ9A 3EKYA 2V16C 5P70A 2VIZA 4Z22A 1U8GA 5OZ7A 5P3LA 5P8KA 1XE6A 2CENA 3L5EA 5HE4A 1AVFA 3UDJA 5SY3A 5P3CA 4NPUA 4PZWA 4EJKA 2IS0A 1EC2A 4Y5BA 2WJOA 2HB3A 4JPCA 5P5IA 1QDMA 3IGBA 5P5PA 1APVE 3R2FA 3K4VA 5P40A 4BFDA 2JYSA 5P0YA 3OUDA 2Q11A 3OU4B 1ZAPA 1DIFA 1AZ5A 3CICA 2B42A 4Y38A 4DJYA 4S1GA 2H6TA 4J1HA 4JECA 3VFBA 5P4QA 3EL5A 2I4UA 3UDRA 3VLAA 5OZ1A 1UH7A 5P38A 2OHUA 3SA5A 4R5NA 5P2EA 4LXAA 4HEGA 2G1YA 2PMAA 3OXWA 1N49A 5P8FA 3RSVA 2ZJLA 3OU1B 1AM5A 1E5OE 4Y51A 1NPAA 3L5FA 4QJ7A 3HZCA 2J9JA 2SAMA 5P11A 2MIPA 4HDBA 2ER0E 5P1MA 1GVWA 5P04A 4ZEAA 1NH0A 2QU3A 2WHHA 3ZLQA 3CKPA 5P75A 4J0PA 5P3EA 5E5KA 3LIVA 2QZWA 5P0RA 5P2YA 3MXEA 1NPVA 4I12A 3NYGA 1KJ7A 4J5JA 3ZKNA 3OUBA 5AH8A 5P4UA 2OHLA 5OZLA 3IXOA 1TSUA 1A8GA 1GVXA 4PHVA 1JLDA 4TRYA 4ER1E 1YX9A 4EQ0A 5OZBA 1MEUA 5P4EA 2R9BA 2B7FA 3HVPA 5P8OA 2WF3A 1XDHA 1D4HA 5P2XA 5P2MA 5P6LA 4Y4XA 3LIYA 4D89A 4J1KA 4RYGA 3NWXA 1C6YA 4D88A 1HXWA 4GJ8A 4OC6A 4U7VA 5P30A 2QMGA 3URLA 5P0LA 5P0SA 1FMXA 3JW2A 3O9BA 4PYVA 5P6QA 1B5FA 7HVPA 4WY1A 5P6CA 5P6IA 5P7SA 5B18A 2AOIA 3GI5A 3BUFA 3QROA 1FB7A 4YD3A 5I3WA 4LC7A 3N3IA 1WBMA 2Q5KA 2QHZA 3G6ZA 4E43A 5P7RA 4BEKA 4DJVA 3IN3A 1HEGE 2ER7E 3GGVA 4QGIA 3KDBA 2Z54A 3I25A 3VYDA 4FAFA 4DQGA 3OAGA 5P2WA 1DPJA 2O4KA 3TOFA 2I4WA 5P3KA 5P61A 4YBFA 5P5KA 2QNQA 1LF3A 4EQJA 3UFNA 2QD6A 4APEA 4J0VA 2G1OA 3IXJA 3PCZA 2HPFA 4K4QA 3OU3A 3OUDB 3EKVA 5P7AA 1ZPKA 5P4HA 5DR8A 2ZHRA 4K4PA 5OYYA 5EZZA 3L58A 5P6GA 4OBGA 5P1EA 1LYAA 4I0HA 1XL2A 1PPKE 4FSLA 3NDWA 4DJQA 3ZKSA 1MPPA 3MSKA 5P2RA 1UPJA 3IVIA 1ZP8A 1KJGA 4OBFA 5JFUA 4DPFA 2A4FA 1YG9A 1HIIA 2WL0A 3OWNA 1EBYA 3G70A 1ME6A 4RCFA 2FNTA 5C9FA 4YD4A 1MT7A 4NJSA 4APRE 2J9JB 3S53A 4HLAA 1W5YA 5FIVA 1FKNA 1HHPA 5P27A 1APTE 3FKTA 2HB4A 5HDVA 1HRNA 5P5ZA 5P85A 4Y4JA 5P4VA 2WEDA 5DR0A 1BBSA 1G6LA 2V0ZC 3EKWA 5P45A 5P6BA 2ZHUA 1GVUA 1BILA 4X7IA 3EL0A 2ZJMA 1LF2A 1C70A 5DR7A 4HDPA 4Y3MA 3FV3A 4F74A 4RROA 1M43A 2PSVA 5P4LA 2AVQA 4TVGA 4GJCA 5P29A 3KM4A 2VA6A 5P2IA 5P44A 5P47A 4EXHA 4Y4ZA 1M0BA 5IVSA 5P6NA 1MVPA 2ZHSA 4Y5CA 1PFZA 3FNSA 4YBIA 4D8CA 5P3GA 5OZ2A 3S7LA 5P1NA 2V10C 3ST5A 2BPXA 3I2LA 2G24A 4B0QA 2RKGA 5P51A 4I0EA 1D4YA 4Y56A 5P7KA 1BWAA 1VIKA 4OC6B 4J1CA 2R8NA 5P0UA 4Y9WA 1AJVA 4Y5PA 1T6GA 1D4SA 5COKA 3QIHA 3PWWA 1B5FB 2I4QA 1NPWA 4Y45A 1B11A 5P6EA 5P63A 5P58A 1BV9A 4FCOA 5P0DA 3L3AA 2FGVA 5P2JA 4OBZA 4Y4DA 5P7JA 1IZEA 5P1TA 2OAHA 2IKOA 4EWOA 1SP5A 5P0JA 1K1UA 3OAGB 3VCMA 4RVIA 3RTNA 3I6OA 4L1AA 5P81A 4GJ6A 3EKTA 4Y4WA 4DH6A 1VIJA 5P6WA 3L5BA 5P6XA 3SA8A 5P4PA 4LBTA 1MERA 3OUCA 5BWYA 5OZ4A 2B8VA 1DW6C 5J25A 2OHRA 5T4SA 1J71A 1CZIE 1FQ4A 2R3TA 3SM1A 4DI2A 2IEOA 5P23A 5P2TA 1LYAB 4A6CA 5JG1A 2I4DA 4PPHA 5CONA 2APRA 4Y3QA 3KFRA 3NSHA 1HPXA 2R38A 3GW5A 3PSUA 4J0YA 3PCWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5IVR A;  2P3D A;  3C9X A;  1RV7 A;  2XYF A;  5P1Y A;  4CPX A;  4R95 A;  3QVI A;  3VV8 A;  3GGA A;  5P39 A;  5P8S A;  3O9H A;  4KE0 A;  5P3N A;  4FIV A;  1YTG A;  5P0V A;  1PSN A;  5P20 A;  3OY4 A;  1BXQ A;  4ER4 E;  1B6L A;  5OYU A;  5P8D A;  1T7I A;  5P1W A;  1SIV A;  2EWY A;  3EC0 A;  3L59 A;  1EPL E;  2QZK A;  5JOD A;  1A94 A;  5P1L A;  1MRW A;  2AQU A;  1LYB A;  2OF0 A;  2NTR A;  3QBH A;  3VYF A;  2F3K A;  2VNM A;  4CPW A;  1QBU A;  4Y41 A;  5P6Y A;  2AOF A;  4TRZ A;  5ENM A;  5OZV A;  4CPR A;  4A4Q A;  3PBZ A;  2JXR A;  4ZPG A;  3KFS A;  1OEW A;  3L5C A;  4Q1Y A;  1G35 A;  5OZ6 A;  2G21 A;  3DOX A;  2G20 A;  5P77 A;  4LP9 A;  4Y3S A;  4Y3Z A;  3TOH A;  1ZSF A;  4Y3L A;  3D1X A;  4ZLS A;  2PH6 A;  5P1C A;  4PZX A;  3LPK A;  5ENK A;  5P2F A;  4K4R A;  4EJL A;  3D3T A;  5P3M A;  2F8G A;  5P0N A;  5P3S A;  3S43 B;  5P8H A;  3I8W A;  1FGC C;  5P5S A;  3O9F A;  5P73 A;  3A2O A;  2AZC A;  2V00 A;  4Y53 A;  4X2L A;  3BHE A;  3U71 A;  5P4R A;  1TCX A;  2OHP A;  5P15 A;  5P3B A;  5P5Y A;  4Y3E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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