4DFGA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease with cyclopentyltetrahydro- furanyl urethanes as p2-ligand, grl-0249a
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substituent effects on P2-cyclopentyltetrahydrofuranyl urethanes: Design, synthesis, and X-ray studies of potent HIV-1 protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Protease
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dfgA00
4FRSA 5OZ7A 3DUYA 1ZP8A 2ZE1A 4L1AB 5T4SA 5P7GA 4JPEA 5KR2A 4H3IA 1ME6A 3QAAA 4Y47A 3OXXA 4LC7A 5P41A 4FCOA 3N3IA 4DJRA 4H3GA 3S85A 5P2JA 5OYQA 6FIVA 4Y3MA 4CP7A 3SA6A 2I0AA 1LEEA 3KYRA 4Q1YA 2O40A 5OZ6A 3NXNA 3ZPTA 4Y5CA 3EKTA 5P4PA 2I4QA 5DQ4A 5P39A 4Y39A 4F73A 4K8SA 5KAOA 5P4TA 3KT5A 2NXMA 1Q9PA 2RMPA 5OZPA 4F75A 1HXWA 5P7NA 3GGVA 1EC2A 3KFRA 3TTPA 1ZSRA 4Y3YA 1F34A 5P37A 4Y3FA 1B6LA 5P0DA 4AMTA 2CENA 5P7SA 5BWYA 1NSOA 4Q1XA 4DJVA 3PMUA 5P28A 2OHQA 1D4KA 2UY0A 5P3NA 1YTIA 2Q5KA 4DUSA 1ZPAA 2VA7A 5P0AA 5P23A 5IVSA 1IDAA 3L59A 1YM4A 1MUIA 1GNMA 1QBSA 5OZ5A 5P6RA 5P6UA 1U8GA 5P42A 5SY3A 3PJ6A 4D88A 4Y3GA 2ZHTA 3UDMA 5P27A 5OZRA 2ER7E 1YTHA 5P53A 2XFIA 2FS4A 5P33A 4FAEA 3MXDA 5KR0A 3QVCA 3EKYA 2QNQA 3NU6A 4DV9A 3OUCA 2Q55A 1BXQA 4PHVA 3B80A 4DFGA 5P5IA 2IENA 5P2CA 4YCYA 1NPAA 3D1YA 2OHNA 5P5FA 4COEA 3O9AA 1QBUA 5OYUA 4I1CA 5HU0A 3Q3TA 5P3WA 4NJVA 3QPJA 3CKTA 1DMPA 5P3SA 3U71A 5P3ZA 5P0IA 4J0TA 4Y41A 4YDGA 3IN4A 4FSEA 1HRNA 4OD9A 2RKGA 5P8RA 3ZL7A 4AUCA 3KN0A 2PWCA 5CONA 1ZSFA 3IXOA 4KE0A 4EJDA 3OU4B 3FKTA 5AHAA 5J25A 1CMSA 4YBIA 3T11A 1ODYA 4N00A 4Z50A 3LPJA 3S53A 3VV6A 5P6MA 1IZEA 1YM2A 4A6BA 5P26A 1ODWA 2MIPA 5AH7A 1ZTZA 3SAAA 2AOEA 2WF0A 3EKQA 5OZYA 5P67A 4I0DA 4PZXA 1D4HA 2UXZA 4I8WA 5P55A 1NPWA 1K2BA 4MC1A 2QI1A 3HVPA 2QHYA 1RL8A 4FM7A 5HE7A 5OZHA 2OHMA 4Y35A 4YD3A 4GJBA 2Q64A 1HTRB 4YA8A 3QRVA 5P2AA 4Y5NA 3EBZA 2VS2A 3OOTA 4PZWA 4Y9WA 5P01A 1ZAPA 3FSMA 4Y4WA 1VIKA 3BXSA 5P76A 5HCOA 4BELA 2OAHA 2WKZA 2BJUA 5IS4A 1M43A 4XKXA 4Y57A 5P0LA 1W5XA 5KOSA 1KJ4A 1B6KA 4XXSA 1FB7A 3OOZA 4ZEAA 4Y6MA 1IVQA 3INDA 5AH8A 3HBOA 3T7QA 4OBGA 5P5ZA 1OHRA 3IN3A 1HPSA 5P62A 5OYXA 2B8VA 2PSVA 2VJ9A 3CKPA 1ZPKA 1HSGA 2VKMA 4ACXA 5P7UA 4Z4XA 4CPQA 3S43A 4EHCA 4Y38A 3EXOA 1CPIA 5P3AA 5P7DA 5P82A 5P6OA 2AZBA 5P40A 2EWYA 1M4HA 3PCZA 5P5WA 1LS5A 7HVPA 3LINA 4Y3PA 3VLBA 2JJIA 2R3WA 5P44A 3O9DA 4WTUA 1D4IA 5P7RA 5P2MA 1T7IA 3LIXA 2F8GA 3H5BA 3WSJA 3O9FA 2WL0A 3SM1A 3KDCA 4GJDA 4FAFA 3QBHA 4U8WA 2V0ZC 5P0UA 3UDHA 1HXBA 1BVGA 2AQUA 4DJUA 1A94A 4TRZA 5P2RA 4NJUA 5P1FA 5P8TA 4DJYA 3HAUA 5OYYA 2ZJHA 3OGQA 1APUE 5DQCA 5P4WA 4Y5AA 4RVXA 5P3HA 4H3JA 4RCFA 4U7QA 5P5EA 3AIDA 5OZBA 3BRAA 3SA7A 2ZYEA 5P4NA 4ZSQA 5P6FA 7UPJA 5P02A 5P85A 1BAIA 5IVTA 2I4VA 1PPKE 2B42A 5JG1A 5P17A 5P7YA 3PEPA 4Y4UA 1FMUA 2V12C 3QP0A 1EC3A 1BIMA 4I0FA 3PI5A 5KQFA 4HZTA 5AH6A 5ISKA 5SZ9A 2ZHSA 2HB3A 3APPA 5P8GA 5P5QA 4Y3ZA 5OZEA 5P2ZA 3TPLA 4EWOA 4I0ZA 5P3OA 5P35A 4QJ2A 2OHPA 5P5LA 3CMSA 5ISJA 5P16A 5P7OA 5KR1A 1HIIA 3LNKA 3EC0A 4X2LA 1AM5A 5P48A 4Y3DA 5C9DA 1APWE 5P1ZA 5OZKA 3NDUA 3KDDA 5HDZA 4E43A 5P1JA 3ZKSA 3L5DA 5OYZA 4F76A 1GVUA 5P78A 1TZSA 3QROA 2IS0A 4LXAA 1A9MA 5P7QA 3VUCA 5P54A 3G72A 5P3KA 2RSPA 2QP8A 2F3FA 1GKTA 1PFZA 2QZWA 3IXKA 5P0ZA 2QI4A 4Q1NA 4APEA 5AGZA 3ZKNA 1A8GA 5OZSA 3VFBA 4QJAA 1EBYA 2VIEA 1A8KA 2PK5A 2R5PA 5KQZA 4D85A 5HDXA 3L3AA 2ZHVA 3ER3E 5P3FA 4DJWA 5OZ8A 1UH7A 1DAZC 2ASIA 5P4YA 3TPJA 5BRYA 1PPLE 3GGAA 3NU9A 5P5UA 2QI7A 4RCDA 5P8OA 3SKGA 2ZHUA 1BDRA 5P0WA 1NH0A 3EM4A 1KJFA 5P0NA 4PEPA 5P49A 5P0QA 3O9IA 4LAPA 3B7VA 3KFPA 5P3RA 3L5FA 5OZ3A 5AHBA 1WBKA 3MSLA 3D1ZA 4Y3XA 5OZWA 5P4LA 4Y53A 1RV7A 2QI3A 4R93A 4HE9A 2O4LA 3Q5HA 1SGZA 4ZSMA 4Y4DA 1UPJA 4OBKA 1FLHA 3TOHA 2SAMA 3OUDA 1HVJA 5OZ0A 1QS8A 4YBFA 4B78A 2XFJA 4OBDA 3EKPA 2O4PA 3DK1A 3MWSA 5P5MA 3GI0A 3CYWA 3PMYA 3IXJA 2V00A 5HDUA 2FXDA 5P88A 3UDJA 3VSXA 4I8ZA 3I2LA 5P2EA 1MSNA 1Z1HA 5IVQA 5P8IA 3ZLQA 4CPWA 1D4LA 2P3BA 3OADA 1T6GA 3PGIA 1PPME 1EC0A 2QZXA 3D20A 4LL3A 5P3LA 5B18A 1FF0C 2OHSA 4CPRA 4OD9B 5P79A 5P25A 5F00A 3L38A 3ECGA 1AIDA 5COOA 3URIA 2R9BA 5P7IA 5P69A 1UH9A 5P2SA 3O9GA 3GGUA 5P4JA 1AJXA 1XS7D 3RTHA 3BUFA 5P8FA 1IVPA 1K6VA 2WEZA 3DCRA 5P1GA 1ER8E 5P6QA 3OTSA 5P5DA 3VV7A 1ZJ7A 4GJ9A 4HLAA 5OZMA 1MVPA 4EXHA 2HAHA 1CZIE 3PBDA 4DQCA 5DGWA 5JFUA 3FX5A 4Y5BA 2HPEA 4YDFA 5P7JA 4YD4A 3OQ7A 2PWRA 1B6MA 2B7FA 4KE1A 2HC0A 5KR8A 3QS1A 3UDQA 2PH8A 2R8NA 3PLDA 1LV1A 5P7BA 2FGVA 1HTFA 5P3GA 2VA5A 3LZUA 2HM1A 5P5XA 3BUGA 4Y50A 3K5DA 2VNNA 2I4UA 3S8IA 1EC1A 4RVJA 1DP5A 2I4XA 5UPJA 3BXRA 4OBHA 5AHCA 4Y5LA 3UTLA 5P80A 3VSWA 5P11A 3NDTA 2V16C 3EKVA 4L7HA 5P4SA 3S43B 2AOHA 3KMYA 2QHZA 4FE6A 5P4EA 2FNTA 1HHPA 5P38A 5DPZA 3HLOA 5C9FA 3CIDA 4YHQA 2I4WA 4RGHA 5P1NA 2P8HA 2PC0A 3RTMA 4KUPA 1TSUA 5P1TA 3O9CA 3NWXA 2FNSA 1EPRE 2AZ8A 4FLGA 1APTE 3UFLA 3NSHA 1RQ9A 3SA3A 5OZ1A 1W50A 3GI4A 5P3BA 3WB5A 2HIZA 5P47A 1IZHA 5P1IA 1FQ8A 3K5GA 4J0ZA 3VEUA 4Y43A 5P2GA 4L7GA 5P7ZA 2IGXA 4EP2A 3EMYA 4R95A 5E5JA 4RZ1A 2BPXA 3NUJA 3VF7A 2AZCA 5P3DA 4CMSA 5P8AA 3HW1A 1HPVA 1LYBA 2A1EA 3BVBA 5PEPA 4Y56A 4ZPGA 2ZJNA 2AVOA 4J1CA 1BILA 5P1RA 4Y36A 1OD1A 5AH9A 1VIJA 2VNMA 2OHTA 3GW5A 5TOLA 1EPNE 4XX3A 3I25A 4B1DA 2PH6A 2QHCA 4WY6A 1HOSA 2HS2A 2G1RA 2IGYA 4A4QA 4R8YA 4CPSA 5P2DA 3HAWA 5HE4A 5P7KA 3IVHA 2J9KA 3ZMGA 2P3DA 1T7JA 3RU1A 5DGUA 4AA8A 5P07A 1XN2A 2AVQA 4RVIA 1EPOE 3CIBA 5P29A 1KJGA 4YCTA 4FL8A 3SKFA 4R92A 2G26A 3VF3A 5P66A 5DQ5A 4OBJA 4JP9A 4U7VA 4FSLA 3LIZA 1G6LA 5P2IA 5P4GA 2AOFA 5P75A 3I6OA 5OYRA 3SA4A 1YG9A 3SO9A 3K4VC 3T7PA 4ACUA 4J1KA 2Q15A 5P0VA 1C70A 3OQAA 3C9XA 4F74A 5P36A 5P77A 1XE6A 2PSUA 3KDBA 5P6SA 1GNNA 5OZFA 2ZJJA 5P8JA 4OBZA 1SDVA 2HB4A 2IKUA 5HDVA 5P30A 4RRSA 4Y4TA 1FMXA 1NPVA 3R1GB 2HB2A 2WECA 5P8HA 4Y4BA 5P5CA 1HVLA 2WHHA 5P4QA 5P86A 3F9QA 3SACA 2VJ7A 4GYEA 5P3TA 3IVIA 1T3RA 4YE3A 2ANLA 5P51A 1TCWA 3RVIA 5P6WA 3SA8A 2AOIA 1YT9A 3I8WA 5P0JA 2PYMA 2BB9A 2IRZA 5P0YA 5P1LA 3U6AA 4Y45A 5OZTA 3RTNA 3O9BA 5P6CA 2ZJMA 2G24A 4M8YA 3O9LA 5P06A 1HVHA 1D4YA 4Y37A 5P1UA 3IA9A 1FQ7A 5P1CA 3VG1A 5P6EA 3OUDB 5P3VA 4ER4E 1B11A 4K4QA 5P0CA 4B00A 4BFBA 3OU3A 4B1EA 4QGIA 5DR0A 3GI6A 3SABA 2WJOA 1EBKC 3UDPA 2VIYA 4BEKA 3KA2A 1SIPA 5EZZA 5P73A 5OZ9A 5P7LA 4OC6A 4ZPEA 2P3BB 4YOBA 3OADB 1G2KA 5P3CA 3NDXA 1J71A 4B0QA 3UQRA 3EL0A 3EL5A 1QBTA 1ZLFA 1MESA 4QJ6A 3VFAA 3PI0A 5P2NA 4Y5PA 3SPKA 5OYWA 3JW2A 3UCBA 3OUBA 3OQKA 3PWWA 3QN8A 5HTZA 3PVKA 3VV8A 5EZXA 5P50A 3OQDA 2QU2A 1KZKA 5P8KA 4EJ8A 1ENTE 2UPJA 1BV9A 3PM4A 4FM6A 2V10C 2OHUA 3RSXA 3ZKIA 1W6IA 3EL1A 4HVPA 3LIVA 2QI0A 5P05A 5P19A 3JVYA 4R5NA 4HDBA 4TRYA 5P0PA 4J54A 4Y3QA 3LZSA 1Z8CA 1EEDP 5P4VA 3VYFA 5P5AA 3KFNA 1FG8C 1HTGA 4Y4ZA 2AODA 3KF0A 1K1TA 5SXNA 5DR7A 4Y3NA 4DQBA 3T3CA 3LITA 1E5OE 2AVSA 5OYVA 5P65A 1FQ5A 3WZ6A 1EAGA 4Y4XA 4DQFA 1HVSA 3LIYA 4L6BA 5P64A 5P4ZA 5P7EA 1E80E 4RCEA 3TL9A 4M8XA 5P72A 4I0HA 4Q1WA 4ZPFA 3PWMA 3FIVA 5P83A 5P2YA 5P4BA 4GJCA 4CPUA 2NMYA 4DPIA 1HSHA 3TKGA 1QDMA 2WEDA 5OZJA 5ER2E 1B6PA 3ZKQA 1HSIA 1W5WA 1DPJA 3T7XA 5P2OA 4NJTA 4FRJA 3PHVA 5P3QA 4DQEA 1QRPE 1MSMA 4MC9A 1K1UA 2ZGAA 1G0VA 5P8VA 3WZ7A 3UPJA 2QD7A 2HS1A 1EBWA 2IL2A 2ZJLA 1T7KA 5P2VA 2Q54A 5P03A 3HVGA 5P7VA 3O99A 5P12A 5HE5A 3ZKXA 4Y4AA 2G20A 5P5HA 4CKUA 5P4RA 1T6EX 2O4KA 3DJKA 1E81E 1LYBB 5P84A 4Y3SA 5P63A 4DJQA 1META 5P24A 3S56A 4FM8A 3KT2A 3ZPSA 5COKA 4A6CA 2VIJA 3FNUA 1HEFE 1TCXA 4NKKA 1WKRA 5P1DA 4HA5A 4JOOA 3KM4A 1SH9A 4ZSPA 5FIVA 1XL5A 5P8NA 2JE4A 5P1QA 5P1MA 5P10A 4Y5EA 4EP3A 3NYGA 5KQXA 1HVCA 3R0WA 5P81A 2ER6E 1LF3A 1PSAA 4OBFA 5P1XA 3L5EA 5P7TA 1GVXA 1FQXA 5P2HA 4I0EA 2ZHRA 4IVTA 2FDPA 2G94A 3L58A 4FRIA 1DIFA 3D3TA 2RKFA 3LZVA 5P6TA 2NNKA 5P89A 3K1WA 3APRE 2R38A 5P20A 1EPME 3U7SA 2XYFA 2PK6A 5HCTA 2I4DA 4I11A 3OXVA 1A30A 8HVPA 1HVIA 5P57A 2VA6A 3URJA 3D91A 1HWRA 2FDEA 1LYWA 2WF2A 4J1FA 1SIVA 5P3PA 2QD8A 5OZLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FRS A;  5OZ7 A;  3DUY A;  1ZP8 A;  2ZE1 A;  4L1A B;  5T4S A;  5P7G A;  4JPE A;  5KR2 A;  4H3I A;  1ME6 A;  3QAA A;  4Y47 A;  3OXX A;  4LC7 A;  5P41 A;  4FCO A;  3N3I A;  4DJR A;  4H3G A;  3S85 A;  5P2J A;  5OYQ A;  6FIV A;  4Y3M A;  4CP7 A;  3SA6 A;  2I0A A;  1LEE A;  3KYR A;  4Q1Y A;  2O40 A;  5OZ6 A;  3NXN A;  3ZPT A;  4Y5C A;  3EKT A;  5P4P A;  2I4Q A;  5DQ4 A;  5P39 A;  4Y39 A;  4F73 A;  4K8S A;  5KAO A;  5P4T A;  3KT5 A;  2NXM A;  1Q9P A;  2RMP A;  5OZP A;  4F75 A;  1HXW A;  5P7N A;  3GGV A;  1EC2 A;  3KFR A;  3TTP A;  1ZSR A;  4Y3Y A;  1F34 A;  5P37 A;  4Y3F A;  1B6L A;  5P0D A;  4AMT A;  2CEN A;  5P7S A;  5BWY A;  1NSO A;  4Q1X A;  4DJV A;  3PMU A;  5P28 A;  2OHQ A;  1D4K A;  2UY0 A;  5P3N A;  1YTI A;  2Q5K A;  4DUS A;  1ZPA A;  2VA7 A;  5P0A A;  5P23 A;  5IVS A;  1IDA A;  3L59 A;  1YM4 A;  1MUI A;  1GNM A;  1QBS A;  5OZ5 A;  5P6R A;  5P6U A;  1U8G A;  5P42 A;  5SY3 A;  3PJ6 A;  4D88 A;  4Y3G A;  2ZHT A;  3UDM A;  5P27 A;  5OZR A;  2ER7 E;  1YTH A;  5P53 A;  2XFI A;  2FS4 A;  5P33 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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