4DFGA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease with cyclopentyltetrahydro- furanyl urethanes as p2-ligand, grl-0249a
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substituent effects on P2-cyclopentyltetrahydrofuranyl urethanes: Design, synthesis, and X-ray studies of potent HIV-1 protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dfgA00
3PCWA 3UDHA 5P8VA 5P3IA 5P8UA 3NDTA 4Y3DA 2ZGAA 5P1SA 5P5PA 1K1TA 5P2KA 3S53A 3NDXA 5P5HA 3QRVA 3NSHA 3GI4A 2UXZA 5P3CA 4Y44A 1HRNA 1XE5A 3AIDA 5P49A 1XN3A 5P3NA 1LS5A 1TSUA 6UPJA 4Y3XA 4Y3HA 3OAGA 3KA2A 3NDWA 2AIDA 3CKTA 2BKSA 5P5IA 5P6FA 3ZKSA 4F73A 3UCBA 3CIBA 2G1RA 1FQ5A 1ZAPA 2QP8A 4EP2A 3SAAA 1MESA 2OHMA 3PSGA 4Y3YA 1D4HA 3OXCA 2QMPA 3EKQA 1QDMA 5OYSA 5C9BA 1FFIC 2QI1A 4U7QA 5P6XA 3RSVA 1SDVA 4I12A 5P7FA 4OC6B 2QD8A 3FSMA 4R91A 5P8MA 1BVGA 1D4LA 2G24A 4FSEA 3IVHA 5P07A 1IDBA 5P0WA 2FS4A 4A4QA 4RRSA 4Y3RA 3UDJA 1K2CA 2I4UA 1HIIA 1RPIA 1HVHA 2B42A 2Q11A 2OHNA 2XYFA 2QHCA 5KQYA 5SY3A 4Y4AA 1EBYA 5P39A 1ER8E 5T4SA 2ZJMA 5I3YA 5DR8A 5P1LA 4DJWA 3DK1A 3O9CA 3SPKA 4FAEA 3RTNA 1KJFA 5C9DA 4Y38A 5OZ0A 4Y4EA 1LYAB 1UH9A 3PMYA 4OBGA 1IZDA 5E5JA 4BFBA 2RSPA 4S1GA 4GMIA 1G2KA 1SGUA 5OZWA 3B7VA 4DJUA 5P7SA 5P83A 1W6HA 1YTIA 4KUPA 2QZWA 5P5MA 5OZ4A 3D1YA 5P59A 3KMXA 1MTBA 3GI6A 5P23A 3I2LA 4DJVA 4ZSRA 4I0IA 1ZPKA 3LIVA 1OD1A 5OZIA 5CLMA 5P69A 1AVFA 3S85A 4BFDA 5P0LA 4LC7A 4Y48A 4Y54A 2P3AA 1KJGA 2OHSA 4KE0A 3OQAA 3OU4A 4DJPA 2QU2A 1B5FA 5P11A 1BDRA 3T7XA 3OTSA 4R92A 3VSWA 2QI0A 3GW5A 3KFNA 3D91A 1XS7D 5SY2A 2F8GA 4OBZA 4QJ2A 1BIMA 1EPOE 5HDUA 2WF1A 5P2RA 3HW1A 3K5CA 3N4LA 4Y5PA 3H5BA 3UDQA 1QBTA 3LIYA 5P6VA 3T7QA 5P46A 3VLAA 3DOXA 4I0GA 4L7JA 2I4QA 4XX3A 4Y4BA 3IAWA 4DPFA 5P0VA 5KR8A 3H0BA 1AJVA 3EMYA 1FB7A 2AZ9A 1EPLE 4LXMA 5P7UA 5P54A 3ZKIA 5OZMA 2Q15A 5P5OA 3NUOA 3CYWA 3PB5A 4NKKA 5P4TA 3VYEA 5P27A 5P0XA 2F81A 3OTYA 1RQ9A 1EEDP 4EJLA 1LYBB 3NXEA 1RV7A 1CZIE 5P1VA 2QMDA 2AVMA 5DQCA 2HB3A 5P2MA 2OHTA 4CPQA 4J1IA 5P0EA 1DP5A 4WY1A 2VIEA 1ZBGA 2AOGA 2HIZA 1RNEA 4Y58A 5OZSA 2CENA 4TRZA 1JLDA 5P8NA 4Y53A 3ZPSA 4ZSPA 2BPVA 3O9BA 4K4PA 3R1GB 5P3MA 5P8BA 4M8XA 4RVJA 4Q1YA 5P1IA 4R8YA 5OYVA 4OBKA 5P14A 5P2CA 2G21A 5P7DA 2BBBA 2FNTA 2NMYA 2AOCA 5P1UA 1BAIA 4Y9WA 5P05A 3UDNA 1J71A 5OZFA 1FF0C 3O99A 5OZ7A 1PPKE 4L7HA 5P0ZA 5OYZA 3SM2A 4OBDA 4DUSA 3TPLA 1N49A 1QBSA 3NU5A 2RKFA 5P7VA 5APRE 2IGYA 4EPJA 3D3TA 2O4NA 3VLBA 2R9BA 5P0NA 3PVKA 3ZKQA 2PH8A 5OZ1A 4I1CA 1GKTA 2QHYA 5KOQA 4Y4XA 3PBZA 4B1EA 1FKNA 5P4RA 3TPRA 2I0DA 3DV1A 3LPJA 3NLSA 5P4EA 5P5EA 3EC0A 2QK5A 2P8HA 4LBTA 1YG9A 3FV3A 5P4ZA 3TOFA 2AVOA 4J0ZA 5P6RA 1MTRA 2OF0A 1MT9A 4TRYA 5P3WA 1HVLA 2V13A 5OZGA 3VFBA 4Z50A 5P8RA 4ZPEA 4Q1NA 1SDTA 5P3AA 5J25A 2UPJA 5P6HA 1Q9PA 5P6PA 1SIPA 5P2ZA 4HDPA 2G1SA 3KT5A 3UDKA 2F3FA 1FMBA 5DPZA 5P1KA 5P6AA 5P82A 4X2LA 2R43A 2PC0A 5OZAA 2WF0A 2ER6E 4D88A 4EXHA 5P1TA 2O4PA 1HVIA 3HD8A 2QI4A 5SXNA 5P0GA 5P63A 1W5YA 2VA7A 5P73A 2CEJA 1BILA 4FRSA 5P3EA 5P0UA 3OUAA 5P8FA 5P1EA 1FMUA 5OZBA 3LZVA 1LEEA 3S43A 5P6CA 4DQEA 1TCWA 1UH7A 1K1UA 5KQZA 1HPSA 2PK6A 3VF3A 4Y5CA 5P80A 2P3CA 5P03A 5HDVA 5KR1A 4Y50A 3FX5A 2G69A 4MC1A 1OHRA 1XL2A 3T6IA 5P34A 1AM5A 2G94A 4ZPGA 1ODWA 2O4LA 3ZLQA 2QI3A 4J1EA 2P3DA 5P22A 3FKTA 5P0TA 3UFLA 5SZ9A 4JP9A 1D4KA 1PFZA 5P66A 5P3RA 1YT9A 3LNKA 5TOLA 4Y4UA 3U6AA 2WEBA 1PSOE 4FAFA 5P3QA 1B5FB 4Y4DA 3ZL7A 5P8JA 3N3IA 5P4BA 2QU3A 4PYVA 3UDMA 3QBHA 5P5AA 3OOTA 5AH6A 2FDEA 5OZHA 5P68A 6FIVA 3D1ZA 3OQFA 3L38A 4H1EA 1A9MA 4FLGA 4PEPA 5JODA 3URLA 3UQUA 5P5SA 3SA3A 2IKUA 5P81A 3HLOA 3WZ7A 3NU4A 4CPSA 5P2UA 5P4XA 5P4IA 3JVWA 4QJAA 3QVIA 2VJ7A 3OXVA 5P7ZA 5P7LA 2ZJLA 2WHHA 1LF3A 5P24A 5P7XA 3GGAA 2AZCA 1GVXA 2NNPA 5P0AA 3GI5A 3Q4BA 2VKMA 5P8CA 4HVPA 1HXWA 3R4BA 4A6BA 5P2FA 3TPPA 3I8WA 3NU9A 4EP3A 2XYEA 4CPXA 3BGCA 4Q1WA 3VSXA 3KYRA 1GVUA 1K6VA 1FQ6A 5EZXA 4R5NA 3ZPUA 4TVGA 1TW7A 1BWAA 4YBIA 5P4UA 2HPEA 1YX9A 1SDUA 4B00A 3R0WA 1GVVA 1IVQA 2PWCA 4J0VA 1PROA 3KDDA 5P4OA 3KT2A 4Q5MA 5P5DA 1HWRA 4OBFA 2NR6A 3NR6A 4YA8A 5HD0A 5P58A 3INEA 4FCOA 2PMAA 2A1EA 5P70A 5P2VA 2P4JA 2BJUA 1A30A 3URIA 4BEKA 5I3WA 4R95A 3HZCA 3APPA 5AHAA 2ZJJA 2JE4A 4ZEAA 5JG1A 5HE7A 5P6WA 3GGXA 3INDA 4D89A 2G1YA 4A6CA 1D4YA 1AAQA 5P0MA 1IVPA 2FLEA 2EWYA 3VYFA 1T6GA 5P0JA 2VNMA 5P38A 1W6IA 2I4DA 5AH9A 3F9QA 4N00A 4COEA 4OD9A 4JPEA 3D1XA 2HS2A 5P61A 1BDLA 3OUDA 5P1BA 5P6YA 4B05A 3O9IA 3QVCA 3NYGA 5KQFA 1B11A 5P10A 1RL8A 4DJXA 3PI0A 4GJ8A 5P86A 5P3PA 1KJ7A 3R0YA 2Q54A 4CPUA 1MT8A 2WJOA 4JECA 4OBHA 3NU3A 4RRNA 1MEUA 1GVTA 3IXKA 4D83A 1FEJC 1W51A 5F01A 5P4CA 3I25A 5P4MA 4YCKA 5OZZA 3KM4A 5P7HA 4Y45A 4H3GA 5JFUA 2A4FA 4HEGA 4RCEA 3OQDA 1HVCA 3L59A 5P3JA 3NU6A 3O9EA 3UQXA 2BB9A 3LITA 5P2JA 3TTPA 4MC6A 3BVBA 1LYWA 1SGZA 3G70A 4B1DA 5OZCA 2ASIA 5OYUA 2NXDA 3BUGA 4GYEA 1SMEA 4LXKA 3LIZA 4IVTA 3TL9A 4AZYA 3S56A 3PJ6A 3QRSA 3LPIA 5KR0A 3S43B 1MPPA 5P75A 5I70A 1YM2A 5P47A 3UTLA 3EL0A 1PPLE 1K2BA 3QRMA 5P3GA 3OGPA 3FNTA 5P3DA 3VF5A 3SO9A 3UHLA 2AOJA 4Y3AA 5P8LA 1ZSRA 2G22A 5P4SA 2VA6A 2QMGA 1DIFA 5P57A 4Y6MA 3BC4A 5E5KA 4FE6A 5OZQA 1A94A 2G26A 4EJKA 5P0IA 2VNNA 5ER1E 5P1ZA 5P56A 2IDWA 1LF4A 2AVVA 3SLZA 1M43A 4ZSQA 3UDYA 1EPME 3PLLA 3KN0A 3HAWA 5P74A 5P8GA 5P4VA 4DQGA 2G1NA 5P6DA 3PEPA 2WF4A 5P76A 5P0YA 5P79A 3L5BA 4FS4A 4AUCA 2NPHA 4GZFA 5DQ4A 5P1HA 4MC2A 3RVIA 3SKGA 5P0SA 3OHFA 1D4SA 3G72A 2Q3KA 4QJ7A 1IZHA 1EC2A 3OK9A 5OZEA 5KOSA 3MSLA 3OGQA 4Y3TA 4DI2A 3UQPA 1HVSA 2I0AA 3EL5A 2I4VA 3D20A 4Y56A 3ZKXA 1LF2A 3PWMA 3I6OA 3GGUA 4WTUA 4B77A 1YTHA 4TRWA 4Y3LA 4RVIA 4RROA 3O9LA 2VA5A 3UQWA 2J9KA 4F74A 5DR4A 5DQ2A 4Y4TA 2R3WA 2WEDA 2G1OA 5P45A 5P64A 5P8DA 3L3AA 2QI6A 2BPYA 4AA9A 3MXEA 5P4FA 5ER2E 5IS4A 5P6NA 3CICA 2V12C 5P00A 1IIQA 4DQFA 4LXAA 5P08A 4FL8A 2QMFA 5P1GA 2F3EA 4Y5MA 3S8IA 5P8IA 4Y36A 2WF3A 2P3BB 5OZPA 4ZIPA 4DVFA 1HTFA 3FNUA 4GB2A 3FNSA 2AVQA 5P1YA 2G20A 4DV9A 4QJ9A 2ANLA 5P7OA 4CPRA 1HSGA 5P4GA 3ZKNA 7HVPA 5P2IA 1UH8A 5P8PA 2PH6A 3ER5E 1SH9A 2B8VA 5P17A 3PSUA 5P89A 4J1FA 3KFSA 3O9AA 3EBZA 1BXQA 9HVPA 2QD7A 3G6ZA 5P5GA 4J0YA 5P31A 1FQ8A 1BWBA 3PLDA 3OADB 2ZYEA 3U7SA 2WKZA 2NNKA 2HB2A 1APVE 2ZJKA 3M9FA 5OZYA 2B7ZA 3EM3A 5P1XA 4YD3A 3HVGA 3BXRA 3IN3A 2BQVA 2AOFA 5OZDA 2V0ZC 2HS1A 3IA9A 4HDFA 2AOIA 2HAHA 5OYXA 1DW6C 5OYWA 1HPXA 3LZUA 1EAGA 4M8YA 5P8HA 4EXGA 3CKPA 3DCRA 5HVPA 4J1HA 4L1AA 2QNQA 3O9GA 5IE1A 1FGCC 1EPNE 3ZMGA 1XE6A 3PSYA 4ZLSA 1HTGA 3C9XA 4ACXA 3EKPA 5P0QA 3OAGB 3KMYA 3K5FA 5P0CA 4E43A 1EBZA 2IENA 5P3LA 2V11C 1FG8C 4UPJA 2ZHSA 5P5WA 5P5CA 4GIDA 5P8OA 2XFIA 5ISKA 3LPKA 2ZHTA 3WB4A 3SA5A 1ZP8A 5HDXA 2R8NA 5P5QA 5P7AA 4DJQA 1MUIA 5P7RA 2BKTA 5P7IA 4EJDA 2F80A 1LYWB 1DAZC 3NUJA 3TKGA 4Y5NA 1EBKC 3DJKA 5P65A 3HDKA 4JOOA 4K4QA 3O9FA 1IDAA 1HBVA 3CMSA 1AXAA 5P44A 2ZJNA 1M0BA 2APRA 4DPIA 2MIPA 5P25A 5P8SA 2BPZA 3NDUA 4YD6A 3UQRA 4Y3PA 1HTEA 5AHBA 4XX4A 4I0DA 1C6ZA 3MXDA 5P6EA 1FQ4A 5P0KA 5OZNA 3NWQA 5P78A 4FRKA 1NPWA 4Y3WA 1NPVA 5HU0A 5KQXA 5DR7A 3OUCA 2HB4A 1F7AA 3PCZA 2B8LA 1HPOA 4EYRA 4HDBA 3OUBA 1EC0A 5P4DA 2QCIA 4F76A 4EJ8A 1ZPAA 3ECGA 3EM4A 2I1AA 3RSXA 5P6QA 2OHRA 5AH8A 3WZ8A 1NSOA 5P1QA 5P36A 1C70A 3T11A 5BWYA 1BVEA 3IVIA 5P6TA 4KE1A 5P6UA 4QJ8A 4DH6A 5DGWA 4YE3A 3SQFA 5P2BA 5P1RA 1BV7A 2WF2A 4Y5EA 3SA7A 5HE4A 3LZYA 4B0QA 5P2EA 5P3HA 1BV9A 3K5DA 1B6PA 4LHHA 4CPWA 1XN2A 4U7VA 3OU1A 5P35A 3I7EA 5P1MA 3SA4A 4Y43A 5OZ5A 1HPVA 3OU4B 1F34A 1VIJA 4TVHA 1ODYA 4LAPA 2QZXA 4Y3SA 4YD5A 1APTE 5P32A 3FIVA 4ACUA 1EC3A 4OBZB 2PYNA 4KB9A 5P2QA 1M4HA 5P19A 5P6MA 3RTHA 3GGVA 3QP0A 5P30A 5P48A 3KDBA 5COPA 5P13A 1AIDA 3TH9A 5PEPA 3HBOA 1G35A 5OZLA 1BDQA 4ZPFA 2QNNA 4Y3GA 4Z2ZA 1HIHA 1OEWA 1QS8A 5OZ2A 4I8WA 5EZZA 3OQ7A 4K4RA 1EC1A 5B18A 3T3CA 5P4HA 5DGUA 3OU3A 2OHKA 2Z54A 3EXOA 3VEUA 5KR2A 3K4VA 4H3JA 1EPPE 3A2OA 1K6TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PCW A;  3UDH A;  5P8V A;  5P3I A;  5P8U A;  3NDT A;  4Y3D A;  2ZGA A;  5P1S A;  5P5P A;  1K1T A;  5P2K A;  3S53 A;  3NDX A;  5P5H A;  3QRV A;  3NSH A;  3GI4 A;  2UXZ A;  5P3C A;  4Y44 A;  1HRN A;  1XE5 A;  3AID A;  5P49 A;  1XN3 A;  5P3N A;  1LS5 A;  1TSU A;  6UPJ A;  4Y3X A;  4Y3H A;  3OAG A;  3KA2 A;  3NDW A;  2AID A;  3CKT A;  2BKS A;  5P5I A;  5P6F A;  3ZKS A;  4F73 A;  3UCB A;  3CIB A;  2G1R A;  1FQ5 A;  1ZAP A;  2QP8 A;  4EP2 A;  3SAA A;  1MES A;  2OHM A;  3PSG A;  4Y3Y A;  1D4H A;  3OXC A;  2QMP A;  3EKQ A;  1QDM A;  5OYS A;  5C9B A;  1FFI C;  2QI1 A;  4U7Q A;  5P6X A;  3RSV A;  1SDV A;  4I12 A;  5P7F A;  4OC6 B;  2QD8 A;  3FSM A;  4R91 A;  5P8M A;  1BVG A;  1D4L A;  2G24 A;  4FSE A;  3IVH A;  5P07 A;  1IDB A;  5P0W A;  2FS4 A;  4A4Q A;  4RRS A;  4Y3R A;  3UDJ A;  1K2C A;  2I4U A;  1HII A;  1RPI A;  1HVH A;  2B42 A;  2Q11 A;  2OHN A;  2XYF A;  2QHC A;  5KQY A;  5SY3 A;  4Y4A A;  1EBY A;  5P39 A;  1ER8 E;  5T4S A;  2ZJM A;  5I3Y A;  5DR8 A;  5P1L A;  4DJW A;  3DK1 A;  3O9C A;  3SPK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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