4DFGA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease with cyclopentyltetrahydro- furanyl urethanes as p2-ligand, grl-0249a
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Substituent effects on P2-cyclopentyltetrahydrofuranyl urethanes: Design, synthesis, and X-ray studies of potent HIV-1 protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dfgA00
4OBZB 4RCEA 5P4XA 3OTYA 4I0GA 4QJ8A 1K1UA 2RMPA 1QS8A 4DQEA 3EL9A 5JG1A 2BJUA 3UQRA 1A94A 3HVPA 5P1DA 7HVPA 1DP5A 5P0YA 1E5OE 5P64A 5OZMA 4JPCA 1IZHA 2QZWA 3SA8A 1FQXA 5P4KA 5P10A 3LIQA 2CEMA 4RCDA 1EPRE 4EJKA 3L5BA 5OZ7A 1ME6A 3PSGA 1ENTE 5OYYA 3VFBA 4J17A 3URLA 4R8YA 2I1AA 4LC7A 4YDGA 2RSPA 2CEJA 4Y4GA 3TNEA 2P4JA 3NDWA 2FS4A 4L1AA 4EHCA 1Q9PA 4PHVA 3RSVA 4R91A 5OZ4A 3HAWA 2CENA 1ZTZA 4Y48A 1IZIA 2R3WA 5OZKA 2AZ9A 3VLBA 3D91A 1EC3A 4ACUA 3C9XA 5P27A 4B00A 2F8GA 5P5XA 5P24A 1HTRB 2XYFA 2ZJNA 6FIVA 2G69A 5P5EA 4K9HA 1SGUA 1XDHA 5OZXA 2VJ6A 5P1FA 2QI3A 5P4UA 5P6SA 1B5FA 3TPLA 5DR4A 5P0JA 1C6XA 1GVUA 2FGUA 4OBKA 5P7JA 3VFAA 5P6TA 4F75A 2QI5A 3MSJA 3SM2A 1XL2A 5P3YA 5P31A 3NU5A 5P7NA 5P7GA 5C9FA 2O4SA 5P1GA 4FM8A 5P33A 3PBDA 4M8YA 2BBBA 3MXEA 1YTHA 3Q3TA 4YD6A 2QU2A 1E81E 5P4SA 5P63A 4M8XA 5F00A 4EWOA 4Y45A 1HSHA 5UPJA 1F34A 3IXKA 1BXOA 1C70A 5P52A 1HVLA 1ZJ7A 4CPWA 1HTGA 4RLDA 4J0VA 3IGBA 1YM2A 5APRE 4LP9A 3I6OA 3K4VA 2WKZA 3EC0A 1XL5A 1XN2A 4Y5NA 3K1WA 3NUJA 1LF3A 5JFPA 5ENMA 2ASIA 4YD7A 4DQCA 5OZAA 3FNTA 1EPQE 3NSHA 2ER0E 3CIBA 3O9FA 4NPTA 5P0AA 5P0SA 4DQHA 3EBZA 4B1DA 5P1WA 4CPSA 5JFUA 5OYQA 5P7ZA 4CMSA 5P4YA 4Y3WA 4Y3AA 5P4AA 3EKVA 4I11A 5OZVA 4YHQA 4Y4BA 1HPVA 2V12C 3QS1A 5P8KA 2FXDA 5P2OA 5DPZA 5ER1E 5DQ1A 5P62A 3TOHA 5OZ3A 3UDKA 2P3BB 5P51A 4XX3A 5P0EA 1HVRA 2ZJIA 3QN8A 5SY2A 5OZZA 5P7MA 5P2VA 5P4CA 5P71A 2F3FA 4APRE 5P8EA 5P8MA 4DPFA 3O9EA 5P4NA 5AHAA 4GJCA 2QMFA 1W5YA 2HB2A 5P0HA 3AUPA 2VA7A 1IDBA 2F3EA 4Q1WA 1IBQA 4YBFA 3VEUA 4Y3QA 2AVMA 1BXQA 5HE5A 3EKXA 4D89A 5I70A 5T4SA 5EZXA 1IIQA 2G1YA 1ZSRA 2VJ9A 2XFIA 4YOAA 4Y44A 4Y51A 2BKSA 5P5TA 1HVIA 1GVVA 2RKGA 4QJ6A 5P8GA 3S54A 5P7KA 1B6LA 2NXDA 3PHVA 4QLHA 4F73A 2ZHUA 3EL5A 5P5MA 5P86A 3INFA 3NR6A 3UQUA 1T6GA 2V10C 4Y39A 5KQZA 2OHMA 5P70A 5P41A 1SH9A 2O4KA 5P2GA 3I25A 1CPIA 3KFSA 3LZVA 3NXNA 1MVPA 3OQDA 5HVPA 5P5GA 2ZHVA 1LYWA 5P7VA 5B18A 1LEEA 4Z22A 5P7QA 5P6PA 3SKFA 2NR6A 2VNMA 3UDHA 4EPJA 5P0BA 3KMXA 5P6NA 5SXNA 5OZFA 5P2RA 4Y3HA 5P1AA 3NU9A 3OADA 5P5DA 4DJUA 3LITA 5HCOA 1BVGA 4ZPGA 5AHBA 4GMIA 8HVPA 1LYBB 2QHYA 1IZDA 5KR1A 4OC6B 1ZAPA 4Y4WA 1MTBA 2G24A 2NTRA 4Y4UA 2AQUA 1KZKA 3IVIA 5P1PA 3HBOA 5P6KA 5P87A 3UDMA 4KB9A 2WF4A 4LXAA 5P0FA 3WZ6A 1EPLE 3EL1A 2AZBA 5P2DA 2Q54A 5OYWA 4Q1XA 5P2MA 4OD9A 2P83A 2PK5A 4Y3RA 2ZDZA 4Y4DA 1HIVA 4KE1A 5P6GA 1YM4A 2QU3A 4J55A 5P5VA 5P37A 1APUE 5OZ2A 1MIQA 3BVAA 4NPUA 1AXAA 3OXWA 4OBDA 4Y37A 4BFBA 3NDUA 3QBHA 5P8VA 3O9HA 4EP3A 2OHPA 4QJ9A 3OXXA 4ZPFA 5P3TA 2IKUA 5COOA 3IXOA 4J1CA 3SA9A 1TSUA 4Y3DA 4GJ6A 1XS7D 5AH8A 2FIVA 4B1CA 3ZPUA 1YT9A 3OXVA 3SA6A 4N00A 4Y5CA 1MT9A 3D1XA 2I4QA 4I0ZA 5OZPA 2PYNA 2AOIA 3GI0A 5P7LA 1FF0C 3UQPA 3G70A 4FSEA 4DVFA 5P2EA 4TRWA 1MRXA 3CKPA 5OYXA 5P4RA 4WY6A 3VV7A 2AOCA 5C9BA 4U7VA 5P46A 4CPXA 3OOZA 4Y5AA 3BXRA 5P0RA 4EXGA 3VYFA 1MSMA 1YTIA 4IVTA 5BRYA 3BUFA 4DFGA 3BRAA 1B6PA 5P3NA 4FAEA 3DUYA 4OBJA 4ER4E 5P3QA 1SDTA 5P3ZA 2J9JA 4RVJA 3S8IA 2WEBA 3OOTA 4MC1A 4GB2A 5DR1A 3EKYA 4ACXA 4EYRA 1ODXA 2QI0A 1AJXA 2PH6A 2QI1A 5P0ZA 5P01A 2VS2A 3O99A 2R9BA 5P5AA 4X2LA 4EJDA 3FNUA 4CPQA 3NU4A 4DJOA 1PSAA 5COPA 2FDEA 4F74A 3T7QA 5OZLA 5P1XA 1EPPE 1LYAB 5P16A 5P2IA 3L38A 3R2FA 4NJUA 2OHNA 4J0TA 3HW1A 5KR8A 3PCZA 3IXJA 1EPOE 5P7FA 3LHGA 2HM1A 1W5VA 1Z1HA 2I4WA 1AVFA 4QJ7A 3APPA 1KJGA 4Y3MA 1BV9A 5P3LA 2P8HA 3OAGA 4Y4AA 5P1RA 5P7SA 5P2FA 5P1YA 2Q5KA 3VYEA 3O9AA 5P44A 2JXRA 3BGCA 5P29A 4I0HA 3PSYA 2OF0A 3DM6A 1FKNA 2VIJA 3O9LA 4DQBA 5P0CA 4R95A 4Y5EA 5P2AA 3NUOA 1HVKA 5JODA 2UY0A 3JVWA 1IDAA 3EM3A 4EQJA 3QRMA 5DR3A 3SM1A 1MT7A 3U7SA 5P4OA 4QGIA 3EM4A 2R5QA 5P3SA 5P6FA 4XKXA 3PMUA 5P25A 3UHLA 2QAKA 4YA8A 5P61A 5P2LA 3SA4A 3Q6YA 2NNPA 4Y43A 5P2WA 4I8WA 4NKKA 2Q63A 5P1HA 3L5DA 5KOQA 1QBRA 1CMSA 2AOJA 3NU3A 1AAQA 4I12A 2R38A 4DQGA 3G72A 4RROA 4AUCA 5P2QA 5P8HA 5P6ZA 3U6AA 3R0YA 1A8GA 1T7IA 3LPIA 3ST5A 2JE4A 4ZPEA 4AZYA 1G2KA 5P8DA 5P45A 5SY3A 5OZUA 1W50A 4Y3YA 5P13A 5P56A 3GI5A 2ER7E 2HS2A 3OU4A 5KR0A 5P6IA 2AOGA 5P7XA 1UH8A 2O4LA 1BDLA 2XFJA 3EKWA 3IAWA 1LZQA 5P5FA 3UFLA 4Y3NA 3PI5A 1XE5A 5IE1A 4K4QA 5I3VA 3INHA 5P07A 4TRZA 5FIVA 5DR0A 5P8SA 4Y5PA 2ZJKA 3B7VA 5P5CA 1T7KA 2PQZA 2V16C 3UDYA 5P5UA 3CMSA 4YD3A 2QI4A 5OZRA 2G26A 5P5QA 5P4EA 3URIA 1KJFA 1ODWA 5P3VA 3NXEA 4OD9B 1EPNE 1BBSA 5P7EA 2Z4OA 2VIEA 4B77A 4FGXA 1ZPKA 3H5BA 4Y35A 1FFIC 3EKTA 1K2CA 2WEDA 3NLSA 5HTZA 2G27A 4EXHA 1IVQA 5OZHA 2QHZA 3GGAA 3OUDB 2Q55A 1U8GA 4DJWA 1B6KA 4HDFA 3ZL7A 2QZKA 4Y41A 2VIYA 2WF0A 4HVPA 1PSOE 1BDQA 5P0UA 4J1IA 3CKTA 4GJ5A 2VJ7A 3QROA 3LIVA 5OZGA 1D4YA 5P3RA 4DJYA 3KFNA 1A8KA 5P0MA 3PI0A 5P1ZA 4ZSPA 3PCWA 3ZKSA 3BXSA 2NPHA 4B72A 3PLDA 3QIHA 4Y3JA 4DJXA 2FXEA 1DMPA 5P4HA 2IS0A 3OU3A 4Y4TA 5P5PA 3TOFA 1HVJA 1KJHA 2HC0A 1ZBGA 4CKUA 2QMGA 1ZP8A 1JLDA 4A4QA 3KFPA 5P4JA 2A1EA 2QMDA 5P1NA 1BIMA 4JOOA 3TKGA 3OHFA 1ZLFA 4Y56A 4RYGA 2WECA 2HPEA 5P55A 3IN3A 2ZGAA 2ZHRA 4QJ2A 4YE3A 2OHTA 3VSXA 5IVRA 2FMBA 5P6YA 3ZKXA 5OZTA 5P53A 3OQAA 1APTE 4FCOA 4DUSA 5P0WA 3TOGA 4Q1YA 2BB9A 5P08A 2F80A 5OZJA 1EC1A 4ZEAA 2PK6A 5DGWA 3TTPA 1FGCC 1MUIA 5P3IA 2IGXA 2G20A 4Y38A 1HVCA 5P19A 1MEUA 3S56A 2NXLA 5PEPA 1FQ7A 5I3XA 3SFCA 5P0IA 5P0QA 1HIHA 4GJ7A 3HVGA 3ZKNA 1A30A 3KM4A 3KDBA 4GIDA 1W51A 1G35A 5P3JA 1D4SA 5ISJA 1WBKA 1M43A 3Q70A 4B1EA 5P74A 5SZ9A 4ZIPA 1VIKA 1K6PA 4Y5KA 1FQ8A 1MERA 1SDVA 2AVOA 1HEGE 5HDZA 3HD8A 5OZWA 5P6EA 1GKTA 5KR2A 3OGPA 1YTGA 1EAGA 5P47A 5IVQA 5P5YA 1K2BA 3MSKA 1SBGA 4ER2E 4WTUA 4H3FA 3K5GA 3URJA 5P48A 5P5LA 2I4VA 4MC9A 5P7YA 5P8PA 3OAGB 5P5HA 5J25A 4CPTA 4APEA 2ZE1A 5P6RA 3VF5A 2HPFA 4I0IA 3RSXA 2P3AA 2OHUA 2HIZA 4L7HA 5P1SA 5P40A 2PSUA 5P78A 4Y3SA 5P76A 3EM6A 5P65A 3S43B 3BVBA 5OZOA 2VNNA 4FRSA 5P84A 3Q5HA 5P17A 5P03A 1VIJA 2V00A 2JJIA 1TSQA 4HA5A 3ZLQA 2OHKA 2PSGA 3L3AA 4ZSRA 4D83A 1EEDP 5HE7A 5AH7A 2HS1A 3EKQA 4EQ0A 3FKTA 3FNSA 4GJ8A 1NPWA 4OBGA 5P18A 4Y36A 1OD1A 2H6TA 1HBVA 5P3FA 1MESA 6APRE 5P6DA 3KF0A 5P35A 1QBUA 3T11A 6UPJA 5P0GA 4R5NA 5P4TA 5OYUA 2Q3KA 3QAAA 3SQFA 4YD4A 5P12A 3F9QA 3T7PA 2VKMA 4CP7A 3LZSA 2ZJHA 3LZYA 1TCWA 3OU4B 1BILA 1HTFA 3WSJA 3IVHA 4CPRA 3GW5A 2PYMA 5P4DA 1W6HA 4JECA 5P7BA 1K6TA 3O9IA 1HOSA 4Y54A 4Y50A 3S85A 3VUCA 1OEWA 3RTHA 5P3GA 5P6WA 5P0TA 2G1NA 5P0LA 5P4BA 4PZWA 3CKRA 2FDPA 1C6YA 2AOFA 2WHHA 1T3RA 4L1AB 2PWRA 5P7AA 2F3KA 5ENKA 2BPVA 4AMTA 3O9BA 3R0WA 1T7JA 3UDNA 3SACA 1TZSA 3ZKQA 5P3HA 3WB4A 1EBZA 4DV9A 4DJPA 4Y4ZA 4EP2A 2PMAA 5P43A 3QI1A 5P1JA 3VCMA 3ER3E 4Y5BA 1NPAA 5P6AA 4TRYA 5P42A 3DCRA 3ER5E 5OYVA 5P3CA 1B5FB 1BVEA 4ZE6A 3M9FA 4COEA 4H3JA 1NPVA 2ZHTA 5AHCA 4Y3EA 7UPJA 2IRZA 3FX5A 2I4XA 3D20A 3EL0A 5P5BA 1LF4A 5P67A 3RVIA 3MSLA 5P15A 4A6BA 4JPEA 3LINA 1DAZC 3VG1A 5P3WA 4DH6A 2NXMA 4GJDA 3H0BA 4XXSA 3DCKA 5P4WA 5IS4A 3DJKA 1FB7A 5OZDA 5DQ2A 4XX4A 5P5ZA 3ZOVA 4I0FA 5P26A 5P8TA 2VA5A 4DQFA 4WY1A 1AZ5A 1KJ7A 1HPXA 1SMRA 4LAPA 5P50A 3PM4A 4Y3FA 3WZ7A 4LXMA 5P2YA 1W5WA 3LPJA 3LNKA 4UPJA 3QP0A 3BHEA 1PROA 4PZXA 1WBMA 4MC6A 5AGZA 3AIDA 4FM7A 5P3DA 3VYDA 2G1RA 1FQ6A 4EJ8A 3UPJA 4QJAA 3HAUA 5I3WA 3PB5A 2F81A 1M0BA 5P77A 2P3BA 5KOSA 4RZ1A 3MWSA 3UTLA 1PPKE 5AH9A 3PJ6A 2BKTA 5P3KA 3RU1A 3SA5A 3HLOA 1W5XA 3G6ZA 1OHRA 3SKGA 4NJVA 3QVIA 4R93A 1D4LA 5KQXA 1QRPE 5P4LA 2IL2A 3OUAA 1HVSA 3BUGA 1YTJA 3BUHA 3L58A 5P4QA 5P5WA 4FIVA 2B7ZA 1HVHA 5BWYA 3MXDA 2QI7A 1DIFA 2IQGA 1HIIA 5DGUA 4FE6A 1MTRA 2QMPA 5P1IA 5P4MA 4DJVA 5P5JA 4B70A 2BPXA 4RRSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OBZ B;  4RCE A;  5P4X A;  3OTY A;  4I0G A;  4QJ8 A;  1K1U A;  2RMP A;  1QS8 A;  4DQE A;  3EL9 A;  5JG1 A;  2BJU A;  3UQR A;  1A94 A;  3HVP A;  5P1D A;  7HVP A;  1DP5 A;  5P0Y A;  1E5O E;  5P64 A;  5OZM A;  4JPC A;  1IZH A;  2QZW A;  3SA8 A;  1FQX A;  5P4K A;  5P10 A;  3LIQ A;  2CEM A;  4RCD A;  1EPR E;  4EJK A;  3L5B A;  5OZ7 A;  1ME6 A;  3PSG A;  1ENT E;  5OYY A;  3VFB A;  4J17 A;  3URL A;  4R8Y A;  2I1A A;  4LC7 A;  4YDG A;  2RSP A;  2CEJ A;  4Y4G A;  3TNE A;  2P4J A;  3NDW A;  2FS4 A;  4L1A A;  4EHC A;  1Q9P A;  4PHV A;  3RSV A;  4R91 A;  5OZ4 A;  3HAW A;  2CEN A;  1ZTZ A;  4Y48 A;  1IZI A;  2R3W A;  5OZK A;  2AZ9 A;  3VLB A;  3D91 A;  1EC3 A;  4ACU A;  3C9X A;  5P27 A;  4B00 A;  2F8G A;  5P5X A;  5P24 A;  1HTR B;  2XYF A;  2ZJN A;  6FIV A;  2G69 A;  5P5E A;  4K9H A;  1SGU A;  1XDH A;  5OZX A;  2VJ6 A;  5P1F A;  2QI3 A;  5P4U A;  5P6S A;  1B5F A;  3TPL A;  5DR4 A;  5P0J A;  1C6X A;  1GVU A;  2FGU A;  4OBK A;  5P7J A;  3VFA A;  5P6T A;  4F75 A;  2QI5 A;  3MSJ A;  3SM2 A;  1XL2 A;  5P3Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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