4DI2A

Crystal structure of bace1 in complex with hydroxyethylamine inhibitor 37
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
391
structure length
375
Chain Sequence
KKGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Design and synthesis of potent, orally efficacious hydroxyethylamine derived beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme (BACE1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 375
sequence length 391
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4di2A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4di2A02
6APRE 2FDDA 3WB5A 3L3AA 3OXCA 5PEPA 5P4KA 3NR6A 5P11A 1K6CA 4GYEA 5OZEA 4RCFA 3CKPA 2ZHVA 3PCZA 5P2CA 4OD9B 1SIVA 5TOLA 4EJDA 5P8QA 1SMRA 2O4SA 4OC6B 5P43A 5P3EA 2AODA 3SM2A 1FMXA 3BVBA 3N4LA 3UQPA 2ZJKA 2AOEA 2NR6A 4EQ0A 5P5SA 3SPKA 5P2NA 4Y4WA 2RENA 4EJKA 2Q11A 3GI5A 5P4UA 4U7QA 5OZ4A 3ZKNA 1TQFA 2G24A 2B7ZA 1M4HA 4KUPA 1IBQA 5P3HA 4YDFA 3HD8A 5P0FA 5P37A 5P7JA 5BRYA 3EXOA 5F00A 3UHLA 3EL0A 5KOQA 4FIVA 5P2AA 3LPKA 1G2KA 4PYVA 5P7YA 2PK5A 1QRPE 3KM4A 3KMXA 4R91A 4DQEA 4Y5KA 3D91A 2HM1A 5DR1A 4OC6A 4Y51A 2O40A 3ER5E 4I12A 1GVUA 2QK5A 5P2KA 5P5XA 4QJ6A 1B5FB 3O9LB 1HSIA 2Q15A 4OBGA 5P58A 2IEOA 3LZYA 3QN8A 1KJ4A 1C70A 3HVPA 1ZJ7A 2AVMA 4RROA 5BWYA 5P6XA 4FAFA 5P6RA 1GNMA 3KFNA 1AJXA 2VNMA 3ZPUA 2F3KA 3S53A 5HDZA 1MRWA 5P0QA 1HHPA 4NJVA 1NPAA 2AIDA 5P4IA 4Y50A 5SY3A 5P6OA 2FMBA 4Q5MA 2B8VA 4D85A 4EJ8A 5P44A 1E5OE 2P83A 4FCOA 5ENKA 3O9LA 5P06A 3NWQA 5AHAA 4PHVA 4ZIPA 1LYBB 3CYWA 3D1YA 3BGBA 1D4YA 3PBDA 5I3VA 1D4JA 1APWE 4RCEA 5HDXA 5P27A 2Q55A 4F76A 3CIBA 3KDCA 2ZJLA 3MSJA 1ZPAA 1W6IA 1JLDA 3LIYA 1J71A 3VYFA 5P87A 1B6JA 1B6LA 4Y3ZA 2VIJA 1EPOE 5P73A 2WF3A 2BJUA 4RCDA 5P3LA 5AH9A 1FLHA 3R0WA 3NXNA 1ZSFA 2WEZA 3MSLA 4OBHA 2OHSA 2V11C 3PCWA 5P5VA 2HPFA 1SGZA 3T3CA 1KJ7A 3DJKA 3LZVA 3L5EA 5P72A 4Y4EA 4I8WA 5P1NA 4HEGA 3S8IA 2AOGA 5P02A 4EWOA 1RQ9A 5P1FA 8HVPA 2UPJA 1B6PA 2G21A 4QJ2A 4WY1A 1LYAB 4DJXA 3OQKA 4AA8A 1ZTZA 3RTHA 5P4WA 3CICA 4FRJA 3T7PA 5C9FA 1ZLFA 5P1LA 2I4VA 2ZJHA 2OHKA 1FFIC 5P5YA 1NH0A 5P7RA 2QI6A 3SM1A 1PFZA 5P6BA 5P36A 5HU0A 5P05A 4XKXA 2FDEA 1NPWA 5HDUA 5P1JA 2AQUA 1T7IA 2P3BB 3ZKIA 2QCIA 3FV3A 3UTLA 3AIDA 2I4UA 2OHPA 5P8BA 5P6YA 2P8HA 1IZEA 1F34A 5P0UA 1WKRA 5P79A 4I0JA 1BDLA 4JECA 4CPWA 4L1AB 4J0YA 4Y4ZA 1ODWA 5HE7A 5P14A 3DOXA 3D1ZA 3UDYA 1GNOA 3TKWA 3EL5A 1MT7A 1SMEA 2G1OA 4FL8A 1K1UA 3VFBA 1FQ4A 2BPZA 5P8PA 3TOGA 5P4AA 4H1EA 3ZOVA 1BWAA 2QMFA 5P0TA 1IZDA 4ZSMA 4I1CA 2I4DA 5P5DA 5P0LA 3PWMA 1F7AA 4Y5EA 4HDBA 5P4NA 4ZPGA 2F3EA 4GJDA 5P8MA 4Y6MA 4QGIA 5OZSA 1HVSA 3O9EA 4JP9A 2HB3A 4FRIA 5P74A 4Y4UA 3LITA 4LL3A 1EPME 5ENMA 4FM8A 4FS4A 5DR0A 3UDHA 5P7OA 4DV9A 4NJUA 5OYVA 5I3WA 1HVHA 5P4JA 1BDRA 5P5ZA 4H3GA 1EPRE 3UDPA 2CENA 4Y3RA 5T4SA 5P5MA 3VF5A 3KN0A 3TNEA 4B70A 3L5FA 3CKRA 5P6CA 9HVPA 5OZUA 4B1CA 1CZIE 4Y3JA 4Z4XA 4TVHA 5AHBA 3EM6A 2UXZA 1PPLE 5P0SA 3ZPTA 5P0WA 1VIJA 5P54A 3AUPA 3OY4A 3PSYA 4HDFA 4PPHA 2IKOA 5P8VA 5E5KA 5P2HA 1SP5A 5P29A 3KDDA 2HPEA 5P63A 1M0BA 2AOCA 3OOTA 3FIVA 3INFA 1PSAA 2PWCA 2R9BA 3IN3A 3DV5A 2PSUA 5OZ5A 1TCWA 4Y3FA 2QI5A 4FLGA 3NDWA 1LYWA 5P6JA 5P60A 2QMDA 2WEBA 4EJLA 2ER9E 2VA6A 1EPQE 3FNTA 5P4BA 4WY6A 1EC0A 1GVWA 2QI1A 5P6WA 3OGQA 3FX5A 5P78A 5OZMA 4Y44A 3OU3A 5P5QA 5P67A 1BVEA 5P7BA 5P80A 1GNNA 1G6LA 5P2QA 3O9HA 3T11A 2BPXA 3DCRA 2UY0A 4Y48A 2AOJA 3URLA 2AVQA 5P40A 2RKFA 3IN4A 5IS4A 4Y5PA 3UFLA 5OZQA 4Q1WA 1SDTA 2J9JA 2BQVA 3CMSA 5EZZA 4Z22A 2QZWA 4YDGA 4YE3A 5P2IA 1AXAA 4Y3DA 1OHRA 3GGAA 2QD8A 5P30A 5P7QA 4B0QA 4HDPA 2R38A 2IKUA 2VIZA 3OQ7A 5P51A 4B72A 1MT9A 1E80E 3O9DA 2HC0A 5P69A 2ZJJA 3IA9A 1A8KA 4DQBA 4DH6A 5P7ZA 2SAMA 5P6DA 1GVVA 1FIVA 1A8GA 3I25A 5P39A 4Y4JA 4XX4A 4Y3SA 5P4TA 1C6ZA 5B18A 2ER7E 4KE0A 5P1WA 2BPYA 2ZHSA 4HVPA 3QRSA 5P00A 4YOAA 4XX3A 2OHMA 3ZKSA 5P8IA 5P8NA 3SA6A 3PM4A 5P19A 3RSXA 4J0PA 3OADA 5P6GA 1TCXA 5OZVA 3BUGA 4Y39A 1IVPA 2O4KA 1HEGE 5OZKA 3BRAA 4I0ZA 2HB2A 4D89A 5P08A 4HA5A 1EPPE 3VV7A 5P1EA 3INEA 5P6UA 2XFJA 5KOSA 1DMPA 2JXRA 5P3QA 5P8TA 2WKZA 2VJ9A 2ZJMA 2Q54A 5P23A 4R8YA 5OZ7A 5KQZA 3K5FA 4GJ7A 5P2UA 3OHFA 4F73A 5P4GA 5P4PA 3K5GA 5P5OA 5P8DA 1EC1A 4FRKA 1ZPKA 5P13A 4J1KA 5P2SA 5P3FA 5JODA 1SBGA 5P4EA 1XE5A 1FEJC 3OXWA 3OOZA 1HTGA 1D4LA 1LF4A 5P8OA 5P8EA 3UPJA 3LIZA 3EM4A 2VKMA 5I3YA 1MIQA 5OYWA 4B78A 3NUJA 5P7WA 1TSQA 2ANLA 5P03A 1FFFC 5P1RA 5P3KA 4LXKA 4DI2A 4Y3QA 5P28A 5P8SA 4Y54A 3PSGA 1EBWA 3UQXA 4N00A 2AZ9A 4APEA 5OZOA 5P2JA 5P3OA 5OZ0A 5DQCA 2WECA 3NU4A 3H5BA 5P4HA 3EKQA 4FSLA 2P3DA 5P2VA 4Y3LA 4H3JA 4LBTA 2B42A 4Y58A 3S43A 4OBZA 5P6MA 4BFDA 4Y3WA 1META 5P76A 2JJIA 5P62A 3PJ6A 5P3CA 1RNEA 1MRXA 2QNQA 4DQFA 5P24A 5P5UA 1BDQA 3BXSA 5OZYA 5P5LA 4YCYA 2R5QA 3O9FA 2QNNA 1YTJA 2Q63A 3N3IA 4LP9A 5KR1A 1KJFA 3OXVA 5P2MA 5P0ZA 4Y37A 3T6IA 5P1IA 1EC2A 1BXOA 1EPNE 1B6KA 3OU1B 4Y3NA 5C9BA 1HVKA 1MUIA 2O4LA 2AVOA 3EM3A 4R5NA 3UQWA 1CPIA 2WEAA 5P81A 2QI4A 2XYEA 2PYNA 1HEFE 3TPPA 4DUSA 1DIFA 2Q5KA 5P0PA 5P55A 1YM2A 3OTYA 3NSHA 1ODXA 4B00A 5P0XA 1RPIA 3G6ZA 4DJOA 2I4XA 5P2ZA 2B60A 4CPXA 1MTRA 5COKA 5IVTA 2AVSA 4J0VA 5P5PA 4PEPA 1XE6A 1W5WA 3SA4A 2JYSA 3EKYA 3B80A 3O99A 5P20A 3FSMA 3JW2A 5P4QA 3EL9A 3IXKA 1GKTA 5P7EA 4AUCA 2ZE1A 4NPTA 2V00A 2G20A 2WF1A 5P0OA 3OU1A 1TSUA 1QDMA 4J55A 3OUCA 5P3RA 1VIKA 2PK6A 1LS5A 5P7CA 5P5WA 5P2TA 3HVGA 4I0HA 1FG6C 1GVTA 2AOIA 5P7GA 1T6EX 3GGVA 3Q70A 1HVJA 1YX9A 4U8WA 3I7EA 1LV1A 1SH9A 5P57A 4ZSPA 3TKGA 4CP7A 1TW7A 1MEUA 1PPKE 3INDA 3ZLQA 2NMYA 2ZYEA 5DR7A 5P1QA 2Z54A 1E81E 3PHVA 5P0IA 4YHQA 5KQXA 5KAOA 2XFKA 5P3MA 1BV9A 2JJJA 2QZXA 4ZSQA 3S85A 5P3UA 4J1EA 2CEMA 4A4QA 5P6IA 2I1AA 3OUDA 2BPWA 2IL2A 4MC6A 3ZPSA 3BXRA 4D83A 2Q64A 4Y3AA 4YD5A 3RSVA 5P34A 4D8CA 2QHCA 4ZSRA 5OZFA 5P1OA 2R8NA 2ZJIA 2V12C 4RYCA 2HS1A 5P64A 3NWXA 4FSEA 4GMIA 5OZRA 5P53A 1K6TA 3NXEA 5COPA 2V16C 1XN2A 2NPHA 2BKTA 4CKUA 1N49A 4DPIA 3SAAA 4KE1A 1MESA 3NU3A 5P56A 3PI5A 3K4VC 3TTPA 4QLHA 3CIDA 3EKWA 4ER2E 3OAGA 3CKTA 3QVIA 1D4SA 1FQ8A 2IDWA 3HDKA 2R43A 5AH8A 5OYRA 4OBFA 4OBJA 1HPVA 2R5PA 2IENA 1K6VA 2FGVA 1K6PA 2OHTA 4E43A 5P7HA 2WJOA 5P66A 1T3RA 3SFCA 3SQFA 5P2EA 5P7KA 5SXNA 1AVFA 5HE4A 1TZSA 3UCBA 5P0MA 2BBBA 4Y57A 5P25A 3PWWA 4ACUA 5P2DA 4QJ7A 3UFNA 1AIDA 1QS8A 4H3IA 3L59A 4FAEA 1BBSA 3OQFA 3OXXA 3TPRA 5P7SA 5P77A 3IAWA 4UPJA 3EBZA 5P4XA 3FNUA 3MXDA 1SDUA 5P47A 2F80A 3TH9A 4I11A 4NKKA 1HPOA 4Y3HA 2G94A 2OHLA 1C6XA 1DP5A 4MC1A 5P4YA 1PSNA 2I4WA 5P7LA 2B7FA 5P4OA 4YBIA 5AH7A 1QBSA 4KB9A 3Q6YA 5P1PA 5DR4A 4B1EA 1E82E 5P4VA 4OBDA 3U71A 3K1WA 5P7MA 3VUCA 5P0YA 4Y9WA 3VSWA 3Q3TA 5I70A 2G22A 3M9FA 3VEUA 5P3PA 5P0NA 2ER0E 1CMSA 3S54A 1SGUA 1KJHA 4RLDA 1EBZA 3KDBA 1W5VA 3TOFA 1EBKC 2AOFA 5OZHA 3GI0A 3KMYA 5P2WA 5P3VA 5P5NA 1FGCC 2F81A 5P16A 1Z1RA 1FMUA 4WTUA 4Y45A 4BFBA 2AVVA 4AZYA 3HAWA 1LYWB 3SACA 1K2BA 1PROA 2G1NA 4YD3A 3PI0A 4H3FA 4YOBA 1MVPA 5P2YA 4FE6A 1AAQA 1BV7A 1APVE 3IXJA 5ISKA 1DAZC 1BILA 4AMTA 1IZIA 2QU2A 5P4RA 3GGUA 3K5CA 3L5DA 3JVYA 5P1ZA 5P1BA 5P89A 5P10A 5P31A 3LIXA 1UPJA 1FQ5A 3BVAA 3OU4A 1MPPA 4K4RA 5IVRA 2HB4A 2OF0A 4X7IA 1YT9A 4Y5AA 3HBOA 3QBFA 2QZLA 4GJ6A 5SZ9A 1FG8C 5P32A 3KT2A 5KQYA 4Y3EA 2J9JB 4Y3GA 5DQ1A 1HIVA 3DK1A 1FQXA 5P1TA 5IE1A 3BUFA 4RVJA 3IXOA 3L38A 5OZIA 3APPA 5HDVA 2V0ZC 2BKSA 5P5CA 2HAHA 4Y3XA 4GJCA 5P45A 2QI7A 1HSHA 4EHCA 3L58A 5P86A 3WB4A 1FQ7A 4I0GA 4COEA 1FQ6A 5P6EA 2RSPA 5HCTA 3TL9A 5P6TA 4JPEA 4FGXA 1MSMA 2NNKA 2ASIA 3QS1A 2QHZA 3VG1A 4CPSA 2OHUA 5P3YA 1T6GA 1AM5A 5P5BA 3BGCA 2VA5A 1A9MA 3EKXA 5HVPA 1SDVA 1AJVA 3G72A 3APRE 4L7HA 2NXMA 3NUOA 4ER4E 5P46A 5P8AA 3LZUA 2PYMA 5DGUA 1LF3A 4Z2ZA 3OADB 3QRMA 5CLMA 2H6TA 2VIEA 2HIZA 2FGUA 5IVSA 2NMZA 1W5YA 2F3FA 5OYTA 2ZJNA 4F74A 2QI0A 2QNPA 1ENTE 4BEKA 1IDAA 3NYGA 3WZ8A 1U8GA 4Y5LA 3OWNA 5P0CA 4QJ9A 5OZGA 3EL1A 3UDNA 4Q1YA 4M8YA 5HCOA 4Y53A 5P8GA 4J1HA 5P38A 5P6QA 5OZ8A 3KFRA 3I2LA 1PPME 2AZ8A 4Y3TA 3KYRA 3SA5A 1C6YA 3SA9A 5DPZA 2IGXA 1ODYA 4YCKA 5AH6A 1EBYA 4LXMA 4DJVA 3UDQA 4JOOA 4X2LA 5OZXA 5P2LA 3ZKGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 6APR E;  2FDD A;  3WB5 A;  3L3A A;  3OXC A;  5PEP A;  5P4K A;  3NR6 A;  5P11 A;  1K6C A;  4GYE A;  5OZE A;  4RCF A;  3CKP A;  2ZHV A;  3PCZ A;  5P2C A;  4OD9 B;  1SIV A;  5TOL A;  4EJD A;  5P8Q A;  1SMR A;  2O4S A;  4OC6 B;  5P43 A;  5P3E A;  2AOD A;  3SM2 A;  1FMX A;  3BVB A;  3N4L A;  3UQP A;  2ZJK A;  2AOE A;  2NR6 A;  4EQ0 A;  5P5S A;  3SPK A;  5P2N A;  4Y4W A;  2REN A;  4EJK A;  2Q11 A;  3GI5 A;  5P4U A;  4U7Q A;  5OZ4 A;  3ZKN A;  1TQF A;  2G24 A;  2B7Z A;  1M4H A;  4KUP A;  1IBQ A;  5P3H A;  4YDF A;  3HD8 A;  5P0F A;  5P37 A;  5P7J A;  5BRY A;  3EXO A;  5F00 A;  3UHL A;  3EL0 A;  5KOQ A;  4FIV A;  5P2A A;  3LPK A;  1G2K A;  4PYV A;  5P7Y A;  2PK5 A;  1QRP E;  3KM4 A;  3KMX A;  4R91 A;  4DQE A;  4Y5K A;  3D91 A;  2HM1 A;  5DR1 A;  4OC6 A;  4Y51 A;  2O40 A;  3ER5 E;  4I12 A;  1GVU A;  2QK5 A;  5P2K A;  5P5X A;  4QJ6 A;  1B5F B;  3O9L B;  1HSI A;  2Q15 A;  4OBG A;  5P58 A;  2IEO A;  3LZY A;  3QN8 A;  1KJ4 A;  1C70 A;  3HVP A;  1ZJ7 A;  2AVM A;  4RRO A;  5BWY A;  5P6X A;  4FAF A;  5P6R A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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