4DI2A

Crystal structure of bace1 in complex with hydroxyethylamine inhibitor 37
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
391
structure length
375
Chain Sequence
KKGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Design and synthesis of potent, orally efficacious hydroxyethylamine derived beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme (BACE1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 375
sequence length 391
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4di2A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4di2A02
3L5FA 5P66A 1SGUA 2FNTA 3IXKA 5HD0A 3QN8A 3LIQA 1RV7A 2PWCA 1MSMA 4RYGA 1MERA 3ZOVA 5P44A 4YDFA 1JLDA 4COEA 2ZYEA 1FQ5A 3KDBA 5OZTA 3HVPA 2Q63A 1K6PA 1YG9A 1G2KA 1E81E 4EJLA 3BC4A 4LAPA 4I8WA 5P6YA 1CPIA 3BUFA 2QZLA 4FM8A 2OHLA 7UPJA 1YTGA 3SA6A 5P0ZA 5P8FA 1MUIA 5P83A 3NU9A 1EPQE 4Y9WA 3OQKA 1AZ5A 4CPQA 5HU0A 1LYBB 1GNOA 3O9GA 3ECGA 2O4NA 2VJ9A 4PZWA 4B70A 1HBVA 3I2LA 1GNNA 4NJSA 4Y3ZA 2NMZA 3LIVA 1XN3A 2HIZA 5P4TA 1K2CA 4HA5A 2UPJA 1NSOA 5P67A 3LIXA 5P4AA 5P38A 5P10A 4ZE6A 4BFBA 5P30A 1EPLE 5P13A 5P1MA 1MTBA 3INHA 5P6BA 1PSOE 3HDKA 4NKKA 5P81A 4OBHA 1GVUA 2P83A 3UTLA 5P4IA 3OU1A 4RGHA 3BUHA 2OHPA 3OUAA 1D4SA 5P79A 5OZRA 4EWOA 5P35A 2HPFA 5P7WA 4Y3XA 1PFZA 4EQ0A 4QJ9A 4QGIA 4Y41A 5P7IA 3RTNA 5DR4A 5OYQA 2VKMA 5P0UA 1D4HA 4DJPA 1XS7D 5P8IA 2WF4A 5P02A 5HCTA 2QMPA 4LP9A 3NWXA 5HU1A 3D1YA 1DMPA 5AH7A 1ZPKA 1W5XA 2V13A 3O99A 3NXNA 5P5LA 4X2LA 1WKRA 3UDQA 4F75A 5P52A 4Y3LA 2R5PA 4DPIA 2XFJA 4HE9A 2ZHSA 2F3KA 5E5KA 3VFBA 4BELA 5P8SA 2PQZA 2FXEA 2WL0A 3UCBA 1B6KA 2QU2A 5DR8A 5P0WA 3BXSA 1SDUA 5OZWA 2BBBA 2O4PA 3IXOA 3O9LA 5HE4A 5P4YA 4Y4TA 5IE1A 1YT9A 1D4LA 2VA7A 2SAMA 3TKWA 3DCKA 4Y4AA 5P5JA 4CPWA 4B00A 1NPVA 4ZIPA 5HE5A 4J1HA 2QI4A 5OZ6A 1IZDA 2R3TA 1D4IA 4NJUA 3FNTA 2AODA 5P78A 5ISJA 5HDXA 2O4KA 5P6UA 1KJ7A 4LC7A 3R0WA 2I1AA 5AHBA 4ZPGA 1MESA 4XKXA 5P5SA 4J1KA 3VF7A 2AVMA 4AMTA 5KQYA 1MPPA 3QVCA 2IKUA 2HB3A 5KR1A 2QHCA 2NPHA 1KJGA 3TPLA 2G24A 4GIDA 5P5EA 3R4BA 5I3YA 5P1GA 2RKGA 4Y4DA 3S7LA 4YDGA 4YHQA 3UDNA 5AH8A 2JJJA 3NR6A 4Y56A 2AOGA 4R95A 1W6HA 5P8HA 5OYRA 2HB4A 3CMSA 5P74A 3O9CA 5P6WA 5IVQA 3QI1A 1QBRA 4L7HA 5C9DA 5P7RA 3CICA 4Y51A 2OHNA 5P6NA 4Z50A 3FKTA 4AZYA 5OYSA 3S54A 1AIDA 3OU4A 2HS2A 1UH9A 5P55A 5C9FA 4Y4XA 3S8IA 4GMIA 5P4OA 1FFIC 3QRSA 4B72A 2ZJKA 1APUE 5CLMA 5KQFA 5P31A 3CKRA 5DQ4A 5P5MA 5UPJA 3SQFA 3NU4A 2QD6A 1A30A 3EL0A 3VLBA 5P5RA 1W5WA 2WF1A 5OZJA 4ZPFA 5KR2A 5P84A 4OD9A 2H6SA 3EM6A 1LV1A 3DJKA 2P3BB 4XX3A 5P8NA 3VEUA 3ZKSA 2FDDA 3K5FA 2AOCA 5F01A 1HTGA 3LPJA 2QI0A 4NJTA 5P26A 5P4JA 2G1SA 1DAZC 1MEUA 1FQ4A 4ZEAA 3UFNA 5OZMA 5P41A 1EAGA 1FMUA 3FIVA 2QU3A 3NDXA 2VA6A 1MT7A 3QAAA 3TKGA 4ER4E 4B78A 5P5PA 1VIKA 4Y37A 5P4EA 3S45A 2IRZA 4Y3GA 1FQ6A 4Y3EA 3OADA 5JFPA 3TL9A 5AH9A 5P62A 4Y3NA 4J0PA 4Y5AA 5P0BA 1KZKA 4Y4EA 5P2TA 5OZ5A 1HVHA 3PCZA 2IL2A 3B80A 5TOLA 4Y5MA 1LYWA 2QNQA 1A94A 4DQBA 1ZBGA 5P6XA 4EHCA 3TPRA 5DQ1A 1ZSFA 3MXEA 5DR0A 1TW7A 2HC0A 4OBJA 5P1DA 3TLHA 1YM2A 4A4QA 3VUCA 5COOA 3OGQA 4RZ1A 5OYXA 4Y3HA 1HEGE 4Y5BA 3KM4A 3EKVA 1HPOA 5P4SA 3QP0A 5P8KA 4YD7A 1MSNA 3N4LA 5AGZA 3LIZA 5P2AA 5P3JA 5P7ZA 5P85A 5P0DA 5P5AA 2PK5A 1HTFA 1FG8C 4FCOA 4LXAA 5P1XA 3EM3A 5CONA 3OHFA 5P7SA 4RCDA 4YD3A 5P4ZA 1M43A 5P5YA 5P3UA 4Y3AA 5P0LA 5P3VA 4Y38A 3N3IA 2FGVA 1E82E 5OZHA 5P1QA 4Y47A 5SXNA 2BKTA 5P6EA 5P3AA 3WB4A 1NPWA 5P7NA 4ZSMA 3IN4A 5P8EA 5P5DA 2ZJMA 3Q70A 2ZHVA 3VFAA 2G1OA 4JPEA 3O9EA 4GZFA 5P4QA 2R3WA 3VSWA 3EKYA 2JXRA 3APPA 3HBOA 5BWYA 1DIFA 4F74A 3BHEA 1HIHA 5P3RA 5P15A 4Y3WA 5P3HA 1HIIA 1TSQA 3OTSA 5P2BA 5P86A 3EC0A 5T4SA 5P6JA 2Q64A 2VA5A 2WF2A 1SDVA 3HAWA 2PSGA 5SZ9A 2I4DA 5P0AA 2V00A 5P56A 5P4VA 4CKUA 5P0MA 1EPME 5P6RA 3S53A 3T7XA 5P7AA 3I8WA 5P63A 3UQPA 2RKFA 3BXRA 5P1EA 2O40A 1GNMA 3LZYA 4OBZB 6UPJA 1T6EX 4I0ZA 8HVPA 1BDRA 4JPCA 4LXMA 4RRSA 4OBFA 4I0DA 1HHPA 3NU6A 2QNPA 5P6FA 1AXAA 3UDYA 5P7DA 4DVFA 2PYNA 4OBDA 5P1KA 3LPIA 2Q3KA 3DM6A 5JFUA 3KMXA 5P5KA 5P5FA 3D20A 5P4FA 3WZ6A 2ER0E 4Q1XA 4B05A 3PSYA 3PI5A 2QZWA 4DFGA 3G70A 3OXXA 4LXKA 5P39A 2Z54A 5P64A 2NXDA 3IGBA 5P6IA 4RROA 4A6CA 9HVPA 3Q4BA 4I0GA 3OUCA 1SMRA 2BPZA 4GJ5A 1EPNE 1G0VA 1OHRA 1CMSA 5P2EA 1A8GA 4YBIA 1APTE 4PPHA 3EKWA 5P43A 2A1EA 5KAOA 3PVKA 1IZEA 2HM1A 5P04A 5P05A 2QK5A 5JG1A 3O9IA 1W5VA 5P7TA 3IVIA 4DI2A 5OZEA 3PHVA 4FRKA 5P8QA 1U8GA 4Y4GA 2OHQA 3LZUA 1HPSA 4AA8A 2Z4OA 1OEXA 5P03A 3RTHA 5P8MA 3HZCA 2IGXA 3QIHA 3R2FA 5P32A 5P4XA 5P06A 5P8CA 3EL5A 2V10C 5P2KA 3L59A 3LNKA 3GGUA 3SA3A 5P1BA 1BDLA 2AOEA 3GGXA 3OU1B 2I4WA 2PWRA 2R5QA 5APRE 1GVXA 5OZVA 5P47A 5P77A 5P8UA 1HSGA 1HXBA 2QMFA 5P3TA 5P33A 3TOGA 4DQCA 3IA9A 5P58A 2WEBA 1W50A 4FL8A 3L5DA 4FM7A 4J17A 7HVPA 1W6IA 5P0HA 1LF3A 5P4MA 5P50A 1LZQA 5ENMA 2Q54A 2HB2A 5AHAA 2HAHA 4QJ7A 5KQXA 3HW1A 1HIVA 1DW6C 3MXDA 4Z2ZA 3PEPA 5P54A 4ZSQA 5P6CA 4KE1A 4M8YA 3KT2A 1BDQA 2IS0A 3DV1A 3S7MA 5B18A 5P1TA 1MT8A 5P69A 4E43A 5P1CA 3G72A 4J1IA 3O9LB 5P3IA 3QBFA 5P3ZA 2A4FA 4Y5EA 3EKXA 2V0ZC 4Y58A 4N00A 4ZSPA 1Q9PA 3UF3A 1XE5A 4DQEA 4NJVA 1ER8E 2QD8A 3VYDA 2ZGAA 1EC2A 5P45A 5P2GA 4HZTA 5AHCA 1Z1HA 3OOZA 1ODYA 5P11A 4M8XA 4Y3JA 5P6HA 3ZKNA 2BJUA 5P2WA 2CENA 2ZDZA 2OAHA 1NPAA 5SY3A 1NH0A 3SLZA 5OZDA 4F73A 4Y3MA 4FM6A 5P53A 2QMDA 5P09A 2I0DA 3ZMGA 5DQ5A 2BPYA 1YTIA 5P3BA 2EWYA 4YD4A 1WBMA 1YTJA 3KN0A 1CZIE 2CEMA 1EBZA 2WF0A 5OZZA 3IXJA 1T7IA 5OZSA 4J5JA 3EXOA 3OOTA 2QHZA 4NPUA 1TCXA 3EMYA 3T3CA 3WZ8A 1HSIA 1B6PA 1EPPE 4EJ8A 1EEDP 2QMGA 4D89A 4FRIA 1PROA 5P7MA 3VSXA 2JJIA 3BRAA 5DR3A 5P3KA 2OHRA 5P7GA 1FB7A 4Y4BA 5P6TA 5P5OA 5P4GA 3OU4B 2WECA 4Y3SA 4EQJA 4EPJA 4GJ8A 3DCRA 3SA8A 4EXGA 5P6OA 4K4RA 4B0QA 2ZJLA 4J1CA 5P3QA 3PM4A 5P6SA 4PEPA 3SFCA 3TTPA 2WJOA 3LIYA 2Q11A 2I4XA 4K4PA 1EBYA 1TQFA 3OHHA 4YA8A 2I4UA 4I12A 1B5FA 4Y3DA 5P0RA 2PSVA 3NDTA 3S85A 2IGYA 1K2BA 5OZAA 3PWWA 2AVVA 5P71A 1ZTZA 4J0TA 4OD9B 1FQ7A 4MC2A 5P18A 5P3XA 5P1HA 5OZBA 1HXWA 3PGIA 5P0JA 3URLA 5P0TA 4DQGA 5P5NA 3ZKMA 4RRNA 2WEAA 1QBUA 3BGBA 4FSLA 4PHVA 2BPWA 2O4LA 5KOSA 5P7YA 5P0OA 2ZJIA 3PMYA 3S43A 1SBGA 1IBQA 3A2OA 4J55A 2WKZA 5P1VA 1ENTE 2OHUA 2XFIA 5P57A 3ST5A 3OUBA 1B11A 1B6JA 5OYVA 5P1RA 5P0CA 3UDPA 1XL2A 3NUOA 2PYMA 1DP5A 2OHSA 4DQFA 2CEJA 3KT5A 4GJBA 5DQCA 1HTRB 4Y57A 3OADB 5P8PA 5P2XA 3PJ6A 3OQFA 4GJ6A 1OEWA 1OD1A 2MIPA 5OYWA 2AIDA 5P0SA 2FS4A 2J9JA 4Y5NA 4Y4WA 1SP5A 4J54A 4RVJA 4DJOA 3QVIA 3KDCA 5I3XA 1FG6C 1LYWB 3OXCA 5P8TA 3SABA 2QCIA 3AIDA 3VYFA 5HVPA 2G69A 3ZPSA 5HDUA 5P1OA 2G21A 3FSMA 2IDWA 3IVHA 3O9HA 2AVOA 2QNNA 3BGCA 5P6GA 3OAGA 5P7XA 4EXHA 4KB9A 1SDTA 2UY0A 2VIYA 3VG1A 1HPXA 3S2OA 4FIVA 5P4UA 1FQ8A 5P70A 3DV5A 5P7EA 2R8NA 4CMSA 1HVLA 3NYGA 3EL4A 4JP9A 5P6AA 5P2RA 2G26A 3PBZA 3RU1A 1HVRA 4LBTA 4S1GA 4Y5LA 2AVQA 1YTHA 3UPJA 1GVWA 1RQ9A 2PK6A 1KJHA 1BAIA 5P6LA 5P4HA 1SH9A 3U7SA 3GI4A 4ACXA 3KFRA 1W5YA 3AUPA 3SKFA 4Y36A 3I6OA 2BPVA 1FFFC 1XN2A 5P12A 3SM1A 3ZLQA 2IEOA 3VF3A 3PSUA 2XFKA 1LYAB 5P2YA 2QI3A 4Y39A 4L1AA 5P0VA 1QBTA 4U8WA 4DJUA 3SPKA 1FLHA 1AJVA 2VIEA 3M9FA 5P5IA 4YE3A 3Q6YA 4YD6A 4MC1A 3H0BA 3NUJA 5P4KA 4CPSA 1AAQA 1IZHA 2VIZA 4DUSA 3H5BA 4CPXA 5P2HA 1T6GA 3FNSA 4CPUA 2IENA 3OXWA 2QI6A 4QJ8A 1FMBA 4H3FA 3BUGA 3INFA 4Y48A 1BVEA 2PH8A 1T3RA 5P23A 4GJCA 5P51A 2APRA 4L7JA 5P5BA 3OWNA 4UPJA 5P7QA 5OZKA 5P34A 1W51A 5P8AA 4A6BA 3EM4A 3KFSA 4EJDA 5OZGA 3K5DA 5P37A 2IKOA 5HE7A 4D88A 5P2LA 3T11A 1ODXA 4K8SA 1K6TA 3MSKA 3QPJA 3TNEA 3HLOA 3WSJA 3GI0A 4ZSRA 5P4CA 4MC9A 2QZKA 4Y5CA 5P49A 2HS1A 5P46A 4J1FA 5P8JA 1FEJC 3VV7A 1GKTA 5P5XA 5OYZA 5P7KA 5P1YA 4I0IA 1HWRA 5OYUA 3OK9A 3TOHA 1D4JA 3QRVA 2I4QA 2QHYA 3JW2A 3GGVA 2ANLA 4Q1YA 5P75A 1RPIA 2B7ZA 3EKTA 4KUPA 5P5VA 1Z1RA 4Y4ZA 3OTYA 5P6ZA 3QBHA 5P3DA 1EBKC 4J0YA 5OZ3A 5P2OA 4ER2E 5OZYA 1BVGA 1SMEA 4QJ2A 4YD5A 5E5JA 5P8BA 5P2DA 2RENA 4WTUA 5HCOA 1VIJA 4L7GA 3KMYA 5P22A 2AOHA 3L3AA 5P1FA 3Q5HA 2I4VA 1HVIA 2ER9E 1TZSA 5HDVA 4EP3A 5P0YA 3U71A 3HD8A 2H6TA 5P36A 3DK1A 2VJ6A 4I11A 4XX4A 2JE4A 3K5CA 3UDRA 2WHHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3L5F A;  5P66 A;  1SGU A;  2FNT A;  3IXK A;  5HD0 A;  3QN8 A;  3LIQ A;  1RV7 A;  2PWC A;  1MSM A;  4RYG A;  1MER A;  3ZOV A;  5P44 A;  4YDF A;  1JLD A;  4COE A;  2ZYE A;  1FQ5 A;  3KDB A;  5OZT A;  3HVP A;  2Q63 A;  1K6P A;  1YG9 A;  1G2K A;  1E81 E;  4EJL A;  3BC4 A;  4LAP A;  4I8W A;  5P6Y A;  1CPI A;  3BUF A;  2QZL A;  4FM8 A;  2OHL A;  7UPJ A;  1YTG A;  3SA6 A;  5P0Z A;  5P8F A;  1MUI A;  5P83 A;  3NU9 A;  1EPQ E;  4Y9W A;  3OQK A;  1AZ5 A;  4CPQ A;  5HU0 A;  1LYB B;  1GNO A;  3O9G A;  3ECG A;  2O4N A;  2VJ9 A;  4PZW A;  4B70 A;  1HBV A;  3I2L A;  1GNN A;  4NJS A;  4Y3Z A;  2NMZ A;  3LIV A;  1XN3 A;  2HIZ A;  5P4T A;  1K2C A;  4HA5 A;  2UPJ A;  1NSO A;  5P67 A;  3LIX A;  5P4A A;  5P38 A;  5P10 A;  4ZE6 A;  4BFB A;  5P30 A;  1EPL E;  5P13 A;  5P1M A;  1MTB A;  3INH A;  5P6B A;  1PSO E;  3HDK A;  4NKK A;  5P81 A;  4OBH A;  1GVU A;  2P83 A;  3UTL A;  5P4I A;  3OU1 A;  4RGH A;  3BUH A;  2OHP A;  3OUA A;  1D4S A;  5P79 A;  5OZR A;  4EWO A;  5P35 A;  2HPF A;  5P7W A;  4Y3X A;  1PFZ A;  4EQ0 A; 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 1KJG A;  3TPL A;  2G24 A;  4GID A;  5P5E A;  3R4B A;  5I3Y A;  5P1G A;  2RKG A;  4Y4D A;  3S7L A;  4YDG A;  4YHQ A;  3UDN A;  5AH8 A;  2JJJ A;  3NR6 A;  4Y56 A;  2AOG A;  4R95 A;  1W6H A;  5P8H A;  5OYR A;  2HB4 A;  3CMS A;  5P74 A;  3O9C A;  5P6W A;  5IVQ A;  3QI1 A;  1QBR A;  4L7H A;  5C9D A;  5P7R A;  3CIC A;  4Y51 A;  2OHN A;  5P6N A;  4Z50 A;  3FKT A;  4AZY A;  5OYS A;  3S54 A;  1AID A;  3OU4 A;  2HS2 A;  1UH9 A;  5P55 A;  5C9F A;  4Y4X A;  3S8I A;  4GMI A;  5P4O A;  1FFI C;  3QRS A;  4B72 A;  2ZJK A;  1APU E;  5CLM A;  5KQF A;  5P31 A;  3CKR A;  5DQ4 A;  5P5M A;  5UPJ A;  3SQF A;  3NU4 A;  2QD6 A;  1A30 A;  3EL0 A;  3VLB A;  5P5R A;  1W5W A;  2WF1 A;  5OZJ A;  4ZPF A;  5KR2 A;  5P84 A;  4OD9 A;  2H6S A;  3EM6 A;  1LV1 A;  3DJK A;  2P3B B;  4XX3 A;  5P8N A;  3VEU A;  3ZKS A;  2FDD A;  3K5F A;  2AOC A;  5F01 A;  1HTG A;  3LPJ A;  2QI0 A;  4NJT A;  5P26 A;  5P4J A;  2G1S A;  1DAZ C;  1MEU A;  1FQ4 A;  4ZEA A;  3UFN A;  5OZM A;  5P41 A;  1EAG A;  1FMU A;  3FIV A;  2QU3 A;  3NDX A;  2VA6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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