4DI2A

Crystal structure of bace1 in complex with hydroxyethylamine inhibitor 37
Total Genus 100

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
391
structure length
375
Chain Sequence
KKGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title Design and synthesis of potent, orally efficacious hydroxyethylamine derived beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme (BACE1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 100
structure length 375
sequence length 391
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4di2A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4di2A02
4IVSA 2FGUA 4YD6A 4B78A 1E80E 3OHHA 5P6PA 2VNMA 5P4RA 1T7IA 4RVIA 4DI2A 5CONA 1MT7A 4PZXA 4EP3A 5P0SA 1HPXA 2O40A 5P4AA 3T6IA 5I70A 3INFA 4HZTA 4LBTA 5P5RA 5P0MA 5P2AA 1EEDP 5P2QA 4TRWA 4XX4A 1XL5A 5ENMA 5HTZA 2FNTA 1KJHA 5P49A 2ZHVA 4I0FA 2EWYA 1NPWA 2NMYA 5P3YA 1DMPA 1FMBA 3NUJA 2G21A 1OD1A 1Z1HA 4EXGA 1HHPA 2F81A 2FDEA 3CKRA 4B05A 2ER7E 5P22A 1SDTA 5P27A 3SO9A 4MC2A 4K9HA 1MVPA 3NDUA 1FMUA 5P4MA 4EQJA 2SAMA 3BUGA 5P5IA 3INDA 4Y3EA 4Z50A 1ZP8A 4YA8A 3EL0A 4APRE 4YD4A 4Y41A 5P6OA 3GI6A 1FFIC 1T6GA 5P4JA 3SPKA 1A8KA 3AIDA 5AHBA 4YCTA 4YDGA 4A4QA 4ER1E 4FM7A 1LYWA 5AH6A 3OTSA 4JECA 3ZKNA 2G1RA 4D8CA 3G72A 4Y5CA 3FIVA 3OAGA 1MIQA 2QHYA 3SFCA 3LINA 2H6SA 5P2IA 2H6TA 3WB4A 1XN3A 2V00A 1G2KA 3QAAA 1PPME 4E43A 4Y3QA 1C6XA 5P51A 3T7QA 2AOCA 5P6MA 3PRSA 2IEOA 1EPRE 5DQ1A 5P3XA 2F3EA 1CZIE 5P30A 3QBHA 4GJ5A 2VKMA 5P4YA 5P75A 3KFSA 3N3IA 1XDHA 5P66A 1MUIA 2R5QA 3O9LB 1WBMA 5P0BA 1HVCA 2B8VA 4U7QA 3DV1A 5P20A 2NMZA 3RU1A 2HPEA 5HDUA 2AVOA 3GI0A 4YD3A 4GB2A 3GI4A 5P0GA 3OXXA 1EC3A 2PMAA 5OYZA 5P8BA 1FB7A 3BHEA 4I12A 4XKXA 2OHSA 3WZ8A 4DQEA 4Y3XA 5P8DA 1W5XA 1B5FA 1PROA 4DV9A 5P29A 4DPFA 5OYXA 3WB5A 5P3ZA 1D4HA 3Q3TA 5P33A 5KOQA 3IAWA 3NU4A 2ZJNA 5JFPA 5P1JA 3T3CA 2ER0E 5JG1A 5P8RA 4PEPA 4J0YA 2WF3A 1LF3A 4H3FA 5P73A 1D4JA 4H3GA 2R9BA 4Y3FA 1BXQA 2HB2A 5E5JA 5P61A 2AZBA 5P6XA 5P7PA 2VS2A 4B70A 2AOFA 5C9DA 2ZJMA 5P1EA 1AXAA 3URJA 2BPXA 3I8WA 1KZKA 2FXEA 5P6NA 4GJCA 2QZLA 5P0DA 4Y4UA 3URLA 5DQ4A 1ZSFA 4EHCA 4I11A 1W51A 5P6HA 4CPQA 3OK9A 2BPVA 3SM2A 5P1GA 5AGZA 1IIQA 4ZSPA 1FQ5A 5P6IA 5P2KA 1BIMA 2V0ZC 1HSGA 3PB5A 3FX5A 4ZIPA 4F73A 5P5BA 5P8VA 2NNPA 1MRXA 5P8PA 1FQ4A 4Y3RA 5P62A 3QBFA 5P03A 3LPKA 5P07A 5P88A 5P1DA 1IDBA 3ER5E 5P83A 3BUFA 3OUCA 3L5BA 5IVSA 3DM6A 4Y5AA 2VJ7A 3O9LA 3QIHA 4Y36A 3K5CA 3H0BA 3SABA 5SXNA 5P70A 5P54A 3CICA 3GGUA 4RROA 5KQYA 2QP8A 2V16C 3PMYA 3OTYA 4YHQA 1GNNA 3NU9A 4DJXA 3UDHA 5OYRA 3LZYA 1HIIA 3PSGA 5P5TA 3OGQA 4Y35A 1NPVA 5HDXA 4B1CA 3OU1B 2ZHSA 3CYWA 3L59A 4L7JA 4ZSRA 3UHLA 3PWMA 3ZMGA 5P42A 1FF0C 4FSLA 2O4KA 5P6TA 3H5BA 4D89A 2WEAA 4CMSA 4A6CA 5P6BA 5P00A 1G35A 2B42A 1K6VA 3LNKA 5KR0A 3EKTA 5P4XA 3NDXA 4BEKA 4NKKA 5BWYA 3M9FA 3PBZA 3PLLA 5P8SA 3VV8A 5IVTA 2IGXA 3OADA 4OBHA 5P1RA 4OD9A 3TPPA 2OHUA 5P4DA 3UPJA 1BV7A 1MEUA 4Q1WA 5OZXA 5P84A 4J1HA 5P40A 3PM4A 3S85A 5P57A 2RSPA 1ZJ7A 3L5CA 4QJAA 1YG9A 4Z2ZA 1MTBA 4F75A 4GYEA 5DQ2A 1GVXA 5P32A 1KJ4A 3K4VC 1HPSA 2Z54A 5P0XA 4RYGA 4DQCA 3R2FA 5P2XA 5P6YA 3UDMA 1LV1A 5OZMA 1HVIA 5P58A 3TH9A 5P7NA 3B7VA 5P55A 4I0DA 2F3KA 3CKTA 4K4QA 3OUAA 4BELA 1XE5A 5P0OA 3VUCA 4IVTA 2O4NA 2AOHA 5P72A 2G27A 1ENTE 9HVPA 3NXEA 2NR6A 5P4WA 5P46A 3O9DA 3ZKMA 4I10A 1BAIA 3HAUA 5HDVA 1ZPAA 5P67A 3LHGA 5P0UA 1KJ7A 2AVVA 2FDPA 3EBZA 5P6GA 4AMTA 2NNKA 5P7LA 5P6JA 4Y3LA 4H3IA 5HE4A 5DR1A 5P1WA 3EKWA 3NDTA 4EJKA 2PC0A 4APEA 5OZOA 3QRMA 5P7QA 5OZ6A 5P1PA 5P2GA 1K6PA 5P4LA 4YE3A 3G6ZA 1G0VA 3RSVA 4Y9WA 2BBBA 3QPJA 2XYFA 3R0YA 4EYRA 4Y5KA 4CPUA 1IZEA 3GGVA 2O4SA 2AVMA 5P7IA 4ER4E 4EXHA 2WJOA 5DGWA 2IS0A 5OZ2A 5P0RA 5P0CA 5OYSA 3TNEA 5KR1A 2QMGA 1D4LA 2BPZA 3KDBA 3UFNA 3UDPA 3SA3A 5P0EA 2G20A 5P8CA 5P1IA 4J55A 4NJUA 1DAZC 3PMUA 5P45A 4MC6A 2G94A 2P3BB 5P0TA 3EKXA 5P78A 5P8KA 3NU6A 3UDQA 1B6PA 2J9JB 5OZQA 2ER6E 3EC0A 2P83A 3EL4A 5P6KA 3SA4A 4GJAA 4X7IA 5KAOA 5P3PA 5P3SA 1AAQA 2QI3A 5P37A 1FIVA 3ZKQA 3F9QA 5OZYA 4CKUA 5P5XA 3ECGA 3RTHA 3FSMA 1YTHA 5P8HA 3I2LA 4FS4A 4GJ7A 4DQHA 2QI6A 5P47A 3IXKA 2B8LA 1PSNA 5OZ7A 5P56A 4R91A 4FCOA 1M4HA 3C9XA 5P89A 4DUSA 1HTGA 5P3JA 5EZZA 1NSOA 3MSLA 4Y45A 1W50A 1HEGE 2QMPA 5P2MA 5P87A 1K1TA 5OZTA 3NYGA 2QI0A 4RCDA 5P3WA 2QAKA 2AVSA 3D1YA 4ZEAA 6FIVA 1TSQA 4Y43A 4Y5BA 4ER2E 2VNNA 2QI4A 4L7GA 5P63A 2P3DA 4LAPA 1EPME 3I25A 4H1EA 5P4EA 1HPOA 5P76A 3BGBA 4FRJA 4ZE6A 5HU1A 2QK5A 5JFUA 4EJLA 3LPJA 1W6IA 1WKRA 5P34A 4Y58A 2WEBA 1SDVA 2P3CA 1RNEA 2PH8A 1K2BA 1Z8CA 5OZAA 3PGIA 4Y4WA 4GZFA 1SIVA 1ODXA 5P7HA 2AVQA 3UFLA 5P39A 4Y50A 1DIFA 5P5EA 4I1CA 5P6EA 2Q54A 3N4LA 2O4PA 3DOXA 4CPWA 4GJ6A 2B60A 1EC2A 3UDJA 4ACXA 4RLDA 5OZ0A 2BKTA 2G1OA 3DUYA 3OQDA 3VLAA 3S2OA 2J9JA 5P3RA 2UPJA 5OZBA 5HE7A 5P2HA 3EXOA 2HC0A 4DJPA 2BB9A 4D83A 5I3XA 5T4SA 5OZGA 5P6DA 5P69A 3S8IA 3FNUA 3QVIA 5P59A 5P28A 5P6ZA 3L58A 4YOAA 1GNOA 5P5YA 2FDDA 4DJUA 4J1CA 5P0YA 2QZWA 4GJ9A 2OHKA 3O99A 1PSAA 2G1YA 3WZ7A 5P3AA 4Y4EA 1BVEA 3TPRA 1ODWA 4J5JA 5B18A 4WY6A 3OQKA 5P1QA 4OBZA 5P36A 3JVYA 5HCOA 5P0IA 5P1FA 1BDQA 3ST5A 3HDKA 1HVSA 4Y4JA 5P3KA 3JVWA 4Y37A 1ZSRA 5P05A 4J1KA 3ZKXA 4M8XA 1YX9A 4FRSA 5OZHA 2A1EA 4NJSA 4LC7A 5P2NA 5P6CA 1RQ9A 3K5GA 4J1EA 5P3VA 4RVJA 3SACA 1K1UA 5OZ1A 1B6KA 3OOZA 4QJ6A 4RYCA 5SZ9A 1LF4A 3QROA 4FAEA 2HS2A 1HVLA 5P81A 3TOHA 4YBFA 4L7HA 5OZ4A 1GVTA 5OZ3A 3IGBA 5P3IA 3ZPSA 1EC0A 2NTRA 1APTE 5P10A 5P5VA 5DPZA 1LYBA 2V13A 5P5NA 1DW6C 3O9EA 4EWOA 1MRWA 3HLOA 4FIVA 5P7DA 3KT2A 2OHNA 5P19A 4Z4XA 2QU2A 4DH6A 3TKWA 4BFBA 1QBSA 5AH8A 5P4UA 3OU4B 5P8FA 3EM3A 4L1AB 5P4FA 2WF4A 5P17A 5ER2E 4Y3WA 5P4QA 5P3DA 1FMXA 1B11A 4Y56A 4RRSA 2WKZA 3BRAA 2I0AA 5P0ZA 4ZSQA 1LF2A 1BDLA 5COPA 4DQFA 5ISKA 1HTEA 3T7PA 4DFGA 5IVQA 2ZJHA 2QMDA 3IN3A 5P02A 5HE5A 3DCKA 4MC1A 1GVUA 2F80A 2Q63A 4Z22A 1KJFA 3UQRA 2V12C 4QJ2A 5P23A 2WL0A 1IVPA 5P2UA 3FV3A 3SQFA 1T3RA 2QD6A 5DR4A 2JE4A 3CYXA 4EQ0A 3K1WA 3S53A 4Y3JA 3K4VA 3O9AA 5P0KA 3EKYA 4Y5MA 4KE1A 1GVWA 1A94A 1C6ZA 3MWSA 4LXKA 1DP5A 5P1KA 5P85A 5OZVA 3NR6A 4GJBA 5P3UA 3LIZA 3LPIA 5PEPA 1QDMA 1CPIA 6UPJA 1BBSA 4Y5EA 1EBWA 5DR3A 1A30A 3SAAA 5P3BA 2AOJA 5OZSA 1MSNA 1YT9A 3NDWA 2PSGA 3TLHA 5P4PA 2QNNA 5P4OA 4Y3GA 5AH9A 4Y5PA 4S1GA 1OHRA 2R43A 5OZPA 3OU4A 1SGUA 3IVIA 3MSKA 5HVPA 5P4IA 3RVIA 3O9BA 3Q6YA 5UPJA 1A8GA 1MT8A 2VIJA 3CIBA 3HBOA 3OXVA 5P8QA 4HVPA 5P5CA 5P14A 4FAFA 3TOGA 4Y3MA 1VIJA 5FIVA 3ZOVA 1B6LA 5DR8A 1HVHA 1DPJA 4XX3A 5I3WA 2JYSA 5OZLA 1BV9A 5SY3A 3RTNA 2I4VA 3NXNA 2AOIA 5I3YA 3L5DA 3O9GA 3BC4A 4RVXA 4CPTA 5OZFA 3VFAA 3ZL7A 1EC1A 3O9FA 4PHVA 5P0AA 1IVQA 5P7BA 1EBKC 1T7JA 1AZ5A 3L5EA 4CPRA 5P5SA 1GVVA 3VEUA 4AUCA 1F7AA 2RKFA 1ZTZA 2QNPA 1PFZA 2IKUA 5P35A 3VYFA 1ZLFA 2PWCA 2HM1A 1LYAB 1HOSA 3PSUA 1HXBA 4Y3YA 1OEWA 7HVPA 1YM2A 3SKFA 5OZIA 2R3TA 5P31A 1XN2A 2PK5A 1JLDA 1RPIA 3KMYA 1HXWA 3Q5HA 5OYYA 5P41A 3T11A 1Q9PA 5DGUA 2AZ9A 1FQXA 4HDFA 2VA7A 1HEFE 5P7AA 2MIPA 2ZHRA 1NH0A 4YCKA 5P5QA 5C9FA 4AA9A 2APRA 2FGVA 4MC9A 5P71A 3BXRA 2VJ6A 5P60A 1ZPKA 1APWE 3O9HA 5KR8A 1ER8E 3IXOA 5P79A 2F3FA 4Y5LA 5P7KA 4Q1YA 5P0JA 4KE0A 2I4QA 3KMXA 4U7VA 3PJ6A 3T7XA 3VF3A 2I0DA 5P74A 5P4KA 5P18A 5P7CA 2ZE1A 1W5WA 4KB9A 4K4PA 5P7GA 1HWRA 2AOEA 5P2OA 4Y54A 5OZNA 3S54A 4R92A 1K6CA 1YTGA 1GNMA 4LP9A 1UH7A 3S7MA 3TPJA 3OU1A 5P1CA 3L5FA 4B72A 3MXEA 4FRIA 5P0WA 4B1EA 3NU5A 5P4CA 2V10C 4M8YA 1WBKA 4OBKA 3FNSA 5P1ZA 3AUPA 3OXWA 5P2LA 5P7UA 4DJOA 3WZ6A 1UPJA 1EPNE 2PYMA 5KQXA 2I4DA 4A6BA 1HVRA 5P24A 3OQAA 2JJIA 4Y44A 2F8GA 2QD8A 4NJVA 4CP7A 3KT5A 6APRE 4UPJA 2ZJIA 1LYAA 4Q1XA 1MTRA 1M0BA 5P3MA 1C6YA 1YM4A 4LXAA 5P6UA 3IA9A 4Y5GA 4EPJA 4B00A 5P1YA 5P8TA 3LIXA 5P2YA 5P2DA 2BPWA 3KYRA 3MSJA 1LS5A 3GGXA 2ZYEA 1UH9A 3OUDB 1E82E 2OF0A 3EL1A 3HW1A 5ENKA 3LIVA 2Z4OA 1ODYA 5P0LA 2ER9E 3U71A 4ZPGA 4FL8A 5HU0A 2FIVA 3UQPA 1SDUA 5AHCA 5P7FA 5EZXA 5P2SA 3TL9A 2BJUA 2A4FA 5P4SA 5P0PA 3I6OA 4WTUA 3G70A 5P5PA 1XE6A 4RZ1A 5OZJA 5HDZA 1ZBGA 1Z1RA 3EL5A 3U6AA 3ZKSA 3DK1A 5P1AA 1OEXA 5DQ5A 3I7EA 5IE1A 4RRNA 5P82A 5P1MA 4QJ7A 3VSWA 5OZKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4IVS A;  2FGU A;  4YD6 A;  4B78 A;  1E80 E;  3OHH A;  5P6P A;  2VNM A;  5P4R A;  1T7I A;  4RVI A;  4DI2 A;  5CON A;  1MT7 A;  4PZX A;  4EP3 A;  5P0S A;  1HPX A;  2O40 A;  5P4A A;  3T6I A;  5I70 A;  3INF A;  4HZT A;  4LBT A;  5P5R A;  5P0M A;  5P2A A;  1EED P;  5P2Q A;  4TRW A;  4XX4 A;  1XL5 A;  5ENM A;  5HTZ A;  2FNT A;  1KJH A;  5P49 A;  2ZHV A;  4I0F A;  2EWY A;  1NPW A;  2NMY A;  5P3Y A;  1DMP A;  1FMB A;  3NUJ A;  2G21 A;  1OD1 A;  1Z1H A;  4EXG A;  1HHP A;  2F81 A;  2FDE A;  3CKR A;  4B05 A;  2ER7 E;  5P22 A;  1SDT A;  5P27 A;  3SO9 A;  4MC2 A;  4K9H A;  1MVP A;  3NDU A;  1FMU A;  5P4M A;  4EQJ A;  2SAM A;  3BUG A;  5P5I A;  3IND A;  4Y3E A;  4Z50 A;  1ZP8 A;  4YA8 A;  3EL0 A;  4APR E;  4YD4 A;  4Y41 A;  5P6O A;  3GI6 A;  1FFI C;  1T6G A;  5P4J A;  3SPK A;  1A8K A;  3AID A;  5AHB A;  4YCT A;  4YDG A;  4A4Q A;  4ER1 E;  4FM7 A;  1LYW A;  5AH6 A;  3OTS A;  4JEC A;  3ZKN A;  2G1R A;  4D8C A;  3G72 A;  4Y5C A;  3FIV A;  3OAG A;  1MIQ A;  2QHY A;  3SFC A;  3LIN A;  2H6S A;  5P2I A;  2H6T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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