4DJPA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with mkp73
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design, synthesis, and biological and structural evaluations of novel HIV-1 protease inhibitors to combat drug resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djpA00
2VA6A 3T11A 3LZSA 4LHHA 5P1DA 1J71A 3VF7A 2QI0A 5OZDA 2ZGAA 3DCKA 3VUCA 4JECA 5ER2E 1IVQA 5FIVA 3SA7A 3CICA 4S1GA 5P3MA 3IXKA 5P0XA 5P2JA 3FNSA 5P40A 2HB2A 4GJDA 4I0DA 1E5OE 4L1AA 4FAFA 3LPJA 4GJ9A 2Q5KA 5P35A 3INFA 1FB7A 1MEUA 1EBWA 3S2OA 5P8MA 1AVFA 2R3TA 4H3JA 4CPUA 3ZLQA 2VIJA 5P60A 2H6TA 4DJOA 1FFFC 1K6CA 5OZ6A 4GJ5A 3LITA 4RROA 2FS4A 5P17A 3KM4A 5P6TA 5P13A 1HVKA 5P8EA 1IDAA 5P2MA 1PPKE 4DQCA 5P0VA 1RPIA 5P4NA 3T7PA 4J1IA 5P6KA 5P8PA 3PRSA 2BQVA 4Y4UA 4E43A 5P4LA 3ECGA 2IRZA 3QROA 1D4HA 3R4BA 2UY0A 2QD7A 5P01A 3FNTA 4JP9A 4Y58A 5P2EA 1IDBA 5IVTA 5P71A 1PSOE 3AUPA 1YTGA 1EC0A 5P8FA 4PZWA 2QAKA 5HCOA 1EC2A 3BGCA 1FG8C 3B80A 4EQ0A 5P0FA 2R3WA 5P3QA 1HEFE 4B00A 5P5GA 5KR0A 1TSUA 3O9AA 3TNEA 5P5VA 3ZKNA 4DQGA 3QBHA 4TVGA 5DQ1A 4Y3AA 2IKOA 5P8GA 5OZQA 3EKPA 3NYGA 2BPWA 5JFUA 4XXSA 5P89A 2B8LA 4FS4A 5P8QA 1D4JA 5OZXA 3QBFA 4EJDA 1ZBGA 5P5UA 2P8HA 1MRWA 5IVSA 1HTRB 1W5XA 1DIFA 3PWWA 2IENA 2JE4A 2V12C 5P64A 2NR6A 3OQDA 4J55A 4I0HA 5KR1A 2BKTA 3BC4A 5P2XA 2HS1A 5OZBA 5P19A 3IXJA 5P4UA 3VSWA 4K4QA 3INHA 5B18A 2QMDA 4HDFA 1YM2A 5HD0A 1B6KA 2Q55A 1APWE 4B05A 4GMIA 2O4KA 2OHQA 1HSIA 3PB5A 5C9FA 1TQFA 5P2AA 1MVPA 2BKSA 2J9KA 4DJRA 5AH6A 1B6LA 2B60A 1IBQA 2XYFA 5I3XA 2QD6A 3S7MA 4Y4EA 3EM3A 5P5CA 4F76A 4NPUA 2FDDA 3T6IA 5AH7A 4J0ZA 1NPWA 5OYRA 5P76A 5P1GA 5P15A 4I0FA 3BUGA 5P3GA 1YTHA 5P6HA 2MIPA 1Z1HA 5P7HA 4LAPA 3QN8A 5P30A 1IZHA 4B72A 3BUFA 1BWBA 4NPTA 5P09A 1K2CA 5P3WA 5P6BA 2R9BA 1HPVA 1YT9A 1JLDA 4Y57A 5JFPA 2AZCA 3SA5A 5OZFA 4OBJA 2OF0A 5P3OA 4DH6A 5KQZA 2Z54A 4Y5GA 1QS8A 3T3CA 4H3FA 1EPOE 5AHAA 3PMYA 1BV7A 1B5FB 2ZHVA 3D1YA 3EXOA 1GNMA 3VF5A 2A1EA 2FDPA 1HVSA 4LBTA 1XE5A 4HVPA 4Z50A 1K6VA 3UF3A 4Y4DA 1YX9A 1PSAA 5P37A 4CPWA 1AZ5A 2CEMA 5P7EA 1IVPA 5OZNA 2I0DA 5P5OA 3EKYA 3ST5A 5P8TA 4Y38A 2VJ7A 5KAOA 3FV3A 2G22A 4GIDA 5KOQA 3SAAA 3BRAA 4Y3DA 3R1GB 4CPRA 5P47A 1BWAA 5P0GA 1K2BA 3OGQA 3OQKA 3JVWA 1OHRA 2IEOA 3SM1A 2Q11A 5OYSA 3OUCA 1ZSFA 2HS2A 2RMPA 5HU1A 5P05A 3BGBA 2VJ6A 3PI0A 5OZVA 2IL2A 5P1ZA 5P07A 5P70A 2HB4A 2JXRA 2WECA 5P73A 3EKWA 4YD4A 5P1BA 1NSOA 1SGZA 1HPXA 5P3JA 5P8SA 1EPNE 3O9LA 5C9BA 4ZLSA 4NJSA 5P5QA 5P86A 1FKNA 3NU6A 3UDPA 3M9FA 2QNPA 3EL0A 5JG1A 3PBDA 1IIQA 2OHKA 2VNNA 3K5CA 5P7UA 2R5QA 4ACUA 5P6JA 5P6SA 1HIIA 5P5IA 2VIYA 3NU9A 2P3BB 2BPYA 5AHCA 4EYRA 5SZ9A 3OUDB 3CIDA 2I4WA 5P7WA 5OZAA 4DQEA 5CONA 5P5MA 5P2NA 3GGVA 3NUOA 5P0EA 3OTSA 2AOIA 3UPJA 3U71A 2ZJJA 1OD1A 1SDUA 5P4BA 2P3CA 1EBZA 1E82E 1SIPA 3TKWA 5ISKA 5P5HA 3N3IA 2I4XA 4XX4A 5P67A 4A4QA 5P7XA 3PGIA 5P7SA 1BBSA 4Y5NA 4DV9A 4YD3A 2WF0A 5P3PA 4Y9WA 4ER1E 5P79A 1KJ7A 5OZSA 1B6JA 4Y39A 1KJ4A 1EPQE 3MSJA 1AJVA 5COKA 3SQFA 4CP7A 4Y4AA 2ZJNA 2VA5A 5I70A 5P1IA 5P2KA 5OZOA 3Q3TA 4Y5PA 3T7QA 5P5RA 1ZLFA 1QBTA 3EL4A 5OYYA 4M8XA 2AOGA 1B5FA 4Y45A 2AZBA 4RYCA 5P6QA 5P8HA 3OU4A 5P0BA 3URIA 4OBHA 4YHQA 1BVEA 4QJAA 3B7VA 4YCTA 5KOSA 5J25A 4DI2A 5P6PA 4GJBA 3Q6YA 2NXMA 3JW2A 2PK6A 3OHHA 3JVYA 4JPEA 1EBYA 2FDEA 5ER1E 2G94A 3PHVA 4APRE 5P1RA 1EPLE 5P10A 5P2YA 4KUPA 4Z4XA 5P56A 5P51A 5P81A 5P4ZA 3S8IA 3SFCA 2ZE1A 4AUCA 2NNPA 2R8NA 3VSXA 5P0WA 5DR0A 3PWRA 6UPJA 3L3AA 5P1EA 5P4KA 3GI6A 5P7QA 5P16A 4FGXA 1IZDA 5OZ3A 1Z1RA 5P0RA 3MXEA 4IVTA 1QBRA 1VIJA 1TZSA 5C9DA 3UDRA 5P1KA 3VEUA 5HDVA 3NU5A 2PWCA 4L6BA 4KB9A 2QMPA 3OY4A 4LP9A 2ZYEA 5AGZA 3DCRA 4Y4BA 3UDHA 1HVRA 5HE5A 2OAHA 4Y44A 1LYWA 4RGHA 1SMRA 4YD5A 5SY3A 2QHZA 4FIVA 4R92A 4QJ6A 4YBFA 1YTJA 4EJ8A 1FQ7A 2OHPA 2PWRA 2P3BA 4Y4WA 4J54A 5P5LA 4Q1WA 3IGBA 3OUDA 2WL0A 3O9IA 7UPJA 3H5BA 3K5FA 1XL2A 4YOBA 1IZIA 4Y37A 2WEDA 3BXRA 2QI1A 4QGIA 1HPOA 1ZTZA 5P4SA 3BVAA 1K6TA 3NDUA 3S53A 1W50A 3OQFA 2OHRA 1MUIA 4RZ1A 3LIVA 1EPME 5P63A 5P5AA 5KR8A 2OHNA 5P48A 5P3YA 5OZWA 5DQ5A 2UPJA 2G21A 3I2LA 5P03A 4CPTA 1A94A 1LV1A 5P6CA 1B6PA 3QRSA 4F74A 3KMXA 1C6ZA 2VIEA 4DJQA 5P2CA 3D1ZA 1HBVA 4Y53A 2WF2A 3IA9A 4Y3RA 2V11C 5P82A 3TLHA 4ZSPA 2HB3A 1RNEA 2IKUA 5KQYA 3HBOA 1N49A 3ZKQA 3UDYA 5OYXA 2IQGA 3O9DA 1XDHA 1AIDA 2QU3A 3EBZA 3O9EA 5P28A 2I0AA 5OZUA 1LZQA 3L5EA 3EC0A 3DV1A 4YA8A 3ZL7A 5P27A 1QDMA 4Y3JA 4ZE6A 4A6BA 5P3BA 3OHFA 3MSLA 2NNKA 2ER0E 3URJA 1LYBA 4PHVA 2WF4A 1LEEA 3PJ6A 5PEPA 2PYMA 2WHHA 1GNOA 5P3RA 5OYQA 4Y47A 4HZTA 1LS5A 4QJ2A 1UPJA 3TH9A 5P1OA 5P1NA 2IGYA 5EZXA 1EC1A 1HOSA 3CKTA 5P5ZA 1HTFA 4L7HA 3TTPA 2HAHA 5HCTA 3HZCA 4B78A 2I4DA 4PYVA 2ZJIA 3LHGA 5OZ0A 4Q1NA 5P1UA 5OZTA 3LINA 4DJUA 1AAQA 5OYWA 2HPFA 5P31A 2NPHA 5P3SA 2ZJLA 1W5WA 3HW1A 5P4XA 5P7YA 5P65A 1GVVA 5OZCA 4Y43A 2FNTA 5P4WA 2PQZA 1BDLA 2QI7A 5P5BA 1LYAA 3OUAA 4J17A 3KDCA 4I11A 2Z4OA 5P6AA 3SPKA 3UQWA 5P5FA 3TKGA 4YOAA 5P8JA 1FFIC 5P4FA 5P8VA 3FIVA 5P7BA 5DQ4A 5P7AA 3HLOA 1M43A 4K8SA 1SDTA 5DQCA 3RTMA 4J1KA 4EJLA 2BPZA 5P62A 2AIDA 4F75A 1HVLA 3I6OA 3R2FA 2J9JB 4J1HA 4EP2A 3INEA 1MT7A 4GJCA 5P41A 4HE9A 5OZHA 3WB5A 5P68A 4RVXA 5OZGA 9HVPA 2FLEA 1HSGA 5P3TA 1SDVA 5KQXA 3ZKMA 3UCBA 4L7JA 1WBMA 4D83A 2JYSA 3O9LB 1B6MA 4OBKA 3KDBA 5P8CA 5P6GA 3CKPA 1FIVA 4R5NA 4CPXA 3DK1A 5P2RA 3AIDA 3HAUA 2PK5A 5P1PA 4FE6A 1OEXA 5P2GA 4JOOA 4NKKA 1W6IA 4GZFA 5P4QA 3IN4A 4EXGA 3G70A 2G20A 5P1JA 2WF1A 3IVHA 4Y5LA 4EPJA 1DP5A 5P0AA 1XL5A 1EPPE 5P4JA 3PI5A 4D89A 4Y4GA 5OZ8A 1RL8A 1ZPAA 1D4IA 1MTRA 5AH8A 5P2LA 4J1CA 4FCOA 2G1YA 3FKTA 2WEBA 5T4SA 1HIVA 4Y3NA 2WJOA 3CKRA 5P85A 3NR6A 4QJ9A 3OU1B 5P75A 5P3VA 5P43A 2G1NA 4R95A 5P29A 2XFJA 3GGAA 1K1UA 1QBSA 2UXZA 5AHBA 2RKFA 5P77A 2AZ8A 5P7ZA 4F73A 1ZPKA 3WZ6A 2XYEA 1UH7A 3VFBA 4Y5BA 5P45A 2QI5A 5P4RA 1Z8CA 3SA9A 5P3XA 5P6MA 5I3WA 5P7JA 4B1CA 1CMSA 5P14A 3OK9A 1KZKA 1BXOA 5E5JA 4FSEA 4CPSA 3OU4B 5P44A 3KN0A 4LXMA 5P4VA 5OZLA 5P2TA 3VV7A 3KT5A 4J1EA 3PM4A 4U7VA 5UPJA 4GYEA 5P1QA 4ZPGA 3DV5A 3VV6A 5P7VA 1FQ8A 3OXVA 2V10C 3TOFA 4K4RA 1KJGA 4TRZA 5P3ZA 2FXEA 3K4VC 5BWYA 3EM6A 4ER2E 3HVGA 4FM8A 3EKQA 2NMYA 3O99A 3LPIA 2QMFA 4FM6A 5IVQA 3SA3A 3Q70A 5P4YA 1XS7D 4DQFA 1T6GA 4EWOA 2J9JA 5P26A 3OGPA 3UFLA 4J0TA 5OZIA 3LIQA 2ASIA 1K6PA 5P7GA 4Y3MA 1F7AA 5P54A 1G6LA 4Y3TA 4GJAA 3Q5HA 2G69A 2V16C 2VJ9A 2HIZA 2IGXA 1WKRA 5P1XA 3HVPA 4RLDA 5P0DA 2Q64A 1A9MA 3R0YA 4Y3FA 4DJXA 1MERA 5P18A 1HVCA 1FGCC 3KDDA 1LYWB 5P7KA 3NU4A 2V0ZC 1ENTE 4TRYA 4Y4ZA 3O9HA 3SM2A 1G0VA 5OZKA 4DJWA 5P0KA 2QZWA 4ZPFA 5P2SA 2AVOA 1MRXA 3L5FA 4RRSA 3KT2A 3QVIA 5P5EA 1C70A 4NJTA 4FLGA 5DR8A 5OZJA 1FEJC 5P3KA 4N00A 5HU0A 3UQRA 2OHSA 5P0UA 1PFZA 5P0QA 2P83A 2AODA 3O9CA 3LZYA 5HE4A 1TCWA 1XN3A 5DR3A 5P4HA 5P50A 1FQ5A 4Y35A 2QI3A 5P6LA 1EPRE 4WY6A 3G72A 3I7EA 4KE1A 5I3VA 3DOXA 3OU1A 3KF0A 2ZHRA 2CEJA 1APTE 4RCEA 2Q54A 1BILA 5P5KA 1FF0C 3OADA 5P7CA 5P11A 3NWXA 5DPZA 1PSNA 3OUBA 5ENMA 1SH9A 2G27A 3O9FA 4I12A 1EAGA 2G1OA 3KYRA 4LC7A 7HVPA 5P2IA 1TCXA 3OOTA 1MSMA 4FM7A 3QS1A 5OZ1A 1FG6C 2B7ZA 2QMGA 3I25A 3S43A 5P5NA 3UDJA 2VA7A 4DPFA 3LNKA 4K4PA 3WSJA 2PC0A 1FQXA 5OYUA 1G35A 3EKXA 5IS4A 5P8UA 2I1AA 2SAMA 2B42A 1LYBB 2ZJMA 5P6XA 2F3FA 4AA9A 4GB2A 2QHYA 2PSUA 1A8GA 4J0PA 6FIVA 5P6VA 2IS0A 3TPJA 3ZMGA 3EL9A 2QCIA 5P12A 1BXQA 3GI5A 5P4DA 4DJVA 3IXOA 5DR4A 5P3DA 2R5PA 5P3IA 2P4JA 5P2DA 5P7MA 2QP8A 5OZEA 1EEDP 1W51A 3HD8A 4Y3SA 4ZPEA 2F8GA 4I0EA 3PSGA 4BFDA 1EBKC 3PCZA 4I10A 3MXDA 5P6WA 2FGUA 5COPA 1APVE 3HAWA 3IAWA 4Y3WA 3KA2A 1AJXA 1QBUA 2OHLA 3A2OA 3TPPA 1LYAB 1KJFA 1SBGA 1UH8A 4Y41A 4FRIA 5P8AA 3PLLA 3OQ7A 2ANLA 2QK5A 5P00A 1BIMA 3BXSA 4J0YA 2APRA 5P3AA 1IZEA 4YDGA 5P32A 1FMUA 2PH8A 5COOA 5KQFA 1SIVA 3LIXA 1EC3A 5P7RA 1XE6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VA6 A;  3T11 A;  3LZS A;  4LHH A;  5P1D A;  1J71 A;  3VF7 A;  2QI0 A;  5OZD A;  2ZGA A;  3DCK A;  3VUC A;  4JEC A;  5ER2 E;  1IVQ A;  5FIV A;  3SA7 A;  3CIC A;  4S1G A;  5P3M A;  3IXK A;  5P0X A;  5P2J A;  3FNS A;  5P40 A;  2HB2 A;  4GJD A;  4I0D A;  1E5O E;  4L1A A;  4FAF A;  3LPJ A;  4GJ9 A;  2Q5K A;  5P35 A;  3INF A;  1FB7 A;  1MEU A;  1EBW A;  3S2O A;  5P8M A;  1AVF A;  2R3T A;  4H3J A;  4CPU A;  3ZLQ A;  2VIJ A;  5P60 A;  2H6T A;  4DJO A;  1FFF C;  1K6C A;  5OZ6 A;  4GJ5 A;  3LIT A;  4RRO A;  2FS4 A;  5P17 A;  3KM4 A;  5P6T A;  5P13 A;  1HVK A;  5P8E A;  1IDA A;  5P2M A;  1PPK E;  4DQC A;  5P0V A;  1RPI A;  5P4N A;  3T7P A;  4J1I A;  5P6K A;  5P8P A;  3PRS A;  2BQV A;  4Y4U A;  4E43 A;  5P4L A;  3ECG A;  2IRZ A;  3QRO A;  1D4H A;  3R4B A;  2UY0 A;  2QD7 A;  5P01 A;  3FNT A;  4JP9 A;  4Y58 A;  5P2E A;  1IDB A;  5IVT A;  5P71 A;  1PSO E;  3AUP A;  1YTG A;  1EC0 A;  5P8F A;  4PZW A;  2QAK A;  5HCO A;  1EC2 A;  3BGC A;  1FG8 C;  3B80 A;  4EQ0 A;  5P0F A;  2R3W A;  5P3Q A;  1HEF E;  4B00 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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