4DJQA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with mkp86
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design, synthesis, and biological and structural evaluations of novel HIV-1 protease inhibitors to combat drug resistance.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Pol polyprotein
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djqA00
5P1PA 5P13A 5IE1A 2QI7A 3KYRA 3LZVA 4FAEA 3HLOA 5OZAA 5P0FA 4Y4EA 3PCZA 1OD1A 2MIPA 3NXNA 5AHBA 1EPPE 1HIIA 1BXQA 1T7KA 2VIEA 4B72A 5OYVA 1NPVA 1D4YA 1EPOE 5P3XA 2VA5A 5P86A 1XE6A 2IRZA 4F76A 5P24A 3URLA 4EWOA 1HWRA 5P7SA 5P3OA 1EPNE 5SXNA 5AHAA 3L59A 3KFRA 1DMPA 5P25A 5AHCA 3EM6A 3RTNA 5P1EA 4CMSA 3IN4A 5P06A 4ER2E 4Y53A 1B6KA 1FG8C 1MTBA 1E81E 4DFGA 5P1BA 5P8BA 4Y44A 2Q11A 5OZVA 3VYEA 1MUIA 3UQRA 2WEDA 4OBZA 2O4PA 4RCEA 1N49A 1QBRA 5P1FA 3HVGA 3OGPA 2AOCA 3UFNA 5IVRA 1GVUA 3Q4BA 3EL4A 3MSKA 2HM1A 4U7QA 5P6PA 2ZHTA 2P83A 5P6GA 2P3DA 3HBOA 4J1CA 4Q1WA 3INHA 5P33A 2F3FA 5P1YA 1AZ5A 2BPYA 1GVWA 3VUCA 3VF5A 2QHCA 5P4MA 3WSJA 1ME6A 4EXGA 3RVIA 3H0BA 1HVHA 3VFAA 3NDXA 5P6DA 5P1LA 2J9JA 4NPUA 5OZUA 5P28A 1A8KA 1M4HA 1AIDA 1IVPA 3R0YA 2VKMA 4RRNA 4Y39A 4K9HA 2PYMA 5P03A 1Z8CA 4X7IA 2O4NA 5P52A 5P0YA 5P2EA 1SP5A 5P0QA 5P40A 3PEPA 5P3JA 1ENTE 5OYSA 1HBVA 3ZKNA 3O9LA 2OAHA 2NNKA 5P88A 5OYXA 5DQ1A 2VNNA 3HW1A 2B7FA 5HD0A 3K5DA 3OADB 1GNMA 5P5NA 1LF2A 2BPZA 2G20A 5OZ3A 3OU4B 3UCBA 5KR1A 5AH6A 3TOGA 4Y3EA 3OAGA 2IDWA 4YCTA 3PVKA 3NDWA 3TH9A 5P8OA 5P53A 1KJGA 1LYBA 5P2SA 3QAAA 6APRE 2FDDA 3OK9A 3FNUA 3I6OA 5P50A 3UQUA 3IVHA 5P4YA 5P0UA 1MSMA 3TPPA 3LITA 2P3BB 4YHQA 5P0HA 5IVTA 4GJAA 3VV8A 4Y3NA 5P7LA 4APEA 5P47A 5P70A 4YA8A 1GNNA 5P2LA 1FMBA 1FEJC 5P4QA 3BRAA 5P4JA 5P42A 5P1WA 4ZEAA 4NJTA 5P3MA 5OZKA 5DQ2A 5P8EA 4Y5KA 3I7EA 4J54A 3BXRA 4DV9A 4GJDA 2O4KA 4Y3WA 1D4IA 3R0WA 3QN8A 4Z2ZA 1SH9A 4NJUA 3N4LA 5P27A 4Y47A 3IXKA 5P6RA 2O4SA 3DJKA 4GJ5A 4K8SA 1ZTZA 1FIVA 4CPRA 5P4FA 2ER6E 3D91A 5P83A 1M43A 1BV9A 5P1HA 4DJYA 3PWWA 4GJ8A 3RSVA 1HXBA 1T6EX 1W5WA 5ENKA 2AZCA 1UH8A 3SKFA 5P5UA 5P4IA 3QP0A 2ZHRA 1HEGE 4CPQA 2G27A 3FNSA 4GJCA 4PZWA 2QI5A 5OZZA 5P3HA 3KA2A 4J1FA 4RCDA 1QBTA 3MSLA 1LF3A 4I10A 5OZ7A 5P39A 1K6CA 2AVSA 4NJSA 4AZYA 4OBGA 1PPME 5P3BA 3OWNA 1IZEA 1ODYA 5P31A 1SDUA 3S7MA 1KJ4A 5P7BA 3GGVA 5COOA 5OZ8A 5P6FA 3LIQA 4U7VA 5P87A 3PCWA 1K6TA 1AVFA 3S43B 2NMZA 5P20A 5OYQA 3CIDA 3QVIA 5P5AA 5P5QA 2QMPA 2FS4A 1HVSA 1HVIA 1APTE 3ZPSA 3EKPA 5OZRA 3UHLA 5P7EA 1HTFA 2OHSA 2QAKA 4YCKA 1G0VA 1DW6C 4Y4BA 2HAHA 3OQKA 2Q3KA 3PI5A 4PZXA 5P6EA 4OBHA 4Y6MA 2Q54A 5P2QA 1D4JA 2QD6A 1TSQA 5P7YA 3BUFA 5P6NA 1FQ8A 3UDPA 4EYRA 1J71A 5P8NA 4EP3A 1QDMA 1IDAA 3GI0A 4Y3DA 1B5FA 5P1UA 1D4KA 3O9EA 4L1AB 5I70A 5P8QA 2BKTA 4EJLA 1HIVA 5P5MA 1A8GA 2AODA 1LYWB 5P57A 2UY0A 2R3WA 5JFPA 1TQFA 3PGIA 5P8VA 3O9CA 2NNPA 1B6JA 4YE3A 3OXVA 5P8MA 5P73A 3MWSA 4KB9A 5P7XA 1HIHA 2R5QA 2WECA 1RV7A 2BJUA 2OF0A 4Q1XA 3M9FA 2AOHA 2VIYA 3T3CA 9HVPA 5P2TA 1HVCA 4B1CA 5CLMA 2P8HA 1QS8A 3DV5A 3EBZA 4OBFA 2QHYA 4Y51A 1MRWA 1BXOA 5P5ZA 2ZGAA 3GGAA 4Y3PA 1WBKA 1LF4A 5P6CA 5P7JA 5P0IA 4J17A 5P81A 4DQCA 1LV1A 5P3AA 5OZWA 3EKWA 5ER2E 4CPUA 4CPWA 3PBZA 1C70A 3ZKGA 3KM4A 5P16A 4Y4DA 5SY3A 3MSJA 4ER1E 2ZJKA 2I0DA 2G1YA 1NH0A 4ZSQA 4LL3A 2V12C 5P62A 1JLDA 3EMYA 1KJ7A 3OU1B 3SA8A 2QP8A 3TLHA 3LZSA 4Y3RA 5DGWA 4DH6A 3L3AA 3O9DA 5P3ZA 4HDPA 5J25A 5P6QA 5P77A 2RKFA 1D4HA 2P4JA 5P0WA 5P3KA 1EAGA 2WKZA 2F3KA 4DVFA 2JJJA 3RU1A 1Q9PA 4Y3TA 2BBBA 4FS4A 2VIZA 5HU1A 4Y3FA 5P6ZA 5P0XA 5P3IA 4H3IA 4WY6A 1APVE 1APWE 2H6TA 3VSWA 2PWRA 5DQCA 3A2OA 2G1SA 5P51A 3K4VC 5P72A 5I3XA 3INDA 3PMUA 5E5JA 2VJ6A 5P49A 4XX4A 2ZJJA 5P34A 2B8LA 5P4HA 5P8AA 3O99A 4ZSRA 5P6AA 2R9BA 4Y4UA 3T11A 4EJ8A 4AUCA 4F75A 4ZSMA 5P7NA 2F80A 4CKUA 5P1ZA 4CPSA 3R2FA 1XL2A 2A4FA 4OD9A 3QRMA 4MC6A 1NPAA 3GI4A 1HRNA 1BV7A 4Y5BA 3VV7A 5P0MA 1MT7A 5IS4A 5OZBA 7UPJA 5P8SA 2QNPA 5HDXA 1EC0A 3PM4A 1MTRA 3ER3E 1TCWA 4B1EA 5P17A 5P5DA 2ZE1A 2QMFA 1SMEA 3SKGA 4GJBA 2ZJNA 3NUOA 4M8XA 1AJXA 3NDUA 1HTRB 4LXKA 4A6BA 4A6CA 4I12A 5P65A 3TKWA 3LZUA 2XYFA 3OHFA 3Q3TA 1G2KA 4Y36A 4QJ8A 3EKXA 1FMUA 4Z50A 1DAZC 3KT5A 2AVVA 2ZJIA 5P8RA 2O4LA 5P05A 4JECA 1BDRA 2IGYA 2ZJLA 5P85A 5P08A 2Q15A 2NTRA 5DR4A 2OHUA 4J0YA 5OYZA 4Z4XA 4I8WA 5OZPA 1LYAB 2CENA 4D88A 3ZKIA 2P3AA 1YTHA 5P7HA 2ER7E 4CPXA 3RTMA 3LIXA 4L7GA 2RKGA 2NXDA 3ECGA 3NWQA 1HTGA 4R5NA 5EZXA 4QLHA 3QBFA 3L5BA 3EM4A 3KDDA 2IKOA 1EPRE 1DP5A 4HDFA 2I4DA 3EKTA 4M8YA 3QRVA 5P2GA 3NUJA 4Y4WA 3S53A 4FLGA 4TRWA 1XDHA 4FL8A 5P8JA 4K4PA 2HC0A 2IS0A 4OBDA 5BS4A 2H6SA 5IVQA 2NR6A 4Y56A 4EQJA 2V00A 5P0AA 5P5YA 5HU0A 5DR0A 1EEDP 2OHMA 1PSNA 1MPPA 4YDGA 2B7ZA 5P8CA 4QJ6A 4DJRA 5P0NA 4Y3MA 3D1YA 4WTUA 2OHPA 1ZJ7A 3B80A 1FQ4A 1SGZA 2AOIA 4XKXA 4DQGA 5F00A 3BXSA 4GB2A 5P02A 3EKYA 5P4VA 1TSUA 2AOFA 4B05A 3ZKSA 2G1NA 5AH8A 5P3WA 4RRSA 1B6MA 1K2CA 2XFJA 4Q1YA 2WEZA 3SA5A 1MT9A 1W5VA 3VYFA 5P3QA 5P8UA 4I1CA 3OOTA 3G6ZA 3K5FA 2QZXA 3Q6YA 5P0GA 5P1NA 2PYNA 3UF3A 3EKQA 5P3EA 8HVPA 4J0ZA 1FKNA 3OADA 5P4OA 3RSXA 5P59A 5KOSA 1ZBGA 3G72A 1GVTA 3UDMA 1TW7A 4FSEA 4DJVA 4GYEA 5P44A 3VCMA 5P0KA 2Z4OA 2J9JB 1BBSA 1W6HA 5BRYA 5P6LA 4FSLA 5I3YA 4AMTA 2P3BA 1FLHA 2QHZA 2BPWA 3LZYA 5OZLA 3BUGA 5P2KA 2FDEA 3IN3A 5P6BA 1FF0C 4R95A 2FDPA 3PLLA 4FRSA 5HDUA 3NU3A 4GJ6A 2BB9A 4LBTA 3O9GA 5OZQA 3S56A 1YTGA 3GGXA 5P6HA 5P7DA 3BVAA 1MVPA 3IVIA 1AAQA 4Y3XA 4I8ZA 4Y4GA 1OHRA 1XL5A 2WF3A 5T4SA 5P69A 3INFA 4Y3YA 3TNEA 3OQAA 5P61A 3OAGB 1CPIA 5P5WA 2F81A 1EPLE 1ODWA 5HE4A 4LP9A 1VIJA 3TKGA 3BGCA 3KDBA 5P8HA 5OYTA 2V16C 2R5PA 3KT2A 1K6PA 1PPLE 2XYEA 5P54A 5P5BA 2RSPA 1XE5A 3I25A 1HSIA 4HDBA 5P4KA 5OZ9A 5KR0A 5P4SA 4JP9A 1B6PA 1EBKC 5HVPA 1F7AA 1HPXA 2VA7A 3GI6A 5P2BA 4MC2A 1FMXA 4YD6A 1CZIE 4YD7A 5P38A 1HVRA 5P3SA 1QBUA 5P0ZA 5I3WA 3EXOA 5P80A 5KQZA 1A9MA 4R92A 3UDKA 1TZSA 3CKRA 1FQXA 5P0OA 5OZGA 4K4RA 5OZEA 1RNEA 1M0BA 1F34A 1PFZA 2V10C 3FKTA 4I0DA 5P1XA 4PEPA 1B6LA 5P3UA 5P2XA 2VS2A 1K1UA 3OUBA 3S8IA 1IDBA 1AM5A 2QI3A 4Y3HA 2R43A 3OXCA 2G26A 4FRJA 3KMXA 5P1VA 5P68A 3BVBA 4B00A 4Q1NA 4CP7A 4OC6A 2AOJA 5P7UA 2PC0A 3OXWA 4DJXA 2QK5A 1Z1RA 2QNQA 4FM6A 2OHTA 4TVHA 4Y3GA 2PWCA 3DCKA 5P35A 3T7PA 3VYDA 5DR3A 3PJ6A 1C6XA 2B42A 5P07A 2NMYA 4NPTA 4I0ZA 3PRSA 1FFIC 5OZSA 3OUDB 4MC1A 4R8YA 2JE4A 3PWRA 5P7CA 5P5LA 2WF2A 5P22A 5P30A 4CPTA 2NPHA 4ACUA 3PLDA 4LXMA 2FGVA 5P8LA 5P1RA 3EL5A 1T6GA 2CEMA 4I0JA 5P5OA 1C6YA 2WHHA 4FE6A 5P4PA 5SZ9A 5P60A 5HCOA 4XXSA 2RMPA 5P0RA 5P84A 2P3CA 3NSHA 4LAPA 5P3PA 4YCYA 5OZ0A 3K4VA 5P0SA 5OZYA 3AIDA 2AOGA 1LYWA 4NKKA 5OYWA 5P1IA 5I3VA 1MEUA 3LINA 4DUSA 3ZPTA 5P2JA 3PI0A 2V13A 3C9XA 5P55A 2ANLA 3SFCA 3HVPA 3QVCA 2CEJA 2OHRA 5P12A 4Y3ZA 5P0CA 3PSGA 3RTHA 1AXAA 2Q55A 5BWYA 2FMBA 2IL2A 5P63A 3URJA 1SGUA 4LXAA 5P01A 4Y35A 1TCXA 2V0ZC 4J5JA 4N00A 5P8GA 5P5TA 3NU4A 1ZPKA 4U8WA 4AA8A 3NWXA 1LZQA 3QROA 3NU6A 4D83A 3U7SA 3UDQA 4EPJA 2A1EA 5OZTA 4B0QA 5P3DA 5P4UA 2QMGA 3TPJA 3UDRA 1W51A 3VLBA 3D1ZA 5P1QA 4RYGA 5AH7A 1D4SA 1HVKA 1E5OE 3T6IA 2AOEA 2FGUA 4ZIPA 1YM2A 3SA6A 4Y5NA 3CKPA 3OU1A 5P79A 4RVIA 3HZCA 4DQEA 5P5XA 2BQVA 2G1OA 4GMIA 4R91A 5OZIA 1FFFC 3INEA 4FM7A 6FIVA 1BAIA 3K5CA 5P5PA 5TOLA 5DR7A 3SO9A 3JW2A 1BVGA 4DQHA 3L38A 1YT9A 5OZHA 5OZDA 5OZ1A 1IZDA 3PSYA 2VA6A 3DK1A 1HXWA 4EQ0A 1XS7D 5P2UA 1K1TA 3CMSA 4YD3A 5P0JA 2JJIA 3QBHA 4QJAA 3VF7A 5P4BA 5P6YA 5P6TA 2BPXA 2F3EA 2AIDA 1RPIA 4RLDA 5OZ2A 2PQZA 3D20A 4RROA 5OZ5A 2IEOA 3U71A 3QIHA 4D8CA 5P1AA 4FRIA 3NR6A 4H3JA 4DJOA 5P7TA 3SQFA 2Q63A 5P7OA 5DR1A 4YDFA 2WEAA 5P6SA 1SDVA 5OZCA 2NXMA 5P43A 2HB3A 4HEGA 3EL1A 5P0LA 5P67A 2IQGA 3VEUA 5P6XA 3VV6A 4GJ7A 3PBDA 1K6VA 3PSUA 4LC7A 5P5KA 5OYUA 3G70A 1KJFA 3EM3A 4Y4ZA 3SM1A 4ACXA 3D1XA 5P7IA 3HDKA 4K4QA 5P1SA 5P26A 2EWYA 4Y43A 3F9QA 5P5JA 4J0VA 3ZPUA 2VJ9A 1UH7A 3LPJA 3DCRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1P A;  5P13 A;  5IE1 A;  2QI7 A;  3KYR A;  3LZV A;  4FAE A;  3HLO A;  5OZA A;  5P0F A;  4Y4E A;  3PCZ A;  1OD1 A;  2MIP A;  3NXN A;  5AHB A;  1EPP E;  1HII A;  1BXQ A;  1T7K A;  2VIE A;  4B72 A;  5OYV A;  1NPV A;  1D4Y A;  1EPO E;  5P3X A;  2VA5 A;  5P86 A;  1XE6 A;  2IRZ A;  4F76 A;  5P24 A;  3URL A;  4EWO A;  1HWR A;  5P7S A;  5P3O A;  1EPN E;  5SXN A;  5AHA A;  3L59 A;  3KFR A;  1DMP A;  5P25 A;  5AHC A;  3EM6 A;  3RTN A;  5P1E A;  4CMS A;  3IN4 A;  5P06 A;  4ER2 E;  4Y53 A;  1B6K A;  1FG8 C;  1MTB A;  1E81 E;  4DFG A;  5P1B A;  5P8B A;  4Y44 A;  2Q11 A;  5OZV A;  3VYE A;  1MUI A;  3UQR A;  2WED A;  4OBZ A;  2O4P A;  4RCE A;  1N49 A;  1QBR A;  5P1F A;  3HVG A;  3OGP A;  2AOC A;  3UFN A;  5IVR A;  1GVU A;  3Q4B A;  3EL4 A;  3MSK A;  2HM1 A;  4U7Q A;  5P6P A;  2ZHT A;  2P83 A;  5P6G A;  2P3D A;  3HBO A;  4J1C A;  4Q1W A;  3INH A;  5P33 A;  2F3F A;  5P1Y A;  1AZ5 A;  2BPY A;  1GVW A;  3VUC A;  3VF5 A;  2QHC A;  5P4M A;  3WSJ A;  1ME6 A;  4EXG A;  3RVI A;  3H0B A;  1HVH A;  3VFA A;  3NDX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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