4DJRA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with mkp97
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design, synthesis, and biological and structural evaluations of novel HIV-1 protease inhibitors to combat drug resistance.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Pol polyprotein
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djrA00
2QZKA 5P7MA 3OQDA 5HCTA 1K6VA 4DI2A 2AOEA 1IZDA 5DQ2A 3H0BA 4L7HA 5OZ5A 3GW5A 1HVCA 1SDUA 3KMYA 4DJOA 5P4XA 4Y44A 3PBDA 1NPWA 2FGVA 1BXOA 5HDZA 4B1EA 2V10C 3ER3E 1YX9A 1YTGA 3HDKA 1APWE 4M8XA 5P26A 1Z1HA 2AVOA 4Y3LA 4X2LA 2G69A 3OADA 5P5BA 3EC0A 1HXBA 1ME6A 5P40A 3QVIA 3K5CA 3NU4A 5P6LA 4B0QA 4L7JA 5OZ4A 3BXRA 3CYXA 8HVPA 3PWRA 4R95A 1LYBB 2IGXA 4LBTA 5P3SA 5P2YA 2OHMA 5P2FA 4GJ8A 1YTIA 3UDHA 1ZPKA 5OYZA 1BV7A 5P51A 2ZHUA 3VLAA 5P66A 2R8NA 3EKQA 4RVJA 4Y5AA 5OZ9A 4FCOA 4Y56A 5P6XA 5P4CA 2P83A 5E5JA 2OHUA 2BQVA 4DPFA 1SMRA 5P56A 3ZKSA 1KZKA 2QZLA 1QS8A 5OZRA 4J0TA 5P6YA 3OAGB 1RQ9A 1MUIA 3CIDA 5P5WA 4YA8A 3VYDA 5P8EA 5AHCA 4ZIPA 4Y3TA 5P4GA 4Y5BA 4K8SA 2BKSA 2XYFA 1HPVA 5P2QA 1LF4A 1K1TA 5P4SA 3BRAA 1IZHA 1APTE 5P5YA 4CPRA 3I6OA 3PSYA 3INFA 3PLDA 5P7AA 1T7IA 1KJHA 1FGCC 5P0RA 1K1UA 5P86A 3IXKA 1OHRA 4CKUA 4EJ8A 3R0WA 2ASIA 2G22A 4CMSA 4Y3HA 2IDWA 3UHLA 2AVVA 5AH7A 4F73A 2ER7E 2Q63A 3VEUA 5DQCA 1BDLA 1CZIE 5DR4A 2QCIA 3RSXA 2QI5A 3DM6A 2ANLA 5P3DA 2OHNA 5P77A 1BAIA 1SBGA 3B7VA 1HEGE 5P1EA 2QU3A 1GVWA 2BBBA 3UDKA 5HDVA 3NDTA 3EL4A 3MSLA 4J1HA 4B00A 5OZ1A 3T7QA 5P31A 5OYVA 5P29A 3Q70A 4BEKA 1B11A 4FRSA 2O4NA 4DPIA 3TOFA 1GVUA 3VUCA 2ZJHA 1GVTA 5P2IA 2QK5A 4FLGA 1FIVA 1EBWA 3L38A 1LYWB 5P85A 5P06A 1HEFE 4IVSA 2IENA 2Q15A 2WF0A 2WEAA 5JFPA 5P7NA 3OQFA 2RKGA 3QRSA 5T4SA 2OAHA 5P8KA 5KAOA 4Y53A 1AXAA 5P6RA 4K9HA 3DV1A 2F8GA 3TPRA 4WY6A 4I0JA 4Y4GA 4J1EA 3TH9A 2VIZA 1AJVA 5OZEA 5C9DA 4B1CA 2OHQA 2QMGA 5OYRA 1LYWA 3GI5A 3BXSA 3IVIA 4Z2ZA 2G27A 3NU3A 5P5QA 1LF3A 2HC0A 3KDDA 3UQUA 4YD4A 1BDRA 3HVGA 5P2WA 2WKZA 3IGBA 4U7VA 5OZKA 5P5PA 1MEUA 1K6CA 5P46A 4L7GA 4B77A 2PYMA 3ZPSA 3NYGA 4Y35A 2WF1A 2A4FA 1K6PA 3SAAA 1M0BA 1HVLA 3FNSA 3O9GA 2ZHTA 4I11A 4Y5PA 4WY1A 1K2BA 4D85A 1G2KA 2EWYA 1EBKC 1PPKE 3O9CA 5OZQA 5P70A 4ZPFA 5P0GA 5P6IA 1NPVA 3KN0A 3OUBA 5P0CA 3S7MA 5HE4A 1HRNA 1OEXA 4QGIA 5P44A 3EKXA 5P5MA 2PK6A 2XYEA 3VFBA 3VV6A 4J55A 3I25A 3OGPA 5OZZA 1KJ7A 4GMIA 2PQZA 4U7QA 5P3JA 4GJ5A 5P11A 1EC2A 2ZYEA 5P7HA 3KM4A 3R1GB 3VV7A 3KFNA 3EM6A 2ER6E 3Q6YA 2P3BA 4GJAA 2NXMA 4U8WA 1EC1A 4KUPA 2QI1A 1CPIA 3G72A 2BPYA 5P2UA 4Y38A 4DQBA 1W51A 5P09A 2Q11A 4B78A 2Q5KA 3UFLA 5P0FA 5P55A 4AUCA 5HDXA 5P04A 5P0QA 1HPSA 3BVBA 2VJ6A 4NJSA 4MC9A 3RTMA 4DJUA 5COKA 5P4OA 3VYEA 3PWMA 2F80A 2QU2A 1XS7D 4I0IA 4J0ZA 3SPKA 3OWNA 1AJXA 2A1EA 5P58A 4LAPA 2QHZA 1TSQA 5P1FA 5P6DA 1WKRA 5OZ7A 5P7TA 3UTLA 1MIQA 2ZHVA 5P1PA 3SA3A 3FIVA 5P3BA 1D4KA 5P0YA 4Y3GA 3O9BA 1EC0A 3QI1A 2WL0A 2QMPA 4JOOA 5BWYA 1ZSRA 5P7OA 2Z54A 3LZSA 5P7KA 5P4LA 3HAWA 5P1XA 4GJCA 4DJXA 2AOFA 3ST5A 3OUDB 1B6PA 4ER2E 5P2TA 4YD5A 4Y4DA 3OUAA 2PK5A 1HVJA 3BVAA 2WF4A 5P43A 5IS4A 4I8WA 1FQ6A 3QIHA 3EMYA 3OU1B 5OZ2A 1E81E 1UPJA 4S1GA 5OYWA 4Y5CA 5P6SA 2OHSA 2V16C 3ECGA 5OYYA 4I0FA 3URLA 2WECA 2QHCA 3LNKA 4JPEA 4EPJA 5KR2A 4DJWA 3OUDA 5P2RA 1QBTA 5OZDA 4TVHA 3EKYA 2FIVA 1HTEA 5P15A 4RVIA 5DQ4A 2AVSA 5P2BA 5P6ZA 1A8GA 1EPLE 2PMAA 4FRKA 5P74A 3OU1A 4DQEA 4EYRA 5P2DA 5P4UA 5P2EA 1A30A 5P0AA 5DR3A 3SKGA 5IVRA 3MSKA 2QNNA 2RSPA 1BBSA 5P1LA 1ZAPA 2SAMA 2B7ZA 1MVPA 3S7LA 2P8HA 5DQ1A 5P1WA 5I3YA 5P00A 4R8YA 4Y4XA 5P2VA 1EPPE 2IKUA 2AOCA 1AVFA 1HSGA 2HS2A 3NU5A 4JPCA 5P8CA 4Y3RA 2XFKA 2BPXA 1D4JA 2F3EA 2FNTA 5P4IA 3D1ZA 5P5EA 3INDA 1C6XA 4DJVA 3TPPA 3B80A 5P72A 2BPVA 2QI3A 3AIDA 2O4SA 4ZPGA 3VG1A 1FG6C 1HXWA 1TW7A 1D4LA 1T7JA 5P1OA 5P0TA 1FMBA 2I4VA 4DQGA 2FDDA 3SA8A 5SY2A 5ISKA 2NNKA 1EAGA 5P5AA 2R43A 5OZBA 3PMYA 4Y5EA 5P8IA 5P1AA 5P48A 5P67A 4PZXA 3L5FA 2HM1A 5P3NA 1DPJA 3NSHA 6UPJA 5ENMA 3UFNA 3VFAA 4K4QA 3NUOA 2O40A 5P7VA 4ZSQA 2MIPA 3HW1A 4COEA 3OXCA 1RV7A 1XN3A 5P50A 3KT2A 4I8ZA 3HD8A 2NMYA 2G1NA 4JECA 3IVHA 3AUPA 4DJRA 1VIKA 4GJDA 3QP0A 5P8VA 3SM2A 4Y4TA 5P0SA 5P76A 3LZUA 2Z4OA 5OZHA 4AMTA 5I3XA 5P57A 1IDAA 3O9IA 5AH8A 5P19A 4H1EA 5P3RA 1EPME 4NJUA 1Z8CA 1TSUA 5AH6A 5P0EA 1HVRA 5P02A 4OD9B 3OADB 1FQXA 5I70A 1QBUA 2P3CA 4Y36A 5P2AA 5P8LA 2O4LA 3LINA 5P5SA 1E80E 5KQXA 3N4LA 5ISJA 1HOSA 3VSWA 2NTRA 3ER5E 4EWOA 3MWSA 3GGAA 1FFFC 5P0NA 3NU6A 3DV5A 4FAFA 5AHBA 4Y54A 1TCXA 3KMXA 3L58A 3QBHA 3QAAA 5P1KA 1BILA 3TKGA 2WEZA 5OYXA 3LZVA 2NXDA 4Y4WA 5P68A 5P60A 3ZKQA 4OD9A 1UH8A 1YM4A 4HEGA 3TOHA 1FF0C 5DR0A 2HB3A 4DUSA 5P4QA 5P23A 3NLSA 5P4WA 4D89A 1NH0A 1Z1RA 1ZBGA 3ZOVA 1F34A 3S2OA 1ODYA 3OGQA 5P49A 1DP5A 2IGYA 2B8LA 2QZXA 4D88A 2OHLA 5P2ZA 3SA4A 4RROA 5P3UA 3Q4BA 3PJ6A 2PWCA 5ER1E 5P1VA 6APRE 2HB4A 5HCOA 4HDFA 4DQCA 3SA7A 4Y4EA 5P5ZA 5EZXA 3G70A 2OHTA 1UH7A 5P3YA 1MTRA 1BWBA 4Q1YA 4CPTA 3OQKA 4GYEA 1A94A 4DVFA 3APRE 3DCKA 4J0VA 4N00A 4A4QA 5P5FA 3EL1A 5P0DA 3UPJA 1M4HA 4DQFA 4Y3FA 4Y37A 3APPA 3PHVA 5B18A 5P5NA 1FLHA 1C6YA 1DAZC 1QDMA 4H3GA 2HAHA 4D83A 2JJJA 5P5OA 5OZ0A 1WBKA 5P7ZA 4TVGA 4YDFA 5P7IA 3WZ6A 1IZEA 1T7KA 2OHRA 2P4JA 3SQFA 4DJPA 4EXGA 2I4UA 4QJAA 2F81A 3L3AA 3SABA 3D1YA 4QJ8A 1LS5A 5P64A 5P5IA 3TOGA 3KDCA 5P45A 5DPZA 5P6MA 1MSNA 3PSUA 1PPLE 5P6UA 1HTGA 5KQFA 2WEBA 4L1AB 4FRIA 5P1TA 3NUJA 5P3FA 2Q55A 1A9MA 5OYSA 5P08A 3R0YA 3PB5A 5APRE 2AOHA 4PZWA 5DR8A 1LZQA 4PEPA 4RLDA 2H6SA 3ZKXA 3FSMA 5P0BA 3VF3A 1SIVA 3RSVA 4Y57A 3DJKA 3DK1A 3UDRA 5P0HA 4H3FA 5P5XA 5P5HA 5P8JA 2R38A 1HVIA 3BC4A 3K4VC 7UPJA 2FXEA 4FSEA 5P0PA 3LIQA 4L1AA 2XFIA 4I0HA 3QPJA 3RU1A 5P7BA 1K6TA 2ZDZA 3QRMA 2I4WA 4J5JA 3S43B 5P3OA 1AM5A 4I10A 3BHEA 2V11C 4ZSRA 3OXVA 3RTHA 4Y5GA 5P0UA 1YTJA 4FSLA 3NR6A 5HU1A 3BUGA 1SIPA 5P0IA 4CP7A 1ZJ7A 5P2MA 3LIZA 5KOSA 1SP5A 4YCYA 4Y41A 5P25A 5P8TA 1HPXA 4HDPA 2B7FA 5P5TA 2VKMA 5P03A 4DFGA 3PGIA 5P5DA 3T7PA 4Q1NA 4QJ6A 1T3RA 5AHAA 5P8RA 3IAWA 3PM4A 4R91A 3S43A 4CPWA 3GGUA 3TL9A 1G6LA 1YG9A 4H3JA 2OF0A 1W6HA 3CYWA 1JLDA 3KF0A 1FMUA 5OZNA 3QVCA 5P0KA 5OZUA 2VIJA 5P10A 5I3VA 1BWAA 5P8PA 3D1XA 1EEDP 1DMPA 5P20A 1KJFA 2QAKA 3NWXA 2Q64A 2PWRA 5JG1A 5P8OA 5P4EA 5P6CA 1W5XA 5P73A 2WF3A 4Y48A 5P18A 1DW6C 2IKOA 2P3BB 1LF2A 2CEMA 4B05A 1PPME 5P6GA 5OYTA 1PSAA 3OHFA 5P1ZA 5P3PA 9HVPA 5IE1A 1FQ5A 4D8CA 2I4XA 4EJKA 5P6WA 1BXQA 3S45A 1HIHA 4CPXA 3OU3A 3OY4A 5P3EA 1IVPA 3HBOA 3UF3A 2VJ9A 5P3ZA 3O9AA 5P2SA 5P1BA 2WEDA 5P6FA 5OZLA 3WZ7A 3FKTA 3LITA 4IVTA 3OUCA 5P8QA 5P7PA 2WF2A 1IBQA 5P4RA 2BPZA 5P84A 1RNEA 2G1OA 4YCKA 1W6IA 3EM4A 5P75A 5P32A 4M8YA 4QJ9A 4DH6A 3O9DA 5KR1A 3LHGA 3INHA 4YE3A 5OZIA 1LEEA 1HTFA 5SXNA 5P4NA 1XL5A 1MT8A 3IXJA 4Y3MA 1W50A 3L5EA 2I4QA 1B6LA 4ZE6A 1SDVA 4OC6B 3UDPA 4CPUA 1QBRA 3UCBA 3QROA 1B6MA 5P6AA 1A8KA 4R5NA 3WZ8A 3FNTA 4GIDA 3MXEA 2O4PA 2CEJA 3K5GA 3WB4A 4YOAA 3KT5A 5P05A 3VLBA 2UY0A 5P0XA 3LPJA 3EL9A 3TPLA 4Q1WA 5IVTA 2R3TA 4OBDA 2P3AA 1IZIA 5OZ8A 3T6IA 3U71A 2JJIA 4OC6A 1FB7A 1BVGA 1AIDA 1G35A 5P5VA 3PSGA 2QNPA 4EXHA 2G1YA 2I0DA 4HA5A 5P62A 1K2CA 2IQGA 4EQ0A 3NDUA 5JFUA 4B70A 2QI6A 4PHVA 2HPEA 1FQ8A 3CICA 4GJ9A 3GI6A 4EJDA 3PBZA 2VA7A 3SO9A 5OZAA 5P7EA 1Q9PA 5P71A 2ZHSA 3WSJA 5COOA 5P4HA 1PROA 5P3CA 5P7SA 3T11A 4FM8A 3LIVA 3D20A 1ZTZA 2QMFA 4YD7A 2RKFA 4FGXA 5P3AA 5HVPA 4XXSA 5OZ3A 5P0JA 5SZ9A 4Y3WA 2I4DA 4AZYA 3O9LB 3VV8A 4DJQA 5P37A 2FDEA 3GGVA 4Y39A 3LPIA 3OQAA 1SGUA 2BJUA 3S8IA 3L5BA 3U7SA 3PLLA 1IDBA 3S85A 5OYQA 4BELA 3MXDA 4K4PA 1ODXA 1QBSA 2QI0A 4B1DA 5P7FA 3D3TA 5PEPA 3PI5A 5P69A 3S54A 2AOIA 3IA9A 5P1JA 3HLOA 2VA5A 1SH9A 1IIQA 2PSVA 1GVVA 4YOBA 3O9LA 5P0OA 1HVKA 3KFSA 5P2NA 3TNEA 5P1IA 2QP8A 5P6HA 3PEPA 4Y5MA 2QNQA 5P7DA 2UPJA 3EKTA 4HLAA 4Y5LA 1B5FB 2HS1A 5BS4A 5F00A 2P3DA 2AZ9A 4APEA 3EL5A 5P6JA 4BFDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QZK A;  5P7M A;  3OQD A;  5HCT A;  1K6V A;  4DI2 A;  2AOE A;  1IZD A;  5DQ2 A;  3H0B A;  4L7H A;  5OZ5 A;  3GW5 A;  1HVC A;  1SDU A;  3KMY A;  4DJO A;  5P4X A;  4Y44 A;  3PBD A;  1NPW A;  2FGV A;  1BXO A;  5HDZ A;  4B1E A;  2V10 C;  3ER3 E;  1YX9 A;  1YTG A;  3HDK A;  1APW E;  4M8X A;  5P26 A;  1Z1H A;  2AVO A;  4Y3L A;  4X2L A;  2G69 A;  3OAD A;  5P5B A;  3EC0 A;  1HXB A;  1ME6 A;  5P40 A;  3QVI A;  3K5C A;  3NU4 A;  5P6L A;  4B0Q A;  4L7J A;  5OZ4 A;  3BXR A;  3CYX A;  8HVP A;  3PWR A;  4R95 A;  1LYB B;  2IGX A;  4LBT A;  5P3S A;  5P2Y A;  2OHM A;  5P2F A;  4GJ8 A;  1YTI A;  3UDH A;  1ZPK A;  5OYZ A;  1BV7 A;  5P51 A;  2ZHU A;  3VLA A;  5P66 A;  2R8N A;  3EKQ A;  4RVJ A;  4Y5A A;  5OZ9 A;  4FCO A;  4Y56 A;  5P6X A;  5P4C A;  2P83 A;  5E5J A;  2OHU A;  2BQV A;  4DPF A;  1SMR A;  5P56 A;  3ZKS A;  1KZK A;  2QZL A;  1QS8 A;  5OZR A;  4J0T A;  5P6Y A;  3OAG B;  1RQ9 A;  1MUI A;  3CID A;  5P5W A;  4YA8 A;  3VYD A;  5P8E A;  5AHC A;  4ZIP A;  4Y3T A;  5P4G A;  4Y5B A;  4K8S A;  2BKS A;  2XYF A;  1HPV A;  5P2Q A;  1LF4 A;  1K1T A;  5P4S A;  3BRA A;  1IZH A;  1APT E;  5P5Y A;  4CPR A;  3I6O A;  3PSY A;  3INF A;  3PLD A;  5P7A A;  1T7I A;  1KJH A;  1FGC C;  5P0R A;  1K1U A;  5P86 A;  3IXK A;  1OHR A;  4CKU A;  4EJ8 A;  3R0W A;  2ASI A;  2G22 A;  4CMS A;  4Y3H A;  2IDW A;  3UHL A;  2AVV A;  5AH7 A;  4F73 A;  2ER7 E;  2Q63 A;  3VEU A;  5DQC A;  1BDL A;  1CZI E;  5DR4 A;  2QCI A;  3RSX A;  2QI5 A;  3DM6 A;  2ANL A;  5P3D A;  2OHN A;  5P77 A;  1BAI A;  1SBG A;  3B7V A;  1HEG E;  5P1E A;  2QU3 A;  1GVW A;  2BBB A;  3UDK A;  5HDV A;  3NDT A;  3EL4 A;  3MSL A;  4J1H A;  4B00 A;  5OZ1 A;  3T7Q A;  5P31 A;  5OYV A;  5P29 A;  3Q70 A;  4BEK A;  1B11 A;  4FRS A;  2O4N A;  4DPI A;  3TOF A;  1GVU A;  3VUC A;  2ZJH A;  1GVT A;  5P2I A;  2QK5 A;  4FLG A;  1FIV A;  1EBW A;  3L38 A;  1LYW B;  5P85 A;  5P06 A;  1HEF E;  4IVS A;  2IEN A;  2Q15 A;  2WF0 A;  2WEA A;  5JFP A;  5P7N A;  3OQF A;  2RKG A;  3QRS A;  5T4S A;  2OAH A;  5P8K A;  5KAO A;  4Y53 A;  1AXA A;  5P6R A;  4K9H A;  3DV1 A;  2F8G A;  3TPR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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