4DJVA

Structure of bace bound to 2-imino-5-(3'-methoxy-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-3-methyl-5-phenylimidazolidin-4-one
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure based design of iminohydantoin BACE1 inhibitors: Identification of an orally available, centrally active BACE1 inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 106
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djvA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djvA02
4GJ6A 4B1DA 2BPZA 3UDMA 2FGUA 4J55A 2J9KA 1ZAPA 2XYFA 3UQXA 4YE3A 1HIIA 1VIKA 3G70A 5P35A 2FGVA 3NWXA 1EPME 2G69A 2F3EA 5P2DA 5P4RA 4DJQA 3NR6A 1RQ9A 1DAZC 2PWCA 5P12A 1YX9A 2JJJA 1MTRA 5P1VA 1B11A 5P4DA 3DJKA 5P20A 5P4SA 5P2MA 3ZPSA 3WZ8A 1TCXA 5AHCA 5P5MA 5P7CA 4J5JA 3PWRA 3WSJA 3KFNA 3Q70A 1W5VA 2ZGAA 1YTIA 5P8PA 3U7SA 5P5TA 4AZYA 5AH9A 1EPNE 4N00A 3QP0A 1SDUA 1QDMA 3LZUA 4ZSMA 5P7RA 2G1RA 3VFBA 1ZSRA 3ZLQA 5P19A 1W5WA 1FQ5A 4L1AA 1FQ7A 2F3KA 2B8VA 1K1TA 2NMZA 4HDPA 4GIDA 2QMDA 5J25A 5F00A 3ZKGA 3NU6A 4Y3FA 2B60A 3OY4A 3CICA 3SQFA 2AQUA 3I6OA 5P3CA 1Z8CA 1LYBB 1HPOA 5P2CA 3CIBA 1D4SA 3UDYA 2OHLA 5DQCA 1QBRA 4Y3QA 5BWYA 3RSVA 2AOFA 3BC4A 5P8TA 4LBTA 4Y5NA 1T7IA 5OZ5A 5P4LA 4F74A 4ACUA 3HAUA 4CPSA 1GKTA 3TOGA 3LIXA 4Y36A 4WY6A 1CPIA 2A1EA 3AIDA 4QJ8A 2QNQA 5P3SA 1MIQA 3CIDA 5P4JA 3O99A 3EKXA 5P48A 5P3KA 3OOTA 4B72A 2QCIA 5P09A 1M4HA 1FG8C 4EHCA 5P6TA 2V13A 3AUPA 5P1AA 3SLZA 1PPME 2PSGA 3OU3A 2WECA 2AVMA 4Y44A 3KN0A 1SMRA 4Y4DA 4J0ZA 2IKUA 1W6IA 1IZHA 1TW7A 3EKWA 4Y53A 4Y3XA 5P15A 2IQGA 3O9DA 4RVJA 4Y50A 1HBVA 5P42A 3FX5A 3PGIA 2QD8A 2RKGA 1FF0C 4QJ6A 2I0AA 2O4SA 2ZHRA 5P0KA 5P49A 3WZ7A 4B1EA 5P4YA 5P18A 4TVHA 4J0TA 3PRSA 3NDUA 5P2AA 5P7ZA 1IDAA 5KR8A 3NDXA 2R3WA 3GI6A 3Q5HA 2BKSA 3SA8A 1K6TA 2AZBA 5HDVA 3O9GA 5EZZA 2ANLA 5PEPA 4DFGA 2I4WA 4XXSA 2VNNA 4RVIA 2RMPA 3LZVA 4DQHA 3DCRA 3WZ6A 3PLLA 2AIDA 2FNTA 4I0EA 4Y3PA 1ODXA 4Z4XA 5P54A 5P30A 3GI5A 3S54A 1W5YA 1MSMA 5I3VA 1MEUA 2VIEA 4K4RA 2B7ZA 3HDKA 4RRSA 4CPQA 3OXCA 2ZJNA 5P89A 5P26A 3L38A 4F73A 5P7OA 4AMTA 3TPPA 3ER5E 3B80A 3HZCA 5P4GA 5HTZA 4Y47A 5DGWA 5OZZA 1QBUA 5P1IA 1SMEA 2XFJA 5P3WA 2BJUA 3U6AA 4J1EA 2UXZA 4NJUA 4CPWA 5P1SA 3UFLA 3VLAA 4A6CA 1HHPA 4Y4JA 5P8BA 1WBKA 3T11A 4D85A 5AHBA 1C6XA 5OYVA 5P64A 1LF2A 1EC2A 2ZJLA 2I0DA 1MVPA 3OQKA 5CLMA 4ZPGA 4Y3HA 3UDPA 5P3VA 2WL0A 5HE5A 4NJVA 8HVPA 1FQXA 1B6LA 5P7YA 5P7NA 4CP7A 2G22A 1LS5A 5P3QA 5P4OA 3VYEA 4Q1NA 5P05A 5OZ9A 4EP3A 3B7VA 4YD5A 5P8UA 2PYMA 4OC6A 2G27A 2P3BA 3VG1A 3IXOA 3SM1A 3SKGA 2IKOA 1T6GA 2QNNA 2G1YA 5P7JA 5P8FA 2QZLA 4I0IA 5P4PA 4H3IA 4I0FA 2G1OA 4WY1A 1PPKE 4GJCA 5P2JA 3EXOA 5P4AA 1D4HA 2PQZA 2F80A 4FAFA 2OHPA 1YTHA 5P53A 5P4QA 3LIYA 4Z2ZA 3K5CA 3OTYA 5HCTA 1BIMA 3NUJA 4RCFA 4R92A 3HD8A 3NLSA 3GGXA 1ZBGA 5P5SA 1EPPE 3PMUA 1FMUA 2R9BA 4Y4BA 5ISKA 5HVPA 2BQVA 5OYRA 4EJ8A 5HDUA 3INHA 1KJFA 3PVKA 5P1CA 2R38A 2HM1A 2OF0A 3RTHA 5P4XA 1BBSA 4RLDA 4DJRA 2AVQA 5P65A 3T7QA 5OZJA 2RENA 4Y38A 5P86A 2MIPA 3INFA 2QD7A 1EPRE 1HXWA 5P3HA 5COOA 4H3FA 5P08A 1HRNA 2WF3A 2IRZA 1ODYA 5OZMA 3R0WA 2P3BB 3H5BA 3KT2A 4DVFA 3OADA 2P83A 3OUDA 1ENTE 4FM7A 2Q5KA 4Y6MA 1SDVA 1B6PA 3RVIA 2AOEA 5P6AA 4XX3A 1A8GA 4B1CA 4QJAA 5P57A 5P38A 5P7AA 3NDWA 5DR3A 3QN8A 5P17A 3K4VA 2QMFA 4CPUA 2JXRA 2PWRA 2O4PA 4D8CA 5P7LA 3KDBA 5P5BA 4I0DA 4QJ2A 2CEJA 4RYCA 5KQZA 1EBZA 5P1MA 3EKQA 5P2BA 1ODWA 2BB9A 3EKTA 3CYWA 2QAKA 3SACA 2G1SA 3NSHA 3Q6YA 4KE0A 3VF3A 3TKGA 4XX4A 2PSVA 3GI0A 3C9XA 3BXSA 5P29A 3ZKNA 5P0HA 4NPTA 3IAWA 3L5CA 1K2CA 1LYAB 4U7VA 2O4KA 4LP9A 5P0AA 3TOFA 5DR1A 1XE6A 2ER9E 1AJVA 4JPCA 4PHVA 1RL8A 3SAAA 5OZ2A 3M9FA 1WKRA 2Q63A 2G24A 4YBFA 5P2IA 5BRYA 5OYWA 4FRJA 3BHEA 2WJOA 1SIVA 5P0XA 1SGZA 5P2FA 5JFPA 2FIVA 4FM8A 4NJTA 1EBKC 5P4NA 4Q1YA 4WTUA 2ER6E 5HDZA 5P0CA 3SABA 1RV7A 4TRYA 4Y5GA 1BXOA 4YDGA 1IDBA 3NU5A 4DJPA 4FSLA 5OZBA 5OZFA 5ISJA 5OZKA 2G94A 5OZPA 3H0BA 1HVHA 2V11C 2V0ZC 2Z4OA 5P5ZA 5P10A 5OZXA 1G35A 1KJ4A 5EZXA 1HSHA 3PBDA 3OU4A 5P6ZA 1AM5A 2Q55A 4I8ZA 1UH9A 1ZLFA 5P33A 3DV5A 3L58A 3FKTA 5P5EA 4CPXA 5P6XA 4B00A 5P0OA 4COEA 5P2LA 1HVIA 5OZIA 3VUCA 5P5JA 5P40A 5P5UA 1LV1A 2ER0E 2VJ9A 2QI6A 5P6UA 3URIA 5P66A 4JP9A 4ER4E 3JW2A 5P16A 3EMYA 1D4LA 1DIFA 2RKFA 1MTBA 4Y5KA 1HTRB 3UDRA 4S1GA 5P1GA 5P7KA 5HU1A 4Z22A 1LEEA 1D4JA 1HIVA 3PWMA 4J0YA 1T6EX 5P5HA 4X7IA 1NPWA 4Y3ZA 1BV7A 4J1CA 3BRAA 5P03A 2JYSA 5APRE 5I70A 4OD9A 3QVCA 4EXHA 5P32A 4Y5PA 2JJIA 3QS1A 5P0RA 3OU4B 2OHMA 2ZJMA 5P0EA 5P7EA 3UDHA 3OXWA 5P3AA 1EBWA 1D4IA 2ZHTA 3TPRA 3O9LA 4R93A 5IVSA 2Q3KA 5P0UA 4EPJA 3QRMA 3QI1A 3GW5A 2I4QA 2G20A 1CMSA 4Y3AA 3TPJA 4TRZA 3LPJA 3G6ZA 2AOJA 1AAQA 4PPHA 1ZPKA 4K8SA 3RSXA 4Q5MA 5P58A 4LC7A 4GJDA 5KR2A 5P4HA 5P3RA 4M8XA 3EL4A 1SIPA 1TQFA 5P5CA 1JLDA 1HIHA 5P4BA 5P3JA 4Y58A 4FCOA 2R5PA 2OHNA 5P4UA 4Y3RA 1HOSA 3PB5A 1YTJA 3R4BA 1YG9A 3DV1A 3KDCA 5P8EA 5P2YA 5P1WA 1YTGA 4Y3GA 4FS4A 4YOAA 1J71A 1GVUA 1SH9A 4Y45A 5P7FA 1TSQA 3O9CA 4DQBA 5IVQA 2QI1A 1QBSA 2IS0A 3D1XA 2AVVA 5P6MA 1FB7A 3UCBA 3S45A 5P25A 4QJ9A 3BUFA 4EWOA 5P3UA 4Y3MA 5P82A 5P8RA 4GZFA 4NJSA 1ZSFA 4ZSQA 3OU1A 5P45A 3CKTA 3KFSA 4Y3JA 2R8NA 4I0HA 1BDLA 2CEMA 1HVKA 3IVHA 2AOHA 2O4LA 3LITA 5P2OA 5C9FA 2PH6A 4LL3A 4TVGA 5P7PA 3T6IA 1XN2A 5P1EA 3DOXA 4EQ0A 5SZ9A 2WEZA 3ZKXA 4RROA 1C6ZA 3F9QA 4Y4ZA 2PMAA 4K4PA 5P8NA 3PMYA 5AH7A 5OYUA 1FEJC 4JECA 5P00A 1XL5A 5P77A 1QRPE 4H3GA 3UQRA 4Y39A 3QIHA 3SA5A 3SM2A 1K2BA 2QHYA 2WEBA 2JE4A 4EXGA 5P87A 1OD1A 4AA8A 4L1AB 1KZKA 4GYEA 1F7AA 5P7VA 3GI4A 2OHKA 4ZPFA 3VF7A 3ST5A 3LIZA 3CMSA 4ZIPA 3FV3A 3VV6A 3GGAA 2QP8A 4Y4AA 5P8DA 5P51A 5P6VA 5HE4A 5P6GA 1GVVA 2QNPA 4L7JA 4RCEA 1PSNA 3JVYA 6APRE 1KJ7A 2OHRA 5P8QA 5AH8A 1M43A 4Y5BA 4HA5A 5P2VA 3N3IA 4Y5EA 4GJBA 4RZ1A 3OHFA 3VCMA 4Y3EA 5P8AA 5KQYA 5DR4A 5P6JA 5OZ6A 5OYXA 1EPQE 5E5JA 5P5RA 4B05A 5P6KA 5P6LA 4Y43A 3VYDA 2BPVA 5OZUA 4A6BA 2VA7A 5P3TA 4YD3A 1MERA 4RVXA 5UPJA 1HVLA 1GVXA 2FMBA 5P5VA 5P8LA 1BAIA 5P6WA 3R2FA 7HVPA 1B5FA 5P01A 2UY0A 1ZJ7A 1MT7A 1MT8A 3QVIA 4KE1A 5OYYA 5P2XA 2QZXA 1FG6C 5P88A 4Y3NA 5P5LA 1DP5A 4M8YA 4DPFA 3D1YA 3L5DA 1HXBA 2QI4A 1HPSA 1APVE 4KB9A 4FRSA 5OYZA 3VV7A 5P79A 3NUOA 4J1KA 4H1EA 1SDTA 5P67A 1IZIA 5P5GA 5P4VA 2OAHA 5P4IA 3OAGA 5P0IA 1QS8A 4L7GA 3UDJA 3QRSA 2FXDA 2H6TA 3ZMGA 5OZRA 3INDA 1IVQA 4YHQA 1ER8E 3VF5A 4HE9A 2G1NA 2O4NA 3DK1A 5P39A 3LHGA 5P3BA 5P55A 1HTFA 4K9HA 4Y3LA 3D3TA 3S7LA 1FIVA 5P37A 3A2OA 3NDTA 4I10A 3MXDA 3SKFA 3FNTA 3K1WA 1B5FB 4PZXA 1GVWA 5JODA 3NYGA 3L3AA 5DR8A 4ZE6A 4Y35A 5OZNA 4YA8A 4Y3YA 4Y5LA 4IVSA 3LNKA 4FLGA 3LPKA 2FS4A 1C70A 1MT9A 5P7XA 5P0TA 3K5FA 4FIVA 5P6PA 3KDDA 1E80E 5P7UA 1A8KA 3SA6A 3I7EA 4YCYA 4Y4WA 4APEA 3LZYA 1LF3A 1BXQA 5P5PA 4J0VA 2NNPA 5P1QA 3HVPA 4EJKA 3IVIA 3HBOA 5P41A 4ZSRA 2ASIA 3OXXA 2AZCA 4D89A 2QI5A 3UDKA 1NPVA 1ZTZA 2PC0A 5DPZA 1DMPA 4CPRA 1GNNA 1E5OE 1C6YA 5P27A 2PSUA 1OHRA 2I4XA 4OC6B 2AVOA 2HPFA 5I3XA 4Y56A 2I4UA 5P3ZA 1U8GA 4AA9A 5AGZA 4OBDA 1HSGA 1MRWA 1PSOE 3D20A 3URJA 2NNKA 4J17A 3PSYA 5P1JA 5CONA 3PCWA 4B78A 4ZLSA 3GGUA 1FQ8A 4HLAA 2ZJIA 5P63A 5P8GA 4QLHA 3UQUA 4Y4EA 4AUCA 5P6OA 2FXEA 4I12A 4DJYA 5P4FA 4BEKA 2F8GA 1BDRA 5P7HA 4EQJA 3EL5A 5P1LA 3ZKSA 3LZSA 5P0LA 1AJXA 5P0QA 2P3DA 5P7WA 5P74A 2VJ7A 5P3PA 4DJXA 4Y4XA 4GMIA 3MSJA 5P6DA 2ZJHA 2BPYA 5P6RA 5P3GA 4MC9A 5P6NA 4KUPA 5TOLA 3T7XA 3ER3E 3OADB 1EPOE 3OUDB 3EKYA 2AOGA 1BVEA 4OBKA 3K5DA 1KJGA 3UQPA 3VSXA 1FFFC 5P62A 5P0NA 2RSPA 4I11A 2VA6A 4B77A 2P4JA 1D4KA 5P44A 2P8HA 1EAGA 5P4KA 4GB2A 5P6SA 4R5NA 3TL9A 4U8WA 1W5XA 5P3EA 4LXAA 4D88A 3SA4A 3ZL7A 5P4MA 3S43A 5P47A 3EBZA 2OHUA 1CZIE 3SPKA 4YCTA 1IZEA 4H3JA 1MUIA 5P2EA 5HU0A 3I2LA 1F34A 2HPEA 3IXJA 1K6PA 5P6QA 1YT9A 4APRE 3OQ7A 2Q11A 3ZKIA 3L59A 2VNMA 3QAAA 5P4CA 1LYWA 2HAHA 3QRVA 3APPA 5P81A 4J1FA 3K4VC 3PSGA 5P24A 2ZDZA 4YD7A 3T7PA 5P5OA 4X2LA 5P6HA 4EYRA 1UH7A 3EM3A 1FMBA 1BVGA 3UTLA 4EJLA 3MWSA 3LPIA 5P1XA 5JFUA 2VIJA 4E43A 4U7QA 4D83A 5P7QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GJ6 A;  4B1D A;  2BPZ A;  3UDM A;  2FGU A;  4J55 A;  2J9K A;  1ZAP A;  2XYF A;  3UQX A;  4YE3 A;  1HII A;  1VIK A;  3G70 A;  5P35 A;  2FGV A;  3NWX A;  1EPM E;  2G69 A;  2F3E A;  5P2D A;  5P4R A;  4DJQ A;  3NR6 A;  1RQ9 A;  1DAZ C;  2PWC A;  5P12 A;  1YX9 A;  2JJJ A;  1MTR A;  5P1V A;  1B11 A;  5P4D A;  3DJK A;  5P20 A;  5P4S A;  5P2M A;  3ZPS A;  3WZ8 A;  1TCX A;  5AHC A;  5P5M A;  5P7C A;  4J5J A;  3PWR A;  3WSJ A;  3KFN A;  3Q70 A;  1W5V A;  2ZGA A;  1YTI A;  5P8P A;  3U7S A;  5P5T A;  4AZY A;  5AH9 A;  1EPN E;  4N00 A;  3QP0 A;  1SDU A;  1QDM A;  3LZU A;  4ZSM A;  5P7R A;  2G1R A;  3VFB A;  1ZSR A;  3ZLQ A;  5P19 A;  1W5W A;  1FQ5 A;  4L1A A;  1FQ7 A;  2F3K A;  2B8V A;  1K1T A;  2NMZ A;  4HDP A;  4GID A;  2QMD A;  5J25 A;  5F00 A;  3ZKG A;  3NU6 A;  4Y3F A;  2B60 A;  3OY4 A;  3CIC A;  3SQF A;  2AQU A;  3I6O A;  5P3C A;  1Z8C A;  1LYB B;  1HPO A;  5P2C A;  3CIB A;  1D4S A;  3UDY A;  2OHL A;  5DQC A;  1QBR A;  4Y3Q A;  5BWY A;  3RSV A;  2AOF A;  3BC4 A;  5P8T A;  4LBT A;  4Y5N A;  1T7I A;  5OZ5 A;  5P4L A;  4F74 A;  4ACU A;  3HAU A;  4CPS A;  1GKT A;  3TOG A;  3LIX A;  4Y36 A;  4WY6 A;  1CPI A;  2A1E A;  3AID A;  4QJ8 A;  2QNQ A;  5P3S A;  1MIQ A;  3CID A;  5P4J A;  3O99 A;  3EKX A;  5P48 A;  5P3K A;  3OOT A;  4B72 A;  2QCI A;  5P09 A;  1M4H A;  1FG8 C;  4EHC A;  5P6T A;  2V13 A;  3AUP A;  5P1A A;  3SLZ A;  1PPM E;  2PSG A;  3OU3 A;  2WEC A;  2AVM A;  4Y44 A;  3KN0 A;  1SMR A;  4Y4D A;  4J0Z A;  2IKU A;  1W6I A;  1IZH A;  1TW7 A;  3EKW A;  4Y53 A;  4Y3X A;  5P15 A;  2IQG A;  3O9D A;  4RVJ A;  4Y50 A;  1HBV A;  5P42 A;  3FX5 A;  3PGI A;  2QD8 A;  2RKG A;  1FF0 C;  4QJ6 A;  2I0A A;  2O4S A;  2ZHR A;  5P0K A;  5P49 A;  3WZ7 A;  4B1E A;  5P4Y A;  5P18 A;  4TVH A;  4J0T A;  3PRS A;  3NDU A;  5P2A A;  5P7Z A;  1IDA A;  5KR8 A;  3NDX A;  2R3W A;  3GI6 A;  3Q5H A;  2BKS A;  3SA8 A;  1K6T A;  2AZB A;  5HDV A;  3O9G A;  5EZZ A;  2ANL A;  5PEP A;  4DFG A;  2I4W A;  4XXS A;  2VNN A;  4RVI A;  2RMP A;  3LZV A;  4DQH A;  3DCR A;  3WZ6 A;  3PLL A;  2AID A;  2FNT A;  4I0E A;  4Y3P A;  1ODX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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