4DJWA

Structure of bace bound to 2-imino-3-methyl-5-phenyl-5-(3-(pyridin-3-yl)phenyl)imidazolidin-4-one
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure based design of iminohydantoin BACE1 inhibitors: Identification of an orally available, centrally active BACE1 inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djwA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djwA02
2PH8A 1SDUA 3AIDA 4Y4BA 1FB7A 3PWRA 3OY4A 4WY1A 3LINA 2OHLA 4Y5BA 4Y38A 1XE5A 4J1CA 5P5SA 5P1JA 4L7HA 3T6IA 3QVIA 2OHSA 3KMYA 1HPOA 3KFPA 5AH6A 2XYEA 3CYWA 5P6WA 2JJIA 5HE5A 5P48A 4ACUA 5P23A 4I8ZA 4J0PA 3URJA 2QMFA 5P89A 2G20A 2VJ7A 5P11A 5P3TA 2AZ9A 1FFIC 4L7JA 5P2QA 5P0JA 1A30A 4M8XA 4MC2A 1HVKA 4Y4GA 5P53A 3MXEA 4Y3PA 1B5FA 5IVQA 4YD3A 3HZCA 1DW6C 5P7GA 5P1HA 5P6AA 3LNKA 3OQFA 3QRVA 4R91A 4OBHA 3NU6A 4EP3A 5P60A 1M0BA 4YD7A 4QJ6A 3DV5A 3OU4A 1A9MA 2VJ9A 1FF0C 3KT2A 3BC4A 1WBKA 4GYEA 5HDVA 3UDJA 4ZE6A 5P5XA 4Y53A 2XFJA 5P4ZA 2PC0A 1K6CA 1K2BA 4GJAA 1BIMA 1C6XA 2WL0A 1PROA 3H5BA 1DMPA 1CPIA 1EAGA 4FSLA 4QLHA 4ER2E 5P5LA 3S43A 4GJ7A 4J54A 5P64A 4D88A 4B1EA 5P8CA 1ZPAA 3O9BA 5P51A 3S8IA 2QAKA 3O9CA 1RPIA 3OUBA 2Z54A 5P15A 3Q4BA 4YE3A 5P8QA 3ZKQA 3VV7A 4NKKA 4OD9B 2QU2A 4Y4XA 1QBTA 4J1IA 4Y5EA 4FRKA 1GKTA 4HA5A 3S53A 4Y54A 3T11A 1BXQA 5IE1A 3DM6A 3EXOA 1HVIA 4R95A 4R93A 5C9DA 5P5NA 3L59A 5P19A 5OZHA 4DUSA 4R92A 2G22A 4QJ7A 3O9EA 2O4KA 1EBYA 3O99A 3ECGA 4PYVA 1APWE 4FRIA 5P2NA 5OZJA 2WEBA 5P7WA 4DI2A 5P71A 4H3GA 3SA4A 1SIPA 1PPLE 3KA2A 1U8GA 3OADB 5P42A 3MSJA 5P3UA 3HBOA 1A8GA 1J71A 5HCOA 4NJSA 1D4KA 3EL9A 5KR2A 3ZKGA 5P5GA 4E43A 3NWXA 4OBFA 4AA8A 4ZPEA 3CKRA 2J9KA 4Y5CA 4HEGA 4GJ6A 3ZKSA 4ZSMA 3NDXA 2QD8A 5HDZA 1EPOE 4OBDA 1YTJA 5P3AA 5OZ0A 5P0YA 5P00A 1KJGA 2RMPA 3L5BA 5P6NA 1MEUA 4TRZA 1GVUA 1T7KA 1HVJA 1PSNA 2BB9A 4CPSA 4Y3AA 1MSNA 3NUOA 5P29A 5I3VA 2QI1A 5OZ4A 5P78A 1TW7A 4J1EA 4L1AA 5OYZA 4XXSA 2UXZA 4Y3YA 1HIHA 2MIPA 1ZLFA 5P62A 2H6TA 3GI4A 3R0WA 2RKFA 5P5YA 2HAHA 1BVGA 2Q64A 2QU3A 3TH9A 5OYRA 2PSGA 2G1RA 5P7IA 2NXMA 1LYWB 4DV9A 3QP0A 4K4PA 4Y3WA 5P2KA 4EQJA 1AXAA 4YCTA 3EM4A 4XKXA 1E81E 3NUJA 3WZ6A 5P5PA 3VF3A 2V12C 3UDYA 3VYEA 4RRSA 1W6HA 1B11A 4Y3GA 4D89A 3LZSA 2FLEA 2BJUA 3OOZA 5OYYA 2R3WA 3LIZA 3OXXA 5P1MA 5P73A 5P69A 5JODA 3OQAA 4Y45A 5C9FA 3K4VC 1EC3A 1UH7A 3FNTA 1LV1A 5P8VA 3NXEA 5P8NA 4B1CA 2G21A 3OGPA 5P3LA 5P8SA 3O9AA 5BRYA 5COKA 5P2CA 4YCYA 5P0UA 3LZUA 2P3CA 3VSWA 5P5MA 4Y3HA 5P2ZA 2BPYA 4U7QA 3UQWA 3FSMA 1MVPA 1IZEA 1MRXA 5P7TA 5OZ8A 1HTEA 2XFKA 1BAIA 1A8KA 2V00A 1IZDA 4CPUA 1UH9A 3BHEA 1T6GA 1IDAA 4PEPA 5P1LA 4LP9A 3RSVA 5B18A 5P4FA 4KUPA 4LXAA 3CKTA 1MT9A 3OHFA 2HB2A 2VKMA 3ZPUA 4H3IA 5P5IA 3BUGA 5P1DA 4DJYA 5P81A 5UPJA 5P0HA 2V0ZC 3EM3A 2I1AA 3TPJA 5P54A 1DP5A 3R0YA 2FNTA 4F76A 5KQFA 1QBUA 2VIZA 5P3JA 5P2DA 4YA8A 5P7FA 3SA5A 1NPWA 4APRE 2A4FA 4DJRA 1ODXA 3OXVA 3LPKA 2AZ8A 5OYTA 3RTNA 4RYGA 5AHAA 5P6DA 4DJVA 4AZYA 1G0VA 1XL5A 5P03A 1YTHA 3K5GA 2WF4A 4Z2ZA 2VNMA 1YTGA 3SM1A 5P8FA 4Y5MA 5P8KA 2Q11A 3D1ZA 5DR3A 3I6OA 2VS2A 3B80A 2VJ6A 5P5CA 5P4LA 3S54A 4ER1E 5P05A 2ZJNA 2IKUA 1N49A 4Y3NA 2I4QA 3HD8A 3NDUA 2QNPA 5OYUA 4Y58A 4R8YA 5P6QA 1FFFC 5P83A 5P5ZA 3LZVA 1EBKC 1QBSA 2F80A 2IENA 3N3IA 2G94A 5P5KA 5HU0A 5P3IA 4GB2A 5TOLA 4J17A 4FM8A 3L5FA 4HE9A 5OZZA 2RSPA 4Z4XA 5P5DA 1WKRA 2NNPA 5P8TA 5OZYA 5SY3A 5HVPA 1APTE 2PSUA 1EC1A 5P7ZA 2P3BA 3L38A 5P1QA 2B42A 3OK9A 5P1UA 3IGBA 1HVRA 5P0XA 2R5QA 4KB9A 5P2BA 5P6CA 3WSJA 2O40A 1DPJA 6FIVA 2R3TA 1HWRA 2R43A 3A2OA 2V10C 4APEA 4Y3RA 4RCFA 4Y3FA 5P88A 1FMUA 1TCWA 3BVBA 3L5EA 2QZKA 3PCWA 5P6XA 3VFAA 5OZGA 2AVVA 3N4LA 3EKQA 3NDTA 3EKYA 3Q3TA 3LIVA 5P76A 3CIDA 3G6ZA 1BXOA 4Y48A 4DJXA 5P28A 1APVE 5KR0A 3L58A 1QDMA 3OAGB 1T6EX 5P5TA 3RU1A 4Y43A 3ZPTA 5BS4A 5P68A 2HC0A 2IQGA 2APRA 3IVIA 4DQGA 3TOGA 4DQHA 1FQ8A 5OZ6A 2G1SA 5KQYA 4ER4E 4L6BA 4Y36A 3S45A 5P7CA 5HE7A 5P0QA 2IRZA 5P7YA 5P0OA 3DJKA 2ER9E 3Q6YA 5OZXA 2BPXA 5P3RA 4Y5GA 5P17A 5P52A 2FGVA 4Y6MA 5OZIA 1W51A 2F8GA 1MUIA 2O4LA 5P55A 5KR1A 5IVTA 3ER5E 4Q5MA 3HAUA 4HVPA 1MIQA 2IL2A 1GVWA 2F3FA 1NPVA 4TRYA 5P10A 5OZNA 5P4GA 5PEPA 3TTPA 1IVPA 1TSQA 3BGCA 5OZAA 2QHCA 4XX3A 5DQ5A 5SZ9A 4A4QA 3UF3A 4B70A 1RNEA 4Y4UA 5P4NA 3O9FA 5P37A 4LL3A 5HDUA 3R1GB 5P18A 5J25A 1ZTZA 4EXGA 5AGZA 5P25A 2OF0A 5IVSA 5P3NA 2NNKA 2I4VA 1XN2A 2NXDA 4JP9A 3KN0A 3T7QA 4EPJA 1EBWA 1SGUA 2QI7A 3EL5A 4HDBA 3UPJA 4ACXA 3NWQA 5ER1E 5JG1A 3O9GA 1IVQA 5P57A 4J55A 1HXWA 3VF5A 1GVXA 1ZBGA 5OYWA 3UFNA 4PPHA 5OZRA 4Y5KA 2WEDA 2FDPA 3IXOA 3TLHA 2I0AA 3PSGA 2VA5A 5I3XA 4RVIA 4MC9A 5P6JA 5P87A 3TNEA 1ENTE 2UPJA 3INEA 5P6KA 5P61A 1FQ7A 5BWYA 2FNSA 4D83A 5P2JA 4ZIPA 4FRJA 2V13A 3F9QA 1HTRB 5P1OA 5OZSA 3SFCA 4Y41A 5P1CA 2NXLA 1D4LA 4WY6A 5I3WA 2Q63A 3LPIA 3UQXA 2OHKA 5P82A 1B6KA 4AA9A 3ER3E 1HSGA 1FG8C 5P4RA 3TKGA 4ZSPA 1HPVA 4FIVA 4UPJA 5OZCA 3K4VA 3TOFA 1FLHA 3SLZA 3D1YA 1HVHA 5P33A 3LHGA 3S85A 3VUCA 3ZMGA 3LIYA 1ZAPA 2AOEA 2FDEA 4J1KA 7UPJA 3BXSA 3QRSA 2ZJKA 1K6TA 2ZJMA 3WZ7A 1B6LA 5OZ1A 3NU5A 2PWCA 2ZE1A 4RGHA 2NPHA 3MSKA 5P2SA 2AOIA 4Y50A 3C9XA 4BFBA 5P8DA 1CZIE 3IN4A 4EP2A 3T7XA 3QBFA 5P5JA 2XYFA 2AOFA 5I70A 3PBDA 5OZPA 5P4WA 1YM2A 3K5FA 4LHHA 2P3BB 3QAAA 2PWRA 5P3GA 1FKNA 2ZHSA 1KJHA 5P65A 4FE6A 5P1AA 4ZLSA 3SA3A 2QZLA 2FDDA 1NSOA 3EKWA 3EL4A 5T4SA 4Y4DA 5DR7A 3CMSA 5P4AA 4CMSA 3LIQA 4IVSA 4CKUA 3U7SA 3LITA 1YT9A 5DPZA 1BDLA 5P2WA 5P5UA 2HIZA 3I7EA 5P7VA 2O4SA 5OYSA 5P3OA 2QI4A 3PLDA 2R9BA 4OC6B 2ER6E 1HTFA 2FXDA 5P5OA 3IA9A 4I0IA 2ZJIA 3OUDA 1B6PA 3MXDA 1IIQA 4CPTA 3OQDA 3RSXA 3OUCA 4Y5LA 4Y5PA 5P0TA 5P4XA 1HXBA 1JLDA 1EBZA 4XX4A 4I11A 5DQ2A 4DPFA 1FG6C 4GZFA 5AH8A 5P0EA 5E5KA 3U6AA 1OEXA 5P8UA 5P12A 5P45A 4Y3SA 5P1RA 5P85A 5P30A 1HRNA 3WZ8A 4Y3EA 1BBSA 5P56A 2FMBA 2OHTA 1HHPA 3TKWA 5P5WA 5DQ4A 3TOHA 5P22A 5OZVA 3CIBA 1TQFA 4RCDA 3UHLA 4DJOA 2VA7A 5P2FA 5P06A 5DR8A 5P2OA 4OBJA 3QN8A 1QS8A 2ZHRA 5P3QA 4I10A 5P6PA 1SP5A 5P1GA 4DJPA 2Q5KA 5P4YA 2AVQA 5P0ZA 4DQFA 1FIVA 4TVHA 4Q1NA 4GJBA 5KOSA 2IDWA 5KOQA 2QI0A 3URLA 5P5RA 3O9LB 4DH6A 4B05A 3OQKA 1DAZC 1KZKA 4L7GA 4K8SA 1E80E 1Q9PA 2OHUA 1VIJA 4PHVA 5P24A 5P4IA 5P6LA 2AVOA 1BV9A 2G26A 4N00A 5P1BA 5P7UA 3KF0A 4QJ2A 3SAAA 1XL2A 2QD7A 4OBZA 5P8RA 5OZ2A 5OZKA 2OHNA 5P40A 4LAPA 5P3YA 2IS0A 5AH9A 5P3VA 3INHA 4CPWA 1EPNE 5P1KA 5P4SA 5P0BA 5P6FA 3EL1A 5DR4A 5APRE 3CICA 4I0EA 3G72A 5P72A 1K2CA 5P0GA 1BVEA 5P1SA 2OHPA 2PYNA 3HDKA 4QGIA 4Y39A 3PWMA 4RCEA 5OZQA 2ER0E 5HU1A 5OZ9A 5P6VA 5P8LA 4KE0A 3INFA 3PRSA 1M43A 3IVHA 4I8WA 4KE1A 3GGUA 3IXKA 5P6TA 2R8NA 3BUHA 3LIXA 2I4XA 3QI1A 4J5JA 5P7DA 1B5FB 3L5CA 4H1EA 4BELA 1KJ4A 2BPVA 4Q1YA 5P5FA 3GGXA 3D1XA 1BDQA 3GI5A 3OU4B 5P8GA 5P4BA 3OQ7A 4YOBA 5P8OA 1HPSA 8HVPA 4Y3MA 2PH6A 3DCRA 4LC7A 5P6OA 2RKGA 1W5XA 4QJAA 3EC0A 5P1VA 4GJ8A 5IVRA 3DV1A 5I3YA 3UDRA 4Y5AA 4CPXA 3VLAA 2G69A 3OOTA 5P8PA 4Y57A 1AZ5A 2NMZA 1GNOA 5P6ZA 3TL9A 5P4VA 1LF2A 4YOAA 1HEFE 2J9JA 3VEUA 5P6MA 5P2GA 3S43B 1PPKE 3EKPA 1HEGE 3NR6A 1G2KA 1M4HA 1FQ6A 3SA7A 5P3KA 1HVSA 3DK1A 2QHZA 3DOXA 3VG1A 2V16C 4YD4A 4ZPGA 3LPJA 5P41A 5DGUA 5P36A 4FM6A 5P4PA 4EJDA 1EPME 3FV3A 1B6MA 5OZ5A 5E5JA 4LXMA 1ZSFA 5P3FA 3L3AA 4F75A 1EPQE 4GJ5A 3QBHA 4Y3QA 3NU4A 5P7MA 2PMAA 5P0DA 1AAQA 5P1EA 4I0GA 2ZDZA 2EWYA 5P4UA 5P34A 2G1YA 4JPCA 3ZPSA 1LYAA 5P1TA 2QZXA 5JFUA 3UQPA 3FX5A 2AVMA 3VV8A 3O9DA 4OD9A 3EM6A 1AIDA 5P7LA 1T3RA 2VNNA 5P2MA 3NLSA 3TPLA 4CPQA 4GIDA 1C6ZA 2B7ZA 1F7AA 4ZSRA 2OHRA 4EJLA 2QNQA 5P0CA 6UPJA 2WF0A 2BPZA 3BGBA 3NSHA 9HVPA 4RLDA 2FGUA 3I25A 5DQ1A 1W5YA 5P8EA 4Y3DA 1B6JA 2NR6A 4Q1XA 1W5WA 5P3MA 3QIHA 2IGYA 1YM4A 5DGWA 4EJ8A 3H0BA 5P32A 3UQUA 4U8WA 1IZHA 4YDGA 3VFBA 2AOGA 2ASIA 5P5AA 2FXEA 4Y44A 3SA9A 4TRWA 4COEA 2F3EA 5ENMA 4MC6A 2QMGA 2ER7E 1MESA 5P09A 3HVPA 4Y4WA 5P20A 5P5EA 4Y51A 4L1AB 4Z22A 2PYMA 5P01A 3U71A 1OD1A 1PSAA 3SKGA 3NXNA 2AZCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PH8 A;  1SDU A;  3AID A;  4Y4B A;  1FB7 A;  3PWR A;  3OY4 A;  4WY1 A;  3LIN A;  2OHL A;  4Y5B A;  4Y38 A;  1XE5 A;  4J1C A;  5P5S A;  5P1J A;  4L7H A;  3T6I A;  3QVI A;  2OHS A;  3KMY A;  1HPO A;  3KFP A;  5AH6 A;  2XYE A;  3CYW A;  5P6W A;  2JJI A;  5HE5 A;  5P48 A;  4ACU A;  5P23 A;  4I8Z A;  4J0P A;  3URJ A;  2QMF A;  5P89 A;  2G20 A;  2VJ7 A;  5P11 A;  5P3T A;  2AZ9 A;  1FFI C;  4L7J A;  5P2Q A;  5P0J A;  1A30 A;  4M8X A;  4MC2 A;  1HVK A;  4Y4G A;  5P53 A;  3MXE A;  4Y3P A;  1B5F A;  5IVQ A;  4YD3 A;  3HZC A;  1DW6 C;  5P7G A;  5P1H A;  5P6A A;  3LNK A;  3OQF A;  3QRV A;  4R91 A;  4OBH A;  3NU6 A;  4EP3 A;  5P60 A;  1M0B A;  4YD7 A;  4QJ6 A;  3DV5 A;  3OU4 A;  1A9M A;  2VJ9 A;  1FF0 C;  3KT2 A;  3BC4 A;  1WBK A;  4GYE A;  5HDV A;  3UDJ A;  4ZE6 A;  5P5X A;  4Y53 A;  2XFJ A;  5P4Z A;  2PC0 A;  1K6C A;  1K2B A;  4GJA A;  1BIM A;  1C6X A;  2WL0 A;  1PRO A;  3H5B A;  1DMP A;  1CPI A;  1EAG A;  4FSL A;  4QLH A;  4ER2 E;  5P5L A;  3S43 A;  4GJ7 A;  4J54 A;  5P64 A;  4D88 A;  4B1E A;  5P8C A;  1ZPA A;  3O9B A;  5P51 A;  3S8I A;  2QAK A;  3O9C A;  1RPI A;  3OUB A;  2Z54 A;  5P15 A;  3Q4B A;  4YE3 A;  5P8Q A;  3ZKQ A;  3VV7 A;  4NKK A;  4OD9 B;  2QU2 A;  4Y4X A;  1QBT A;  4J1I A;  4Y5E A;  4FRK A;  1GKT A;  4HA5 A;  3S53 A;  4Y54 A;  3T11 A;  1BXQ A;  5IE1 A;  3DM6 A;  3EXO A;  1HVI A;  4R95 A;  4R93 A;  5C9D A;  5P5N A;  3L59 A;  5P19 A;  5OZH A;  4DUS A;  4R92 A;  2G22 A;  4QJ7 A;  3O9E A;  2O4K A;  1EBY A;  3O99 A;  3ECG A;  4PYV A;  1APW E;  4FRI A;  5P2N A;  5OZJ A;  2WEB A;  5P7W A;  4DI2 A;  5P71 A;  4H3G A;  3SA4 A;  1SIP A;  1PPL E;  3KA2 A;  1U8G A;  3OAD B;  5P42 A;  3MSJ A;  5P3U A;  3HBO A;  1A8G A;  1J71 A;  5HCO A;  4NJS A;  1D4K A;  3EL9 A;  5KR2 A;  3ZKG A;  5P5G A;  4E43 A;  3NWX A;  4OBF A;  4AA8 A;  4ZPE A;  3CKR A;  2J9K A;  4Y5C A;  4HEG A;  4GJ6 A;  3ZKS A;  4ZSM A;  3NDX A;  2QD8 A;  5HDZ A;  1EPO E;  4OBD A;  1YTJ A;  5P3A A;  5OZ0 A;  5P0Y A;  5P00 A;  1KJG A;  2RMP A;  3L5B A;  5P6N A;  1MEU A;  4TRZ A;  1GVU A;  1T7K A;  1HVJ A;  1PSN A;  2BB9 A;  4CPS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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