4DJYA

Structure of bace bound to (r)-5-cyclopropyl-2-imino-3-methyl-5-(3-(5-(prop-1-yn-1-yl)pyridin-3-yl)phenyl)imidazolidin-4-one
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure based design of iminohydantoin BACE1 inhibitors: Identification of an orally available, centrally active BACE1 inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djyA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djyA02
1QS8A 3IGBA 4DJWA 5P7AA 4Y57A 3QS1A 4J17A 4OBHA 2QU3A 2AVOA 3HLOA 4U7VA 4HVPA 2RKGA 3M9FA 2J9JB 1HIIA 4TRWA 5P8EA 5P2UA 3AUPA 5P5DA 1APWE 2B7FA 4YE3A 5P5OA 2OHSA 4FM8A 1EC0A 1FQ4A 5OYTA 4YD3A 4PHVA 2CENA 1QDMA 1C6XA 3L5BA 2VIZA 3GI6A 3OOZA 5P2EA 3OAGA 5P3WA 5HDXA 4LBTA 4H3GA 4H1EA 1ZLFA 4OBGA 3ZMGA 4D83A 1SMEA 3LHGA 4CKUA 3OGQA 1A8GA 4B70A 2ZJHA 3HBOA 4D8CA 3LIZA 4RRSA 4Y3SA 5P7HA 3D1XA 3KMYA 2ZHTA 5P3EA 2NXMA 2Q63A 4L7GA 5P25A 1EC2A 4R93A 3TLHA 2NR6A 5I3XA 5OZVA 4MC1A 5P00A 4DJYA 3R1GB 1MT8A 5OZCA 5P7CA 1B6MA 3GW5A 5P0HA 5P7VA 2IL2A 1ZP8A 2IDWA 2OHQA 4PEPA 3OK9A 1UH9A 4RVIA 2I4VA 3GGAA 2AODA 5P23A 3VSWA 2F3FA 5P1BA 5P07A 5P6FA 1EBZA 1QBTA 1W6IA 5P19A 5P7LA 2P3DA 3PEPA 4FIVA 3R0YA 5OZZA 3URIA 3U71A 3INEA 3BUHA 3KA2A 5P01A 3SA6A 5P67A 5DPZA 1LV1A 4YD4A 1T6EX 3DOXA 5P3FA 1SGZA 3NDWA 3CMSA 1IVPA 3UQXA 4FM7A 1HXBA 1HWRA 2I0DA 4Y4AA 4GJDA 2XFIA 1T7KA 4K4PA 3QRSA 5P4VA 3K4VC 4XX3A 2QZLA 3S7MA 4KUPA 2G22A 4F74A 1RQ9A 3O9FA 3L5DA 5P7FA 1HVRA 1MTBA 5P61A 5P2BA 1IZEA 2F3KA 4Y37A 5P75A 1HEGE 5P2KA 2VIJA 5HE7A 4Y38A 3SABA 5DR4A 3OY4A 3QBHA 3RTHA 4QJ9A 2G24A 3TNEA 5P6GA 5P1PA 1NSOA 3O9DA 1W51A 6UPJA 3OU4A 5P5XA 3ZLQA 1OHRA 3O9HA 2O4SA 5OZ2A 2XFJA 2IKUA 5P65A 4YA8A 1WBKA 1TCWA 2G20A 2ER0E 2Z4OA 5DGWA 3OUAA 3SM2A 5P7IA 5OZSA 5P3OA 3I8WA 3JW2A 1MTRA 5P50A 2R3TA 5HVPA 5IVRA 3PI0A 8HVPA 5P5VA 4Y3LA 1SP5A 4RYCA 4Y3TA 1T3RA 1LF2A 1HVSA 5P5FA 4NJVA 5AH7A 5P6SA 4J1FA 2Q11A 2UXZA 5COKA 5P64A 2BPYA 4H3JA 4X2LA 5P74A 4LP9A 2QMPA 2VKMA 5PEPA 4ER2E 4Q1WA 4Y48A 3S85A 2G27A 3KFSA 2FLEA 1ODXA 3IXJA 5ISJA 5P7MA 5P2DA 3O9LB 4ZEAA 5KR0A 5P8UA 2BPVA 1ZSFA 4B77A 4U7QA 5P5ZA 3FKTA 4Y3NA 5P58A 5P4UA 5OZXA 4B72A 5P4YA 1ZSRA 4UPJA 5ENKA 5P18A 5ER1E 4Y3EA 5P1OA 5P87A 4Y5MA 1E5OE 4GMIA 3S45A 1SMRA 5P72A 4Y39A 4DQEA 3VFAA 4Y3AA 5P84A 2AVVA 1ZJ7A 4J1IA 2ZJKA 5P3AA 2FGUA 4GJCA 5P1IA 4DUSA 3PMUA 4EJ8A 3ER3E 3QAAA 4FS4A 5AHAA 3L3AA 2ER7E 2QNQA 3UDHA 4YCKA 2F8GA 2FGVA 2G1RA 4GJ6A 2QD8A 2OF0A 3AIDA 3O9AA 5P82A 3PMYA 2V16C 3UFLA 5P1JA 3K4VA 3EKYA 5P3GA 5HE4A 5P35A 4OC6B 5P3KA 5P4TA 1LEEA 5P1LA 5P6CA 5P2AA 5P83A 1FKNA 3KN0A 5P85A 5DQ1A 4J1CA 5P57A 1VIKA 5I70A 4ER4E 3FV3A 5P5CA 1LYWA 5P0EA 2FDPA 2OHRA 3DV1A 2FMBA 4LC7A 5P6BA 4QLHA 3NLSA 3KFRA 4H3FA 1IBQA 5P03A 1D4LA 4FRJA 2V0ZC 5OZDA 5P0FA 3OHHA 3F9QA 4GB2A 4I0DA 4RVJA 3VCMA 4Q1XA 3OUCA 4Y45A 2BKTA 3TPRA 2HAHA 1HTGA 3R0WA 1IDBA 3L59A 2P3BB 4L6BA 4ZE6A 4H3IA 3URJA 5P1MA 2B60A 5OZ6A 3T7QA 1YTJA 5JG1A 5P8RA 1QRPE 3OXCA 3O99A 2ZJLA 2V12C 5P53A 3CIBA 2VNMA 5DR1A 5P6LA 5F01A 2AVSA 2WF0A 2XYFA 5P0MA 4K9HA 4PZXA 1G6LA 1META 5HD0A 1MVPA 1T7IA 4WY6A 5P7TA 3NU4A 2H6SA 1LYAB 4FCOA 5P4SA 1QBRA 1XL5A 5P3JA 3OGPA 1HSIA 3TOFA 5P4DA 5OZPA 3SA8A 5P45A 3OUDA 2AOFA 2QI6A 3U7SA 3UDMA 5P0NA 5COOA 3IAWA 5P4KA 4AUCA 5P6NA 2WJOA 3K5GA 2QI5A 4B78A 3UTLA 3S8IA 5P6KA 5P81A 2IGXA 5OYRA 2P83A 3Q3TA 3CYXA 5AH8A 3Q6YA 5OYYA 1HSGA 4DJRA 4MC2A 5P69A 1MSMA 1HVHA 3DCRA 5P7PA 1A9MA 3PI5A 3SPKA 4B05A 3UDYA 4FSEA 1NPAA 3UDJA 3LINA 1ENTE 5P39A 5BS4A 4GIDA 4K4RA 3QN8A 4Y4EA 2QU2A 5P3YA 1GVXA 3GGUA 5OZ1A 2VNNA 3OXWA 2OHNA 3INFA 1PSAA 5P43A 2IENA 2FXDA 5KQFA 3KDCA 3WZ8A 2R8NA 5P6DA 2V13A 5P77A 1B11A 4J1KA 1IZHA 5AH9A 1EAGA 3TTPA 5DGUA 4DQHA 1HHPA 1W5YA 5OZTA 3FNUA 3L38A 6FIVA 4DJOA 5P8SA 2QZWA 1AM5A 5SZ9A 4GJ5A 4I10A 4L7HA 2FIVA 5P10A 1GVUA 1SIPA 4PPHA 3RTMA 3D1ZA 5P76A 4YBIA 5OZRA 1D4SA 2QAKA 1FG8C 5P44A 1HTRB 1N49A 3EKVA 3LZYA 3UQPA 2B8VA 3LPKA 1MT9A 3QBFA 3LIYA 1EPNE 2JXRA 5P0OA 5C9FA 4EYRA 1IZIA 5P3UA 3EXOA 1OD1A 1LYBB 2AZ8A 5P8CA 3NXNA 3NDTA 3NU3A 1K2BA 2AIDA 1PSOE 4NJSA 3CKRA 3HVGA 2I4UA 3NUJA 5EZZA 5P5SA 3FNTA 5P3LA 2Q54A 3SO9A 3EKQA 5P09A 4YD7A 5P32A 2FXEA 2ASIA 4D85A 1K6PA 2I0AA 3PM4A 4I12A 3HAWA 4LXAA 3KF0A 1M43A 2R38A 5P5UA 5P8NA 2EWYA 1D4IA 3ZKQA 4CPXA 1EPME 4J1HA 4I0HA 4B00A 3VF7A 3OUBA 5OZ5A 4L1AA 5OYXA 1B6PA 3EKWA 2XYEA 4RLDA 5DQ5A 3VEUA 1SBGA 5P7GA 5KQZA 3LZUA 4DVFA 4FL8A 4RCEA 4Y5NA 5P7SA 5KOQA 5P7QA 1EC3A 4Y4BA 5P2GA 4EJKA 4M8XA 1W50A 2CEMA 3GI5A 4J0VA 5HE5A 5P6VA 2BPZA 3MXDA 5P0ZA 4KE1A 5P5YA 5P1GA 2B42A 1G0VA 1W6HA 1KJFA 4Y5PA 4ZPGA 4OBZA 1KJHA 4RRNA 4FSLA 5I3VA 5P11A 4D89A 3L5FA 4J55A 5P6UA 5P89A 5ISKA 3ZPSA 2R5QA 3KMXA 1FF0C 1B6JA 3SAAA 3DM6A 3OQDA 1TCXA 3R4BA 3OADA 3BRAA 5P15A 1GNMA 3SA3A 4DH6A 4Y3WA 4CPTA 4NPUA 3QPJA 5OZOA 3IVHA 5P05A 4EJDA 1FLHA 1F7AA 3TKGA 5P40A 2HS2A 5DR7A 3UDQA 5P3DA 5P5IA 5HDVA 5P4AA 3BXRA 5F00A 2OHKA 5CLMA 1HIHA 5OZHA 3T7XA 4EQJA 1W5XA 3SLZA 2QD6A 4OBFA 5P71A 4Y3HA 5KR1A 5P04A 5C9BA 5P0YA 4DI2A 3G70A 1U8GA 4FM6A 1SDUA 4Y5KA 2I4QA 3JVYA 5P2NA 5P17A 2WECA 4A6BA 2O4KA 4FE6A 4OD9B 2WKZA 4TRYA 3FIVA 2V00A 5P0WA 3WB5A 4PZWA 3VYDA 2NNPA 4HDFA 5P28A 4EXGA 1XN2A 1FMXA 4BELA 5P7DA 5P8FA 1LF4A 5OYSA 5P1YA 5HDUA 4ZIPA 5C9DA 5HCOA 4Z4XA 3B80A 2AZBA 2G1YA 4Y3FA 5P5BA 1HVIA 1LZQA 4PYVA 2AOIA 5P26A 3S43B 5P7JA 3QP0A 4Y5CA 5CONA 3UFNA 1YM2A 2P3AA 1M4HA 2QCIA 5P7WA 2OHUA 3TH9A 2BBBA 5AH6A 4XXSA 4Y5EA 3SQFA 4AA9A 5P5EA 5OYVA 5P6MA 2AVQA 1WKRA 3G72A 3OU1A 3VF5A 4RROA 3UDPA 4ER1E 5IVQA 2QI7A 3KYRA 4S1GA 5P6EA 1AIDA 5AHBA 1K6TA 5IVTA 4JPEA 2HM1A 5P31A 4QJ2A 1ZPKA 5P5RA 3WZ7A 3ER5E 3ZKMA 3R2FA 4HDBA 5P0LA 5P7YA 2BPXA 1RNEA 4I8ZA 1FFIC 2BQVA 3NXEA 1G2KA 1DW6C 2V11C 5P6RA 5SXNA 2BPWA 3LIVA 5JFPA 5P1VA 4TVHA 5E5JA 5P7NA 3OQ7A 2OAHA 3D20A 2ZJMA 4DJPA 1MT7A 1C6YA 1T6GA 4DJQA 1MERA 3EL0A 2ER9E 1HVKA 5P6ZA 5APRE 5P4IA 2QI3A 5P6JA 3ZOVA 1LYAA 2PWRA 5P42A 3SA5A 3VUCA 3OAGB 3OXXA 5P2VA 3C9XA 3RSXA 5OZ8A 3BXSA 5P4HA 3TOGA 4EQ0A 3VFBA 4CPRA 5JFUA 1B5FB 2ZJJA 3N4LA 5P4BA 2WEBA 1BWAA 2AOEA 4MC9A 5P8VA 3PWMA 2R5PA 2PYNA 1PPME 3DJKA 3DCKA 4Y5LA 7HVPA 4DQCA 1FMUA 4JPCA 2WHHA 5P8KA 5P1EA 3BGBA 5P4NA 3VG1A 4CMSA 1RV7A 2HC0A 4DQFA 4Y3RA 2WEDA 1CZIE 2AZ9A 5P1QA 1DMPA 1YM4A 3ST5A 5P5TA 4I0GA 2VA5A 3Q70A 3OTYA 1HIVA 5P3PA 5P3HA 5P8GA 2FNTA 2QMGA 5AHCA 4JOOA 4J0PA 1K1UA 1QBUA 2Q3KA 1B6LA 1UPJA 3PWRA 4YD5A 5OYZA 6APRE 5P6TA 3TPJA 3LZVA 3T11A 3EL1A 5P0BA 5P20A 4WTUA 4ZSMA 3KM4A 4ZLSA 3NYGA 2OHMA 5P54A 2QZXA 4QJAA 9HVPA 2PK5A 3APPA 1FGCC 3UQUA 3ZPUA 4Y58A 2P8HA 1SIVA 2R43A 4AA8A 1A8KA 5P12A 5P8IA 5P80A 3O9CA 5KR2A 3EC0A 1OEWA 5P5HA 1HOSA 2Z54A 4GJAA 3EL5A 3OOTA 3OTSA 4I0JA 4I0ZA 5P0XA 1TSQA 2V10C 1D4JA 4HZTA 5P63A 3EL4A 1EBYA 4I11A 1BVGA 1AVFA 5P46A 3SA4A 1YX9A 5P2FA 1ODWA 7UPJA 2ZE1A 4JECA 3EKPA 4Y5GA 3JVWA 4LXMA 2QMFA 2WEAA 5P47A 5P3TA 5P8TA 1FQ6A 4Z22A 5KQYA 5HDZA 4Y56A 3N3IA 4Y5AA 3SFCA 5OZUA 1EC1A 3ZKXA 5P2QA 1FFFC 4NKKA 4YBFA 5P7OA 3HW1A 1C6ZA 1EPQE 4Q1YA 5P4JA 5OYQA 4J0TA 5OZ3A 2HB3A 4Y3GA 3G6ZA 5P22A 4NJUA 5OZQA 4LHHA 2Q64A 1EBWA 4J54A 2NTRA 2J9JA 2PSGA 4Z50A 4A4QA 2ZHVA 1EBKC 3EM4A 5OZGA 1APTE 1GNNA 5P3VA 2IRZA 2HS1A 3Q5HA 1DPJA 2WF4A 4APEA 5UPJA 5HTZA 1KZKA 4ZPFA 3LPJA 4LAPA 2ZHSA 4GZFA 2I4DA 5P4CA 2QD7A 3S7LA 4Y4UA 1ZAPA 3WSJA 5P88A 3OQKA 2P3CA 3H5BA 5P2WA 4FLGA 4FRIA 3DK1A 2QHYA 2QMDA 5P1CA 5P36A 1D4HA 5HCTA 5P6AA 3UQRA 5SY3A 1YTIA 3IVIA 2AOJA 4Y36A 2ZGAA 5P8JA 4DFGA 1ME6A 3DV5A 2ZHUA 3K5DA 5P1RA 5P4QA 1SDVA 4F75A 1DP5A 2XFKA 2ZDZA 5P6WA 4EHCA 4JP9A 4XX4A 5P1HA 2NXLA 1PFZA 5IVSA 5P70A 1EPLE 1QBSA 1BDQA 1BILA 3URLA 2ANLA 4BFDA 2QNPA 2ER6E 2AOHA 5P5WA 5P2XA 4XKXA 4R5NA 1BXOA 5P1AA 5P5PA 5I3WA 2O4PA 4RGHA 5P51A 1HVCA 3I6OA 4CP7A 2VA6A 2PYMA 4Y5BA 5P4GA 1ZTZA 4GJ7A 2QHZA 5P0GA 3SACA 5P7KA 4Y3XA 3UDRA 4ZSRA 2VJ7A 3FNSA 3CKPA 1MRXA 4DJVA 1CMSA 3I2LA 4Y43A 1LYWB 3UDNA 3EL9A 5P49A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QS8 A;  3IGB A;  4DJW A;  5P7A A;  4Y57 A;  3QS1 A;  4J17 A;  4OBH A;  2QU3 A;  2AVO A;  3HLO A;  4U7V A;  4HVP A;  2RKG A;  3M9F A;  2J9J B;  1HII A;  4TRW A;  5P8E A;  5P2U A;  3AUP A;  5P5D A;  1APW E;  2B7F A;  4YE3 A;  5P5O A;  2OHS A;  4FM8 A;  1EC0 A;  1FQ4 A;  5OYT A;  4YD3 A;  4PHV A;  2CEN A;  1QDM A;  1C6X A;  3L5B A;  2VIZ A;  3GI6 A;  3OOZ A;  5P2E A;  3OAG A;  5P3W A;  5HDX A;  4LBT A;  4H3G A;  4H1E A;  1ZLF A;  4OBG A;  3ZMG A;  4D83 A;  1SME A;  3LHG A;  4CKU A;  3OGQ A;  1A8G A;  4B70 A;  2ZJH A;  3HBO A;  4D8C A;  3LIZ A;  4RRS A;  4Y3S A;  5P7H A;  3D1X A;  3KMY A;  2ZHT A;  5P3E A;  2NXM A;  2Q63 A;  4L7G A;  5P25 A;  1EC2 A;  4R93 A;  3TLH A;  2NR6 A;  5I3X A;  5OZV A;  4MC1 A;  5P00 A;  4DJY A;  3R1G B;  1MT8 A;  5OZC A;  5P7C A;  1B6M A;  3GW5 A;  5P0H A;  5P7V A;  2IL2 A;  1ZP8 A;  2IDW A;  2OHQ A;  4PEP A;  3OK9 A;  1UH9 A;  4RVI A;  2I4V A;  3GGA A;  2AOD A;  5P23 A;  3VSW A;  2F3F A;  5P1B A;  5P07 A;  5P6F A;  1EBZ A;  1QBT A;  1W6I A;  5P19 A;  5P7L A;  2P3D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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