4DPFA

Bace-1 in complex with a hea-macrocyclic type inhibitor
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
387
structure length
375
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Highly potent macrocyclic BACE-1 inhibitors incorporating a hydroxyethylamine core: design, synthesis and X-ray crystal structures of enzyme inhibitor complexes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 99
structure length 375
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dpfA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dpfA02
3I25A 3FNSA 5P3IA 3PMUA 4GJ6A 4DJVA 4GJBA 1SH9A 2AIDA 1D4LA 2IKUA 4ZEAA 5P1MA 1VIJA 2PWRA 3HD8A 3Q6YA 2I4DA 2R5QA 3PSGA 5P09A 5P3TA 5I70A 5P5UA 2AVMA 2B8VA 4YOBA 5KR2A 5P8JA 5P7JA 1HTGA 2AQUA 3JVWA 3PLDA 2QI1A 5P4HA 2OHRA 3KDBA 3GI0A 4EP2A 3O9LB 2NNKA 3EL5A 3PWWA 5P11A 2XFIA 3SO9A 3TOHA 5OZFA 2JYSA 4Y38A 3NXEA 1DP5A 5OZCA 3KF0A 2QI6A 2I4VA 5I3VA 5KQZA 4D89A 1T7IA 4ZSPA 3IVHA 3QIHA 4AMTA 1KJHA 1IVQA 2V12C 4YA8A 2QMGA 4J0ZA 3MWSA 4DQEA 2JE4A 3QI1A 1A8KA 3EC0A 5P4IA 4Y58A 5P05A 3HDKA 4U7QA 5P0MA 1QBUA 3NWXA 1D4HA 5EZXA 2ZHRA 1TSUA 3PI5A 4DQHA 3IA9A 5OZKA 3OU1A 4L1AA 3SM2A 5P53A 5P40A 5AH7A 1MRWA 2J9JA 5OYVA 4U7VA 5P7DA 2V11C 1A8GA 1B6LA 2BBBA 2FDDA 4H1EA 3L5EA 1GNNA 4Y43A 1C6YA 2G21A 3TPLA 2V0ZC 2ZJNA 4I0IA 5C9FA 2HM1A 4H3FA 3QPJA 1T7KA 5P8NA 1RPIA 1ZSRA 2RSPA 5P5ZA 5P49A 3VLAA 4B78A 1E81E 5P2NA 4HDFA 4DQFA 3VV8A 1YX9A 4F74A 1LF4A 2QZWA 2B8LA 5P58A 5P80A 5P6KA 3EKWA 5OZ3A 5P38A 4QJ7A 1EBWA 5P88A 5P44A 3LIZA 1B6KA 1HVJA 3NU5A 4Y3LA 5AH8A 4FRIA 3DOXA 2OAHA 2VKMA 3QVIA 4J1HA 1T3RA 5P1LA 3PEPA 3R2FA 4I10A 5OZWA 3DV5A 4Y39A 3PWRA 2QHZA 5P12A 5P8QA 1YTHA 5IVSA 3UQXA 4K4RA 3OU4A 4Y47A 1EBKC 2I4XA 3EM4A 1KZKA 1W6HA 5P0SA 1QBRA 1YM2A 4R93A 1T6GA 3UDYA 5P2WA 5P3HA 1Z1RA 1LV1A 3CIBA 5P6BA 4YD5A 5P7AA 1W5XA 2WF4A 4RRNA 5BWYA 2ZHUA 2UXZA 1FG6C 5ISJA 1ZPAA 1FLHA 5P7QA 1FFIC 5P70A 5P3FA 5P6XA 5P6TA 2AODA 5P3EA 5P4YA 1E80E 4L7JA 2WF1A 3GGAA 1NSOA 5P5DA 4B1CA 5P81A 3QP0A 3ST5A 2HC0A 3CMSA 5P54A 1BILA 5DQ5A 2IS0A 3SA9A 3QAAA 1C6ZA 4YD7A 4DJWA 4PPHA 4U8WA 1NH0A 1XL2A 3L59A 2FGUA 3H0BA 4Y4JA 4I12A 2R8NA 1DMPA 5P6DA 1K6CA 2WEZA 4Y4TA 3BVAA 1GVTA 2P83A 1W6IA 5OZEA 3NDWA 5HE7A 5P0XA 4GYEA 4KE1A 3RU1A 2RMPA 3OUAA 2WF2A 3OUDB 3O9LA 1BXOA 4Y5CA 4QJ9A 5OZRA 4RROA 4TVHA 1G0VA 4Q5MA 3IXKA 3DV1A 4EXGA 5P5VA 3WB5A 5JG1A 1KJ4A 1BDQA 1FQ8A 3O9EA 3TL9A 3NSHA 4ZSMA 5HDVA 2QP8A 5P82A 3JVYA 2OHPA 5P0HA 5P10A 3LNKA 1W5WA 1K6TA 1SIVA 5CLMA 2G24A 3KMXA 4LC7A 5JFPA 5DQ4A 5P6AA 3NWQA 2F3KA 1AXAA 2O4PA 4YD3A 5P04A 4L7GA 2WECA 1HOSA 5P5RA 1WBMA 5P1UA 5P1TA 3KM4A 1HIVA 5P0WA 4FRKA 3K5GA 5P7OA 4GJCA 3U6AA 5P83A 2FGVA 3OXCA 5P8CA 2QNNA 3NLSA 5P60A 1TQFA 5P1PA 5P5WA 4ACXA 1RNEA 2P8HA 5P43A 1MESA 3UDHA 3IVIA 4RLDA 5P2LA 1VIKA 5P32A 2F3FA 5P4JA 1BV9A 4Y3DA 4YDGA 4LP9A 5P2KA 5P2TA 3KT5A 5OZTA 1D4YA 3UQPA 2ER6E 5P0CA 1TZSA 3OTYA 3PGIA 4J0VA 1XL5A 4F75A 5IVTA 5P2OA 1YTIA 5COOA 1SGZA 4Y3SA 4GJAA 1MSNA 3HBOA 2NXMA 1MT7A 1W51A 2R9BA 1CPIA 1ZJ7A 3S8IA 1ME6A 2AZ9A 2PK5A 5BRYA 4J0TA 1IZDA 3OAGA 3DJKA 5KR1A 1BAIA 3VYEA 1HWRA 3U7SA 4JP9A 2B7ZA 3NUOA 2P4JA 5OYXA 4J55A 4FL8A 2Z4OA 1LYWA 5OZUA 3QVCA 5P4MA 1SBGA 1BIMA 1MT9A 5P7RA 1PFZA 3UF3A 4ZSRA 1EBYA 4Y3GA 3VF5A 1SGUA 1FKNA 5P4WA 5P1AA 5P42A 5P6MA 4Q1YA 2HPEA 1EPLE 1EC0A 2QI0A 5P7YA 3GGXA 4YHQA 4FM7A 5P8DA 5P1QA 4Y3RA 3SQFA 5P6IA 3S7LA 2BPXA 2IRZA 3ER5E 3RVIA 1MTBA 5P46A 2NMYA 5AHCA 1JLDA 2ER9E 1HEGE 4Y35A 3HVGA 5P8VA 2QD8A 4ER1E 2P3BB 5P2EA 3EKTA 5P3AA 5KOQA 1ENTE 4CPRA 3I2LA 1PSNA 1LEEA 4Y4GA 4Y53A 1FQXA 5OZ0A 5OZZA 3GW5A 5P1ZA 4LXKA 5P5KA 2QK5A 4NJSA 5BS4A 2PQZA 2AOHA 4CPQA 4Y3NA 1OEWA 3CYWA 3LPJA 4BEKA 5P7MA 5P57A 5IS4A 4YD6A 2QMDA 1K6VA 3B80A 4EJLA 2Q54A 5P8PA 4PYVA 2VJ7A 3PVKA 9HVPA 4Y44A 5P8UA 2CENA 5P3KA 3EL1A 1HSHA 3LIVA 3T6IA 4KUPA 5DPZA 5J25A 5P66A 3HAUA 5P19A 3ZKXA 3RSXA 4LAPA 3PCWA 4Y56A 5P3NA 5P47A 4J17A 5P0KA 1G2KA 5DQ1A 5OZBA 4TRYA 2PSUA 4UPJA 3PMYA 3EKXA 3BVBA 3KMYA 2AVOA 5P15A 5HU0A 1IVPA 5P0JA 5KR0A 3S43A 5P0UA 5P7WA 3ZOVA 5P2VA 4OBKA 5P3VA 2Q55A 1RQ9A 3CKTA 4PZWA 5P4ZA 2BPVA 1MVPA 2Z54A 4EPJA 3OWNA 3UDQA 4EYRA 1HBVA 1XN3A 5OZSA 5P3CA 3OTSA 4NJVA 5OZ7A 5P5HA 8HVPA 2NPHA 1SMEA 4GMIA 5P51A 4K4PA 2AVSA 1CZIE 4FRJA 2PMAA 5P5EA 1LYBA 3ZPUA 4HLAA 5P6LA 5P2FA 5P2BA 1OD1A 1YG9A 4Y4ZA 5P64A 3UFLA 5OZMA 3SAAA 4RRSA 5DQCA 4I8WA 1MRXA 3AUPA 4Q1XA 1FF0C 3ZKSA 3IN4A 3TPJA 1SDTA 5OZHA 4QGIA 2WEDA 4EJ8A 5HVPA 4APRE 4BFBA 2IENA 3OQKA 2BKSA 5OZ2A 4WY6A 1IDAA 4I8ZA 2SAMA 4B0QA 3O9FA 5P2MA 3QBFA 4Y3EA 1HVIA 5P84A 4Y36A 2ZGAA 5P7TA 3CKRA 1A94A 3PHVA 1D4KA 5P6GA 2IGYA 1ZAPA 3IN3A 1GVXA 4I0GA 3TOGA 1XDHA 5P74A 2H6SA 2AVVA 3OK9A 2ZJMA 1E82E 1A30A 3GI4A 4CP7A 1HVRA 4FLGA 3KFNA 3PM4A 1FQ5A 4Y57A 5F00A 4QJAA 1APVE 4FRSA 3D20A 3PWMA 3EMYA 5P61A 3RSVA 1FMXA 1IDBA 4J0PA 3URLA 4J5JA 4HEGA 3ZKMA 4Y4DA 4D8CA 5P30A 4AA9A 5T4SA 1QBTA 4OC6B 3KA2A 4J54A 5P5OA 2ER7E 3O9BA 5P13A 1GKTA 2UY0A 3SA4A 3EM6A 2VIJA 3NYGA 4DJOA 5P67A 1Z8CA 5OZQA 3KYRA 5AH6A 5P8TA 3NDXA 1NPAA 4DFGA 5P31A 4Y5BA 5P45A 5P0ZA 5OZGA 1HIHA 4Y5PA 5I3XA 2WEAA 1PPLE 5P5JA 5P6NA 2HPFA 3ZPSA 1TCWA 4I0ZA 7UPJA 5ISKA 3LIQA 4I11A 3UQUA 3MSJA 5OYQA 5P3GA 2FLEA 2AOGA 1MT8A 2BKTA 1HXWA 2B60A 3QROA 5P55A 5P0PA 5P28A 4B72A 1BWBA 3ZLQA 5OZ4A 5P8KA 4B70A 5P68A 4Y4AA 2VJ9A 1W5YA 2OHKA 5P5AA 1HVKA 4LXAA 3TTPA 2O4KA 4AA8A 4EP3A 1SDUA 3L5CA 5P26A 5P79A 4H3JA 3BXRA 1C6XA 3VG1A 5OYSA 1G6LA 3GI6A 5P7VA 5B18A 1BV7A 1EPNE 1PROA 3VLBA 2OHLA 3LZVA 4Y6MA 3UQRA 5P8IA 5P0YA 3GI5A 4Y3TA 4J1IA 5P1EA 4KE0A 4R92A 4WTUA 4I0HA 5P3QA 5P4DA 5P7EA 1EPPE 5P1BA 5P69A 3LHGA 5P48A 4OBZB 3NUJA 5P56A 3SA6A 4FAEA 5OZDA 3DUYA 3KDCA 2ZJJA 5P7LA 1HIIA 5KAOA 4OD9B 5HCTA 4EQJA 1WBKA 5COPA 1J71A 4Q1NA 5P4NA 2NNPA 2MIPA 2EWYA 4A4QA 3WZ8A 1D4SA 4PZXA 1B6MA 5P33A 2AOFA 3S56A 2F81A 4DH6A 4Y3XA 4WY1A 3SKGA 2P3CA 3D1ZA 5DR1A 1YM4A 2ZJKA 1EPRE 2WF3A 2FDPA 3D1YA 4FSLA 2FXDA 3QS1A 2RENA 2XYFA 2ANLA 5APRE 2UPJA 5P52A 3K5CA 2PH6A 5P0NA 5HDUA 1AZ5A 2G22A 1EC2A 3NU4A 3Q3TA 5P2ZA 1ZP8A 4DQBA 1BVGA 5P03A 2QAKA 3BUGA 2FIVA 1F34A 5P1OA 2O4LA 2I4UA 1LYAB 4H3GA 5P50A 5P1HA 4NJUA 5OZLA 1NPWA 5P8LA 3N4LA 3KFSA 4NPUA 3INHA 3TPPA 2B7FA 5SXNA 1WKRA 4GIDA 4FM6A 3O9AA 5P2QA 5OZAA 5P2HA 4YCYA 4BFDA 4NJTA 4QJ8A 1EEDP 4B1DA 1YT9A 5P1RA 3KN0A 2WJOA 4RYGA 5P62A 1BXQA 3OXVA 3PI0A 2AOIA 5P6SA 2BPWA 4D83A 5P4CA 3EKQA 1NPVA 3VF7A 5P0AA 3BUHA 1ZSFA 4APEA 5P16A 1HVLA 1MTRA 3VYFA 2FNTA 3APRE 5P4AA 4JECA 5P3WA 5ENKA 2QU2A 5P5PA 3FNUA 4YE3A 1EAGA 2AVQA 3O9GA 3SFCA 3TKWA 3R1GB 5P0FA 2G1NA 2Q11A 1GNMA 3KFRA 3VSXA 2G26A 2QHYA 2IDWA 2XFKA 5P4QA 5P14A 3HZCA 5P3MA 3K4VA 4H3IA 2QU3A 5P6WA 1MPPA 3VYDA 2OHNA 1B6PA 5P7GA 1PPME 1IZIA 3F9QA 1N49A 2B42A 5P4GA 5IVQA 3HVPA 3EKVA 5I3YA 1U8GA 1SP5A 5CONA 3UPJA 4FAFA 2VA7A 2PH8A 1APWE 4FM8A 1HRNA 3FSMA 3GGVA 1ER8E 2QNQA 5P6HA 5P8MA 5P4FA 3NU6A 1RL8A 3R4BA 2WKZA 3OADB 3PBZA 5P2XA 5P2DA 3BUFA 5P1JA 5P5SA 2PYNA 1AIDA 5P3YA 5FIVA 5TOLA 2P3AA 1GNOA 1SMRA 5HDZA 3KT2A 2G1SA 2Q63A 3T11A 5P3SA 3EBZA 5OZIA 1ZTZA 5P1SA 4LXMA 3D3TA 5P5GA 4K9HA 4Y3AA 2V10C 4N00A 2I4WA 5OYRA 4ZE6A 4R95A 1Q9PA 2OHMA 4L6BA 5P3XA 1UH9A 4A6CA 4EHCA 4E43A 2VS2A 2BJUA 2OHQA 2HB3A 2VA6A 5P8AA 4Y5AA 4BELA 2QMFA 1ODYA 4ZPGA 4DJQA 1FQ4A 4OD9A 5OZYA 3OGPA 1AM5A 3AIDA 4I0JA 2G1YA 1XE6A 3NR6A 4X7IA 4Y4BA 3CKPA 5ER1E 3D91A 2BQVA 1K6PA 5P3RA 2ZDZA 1APTE 5P72A 3C9XA 1M0BA 3TOFA 5P1KA 2HB2A 5P2SA 4RYCA 3TKGA 1XS7D 4XX3A 2WF0A 5P2IA 2NTRA 5OYWA 1D4JA 2PK6A 3H5BA 2QI3A 5P7UA 3OXWA 2ZJLA 2FDEA 4Y4EA 2HAHA 5OZ1A 1EBZA 3CYXA 1W5VA 5P3UA 6FIVA 5P6OA 5P75A 3UDJA 5P0TA 2HIZA 4Z2ZA 3UDRA 2ASIA 1LYAA 4PEPA 4RVJA 3OUDA 3DCRA 5SZ9A 1G35A 3BGBA 4L7HA 1HTEA 3ZKNA 4K8SA 5SY3A 1T7JA 4DUSA 5P8FA 3URJA 1BWAA 1HXBA 3LPIA 1M4HA 2V13A 3WSJA 5P3OA 4Y48A 1MUIA 4Y5EA 2R3WA 1META 5P4XA 4EJDA 3L5DA 1GVWA 1PSOE 3SABA 3PB5A 3T7QA 5EZZA 2JXRA 5OZPA 3URIA 3UTLA 2IEOA 3I7EA 5KQXA 5P37A 5OZJA 5AHBA 2ER0E 4M8XA 3NU9A 4RCEA 7HVPA 5P5LA 5P3PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3I25 A;  3FNS A;  5P3I A;  3PMU A;  4GJ6 A;  4DJV A;  4GJB A;  1SH9 A;  2AID A;  1D4L A;  2IKU A;  4ZEA A;  5P1M A;  1VIJ A;  2PWR A;  3HD8 A;  3Q6Y A;  2I4D A;  2R5Q A;  3PSG A;  5P09 A;  5P3T A;  5I70 A;  5P5U A;  2AVM A;  2B8V A;  4YOB A;  5KR2 A;  5P8J A;  5P7J A;  1HTG A;  2AQU A;  3JVW A;  3PLD A;  2QI1 A;  5P4H A;  2OHR A;  3KDB A;  3GI0 A;  4EP2 A;  3O9L B;  2NNK A;  3EL5 A;  3PWW A;  5P11 A;  2XFI A;  3SO9 A;  3TOH A;  5OZF A;  2JYS A;  4Y38 A;  3NXE A;  1DP5 A;  5OZC A;  3KF0 A;  2QI6 A;  2I4V A;  5I3V A;  5KQZ A;  4D89 A;  1T7I A;  4ZSP A;  3IVH A;  3QIH A;  4AMT A;  1KJH A;  1IVQ A;  2V12 C;  4YA8 A;  2QMG A;  4J0Z A;  3MWS A;  4DQE A;  2JE4 A;  3QI1 A;  1A8K A;  3EC0 A;  5P4I A;  4Y58 A;  5P05 A;  3HDK A;  4U7Q A;  5P0M A;  1QBU A;  3NWX A;  1D4H A;  5EZX A;  2ZHR A;  1TSU A;  3PI5 A;  4DQH A;  3IA9 A;  5OZK A;  3OU1 A;  4L1A A;  3SM2 A;  5P53 A;  5P40 A;  5AH7 A;  1MRW A;  2J9J A;  5OYV A;  4U7V A;  5P7D A;  2V11 C;  1A8G A;  1B6L A;  2BBB A;  2FDD A;  4H1E A;  3L5E A;  1GNN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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