4DPIA

Bace-1 in complex with hea-macrocyclic inhibitor, mv078512
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
387
structure length
373
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Highly potent macrocyclic BACE-1 inhibitors incorporating a hydroxyethylamine core: design, synthesis and X-ray crystal structures of enzyme inhibitor complexes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 97
structure length 373
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dpiA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dpiA02
3G6ZA 5DGUA 1LYWA 5OYTA 2I0AA 5P3IA 4J0TA 1IZEA 1AZ5A 1TCXA 5OZ3A 3EL5A 1FQ7A 5P5TA 4ER4E 1C6YA 2Q11A 1SDTA 2R3TA 3MSLA 5P6PA 1AXAA 3FIVA 4YHQA 5KAOA 3MWSA 2Q54A 2XYEA 1RPIA 3PSUA 4PYVA 5P1TA 3PI5A 4DJOA 5P4QA 1FFFC 5P6MA 5OZKA 4J1CA 4CPTA 2ZHUA 2QD6A 1KJFA 5P53A 4YCTA 5OZ0A 5P2HA 5P0IA 4K4RA 2Q64A 5P8QA 5P06A 3TKGA 1FMBA 3WSJA 2NTRA 3EXOA 4BFDA 3L3AA 1PPLE 4WTUA 2G20A 2NR6A 4ER1E 5P24A 5P0GA 5ISKA 3S7MA 5P0EA 5DQCA 6UPJA 2NNKA 2FXDA 5P3EA 5P0CA 3TPRA 3VSXA 2WEDA 1PPKE 5C9BA 5P5HA 1YT9A 3HDKA 3VFBA 3LIQA 3DV5A 3EKVA 3T7PA 2AOEA 3SPKA 2QZWA 4EXGA 3DJKA 2V00A 5P6TA 2F3KA 2VA5A 4X2LA 3URIA 4DJXA 4Z2ZA 3WZ8A 5HE7A 3UQPA 5P48A 2I4DA 3EL0A 4YDFA 5P5XA 2AODA 2FNTA 1B5FA 2WEZA 2A1EA 3Q4BA 5OZSA 2PC0A 5P4IA 2P83A 5P1GA 1F7AA 2CEJA 2MIPA 5HDXA 5P1PA 1K1TA 1WKRA 2AOFA 5AH7A 4EHCA 3QBFA 2OHNA 3UQXA 3VYDA 1LF2A 1BIMA 5CONA 3EKQA 2ZHSA 3ZKMA 3WZ6A 2IENA 3SA7A 4FL8A 3OU1B 4XKXA 1A8KA 3I2LA 1IDBA 5P3PA 2AOIA 3ER5E 4R93A 1D4LA 5P5RA 5P8LA 5HE4A 3SLZA 4NPUA 3D3TA 4Y4TA 1SDVA 5P2GA 4Y36A 4EJ8A 3LZVA 3SAAA 3L38A 4Y4GA 1APWE 2PSUA 5SY3A 5P8CA 3PRSA 1PPME 3F9QA 4LP9A 4Y3TA 5P0RA 4YD6A 5P0VA 5P0OA 3APRE 2B8VA 4OC6B 3KFPA 4J5JA 5P4OA 5BRYA 4MC2A 4DQEA 3CYXA 1MVPA 1FQ4A 1K1UA 2SAMA 4B05A 3PWWA 3O9DA 4OBGA 1FQ6A 1K2BA 3SA9A 3ZKIA 2JJIA 3UTLA 1TQFA 5P89A 2AOJA 3UDNA 4OD9A 5P0ZA 4B00A 4FM6A 1HVRA 5OYRA 4DJPA 2AVOA 4BEKA 5OZIA 3EKTA 5P2RA 1LF3A 1QBSA 5P6EA 4EWOA 5P0HA 5T4SA 3PMUA 2VA6A 5P72A 4Y3ZA 3OY4A 3CKPA 4FLGA 4DV9A 2AOGA 1A94A 2G94A 1HIIA 3ZLQA 4I0IA 3O9AA 4Y3YA 1A30A 3BXSA 3C9XA 4LXKA 4FRSA 4Y3DA 4HDFA 4Y9WA 2G1NA 2AOHA 1MT9A 1K6VA 3EL9A 4YD7A 1HVLA 5HCOA 3OOZA 1ME6A 2QMGA 5DR1A 3LINA 3BUGA 3PBDA 3GGUA 2P8HA 3SKFA 2G24A 1GNMA 5OZPA 5P6FA 1BXQA 1LYBA 1EBWA 1C6XA 1CZIE 5P4XA 5HD0A 1D4YA 5P45A 3FSMA 2B8LA 4HZTA 3OU4A 2R5PA 3PEPA 1HTFA 5OZHA 5P4FA 2QI4A 1OEWA 3OUDA 3NDTA 5HVPA 3K5CA 3DM6A 1CPIA 5KOSA 5P7KA 1IZDA 1HVHA 3SA8A 4A6BA 5P4RA 3OWNA 3UPJA 4I8ZA 4BELA 2ANLA 5P59A 1LZQA 3TLHA 3OGPA 2J9JA 1GKTA 5P0KA 5P56A 5P3GA 3UF3A 5DGWA 5P12A 4OBZA 5P7DA 4JP9A 3VCMA 4ACUA 3U71A 5P30A 5P2BA 1D4IA 1MSMA 3N3IA 5P40A 5P35A 4GJ9A 5P28A 2WEAA 4XX3A 3O9GA 3TH9A 5P73A 3L59A 3B80A 1E82E 5JODA 2G1OA 2Q55A 4HEGA 1MTRA 5P6YA 5P6LA 5OZZA 4MC9A 5HTZA 4K9HA 2AOCA 1XN2A 2NXDA 2F81A 3PWRA 3R0WA 5C9FA 2O4SA 1FG6C 4RRSA 3QVIA 5OZXA 1EBZA 5P2UA 3JVWA 3UFLA 3GGVA 1HPSA 5P1BA 1MESA 5P62A 3IA9A 2I4WA 2Q15A 3D1ZA 5P2WA 3PBZA 3NDXA 3TOFA 5P2NA 3S8IA 2RENA 3CYWA 1MRWA 5P7PA 5AHBA 5P7LA 3RU1A 2QU2A 5P6IA 4J1HA 4EP3A 3QBHA 3T7QA 2B7ZA 3PSYA 5OZGA 4TRWA 3Q3TA 3JVYA 2NMZA 2HIZA 3FX5A 3GGXA 5P3XA 2HPFA 3L5DA 2NXMA 1HSIA 5OZMA 1META 1JLDA 1PSOE 5P1AA 1ZP8A 3KM4A 2ZHRA 3KT5A 3DOXA 4LXAA 4AMTA 1AAQA 5HCTA 2XFKA 4OBJA 2O40A 3OQFA 1D4KA 5P7GA 3LIZA 4B1EA 3SO9A 1J71A 1KJGA 4RROA 3SA4A 5P33A 4B1DA 5P7XA 1W6HA 3OQDA 4EQ0A 2Z54A 3RSVA 2QI3A 5KR8A 2P3DA 3IXKA 5P8FA 5P1QA 3NUOA 3IN4A 4L7JA 1FMUA 5P36A 5P7HA 3IVIA 4ACXA 4I0JA 5HDUA 4EJLA 3Q70A 3S43B 3L5BA 5P5KA 4RCDA 4LC7A 1VIKA 3VSWA 1BDQA 2P3BA 1SGZA 5P3NA 2RSPA 5P4VA 5P4TA 5DR3A 1FQXA 5P0PA 2QZKA 4YD3A 5P3QA 2PK6A 3QS1A 1UH9A 5P7FA 4I8WA 4DFGA 1TCWA 1AVFA 2OHRA 3KDCA 3R2FA 1HHPA 3VFAA 1IZIA 4EJKA 4Y4AA 4F73A 5P1WA 4Y3NA 5P8SA 2HS2A 5KR2A 2VJ7A 4DJWA 5P84A 5KOQA 4RGHA 5P5UA 5P5AA 3UDMA 3O9LA 2PSVA 5P6VA 2Q5KA 3TOGA 2WECA 1AJVA 1YTJA 5P2XA 3I7EA 5P1CA 5P65A 5P81A 4JECA 5P6AA 5P3AA 4DJVA 2XFJA 5P27A 5P2VA 2FLEA 3KT2A 5P70A 4J0ZA 2ZHTA 2FIVA 1XL2A 4EQJA 5P0SA 3NXEA 4CP7A 2JXRA 2VS2A 1SP5A 4CPXA 5P34A 3KF0A 3QP0A 1IDAA 4OBHA 4GJCA 4U7QA 3OADB 4Y47A 2UXZA 2FGUA 4FM8A 3RTHA 3SM1A 5KQYA 3PVKA 5P74A 1ZJ7A 4Q1WA 2WKZA 5P8BA 3QRVA 2QI7A 4M8YA 4E43A 1DAZC 1B6JA 3KDDA 1HRNA 4L7GA 5OZJA 2QD8A 4K4PA 4NJTA 5P8NA 4N00A 1QBTA 2FDEA 1RQ9A 2NMYA 3S7LA 1T6GA 1B6KA 3LNKA 3LITA 1EPME 3SABA 2JE4A 5P01A 4J0VA 1M0BA 5OZ9A 1ZTZA 3D91A 3IXJA 3SACA 5F01A 4QJ7A 5P5OA 5EZXA 3OHFA 5OZDA 3QRSA 4QJ6A 1EPNE 1SH9A 4J54A 4Y58A 1SMEA 5P7JA 5P5YA 3T6IA 4NJSA 1LEEA 1MIQA 3ZKNA 3ZOVA 4KE0A 1BVGA 3K5FA 2Z4OA 3EKWA 3SFCA 4I0DA 2V16C 5ER1E 3UDYA 2QMFA 5P3WA 3R1GB 5OZ8A 5P1OA 5P6RA 3H0BA 2ER9E 4Z50A 3NWXA 2PQZA 3QVCA 4CPUA 2QI6A 5P4GA 3SA6A 3VV8A 3PLDA 2JYSA 5P2IA 1NPAA 5P66A 5ER2E 5HDVA 3PM4A 5P8IA 3DV1A 1K6PA 2IKUA 3WB5A 1ER8E 1K6CA 5B18A 3BVAA 2VKMA 1HVCA 2I4VA 5F00A 2QZXA 5P2TA 5P85A 3OXVA 5P3VA 1D4SA 3CKRA 3GI5A 3SA3A 5P5GA 4J1IA 4R92A 4AUCA 5OZOA 2Q3KA 5OZQA 5P3YA 4PHVA 3PI0A 1LV1A 3LIYA 3OU1A 5OZFA 1FG8C 4Y4DA 4BFBA 2OHQA 4MC1A 1YG9A 3HAUA 3IVHA 4ZPGA 5P0XA 1BBSA 3L5FA 5OZCA 3LZYA 1K2CA 3GW5A 5OZ5A 4KB9A 2BPVA 5P0JA 5SY2A 1SBGA 4HE9A 2QK5A 1BDRA 4DQHA 2FGVA 4B77A 4D8CA 4R5NA 5P6KA 3EM4A 3I6OA 5P4WA 3OGQA 5P1RA 3INFA 2V13A 2AZBA 4OC6A 5P6CA 1IVQA 1APTE 1HXBA 4Y53A 1KJ4A 3HVGA 1BWAA 2OHSA 1WBKA 3TNEA 3NUJA 2IGYA 5P52A 5P7SA 5P2AA 3PJ6A 5P6NA 4DJRA 4X7IA 5DR8A 9HVPA 3D1YA 1LYAB 1APVE 2QD7A 5P39A 4Y45A 5P61A 1BWBA 1FFIC 2NXLA 1OEXA 5P4ZA 3VLBA 2F3FA 3KFSA 5P0YA 4GZFA 4Y4EA 1HVKA 1BV7A 3AIDA 4J1EA 5CLMA 5P46A 1SGUA 4YBFA 4Q5MA 4ZSQA 1PFZA 5OZAA 4Y3LA 2B60A 3LPJA 1G0VA 5P22A 5P32A 1GVXA 4Y5GA 5OZBA 5TOLA 2BPWA 3DK1A 5P8RA 5P0UA 4ZPEA 4DUSA 2Q63A 3TPJA 5DQ1A 3I25A 4DI2A 2OHPA 5P0WA 5P17A 5P25A 7UPJA 5BS4A 3ZKQA 5P1VA 4H3IA 4L7HA 4B1CA 3OU3A 5P3SA 2P4JA 2NPHA 2G1YA 4Y5BA 3DCRA 2QU3A 1W5WA 1N49A 3KN0A 3NU4A 1EBYA 5APRE 5P8EA 3KMXA 4AA9A 4CPQA 5P4UA 4PPHA 3QI1A 3OXWA 5JFUA 1A9MA 2AVQA 5AH6A 5P5VA 5P8KA 3M9FA 1EPRE 5P5EA 5P2YA 2QAKA 3NDWA 4Y5PA 1ODWA 5P6ZA 4JPCA 2G22A 2P3AA 3BXRA 1BILA 3MXEA 1F34A 1NSOA 3VUCA 5P60A 5P5FA 5P4YA 5P4MA 5P05A 3ECGA 3Q6YA 4Y5AA 1M4HA 1W5YA 1W5VA 1HEGE 2NNPA 5OZUA 3O9EA 1HOSA 3O9HA 2FS4A 5P69A 4Z22A 4J1FA 4Y48A 1FB7A 4APRE 2I0DA 2WF1A 1G6LA 5P0TA 3UDRA 2OAHA 3IGBA 5AHAA 1Z1RA 2I1AA 3BGBA 5OZTA 5P77A 5OZ4A 5P7NA 4AZYA 1EC2A 1PROA 3S2OA 1XL5A 1A8GA 1XS7D 5P71A 1ZSFA 1GVUA 4Y4JA 5P8PA 1BV9A 4GJDA 3PWMA 4B78A 5P3ZA 2G21A 4J55A 4Y41A 1B6MA 2HM1A 2WJOA 2XFIA 2IKOA 5PEPA 5P6UA 5P5WA 3OUCA 1EEDP 4YOAA 5P5QA 2WF4A 3G70A 2O4KA 3ZKSA 3HD8A 5P0QA 1BVEA 4Y43A 3KFNA 3UDJA 2PH6A 1W50A 4COEA 3VG1A 2OHUA 5P29A 3ST5A 5P2OA 3NU3A 4Y3EA 1TW7A 1MEUA 3OUAA 3PGIA 5P2CA 4Y3QA 1HBVA 5P50A 1HIVA 2HB2A 2QNPA 4DJQA 1FQ5A 4RVJA 3PB5A 3CMSA 4ZEAA 1EAGA 2FDDA 4KUPA 5P5JA 2AZCA 4R8YA 3PSGA 4I0EA 4FAEA 5P64A 4IVSA 3NU6A 4Q1YA 4ZE6A 2QZLA 3QPJA 2PSGA 2HB3A 1XDHA 5P3TA 3S45A 1B6PA 1HTRB 5HE5A 1UH7A 3GGAA 5P87A 2FNSA 2AVSA 4WY6A 1GNNA 3VF7A 5KR0A 1LYBB 3BUFA 3BHEA 3URLA 5P51A 3D1XA 4TVGA 1FKNA 5JFPA 3OU4B 1XN3A 1FIVA 3EKYA 4DQFA 3FKTA 3EL4A 2G1RA 4QJ2A 4Y38A 3ZPUA 4YD5A 4Y4WA 5P7WA 1RL8A 5P3RA 2HC0A 4L1AB 1EPLE 4DJUA 1FMXA 4J1KA 4RCEA 3BUHA 5HU0A 4I1CA 4H3JA 4TRYA 5P75A 4FAFA 4GJAA 3QIHA 2UPJA 3SA5A 2R3WA 4YCKA 1T7KA 1ZSRA 5E5KA 1KZKA 2OHTA 3S43A 3L5CA 5P1ZA 1HTEA 2OHLA 1G2KA 2VIZA 1RV7A 1ZAPA 1AM5A 1HXWA 5P6DA 4NJVA 4HDPA 3QROA 5P6OA 2ZDZA 4ZIPA 1Q9PA 5COOA 3EM6A 1T6EX 5P5MA 1Z1HA 5P4EA 2ZYEA 2PMAA 5P67A 2BPZA 2PYNA 4L6BA 4Y56A 4YCYA 5P55A 2VIJA 3OAGB 1EPOE 1GVTA 5P2JA 4I0FA 4FRKA 5P07A 5P6GA 4F75A 3S85A 4FS4A 4RZ1A 1XE6A 3KMYA 5KR1A 2ER6E 5HDZA 4U7VA 3TKWA 5P13A 2O4LA 4B70A 2ZJNA 2PWCA 3OADA 5OZYA 5P4DA 2AZ8A 2IRZA 3K5GA 4DQCA 1EPQE 2HPEA 1IVPA 5P7ZA 4B0QA 5P6WA 3WZ7A 8HVPA 4GIDA 5DPZA 5P02A 5P5LA 1M43A 4GJ7A 2ZJKA 2VIYA 4NPTA 3K4VA 1YTGA 4Y3JA 2F80A 2QP8A 1PSNA 3DCKA 3ZKXA 5P3JA 1QS8A 3GI0A 1ZLFA 4R91A 7HVPA 4DPFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3G6Z A;  5DGU A;  1LYW A;  5OYT A;  2I0A A;  5P3I A;  4J0T A;  1IZE A;  1AZ5 A;  1TCX A;  5OZ3 A;  3EL5 A;  1FQ7 A;  5P5T A;  4ER4 E;  1C6Y A;  2Q11 A;  1SDT A;  2R3T A;  3MSL A;  5P6P A;  1AXA A;  3FIV A;  4YHQ A;  5KAO A;  3MWS A;  2Q54 A;  2XYE A;  1RPI A;  3PSU A;  4PYV A;  5P1T A;  3PI5 A;  4DJO A;  5P4Q A;  1FFF C;  5P6M A;  5OZK A;  4J1C A;  4CPT A;  2ZHU A;  2QD6 A;  1KJF A;  5P53 A;  4YCT A;  5OZ0 A;  5P2H A;  5P0I A;  4K4R A;  2Q64 A;  5P8Q A;  5P06 A;  3TKG A;  1FMB A;  3WSJ A;  2NTR A;  3EXO A;  4BFD A;  3L3A A;  1PPL E;  4WTU A;  2G20 A;  2NR6 A;  4ER1 E;  5P24 A;  5P0G A;  5ISK A;  3S7M A;  5P0E A;  5DQC A;  6UPJ A;  2NNK A;  2FXD A;  5P3E A;  5P0C A;  3TPR A;  3VSX A;  2WED A;  1PPK E;  5C9B A;  5P5H A;  1YT9 A;  3HDK A;  3VFB A;  3LIQ A;  3DV5 A;  3EKV A;  3T7P A;  2AOE A;  3SPK A;  2QZW A;  4EXG A;  3DJK A;  2V00 A;  5P6T A;  2F3K A;  2VA5 A;  4X2L A;  3URI A;  4DJX A;  4Z2Z A;  3WZ8 A;  5HE7 A;  3UQP A;  5P48 A;  2I4D A;  3EL0 A;  4YDF A;  5P5X A;  2AOD A;  2FNT A;  1B5F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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