4DPIA

Bace-1 in complex with hea-macrocyclic inhibitor, mv078512
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
387
structure length
373
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Highly potent macrocyclic BACE-1 inhibitors incorporating a hydroxyethylamine core: design, synthesis and X-ray crystal structures of enzyme inhibitor complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 97
structure length 373
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dpiA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dpiA02
3TOFA 3NDUA 3UCBA 2QD6A 1MRWA 2IKUA 2F3EA 5P66A 2Q64A 1KZKA 3EM4A 5I3YA 5KOSA 1FG8C 5P7MA 3KMYA 3R2FA 1MTRA 4QJ8A 4GB2A 5P7TA 3UQWA 2V16C 4LP9A 4M8YA 1FF0C 5P81A 4RCFA 1A9MA 3SFCA 4RYCA 4ZSQA 5OZ9A 4H3JA 4ZSMA 3EL4A 3NDWA 1BBSA 4WY6A 4Y3EA 4FRIA 1HXWA 4QJ7A 5P47A 5P09A 4U8WA 1ODXA 2HB3A 1HOSA 4DH6A 4Y36A 1KJHA 4HDBA 4DQCA 4Y41A 4ZIPA 2J9KA 5AH7A 4EQJA 2F81A 4Y3AA 3HZCA 3LIQA 2NPHA 3BGBA 3UHLA 5P50A 4Y5NA 4DJXA 4CPSA 4KE0A 4EYRA 5IS4A 3OUDB 4H3GA 3LINA 4Z50A 4Y4AA 2ZHVA 4HZTA 2FXDA 4DQEA 1YTJA 1NH0A 3SKFA 3DM6A 3CYXA 1ZJ7A 5P8PA 3TL9A 5OZFA 2QZKA 5P1MA 5P4QA 5P1SA 5P4XA 4Y38A 5P39A 1BWAA 2HB2A 3FV3A 1MT9A 5P4SA 4Y3LA 2V12C 5PEPA 3AUPA 5DR4A 2VJ9A 5OZOA 4FAFA 1DW6C 5P4LA 4DJOA 1Z1RA 4ACUA 4Y47A 3DOXA 5SXNA 2VIJA 3U6AA 5P6HA 3JW2A 3OWNA 5P32A 2FLEA 3SAAA 5P70A 4Z22A 5HVPA 5P6PA 4RZ1A 2ZHRA 5EZZA 1GVWA 4RVXA 4Y3NA 5P1BA 1KJ7A 2PSUA 3NUOA 5KQYA 4ZSPA 1D4HA 5F00A 3CIBA 4L6BA 5P61A 5OZ0A 1ODWA 1KJ4A 5P0RA 5HDVA 2WEBA 1G2KA 3LIYA 5P00A 3OY4A 4H3IA 3LPJA 4K9HA 4EQ0A 3K5DA 5P2MA 1LYAA 1QBUA 4A6CA 5HTZA 1NPWA 3JVYA 1YM4A 3PWRA 4Y5CA 4EJLA 2AQUA 4FS4A 5P4HA 5P57A 1ZLFA 1LYWA 3TH9A 4FLGA 4Y56A 4DUSA 4DVFA 1PFZA 3IAWA 1HVSA 2QK5A 4OBDA 5ER2E 5P4NA 4LXMA 4GJAA 2FGVA 4B1CA 3OU3A 3UDKA 1GVVA 4R93A 5P1IA 5KAOA 4DQGA 1EAGA 4OBJA 4Y9WA 5C9BA 2XFIA 5P77A 3GI4A 3PGIA 1EEDP 1M4HA 2QZLA 4Z2ZA 2ZGAA 3U71A 1HTGA 4F76A 3SA6A 5KR1A 3SO9A 3UQUA 5P2YA 4A4QA 5P1RA 4EP2A 4DPFA 3QRSA 2Q3KA 3ZKNA 1YM2A 1TSUA 3UPJA 4D8CA 2ER0E 3D1YA 3QRMA 4Y45A 4Y54A 3NDXA 5P8HA 5P4IA 5P1DA 3B80A 2I4QA 4YDFA 2QNNA 5P4EA 4NJSA 1HWRA 5OZVA 4YDGA 2P3CA 5P5CA 2VIEA 4DPIA 1WKRA 1LEEA 4RVJA 5P8TA 2HPEA 5P6WA 4LXAA 3S54A 1YX9A 1T7KA 2VA5A 3FNTA 5P71A 4J0YA 3BUGA 4HA5A 4Y3HA 1IZHA 5P55A 1HVRA 1HEFE 5P4KA 1FQ8A 4B77A 3OUDA 1NPAA 1G35A 9HVPA 3ZOVA 1BDQA 3WZ8A 3LZUA 2NXLA 3QN8A 2QU3A 1HVJA 2QZXA 5P3LA 3OHFA 4Y4BA 1NPVA 1OD1A 5P2VA 5P26A 2Z4OA 3PRSA 4GJ6A 1BIMA 1E82E 3GI6A 1BDRA 4Y5KA 2JE4A 1EBKC 2ER7E 3D20A 4J54A 3ZL7A 2OHUA 5P2GA 1EPRE 3PLDA 4Y5EA 3HVPA 5KQXA 2AOGA 4CPQA 1TCWA 1D4IA 3O9HA 1PROA 5HDZA 1HIVA 2OHRA 3UDPA 5OZAA 1HXBA 5HDUA 5P0JA 5P0CA 4TRZA 5P5GA 3ZKXA 2AOIA 5P8AA 5P1WA 5P6RA 4Y4UA 2VA6A 1N49A 3IGBA 3WZ6A 5OYZA 4D88A 5ISKA 5P56A 5HE5A 5HU0A 5OYVA 4F75A 2VS2A 2OHNA 1SGZA 5DR8A 5OYUA 4FL8A 2ZJLA 5P8DA 5P0VA 4B1DA 5P5FA 5P3TA 5P3RA 2IENA 2WL0A 5P3KA 4CP7A 2RSPA 3SKGA 5P4UA 3NYGA 3T7XA 5P5WA 4I0HA 3KFNA 5P41A 3L59A 2VNNA 1EPNE 2I0AA 1CPIA 1FMXA 1LF4A 1EBZA 1C6ZA 2Q55A 5P4OA 4GJ9A 5P8RA 4BEKA 5P6ZA 3TKGA 3O9LB 5KR2A 5OYSA 4Y5MA 4FE6A 5P8VA 6APRE 4I0DA 5P40A 1IZEA 4HVPA 4UPJA 3OQFA 1AAQA 4HEGA 5P5LA 3LZVA 5OZ1A 1T6EX 4Y3FA 4LBTA 5P5QA 5P6OA 4QJ2A 3UTLA 4TVHA 5P19A 3VYDA 4OC6B 3T7QA 4YD3A 1EPPE 3LPKA 1K1UA 3WSJA 5P6QA 3DUYA 2JJIA 3K4VC 4NPTA 1QS8A 2AVQA 1GVTA 1XN2A 2AOHA 2OHLA 2PH8A 1E81E 5P5EA 3LPIA 5P08A 3OUCA 4HLAA 5P0TA 5P1NA 3QIHA 4QJ6A 5P7WA 3AIDA 3APRE 1GVUA 2VJ6A 2AZBA 2WEZA 5P28A 3PI5A 3Q3TA 5P8MA 2I0DA 4LXKA 1GVXA 5P36A 5P2TA 3S7LA 2QI6A 2G94A 4ZPEA 1LV1A 5P58A 5AGZA 2G26A 2FIVA 1IZIA 1J71A 4Y4JA 1T7JA 5P6DA 2P8HA 2Q5KA 1YTHA 1IDBA 2AVSA 3UFNA 2BBBA 1FQ5A 2VIYA 5OYXA 4FCOA 2QMGA 2F3FA 3VLBA 3B7VA 3L5BA 3D1ZA 4AA9A 4Y3SA 1OEXA 5P7KA 4Q1NA 5P2HA 5OYYA 4APEA 2HC0A 2V13A 5CLMA 5OZSA 1FMUA 5ER1E 5AHAA 1YG9A 3GI5A 3EKYA 5P83A 4DJVA 5P24A 4Y5PA 2FDPA 4Y3ZA 1BILA 3VEUA 5P15A 5P75A 5IVQA 5P5YA 4DQBA 4Y3JA 4K4RA 2AOCA 1B6KA 5P6BA 3PJ6A 5P2ZA 1EPQE 2AIDA 3NDTA 4ZSRA 3URIA 5P5DA 3TPPA 1ODYA 4I0ZA 2BPZA 1APWE 5OZMA 1A30A 5HE4A 4FSEA 5P34A 4B78A 2I4UA 4Y5GA 1PPKE 3ZKIA 4MC9A 4YA8A 4YCTA 5P3DA 5C9DA 5OZBA 1ZBGA 1ZSRA 2O4NA 2ZHSA 2BJUA 1F34A 1XL5A 2WF3A 5OYTA 2FNSA 3ZKGA 1HVCA 2R5QA 1FKNA 3RTNA 5P5ZA 3O9EA 5P1YA 5DQ2A 3ECGA 3VYEA 5P68A 5P3XA 4M8XA 3SABA 4ZE6A 5P0WA 1HSHA 3OUBA 3O9LA 2FDDA 1FMBA 3EC0A 4J1CA 4Y50A 5P8GA 4Q5MA 4KUPA 4MC6A 3EBZA 2R3WA 4R91A 2OHPA 1EC3A 4YOAA 3NU6A 4YD4A 3D3TA 1SBGA 2BKSA 4FRJA 1K6TA 5P5RA 3EKQA 3KN0A 2AVVA 4OC6A 5P6LA 5P0UA 3FNUA 5E5KA 5P54A 3O99A 3PMUA 2H6SA 3QVCA 4KE1A 4EHCA 1QRPE 4PEPA 4I8WA 4J1KA 3CIDA 3OQAA 2FGUA 3HVGA 4Y3DA 5OZPA 4ACXA 5OYRA 5P5HA 2FS4A 1MEUA 1KJGA 2IGXA 3LIZA 3IVHA 3QP0A 4R5NA 5P65A 4ZLSA 5P48A 1GNOA 3Q70A 1APTE 2PSGA 3OQKA 5P63A 1ZSFA 1BWBA 4GJ8A 5JODA 3HD8A 5P1HA 3WZ7A 4FM8A 2ZJMA 5P0KA 4NPUA 3S43B 3T11A 2QMDA 3BVBA 5OZ8A 4J1HA 1IIQA 1TQFA 3TPJA 3NWQA 5P0FA 3OHHA 5C9FA 3RU1A 1XN3A 3CMSA 5OZLA 5OZHA 3GGXA 2JXRA 3IXKA 1W5XA 3MWSA 1PSOE 3NSHA 5P12A 3SACA 3MSKA 3PLLA 2NR6A 4FRKA 2J9JB 2RKFA 1PPME 2P4JA 5OZGA 2Q11A 4D89A 3VYFA 2I1AA 1UH9A 5P2AA 3I7EA 5P80A 1SMEA 5OZ4A 2BB9A 4Y5LA 2XFKA 2P3AA 5I70A 5OYWA 4I0JA 2AVOA 3KFSA 2HB4A 4JECA 4B0QA 3INEA 5P84A 1LZQA 5P78A 2AZ8A 3Q6YA 3EKVA 5P51A 5P05A 3SPKA 4APRE 3EKTA 5P2UA 2HPFA 3OU1B 4D83A 1D4YA 3NXNA 4EJ8A 5P3CA 1BXOA 4RRNA 3BHEA 3I25A 3HLOA 5P85A 2OHQA 1MPPA 2FMBA 3U7SA 5P11A 4J1EA 5P2KA 5P29A 4S1GA 3L58A 5COOA 1VIKA 1HHPA 4PZXA 3K5FA 2ZJNA 1BDLA 3SA7A 5P1LA 2WF0A 1FB7A 3VV8A 4K8SA 5P1VA 2ZJJA 4Y53A 2AZ9A 1F7AA 2Q15A 4GJDA 4TRYA 4DFGA 3WB5A 2WEDA 2OHTA 2QZWA 5P0LA 1HPVA 3OOZA 1XS7D 5UPJA 4JPEA 3ST5A 1FGCC 3ZPUA 2ANLA 3EM6A 3I6OA 3S56A 1HBVA 4Y39A 2A4FA 1AVFA 1ER8E 2AOFA 4I10A 2BQVA 1E80E 4HE9A 1DP5A 5P52A 4FRSA 4CPRA 2FDEA 1SIPA 4ER2E 3KM4A 4GJBA 3PEPA 4J1IA 5BWYA 2NXMA 5T4SA 3TOHA 5P0NA 5OZIA 2V11C 5P8SA 5P4WA 4Y44A 4J5JA 1B6PA 1W5VA 1C6YA 5P8NA 5P3VA 5P2SA 1QBSA 3IVIA 5P2JA 4GIDA 1SMRA 1SDTA 4L7HA 4TRWA 3OGPA 3OU4B 5OZCA 4QJ9A 1SDUA 2OHSA 2ZYEA 5P72A 2OHKA 4U7QA 1BV9A 5P4CA 1T6GA 4F73A 2QNPA 5OZJA 3ZPSA 5ISJA 3PVKA 3DCRA 3K1WA 4MC1A 5P7LA 2O4SA 3MXEA 5I3VA 5KR0A 3S43A 1EC2A 5AH6A 3S45A 4YCKA 5P2QA 3EL9A 3S2OA 6UPJA 4NJVA 5P2XA 2HS2A 1PSAA 2V0ZC 4PYVA 2NTRA 3R4BA 3KT5A 7UPJA 3NR6A 1W6HA 5P7NA 3QAAA 5IE1A 3CKTA 2QI0A 5P7DA 2F3KA 3O9BA 4CPXA 2J9JA 5JFPA 2B60A 2IDWA 3UDJA 1ZPAA 3LHGA 3GGAA 4LC7A 5AH9A 4DJWA 2VNMA 3FX5A 5P8IA 3IXOA 3F9QA 5OZ5A 4RGHA 5P4RA 5P7UA 2O4PA 3N3IA 5P64A 2R5PA 2QAKA 5SZ9A 5P7IA 1MSNA 4Y43A 5P13A 4Y51A 5P0YA 4CPWA 1A94A 1TSQA 2Q54A 2IRZA 5CONA 5I3XA 1E5OE 3OU1A 4DJYA 4YD6A 2G1SA 1K1TA 1K2BA 1ZPKA 1APVE 4BFBA 3MXDA 1A8GA 5P5UA 5P44A 4FM6A 3BUFA 1QDMA 4QLHA 4NJUA 4D85A 2IKOA 3URLA 1NSOA 3K5GA 5P3EA 2UXZA 2ZHUA 4H3FA 5P1UA 2V00A 3SA9A 5OYQA 1DPJA 5P1XA 4KB9A 1YTIA 4QGIA 3KA2A 1A8KA 1XE5A 2G21A 4GJ5A 1YTGA 5P07A 4PPHA 5P3JA 4R95A 2R38A 5P4JA 1ME6A 3SLZA 5P0MA 5P0ZA 3FKTA 1RPIA 2CEMA 4AUCA 5P1QA 1W6IA 2QMFA 3KFPA 5F01A 3ZKMA 4LL3A 1FFIC 1IDAA 1BVGA 2ASIA 5IVTA 3DK1A 5P6XA 3QPJA 4GMIA 1OEWA 1VIJA 3IXJA 3NU9A 2G20A 5P89A 4RCDA 5P8KA 3URJA 3LITA 4FIVA 4Y3TA 3GI0A 3FIVA 5AHBA 3UDRA 3ZKSA 1MIQA 3OXXA 3EM3A 5P7VA 3UDQA 1HTRB 5P45A 4I0FA 4YHQA 3SM2A 3QVIA 5P2NA 5P04A 5P86A 4OBZB 3TLHA 3KDBA 3EMYA 4GZFA 4RLDA 3EXOA 3QS1A 4XX3A 2CENA 1SDVA 2HIZA 4Y6MA 4A6BA 5KR8A 5P5TA 1HVLA 5P6NA 2O4LA 4DV9A 4ER4E 1AJXA 1FEJC 1UH8A 3OU4A 5P6UA 5P6YA 2P83A 2SAMA 5P1ZA 2QCIA 4WTUA 5FIVA 4J55A 4CKUA 5P6IA 3EL0A 4YD5A 4DJQA 1W5YA 3PSUA 4I0IA 2PSVA 1SIVA 1LS5A 1K6VA 3OUAA 5TOLA 2PMAA 3UF3A 5DQ4A 5P6GA 2PK6A 5P2OA 5P3WA 4ZPFA 2BKTA 3OXVA 1ZTZA 2PWRA 3HW1A 1MUIA 1XDHA 1K2CA 1PSNA 3PM4A 4WY1A 5P6AA 4OBFA 5P22A 3SA8A 2B8VA 5P01A 4Y35A 5P7QA 5P5NA 1EBYA 5OZNA 2F8GA 5P4TA 4AMTA 1PPLE 5P7OA 4EXHA 5P8EA 2WECA 5P7PA 4Y4TA 3QROA 8HVPA 5P03A 5P4MA 3OGQA 4Y3RA 3QBFA 1FQXA 2ZJKA 4RCEA 5COPA 2G69A 1ZAPA 3NUJA 2WEAA 4X2LA 3O9GA 5P7FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TOF A;  3NDU A;  3UCB A;  2QD6 A;  1MRW A;  2IKU A;  2F3E A;  5P66 A;  2Q64 A;  1KZK A;  3EM4 A;  5I3Y A;  5KOS A;  1FG8 C;  5P7M A;  3KMY A;  3R2F A;  1MTR A;  4QJ8 A;  4GB2 A;  5P7T A;  3UQW A;  2V16 C;  4LP9 A;  4M8Y A;  1FF0 C;  5P81 A;  4RCF A;  1A9M A;  3SFC A;  4RYC A;  4ZSQ A;  5OZ9 A;  4H3J A;  4ZSM A;  3EL4 A;  3NDW A;  1BBS A;  4WY6 A;  4Y3E A;  4FRI A;  1HXW A;  4QJ7 A;  5P47 A;  5P09 A;  4U8W A;  1ODX A;  2HB3 A;  1HOS A;  4DH6 A;  4Y36 A;  1KJH A;  4HDB A;  4DQC A;  4Y41 A;  4ZIP A;  2J9K A;  5AH7 A;  4EQJ A;  2F81 A;  4Y3A A;  3HZC A;  3LIQ A;  2NPH A;  3BGB A;  3UHL A;  5P50 A;  4Y5N A;  4DJX A;  4CPS A;  4KE0 A;  4EYR A;  5IS4 A;  3OUD B;  4H3G A;  3LIN A;  4Z50 A;  4Y4A A;  2ZHV A;  4HZT A;  2FXD A;  4DQE A;  1YTJ A;  1NH0 A;  3SKF A;  3DM6 A;  3CYX A;  1ZJ7 A;  5P8P A;  3TL9 A;  5OZF A;  2QZK A;  5P1M A;  5P4Q A;  5P1S A;  5P4X A;  4Y38 A;  5P39 A;  1BWA A;  2HB2 A;  3FV3 A;  1MT9 A;  5P4S A;  4Y3L A;  2V12 C;  5PEP A;  3AUP A;  5DR4 A;  2VJ9 A;  5OZO A;  4FAF A;  1DW6 C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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