4DQBA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with drv
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Hydrophobic core flexibility modulates enzyme activity in HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Aspartyl protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dqbA00
5P3IA 5P0LA 4HVPA 4Y4JA 5OYSA 3OUDA 4M8XA 3L5FA 5OZCA 5P6SA 4L1AB 2MIPA 2BB9A 4NJVA 1W5VA 5OZTA 3S53A 3SA3A 4RRSA 3QRSA 5P1KA 5P1TA 4Y5NA 1EPLE 3DM6A 2QZWA 3T7XA 2OHUA 1ZTZA 5P0VA 5P38A 3O9BA 3UQUA 4OBZB 3UDMA 3ZKIA 5OZFA 4QGIA 1W6HA 2ZJNA 4DJYA 4Y5CA 4Y36A 1E81E 5P6KA 3I7EA 1HTRB 4Y4AA 4FAEA 5P4HA 5P2WA 5P7FA 5P64A 5P5RA 3OU1B 4AA9A 2H6SA 4Y58A 5P04A 5P3EA 4I11A 2AVQA 2VIZA 4Y3AA 3TKGA 3LPJA 5P6IA 5APRE 2WF0A 1AZ5A 1HVJA 1G0VA 1A30A 2V0ZC 1NPVA 5P4JA 4K4PA 2R5QA 4I0FA 3TH9A 4LXAA 1W5WA 5P1GA 3EMYA 2P3CA 5P8EA 4K9HA 5P02A 1M0BA 4I10A 3O9LA 5PEPA 5P7GA 1MPPA 1SBGA 3NWQA 5I3XA 2G24A 1NPAA 2SAMA 3OADB 1PPME 2QU3A 5P0YA 2QZXA 3BRAA 3TPPA 4Y3SA 1HWRA 2OHNA 2WEZA 1G2KA 3CKRA 4R8YA 3CYWA 5OYXA 5P6CA 5COOA 1ODYA 1FIVA 4FSEA 5P3DA 3G6ZA 5P1HA 4TRWA 3NYGA 5P8GA 2R38A 2AZ9A 1HPVA 2WJOA 5P0BA 3UF3A 4R5NA 2FGUA 3NR6A 3OQFA 1DP5A 3RTMA 3DV1A 4R92A 4Y3RA 4YDFA 3OTYA 5P2LA 4KUPA 4FRSA 4Y4GA 3SA9A 1FKNA 3OHFA 4YOBA 3SKGA 2FXDA 5OZAA 1W50A 2IKOA 3HVPA 1C6YA 3KYRA 4EP3A 3PM4A 4GJ6A 3UDKA 4WTUA 5P7AA 1HTFA 5SY2A 1F7AA 3IVIA 4EQ0A 2NMYA 5P3OA 3R1GB 5P4EA 3SM2A 1C70A 3KM4A 4YHQA 5P2XA 1HHPA 1NPWA 2J9JA 4L7GA 5P5KA 2QU2A 1FGCC 4HDPA 1BV7A 5P1QA 1MT9A 5P2AA 5P7CA 2Q64A 2AOCA 4FIVA 2I4WA 5P65A 3IN4A 1IVPA 1B6KA 3HW1A 4Y39A 1ZP8A 2NXMA 5KOSA 2G1RA 4J0ZA 5P3ZA 5P68A 1EPRE 8HVPA 2FMBA 5P3BA 4TVGA 5P1NA 5P4YA 1HVHA 3OXVA 1BVEA 1EBYA 2NR6A 5P1PA 5AH6A 4B0QA 1DAZC 5HE4A 4PZWA 3KT2A 5P33A 3EBZA 4GB2A 3SO9A 2WF1A 3LIZA 5E5JA 3TOGA 2WF2A 3MSKA 5P19A 3EM4A 1LYWA 2BPWA 4J5JA 3QROA 4Y3ZA 4FAFA 5P7RA 5OZQA 3IXKA 1APUE 2VKMA 2FLEA 5P7YA 1TSQA 4RROA 2A4FA 5P5TA 2R8NA 5P6AA 3U6AA 5P1IA 1BWAA 5P35A 1FFFC 1D4IA 5P5FA 4Y43A 4DJUA 5P2HA 1EBZA 5P0JA 5CLMA 3NXNA 3D1YA 5DQ4A 4F75A 1GVXA 3SLZA 4I1CA 5P3VA 4Y3MA 5P45A 2O40A 3UDRA 2OHMA 4QJ8A 3VF3A 2QMFA 5P2RA 3UQWA 3VLBA 5P5OA 5P36A 5ISKA 4R95A 4B78A 2RKFA 4EXGA 3ZKSA 5DR3A 5P0KA 2QMGA 4Y3YA 2NTRA 5E5KA 5P2YA 3UDHA 4H3GA 4Y54A 3S54A 2V13A 2Q11A 4DVFA 3H5BA 5OZSA 2QNNA 1FMXA 2P3BA 1XN2A 1Z1RA 1K1TA 5OZ3A 3EL9A 3PMYA 5P0UA 3OQAA 4OBGA 3QVCA 1CMSA 4HDBA 5P5LA 3I25A 5P51A 2H6TA 2OHPA 3UTLA 2QK5A 1TSUA 5P3PA 4Y47A 4DUSA 1FG6C 4YD4A 2UXZA 1YG9A 1ZPKA 5P2EA 7UPJA 4Y3EA 1T7JA 3O9EA 5P1OA 4Y3WA 5P0TA 3PBZA 4J1HA 1RNEA 3O99A 3AIDA 5P87A 2OHTA 1N49A 4I0IA 5P1SA 2ZHTA 4JECA 1FB7A 5OYUA 4K4QA 5HCTA 5P0GA 5IVTA 1BVGA 1GNNA 5P5BA 5DQ1A 3FNTA 3EKYA 4DPFA 3TTPA 4LP9A 5F00A 4BEKA 1A8KA 2VIEA 3PBDA 2QNPA 4RVJA 1TQFA 1TCWA 2G1NA 4B77A 2ZJLA 1QS8A 2BBBA 3TNEA 5P8BA 1D4SA 2HM1A 1IZHA 2B60A 5P24A 2HB2A 4J55A 5P7KA 3WB4A 1ODXA 2B7FA 4OC6B 5P4UA 3LZUA 5P3GA 1ME6A 1T7IA 5P1JA 1B6MA 4RZ1A 3APRE 5P1RA 3DJKA 3HAWA 5HD0A 2BKTA 3LIYA 3OUAA 5HE5A 3KA2A 5P2KA 4GZFA 2JJJA 1KJGA 3UDQA 1TW7A 2PH8A 1ODWA 3PMUA 5P2GA 4DJVA 2QHZA 5P7OA 1LF4A 4M8YA 3LNKA 3FKTA 3VG1A 3QN8A 3OXWA 3NDTA 5P3HA 5OZPA 1B6JA 3IAWA 5P8DA 2VIJA 5DGUA 3KF0A 4F76A 3EKPA 3UHLA 4Y48A 5HVPA 4FRIA 1QBRA 3WZ7A 2AZ8A 2HPFA 4IVTA 2HIZA 5P8PA 3VLAA 3OAGA 5OZNA 2QD6A 2V10C 1HTGA 3R2FA 5P4ZA 3KDBA 1SGZA 1LYAA 2Z54A 2PK5A 1DIFA 5P8QA 5P17A 2HB4A 3S56A 3LIVA 5OZ1A 1AIDA 5P5QA 5OZLA 5P7QA 3ZL7A 2QCIA 1ZBGA 3I6OA 1MSNA 1AJVA 2ZJKA 5JG1A 4KB9A 4YCYA 1FQ6A 2AQUA 3D3TA 1G6LA 3N3IA 4J0YA 3IA9A 5OYVA 1EAGA 1YM2A 3SFCA 5P40A 4GJ5A 3FX5A 4Y3PA 2B8LA 4E43A 1PPLE 5ER1E 5P6OA 2VA5A 4MC1A 3QBHA 5P09A 4ACUA 2BQVA 1RV7A 3UDYA 3BUGA 1ZSFA 3INEA 5P1EA 4RCEA 4Y9WA 4Y53A 1Z1HA 5P48A 5P3NA 5P30A 5KQZA 3L5CA 1YT9A 1AJXA 2HS2A 4YD7A 4NJUA 5P39A 3GGAA 4COEA 2IS0A 2R3TA 3FIVA 4Y44A 4ACXA 1M43A 5P8NA 4BELA 3QI1A 3DV5A 5T4SA 5OYZA 4JPCA 3L5BA 4RLDA 5DR4A 4Y3TA 1WKRA 3OUBA 1HBVA 4EYRA 2FGVA 4QJ7A 2OHQA 1IDAA 3L38A 3QRMA 5P44A 3QRVA 3OU4A 5P1AA 5P63A 5P1DA 5P3FA 3PSGA 4J0TA 4FGXA 3S43A 5C9DA 5P6WA 5P0OA 4Y3XA 3WSJA 5P6JA 4CPTA 1WBMA 1EC1A 2JXRA 5HCOA 1EPQE 1APVE 4GMIA 3U7SA 2PYMA 2IGXA 1A9MA 1PPKE 5OZWA 3LHGA 3LPIA 4J0VA 5P7TA 5P01A 5P8RA 2G1YA 3ZPSA 4GYEA 1MT7A 5JFPA 4ZPEA 4QJ6A 1FG8C 5P69A 5OYWA 3MXEA 1MTBA 5P7NA 2QI1A 5OYRA 5P8HA 5BWYA 3B80A 4QLHA 4Y3FA 5P31A 1K6CA 3EXOA 1W51A 4EJDA 3N4LA 5P8SA 3T11A 2O4SA 3PWMA 1K6VA 5HDUA 2QI0A 1YTGA 2IDWA 1KZKA 4J1FA 3H0BA 3K5GA 1HEFE 4NJSA 2G21A 4DJPA 3IN3A 4YDGA 2ZDZA 4Y4DA 2AOHA 3SACA 1KJHA 3G70A 5P2NA 4RRNA 1BBSA 5P11A 4CMSA 4HE9A 4OBKA 3PVKA 5P4RA 1LS5A 3S43B 1D4LA 2OAHA 1ZAPA 3VYFA 2HPEA 3GGUA 4Y5GA 5OZOA 1UH9A 3UQPA 3T7QA 3KFNA 2RENA 1YM4A 3PB5A 1MESA 3FSMA 5P6HA 1DMPA 4ZPGA 5COPA 5EZXA 5P85A 2F3FA 5P2SA 4Y38A 5P4CA 3KMXA 5P0QA 1G35A 2ZJJA 4Y51A 5P6TA 4DFGA 3OUDB 1FMUA 2OHKA 2RMPA 5P84A 4BFBA 1BIMA 4D83A 2BJUA 4L6BA 2VJ7A 2IKUA 1EC2A 3HDKA 5JFUA 2O4KA 3FNSA 5P1UA 5P06A 5P0NA 3S2OA 4YD6A 1T6EX 5J25A 3VYEA 1DW6C 2QI7A 5P29A 3TPJA 3IXJA 5P58A 1CZIE 1MERA 2ER6E 4B70A 2FIVA 3PCWA 4DJOA 4A4QA 4Y37A 3T6IA 5P3AA 4DJQA 3INFA 1EBWA 3K4VA 2VA7A 2HS1A 3PEPA 1FQ5A 4RCDA 5P23A 4YOAA 2WEBA 2RKGA 5P6ZA 5DQ5A 1K2CA 3ER3E 5P10A 4Y5AA 5P4NA 1TCXA 4ZSPA 5P42A 4Q1XA 4CPUA 5P4LA 4YD5A 3OGPA 4Y41A 3KDCA 4YBFA 2PSUA 2OF0A 4FM7A 1XDHA 1XL5A 5P62A 4B05A 3TLHA 3O9LB 5P8CA 4CPSA 3ZKGA 1A8GA 3L5DA 3S45A 1K6TA 4YCKA 2JYSA 5FIVA 4LAPA 1UH7A 3VCMA 5P77A 1BAIA 2I4DA 3LZVA 5P74A 5P3MA 4FM6A 5F01A 2CEMA 4AA8A 1SGUA 2QZKA 3ZKNA 4I0EA 3QBFA 2G1OA 4FRKA 5P5ZA 1BXOA 4RCFA 3NDXA 5P5DA 3OQKA 4Y3HA 1AVFA 2QI4A 2B8VA 5OZ6A 1M4HA 5P53A 2AVMA 4J54A 2NMZA 3UFNA 5P8VA 3EL0A 1CPIA 1HXWA 1K6PA 4H3JA 3PSUA 2RSPA 9HVPA 3QIHA 4LXMA 5P46A 2QHYA 5P4QA 3PWWA 4XX3A 2ASIA 1OD1A 2WF3A 1FLHA 1D4HA 3DCKA 4ZEAA 3I2LA 4I0GA 5P2OA 3U71A 4I0DA 2I0DA 5P7IA 5ER2E 5P3UA 5HDXA 2J9JB 4CP7A 3VV8A 4CKUA 3URLA 3UDNA 5IVQA 3B7VA 4DH6A 4Y3GA 3O9AA 4ZLSA 3EL1A 2Z4OA 4MC9A 3R0YA 4R91A 5P0RA 1B5FA 2OHLA 5KQXA 1AAQA 2ZE1A 3K4VC 5P6LA 1XN3A 5P4SA 3LITA 4I0HA 3EC0A 5P8AA 3OGQA 4TRZA 2F81A 2AZBA 4A6CA 2IQGA 4KE1A 4UPJA 3HLOA 2F3EA 1HPOA 5P2TA 3CKTA 2JJIA 4Y35A 4D85A 5ISJA 3C9XA 1E82E 5DR1A 1BDLA 3BC4A 2ER0E 4AUCA 1EC0A 3EL4A 5P86A 3RVIA 5P2UA 1LYWB 2AVVA 2FDPA 3L3AA 5P4VA 4H3IA 5P0IA 5OZRA 3NU6A 3T7PA 2ZYEA 3PWRA 4Y5MA 5P15A 1HPXA 4FCOA 1UH8A 2R3WA 3GI6A 1FQ8A 5OZMA 3EM3A 4KE0A 5KAOA 5P8UA 5P4PA 3Q6YA 3VSWA 2PQZA 3INDA 2AOIA 4RVXA 3OWNA 2QHCA 4Y5BA 3PJ6A 1B5FB 5DR7A 4A6BA 3DUYA 4LHHA 1MTRA 5P1BA 2NNKA 3GW5A 4N00A 5P4AA 5P5WA 3NU3A 3G72A 4PZXA 3SKFA 4HA5A 1SP5A 4ER1E 1YTJA 5P78A 1QDMA 4K4RA 5P6QA 4BFDA 3OHHA 5P55A 2XYEA 5P7HA 4FL8A 3BGCA 3K5CA 5P0MA 5OZ4A 3ZPTA 5P56A 5P4OA 3EKQA 1W5XA 3FV3A 2P3BB 5P5GA 4DJXA 1GVVA 1QBUA 4PHVA 5P6VA 1J71A 5P2BA 2I4QA 3BVBA 2QZLA 5P3YA 2BPVA 5OZ5A 5AGZA 3BVAA 5IVRA 4D89A 4Y3QA 3FNUA 3VEUA 3NUJA 5P5EA 4DQHA 1IZIA 4PYVA 5P1YA 4EP2A 4GJ8A 1GVTA 4DV9A 2I0AA 4U7VA 1OHRA 5B18A 5P4FA 4L7JA 3UDJA 5P7BA 1HVSA 3CYXA 3SAAA 3MSLA 1MIQA 4CPXA 4RYGA 3JW2A 3LPKA 5P3JA 5P4BA 3NXEA 3NDWA 3Q4BA 5P25A 5P2CA 1E80E 1EBKC 5P70A 1T7KA 5OZHA 2P3AA 4Y3JA 5P22A 5P5HA 5P20A 5P7XA 4PEPA 1VIKA 5P72A 1XS7D 5AH9A 4Y4XA 3NUOA 4RYCA 1IZEA 5OZIA 1MVPA 2VNMA 4RVIA 5P4TA 3EKWA 5P3TA 2F80A 5P0DA 1ZJ7A 4Z22A 5JODA 1HIHA 3R0WA 1GNMA 4GJ7A 4Y5LA 5P8KA 4J1EA 3S7MA 3SA7A 1HVCA 4IVSA 4HDFA 4NPUA 3GI4A 4WY6A 1HVIA 5P5CA 3OUCA 5P1WA 3APPA 3PRSA 3UQRA 3BXRA 2J9KA 4Y3NA 3PLDA 2I4VA 3Q3TA 5P1MA 2WECA 3K5DA 3QP0A 4OD9A 4I12A 1ZPAA 1FQ7A 4RGHA 3D1XA 3VFAA 1PROA 3LIQA 3O9GA 3BGBA 4XKXA 1MUIA 4HEGA 3AUPA 5I70A 5HE7A 3QPJA 5P41A 1YTHA 3LINA 5P0HA 5P14A 2VJ9A 4QJAA 1W6IA 1SDVA 2ER7E 3LIXA 2Q55A 5OZYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3I A;  5P0L A;  4HVP A;  4Y4J A;  5OYS A;  3OUD A;  4M8X A;  3L5F A;  5OZC A;  5P6S A;  4L1A B;  2MIP A;  2BB9 A;  4NJV A;  1W5V A;  5OZT A;  3S53 A;  3SA3 A;  4RRS A;  3QRS A;  5P1K A;  5P1T A;  4Y5N A;  1EPL E;  3DM6 A;  2QZW A;  3T7X A;  2OHU A;  1ZTZ A;  5P0V A;  5P38 A;  3O9B A;  3UQU A;  4OBZ B;  3UDM A;  3ZKI A;  5OZF A;  4QGI A;  1W6H A;  2ZJN A;  4DJY A;  4Y5C A;  4Y36 A;  1E81 E;  5P6K A;  3I7E A;  1HTR B;  4Y4A A;  4FAE A;  5P4H A;  5P2W A;  5P7F A;  5P64 A;  5P5R A;  3OU1 B;  4AA9 A;  2H6S A;  4Y58 A;  5P04 A;  5P3E A;  4I11 A;  2AVQ A;  2VIZ A;  4Y3A A;  3TKG A;  3LPJ A;  5P6I A;  5APR E;  2WF0 A;  1AZ5 A;  1HVJ A;  1G0V A;  1A30 A;  2V0Z C;  1NPV A;  5P4J A;  4K4P A;  2R5Q A;  4I0F A;  3TH9 A;  4LXA A;  1W5W A;  5P1G A;  3EMY A;  2P3C A;  5P8E A;  4K9H A;  5P02 A;  1M0B A;  4I10 A;  3O9L A;  5PEP A;  5P7G A;  1MPP A;  1SBG A;  3NWQ A;  5I3X A;  2G24 A;  1NPA A;  2SAM A;  3OAD B;  1PPM E;  2QU3 A;  5P0Y A;  2QZX A;  3BRA A;  3TPP A;  4Y3S A;  1HWR A;  2OHN A;  2WEZ A;  1G2K A; 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 1HIV A;  1MRX A;  1EC3 A;  1C6Z A;  2HC0 A;  5P2V A;  2V11 C;  2UPJ A;  2PC0 A;  1YTI A;  4Y4B A;  5HTZ A;  1GVW A;  1NH0 A;  2XFI A;  5P0S A;  2NNP A;  2AOF A;  5P79 A;  5P7M A;  3PLL A;  5P2D A;  3OK9 A;  2P3D A;  3D91 A;  3IGB A;  5IE1 A;  3NSH A;  2G1S A;  1XL2 A;  5AHB A;  3R4B A;  3ST5 A;  1MRW A;  4DQC A;  3L59 A;  5P8I A;  5P27 A;  4B72 A;  4EWO A;  4JPE A;  5KOQ A;  4GJB A;  2I4U A;  3PI0 A;  4DJR A;  5P3X A;  2Q15 A;  5P6U A;  3RU1 A;  1EPO E;  5OZ9 A;  2UY0 A;  4Y4W A;  3IVH A;  2ZHV A;  4B00 A;  4R93 A;  2AOE A;  2I4X A;  2G69 A;  4EXH A;  4NJT A;  5P2Q A;  4GJA A;  2ZJI A;  3EM6 A;  4GJC A;  3UQX A;  3L5E A;  2Q5K A;  3PGI A;  4F73 A;  1PSN A;  2FS4 A;  3VFB A;  4J1C A;  1HOS A;  5P88 A;  4Y56 A;  1HPS A;  2G22 A;  4EHC A;  2VS2 A;  2WL0 A;  2R43 A;  3DOX A;  2EWY A;  2G26 A;  5C9B A;  4H3F A;  3O9C A;  2B7Z A;  3TL9 A;  3S85 A;  5DGW A;  5P5J A;  2G20 A;  4B1E A;  2ZJH A;  1LF2 A;  4J17 A;  2QD8 A;  5P28 A;  5P2I A;  3UCB A;  5TOL A;  4J1I A;  3SA6 A;  2V16 C;  1HVL A;  2V00 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1HIV A;  1MRX A;  1EC3 A;  1C6Z A;  2HC0 A;  5P2V A;  2V11 C;  2UPJ A;  2PC0 A;  1YTI A;  4Y4B A;  5HTZ A;  1GVW A;  1NH0 A;  2XFI A;  5P0S A;  2NNP A;  2AOF A;  5P79 A;  5P7M A;  3PLL A;  5P2D A;  3OK9 A;  2P3D A;  3D91 A;  3IGB A;  5IE1 A;  3NSH A;  2G1S A;  1XL2 A;  5AHB A;  3R4B A;  3ST5 A;  1MRW A;  4DQC A;  3L59 A;  5P8I A;  5P27 A;  4B72 A;  4EWO A;  4JPE A;  5KOQ A;  4GJB A;  2I4U A;  3PI0 A;  4DJR A;  5P3X A;  2Q15 A;  5P6U A;  3RU1 A;  1EPO E;  5OZ9 A;  2UY0 A;  4Y4W A;  3IVH A;  2ZHV A;  4B00 A;  4R93 A;  2AOE A;  2I4X A;  2G69 A;  4EXH A;  4NJT A;  5P2Q A;  4GJA A;  2ZJI A;  3EM6 A;  4GJC A;  3UQX A;  3L5E A;  2Q5K A;  3PGI A;  4F73 A;  1PSN A;  2FS4 A;  3VFB A;  4J1C A;  1HOS A;  5P88 A;  4Y56 A;  1HPS A;  2G22 A;  4EHC A;  2VS2 A;  2WL0 A;  2R43 A;  3DOX A;  2EWY A;  2G26 A;  5C9B A;  4H3F A;  3O9C A;  2B7Z A;  3TL9 A;  3S85 A;  5DGW A;  5P5J A;  2G20 A;  4B1E A;  2ZJH A;  1LF2 A;  4J17 A;  2QD8 A;  5P28 A;  5P2I A;  3UCB A;  5TOL A;  4J1I A;  3SA6 A;  2V16 C;  1HVL A;  2V00 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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