4DQCA

Crystal structure of (g16c/l38c) hiv-1 protease in complex with drv
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRICGQLKEALLDTGADDTVIEEMNCPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Aspartyl protease
publication title Hydrophobic core flexibility modulates enzyme activity in HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dqcA00
3Q6YA 3OHFA 4Q1NA 2G1RA 3CIDA 5P1MA 2R3WA 5P8DA 1C6XA 1HTEA 5P2JA 3EBZA 5P6JA 1LF3A 3PEPA 2AOHA 5P4VA 4ACXA 2HB3A 2PK6A 5P1TA 4ER1E 1IDBA 3GI4A 8HVPA 4GJAA 3T7XA 2FDPA 1TW7A 5P7FA 4Y45A 5P0GA 5ER1E 5P1RA 5P3MA 3SQFA 1UH9A 5P5QA 4B00A 5KR2A 5P1SA 1EPRE 4LP9A 1APVE 2I4XA 3PLLA 5P7BA 4Z2ZA 2JXRA 3LPKA 4Y3PA 2HIZA 3O9CA 5COPA 4Z4XA 5P80A 5P70A 1NPAA 2VA6A 3Q4BA 1K2CA 5P7DA 4Y5KA 1K1UA 5P7JA 5P6OA 2VIYA 4XX3A 1BBSA 5P6DA 1ME6A 2PYNA 2R3TA 4AMTA 3SA3A 2I4WA 4Y5MA 5P0BA 5I70A 3NDWA 4K8SA 2Z4OA 5ENKA 5EZXA 3RSVA 1YTHA 4OC6A 5HDXA 4QJ9A 1T7IA 2XFKA 5P25A 2JE4A 1GNMA 4PPHA 1BVGA 3SA4A 4H3JA 4DUSA 2AVQA 5TOLA 3PBZA 1TCXA 3BUGA 5P5SA 4Q5MA 2IRZA 5P6AA 1GVWA 2QD6A 3L5CA 3SA9A 4Y3EA 3NUOA 4MC9A 4XKXA 1EPLE 1KJ7A 1RPIA 3R0WA 1G35A 5P4OA 1SP5A 3S53A 5BS4A 3HLOA 2QI5A 4Y54A 2WEZA 1IIQA 4A6BA 3VYFA 1MRWA 3PMUA 2Z54A 1EPOE 3TLHA 2FMBA 3S7MA 3T6IA 1T7JA 5P41A 1AM5A 3URJA 3MXEA 1Q9PA 3D91A 1B6LA 4FM7A 5P33A 2O40A 1D4IA 2V10C 2PK5A 1BWBA 4Y4GA 3L5BA 1GVVA 5P20A 5OYTA 3IVHA 3OUAA 4JOOA 5P1HA 3GGAA 1HWRA 1ZJ7A 5P36A 4Y3XA 1ZLFA 5P5TA 1XL5A 3IN4A 4OD9B 5OZ1A 5P6UA 3OQAA 2NMZA 5P3GA 3D1XA 5P4MA 3GGUA 1IVPA 1HPSA 2QZXA 4Y50A 4ZPGA 5DQ4A 5P16A 4LXAA 3SPKA 3QN8A 4ZSQA 2G26A 4B72A 4Z50A 2I1AA 5P0EA 1EPPE 4RLDA 5KR1A 4EJKA 3NYGA 1HSIA 6FIVA 1QRPE 5P6IA 5P34A 5C9DA 3EM4A 5P5IA 5P71A 3FNSA 5OZCA 3VFAA 1T7KA 4Y4AA 5P17A 1MRXA 1SH9A 5FIVA 5P1GA 5P7EA 3LZVA 2PH6A 4J1EA 4FM8A 3S45A 4Q1WA 2WEBA 2QZWA 5HTZA 4J1KA 4R5NA 5OZXA 4HE9A 4CPXA 4DV9A 4GJ5A 2QI0A 1HIVA 5P4TA 1EBWA 1FB7A 2I4QA 2QI3A 4GYEA 4J54A 5P53A 3HVPA 1MTBA 3CMSA 1FFIC 1ODXA 5SY2A 3VG1A 5P7YA 5P7HA 5P8HA 5HE5A 2OHPA 4Y3YA 1ZSFA 2QI4A 1QBTA 2G24A 2ZJKA 4Y47A 5OZWA 5P39A 1ODWA 1FQ4A 1HOSA 2PMAA 3WZ6A 4HLAA 1W50A 1IZEA 5P7XA 2IGXA 4I8ZA 5P3ZA 5P5BA 5AHCA 5HDUA 3U7SA 2VIZA 3AIDA 3T3CA 4NJUA 2VIEA 3RVIA 1OHRA 3LHGA 4GJDA 4HDBA 5P4PA 1W6HA 4MC1A 3O9LB 2BJUA 5P0ZA 5KR8A 4TVHA 4J5JA 1M4HA 2R38A 5OZLA 1BAIA 4DJUA 1LYAB 2VA7A 4DPIA 3L59A 3I25A 3DUYA 4Y3QA 5P7NA 3OU4A 3H0BA 5P0NA 1SIPA 2AVSA 2ZE1A 4OBZA 1MERA 2JJIA 3L5FA 4S1GA 2G1SA 5P62A 4Y38A 4NKKA 4DJOA 3RTMA 1ZP8A 2AZBA 2PSVA 3UDQA 4CKUA 5P2YA 5P6PA 3NWXA 1BXQA 3L58A 5OZEA 5P1YA 4KB9A 3UCBA 3CIBA 5OZZA 4CPSA 2OHMA 3O99A 2O4PA 6UPJA 5P87A 4LBTA 1B11A 3H5BA 4EPJA 1YTGA 1LZQA 3ZPUA 4I0DA 5HE4A 3FIVA 2P3DA 3LITA 4L7GA 5OZNA 3UQWA 2HS2A 4MC2A 1HVKA 5P84A 4QLHA 3NSHA 1HVRA 4ACUA 2UPJA 1XDHA 5OZDA 4EJ8A 1PFZA 5P5AA 1MT9A 1LYWA 3SO9A 5P6TA 5OZTA 3L3AA 3T7QA 5P5EA 3FKTA 2NNPA 2NPHA 3SKFA 4H3IA 2ANLA 5AH9A 2WF3A 1G6LA 1SIVA 2ZHRA 1YM2A 2AIDA 1KZKA 1HRNA 5P7OA 1BILA 5KQYA 5AH7A 3EL5A 3LZSA 5P28A 3NDUA 3D1ZA 3LNKA 3ECGA 3QAAA 1B5FB 5BRYA 2PH8A 3ZKXA 5I3YA 5P3HA 3OUDA 4IVTA 4APEA 1ZTZA 3L5EA 3VUCA 3GGVA 1EC1A 1D4LA 2HB2A 5P72A 7UPJA 5P8IA 2WF1A 1META 5P1WA 3TTPA 4H3FA 2FLEA 3CKTA 1EEDP 1MTRA 1EBKC 3KN0A 1PSAA 2IENA 3DCRA 5UPJA 3EKVA 2FS4A 5PEPA 5P23A 5P35A 2OHLA 2WEAA 4DJWA 1D4YA 5P5PA 1BV7A 2QNQA 5P6SA 5P3VA 4YBFA 4KUPA 2G94A 3HAWA 3JVWA 5P60A 4NPUA 4Y5LA 5DGUA 5P13A 1HEGE 5P0SA 3R0YA 4FRIA 1KJFA 5P4WA 5P4BA 5DQ2A 1TQFA 5P6BA 3SA7A 5P7GA 1BDRA 3D1YA 1A8GA 1Z8CA 5P30A 1PPME 4M8YA 5P5ZA 5HVPA 5P4IA 4XXSA 1HVCA 2FGUA 5JFUA 2PSGA 3KDBA 5P08A 5P2KA 5J25A 2NXMA 2QCIA 4AA9A 1JLDA 3BGCA 2Q15A 5P44A 5P3PA 5OZSA 3TNEA 3UDRA 3OADB 4J1HA 5P7RA 3TPRA 4YD4A 1C6ZA 1EPME 1UH7A 2OHNA 5EZZA 4FRSA 5P54A 3BC4A 1HVIA 3ZPTA 4J0VA 3QS1A 1LF4A 3KDCA 3O9HA 4J0ZA 5OYYA 2CEJA 2P8HA 2EWYA 5P8JA 2WKZA 5ISJA 4DPFA 1FG8C 5C9FA 4L7JA 5P0CA 1ER8E 3TKWA 1RQ9A 5P2LA 2OHQA 2F80A 3UFNA 2NNKA 5I3VA 4Y57A 3NU6A 5P7AA 2R5QA 3TKGA 2F3FA 3CYWA 4AA8A 5P69A 1EBZA 3EXOA 3EL0A 3VEUA 4LL3A 4H3GA 4I0HA 4CPQA 1TSQA 2G69A 3QBFA 4I0GA 4QJ6A 4R8YA 1E81E 2IDWA 4GZFA 3SA6A 2P3BB 1YX9A 4F76A 2AZ8A 4Y37A 4Y5AA 2BPZA 3BXSA 2ZHSA 4QJ2A 1HXWA 2AZCA 3QPJA 3OQ7A 1D4KA 4ER4E 3S43A 3GGXA 5P04A 5P48A 5P5YA 3VV7A 3QRVA 3NDXA 1B6PA 5P5KA 3UTLA 4WY1A 5P8TA 5P7PA 2QD7A 4FCOA 5P7TA 1EPNE 2J9JA 5C9BA 3S85A 3S2OA 1Z1RA 4K9HA 3INHA 4NJTA 2FDDA 4KE1A 3FX5A 4F75A 3NUJA 2WJOA 1DP5A 2G1OA 5DR3A 5KQXA 4Y4WA 3PRSA 1LYBA 2ZHUA 3KFPA 3URIA 3R4BA 3B80A 3LIXA 3OTYA 4EJLA 5P42A 3CKPA 5P8UA 2HB4A 4HDFA 6APRE 3Q70A 5P0KA 4JPCA 4CPTA 4DQCA 2J9KA 4B0QA 3SA8A 2HS1A 2CENA 2QHYA 4FE6A 5P0YA 3LIZA 3RSXA 5P89A 2BPXA 4GJ9A 1HVJA 4L1AB 3EL4A 3BVBA 1KJ4A 4DJYA 1F34A 5P3FA 4EXHA 3OK9A 3LZYA 3O9FA 1XE5A 5P0RA 3EKYA 3UDMA 2B8LA 1LF2A 2APRA 3G70A 3IXKA 4IVSA 5P81A 4XX4A 1QBUA 1VIKA 3RU1A 5P49A 4NPTA 5HD0A 1MESA 3UDPA 3VF3A 5OYWA 4FSEA 5I3WA 4ZIPA 5P6VA 4R93A 5P11A 2ASIA 2XYEA 3OQDA 4B77A 1BDLA 5E5JA 3SAAA 1W5YA 5P4HA 2O4KA 2QU2A 1G2KA 3RTNA 5OZQA 3OU1A 2Q54A 3UQPA 5P2UA 5P7KA 2O4LA 5P5VA 2R43A 4WY6A 1FEJC 2V11C 5KOQA 2ER9E 1FQ6A 4HVPA 2ER0E 5P67A 5P4KA 3TPPA 3PI5A 5P7IA 4Y4EA 4LXKA 1AVFA 1MIQA 1MPPA 2VIJA 1XS7D 4BEKA 2PYMA 5P7ZA 4BFDA 5P8SA 1IZIA 5P0IA 3LIVA 2BB9A 1HVLA 4DQFA 5P8RA 1K6TA 5P03A 2G20A 1HIHA 5COKA 5P06A 1ZPAA 4EP3A 3EM3A 5P3TA 1UH8A 4Y5PA 1IZHA 4ZSPA 1FGCC 2BBBA 3MSKA 5P3YA 5P86A 4Y3SA 4TRZA 5DGWA 1OEWA 4YD3A 1PPLE 5P45A 3K5GA 5P0QA 4JP9A 5P3XA 5B18A 4ZPFA 4LC7A 3IAWA 3OXCA 1SDUA 4F73A 2O4NA 3QVCA 5P2QA 2IKUA 5P24A 3G72A 2VJ6A 2G1YA 4X7IA 5P3KA 4YD6A 5P15A 2F8GA 2OHRA 3NXEA 5P22A 1WBMA 2I0DA 5P5LA 1SMRA 5P2VA 3VLAA 5KR0A 1YT9A 4NJSA 5P0LA 5P0TA 2FGVA 5P4EA 2FDEA 3VYDA 3WZ8A 3PLDA 1E5OE 3UDJA 3KFSA 3O9EA 5P8MA 2VS2A 4Y3WA 4OBHA 2UY0A 3DV5A 4Y5NA 5P5CA 2QK5A 5P64A 5OZHA 2I4DA 5P57A 4YHQA 3TOFA 1K1TA 4Y3ZA 4YDFA 4R92A 2P3CA 2P4JA 3HVGA 4EQJA 1FMBA 4Y5GA 2FNSA 5P5UA 5OZYA 5OZBA 3KM4A 5P77A 5P8EA 2AOFA 3O9IA 4L6BA 1APUE 4QJAA 3NU9A 5P40A 3ZKQA 3D20A 3SACA 1HTFA 5JODA 3PI0A 1MT8A 1YTJA 5P29A 3KDDA 5OZ5A 5P0DA 5P6YA 4N00A 1VIJA 3ZKSA 3SA5A 5DQCA 4I10A 2R9BA 4FSLA 5P1PA 1ENTE 5DR0A 1C70A 1W5VA 4GMIA 1IBQA 5P1VA 4Y39A 2WHHA 2WEDA 5OZFA 3K5FA 1N49A 5SXNA 1IDAA 4OBDA 4QJ7A 4J0TA 4Y44A 1K6CA 4CPRA 1EC3A 4RROA 5P0XA 4HEGA 5F00A 4RVIA 2FNTA 4EXGA 4Y58A 5P5FA 1BV9A 4BELA 5KOSA 2Q3KA 3UDHA 5OZ7A 4Y4TA 3O9BA 3ST5A 1SMEA 2PWRA 4YOAA 5P46A 4YCYA 3OHHA 5P5NA 1MUIA 3OAGA 5P6LA 2V13A 3HD8A 4Y3RA 3D3TA 1YM4A 5P1AA 2P3AA 3OXVA 1MVPA 3EKQA 4Y4ZA 4TRWA 5P7WA 2OHTA 5P4CA 3TOHA 3OTSA 3ZOVA 4I12A 3UDNA 3UQUA 4D83A 4EYRA 5HE7A 4I0JA 3I2LA 4FAEA 1D4HA 5P2ZA 2OF0A 5P3LA 2QZLA 1Z1HA 4R95A 1SDVA 5P2MA 1BVEA 5P3QA 3OQFA 4GJBA 2VKMA 4YCTA 4B1CA 4YA8A 2ER7E 2ZHTA 4AUCA 1DPJA 4Q1XA 3INDA 5CLMA 2B7ZA 3NDTA 3OGQA 1A8KA 2Q55A 4PYVA 4LHHA 5P3SA 3VSXA 3I8WA 5SZ9A 3TH9A 5P47A 5P1XA 2PSUA 1FF0C 3QRSA 4YD7A 4MC6A 4RYCA 4Y5EA 2NR6A 4Y36A 2F3EA 2JJJA 3TL9A 3O9DA 4JECA 2JYSA 4RRNA 1TSUA 5P0OA 4J17A 1QBRA 1HXBA 3OWNA 4PEPA 4Y4JA 5OZRA 4I0IA 3CYXA 2ZJNA 1G0VA 2QU3A 3EMYA 5P82A 4RZ1A 5OZ6A 2OHSA 1OD1A 1W51A 3GI5A 2B8VA 1FQ8A 5P2BA 4LAPA 5P12A 3NU5A 5P5XA 4DJPA 2QMGA 1ZAPA 2RMPA 3CKRA 2AOJA 1APTE 2Q11A 5P3OA 5P4QA 4Y53A 4Y35A 3ZL7A 3MSJA 5P7SA 1UPJA 5HU0A 1GVUA 4DJVA 3RTHA 1E80E 2R5PA 4RVXA 3OUCA 3LIYA 2VNMA 3VLBA 1NPVA 3LPIA 3ZKIA 5P2FA 2G1NA 2I4VA 4YCKA 4DJXA 1GVXA 5P63A 1GNOA 5P4AA 3TOGA 2AVVA 5P78A 4Y3TA 5F01A 4ER2E 3K4VC 5HU1A 1FQ5A 4UPJA 4I0FA 4Y3NA 5P4DA 3OOTA 2WF2A 5P4FA 1FQXA 1MSNA 3K1WA 1HPXA 7HVPA 5P6RA 2Q63A 2AZ9A 3JW2A 5OYVA 3LINA 5IVRA 5P38A 4HA5A 5P7VA 3OU3A 5P3UA 3VV6A 4ZSMA 3MXDA 3APPA 3EC0A 3ZPSA 4CPUA 4J55A 1HTGA 1AJXA 3APRE 2QI7A 5P6WA 1OEXA 3KT2A 5P4RA 2A4FA 1HBVA 5P8QA 3U71A 2QHCA 1QBSA 3SABA 2F81A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3Q6Y A;  3OHF A;  4Q1N A;  2G1R A;  3CID A;  5P1M A;  2R3W A;  5P8D A;  1C6X A;  1HTE A;  5P2J A;  3EBZ A;  5P6J A;  1LF3 A;  3PEP A;  2AOH A;  5P4V A;  4ACX A;  2HB3 A;  2PK6 A;  5P1T A;  4ER1 E;  1IDB A;  3GI4 A;  8HVP A;  4GJA A;  3T7X A;  2FDP A;  1TW7 A;  5P7F A;  4Y45 A;  5P0G A;  5ER1 E;  5P1R A;  5P3M A;  3SQF A;  1UH9 A;  5P5Q A;  4B00 A;  5KR2 A;  5P1S A;  1EPR E;  4LP9 A;  1APV E;  2I4X A;  3PLL A;  5P7B A;  4Z2Z A;  2JXR A;  3LPK A;  4Y3P A;  2HIZ A;  3O9C A;  5COP A;  4Z4X A;  5P80 A;  5P70 A;  1NPA A;  2VA6 A;  3Q4B A;  1K2C A;  5P7D A;  4Y5K A;  1K1U A;  5P7J A;  5P6O A;  2VIY A;  4XX3 A;  1BBS A;  5P6D A;  1ME6 A;  2PYN A;  2R3T A;  4AMT A;  3SA3 A;  2I4W A;  4Y5M A;  5P0B A;  5I70 A;  3NDW A;  4K8S A;  2Z4O A;  5ENK A;  5EZX A;  3RSV A;  1YTH A;  4OC6 A;  5HDX A;  4QJ9 A;  1T7I A;  2XFK A;  5P25 A;  2JE4 A;  1GNM A;  4PPH A;  1BVG A;  3SA4 A;  4H3J A;  4DUS A;  2AVQ A;  5TOL A;  3PBZ A;  1TCX A;  3BUG A;  5P5S A;  4Q5M A;  2IRZ A;  5P6A A;  1GVW A;  2QD6 A;  3L5C A;  3SA9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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