4DQEA

Crystal structure of (g16c/l38c) hiv-1 protease in complex with drv
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRICGQLKEALLDTGADDTVIEEMNCPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Hydrophobic core flexibility modulates enzyme activity in HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Aspartyl protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dqeA00
2AVVA 1LYAA 1AM5A 3UDRA 2Z4OA 4Y3TA 1M0BA 3BXSA 3I6OA 1ZSRA 5P1YA 1RQ9A 3S85A 4H3FA 5C9BA 1MRWA 2Z54A 4TVHA 3RVIA 5P1EA 3L5EA 1SIVA 2RKGA 3K5GA 3SM1A 5OYSA 5P0AA 3BUGA 2HS2A 4Y3JA 1IBQA 3UDYA 1FQXA 5P29A 5P2MA 5P4TA 4PPHA 5P0GA 3VF5A 1TQFA 5P65A 2F3FA 5COKA 5P6UA 1K6TA 2JE4A 3B80A 3O9BA 2ASIA 1EC2A 1GVUA 4LXMA 1W6IA 3CYWA 2B60A 2J9JA 4YOBA 1MSNA 1GNMA 1FF0C 5P2LA 4Y3MA 3TL9A 1OEWA 5P63A 4BEKA 5HD0A 1HHPA 4PYVA 4RRSA 5IVSA 3ZMGA 4XX3A 1HVHA 3LIZA 4ZSPA 4UPJA 1EPPE 3OUDB 5P7BA 2AOGA 2AZ9A 3VLAA 3OQDA 5P31A 5P15A 5P08A 1NPAA 2AQUA 2VA5A 3UPJA 5OZ9A 4R93A 2BKTA 2I4UA 3BC4A 5AH9A 5P5WA 3GGAA 5P7YA 4J1HA 5OZMA 5OZ0A 4DJPA 1GVVA 5PEPA 5OZXA 4Y4JA 5AH7A 5HDZA 3IXJA 5P1WA 4RLDA 2AIDA 2PH6A 5P5OA 5UPJA 4DJVA 3JW2A 2P3BB 2IKUA 5P4SA 2B42A 3OOZA 1QRPE 4PHVA 5P1NA 1HVCA 3WB5A 2UXZA 2J9KA 1EPNE 3AUPA 1T6GA 5P2OA 5P73A 4Y3WA 4OBDA 4Y44A 4JOOA 3NU6A 2IL2A 1BILA 5P22A 4FE6A 4KB9A 5P6RA 3CMSA 4Y3YA 5P4YA 3LPIA 1A9MA 3EL4A 5DPZA 3IN3A 4Y5AA 2QK5A 3ZPTA 4S1GA 5P1LA 4J1IA 4NJVA 3BVAA 5P88A 3SA4A 4CP7A 5KR2A 3CKRA 5P25A 2O4LA 4RVXA 4Y56A 5DQ2A 5P62A 4DV9A 5P17A 2G24A 4F73A 3OUCA 4HDFA 1TW7A 2OHKA 5P8IA 3D1ZA 5P0KA 2BPYA 1NPVA 4X2LA 2AOEA 1ZLFA 5P7SA 3I25A 2QZKA 3DK1A 5P3SA 5P6OA 4YD7A 5OZ6A 3GW5A 3FV3A 2F80A 3PSUA 5P2SA 3D20A 1AIDA 5OYWA 2VIYA 5P4JA 1BDRA 2ER0E 4DPIA 3SA3A 3OQFA 5P1IA 4Q5MA 1UH9A 1D4JA 4B0QA 2QHCA 5P00A 5P59A 5P87A 5P3RA 4Y3PA 3ZKQA 4Y5PA 5APRE 3MSJA 4X7IA 2V0ZC 3VLBA 2VNMA 3KM4A 4B1EA 3EBZA 2HPFA 3EM3A 4Y43A 1CMSA 4NJSA 1LYBA 2NMZA 4OBZB 5P64A 3INDA 5P6FA 1KJ7A 2HPEA 5P89A 3T11A 6UPJA 2VS2A 3UTLA 1DAZC 3K4VC 2B8LA 3EKYA 1PSNA 1YM2A 4Q1YA 5P5TA 5P39A 5P53A 5P35A 5P3GA 2WEDA 4LL3A 1FMUA 1FG6C 2VIZA 4FRKA 4M8YA 2PK6A 5P7VA 2R9BA 5P20A 4HA5A 2I0DA 2NPHA 1SDVA 5P1QA 3VFBA 3FNUA 4Y3NA 3BXRA 5KQZA 1B6MA 2BBBA 5P6LA 1HTRB 5P1VA 3QVIA 1B11A 1HPVA 1QS8A 4K9HA 4ZPFA 1N49A 3HW1A 5P3UA 2I4XA 4NJUA 5OZZA 1EC3A 1A8KA 3DV5A 2Q3KA 2SAMA 3SA8A 2UPJA 5P6CA 5OZ5A 1B6KA 2G1NA 3L5DA 5HDXA 3D91A 5BS4A 1IZEA 3QBHA 5P8CA 1EPRE 4Y3XA 1PFZA 3D1YA 4ZSQA 3SABA 2ANLA 3UQRA 3HVPA 5P4ZA 2WHHA 3L38A 3OXWA 5P4RA 1YG9A 3DCRA 5P42A 5P06A 3EKVA 1YM4A 2Q15A 3F9QA 1W5VA 4I10A 1HVLA 3WZ6A 5P5LA 3KYRA 5P7WA 3GGVA 4YOAA 5P3PA 3EKTA 3K5FA 3WSJA 5P5VA 4ZE6A 5P5XA 5P1UA 3UFNA 3EKQA 5P4QA 3HAUA 1TCWA 4MC6A 4Y3QA 1SGUA 4AMTA 4WY6A 5OZ4A 1DMPA 5P6QA 3OTYA 3C9XA 1XS7D 5CLMA 3FNTA 5P7XA 5IVQA 5IE1A 5HCTA 3I8WA 2VKMA 3HAWA 1B6LA 4Z2ZA 2WJOA 2A1EA 4Y3SA 4I0FA 4EP2A 1HSIA 4J0ZA 1KJGA 5P70A 1K1UA 2NR6A 3DJKA 5P3OA 3LIVA 1M4HA 4MC1A 5P2AA 5OYVA 2QI5A 3LPJA 2ER9E 3MXEA 4APEA 2QMDA 3UQPA 3PBDA 1B5FA 1KZKA 2IGXA 4Y5LA 4DPFA 4DQGA 3BRAA 8HVPA 2P3AA 4BFDA 3KA2A 3O9IA 2BPXA 4B77A 4R95A 2FXEA 4I0JA 5OZHA 5P6DA 4YD6A 3K5CA 5P4LA 3VCMA 3KN0A 3R4BA 3OU3A 5P0LA 5P6XA 1HTEA 5P45A 3PSYA 3CICA 1T7JA 3GI5A 5P49A 3UCBA 5P57A 1SMEA 5OZ7A 5P34A 4HDBA 4YBFA 3UDMA 2B7FA 2WEBA 4PZWA 5P13A 4GZFA 2RKFA 2P3BA 4Y5GA 5P1TA 1T7IA 4YDGA 1HVIA 3OAGB 1IVPA 3DV1A 5P5IA 1FGCC 5P6SA 5I3YA 4APRE 2ZHRA 3AIDA 3VYEA 1TSQA 4B05A 3LZSA 4XX4A 4CKUA 4Y4DA 3PJ6A 4RRNA 3Q70A 2QI0A 5IVTA 4LXAA 5P46A 5P3QA 4ZEAA 5P7IA 1HWRA 4FM7A 2ZJJA 3Q3TA 1EEDP 3DOXA 3L59A 5EZZA 1KJHA 3TLHA 4CPWA 2QD7A 3ZKGA 4Y9WA 2VIJA 5KOQA 1HIVA 4J54A 4Z4XA 1G6LA 2B7ZA 4K4PA 1E81E 5P3AA 2QD8A 5P30A 5HE5A 4I0DA 1MSMA 2OHMA 4MC9A 1LF2A 5T4SA 3L5BA 2WL0A 2O4PA 4R92A 3VV8A 1KJ4A 5P0VA 5P3BA 5P36A 5OZQA 5P1GA 1MEUA 3T3CA 1F34A 3PSGA 2ZHSA 3BGCA 5P5HA 5P0PA 3G70A 5P7TA 4TRZA 3IXKA 1W50A 5E5JA 3TNEA 1C6XA 2VJ9A 3ZKIA 5I3XA 4Y54A 4Z22A 1OEXA 1YTGA 2Q5KA 5P1JA 4FSEA 1HVKA 2IDWA 1K2BA 2QNNA 5P2VA 4A6BA 1IVQA 5P8MA 2ZJLA 1D4LA 5P4KA 2OHUA 4OBGA 3HZCA 1BXOA 4RCEA 3N3IA 1D4KA 5P8AA 2QMGA 4AZYA 4Y3FA 4J55A 5OYXA 3HBOA 4RROA 5P23A 1BAIA 4Y3LA 4CPRA 3VUCA 4YD4A 4NJTA 3CKPA 4KE1A 3EM6A 2EWYA 5P86A 1LYWB 1YX9A 4LC7A 1NPWA 1FMXA 4GB2A 3NDXA 5P7OA 5P51A 4A6CA 5P10A 3KT2A 3KF0A 4HZTA 2BPVA 4J1EA 5P47A 2PYNA 2HB2A 1ZSFA 5P40A 1HXBA 2IS0A 5P8VA 2QCIA 4DH6A 1LF3A 3SA7A 3UQXA 3SAAA 5P1DA 5P7FA 2G26A 5P2ZA 2G1SA 3RTHA 1FQ4A 3KFNA 1FG8C 3NYGA 5P2NA 5P8BA 2G27A 5ENMA 4TRWA 6FIVA 2QMFA 5P2BA 1FQ8A 3GI0A 1A94A 5F00A 2ZJHA 5P0JA 3KT5A 4Y3EA 5P28A 4U8WA 2BQVA 5P5SA 3OQKA 4PZXA 5OZKA 5P19A 5P8GA 3S43B 5P4UA 5P8FA 3TPLA 5P78A 1WKRA 4Y45A 1XN3A 3Q6YA 5P5QA 3SKGA 2PMAA 3LHGA 2PYMA 5OZ8A 3RTNA 3G72A 5P6PA 4I0EA 3QRMA 2O4NA 5P12A 3D3TA 4Y4TA 3FX5A 1Z1RA 4OD9B 5P3ZA 3UQWA 1EPME 2R5QA 3EL5A 4Q1XA 5P55A 5P7AA 4FM6A 1PPKE 1TZSA 4ZSMA 4GJDA 4LXKA 1B6JA 2OAHA 4Y50A 3PEPA 4JP9A 2OHRA 3OQAA 4B1DA 5DQ5A 1W6HA 5P85A 1VIKA 5HTZA 1HEGE 4YA8A 5P8DA 4CPUA 3LZYA 4DVFA 4YHQA 3OXVA 3S7MA 1EBYA 3QBFA 5P1MA 2APRA 3ST5A 3OHFA 4I8WA 1IZDA 5P4PA 3IAWA 3FSMA 4GJ5A 2V12C 2AZ8A 4HE9A 1LZQA 5P2JA 4COEA 1HTGA 3CYXA 4L1AB 2VJ6A 3RSXA 5P80A 5P84A 3TTPA 4GJ9A 1D4SA 2AZBA 3BHEA 1ER8E 3OXXA 3LIQA 2FLEA 1TCXA 2CENA 1BVEA 3NU4A 4H3GA 1SH9A 5P24A 4YDFA 2FIVA 3R0YA 3S7LA 3PLDA 1ZP8A 3OU4A 4FSLA 1C70A 3GGXA 5OZDA 4DUSA 3G6ZA 4LP9A 1QDMA 3KFPA 3VF7A 5P1KA 1FB7A 3QRVA 4ZSRA 4JPCA 5P33A 4L7HA 1C6YA 2WF1A 2VIEA 2ZGAA 3UFLA 2AVQA 1EPLE 4Y39A 5P1ZA 1EBZA 5DR1A 2R3TA 5P3LA 2G20A 1Z8CA 5OZTA 1XN2A 4D83A 4Y41A 5OYRA 3IA9A 5P2HA 2R3WA 4QJ7A 3RSVA 4Y3DA 5P4NA 5I3VA 3NU3A 2QI1A 3NLSA 4IVSA 4XXSA 5OYUA 4E43A 4FAEA 3UHLA 1ZPAA 3I7EA 1LF4A 3Q5HA 5ISJA 1OHRA 2F8GA 4J1FA 5P2QA 1FFIC 4YD5A 2PC0A 4MC2A 4Y57A 5P72A 5KQXA 2Q11A 4RCFA 3WB4A 3LPKA 3I2LA 5SXNA 2FXDA 2RSPA 1MT7A 1FLHA 3CKTA 2V16C 2IENA 3DM6A 5P0HA 4DQFA 1ODWA 1PPME 1LEEA 1RV7A 4Y4GA 4A4QA 4D85A 5DR4A 4U7VA 5P0OA 1MIQA 3OU1B 2H6TA 5P61A 4Y5CA 1EC0A 5P1XA 1CZIE 4OC6A 4Y4XA 5P5YA 1E5OE 1BXQA 1SBGA 5OZVA 3KDBA 3O99A 5KQYA 5P75A 3N4LA 1ODXA 4YCYA 7UPJA 2O40A 2WF3A 4DJRA 5KR1A 3INHA 4I0GA 5OZSA 1AAQA 5P7CA 5EZXA 1HVSA 4OBKA 2HIZA 4RCDA 5KOSA 3O9LA 5P6ZA 1QBSA 4B72A 1LYAB 1MUIA 5P4MA 4ER1E 3APRE 5BWYA 2NTRA 2CEJA 3OADA 4HLAA 1ENTE 2QP8A 4R5NA 3EXOA 3LZVA 5P5NA 2NXMA 5P4FA 5OZAA 5P5MA 3SPKA 3NXNA 4Y3AA 1ZAPA 3PBZA 4DQEA 1HSHA 3L5CA 2BPWA 5OZLA 4GMIA 4J0YA 4Y47A 2AVOA 3MWSA 1K2CA 2AZCA 3A2OA 5P6WA 2PSVA 3PRSA 2PWRA 5P7UA 2PSUA 4I8ZA 3R1GB 4Y48A 5P5BA 1XL2A 3TPJA 3VSXA 3SKFA 4EPJA 2FS4A 5P04A 2XFKA 3UDQA 3NDWA 1W5XA 5OZRA 5IVRA 2HB3A 2Q55A 1ZJ7A 1FKNA 1APUE 1HSGA 1IZIA 5P32A 2J9JB 2HAHA 3ZKNA 1E82E 1EBWA 5OZCA 5P0NA 1AJVA 5P01A 2WEAA 4FRIA 4EQJA 1NSOA 4GJAA 3S53A 1BBSA 5OYZA 1OD1A 2I4DA 4NKKA 3BUFA 2WF0A 3ZL7A 3IVIA 3INFA 5P7RA 3H0BA 3OTSA 2FNTA 3O9AA 5P5GA 4I0HA 2OHQA 2PSGA 2P3CA 2WF4A 2FGUA 3UDNA 5P2TA 2VJ7A 1GVTA 2NXDA 5KQFA 3OUDA 2I1AA 2ZHTA 1Z1HA 1PROA 2R38A 5P7MA 5P8UA 5OZFA 5P77A 1DW6C 5P2XA 4K4QA 4Y6MA 4DJUA 3URJA 2WF2A 4DFGA 4CPQA 2I4VA 1LV1A 5CONA 2IGYA 2AOHA 3EKWA 2AVMA 2BKSA 2HC0A 1GNOA 3HLOA 1HEFE 3URIA 5P2UA 1BV9A 2ER6E 1HXWA 5P44A 2VA6A 4GJCA 5P3DA 5P4EA 5JODA 3ER3E 4YBIA 3B7VA 3TOFA 3VEUA 5P6GA 1HVRA 4L7JA 1PPLE 2HS1A 4HDPA 5P3NA 5P6JA 5P4DA 3K4VA 4ZLSA 5P6NA 3OQ7A 5P4GA 2FGVA 3TPRA 5P7JA 4Z50A 3TOHA 2QD6A 3O9CA 5P8EA 3T7QA 4J5JA 3QI1A 4Y51A 7HVPA 1SP5A 5OYTA 4LAPA 5P8KA 5P8PA 5DGUA 3SO9A 5AH8A 2G21A 3PWWA 3PWRA 2UY0A 3KDDA 3NR6A 1WBMA 3U71A 5C9FA 3K5DA 3O9HA 5P6VA 2QNQA 4Q1WA 5C9DA 1YT9A 4D89A 5P8TA 5P66A 4RGHA 1MERA 3ZKXA 2ZE1A 2QI7A 2ZJKA 5P79A 3MSLA 4H3JA 5SY3A 3QIHA 5P1CA 3U6AA 5P0ZA 1BWBA 2CEMA 5P81A 4EYRA 3KFSA 4J0TA 5P05A 3M9FA 5P5FA 1LYBB 4L6BA 5P0DA 4ER4E 1W5YA 4DJQA 5DQ1A 5P1HA 2IQGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AVV A;  1LYA A;  1AM5 A;  3UDR A;  2Z4O A;  4Y3T A;  1M0B A;  3BXS A;  3I6O A;  1ZSR A;  5P1Y A;  1RQ9 A;  3S85 A;  4H3F A;  5C9B A;  1MRW A;  2Z54 A;  4TVH A;  3RVI A;  5P1E A;  3L5E A;  1SIV A;  2RKG A;  3K5G A;  3SM1 A;  5OYS A;  5P0A A;  3BUG A;  2HS2 A;  4Y3J A;  1IBQ A;  3UDY A;  1FQX A;  5P29 A;  5P2M A;  5P4T A;  4PPH A;  5P0G A;  3VF5 A;  1TQF A;  5P65 A;  2F3F A;  5COK A;  5P6U A;  1K6T A;  2JE4 A;  3B80 A;  3O9B A;  2ASI A;  1EC2 A;  1GVU A;  4LXM A;  1W6I A;  3CYW A;  2B60 A;  2J9J A;  4YOB A;  1MSN A;  1GNM A;  1FF0 C;  5P2L A;  4Y3M A;  3TL9 A;  1OEW A;  5P63 A;  4BEK A;  5HD0 A;  1HHP A;  4PYV A;  4RRS A;  5IVS A;  3ZMG A;  4XX3 A;  1HVH A;  3LIZ A;  4ZSP A;  4UPJ A;  1EPP E;  3OUD B;  5P7B A;  2AOG A;  2AZ9 A;  3VLA A;  3OQD A;  5P31 A;  5P15 A;  5P08 A;  1NPA A;  2AQU A;  2VA5 A;  3UPJ A;  5OZ9 A;  4R93 A;  2BKT A;  2I4U A;  3BC4 A;  5AH9 A;  5P5W A;  3GGA A;  5P7Y A;  4J1H A;  5OZM A;  5OZ0 A;  4DJP A;  1GVV A;  5PEP A;  5OZX A;  4Y4J A;  5AH7 A;  5HDZ A;  3IXJ A;  5P1W A;  4RLD A;  2AID A;  2PH6 A;  5P5O A;  5UPJ A;  4DJV A;  3JW2 A;  2P3B B;  2IKU A;  5P4S A;  2B42 A;  3OOZ A;  1QRP E;  4PHV A;  5P1N A;  1HVC A;  3WB5 A;  2UXZ A;  2J9K A;  1EPN E;  3AUP A;  1T6G A;  5P2O A;  5P73 A;  4Y3W A;  4OBD A;  4Y44 A;  4JOO A;  3NU6 A;  2IL2 A;  1BIL A;  5P22 A;  4FE6 A;  4KB9 A;  5P6R A;  3CMS A;  4Y3Y A;  5P4Y A;  3LPI A;  1A9M A;  3EL4 A;  5DPZ A;  3IN3 A;  4Y5A A;  2QK5 A;  3ZPT A;  4S1G A;  5P1L A;  4J1I A;  4NJV A;  3BVA A;  5P88 A;  3SA4 A;  4CP7 A;  5KR2 A;  3CKR A;  5P25 A;  2O4L A;  4RVX A;  4Y56 A;  5DQ2 A;  5P62 A;  4DV9 A;  5P17 A;  2G24 A;  4F73 A;  3OUC A;  4HDF A;  1TW7 A;  2OHK A;  5P8I A;  3D1Z A;  5P0K A;  2BPY A;  1NPV A;  4X2L A;  2AOE A;  1ZLF A;  5P7S A;  3I25 A;  2QZK A;  3DK1 A;  5P3S A;  5P6O A;  4YD7 A;  5OZ6 A;  3GW5 A;  3FV3 A;  2F80 A;  3PSU A;  5P2S A;  3D20 A;  1AID A;  5OYW A;  2VIY A;  5P4J A;  1BDR A;  2ER0 E;  4DPI A;  3SA3 A;  3OQF A;  5P1I A;  4Q5M A;  1UH9 A;  1D4J A;  4B0Q A;  2QHC A;  5P00 A;  5P59 A;  5P87 A;  5P3R A;  4Y3P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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