4DQEA

Crystal structure of (g16c/l38c) hiv-1 protease in complex with drv
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRICGQLKEALLDTGADDTVIEEMNCPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Aspartyl protease
publication title Hydrophobic core flexibility modulates enzyme activity in HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dqeA00
4FRKA 1MTRA 1LYWA 4ZPGA 5DR8A 1TZSA 5BWYA 5P29A 4CPQA 1C6XA 4H3IA 5P2BA 3VYEA 2R5QA 3S7MA 3SA8A 4Y3XA 2P3BB 5DGUA 4FSEA 5P3AA 5P3JA 2AOFA 3WB4A 5P1QA 3UDJA 1TCWA 5P3KA 1AXAA 2H6TA 3OU4B 5PEPA 2APRA 4PYVA 4Z4XA 5P6DA 4Y3HA 1GVVA 4OBKA 1T3RA 4I0DA 1XL5A 5P8IA 5P60A 1B6PA 4L7GA 2FDDA 1UPJA 5P2LA 1RNEA 2HC0A 5P7EA 4Y3EA 1AJVA 3QVCA 4Y3WA 4Y5BA 5P8LA 1QBTA 5P0FA 2PMAA 3ZL7A 5P8GA 4OBZA 4YBIA 1EBZA 5E5KA 2BJUA 3T3CA 3WZ7A 2O4NA 3D1ZA 3OK9A 5P12A 4RGHA 2ZHSA 4TRZA 3QRSA 4CPRA 3HAUA 3EL4A 1G2KA 1C6YA 1MT7A 5P15A 5P41A 2WEAA 3CIDA 2ZHRA 4Y38A 2CEMA 2UXZA 2VS2A 4B05A 1T6GA 2IEOA 4Y3TA 3NXNA 5CLMA 3WZ8A 5P5BA 3INFA 1G6LA 1W50A 4I8WA 5P3TA 1D4JA 4R8YA 3EKXA 1XE5A 5IVQA 5IVRA 4AMTA 5AH8A 5P67A 2I1AA 2I4VA 3LINA 1DPJA 2P83A 5IS4A 3GGAA 5HDUA 3VV6A 2ZDZA 4TVHA 3QRMA 2BKSA 5P7NA 5P88A 2V11C 4QLHA 1HVJA 1ME6A 5P5VA 2ZYEA 5P36A 5KR8A 2HPFA 3KDDA 5F01A 1TW7A 3HW1A 1GNOA 3PI0A 5P4OA 5OZ1A 4Y56A 1APTE 3L5DA 4N00A 3PWMA 3TH9A 4ZSPA 5J25A 1ZP8A 7HVPA 5OZ9A 3PHVA 4J1HA 2JJIA 2HS1A 4HDBA 5OZDA 4JP9A 1LEEA 1EBYA 1PSOE 4Q1YA 3EL0A 4J0YA 3NR6A 4KE0A 4CPWA 4Q1WA 4DUSA 4Y3GA 5P43A 4EWOA 4WY1A 4I0GA 2XFIA 2ZJLA 3T7QA 2I4UA 5OZZA 5P2AA 3NSHA 5P58A 4LL3A 3HVGA 5P2ZA 4R91A 3OUAA 4HEGA 4OD9B 4YDFA 5P6RA 5P10A 1DIFA 1PPKE 5E5JA 2QHCA 2O4PA 3BUHA 5P72A 1K2CA 2VNMA 1FQXA 2G26A 5OZLA 5P62A 4OBHA 5P7SA 2RMPA 4B78A 4GYEA 3KFRA 4Y4XA 1AIDA 4IVTA 2G1RA 1EC3A 4OBFA 2BKTA 2OHQA 4CPSA 4DJQA 2I4XA 5P5UA 2R8NA 1IZIA 5P05A 1BBSA 1GVXA 1B11A 2BPVA 3EM4A 4FRSA 2NR6A 1M43A 2H6SA 5HE7A 4Y3QA 3LPKA 1FLHA 3KMYA 3SA5A 3VF3A 3SKGA 5HTZA 2G1YA 3CMSA 3JVYA 1MVPA 5P39A 4FL8A 5OYWA 2QI4A 5OYUA 5P4MA 4YCYA 5P78A 1HPXA 5KQXA 4YD7A 5P6KA 4Y3JA 5P7KA 2ER9E 2R9BA 5P4YA 2Q54A 4D85A 2HB4A 1GVWA 5P4IA 5OYYA 3Q3TA 5P2FA 3FSMA 3RTMA 3FV3A 2ZHUA 2PWCA 4LXKA 5P0EA 2QD8A 1KZKA 2OHNA 1HVIA 2QMFA 5OZBA 4LBTA 2BPWA 5P1TA 5P8EA 5HU1A 4B1EA 1ZJ7A 1MRWA 3L5EA 5OZOA 3B7VA 3UDMA 3TKGA 5P08A 2BPXA 4Y41A 3NU9A 5P4JA 7UPJA 2I4WA 3VCMA 2VJ9A 5KR0A 5P7GA 3D1YA 5DR4A 5P1PA 1K6TA 1MERA 2QHZA 4J0TA 3UQWA 1EC0A 4HZTA 5OZPA 4ACXA 2G20A 3KN0A 3QIHA 5HDXA 1B5FB 5OZFA 5P3GA 2VA5A 5P6JA 5P00A 4YD4A 5OZ4A 3L3AA 2Q15A 3MXEA 3OQFA 5P2QA 2VKMA 1PFZA 5P2JA 4J1KA 4ER2E 2I0AA 5P0KA 3K4VC 5ENMA 5P52A 2VA6A 1ZSFA 3OAGB 1PPLE 4OBDA 6UPJA 3KFNA 4MC9A 5P1IA 3B80A 1HEFE 3DV5A 4YA8A 4L1AA 5BRYA 3C9XA 3BXSA 4RYGA 4L7HA 1QBSA 5P8AA 3VYDA 3OU1A 2A4FA 2VIZA 2JJJA 4FE6A 5P54A 2FDPA 2AODA 1A94A 2FDEA 5P3OA 2MIPA 4B77A 1AZ5A 5P3DA 5P25A 5P6IA 3SKFA 1Z8CA 5OYRA 1KJHA 5DR7A 2I4QA 5AHBA 2ZHVA 1K6PA 2IGYA 2G1OA 3TL9A 4YHQA 3OUBA 5P04A 1A30A 5AHAA 1HPOA 5AH7A 5P0RA 3PSUA 5P6VA 1ODXA 1D4HA 3GGVA 5P2IA 3VFAA 2QCIA 2G27A 5P2OA 3VSXA 3NYGA 5P8MA 3SA3A 2FIVA 1CZIE 3I6OA 3WZ6A 3VF5A 1ODWA 4OBGA 3M9FA 1Z1HA 3PCWA 4QJ2A 2I4DA 2Z4OA 2BBBA 1EBKC 2B8LA 5P5LA 4K8SA 2UY0A 3TNEA 4EPJA 5P2TA 4AA8A 3PWWA 3NU6A 5P3EA 2ZJMA 2IL2A 4LP9A 3S7LA 1YM4A 3LZYA 3K4VA 4YDGA 2QZWA 4GIDA 5P2EA 2AOIA 2F3EA 1APUE 4U8WA 3QP0A 3T7PA 1BVGA 3ZKIA 3LPJA 4A6CA 1F34A 4E43A 3I25A 5P6CA 4HE9A 5P5EA 1E5OE 3LITA 3VEUA 3Q70A 1TSUA 4K4RA 4UPJA 4Y39A 5P83A 3VYFA 2R38A 4DJWA 1IZDA 4Y45A 4F74A 3IXKA 4Y54A 4RCEA 4EJLA 4R5NA 3H5BA 3LNKA 5P5MA 5P8PA 5P0BA 3NUOA 1BWBA 5P0SA 5COPA 2PK6A 4Y5MA 3PSGA 3L58A 2IDWA 1YTGA 4DJRA 4R95A 5P1RA 4ZE6A 1MIQA 4Y3YA 4WTUA 5P3QA 1Z1RA 3L5BA 5OZ2A 2QZLA 3SPKA 2ER7E 4Y3ZA 5P18A 2G24A 4Y3AA 5OZTA 5P1ZA 5P44A 3N3IA 5P1KA 1EPLE 5P8BA 3KFSA 5P75A 5P8JA 2F3FA 3UF3A 1A8KA 5P03A 3MXDA 2AOHA 4Z2ZA 5FIVA 1YTIA 4H3JA 4B70A 2XYEA 2XFKA 3SO9A 1B6LA 4FAEA 3H0BA 3K5GA 3GI4A 1M4HA 4RVIA 2ASIA 5P7FA 3RVIA 2IQGA 4R93A 1OEXA 1BXQA 4J1FA 5P0PA 1T7JA 3NWXA 3NWQA 3NDTA 3INDA 4Y47A 1VIKA 5P01A 4RLDA 5COOA 5DQ4A 3GI6A 5P4NA 5AHCA 9HVPA 5P6AA 3U71A 5UPJA 3VLBA 2AVOA 4HA5A 5P0VA 4DQFA 2VIJA 1QBRA 3LZVA 3O9LB 5DGWA 1FEJC 5P6HA 1FQ5A 4HDPA 5P37A 4AZYA 3CKPA 1UH7A 3R0YA 3S43B 3R4BA 2RSPA 4HLAA 2O4SA 4OC6B 1W5YA 1RL8A 3OADB 3TOGA 5P1SA 5P7XA 5P8NA 1APWE 3BXRA 2QD6A 5P7YA 3EC0A 1FQ4A 2B42A 3R2FA 3KT5A 3OXCA 2PYMA 1YM2A 3S2OA 4I1CA 1XN3A 4I11A 2RKGA 3URIA 4NPUA 3EM3A 2P8HA 2VIYA 5P74A 3HD8A 4Y4AA 3CKRA 3ZKQA 5I3VA 4ZSQA 4RVXA 5IE1A 5P31A 5P35A 2QMPA 2AZCA 3EMYA 3OTYA 1LYBB 3IGBA 1HTFA 1MSNA 5P38A 5HCOA 5EZZA 1CMSA 3PEPA 4Y53A 3U6AA 4XX3A 2P3BA 4GMIA 2HB3A 1HXWA 2OHUA 5C9FA 2F81A 4LAPA 1LYBA 1HVLA 2O40A 5DR3A 5P77A 4DVFA 5P19A 4LXMA 3KDBA 1AJXA 3ZLQA 3OU4A 1E80E 3ZKXA 5P70A 1D4YA 5P3HA 5OZRA 2FXDA 5P81A 4ZSRA 5KR1A 2NTRA 1GNNA 1FMBA 5OZEA 4Y4UA 3GI0A 5P7MA 1HIIA 2WF3A 5P63A 3RTHA 1FB7A 5P30A 1YT9A 4NJVA 1FQ8A 2HS2A 3WSJA 2AVVA 5P79A 3URLA 1PROA 3UQPA 2PSVA 5P09A 4Y5AA 3L5FA 5P5XA 5TOLA 5P2UA 3D1XA 5SZ9A 1WBKA 4Y3RA 3DK1A 3QN8A 4NJUA 3BC4A 4DQHA 4CKUA 3OOZA 5DQ2A 1N49A 4XKXA 2AVMA 3GI5A 5P6GA 1K1UA 3IVIA 3CKTA 4DJVA 1IDAA 3OHHA 5P73A 3SA6A 3G6ZA 5I3XA 5P4GA 2VA7A 2Z54A 4PPHA 4DQEA 1BILA 4U7QA 1SP5A 4PZXA 2JE4A 3BRAA 4Y3PA 4Y5GA 3UHLA 2R3TA 2PWRA 4R92A 4GJ8A 8HVPA 2QI6A 4J17A 4Y36A 1ZTZA 5P56A 1TQFA 5P3CA 1LYAB 3O9EA 5P3NA 5P33A 4Y43A 4QJ6A 2P3CA 2NNKA 4M8XA 5P69A 5P0AA 3UTLA 5P8FA 5P71A 3K5DA 1GKTA 5P4KA 1EPME 5OZQA 3UDPA 3BUGA 5P8UA 2AZBA 4Y44A 3LZSA 5P7CA 1IVPA 3U7SA 5P1BA 4Q5MA 1IDBA 2G1SA 5DQ5A 3UDQA 3L59A 5P4CA 3VG1A 3TOHA 3IN3A 5P8SA 4Z22A 1BDLA 5HDVA 5P5YA 3I8WA 2RKFA 2WF0A 5OZHA 5P16A 5OYSA 3SACA 2G1NA 4Y5EA 2PK5A 4OD9A 5P55A 1DP5A 3UQRA 4JECA 1C70A 3NUJA 1NSOA 5HDZA 3A2OA 5P7PA 2R43A 1B6JA 3TPJA 4RRSA 5P24A 5P8OA 1PSAA 4TRYA 4EJ8A 4APEA 4Y4BA 5P4BA 5OZNA 5P89A 3ZPUA 1FGCC 5JODA 4NJSA 3DV1A 4J1EA 3EM6A 2FS4A 4GJDA 5P0QA 1E82E 2ZJHA 3G70A 3QS1A 3DUYA 2V00A 3URJA 2IS0A 4Y4GA 5DQ1A 3INHA 2HIZA 5P0LA 5P6PA 5P68A 5P7BA 5EZXA 5P23A 3BGBA 2V0ZC 4I0ZA 1C6ZA 2PC0A 2QK5A 1EPPE 3NDXA 5KOQA 2IGXA 2WEBA 3OGQA 5P32A 5OZSA 4DJYA 2EWYA 3BHEA 1MTBA 5OZ5A 4GJBA 1KJ4A 4K4QA 4YCKA 1HIVA 3S45A 2OHPA 3MSKA 3IN4A 4GJ5A 2Q11A 3SM2A 3OUCA 3HVPA 1BV9A 2WEZA 5P7WA 3VV8A 2NXDA 5P8HA 4CMSA 1XDHA 5P1NA 3OY4A 2FGUA 3INEA 3HBOA 1WKRA 3PRSA 4I0IA 1FQ6A 1B5FA 3ZPSA 1BDQA 1OEWA 1CPIA 5DR0A 3I7EA 3PJ6A 5ER1E 1XS7D 5P0HA 3PMUA 3EL1A 4J0PA 1D4IA 1YTHA 2ZE1A 5P4QA 4D88A 5T4SA 3CIBA 5P6YA 4Y37A 3OAGA 1RPIA 2HM1A 2QI1A 4ACUA 1W5VA 3OUDB 1KJ7A 1BAIA 1QS8A 1HWRA 5P1OA 3D91A 2FLEA 4COEA 2J9JB 3EKWA 5P51A 3UDHA 1K2BA 1D4LA 3PSYA 4FCOA 3KMXA 4Z50A 4Y50A 4EQ0A 5I3YA 5P34A 4XX4A 3OUDA 4A4QA 3UQXA 4M8YA 5P0WA 1SDTA 4MC6A 1HSHA 3BVBA 2J9JA 4Y4DA 3VSWA 3ZKSA 5P5DA 5P5WA 5OYVA 1RV7A 4BFDA 5P1JA 1BIMA 2F3KA 4Y3SA 5P7QA 5OZ6A 1NPVA 1W5WA 1VIJA 2HB2A 4J55A 2ZJNA 5P7DA 4K9HA 5P1HA 1LF4A 4ZPEA 1GVUA 1HVRA 3OWNA 3O99A 4QJAA 5P6OA 3CYWA 1M0BA 4DJOA 4ER1E 2OHKA 4Y3DA 5COKA 1F7AA 3ZKGA 5P4VA 3FX5A 5P5IA 5P2HA 2NMYA 1E81E 4PEPA 5P3PA 5P8VA 1U8GA 1PPME 4BEKA 3TTPA 5P2NA 2FGVA 3FNSA 5P3XA 1ZLFA 2FNSA 4DQGA 1HOSA 2Q63A 3QBHA 1FF0C 4ZSMA 4D89A 1AM5A 5P0ZA 5P5OA 1HBVA 2G94A 1HHPA 6FIVA 4FM8A 4I12A 3ZKNA 1ZAPA 1HVHA 4K4PA 5P4SA 4A6BA 2Q55A 5P1MA 2QNPA 4Y3FA 3ST5A 5KOSA 5KQFA 5P7VA 3KT2A 4QGIA 5P76A 5P3RA 5P87A 5SXNA 2I0DA 3RTNA 1EPNE 3T7XA 5AH9A 5P8TA 1YTJA 3R1GB 4AUCA 5P3BA 1UH8A 3QPJA 1SBGA 2V10C 5P7HA 5OZIA 3K5FA 3OGPA 5P28A 2PH6A 3VLAA 1MT8A 2AOCA 2ZJJA 5OZ8A 3FKTA 1HSGA 3Q5HA 4Y5KA 3PMYA 5DQCA 5P6SA 2UPJA 5P02A 5P11A 5P65A 5P8DA 5HCTA 5P27A 1HTGA 3DOXA 4GJAA 4KUPA 5P07A 4GJ6A 5P6ZA 5P1AA 2B8VA 4KB9A 4Y35A 4F76A 3QAAA 3PI5A 5AH6A 1GNMA 5OYTA 4FAFA 5P7AA 4TVGA 1K1TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FRK A;  1MTR A;  1LYW A;  4ZPG A;  5DR8 A;  1TZS A;  5BWY A;  5P29 A;  4CPQ A;  1C6X A;  4H3I A;  5P2B A;  3VYE A;  2R5Q A;  3S7M A;  3SA8 A;  4Y3X A;  2P3B B;  5DGU A;  4FSE A;  5P3A A;  5P3J A;  2AOF A;  3WB4 A;  5P1Q A;  3UDJ A;  1TCW A;  5P3K A;  1AXA A;  2H6T A;  3OU4 B;  5PEP A;  2APR A;  4PYV A;  4Z4X A;  5P6D A;  4Y3H A;  1GVV A;  4OBK A;  1T3R A;  4I0D A;  1XL5 A;  5P8I A;  5P60 A;  1B6P A;  4L7G A;  2FDD A;  1UPJ A;  5P2L A;  1RNE A;  2HC0 A;  5P7E A;  4Y3E A;  1AJV A;  3QVC A;  4Y3W A;  4Y5B A;  5P8L A;  1QBT A;  5P0F A;  2PMA A;  3ZL7 A;  5P8G A;  4OBZ A;  4YBI A;  1EBZ A;  5E5K A;  2BJU A;  3T3C A;  3WZ7 A;  2O4N A;  3D1Z A;  3OK9 A;  5P12 A;  4RGH A;  2ZHS A;  4TRZ A;  3QRS A;  4CPR A;  3HAU A;  3EL4 A;  1G2K A;  1C6Y A;  1MT7 A;  5P15 A;  5P41 A;  2WEA A;  3CID A;  2ZHR A;  4Y38 A;  2CEM A;  2UXZ A;  2VS2 A;  4B05 A;  1T6G A;  2IEO A;  4Y3T A;  3NXN A;  5CLM A;  3WZ8 A;  5P5B A;  3INF A;  1G6L A;  1W50 A;  4I8W A;  5P3T A;  1D4J A;  4R8Y A;  3EKX A;  1XE5 A;  5IVQ A;  5IVR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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