4DQGA

Crystal structure of apo(g16c/l38c) hiv-1 protease
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRICGQLKEALLDTGADDTVIEEMNCPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Hydrophobic core flexibility modulates enzyme activity in HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Aspartyl protease
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dqgA00
2WEDA 3PLLA 4CMSA 2ZHRA 5P3OA 5DQ1A 5AHCA 3OQKA 4AUCA 5P6OA 2FNTA 1HEGE 1HPOA 5P1RA 5P18A 4RVJA 3S2OA 4H1EA 2AOCA 3CIBA 3GGXA 3HD8A 5F00A 5CLMA 1YX9A 2JXRA 5OZSA 2VKMA 5ER2E 5P61A 1NPWA 3VLAA 4NJTA 4HEGA 3FKTA 3TL9A 4R93A 1FMXA 5P0XA 1MT9A 3ZPSA 5ISKA 3OU1A 1ZLFA 2VA7A 3OTSA 5P1UA 5P45A 5P32A 2QZKA 3WZ6A 1Z1RA 3F9QA 5P64A 1EAGA 5P4JA 5P7VA 1SGZA 4K4QA 5P3AA 5OZ7A 2A4FA 4YDFA 2JJIA 3L5DA 1WBMA 1QBUA 5P3BA 5BRYA 5OZBA 1FQ7A 2QD7A 2AOFA 1XE5A 4FLGA 4Y5LA 4YHQA 5P8QA 1IZDA 4ZPEA 1RV7A 3PMYA 5P1TA 1KJ7A 1EPOE 4Y57A 3TOGA 4OBZA 4FL8A 4NJUA 3S53A 3HVGA 3DCKA 5ISJA 1G2KA 5P25A 2JYSA 4Y4XA 3SA7A 5KQZA 1GVUA 1SH9A 3K5GA 3OXVA 1YTHA 1PSOE 3S43A 3NU5A 3SM1A 1LYAB 5P4OA 1HPXA 1ENTE 2V12C 5P0HA 4RCEA 5P0OA 2P3DA 3SFCA 2O4LA 4RLDA 3UDJA 4DQFA 2Z54A 3NXEA 2J9JB 2QI1A 4YD7A 1OEXA 1HTRB 3BHEA 5HCOA 1HVIA 1MEUA 1RL8A 1T7KA 4BFDA 4APEA 3Q5HA 2ZJJA 5P8UA 3D1ZA 3JVYA 5P1XA 1ZAPA 4APRE 1KJGA 3QBFA 5P0SA 3TLHA 1F34A 3I7EA 3R2FA 5I70A 5P0WA 4K8SA 2WECA 4RCFA 3ZPTA 3QAAA 1QS8A 5P4LA 3ZKNA 4CP7A 5P6PA 4TRWA 5KQFA 3WZ8A 1ZP8A 2I0DA 4QJ8A 4F76A 3T11A 5P7AA 5P5ZA 1OD1A 3EKVA 3K5CA 4E43A 2UY0A 5P6TA 5KOQA 1EPNE 3D3TA 3KFRA 5P0TA 5HDVA 3M9FA 3QIHA 2OHKA 5P58A 5P7YA 5OZOA 1D4HA 4L7JA 5DQ2A 3EKPA 4Y41A 4EWOA 1BV7A 4I0FA 4Q1NA 2VJ6A 2JJJA 1APVE 2ZE1A 4ACXA 2V16C 2VNMA 5P86A 1DPJA 5P0MA 2ZDZA 4I0DA 4BFBA 1M43A 2PC0A 4FCOA 3I6OA 4K9HA 4Z50A 4Y4TA 5P1LA 4J5JA 2AZ9A 2NPHA 5JODA 4I12A 4YOAA 5P08A 4RRNA 5P1FA 2EWYA 1K2CA 4OBHA 3TOHA 2AZBA 4DJPA 3SO9A 1A9MA 4DJUA 5OZ0A 4TVGA 2F80A 3ZKMA 2QMPA 5P40A 2R5QA 5C9BA 3URJA 5P59A 5KR8A 1EPQE 2I0AA 4Y39A 4R5NA 4I8ZA 2BPWA 2PH6A 4B72A 3APRE 1NPVA 1EBZA 3OUBA 6APRE 3S85A 3L5CA 2VJ9A 4A6BA 4OBKA 5DGWA 4FE6A 3HW1A 5P5GA 2ZHUA 2P83A 4J0ZA 4ZSMA 5OZ6A 3CICA 5P5WA 4GIDA 3L59A 2PQZA 5P7MA 2IDWA 1DAZC 1LF2A 5P48A 3PLDA 4Y50A 4OBDA 2WF4A 4Y3EA 1SDUA 5CONA 3BC4A 1AXAA 1T7JA 3L3AA 3HAUA 4GJCA 3LZYA 1UPJA 2OHLA 2APRA 2R8NA 1AZ5A 5P7OA 1TCXA 3NDTA 1A30A 5P7CA 4XX4A 2QNQA 1BAIA 3LHGA 3VG1A 1DP5A 5ENMA 1AJXA 1BVGA 3I2LA 1PSAA 3DOXA 3PCZA 3ST5A 4Q1XA 4J1FA 2G69A 2I4DA 3EM3A 3NDUA 2OF0A 4MC9A 4Y47A 3SLZA 1META 5P2HA 3TNEA 1FB7A 4B0QA 4MC2A 5P63A 4J55A 5P3UA 4L1AB 1B6MA 1EPPE 1GVWA 2NNPA 5I3VA 4Y5MA 2WF0A 2PWRA 1XL2A 5P7WA 4EYRA 5P2NA 5P3YA 4Y3ZA 4YD4A 3L5BA 3B80A 3O9IA 3UDNA 5HE4A 1XDHA 5TOLA 1C6ZA 5HD0A 5OZQA 4H3FA 1EEDP 3O9AA 5P4NA 1ZSFA 4R92A 1YG9A 5P3WA 4Y38A 4DJQA 4DH6A 1DW6C 1FIVA 3EL5A 5P7XA 4Y9WA 4J1KA 4MC6A 4ER4E 1LV1A 5P1EA 3Q3TA 1APWE 2CEMA 2H6TA 5P7BA 4AZYA 5P65A 2XYEA 3D1YA 4RVIA 4EQJA 1CPIA 3BGCA 1PSNA 5P07A 5P5VA 4RGHA 1KJFA 5P2RA 3Q70A 4Y3RA 5P2YA 1FQ8A 2FMBA 1HTFA 2RKFA 2FIVA 5P0IA 4EP2A 2ER9E 4CPSA 3T3CA 4CPRA 2ZHVA 5P6QA 4RROA 5KQYA 3EKWA 1MIQA 4GJ7A 5P53A 2F3EA 4Q5MA 2A1EA 3IVHA 5OZKA 5P0BA 3UCBA 5P4QA 3TKWA 5T4SA 1K6CA 4TRZA 2VS2A 1ZJ7A 1HTEA 4I0JA 5P5YA 5P17A 4RVXA 1YM2A 1EPRE 1B6LA 2QHCA 3ZL7A 1T6EX 3K4VC 5BS4A 1MRWA 2IQGA 7UPJA 1ZSRA 1E80E 1XS7D 5P3XA 3O9DA 4LP9A 5P1BA 5P05A 5P8DA 2QMDA 5P5EA 2QU3A 2QD8A 1YTGA 5P8BA 1IZIA 5P2EA 5E5KA 4B1CA 2FDPA 1D4JA 1EPME 4Y5BA 4KE1A 5P3CA 5OZ8A 2WKZA 3UDMA 1K6VA 1ODWA 1M0BA 2VA5A 2R3TA 4Y3PA 5P35A 2G1RA 4Y54A 5P09A 2CEJA 1W51A 5P56A 5P2TA 3LIQA 2HS2A 4QJ2A 3PM4A 1MPPA 5P6ZA 3UHLA 4Y3MA 4Y4UA 5P6RA 5HDZA 5E5JA 4D85A 2QI4A 4GJDA 5P0GA 3VFAA 3OUAA 4ZPFA 4Z2ZA 2HAHA 5I3YA 5P6UA 2NR6A 5OZ3A 1SIPA 5P7TA 3VYEA 5JFUA 4I0HA 3G70A 4Y5KA 3ZMGA 3FSMA 3LPKA 3QRMA 5P6CA 4RCDA 5UPJA 3SKGA 2B42A 3T7PA 4LXKA 1C6YA 2V11C 3PSUA 3O9EA 5P6FA 5P1AA 5P69A 4J1IA 3UTLA 5P8IA 2AIDA 3SA5A 3QVCA 1HIVA 2BJUA 4GJ6A 3K1WA 2G26A 2OHTA 5P14A 2O4SA 5COKA 1RQ9A 2P3BB 4EP3A 4PPHA 5COOA 1XN2A 4EPJA 2CENA 1FF0C 2PH8A 1QDMA 2QI6A 1MTBA 3BVBA 3LPJA 4TVHA 5OZAA 3WB4A 2WF1A 4I8WA 1BDRA 3ER5E 1BXQA 5IVTA 5P6LA 3NUJA 5P38A 2H6SA 1MESA 1SMEA 2V0ZC 4J0VA 3EL0A 5P3HA 5HU0A 4YOBA 2QAKA 2QU2A 4ZSQA 5P6SA 3CIDA 1SMRA 2ZHSA 3FNTA 2OHUA 3TPLA 5P2IA 3SAAA 5P7GA 2B7FA 5P5RA 2IL2A 5P3RA 4YDGA 3EL9A 3SM2A 5P5NA 3PBZA 5OZJA 3PI0A 1W6HA 3TTPA 5P5HA 3IGBA 3KMYA 2Q3KA 1BV9A 2BPYA 5AHBA 3FNSA 3VF7A 4UPJA 1HVHA 5OZWA 1SBGA 2QMFA 1QRPE 5P1OA 4HDFA 5P2AA 3LNKA 5DR4A 3SA6A 5P7EA 1SIVA 4TRYA 3L58A 3O9HA 1LF3A 3U71A 3LZVA 1EC2A 1VIJA 1FMBA 1VIKA 3OUDA 2ER7E 2G21A 3KYRA 4GJ8A 4F75A 5P3JA 1K2BA 3EC0A 5P7FA 5P6GA 1BWAA 3VF3A 3SPKA 4CPWA 2XFJA 3VUCA 2G1YA 4YCKA 5P2LA 5P6NA 4Y3JA 1YT9A 4OBGA 3KT5A 8HVPA 1EPLE 4L7GA 4DJVA 2OHPA 1MT8A 5P6YA 2HPEA 1A94A 5OZ1A 4NPTA 4EXHA 3EKQA 4FIVA 3VEUA 1TZSA 5COPA 4GJ9A 5P3GA 3BXRA 5P8SA 4DJYA 3N3IA 4Y4JA 4ZIPA 5KAOA 2IEOA 4I10A 4Y5CA 1Z1HA 5P8JA 2VJ7A 3OQFA 3QROA 3LZUA 5P85A 2AZ8A 3O9LA 5P47A 5P6AA 3L5EA 4JPCA 3DUYA 3Q4BA 3URIA 4OD9A 5P8VA 3URLA 5OYZA 4LL3A 4ZLSA 3WSJA 4FRIA 1IBQA 1JLDA 2PSUA 2ZJHA 5P3SA 3SKFA 2F3KA 4CPXA 5DR0A 4OBFA 4Y43A 3KDBA 5P8NA 1LYBA 2QI3A 3KA2A 3U6AA 3I25A 2P8HA 4Y5PA 1PROA 3DK1A 5OZZA 4EXGA 2OHMA 1G6LA 4CPQA 3DV1A 3B7VA 5P6HA 5P84A 2NMYA 3T6IA 3ZKSA 1K6TA 2B8VA 4I1CA 3KT2A 1ME6A 4GB2A 4IVTA 5P1WA 2F8GA 5KOSA 5OYWA 3O9CA 2G1SA 5P26A 5P0YA 4Y3WA 1EC3A 5DQ5A 3NU9A 3OU1B 3RVIA 5P06A 3SACA 3HVPA 1SGUA 4Y4ZA 5P20A 1PPKE 3FIVA 5P67A 5OZEA 2Z4OA 5P0JA 3U7SA 5KR0A 4QJ7A 1N49A 5P01A 3ZKQA 5P4IA 4I0EA 2HC0A 3UQWA 2QP8A 3IXKA 4WY1A 5B18A 4B1EA 5P46A 4JP9A 4B78A 4H3JA 1GVVA 5OYRA 2O4PA 5P2BA 1FQXA 2AVVA 5SY3A 3OUDB 2ER6E 1FQ4A 3NYGA 4Q1WA 5P7HA 3ZLQA 3DJKA 3O99A 5P1CA 4M8YA 4R8YA 5P28A 4H3GA 3SQFA 2QNNA 3VYFA 2FGUA 5P16A 5P3PA 4OBZB 5HDXA 3HZCA 3KFNA 2G1OA 3NU6A 4U8WA 5ER1E 1TSQA 3MXDA 5HVPA 1YM4A 5OZUA 3BRAA 3OADA 1W50A 3S43B 5SXNA 3PHVA 5OZCA 2V00A 2OHRA 2MIPA 5P6JA 4FAFA 1GVXA 3R0YA 5P2GA 3INEA 4Y4GA 3O9LB 2OHSA 5P8AA 4JPEA 4OD9B 5P0PA 4YBIA 5JG1A 1F7AA 4K4PA 3UF3A 4I11A 1PFZA 5HCTA 3R1GB 4DQGA 3PWRA 2HIZA 4GJAA 4Y3LA 5ENKA 5P7NA 4AMTA 2PSGA 4NJVA 1BIMA 1C70A 3QS1A 5P7SA 5IVQA 2RKGA 3S7MA 2I4UA 3GI0A 2B7ZA 5P4VA 4RYGA 1B5FA 4DQBA 2HS1A 5KR1A 5P73A 1UH7A 1QBSA 5OYXA 5OZMA 5OZHA 2IKUA 2RMPA 5P54A 5IS4A 5P2KA 2R9BA 5OYTA 4CPTA 3H0BA 4DQEA 3S45A 2AOJA 2XFIA 4DI2A 5P7JA 5PEPA 4AA9A 3OU3A 2P3CA 1MVPA 5P02A 1SP5A 3OU4A 4S1GA 5P4MA 3S8IA 1GNNA 5OZYA 2PSVA 4Q1YA 1QBTA 5P5XA 5P5SA 2NXMA 5OYUA 3QN8A 5OYYA 2O4NA 1E82E 4H3IA 5P8MA 1T6GA 1M4HA 3S54A 3KF0A 2BQVA 3AIDA 2FNSA 4DV9A 1ZPKA 2WF3A 3DV5A 3OK9A 4J0PA 5P2XA 4EJ8A 2IS0A 4GYEA 3LZSA 3TPJA 3EL1A 5P4GA 3D91A 5OZVA 3SA9A 1FFIC 1NPAA 1W6IA 3LINA 4Y3TA 5P4WA 3TH9A 1HPSA 5P33A 1SDVA 5P72A 3BUFA 5P0DA 3OADB 5SY2A 6FIVA 1A8GA 1UH8A 4J1CA 1Z8CA 5P7RA 3GW5A 1HTGA 1ZPAA 3OQDA 3QRVA 4J1EA 5OZ9A 5C9DA 2G27A 1FFFC 3SA8A 5HDUA 4Y3SA 4YBFA 5FIVA 5P3TA 3EBZA 3EM6A 3SA4A 2VIEA 3KDDA 2Q54A 5I3XA 3OAGA 5OZTA 4KUPA 3IAWA 3JVWA 4DVFA 1OHRA 4B1DA 3K4VA 3SABA 3FX5A 2ZJIA 1BVEA 3EKYA 4Y3FA 1MTRA 3RTNA 1ER8E 5BWYA 5P70A 2G24A 5P3VA 4Y3YA 1B5FB 1SDTA 5P6VA 3QVIA 1HVJA 4CKUA 3UDQA 3PGIA 1HSIA 5OZNA 5P79A 2AODA 1GNMA 3RU1A 2ZJKA 2HB4A 2G94A 2JE4A 4ZSPA 4ZPGA 2HM1A 5P5KA 2F81A 4GMIA 4B05A 4JECA 1AJVA 3OXWA 5P5PA 5P57A 5SZ9A 1HIHA 5P11A 4FGXA 3ZKGA 2IKOA 3NWQA 5P42A 2WJOA 5OZPA 4NPUA 1D4IA 3OU4B 1YTJA 2OAHA 4LC7A 1T7IA 2R3WA 3ER3E 1A8KA 2Q15A 5P10A 3VFBA 3D1XA 5P75A 1PPME 1IDAA 4QGIA 1E81E 2FDDA 5JFPA 1EC1A 3IXJA 5P81A 1LEEA 3EKXA 1CZIE 4DQHA 2QZXA 3CYWA 4EJKA 7HVPA 4D83A 1UH9A 5DR1A 1WKRA 4J1HA 5P0NA 3OTYA 5P4CA 3SA3A 1FQ6A 5P5DA 5P5CA 5P6XA 1EBYA 3EMYA 3UQUA 4Y3GA 5AH6A 2QI5A 2PYNA 4PZWA 5P7PA 2AVOA 5KR2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WED A;  3PLL A;  4CMS A;  2ZHR A;  5P3O A;  5DQ1 A;  5AHC A;  3OQK A;  4AUC A;  5P6O A;  2FNT A;  1HEG E;  1HPO A;  5P1R A;  5P18 A;  4RVJ A;  3S2O A;  4H1E A;  2AOC A;  3CIB A;  3GGX A;  3HD8 A;  5F00 A;  5CLM A;  1YX9 A;  2JXR A;  5OZS A;  2VKM A;  5ER2 E;  5P61 A;  1NPW A;  3VLA A;  4NJT A;  4HEG A;  3FKT A;  3TL9 A;  4R93 A;  1FMX A;  5P0X A;  1MT9 A;  3ZPS A;  5ISK A;  3OU1 A;  1ZLF A;  2VA7 A;  3OTS A;  5P1U A;  5P45 A;  5P32 A;  2QZK A;  3WZ6 A;  1Z1R A;  3F9Q A;  5P64 A;  1EAG A;  5P4J A;  5P7V A;  1SGZ A;  4K4Q A;  5P3A A;  5OZ7 A;  2A4F A;  4YDF A;  2JJI A;  3L5D A;  1WBM A;  1QBU A;  5P3B A;  5BRY A;  5OZB A;  1FQ7 A;  2QD7 A;  2AOF A;  1XE5 A;  4FLG A;  4Y5L A;  4YHQ A;  5P8Q A;  1IZD A;  4ZPE A;  1RV7 A;  3PMY A;  5P1T A;  1KJ7 A;  1EPO E;  4Y57 A;  3TOG A;  4OBZ A;  4FL8 A;  4NJU A;  3S53 A;  3HVG A;  3DCK A;  5ISJ A;  1G2K A;  5P25 A;  2JYS A;  4Y4X A;  3SA7 A;  5KQZ A;  1GVU A;  1SH9 A;  3K5G A;  3OXV A;  1YTH A;  1PSO E;  3S43 A;  3NU5 A;  3SM1 A;  1LYA B;  5P4O A;  1HPX A;  1ENT E;  2V12 C;  5P0H A;  4RCE A;  5P0O A;  2P3D A;  3SFC A;  2O4L A;  4RLD A;  3UDJ A;  4DQF A;  2Z54 A;  3NXE A;  2J9J B;  2QI1 A;  4YD7 A;  1OEX A;  1HTR B;  3BHE A;  5HCO A;  1HVI A;  1MEU A;  1RL8 A;  1T7K A;  4BFD A;  4APE A;  3Q5H A;  2ZJJ A;  5P8U A;  3D1Z A;  3JVY A;  5P1X A;  1ZAP A;  4APR E;  1KJG A;  3QBF A;  5P0S A;  3TLH A;  1F34 A;  3I7E A;  3R2F A;  5I70 A;  5P0W A;  4K8S A;  2WEC A;  4RCF A;  3ZPT A;  3QAA A;  1QS8 A;  5P4L A;  3ZKN A;  4CP7 A;  5P6P A;  4TRW A;  5KQF A;  3WZ8 A;  1ZP8 A;  2I0D A;  4QJ8 A;  4F76 A;  3T11 A;  5P7A A;  5P5Z A;  1OD1 A;  3EKV A;  3K5C A;  4E43 A;  2UY0 A;  5P6T A;  5KOQ A;  1EPN E;  3D3T A;  3KFR A;  5P0T A;  5HDV A;  3M9F A;  3QIH A;  2OHK A;  5P58 A;  5P7Y A;  5OZO A;  1D4H A;  4L7J A;  5DQ2 A;  3EKP A;  4Y41 A;  4EWO A;  1BV7 A;  4I0F A;  4Q1N A;  2VJ6 A;  2JJJ A;  1APV E;  2ZE1 A;  4ACX A;  2V16 C;  2VNM A;  5P86 A;  1DPJ A;  5P0M A;  2ZDZ A;  4I0D A;  4BFB A;  1M43 A;  2PC0 A;  4FCO A;  3I6O A;  4K9H A;  4Z50 A;  4Y4T A;  5P1L A;  4J5J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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