4DQHA

Crystal structure of (r14c/e65c) hiv-1 protease in complex with drv
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTICIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIICIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Hydrophobic core flexibility modulates enzyme activity in HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Wild-type HIV-1 protease dimer
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dqhA00
5OZQA 5P06A 2QHCA 4J1HA 5P3VA 4B77A 5EZXA 2ZHTA 3BVAA 4HDPA 5EZZA 4ZLSA 1ZPAA 1JLDA 1KJGA 1HVCA 5P8MA 1A9MA 4I0DA 3ZKNA 1GVXA 3LIYA 1Z8CA 2R9BA 3NR6A 3VF3A 1T6EX 5DR4A 4XX4A 3M9FA 1T7KA 1SP5A 5P2BA 5P1KA 5P4RA 3UCBA 3CMSA 4R5NA 5P2FA 5P4IA 3RSXA 5P7QA 2PYNA 1FGCC 5DQ1A 5P5XA 3UDKA 4Y3TA 3PJ6A 5BWYA 3INDA 3L38A 4I0IA 3TKGA 5P7FA 1PSOE 2HS1A 1D4JA 2AZ9A 2BPVA 4L1AB 5AH9A 5OZ5A 2FLEA 2XYFA 4D83A 1PSAA 2AZBA 3F9QA 3OU4B 4Y5NA 4A6BA 3K5FA 2I4VA 5HE5A 5P5OA 1GVWA 2QZWA 5P89A 4RGHA 4YCYA 3FKTA 2OAHA 3SA8A 3BRAA 3OADB 4Y54A 5P5SA 5P2LA 1BVEA 2R43A 5OYRA 1BAIA 1K6CA 4DJWA 1KZKA 3OXVA 4Y5PA 3TPLA 4Y4DA 3WZ6A 3R1GB 5P1LA 4A6CA 2QNNA 3KDBA 4Y57A 4OBDA 4DJPA 3ZPSA 5OYYA 3QI1A 1GVVA 1CZIE 3OXXA 4ER4E 4DJXA 4EP2A 3HZCA 1GVTA 1K1UA 1SIPA 2ZJJA 5P7KA 2A4FA 3IXOA 3L5EA 3DUYA 5P8VA 5P3LA 5AH6A 3KFRA 2WF4A 3VSXA 5HCTA 5DQ4A 3BUFA 5P6JA 5P8QA 2QU2A 3N4LA 4Y3AA 5P0KA 5P27A 4UPJA 4Z22A 3L5DA 4LXMA 2VNNA 4S1GA 2BPYA 2P3BA 1A8GA 5P8OA 5OZSA 2ZYEA 5SZ9A 2I4DA 5P2JA 4LP9A 3NDTA 4OD9B 5P8UA 1MESA 1HVHA 5KOSA 3T6IA 3UFLA 2G94A 3RTHA 4OBKA 4KUPA 5P47A 2HAHA 5P6KA 3UDHA 3H0BA 4Y3PA 3NU4A 3ZKIA 4B1EA 5P0EA 3R2FA 5P01A 5P0WA 4Y5MA 3NU3A 4D8CA 4J1FA 1NPWA 5P40A 4LXKA 3PLDA 2HPFA 1J71A 2I4QA 2G1NA 3IN4A 4JECA 4Y4ZA 3MSLA 3L5CA 4YD6A 3O9DA 2ZJIA 4YDFA 5JG1A 5I3XA 4R92A 2Q55A 3UQWA 2XFKA 3S7MA 3MWSA 4OBZB 2PH6A 4EYRA 5P20A 3DV5A 1NSOA 4RCDA 4APRE 4Y4GA 3AIDA 4D88A 1LS5A 4RCFA 4EPJA 3ZMGA 3K5CA 5P5QA 5P1OA 3VFBA 2OHQA 2WEAA 4Q1XA 3BGCA 5P2YA 5P6ZA 2IGYA 4Y3HA 2FXEA 5ISKA 3KM4A 3VG1A 1BV7A 5KAOA 2QMGA 2RENA 4Y5AA 5HE7A 5P1YA 1LF4A 5P1XA 1C6ZA 2B7ZA 6FIVA 2QMPA 1PROA 3CKTA 1PFZA 5P1DA 2NNPA 2BB9A 5KQYA 3O9LB 4RLDA 4I0ZA 5P26A 3T7PA 3OK9A 3RTNA 3TNEA 4RYCA 3LIZA 1QBUA 1AJVA 3SA9A 5P0VA 2HB4A 1KJ4A 4CPSA 5OZWA 1ODYA 4FM8A 2Q63A 4CPUA 4NJSA 5P8DA 2Q3KA 1W6HA 3PCZA 4GJ8A 2QI5A 2AZ8A 4JPCA 2HB3A 5P4PA 3EKTA 1VIJA 5DPZA 5P5HA 3PEPA 5P49A 2NXMA 5P0RA 5DQ5A 5P65A 3N3IA 5P30A 2BKTA 4ZPFA 5AGZA 3O99A 5OZBA 4TRZA 4DJQA 5P55A 5ENKA 4MC2A 3TPRA 5P57A 3CYWA 5P41A 5P1TA 1HPOA 2OHPA 1IZIA 4R93A 2VS2A 5P1UA 3KMXA 1HHPA 1E80E 2VA5A 4B78A 2BBBA 3VEUA 3NWXA 8HVPA 1BXQA 4OC6A 4CPWA 4AUCA 3OUBA 5P37A 4GIDA 4GJ6A 4X7IA 5P62A 1RL8A 3L5FA 1B6LA 5P3OA 1EPME 1DPJA 5P6YA 3SFCA 1F7AA 3NU9A 5C9DA 3ZKGA 3BXRA 1OEWA 2WEBA 2O4PA 4OBJA 1MTBA 3BUHA 2PMAA 5P1NA 2ZGAA 5P70A 2VIJA 4DPFA 4EP3A 4ZIPA 3DJKA 3O9FA 3UDQA 5DR0A 3D3TA 4YOBA 5P7WA 2J9JA 5P44A 3S53A 4HDFA 4I0EA 7HVPA 5P73A 5HTZA 4Z4XA 2OHMA 1SBGA 5P22A 3QN8A 4ZEAA 1LYBB 4GJ5A 4CMSA 3K4VC 4ZPGA 5OYXA 2AOFA 4L6BA 4DJRA 5COOA 3RTMA 3VF5A 5P5DA 5KR8A 4H3GA 3KDDA 4E43A 2PSUA 2AQUA 5P81A 3S45A 1LEEA 3ZKQA 3B7VA 4HZTA 1EBWA 2Z4OA 5AHAA 1B5FA 2WECA 3RU1A 1FG6C 1T3RA 2SAMA 4CPQA 2XFIA 2PH8A 3EKPA 4GB2A 5P54A 2UXZA 4Y5BA 3S43B 1YTGA 5I3WA 4U7VA 3VUCA 5P29A 4YDGA 4H3FA 5P2ZA 5P7PA 2V10C 3OHHA 5P3GA 4DJUA 3PWMA 4Y5KA 1ZPKA 1NPVA 5P5IA 2RMPA 5DGWA 1MSNA 4FIVA 3GGUA 4YD3A 5P7HA 3SA5A 5P3YA 5P59A 1HTEA 3ZKSA 3PI0A 5P48A 2PSVA 3OAGB 1BIMA 2QHYA 1IBQA 3O9HA 3GI4A 4ZPEA 1BDRA 3KT2A 3VF7A 4Y48A 2G27A 5P6EA 2XYEA 1MSMA 1FQ8A 3L3AA 4LAPA 5P04A 5P3AA 5P8FA 5AHCA 5OZ0A 2G1YA 1HTFA 3O9AA 1XL2A 2RKGA 5P4ZA 5P68A 1FFFC 2B60A 2R5QA 5CLMA 5OZYA 4EXHA 3IXKA 3DK1A 1SDTA 4FCOA 1FMBA 3OXCA 1D4LA 4Y38A 5OZ9A 5P42A 2AIDA 3UF3A 4WY1A 3EL9A 3PMYA 5P3QA 3OWNA 5HDVA 4I8ZA 5P7ZA 2QZXA 3OUAA 1EPQE 4R8YA 2Q11A 4RVIA 3OUDA 2QNPA 3TOGA 2FS4A 1NPAA 4K9HA 3VSWA 4DH6A 3QRSA 2QZKA 1Q9PA 1LYAB 4FLGA 3HVPA 3NUJA 2JYSA 2IKUA 5P6HA 4J17A 5P58A 3UTLA 4YD4A 1KJFA 4PYVA 2FXDA 2NNKA 1YT9A 3LIQA 5OZ8A 5P7IA 2ER0E 4Q1NA 5SY2A 1M0BA 1EEDP 5HDXA 1DAZC 3QVIA 3OTSA 4I10A 4MC9A 4HEGA 1LV1A 3O9GA 3NLSA 3TH9A 3VYEA 3PWWA 3KYRA 1HEFE 3S2OA 1SMEA 4R91A 4I0FA 5P5KA 3O9CA 3CICA 2NTRA 5P5YA 1DMPA 4RCEA 3KA2A 5P3WA 3PWRA 5P24A 5P1GA 5P2DA 4GJ7A 1FQ5A 5P1PA 5P1HA 1HVJA 3GI0A 5P72A 5P1FA 4XKXA 5IS4A 3FX5A 5P4XA 4ACUA 1META 3FNSA 3GGXA 4Y3EA 5OZ1A 2RKFA 5P4QA 4ER1E 4AA8A 2P3AA 3EM3A 3APPA 3GGVA 5P53A 3SLZA 4I0HA 5OZLA 1MPPA 5P3SA 1EBYA 4J54A 4F74A 1HVSA 3IAWA 2ZHVA 1UH8A 5P8LA 3QBFA 5P0HA 1W50A 5OZ2A 1ZTZA 3VLAA 4HLAA 4Y4AA 2G69A 3G70A 5P5TA 5P56A 5P83A 2WKZA 5DR8A 4FAEA 2AOHA 5P7JA 3DOXA 3OQ7A 4RYGA 5P0XA 4B1CA 2ZHSA 3FIVA 3NWQA 1QBSA 4DQEA 1LF3A 4J0ZA 1ZSRA 3NUOA 5P1WA 5OZTA 1QBTA 4J0YA 5P3DA 2V00A 4L7GA 4Y36A 2VJ9A 4OBGA 4GJDA 3OADA 3UQUA 3ZPUA 2NXLA 4BEKA 3OOTA 2R3WA 4TVHA 5P66A 1RV7A 4YOAA 1HOSA 3G72A 3QVCA 5OZ3A 5P5GA 9HVPA 5P5JA 2QK5A 1NH0A 4FE6A 5P6UA 3OOZA 3PBZA 3QRMA 5P0AA 1IZHA 2AVMA 1BXOA 5P15A 1U8GA 3S85A 1MTRA 1C70A 4KB9A 2OHKA 2VA6A 4NJUA 2FMBA 2ASIA 4TVGA 4QJ7A 5P16A 4DV9A 4YA8A 4B05A 3Q6YA 1HTGA 1IVQA 4Y5EA 4FAFA 5KOQA 3LZSA 5P5MA 2R3TA 1WBKA 1ENTE 2CEJA 3OQFA 5DQCA 2H6TA 3SA6A 2PC0A 3BVBA 5P6WA 4Y6MA 4DQCA 4Y9WA 5P11A 5P32A 3URIA 2PWCA 4L7HA 5IVQA 1TSUA 2F8GA 5PEPA 5P67A 5P2CA 1HIHA 2PWRA 5P3KA 3FSMA 2P3BB 2WEDA 2PK6A 3PI5A 4OD9A 2IQGA 1MT8A 3NXEA 4ZSQA 3DM6A 3SAAA 3SPKA 3L59A 5P3PA 5P7LA 5KR2A 2NMZA 2WF3A 5BS4A 3QRVA 5AHBA 4N00A 5HU1A 2PSGA 5P5ZA 5P4CA 3Q5HA 1MIQA 4ACXA 1TCXA 5P4AA 5P28A 1QS8A 4K4QA 3SKFA 3DCKA 1SH9A 5P13A 2P8HA 5P2AA 4MC6A 3JW2A 1EC0A 5P19A 3SM1A 4Y4UA 5P38A 2P4JA 3WB5A 1IZEA 3RVIA 5I70A 2I1AA 4I8WA 3O9EA 5P76A 5P8KA 4YD7A 1HVIA 3NDWA 4GJCA 1SGZA 5P4UA 4CP7A 1SIVA 5P51A 5P6QA 2O40A 5P8CA 3APRE 4QJ9A 3TLHA 5P7XA 3I6OA 2QZLA 2F3FA 5P7EA 1CMSA 2EWYA 1EPNE 3UDMA 2HPEA 4JPEA 2R38A 5P1EA 5P17A 4I0JA 5P4YA 4FS4A 3WB4A 5P52A 2QI6A 2FIVA 4PEPA 5P14A 7UPJA 5P43A 3OGPA 3U71A 2QAKA 3NU5A 4TRWA 5OZRA 3D1YA 4FGXA 1YM4A 5P05A 1HBVA 2WF1A 2VIYA 3O9LA 5P3MA 1CPIA 5P7RA 2NMYA 4Y3JA 5ISJA 1W6IA 5KR0A 5T4SA 2J9KA 5P6FA 4YCKA 4EJKA 4J0TA 3KFPA 1G2KA 2WF2A 5P2OA 4H3IA 1HSIA 5P3FA 2I0DA 5P10A 5P0ZA 3INEA 3DV1A 4Y39A 4B00A 5HVPA 3VV8A 2QNQA 5P6CA 2Q64A 3UPJA 5P86A 2HIZA 4Y43A 4DJYA 3ER5E 3SM2A 3A2OA 2OHSA 1APWE 4FRIA 3UQRA 5KR1A 5P69A 4DUSA 5P4FA 3LITA 5P1CA 5P3NA 4Y56A 5P4LA 4Y45A 5I3YA 4EQJA 1GVUA 3TOHA 4ZSRA 1HIVA 4HDBA 5COKA 5APRE 4Y41A 2QD6A 4Y3FA 2Q15A 5P79A 3QPJA 1MRXA 4HVPA 2O4LA 3EL1A 1HSGA 5P4DA 5P5NA 2VA7A 3JVWA 5P1MA 2QI3A 1APTE 3UHLA 4DJVA 5P77A 4A4QA 4J1IA 1MVPA 5P23A 5P5RA 1PPLE 1EBZA 4OC6B 1C6YA 4DFGA 5P6DA 4YBFA 4Y3XA 5P0IA 5P6XA 4KE1A 1HVLA 3HLOA 2AOGA 1Z1RA 5P02A 3LIVA 2ER9E 4EHCA 5P4EA 2ZJMA 5P0QA 5OZDA 5P7AA 2ZJLA 6UPJA 5JFPA 5P0CA 1XE6A 3HVGA 5JODA 5P3CA 1HIIA 1SMRA 4K8SA 3I7EA 5P08A 1HVRA 4EWOA 3LZYA 5HCOA 4Q5MA 2WF0A 5HDZA 4QJ6A 4EJ8A 2O4KA 5P4KA 2V11C 1K6TA 4K4PA 5P6BA 1RNEA 5P1JA 4Y5LA 2I4WA 2ZDZA 4QJ8A 5P2XA 2IEOA 1MERA 5P61A 3K1WA 5OYQA 3ECGA 1EBKC 4Y5CA 3LHGA 3S8IA 1TSQA 2G21A 3L58A 3NXNA 1B5FB 3S43A 5P3BA 2OHTA 4XX3A 5P7UA 5P0DA 3D1ZA 4FL8A 2O4NA 4RROA 3KT5A 2BPWA 4QGIA 5P5WA 5C9FA 2HM1A 5P0LA 1FIVA 3SO9A 5P6TA 3LPJA 1G35A 5ER2E 3PMUA 3TKWA 5P1BA 5OZJA 1FQ4A 5OYUA 5DQ2A 5P5EA 4J1CA 3UQPA 1ODWA 5P7BA 3PCWA 1K6VA 4I12A 3BGBA 5P39A 3T3CA 3KF0A 4D85A 2V13A 4RVJA 5P4MA 2QI7A 4Y3SA 1A94A 2RSPA 1AM5A 5P75A 3TOFA 5COPA 3OU1A 4Y35A 3ZL7A 5P82A 5P88A 3UDPA 1G0VA 3LPKA 2A1EA 3MSJA 3PLLA 5E5JA 5P1RA 2FDPA 4GJBA 2NPHA 1LZQA 5P8AA 1HTRB 1QDMA 4J1KA 5P6LA 5P6AA 5P36A 2JJIA 1ZAPA 1LYWB 1GKTA 1YX9A 5P4VA 4QJ2A 1XL5A 2QMDA 1B6KA 5P3XA 2HC0A 1HVKA 1AVFA 3I2LA 4Y3LA 5JFUA 4GJ9A 5P0YA 4Y3QA 1KJHA 2G24A 5F01A 4D89A 2VIZA 3R4BA 2I4XA 4LXAA 5P4GA 5HDUA 1RQ9A 5CONA 2JE4A 5P0UA 4Y47A 3OUDB 5P1QA 2QI0A 4Y37A 1HRNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZQ A;  5P06 A;  2QHC A;  4J1H A;  5P3V A;  4B77 A;  5EZX A;  2ZHT A;  3BVA A;  4HDP A;  5EZZ A;  4ZLS A;  1ZPA A;  1JLD A;  1KJG A;  1HVC A;  5P8M A;  1A9M A;  4I0D A;  3ZKN A;  1GVX A;  3LIY A;  1Z8C A;  2R9B A;  3NR6 A;  3VF3 A;  1T6E X;  5DR4 A;  4XX4 A;  3M9F A;  1T7K A;  1SP5 A;  5P2B A;  5P1K A;  5P4R A;  3UCB A;  3CMS A;  4R5N A;  5P2F A;  5P4I A;  3RSX A;  5P7Q A;  2PYN A;  1FGC C;  5DQ1 A;  5P5X A;  3UDK A;  4Y3T A;  3PJ6 A;  5BWY A;  3IND A;  3L38 A;  4I0I A;  3TKG A;  5P7F A;  1PSO E;  2HS1 A;  1D4J A;  2AZ9 A;  2BPV A;  4L1A B;  5AH9 A;  5OZ5 A;  2FLE A;  2XYF A;  4D83 A;  1PSA A;  2AZB A;  3F9Q A;  3OU4 B;  4Y5N A;  4A6B A;  3K5F A;  2I4V A;  5HE5 A;  5P5O A;  1GVW A;  2QZW A;  5P89 A;  4RGH A;  4YCY A;  3FKT A;  2OAH A;  3SA8 A;  3BRA A;  3OAD B;  4Y54 A;  5P5S A;  5P2L A;  1BVE A;  2R43 A;  5OYR A;  1BAI A;  1K6C A;  4DJW A;  1KZK A;  3OXV A;  4Y5P A;  3TPL A;  4Y4D A;  3WZ6 A;  3R1G B;  5P1L A;  4A6C A;  2QNN A;  3KDB A;  4Y57 A;  4OBD A;  4DJP A;  3ZPS A;  5OYY A;  3QI1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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