4DQHA

Crystal structure of (r14c/e65c) hiv-1 protease in complex with drv
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTICIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIICIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Hydrophobic core flexibility modulates enzyme activity in HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Wild-type HIV-1 protease dimer
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dqhA00
2AZBA 1FQ8A 5P8KA 2R5QA 3SACA 4ER1E 1E80E 5P7WA 4Y41A 5P8GA 5P8NA 3QVIA 1FGCC 2SAMA 2BB9A 3EKWA 4AMTA 1FFFC 4RYGA 5P3GA 5P5SA 5P7LA 5P8SA 2QD7A 3EKVA 1QBTA 3INEA 5P7QA 1K2BA 3ST5A 4FAFA 5P2JA 1SBGA 4CPXA 3VF5A 4ER4E 3OQAA 5OZ4A 5P5JA 1SDUA 3ZKNA 5P0SA 2G22A 4K4PA 5P0TA 5P47A 5C9BA 5OYSA 5P4NA 3QAAA 1AAQA 4QJ6A 3LPKA 3SPKA 5P81A 3ZKXA 3WSJA 2G1RA 1TZSA 4YDGA 2R43A 4CPRA 2ER0E 3LIZA 5P7TA 2O4LA 3S85A 4QGIA 4OD9A 5P3NA 4GJAA 5P3DA 3QBHA 4F76A 7HVPA 3I2LA 1BVGA 4RRNA 4HZTA 5P77A 4Y3HA 3CMSA 3VYDA 5P7GA 1K6PA 1ZBGA 5P1IA 3BUHA 4L1AA 5P29A 2I4DA 3FX5A 5OZ7A 5ENKA 1XN2A 1HVRA 5P4OA 3OOTA 5BS4A 5P6WA 5P6LA 2VJ9A 3LIYA 5P8LA 1HXBA 3AUPA 3LZSA 3S8IA 4RVIA 1APUE 2XFKA 4Y5LA 5DR0A 2RKGA 4TVGA 5P0UA 5P79A 4DJYA 4FSEA 5P05A 4K4QA 3WZ8A 1BV9A 2PSGA 3DM6A 1OD1A 3KN0A 1K6CA 2G27A 4OC6A 5P55A 3LZVA 5HDUA 1OHRA 4YD5A 5J25A 1DW6C 3TTPA 5HD0A 3G72A 4FCOA 4Y4GA 3CYWA 3S53A 3TPPA 4Y38A 4AA9A 4FRSA 5P3LA 1HIVA 1M0BA 1IBQA 2IDWA 3EL0A 3WB4A 3SA4A 3K1WA 5P8FA 1LYAA 2G69A 5P58A 5P3TA 5P0QA 5UPJA 2G1SA 5OZOA 3WB5A 2IGXA 1FG8C 3I6OA 5P63A 4MC2A 4YDFA 3S7MA 4XXSA 3OXWA 5P7YA 5P5NA 5P0XA 1HHPA 4LXMA 4RZ1A 2QD6A 3R0WA 4Y58A 5OYRA 2ZJHA 5P16A 3NUJA 1W5XA 5P6ZA 5P01A 3R1GB 3EMYA 4HDFA 1PSNA 5P5EA 5P3FA 5P5PA 1BXQA 2P3BB 3NU5A 5P39A 5P62A 3HLOA 3OOZA 2OHLA 5P1XA 3G70A 1TSQA 5P51A 2NMZA 4Y3RA 3NUOA 4IVTA 4DJWA 3MWSA 2BQVA 4DPFA 4XX3A 2OF0A 1EC3A 3UDNA 1ZLFA 1ZJ7A 1ZSRA 3PSYA 5P85A 5P12A 3U7SA 1AXAA 3OK9A 5P2MA 5COPA 1A94A 1AJVA 4Y43A 3CICA 1EPOE 4Y5MA 2NR6A 5P1PA 2ZJIA 1XL5A 3EL5A 3KDCA 2QZXA 3GI4A 2O4PA 3INHA 4I8ZA 3I8WA 1W6IA 5ISKA 3UDMA 5P75A 4YOBA 1G6LA 5OZXA 2I0DA 5HCOA 1M43A 2AZ8A 3K5GA 5P27A 5P28A 3KFRA 3OGQA 1ODYA 2G21A 2R5PA 3QVCA 6UPJA 3Q3TA 5B18A 5IE1A 3LPIA 3FSMA 1E82E 3UDHA 3NWXA 5P0CA 1W50A 2AQUA 3NU3A 3S56A 5P0BA 1FLHA 3UHLA 3ZKMA 3MSJA 5P03A 4ZPEA 2Q3KA 5P2FA 1LYWA 2AIDA 5I3YA 2FDEA 1ZAPA 1D4HA 1FMBA 4L7GA 4Y4WA 2WECA 5P8MA 1SP5A 4I0HA 4KUPA 1EPQE 1EC2A 1ME6A 1J71A 3ER5E 2XFIA 2VA7A 2BKTA 3O9HA 5P4GA 1IZHA 4NJUA 1D4SA 1K6VA 1OEWA 5P2BA 4L7HA 3VYFA 4EYRA 5C9FA 1B5FA 5COKA 1XDHA 4K9HA 2H6SA 1RQ9A 4Y3XA 4FAEA 1HSHA 2V13A 5P2ZA 1BIMA 4A6CA 4DQFA 2J9JA 1NPVA 1UH7A 2QP8A 4Y3ZA 1KZKA 2B42A 4QJ9A 5KR0A 3UDYA 5ISJA 2G94A 2IS0A 1XE6A 4Y5AA 1AZ5A 3VSWA 2PYNA 3KFPA 3OUAA 5OZGA 2IENA 4HE9A 3SAAA 5P8DA 3MXDA 4K4RA 3BGBA 5OZHA 5I3VA 5F01A 3EKXA 3JVWA 5OZVA 4LXKA 3ZPTA 1DP5A 1HTRB 4Q5MA 1FFIC 5JFUA 2P83A 4Y4UA 3OQDA 5P2EA 4QJAA 4DJOA 4CP7A 4Y3TA 2NXMA 3VEUA 1EBWA 5P3JA 2R3WA 2P4JA 4I0DA 5OZPA 3QRVA 3FV3A 3CKRA 5OZAA 5P1VA 5BWYA 3CIDA 3HVGA 2I4QA 5P4VA 2CEJA 4ZE6A 4EQJA 3O9FA 5P1WA 3BHEA 1HVHA 4YD3A 3NR6A 5ER1E 2APRA 4EJ8A 3O9GA 4I1CA 4ER2E 2WF3A 4IVSA 3VFBA 5P8IA 5P5AA 3S43A 1FEJC 3NYGA 4B05A 1APWE 4LHHA 2QD8A 3GGUA 4PYVA 3APPA 4J1EA 4PEPA 4YBFA 1IVPA 4APEA 2J9KA 1HSIA 5F00A 4A6BA 3CKTA 4FE6A 4KB9A 2QAKA 2F81A 4PZXA 5P8OA 2IGYA 5OZZA 5P7JA 2A1EA 4B72A 3L5FA 1IZEA 1FIVA 1LZQA 1A9MA 5P1GA 5P02A 4F73A 3D91A 3PM4A 1HPSA 4NJSA 4LXAA 5P65A 5P6NA 3SLZA 2Z54A 3NXNA 2FXEA 4HDBA 5P5GA 3HAUA 1HXWA 4PHVA 4Y4TA 4Y4XA 1ER8E 3KYRA 1T7IA 2AVVA 1QBRA 2FNTA 5COOA 1MESA 4D88A 2FGVA 1APTE 5P8QA 4RVJA 5P4ZA 4B1DA 3OADB 3DV5A 4GB2A 5P3ZA 1EPNE 3ZLQA 1B6LA 3LIVA 1EC1A 5AH7A 2AOIA 5P7OA 1PPLE 3TPJA 4OBGA 5P4WA 3ZKIA 1AVFA 5P00A 5OZKA 4Y56A 2JJJA 2BPWA 5P34A 4MC1A 2I4XA 3OU4B 3VUCA 3OU1B 5P46A 5P3BA 4DV9A 4L6BA 3S2OA 5P6AA 5P3AA 2JJIA 4I0GA 2Q63A 3FIVA 3D3TA 5P4JA 3BRAA 2WEZA 2R9BA 3GGXA 5P7SA 1HTEA 4D89A 4ZSQA 5P7CA 3N3IA 5IVQA 5P26A 5P7XA 5BRYA 2QNNA 2BKSA 5P06A 4DH6A 5P09A 3A2OA 1GNNA 5OZ2A 3NXEA 3BVAA 4RCDA 1PSAA 2OHRA 5P4RA 3EBZA 1FQ6A 1QDMA 1IZIA 2IKOA 5OZ6A 3DK1A 3NDWA 3D20A 2IQGA 5P67A 5P4CA 1BVEA 3QBFA 3EM4A 4Y47A 5P0YA 2ZJKA 5P3XA 2VIYA 5P0OA 3PSGA 3IVIA 1B6JA 4FL8A 4QJ7A 5P32A 3SA7A 4R92A 3MSLA 2G24A 4Q1XA 4RVXA 1ZTZA 1SGUA 5AGZA 5OZFA 1T7KA 5P2KA 3IGBA 5TOLA 2WF0A 4GZFA 4GIDA 5P6QA 4Y3DA 4EJDA 2AOGA 5OYXA 4NPUA 3IN4A 3UDKA 1C70A 1RNEA 2PH8A 5OZIA 5P5HA 4DQHA 4J1HA 5P59A 5P30A 5I70A 1IDAA 3B80A 3OHFA 5DR7A 3OXCA 4J1FA 5HCTA 5P5ZA 3HBOA 5P0LA 1MTBA 1W51A 2VA5A 4KE0A 1MVPA 1EAGA 5P61A 1IDBA 2V12C 2PQZA 1EPRE 4EJLA 1DIFA 2FLEA 3TL9A 2QNQA 5EZZA 2ER9E 3O99A 2BBBA 3TPRA 3RSVA 3BC4A 3DV1A 2O4SA 2JYSA 4GMIA 3LITA 5P86A 4Z4XA 1D4LA 1YG9A 2BPYA 2OHQA 2FMBA 5P70A 4FRIA 1YT9A 5P4BA 1DAZC 1G0VA 1FG6C 3TKGA 5P6XA 4CPSA 3DCRA 5P6JA 3H5BA 5P0JA 4Y3PA 4YHQA 3I25A 3KT2A 5OZBA 1W6HA 4YE3A 3LNKA 3CYXA 4OBJA 1EBYA 3HW1A 4B1EA 4ZSRA 2RSPA 3DOXA 3QRMA 3BGCA 3O9AA 1EBKC 1BWBA 1EPLE 1QBSA 4S1GA 1YM4A 4J0ZA 1HEGE 4FLGA 4I12A 4ZIPA 2F8GA 1Z1HA 4Y4DA 2ZJLA 1HVCA 1GVXA 3BUFA 4U7VA 5P40A 5P8HA 4KE1A 2NPHA 2V00A 1MT7A 2VS2A 3FNUA 2P8HA 1MUIA 5P4AA 5CONA 4J1CA 5KQXA 1CZIE 5P15A 1FQ5A 3VSXA 5P0WA 5P3YA 3R4BA 1PPME 5I3WA 5P2SA 5P1TA 3UQPA 1DPJA 5IVTA 5OYTA 5FIVA 4QLHA 3NDUA 2QHZA 3QS1A 4Y39A 4CMSA 2OHNA 2NNPA 3T6IA 2VIZA 4FSLA 5P4XA 2PK6A 5P2NA 1BAIA 2VA6A 1TW7A 2AOJA 2P3BA 3GI5A 2HB4A 4DJVA 4Y3EA 1EBZA 2WL0A 5HDVA 4RCFA 1D4YA 4RROA 2IEOA 4F74A 4Y4ZA 1BXOA 1LF2A 3EKTA 5P41A 3NWQA 1HVLA 3PCWA 1KJGA 1SMRA 4Y57A 5P19A 3S54A 3O9DA 3U71A 5OYUA 3M9FA 5P7VA 3SA6A 3PVKA 1QBUA 2I4WA 3HVPA 4GJBA 4ZPFA 1YTHA 1D4KA 9HVPA 5P6EA 4YCTA 5P4YA 4EP2A 3PJ6A 1SMEA 3WZ7A 3SM1A 3BXRA 1FMUA 1G2KA 5P3UA 3ZPUA 4FS4A 5P7MA 4N00A 4U8WA 5DQ2A 5P8TA 3OUCA 3QIHA 2O4NA 5P1DA 5P1LA 1HOSA 5P1HA 3L5BA 4Y3YA 3NU6A 3KMYA 4HDPA 1ZPAA 3UCBA 3UQRA 5P50A 3TNEA 4U7QA 5AHBA 2NNKA 5P1QA 5P7ZA 3KFSA 1KJHA 4UPJA 1HTGA 4B70A 3QP0A 1AM5A 5P0ZA 2AVQA 5HTZA 4EHCA 1WBMA 4FIVA 2QK5A 5SZ9A 2Q15A 4FRJA 3D1ZA 4YD4A 2FDDA 4DI2A 1HVKA 1FMXA 5KR1A 2QMPA 4YBIA 5P7HA 4Y5BA 3UQWA 5P4QA 3LIXA 1K1UA 4I10A 5P89A 2HB2A 1HEFE 4DJRA 4EPJA 1M4HA 4PPHA 1QS8A 3PLDA 5P2WA 4QJ2A 3O9CA 2QI5A 3KMXA 3KF0A 3UQXA 1BDQA 4OBKA 2OHKA 3VFAA 5P45A 5P6OA 3O9IA 2V0ZC 1ZSFA 3Q5HA 3O9EA 5P0DA 5P22A 3T7PA 4DQCA 4B1CA 1BV7A 3ZPSA 2CENA 1MT8A 3AIDA 4HVPA 3F9QA 4MC9A 5P1EA 5P44A 4WY6A 4YCKA 5P4PA 2JE4A 2WF4A 1LV1A 3ZL7A 4XX4A 5P0IA 4Y3FA 3EM6A 5OYWA 3K5CA 2FGUA 3TOGA 2ZHTA 3OUDB 3L59A 4Y5EA 3KFNA 5P18A 5P1JA 5KOQA 4EP3A 2ZE1A 4I0FA 5P3QA 3WZ6A 3NU9A 2CEMA 3T11A 4LC7A 5P3MA 1NPWA 1HIHA 4DQBA 1EPPE 3QPJA 1ENTE 2HAHA 1HVSA 3ER3E 5SXNA 2QMFA 5KQFA 2Q11A 2BJUA 4H3FA 4ZSMA 5P6CA 4OBZB 4TRZA 3SA5A 2V10C 3TH9A 2QZKA 2FDPA 5P1UA 3PCZA 3VCMA 3QI1A 4J1KA 4AZYA 5DR3A 5P4MA 2V16C 4R95A 3KDBA 1FQ4A 5KR2A 5P3EA 1F7AA 2QU3A 1YX9A 5P0AA 4ZSPA 4COEA 5P83A 4J54A 2RKFA 5P66A 4BEKA 4GJ9A 5P7IA 4DJXA 3NU4A 5P8EA 3RU1A 1XN3A 3SM2A 4H3JA 3SKFA 1META 2G1OA 3T3CA 5P5WA 1SIVA 5DGUA 5DQ4A 3UF3A 5KAOA 3RTHA 5P6YA 3MSKA 5P2HA 3PWMA 1UPJA 5P17A 1Z1RA 3SQFA 1LF4A 5IVRA 3ECGA 1B11A 5P6SA 4X7IA 1DMPA 1BDRA 5P6TA 5ENMA 2B8LA 4GJ8A 2F3FA 4FM7A 5C9DA 3FNSA 1BBSA 3UDQA 2I4UA 4FM8A 2ZYEA 2ER6E 1GKTA 3EL4A 4NJTA 3R0YA 1GVTA 1SH9A 3OADA 5P5KA 5P1KA 3VV8A 2PC0A 3SKGA 2WF2A 5T4SA 3UFLA 3QRSA 3SA3A 3DUYA 5OZDA 4R5NA 4Y3NA 2MIPA 2B8VA 3IXJA 5OZYA 4Y5KA 2QU2A 5P80A 4RLDA 2ER7E 1D4IA 3OU4A 3OU1A 5HVPA 2Q5KA 4BELA 5CLMA 5P38A 2QHYA 1LYBB 3Q4BA 4M8XA 5DGWA 5P35A 1T7JA 5OZRA 1HBVA 4Z50A 2ZGAA 2QI1A 1T6EX 1C6XA 5P56A 5P7UA 3OY4A 4CKUA 3KT5A 4TRWA 4RGHA 5P1MA 2AOHA 3S43B 3ZKSA 5P57A 4JP9A 4Y3JA 1GVUA 2UXZA 1G35A 3PBZA 5P6FA 4J17A 5P36A 5P7BA 4HLAA 1TQFA 5P2QA 1NH0A 5P48A 5P7RA 3SA9A 3D1YA 3DCKA 5OZQA 5P5OA 4EXGA 3HD8A 5P08A 5OYYA 3URLA 1ODWA 4RRSA 3PWWA 2AZ9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AZB A;  1FQ8 A;  5P8K A;  2R5Q A;  3SAC A;  4ER1 E;  1E80 E;  5P7W A;  4Y41 A;  5P8G A;  5P8N A;  3QVI A;  1FGC C;  2SAM A;  2BB9 A;  3EKW A;  4AMT A;  1FFF C;  4RYG A;  5P3G A;  5P5S A;  5P7L A;  5P8S A;  2QD7 A;  3EKV A;  1QBT A;  3INE A;  5P7Q A;  1K2B A;  3ST5 A;  4FAF A;  5P2J A;  1SBG A;  4CPX A;  3VF5 A;  4ER4 E;  3OQA A;  5OZ4 A;  5P5J A;  1SDU A;  3ZKN A;  5P0S A;  2G22 A;  4K4P A;  5P0T A;  5P47 A;  5C9B A;  5OYS A;  5P4N A;  3QAA A;  1AAQ A;  4QJ6 A;  3LPK A;  3SPK A;  5P81 A;  3ZKX A;  3WSJ A;  2G1R A;  1TZS A;  4YDG A;  2R43 A;  4CPR A;  2ER0 E;  3LIZ A;  5P7T A;  2O4L A;  3S85 A;  4QGI A;  4OD9 A;  5P3N A;  4GJA A;  5P3D A;  3QBH A;  4F76 A;  7HVP A;  3I2L A;  1BVG A;  4RRN A;  4HZT A;  5P77 A;  4Y3H A;  3CMS A;  3VYD A;  5P7G A;  1K6P A;  1ZBG A;  5P1I A;  3BUH A;  4L1A A;  5P29 A;  2I4D A;  3FX5 A;  5OZ7 A;  5ENK A;  1XN2 A;  1HVR A;  5P4O A;  3OOT A;  5BS4 A;  5P6W A;  5P6L A;  2VJ9 A;  3LIY A;  5P8L A;  1HXB A;  3AUP A;  3LZS A;  3S8I A;  4RVI A;  1APU E;  2XFK A;  4Y5L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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