4DQHA

Crystal structure of (r14c/e65c) hiv-1 protease in complex with drv
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTICIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIICIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Wild-type HIV-1 protease dimer
publication title Hydrophobic core flexibility modulates enzyme activity in HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dqhA00
3NU4A 5P5LA 5P3HA 1BDQA 5P8AA 5IE1A 1GVXA 5JFUA 2WF3A 3R1GB 3EL9A 5AHBA 5DR3A 3CIBA 2QZWA 1EPNE 4M8YA 1IZHA 1FMUA 2F3EA 2HPEA 2WF4A 5DR7A 3OTYA 3CKTA 1DIFA 4JECA 1QBUA 3LIZA 5P10A 3WB4A 5P3EA 4ACXA 4FRKA 3FSMA 5P86A 5OZNA 5HDUA 4GZFA 4GMIA 3BGCA 1T6GA 4HLAA 4Q1YA 5P7RA 3SACA 5JG1A 5P3UA 1APTE 5EZZA 1HVIA 3OAGB 5P5OA 5P3VA 5P8RA 4IVSA 5OZ8A 2AZ9A 5P33A 3TOGA 3H0BA 2ZHRA 5P4PA 5EZXA 5P3FA 3INHA 2HB3A 3KN0A 4L7JA 1W6HA 1KJHA 2VNNA 4COEA 1A9MA 3SA8A 5P5MA 1IBQA 3TL9A 4Y3MA 5P4JA 3LIVA 2G21A 2WHHA 1QRPE 5I3XA 3O9BA 5P6OA 5P0QA 2ZYEA 4H3JA 2QI3A 3OADA 3PCWA 1HPOA 2G27A 2ZJKA 4K4QA 5OZRA 4Y5KA 2AVQA 3VLBA 5FIVA 4D89A 3ZPTA 4I0GA 3NR6A 2R3WA 5P1QA 5P57A 3IXKA 4LL3A 5P6WA 5P64A 4R8YA 2IKOA 3KFPA 2NXMA 3EL5A 2QD8A 4CPXA 1DAZC 4E43A 3VYFA 3BXSA 4J1KA 1E80E 3ST5A 3DV1A 3B7VA 5P73A 5P35A 3FNUA 3I2LA 5P56A 3EM3A 3IGBA 5P24A 2O40A 3D3TA 2IRZA 5DR8A 4H3IA 2OHRA 1QS8A 3O9LB 4ZSRA 3NXEA 4J0YA 3RSVA 2OHQA 2AOCA 1B5FB 1HIHA 3ZKIA 5DQ1A 2R8NA 3D1XA 2WECA 5P11A 4HDBA 1SMEA 5OZ4A 2NR6A 5P5YA 4M8XA 5OZGA 5P71A 1MT7A 4I0DA 1TCXA 2NMZA 4Y9WA 2PK6A 1PFZA 3BUFA 5BWYA 3K5FA 5B18A 4LXAA 5ENMA 5P4FA 3Q5HA 2QU3A 3PLLA 4I0ZA 5P1ZA 4J17A 2G20A 5OZ1A 1SIVA 4I0HA 1K6VA 1FMBA 1ENTE 1XN3A 4YCYA 4Y3SA 1LYWA 2UXZA 3IA9A 6FIVA 2RKFA 2IS0A 5KQFA 5IVQA 4GJ6A 1HVCA 2FIVA 1BDRA 5P1IA 5P8KA 3SA6A 3O9IA 2FNTA 5P6TA 5P31A 3N3IA 2AOFA 5P7TA 2I1AA 3JVYA 2I4XA 5P58A 5KQZA 3EBZA 1FQ5A 3VF3A 3L3AA 3ER3E 4ZPEA 5DQ2A 3VFBA 4NJVA 1HVRA 4YBIA 4DV9A 5P28A 3L59A 5P06A 4L6BA 3ZKQA 1B11A 5P6CA 4CMSA 2QCIA 1ZP8A 1K6CA 4FRSA 5OZSA 2P3CA 5C9DA 5DGUA 1FG6C 4WY1A 3QRVA 4Y38A 5P4TA 4J1CA 3TKWA 5P2BA 4Q1XA 5P4BA 5E5JA 4A4QA 1ZSFA 1APVE 5P25A 1HIIA 3PBZA 3OXVA 1TZSA 4GJDA 5P6YA 3KDCA 5P8OA 1MSMA 4APRE 5OYRA 3H5BA 4Y5GA 3R4BA 1FQ6A 4R92A 4QJ9A 5P0DA 2XYFA 2BKSA 3EL1A 5P4XA 1T7JA 1TSQA 3OXXA 2OHMA 4RLDA 4YD3A 1AM5A 2BKTA 2Q55A 4HDPA 5P6EA 4Y4UA 5P8BA 1NH0A 5P5XA 3OU4A 5AHAA 4FGXA 2QI1A 3PEPA 2PYNA 3HVGA 2V10C 3WZ7A 5P1VA 5P4AA 3EM6A 5P2UA 4HE9A 2AVOA 1PROA 1M43A 2HB4A 4DJOA 4DJQA 5P3ZA 3OXCA 3OTSA 4OD9A 5JFPA 5OZOA 3L5FA 5P2FA 3INDA 4R95A 4EXHA 3UF3A 5P0AA 4B77A 5P1XA 2QNPA 2FGUA 2ZE1A 5E5KA 1YT9A 4Y5NA 5P0MA 3R0WA 5P36A 5P6JA 4Y3FA 4LP9A 5P3MA 2OHUA 5P15A 4Y5PA 1RPIA 2QI6A 5P4KA 3IN4A 4TVHA 4YBFA 4FAEA 9HVPA 5P5HA 3S54A 3NXNA 5P2YA 5P7YA 5P0XA 5P0TA 5P5VA 2A1EA 2VJ7A 1HOSA 1HVSA 2UY0A 3KFRA 5P7XA 1K1UA 2VA7A 1LYAB 3LNKA 3QROA 4HVPA 3S45A 3VV6A 5P53A 4Y4AA 5P6NA 1ODXA 1HHPA 1F34A 5P2WA 4J1HA 5P7KA 1LYBA 2PSUA 2Q11A 1G35A 5P7IA 1HVLA 4L7GA 3U71A 1HXBA 1WKRA 3VCMA 4J54A 4Z22A 3OOTA 3T11A 1CMSA 5OZ2A 5P16A 3IXJA 2ZGAA 5HDXA 1MESA 2AOJA 3NU6A 4L1AA 3ZKSA 3EC0A 5P85A 2Q5KA 2QI4A 4A6CA 2BPVA 2I4QA 1FB7A 5C9BA 3DCRA 4RCEA 5P45A 3BUGA 2QMFA 5OYYA 5P87A 2AZBA 5P8LA 5APRE 3M9FA 3UTLA 1MERA 1C6YA 5P26A 1OHRA 3N4LA 5P72A 1HTFA 5P8FA 5P7FA 4RVXA 5P3RA 5OZVA 4U7QA 3C9XA 5OYUA 5P0GA 1FQ8A 2A4FA 1BIMA 3KA2A 3ZOVA 4Y3NA 4FM6A 1C6ZA 3CICA 1XL2A 4I11A 1HPVA 3L58A 4LXMA 5IS4A 1PPLE 1GVVA 2WEZA 2IENA 3RSXA 2FMBA 3NDTA 5OZ6A 2QNNA 5P2TA 4QJ2A 4B72A 3NDXA 5P46A 3CMSA 5COOA 3S43A 5P89A 1HBVA 3PSYA 4F74A 2AOHA 3K5DA 2JYSA 1W5XA 3LITA 5OZCA 2WF2A 2UPJA 5P3BA 1OEWA 3VLAA 4ZLSA 3TPPA 4CPTA 4DFGA 1FKNA 1U8GA 4ZPFA 1A8GA 5P63A 2B7ZA 5P3AA 1Z1RA 5P5EA 3OQ7A 5P0HA 4JPEA 3URJA 4JOOA 4B00A 5P1MA 3U7SA 5KR2A 3UDRA 1PSOE 4YD4A 3S7LA 1G0VA 4EP3A 3OQKA 2QAKA 1FQ7A 3UDJA 1KJFA 1G6LA 2FDPA 2R5PA 3GGAA 5P2VA 3ER5E 4U8WA 5P5AA 4RVJA 1WBMA 2PMAA 5OZMA 2HAHA 5P6IA 3BRAA 2FXDA 5P1DA 4EJKA 4Y4XA 5AH6A 1C6XA 1EC2A 2WL0A 1XDHA 4Y58A 4FS4A 1E5OE 1E82E 2P3DA 5P0OA 5KQXA 1Z1HA 4FSEA 4B70A 2R5QA 4K4PA 5P52A 5P37A 5P03A 4YD7A 5OZPA 3D20A 2VJ6A 3VEUA 5OZ9A 5P8CA 2ER6E 4Y35A 5P8IA 3GI6A 3KT5A 2VS2A 3SO9A 1LEEA 2ASIA 3DOXA 1T7KA 3ZKGA 5P8VA 4Y3YA 5HD0A 3CYWA 4GJ7A 2PYMA 5OZLA 4RYGA 3KYRA 3K5GA 4YCKA 3ZL7A 2FDEA 3VFAA 5P81A 3OHFA 3FNSA 4CPRA 2G94A 5P8TA 1A8KA 1B6KA 1AZ5A 1IDBA 4Y3JA 5P1PA 1FGCC 2ZJLA 5P1CA 3ZPSA 3OXWA 1MTRA 2MIPA 4JP9A 3SPKA 3OAGA 3IAWA 2P3BB 2B8VA 5P7GA 3BVBA 3MWSA 5F01A 2R3TA 1HVJA 1AAQA 2BQVA 2EWYA 5OZZA 2V16C 3IVIA 4AA9A 3MXEA 5P7LA 3OU3A 5P7MA 5P19A 4YD5A 3UPJA 1YTJA 5P48A 1MUIA 3VYDA 2BJUA 1BVEA 3T7XA 3MSKA 2BPWA 5P4LA 1M4HA 1MEUA 2NPHA 2HPFA 4FLGA 2QHYA 4Y4GA 1BBSA 5P07A 3Q3TA 2CEJA 4H1EA 5P0SA 2HIZA 4DJYA 4ZEAA 4PEPA 5P4RA 1BWBA 5HDZA 3PMUA 5P7VA 4Y45A 4EYRA 2ZJMA 1EBZA 1NPAA 1ZPKA 3EKQA 5P3SA 5P0YA 4ZSPA 2Q15A 3MSLA 3D91A 3CYXA 3S85A 3ZKXA 5P4QA 1D4LA 3JVWA 4LBTA 3K4VA 5OYVA 3SABA 1HTRB 4Q1NA 1ME6A 3SM2A 5P61A 4N00A 3NU3A 7HVPA 3NWXA 2AOIA 3O9HA 5DR4A 1T3RA 5P3OA 3OHHA 5HTZA 3UHLA 5P5WA 5COKA 1J71A 2VKMA 3WZ6A 3EKPA 5AH7A 2P3AA 3I6OA 2VIEA 4I12A 2RKGA 3O9LA 2QK5A 1APUE 3NUJA 5P6AA 1B5FA 5OZ7A 1BVGA 4YOAA 1BWAA 5P47A 2G1OA 5P00A 2Q54A 5P8GA 5P4MA 4B1CA 2F81A 5OZEA 1MVPA 2QI5A 1TQFA 3EKXA 5P4NA 1LV1A 5AGZA 1UH7A 5OZWA 2R43A 3KT2A 3OADB 3LHGA 3OUCA 5KOQA 4YDFA 2HS2A 5P5BA 4J0ZA 3T7QA 3SA3A 3BC4A 3OOZA 4PPHA 2OHNA 5P3WA 3AUPA 5P5ZA 4Y3GA 5P7ZA 3KMYA 4UPJA 5P60A 5P0RA 4GJCA 1EPRE 3OWNA 1GVWA 4DQEA 5P1UA 2P83A 4FIVA 2NTRA 5P6LA 3TOFA 3UDMA 1AXAA 5P1RA 1YM2A 3VSXA 2IGXA 5OZDA 5P2HA 5P0NA 3EKVA 4Y3EA 4MC1A 3EM4A 3UDNA 3VYEA 2Z54A 2B60A 5P29A 5P04A 3OUAA 4GJBA 2NNPA 4RROA 1NSOA 3OGQA 4TRYA 3LPJA 4Y41A 5P7OA 1JLDA 5P2OA 5P6BA 4GJAA 5P4EA 3D1ZA 5P17A 2PH6A 1KJ4A 3HLOA 1KJ7A 5P70A 2QI7A 5P69A 2V0ZC 4RRSA 2J9KA 4OBZA 5P2KA 5KR8A 3KMXA 2HB2A 3NYGA 1HWRA 4Y39A 1LS5A 2RSPA 3PI5A 4NPTA 1ZTZA 4OBFA 4Y3PA 5I70A 5P78A 2XFJA 5P7JA 5P4SA 3QPJA 1RV7A 5P3XA 1C70A 3VF7A 5P3KA 2WKZA 1BDLA 3Q6YA 4I0JA 2PK5A 1LYWB 5P0PA 5P6VA 2AVVA 5P0ZA 5COPA 3APPA 4GIDA 4YHQA 3VV8A 1Z8CA 4TVGA 3OQFA 4K4RA 1FMXA 1EPPE 4K9HA 2ER7E 5P34A 1GVTA 1QDMA 4RCDA 1ER8E 5P0CA 1T7IA 5P4HA 3GGUA 3QIHA 3ZKMA 2VIJA 5P77A 5PEPA 5AH8A 5P65A 3NUOA 3OU1B 1HXWA 3UQRA 5P02A 3IXOA 5P1BA 2O4SA 5P3NA 5DQCA 5P4GA 4B78A 1EC3A 5P39A 5P44A 3NLSA 5P3YA 3O9DA 4Z4XA 4Y5CA 5P2GA 3EKWA 5UPJA 3G6ZA 3LZUA 3TH9A 3UDKA 2QMDA 2QHZA 4DQFA 4GJ8A 4WY6A 1G2KA 3O9AA 4Y50A 1LYAA 3UDPA 4Y4EA 3OUBA 3QVCA 4FSLA 3INFA 5KR0A 5ENKA 2ZJNA 3PSGA 3TPJA 5P7SA 4RYCA 2QZKA 4YE3A 5P5GA 2O4LA 3WSJA 4FL8A 4RZ1A 4D85A 3S56A 5P5UA 3EXOA 3LZVA 4J0PA 1EC1A 4ACUA 1MSNA 3QS1A 3OU4B 1SIPA 1SP5A 2NXDA 3GGVA 4L7HA 4EPJA 5P1HA 1W6IA 2I4UA 1GVUA 4OD9B 3CIDA 1IVQA 1YTIA 4XX3A 4J1FA 1SDVA 5F00A 4S1GA 1D4KA 1XL5A 5P0JA 4AUCA 2OHTA 3DM6A 4Y3DA 4OC6A 1TCWA 5DQ5A 4GB2A 1BV9A 1YTGA 2IEOA 5HE4A 5P4CA 1OEXA 3I8WA 3QBFA 3DUYA 2AOGA 4AA8A 3PWRA 3LZSA 4BFDA 1HEFE 3OUDA 2Z4OA 1META 1VIJA 4X2LA 5OZUA 3KF0A 3OQAA 4NPUA 4EWOA 5P40A 4ER2E 4NJUA 5OZ3A 3EL4A 5P66A 5OYZA 4RCFA 5P30A 1QBSA 1DP5A 4Q1WA 3SKGA 5P7NA 3INEA 5P38A 4D83A 3JW2A 4HEGA 4R91A 4NJTA 4DUSA 1LYBB 2VNMA 1ODWA 1T6EX 5I3WA 4Y4TA 1EPOE 4QJAA 1EBKC 4DH6A 4BEKA 5P0BA 1FFIC 2ANLA 1YG9A 2NXLA 2G26A 4ZSQA 5P88A 2J9JA 4J1EA 3SAAA 1B6JA 1B6MA 3FV3A 5HU1A 4L1AB 1GNOA 4PYVA 1IZDA 1HIVA 3HAWA 5ISKA 3VUCA 4OBJA 1EAGA 1K2BA 4PZXA 2QI0A 1EPQE 4Y36A 3LZYA 3SA5A 2ZJIA 4CP7A 5P79A 1AJXA 2AQUA 4Y5LA 3D1YA 2F3FA 1LZQA 2O4KA 4ZE6A 5KAOA 2QD6A 3GGXA 3HBOA 1HPSA 1K6TA 5P6UA 5P2ZA 5P5QA 2BPZA 5DGWA 5OYWA 3FKTA 1NPVA 1W51A 2PSVA 3L5EA 1BAIA 1QBTA 1HTGA 5P55A 5P8MA 1YTHA 2H6SA 5P4DA 5OYQA 5P59A 5P68A 2JE4A 4XKXA 1KJGA 5JODA 3O9EA 4QJ8A 3VG1A 1BILA 4YD6A 5P50A 4Y5AA 5P67A 3EMYA 5I3YA 1FEJC 3L5DA 5P1TA 4LC7A 2I4DA 3PCZA 5P6ZA 4Y4JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NU4 A;  5P5L A;  5P3H A;  1BDQ A;  5P8A A;  5IE1 A;  1GVX A;  5JFU A;  2WF3 A;  3R1G B;  3EL9 A;  5AHB A;  5DR3 A;  3CIB A;  2QZW A;  1EPN E;  4M8Y A;  1IZH A;  1FMU A;  2F3E A;  2HPE A;  2WF4 A;  5DR7 A;  3OTY A;  3CKT A;  1DIF A;  4JEC A;  1QBU A;  3LIZ A;  5P10 A;  3WB4 A;  5P3E A;  4ACX A;  4FRK A;  3FSM A;  5P86 A;  5OZN A;  5HDU A;  4GZF A;  4GMI A;  3BGC A;  1T6G A;  4HLA A;  4Q1Y A;  5P7R A;  3SAC A;  5JG1 A;  5P3U A;  1APT E;  5EZZ A;  1HVI A;  3OAG B;  5P5O A;  5P3V A;  5P8R A;  4IVS A;  5OZ8 A;  2AZ9 A;  5P33 A;  3TOG A;  3H0B A;  2ZHR A;  5P4P A;  5EZX A;  5P3F A;  3INH A;  2HB3 A;  3KN0 A;  4L7J A;  1W6H A;  1KJH A;  2VNN A;  4COE A;  1A9M A;  3SA8 A;  5P5M A;  1IBQ A;  3TL9 A;  4Y3M A;  5P4J A;  3LIV A;  2G21 A;  2WHH A;  1QRP E;  5I3X A;  3O9B A;  5P6O A;  5P0Q A;  2ZYE A;  4H3J A;  2QI3 A;  3OAD A;  3PCW A;  1HPO A;  2G27 A;  2ZJK A;  4K4Q A;  5OZR A;  4Y5K A;  2AVQ A;  3VLB A;  5FIV A;  4D89 A;  3ZPT A;  4I0G A;  3NR6 A;  2R3W A;  5P1Q A;  5P57 A;  3IXK A;  4LL3 A;  5P6W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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