4DUSA

Structure of bace-1 (beta-secretase) in complex with n-((2s,3r)-1-(4-fluorophenyl)-3-hydroxy-4-((6'-neopentyl-3',4'-dihydrospiro[cyclobutane-1,2'-pyrano[2,3-b]pyridin]-4'-yl)amino)butan-2-yl)acetamide
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
387
structure length
365
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A Potent and Orally Efficacious, Hydroxyethylamine-Based Inhibitor of beta-Secretase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 91
structure length 365
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dusA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dusA02
4PZXA 5CLMA 4Y3WA 3WZ7A 3RTHA 1NSOA 4EQ0A 4LAPA 3INFA 4RROA 4H3FA 1W6IA 4IVSA 4CP7A 1BXQA 3FX5A 2WF2A 5P5YA 5P83A 4YCKA 5P47A 5OZOA 3EXOA 1W5YA 4Q1NA 3RVIA 5P18A 3I8WA 2HC0A 2G1YA 4LC7A 4APRE 1HVLA 2IGXA 3ZL7A 5P0VA 1WBMA 4IVTA 5P1JA 3OOTA 2O4SA 4QJ2A 2B7FA 3PMUA 4RVXA 1BXOA 5P5CA 5DR8A 4DUSA 3MXDA 1YT9A 5P8UA 3CYXA 5OZQA 5ISKA 1E80E 5J25A 2B42A 2R8NA 3PLLA 2ZJKA 3K5CA 1B6PA 3UQPA 1MSNA 2I4XA 4MC2A 1LZQA 4H1EA 5IVTA 4APEA 5AHCA 3S43B 5P4MA 1G6LA 5OZFA 5P1KA 5P6GA 5P6DA 1T7IA 3JVWA 4CPQA 1QBRA 1XL2A 3SA6A 4L1AB 1MT7A 5P7PA 3RSVA 1WKRA 1OD1A 2FLEA 1VIKA 2WF1A 3GGXA 5P36A 5P2SA 4D88A 1AAQA 1EPRE 5P1LA 1LS5A 3GI4A 4HDBA 3I25A 5I70A 4Y35A 5OZKA 3HLOA 2VIJA 4DJPA 5P67A 3INEA 1VIJA 3D1ZA 3NWQA 4HVPA 5P5BA 3ZKIA 2I4DA 4YD7A 5P2ZA 3EM4A 2VS2A 5P4EA 1HRNA 4Y9WA 5P1AA 5E5KA 1ER8E 5P3WA 5C9FA 5P6UA 3DM6A 2BKTA 3LIQA 5SY3A 3RTNA 3SQFA 1LF3A 5P28A 5P2FA 4YOAA 4B1DA 5DR3A 3PSUA 3LIZA 5P57A 5P49A 1HTEA 4FAEA 2IENA 2P3BB 3UDPA 4Y48A 4DPIA 2QI0A 1ENTE 4Y37A 5P2XA 2AVMA 1HVRA 3SFCA 3EL4A 5P69A 1IDAA 3NXEA 5P5TA 5OZJA 2OHLA 4GJBA 3KMYA 5P7BA 2XYEA 1G2KA 3LPKA 5P0SA 5P1HA 5I3VA 2ZJIA 5P4PA 3KFRA 3N4LA 1W5VA 1M0BA 5P0BA 5P4RA 3EKTA 5HE5A 1IZHA 2WECA 5DQ5A 3UCBA 2XFIA 2FMBA 3GI6A 4YD6A 4Y3LA 1XS7D 4H3GA 4EYRA 2RENA 2V0ZC 5KQYA 5P0AA 3TTPA 5P7GA 5DPZA 3TOFA 1FIVA 5P7OA 5OYXA 2Q63A 4DJVA 6FIVA 5P5MA 4Y44A 5OZPA 1HVKA 3O9AA 3EC0A 3T3CA 5OYUA 5OYQA 4HLAA 5P09A 4FL8A 3O9CA 1QBSA 3OXVA 2QI3A 4Y3AA 3BUFA 2Z54A 3KF0A 2ANLA 5P1EA 5ENMA 3OADA 3PMYA 3WSJA 2G22A 1W51A 4D83A 3L5CA 4JOOA 5P5ZA 2P3DA 5P7JA 2AOIA 5P8KA 2F3KA 1M43A 3MWSA 5OZUA 3EM6A 1HOSA 3PWMA 2G1OA 2WHHA 1EPPE 1LYAA 1ZTZA 3S45A 2QU3A 1PSAA 5OZLA 3ZOVA 5P2BA 2PYNA 4NJVA 3CKRA 2QNPA 2ZJJA 4I0EA 4DI2A 1NPWA 3GGAA 3T7XA 3NU3A 5P1YA 1DAZC 3VF7A 2G26A 2G21A 3S56A 2HAHA 3QP0A 3LHGA 4PYVA 3O9BA 4ACXA 3OXXA 4Y3RA 4LBTA 5P2EA 3SA7A 5T4SA 4DV9A 4Y5BA 1OHRA 2VNMA 3O99A 5ER1E 3OAGA 4RCFA 2P4JA 3HW1A 2NNKA 3CICA 5P86A 3O9DA 3PM4A 2OHKA 1AXAA 5OZ8A 2PMAA 2F81A 3RSXA 3BRAA 4LXAA 5P63A 5HD0A 1YG9A 5P8CA 5P5AA 4EPJA 5P0FA 1FQ6A 1KJ4A 2NPHA 4OC6B 1KJFA 3SACA 2OHNA 4Y5NA 1IIQA 4QJ6A 5P1VA 1IZIA 4F75A 5P85A 5COPA 1LYAB 1HVHA 1JLDA 4K9HA 3Q3TA 4Y5GA 3VV7A 3LPIA 5P6CA 3ZKSA 1K2BA 4QJ7A 5P0CA 4X7IA 4NPTA 4H3IA 3TOHA 5P4UA 5P7XA 5P8TA 1NH0A 2RMPA 1D4HA 1AM5A 4GJAA 5F00A 3IXJA 5P01A 2JE4A 4Y3PA 4Y5AA 5P3XA 1FB7A 3OQFA 4EHCA 3U7SA 4Y4GA 5OYZA 3OQAA 2NXLA 1EPNE 1AVFA 3OUBA 3OOZA 1A8GA 1IVPA 2BPXA 5P8EA 2QI1A 3M9FA 1KJGA 4CPRA 3SA8A 3KA2A 1GNOA 2VJ9A 4DVFA 1EBKC 1MEUA 1QDMA 5P5DA 5P89A 1YTJA 2FDEA 5HTZA 2QZXA 3Q5HA 1T7KA 1TQFA 1ODYA 1HPVA 5P80A 3VUCA 3TPRA 3UPJA 1B6LA 1IZDA 5P13A 4FRIA 5P72A 2IQGA 1W5WA 4Y58A 5P2IA 2ZGAA 2AOCA 2FNTA 1ZJ7A 5P8NA 5IS4A 5P3VA 3TPLA 5P0TA 3LINA 2PK6A 3D20A 3SAAA 1HSIA 3UQXA 5P7ZA 4YBIA 5I3YA 5P1QA 5C9BA 5P3SA 4NJTA 2VA6A 3T7PA 4Y4WA 4I0HA 4Y4TA 5P4ZA 3HBOA 4Y38A 3SKFA 4AA9A 1UH9A 5P54A 5P5UA 1TZSA 4ZSPA 5P02A 1A8KA 3EKWA 1MUIA 5P7IA 3PVKA 1HXBA 4FM8A 5OYSA 4GZFA 1QRPE 2NMZA 5DQ4A 4B72A 4Y3MA 4RVIA 1EC3A 3GGUA 3NSHA 3CKTA 1BV9A 1F34A 2OAHA 2BPWA 3CIDA 5OZ6A 1K2CA 4Y3DA 5P4YA 4OD9A 3TKWA 2VJ6A 4Y5KA 6UPJA 3DCRA 3HAUA 4Y54A 5ISJA 2WEBA 2QHCA 3EL9A 4H3JA 1ZLFA 4M8YA 2PSGA 3K1WA 5DQ2A 3S7MA 3QBHA 3MXEA 5P1MA 5P3FA 4TVGA 5P7VA 5I3XA 1ZSRA 5P1WA 4CPUA 5P87A 2QZKA 4DFGA 4YE3A 1GVVA 3S54A 7HVPA 5P0MA 3BHEA 3PI0A 5P74A 4R91A 1B5FA 5P26A 2QHYA 2OHSA 4KB9A 3VCMA 1BDRA 5P1PA 4B05A 4OBZB 5P75A 4Y3QA 5P5QA 4PHVA 1K1TA 1SDTA 5P6TA 4R5NA 1N49A 5COOA 5DGWA 5P6PA 1MSMA 1LYWB 3KYRA 1SP5A 5P4XA 5P4NA 5P3ZA 3ST5A 3IN3A 3O9EA 5P33A 5P1UA 3SM2A 3NU5A 2ZE1A 5P0HA 2QMFA 5P4QA 1ODWA 5P6IA 5P04A 4COEA 3OU4B 4ER1E 3LZUA 1IVQA 1OEWA 5P6RA 3ZKGA 4HE9A 1KJ7A 5P2JA 1BWAA 2QD8A 2BB9A 5P2VA 3AIDA 2FXDA 2QMDA 4YBFA 4ZSQA 1FFIC 3ZKXA 3LZVA 3KFNA 1MVPA 1WBKA 3PBDA 3L5BA 3NDTA 4Y47A 3LZYA 4DQHA 3EBZA 5P2HA 5P3CA 2OHPA 2AVQA 4AZYA 3O9LB 3MSJA 5P2CA 3PB5A 2JXRA 5CONA 2G20A 5P0YA 3VFBA 5P5IA 4Y56A 2I0DA 3PSYA 2BPZA 5P5OA 3EL1A 3PCWA 3D1XA 3FV3A 1GVXA 4ZLSA 4DPFA 5IE1A 2IRZA 2AOJA 2J9JB 5P10A 3UFLA 1GVWA 4DQCA 4DQFA 3SA4A 5P2RA 5P53A 5AHBA 2B7ZA 5P0LA 1ZSFA 1E82E 2Q54A 4U8WA 2WF4A 1YX9A 3QAAA 5AH8A 3KN0A 1ZPKA 3G72A 4FGXA 5OZIA 5P2OA 5P1SA 5BS4A 5HE4A 5P1IA 3SLZA 5COKA 5P6HA 5P0XA 2FNSA 2R3WA 1B11A 5P8FA 2UY0A 5HU1A 1CZIE 3TH9A 2PSUA 3S2OA 1D4IA 5P8JA 3U71A 3OQ7A 5KOSA 3NXNA 4WY6A 1GNMA 1SIPA 2QNQA 3FKTA 5EZZA 2V11C 4ACUA 4DJXA 5P4AA 2IS0A 3SABA 5F01A 5DQCA 1RPIA 5IVRA 4Y3YA 1SBGA 3QIHA 1T6GA 4EXGA 3NU9A 5P6SA 2ZJHA 3WB4A 5P3TA 5OZ1A 5P4KA 2FS4A 4A6CA 4Q1YA 5P8LA 5APRE 5P3NA 2AVOA 3VSWA 4CPTA 5P5PA 2FXEA 4YCTA 4QLHA 5P81A 1HTFA 2I4QA 5B18A 5EZXA 4Y3GA 4J17A 2IL2A 1YM4A 1GNNA 3JW2A 3HZCA 4PPHA 2WKZA 4RGHA 2G1RA 5P5FA 4EJ8A 5P3EA 5P6EA 2JJJA 1DP5A 3PRSA 1LV1A 2PK5A 4KUPA 5HDZA 3ZKQA 3OTSA 5KR2A 5P0QA 1G0VA 1HPSA 4ER4E 4I10A 4EJLA 4RYGA 2QZWA 1DW6C 4X2LA 1K6CA 1EAGA 3UDQA 3TL9A 3VFAA 2QI6A 2ZYEA 2RKGA 1MTRA 4WTUA 3I7EA 5OZTA 3HVPA 4XKXA 4Y4DA 3LPJA 5UPJA 4BELA 4Y53A 3PJ6A 5P14A 3BUGA 5OZHA 2IDWA 1XN2A 5P0PA 1NPAA 4R93A 3FIVA 3PEPA 5DR7A 2H6TA 4MC9A 2O4KA 5P52A 2AZ8A 3LIYA 4YOBA 3UHLA 4EJDA 1MRWA 5P0IA 5P8PA 3HVGA 4Y4BA 4S1GA 4GJ6A 5P0RA 5AGZA 1DIFA 5P27A 4I8ZA 3K4VA 1EBZA 3PWWA 1HTRB 5P56A 4EP3A 1B6KA 1NPVA 5P3DA 1LYBA 1FKNA 2B60A 4RVJA 2QZLA 5OZ0A 4Y4XA 5P7YA 2HB2A 5PEPA 2PWRA 5P3RA 3QBFA 3PLDA 3HDKA 2O4NA 4I0GA 1HEGE 4XX3A 2OHUA 4OBDA 5P6JA 1ODXA 4NJUA 4OBJA 2BKSA 4FE6A 5C9DA 3EKVA 5P4CA 4B70A 3LZSA 4B77A 1FQ7A 3NU6A 2VKMA 5P3PA 1MT8A 5P3GA 3QPJA 3DK1A 2ER6E 2ZJMA 2RSPA 3L5EA 3UQWA 5P4BA 3VYEA 4J54A 3DCKA 1TSQA 5OZVA 4J0ZA 1UPJA 4YDGA 1BIMA 3K4VC 3G70A 2O4LA 2HS1A 4YD3A 1FQ5A 5P7MA 5OZ2A 5OZ9A 1PROA 3OXWA 1MT9A 5SZ9A 2VIYA 1XN3A 4FLGA 4B00A 2R38A 3Q4BA 1HSGA 5P2YA 1U8GA 4TVHA 5P06A 3VYFA 4K8SA 1HIHA 5P78A 4L7JA 4FRKA 4Y50A 4QGIA 1A30A 1HSHA 5OZ4A 3EL5A 1LYBB 5ENKA 3NDXA 4HDPA 3OADB 5P30A 5P4JA 3OUCA 5P17A 5P19A 5P16A 1BWBA 1T3RA 5P20A 2VIEA 1HIVA 3TNEA 4J1HA 5P6KA 1FMXA 2OHTA 5P2GA 1E5OE 2QNNA 2AVVA 5P68A 1K6VA 4GIDA 1AJXA 5P5XA 4Y5MA 4Z2ZA 1FQ4A 5E5JA 1YTIA 3ZLQA 5OYWA 3URJA 5P08A 3VF5A 5P6YA 3Q70A 2AOEA 3L5DA 1XE6A 3MSLA 2CENA 1BDQA 4QJ8A 6APRE 1RV7A 5P0OA 4D8CA 3ER5E 3TPPA 4YA8A 2B8LA 5P7UA 5HE7A 4KE0A 1LF2A 4LXMA 5P15A 3NYGA 3WZ6A 4OBGA 1D4JA 3KFSA 4YD5A 1HXWA 1BV7A 3RU1A 1EPLE 2FGUA 5P37A 1EBYA 4DJOA 1RQ9A 4I0ZA 3OAGB 5P8RA 1QS8A 5P4SA 2FDPA 1MTBA 2XYFA 2G1NA 2ZHSA 3LIXA 1IZEA 7UPJA 4GJ8A 5P1CA 4Y43A 3OUDA 1FFFC 4J1IA 2BBBA 5P44A 4GJ5A 3ZPUA 5P7CA 1F7AA 5P1FA 4DQEA 1TW7A 3IN4A 5P3JA 5P03A 3OU1A 1AZ5A 4Z22A 3SA5A 5OZ5A 5P2TA 1TCWA 5OZCA 1BAIA 1APVE 4F73A 2R43A 4Y4EA 1E81E 5P7DA 3NDUA 3EKXA 3DOXA 3TOGA 4OBHA 1EC2A 2AZBA 5OZSA 4NJSA 2XFKA 5P6VA 1YTGA 4J0PA 1EC0A 4Y4UA 3B80A 2HIZA 3UDJA 4ER2E 5P0EA 5KR0A 3HAWA 2PC0A 4Y4ZA 4AA8A 1FMUA 5JODA 3OHFA 4EWOA 4QJ9A 5DR4A 1MIQA 1MPPA 1UH7A 1C6ZA 5P3KA 4GJ7A 5P1ZA 2R5QA 3FSMA 4R8YA 3IVIA 1TSUA 3VEUA 4B0QA 2AOFA 4I0DA 5P7EA 1APUE 1META 3KDCA 1BVEA 1ZBGA 2I4WA 3R0YA 2IGYA 4OBKA 4U7VA 3IXKA 3T11A 1M4HA 5P2WA 2BJUA 1LEEA 1PFZA 4TRYA 5P3LA 1BVGA 3QS1A 2CEMA 2QCIA 1G35A 3PCZA 5P40A 2ZJLA 4Y4AA 3KM4A 2UPJA 5P77A 2QI4A 3VYDA 5P5GA 4PEPA 1FG8C 3BUHA 3UDHA 2ZHRA 4GJ9A 5DGUA 5OZEA 1FQ8A 4FM7A 4DJRA 3PWRA 4DQGA 4B1EA 4Y3ZA 4FSEA 3G6ZA 5HDVA 4OBFA 4CPXA 5P12A 2O40A 4FCOA 4YHQA 3BVAA 2QMGA 5P7NA 5P8OA 4J1FA 1K6PA 3OQDA 5P3HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4PZX A;  5CLM A;  4Y3W A;  3WZ7 A;  3RTH A;  1NSO A;  4EQ0 A;  4LAP A;  3INF A;  4RRO A;  4H3F A;  1W6I A;  4IVS A;  4CP7 A;  1BXQ A;  3FX5 A;  2WF2 A;  5P5Y A;  5P83 A;  4YCK A;  5P47 A;  5OZO A;  3EXO A;  1W5Y A;  4Q1N A;  3RVI A;  5P18 A;  3I8W A;  2HC0 A;  2G1Y A;  4LC7 A;  4APR E;  1HVL A;  2IGX A;  3ZL7 A;  5P0V A;  1WBM A;  4IVT A;  5P1J A;  3OOT A;  2O4S A;  4QJ2 A;  2B7F A;  3PMU A;  4RVX A;  1BXO A;  5P5C A;  5DR8 A;  4DUS A;  3MXD A;  1YT9 A;  5P8U A;  3CYX A;  5OZQ A;  5ISK A;  1E80 E;  5J25 A;  2B42 A;  2R8N A;  3PLL A;  2ZJK A;  3K5C A;  1B6P A;  3UQP A;  1MSN A;  2I4X A;  4MC2 A;  1LZQ A;  4H1E A;  5IVT A;  4APE A;  5AHC A;  3S43 B;  5P4M A;  1G6L A;  5OZF A;  5P1K A;  5P6G A;  5P6D A;  1T7I A;  3JVW A;  4CPQ A;  1QBR A;  1XL2 A;  3SA6 A;  4L1A B;  1MT7 A;  5P7P A;  3RSV A;  1WKR A;  1OD1 A;  2FLE A;  1VIK A;  2WF1 A;  3GGX A;  5P36 A;  5P2S A;  4D88 A;  1AAQ A;  1EPR E;  5P1L A;  1LS5 A;  3GI4 A;  4HDB A;  3I25 A;  5I70 A;  4Y35 A;  5OZK A;  3HLO A;  2VIJ A;  4DJP A;  5P67 A;  3INE A;  1VIJ A;  3D1Z A;  3NWQ A;  4HVP A;  5P5B A;  3ZKI A;  2I4D A;  4YD7 A;  5P2Z A;  3EM4 A;  2VS2 A;  5P4E A;  1HRN A;  4Y9W A;  5P1A A;  5E5K A;  1ER8 E;  5P3W A;  5C9F A;  5P6U A;  3DM6 A;  2BKT A;  3LIQ A;  5SY3 A;  3RTN A;  3SQF A;  1LF3 A;  5P28 A;  5P2F A;  4YOA A;  4B1D A;  5DR3 A;  3PSU A;  3LIZ A;  5P57 A;  5P49 A;  1HTE A;  4FAE A;  2IEN A;  2P3B B;  3UDP A;  4Y48 A;  4DPI A;  2QI0 A;  1ENT E;  4Y37 A;  5P2X A;  2AVM A;  1HVR A;  3SFC A;  3EL4 A;  5P69 A;  1IDA A;  3NXE A;  5P5T A;  5OZJ A;  2OHL A;  4GJB A;  3KMY A;  5P7B A;  2XYE A;  1G2K A;  3LPK A;  5P0S A;  5P1H A;  5I3V A;  2ZJI A;  5P4P A;  3KFR A;  3N4L A;  1W5V A;  1M0B A;  5P0B A;  5P4R A;  3EKT A;  5HE5 A;  1IZH A;  2WEC A;  5DQ5 A;  3UCB A;  2XFI A;  2FMB A;  3GI6 A;  4YD6 A;  4Y3L A;  1XS7 D;  4H3G A;  4EYR A;  2REN A;  2V0Z C;  5KQY A;  5P0A A;  3TTP A;  5P7G A;  5DPZ A;  3TOF A;  1FIV A;  5P7O A;  5OYX A;  2Q63 A;  4DJV A;  6FIV A;  5P5M A;  4Y44 A;  5OZP A;  1HVK A;  3O9A A;  3EC0 A;  3T3C A;  5OYU A;  5OYQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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