4E43A

Hiv protease (pr) dimer with acetate in exo site and peptide in active site
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based screen against HIV protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4e43A00
5P7PA 5P60A 5OZTA 4OC6A 4GB2A 3OQKA 3OUBA 4OD9A 5HDXA 5P4OA 3UQXA 5P7VA 1RL8A 5P4ZA 1YT9A 3PWWA 5OZ3A 1F7AA 3S53A 3G6ZA 1FKNA 5P4LA 3PSGA 5P1QA 1CPIA 3EBZA 1XL5A 3L38A 5KQYA 4I12A 3R0YA 4Y54A 3QRMA 3BGCA 5P49A 2OHKA 2VA6A 5ISJA 1BXOA 4Y3WA 3RTHA 5P1BA 4OBHA 3URJA 3PBDA 3ZKIA 4CMSA 2FMBA 3OWNA 1T3RA 2VIEA 3VFAA 5FIVA 2QAKA 4X2LA 4ZPGA 3ZKSA 1KZKA 4DJXA 4B05A 4MC2A 5COOA 3VUCA 1A9MA 4NPUA 1BIMA 5P8MA 5KR0A 5P68A 3LIZA 4Y36A 3PRSA 1RV7A 5P66A 2I0AA 1MTBA 5P1EA 5P3KA 1DW6C 5P8EA 3BC4A 2XFIA 4YCTA 1C6ZA 4MC6A 3PVKA 2QMGA 1IZIA 3OUAA 3EKPA 5P7MA 1T7KA 5JG1A 3GI0A 5IVQA 4Q1XA 1YTGA 5OZEA 1HOSA 1MT8A 3IA9A 1FF0C 4R92A 4DQGA 3WSJA 2F3KA 2HS1A 5P1PA 3NWXA 5I3VA 2AZ8A 2HAHA 5OZIA 3OAGB 2BPVA 4DI2A 3L5BA 2P3BB 3AUPA 3K1WA 4GJDA 2PSGA 3HW1A 1BV7A 5OZOA 3QBFA 4YA8A 2AVQA 3UPJA 5P7WA 3GI5A 4Y48A 3C9XA 4BELA 4HDFA 2RMPA 3RTNA 5P8QA 2WKZA 5P1VA 2QD7A 2QP8A 5P3TA 5P6PA 3APRE 5P0FA 3INFA 2NNPA 2VKMA 2G1YA 5I70A 4HE9A 1FQ7A 1FB7A 4J17A 5J25A 2VA5A 1HPOA 3EL1A 2I4QA 4RYGA 1MEUA 5P63A 1ODXA 1EPNE 2F81A 4Y4EA 3INHA 5P18A 1Z1HA 2BBBA 3DV5A 1C70A 3PCWA 5P3PA 2QI6A 1NPAA 3LIYA 1KJGA 5DR3A 1YX9A 1QBSA 5DQCA 1KJ7A 5P0KA 5OZ2A 3IXKA 5P58A 5EZXA 1BBSA 2VJ7A 2HIZA 5P1UA 4JOOA 1EBYA 1D4JA 1NSOA 1SGZA 2QNNA 1MRWA 5P03A 3TOFA 4Y58A 3QRSA 5P81A 1GNNA 4Y5BA 3T7XA 1D4IA 4DJYA 5P0SA 3D20A 2G69A 4QGIA 4Y9WA 5ENKA 5OZBA 4PPHA 1HVHA 5P4VA 5P1WA 1ODWA 2ZJJA 2IS0A 3BHEA 4TRWA 3HBOA 4ZSQA 4Y5LA 4HA5A 3FSMA 3O9DA 4BFBA 5P0OA 1GVTA 1TW7A 3AIDA 5P3XA 5P2TA 5P08A 4QJ2A 5P24A 1MPPA 4HEGA 5P0RA 2AZCA 2UXZA 2QMFA 4R93A 3PI0A 3NUOA 4Y4WA 5HE7A 5DR8A 5P4NA 2VNNA 1AZ5A 5OZUA 1B11A 4DFGA 5P8GA 1TSUA 3GW5A 3QIHA 5OZWA 4M8XA 1TCXA 3O9LA 1B5FA 1QBUA 2V00A 4KE0A 5P38A 4E43A 5P6RA 5P7FA 5P6QA 5P3ZA 2QI0A 5OZYA 4FE6A 5P34A 3ZL7A 1HHPA 5P13A 3BUHA 3OU1B 4N00A 5KR1A 5P8LA 5P4GA 1MUIA 4Y51A 3EXOA 5P7IA 5P48A 3TKWA 3OK9A 4B78A 4Y4GA 3OU4A 4OBZB 2O4SA 3RSXA 1SH9A 3O9HA 1SDTA 1ZJ7A 5IVSA 4L7GA 7UPJA 2G26A 5P6LA 5P79A 3DK1A 1W5WA 4Y35A 3GI4A 5P1OA 5P3MA 5P4XA 2ZHRA 2BKSA 4RVJA 4Y3NA 4Y47A 1A8GA 1M43A 3BUGA 5OYVA 3M9FA 5P1LA 4YBIA 1GVUA 4FRIA 2I4XA 5E5KA 5P39A 5BRYA 3VLAA 5HVPA 4GJ5A 1GVWA 4Y3QA 4DJRA 2BPYA 3WZ6A 4Y4DA 4LHHA 3OUDB 1D4YA 1EPPE 4H3GA 5P0PA 1PPLE 5HE4A 3S56A 2Z54A 5KQFA 3VF7A 4DVFA 1RQ9A 1QBTA 3UQPA 3GGVA 5OZ0A 5P1FA 2P3DA 3HD8A 2VNMA 1A94A 3QROA 4I0GA 4F73A 3NU5A 5P2NA 4Y56A 1QRPE 2AVSA 3LPJA 4EQJA 5KR2A 4ER4E 5P07A 5P59A 2HB2A 2G21A 3Q4BA 1D4HA 5T4SA 4I0HA 1OEWA 4J1CA 1TCWA 3UDMA 5P5GA 2JXRA 1YTHA 5DQ1A 3KFNA 5P3OA 1LS5A 3FIVA 5I3XA 2AQUA 1Z8CA 1YM4A 4WY6A 5P5XA 5P5CA 1AJVA 5P7DA 2G1NA 4DH6A 4EJLA 5P54A 1IZEA 5OYSA 4S1GA 1E82E 2IDWA 3SPKA 3BVBA 5P8NA 4DQEA 1N49A 3T3CA 2ZJMA 2QZKA 2G22A 1DIFA 5P50A 4U7VA 5P6DA 1FQ8A 4YDFA 2R3WA 2G94A 4Y4UA 5P6TA 2OHNA 4F74A 1FQ4A 3OGQA 3SM1A 5OZKA 5P5BA 1APTE 2P4JA 3NXNA 4I11A 2Q3KA 1B6JA 5I3WA 1RNEA 5P2CA 3BUFA 4I0FA 5P0IA 5P3SA 3TLHA 4B0QA 2QI5A 5OYWA 1B6LA 2AZ9A 3T6IA 1K2CA 5P77A 5P0WA 3HLOA 4Y3YA 2VA7A 5P5TA 5OZAA 1LF2A 2CEJA 3ZKMA 5P3LA 3IN3A 2B60A 4I10A 4LL3A 4FSLA 3BVAA 5P7GA 5P2AA 3UFNA 2VJ9A 2V12C 1FGCC 2WF4A 5ENMA 3LZVA 5IS4A 1APVE 3OXCA 4DJQA 5P4TA 3TTPA 5P2VA 5P7RA 3BRAA 1W5VA 1HVSA 3UDHA 4LXKA 3UDKA 1C6YA 4RVXA 3DCRA 1EC3A 1BVEA 1EAGA 3S2OA 1HRNA 5P2QA 1HPSA 1LYBB 5P4CA 4U8WA 1FLHA 1APUE 2PH6A 2XFKA 3NDWA 2Z4OA 3UFLA 5P04A 1MRXA 2P8HA 3KT5A 3OU3A 2OHPA 5P41A 1DP5A 5HDVA 5P7NA 3S7LA 1PSOE 5P17A 5P35A 1FG8C 4J55A 5OZ9A 2QD8A 4RCFA 4FS4A 2MIPA 4COEA 4RCEA 5B18A 5HDUA 3VV6A 3F9QA 4YOBA 1BV9A 3B80A 3PBZA 3DCKA 4KE1A 4GJ6A 2HS2A 5OZ5A 3NDXA 5P4JA 4CPRA 4Y43A 4LBTA 4D89A 5P6VA 2J9JB 2AOIA 2AODA 2P3AA 5P3NA 3EKWA 5OZJA 2R3TA 4FIVA 4Y3RA 3OOZA 1LYWA 5ISKA 2ER7E 4Y5PA 2AOEA 5P0JA 2QZLA 3SLZA 5P5AA 4L1AB 1B6MA 5P27A 2HPEA 1SMRA 2XYFA 5P3CA 4EJDA 4APEA 5OZHA 4YHQA 5P2ZA 4Y3AA 5P4RA 3LNKA 2PK6A 3ZPTA 5P10A 2G1RA 2NMZA 4Y5KA 3OY4A 2IENA 3G72A 5OZSA 3BXRA 3OXVA 4EXHA 3PEPA 4LP9A 4ZPFA 4K8SA 5SY3A 1SP5A 4RLDA 2BKTA 5P1YA 3OADA 2WF3A 3MSLA 5P6YA 3O9BA 2P3BA 5P6OA 1W5YA 3LIVA 2PMAA 3QVIA 3UQUA 1XE5A 4YCYA 5P4DA 5P2BA 5P7SA 2APRA 3OXWA 4GMIA 4TRZA 5P8AA 4CPXA 1LZQA 3UF3A 2B7ZA 5P57A 4A6BA 3KA2A 3BXSA 3EKVA 4FAFA 4Y6MA 2H6SA 3MWSA 3PB5A 5P7LA 3LZSA 2OHLA 5P46A 5P87A 3URLA 4Y53A 4Y4JA 1HSGA 1AJXA 5EZZA 5AHCA 5P4MA 5P70A 5KOSA 2NPHA 1SIPA 3LIQA 3UDQA 3VSWA 5P1XA 5P6NA 3LIXA 5P31A 1MT7A 5P6CA 1YTIA 4WY1A 4ER2E 3L5FA 1HIIA 1G0VA 1ZLFA 2IRZA 2WF1A 4QJ8A 4ZSMA 3CKRA 4Y3DA 1OD1A 5P80A 1BAIA 4CP7A 3NR6A 3EKTA 2QI3A 2WEAA 5OYRA 1SDUA 2QHCA 5P6IA 4B70A 4PYVA 5P5VA 3ZPUA 5P4EA 5OZVA 3GGAA 3K5FA 3I8WA 4OBDA 3JW2A 5JFPA 2PH8A 5P0LA 9HVPA 1MTRA 5P8CA 3NDUA 3OQDA 5P5SA 3VSXA 2IQGA 5HU1A 5P86A 1W5XA 3DV1A 3UTLA 5P2XA 1VIKA 1D4LA 4ZIPA 2ZJNA 1IZDA 5AH9A 4Y4XA 3UQWA 3MXDA 5P85A 5P2LA 3OTSA 2QNPA 2VJ6A 4BEKA 4OC6B 3Q5HA 4OD9B 1XL2A 4J54A 5P00A 2ER6E 3QN8A 3EKXA 2G1OA 3K5DA 5P2SA 2WF2A 3VV8A 3NU6A 1HVIA 2O4LA 3T7PA 4JPCA 3U7SA 5P6GA 2QK5A 4FM6A 2FNSA 5P6HA 3LINA 5P71A 5OZQA 3PWMA 2Q54A 4GJ7A 1FIVA 2QHYA 2EWYA 2I4VA 3EM3A 5P8HA 3WZ8A 2G1SA 2HB3A 5P0AA 3HAWA 5IVTA 4Y3PA 3BGBA 2IEOA 5P2JA 1FFIC 2ZDZA 3SA3A 4XX3A 1KJ4A 3A2OA 4EJ8A 1FFFC 2WEZA 3CMSA 5PEPA 1EC1A 5KR8A 1ZSFA 5P56A 3CICA 3EC0A 5P12A 5P7OA 4H3JA 1MVPA 1Q9PA 4EHCA 5F00A 5OZNA 4KB9A 1FEJC 1LYAA 4ACXA 1ZP8A 3SA5A 2B8LA 4ZSPA 4CKUA 5P1NA 3HVGA 2JE4A 4ZE6A 2A1EA 3CYWA 5SY2A 4APRE 1RPIA 4K4PA 1TSQA 2OHSA 1LF4A 5P8BA 5P5EA 2ZJIA 5OZLA 5OZ7A 3OUCA 4Y4BA 5KQXA 5P0CA 5IVRA 3JVWA 4Y45A 2I1AA 2ZYEA 5P53A 3FNTA 2PWRA 1EC2A 2HC0A 1M0BA 4HZTA 2PYMA 4B72A 1BWAA 4YD4A 1QBRA 4D88A 3ECGA 5P7HA 5C9FA 3APPA 4I8ZA 5OYXA 5P15A 5P3QA 4ER1E 3N4LA 4H1EA 2O40A 5AHAA 3VYFA 5P5PA 5P78A 5P6MA 4FCOA 3TPPA 3S7MA 1AAQA 4DPFA 1IBQA 3O9GA 2WL0A 2QCIA 5HCOA 2QU2A 1K1TA 2F3EA 4CPUA 4GJ9A 3O9CA 3SQFA 4IVTA 5P2WA 4WTUA 4EYRA 3SA7A 4QJ9A 5P61A 1IDAA 1HXBA 4J1HA 5P44A 5P3AA 3B7VA 3IAWA 4TRYA 3NSHA 3VG1A 1W50A 5P3VA 3WZ7A 5BWYA 5P84A 3CIDA 4R91A 2NNKA 5P8IA 5P62A 5P8KA 5HU0A 3HZCA 1PPKE 3QRVA 5P0ZA 5P16A 2VIYA 1HVKA 3Q6YA 3R0WA 4BFDA 3ZMGA 4Y50A 2JJJA 1SGUA 4Y3XA 5P6AA 1NH0A 4LC7A 4RZ1A 2Q11A 4FRJA 5KQZA 5OZMA 4J1IA 5P1RA 3NUJA 2PQZA 3L58A 3MXEA 5DPZA 2IL2A 5P4PA 4LAPA 1TQFA 4Y4AA 1HIVA 4RYCA 6FIVA 4FRKA 2ZGAA 2WHHA 2OHMA 4PHVA 1HSHA 4H3FA 3CYXA 4Z22A 4OBGA 1PROA 5P4HA 5P6WA 5P3EA 1LEEA 1F34A 2FLEA 1T7IA 3D91A 3O9LB 1B5FB 5P0TA 4GJCA 1AIDA 1HSIA 3NU9A 3KYRA 5P4FA 5P1HA 3QS1A 3RTMA 5P1MA 4J0VA 5C9DA 1FMUA 2IGYA 2O4KA 3EL5A 3RVIA 4Z2ZA 5P5ZA 4PZXA 4EXGA 2FNTA 3KM4A 5P3UA 1EPLE 2QI4A 1ZBGA 5P3IA 2AVOA 5P8PA 3OU4B 3EL0A 2ZJKA 5P2FA 5P1SA 3PCZA 3EKYA 3RU1A 1MESA 1HBVA 4QJ6A 1E81E 2F80A 2P3CA 4EQ0A 4I8WA 3HAUA 5COPA 4I0JA 3QVCA 3CKPA 4Y3TA 3SABA 2PK5A 1SBGA 5P2IA 1XE6A 3QBHA 3K4VC 4GIDA 3KN0A 5P28A 4TVHA 2OHRA 2RKGA 3OHFA 1WKRA 5P8RA 5OYZA 4FSEA 4Y3HA 5P7EA 4Y3FA 1HVJA 2I0DA 2J9JA 4DUSA 5P29A 5P6SA 3SA8A 2F3FA 3I2LA 2AOGA 5P1CA 4DJOA 2NXLA 5E5JA 5P23A 4I0DA 4F75A 2AVVA 3LHGA 2ZJLA 5P6ZA 3ZOVA 3SKFA 5HDZA 5P37A 2OF0A 4Y5CA 4K4QA 2RSPA 5P3JA 5I3YA 5DGUA 3FV3A 5P83A 1BVGA 1HVCA 2V11C 4Y37A 2FGUA 1T7JA 4A4QA 4OBKA 5P0NA 1Z1RA 1ENTE 4AMTA 1G2KA 3OQ7A 3TPJA 2V13A 4FAEA 4Y4TA 1VIJA 3S43A 3NYGA 2JJIA 5P8OA 4Q1YA 5P7XA 1E5OE 3VF3A 1K2BA 2AZBA 4Y5AA 3K5CA 3ZKNA 1DMPA 5P4WA 5P5MA 3EL4A 4NJUA 5CONA 4YOAA 2ZHUA 2HPFA 4L6BA 3TOGA 4DQHA 2R38A 5TOLA 5P19A 3EKQA 5P11A 3O9EA 3OXXA 5OZXA 5P3HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7P A;  5P60 A;  5OZT A;  4OC6 A;  4GB2 A;  3OQK A;  3OUB A;  4OD9 A;  5HDX A;  5P4O A;  3UQX A;  5P7V A;  1RL8 A;  5P4Z A;  1YT9 A;  3PWW A;  5OZ3 A;  1F7A A;  3S53 A;  3G6Z A;  1FKN A;  5P4L A;  3PSG A;  5P1Q A;  1CPI A;  3EBZ A;  1XL5 A;  3L38 A;  5KQY A;  4I12 A;  3R0Y A;  4Y54 A;  3QRM A;  3BGC A;  5P49 A;  2OHK A;  2VA6 A;  5ISJ A;  1BXO A;  4Y3W A;  3RTH A;  5P1B A;  4OBH A;  3URJ A;  3PBD A;  3ZKI A;  4CMS A;  2FMB A;  3OWN A;  1T3R A;  2VIE A;  3VFA A;  5FIV A;  2QAK A;  4X2L A;  4ZPG A;  3ZKS A;  1KZK A;  4DJX A;  4B05 A;  4MC2 A;  5COO A;  3VUC A;  1A9M A;  4NPU A;  1BIM A;  5P8M A;  5KR0 A;  5P68 A;  3LIZ A;  4Y36 A;  3PRS A;  1RV7 A;  5P66 A;  2I0A A;  1MTB A;  5P1E A;  5P3K A;  1DW6 C;  5P8E A;  3BC4 A;  2XFI A;  4YCT A;  1C6Z A;  4MC6 A;  3PVK A;  2QMG A;  1IZI A;  3OUA A;  3EKP A;  5P7M A;  1T7K A;  5JG1 A;  3GI0 A;  5IVQ A;  4Q1X A;  1YTG A;  5OZE A;  1HOS A;  1MT8 A;  3IA9 A;  1FF0 C;  4R92 A;  4DQG A;  3WSJ A;  2F3K A;  2HS1 A;  5P1P A;  3NWX A;  5I3V A;  2AZ8 A;  2HAH A;  5OZI A;  3OAG B;  2BPV A;  4DI2 A;  3L5B A;  2P3B B;  3AUP A;  3K1W A;  4GJD A;  2PSG A;  3HW1 A;  1BV7 A;  5OZO A;  3QBF A;  4YA8 A;  2AVQ A;  3UPJ A;  5P7W A;  3GI5 A;  4Y48 A;  3C9X A;  4BEL A;  4HDF A;  2RMP A;  3RTN A;  5P8Q A;  2WKZ A;  5P1V A;  2QD7 A;  2QP8 A;  5P3T A;  5P6P A;  3APR E;  5P0F A;  3INF A;  2NNP A;  2VKM A;  2G1Y A;  5I70 A;  4HE9 A;  1FQ7 A;  1FB7 A;  4J17 A;  5J25 A;  2VA5 A;  1HPO A;  3EL1 A;  2I4Q A;  4RYG A;  1MEU A;  5P63 A;  1ODX A;  1EPN E;  2F81 A;  4Y4E A;  3INH A;  5P18 A;  1Z1H A;  2BBB A;  3DV5 A;  1C70 A;  3PCW A;  5P3P A;  2QI6 A;  1NPA A;  3LIY A;  1KJG A;  5DR3 A;  1YX9 A;  1QBS A;  5DQC A;  1KJ7 A;  5P0K A;  5OZ2 A;  3IXK A;  5P58 A;  5EZX A;  1BBS A;  2VJ7 A;  2HIZ A;  5P1U A;  4JOO A;  1EBY A;  1D4J A;  1NSO A;  1SGZ A;  2QNN A;  1MRW A;  5P03 A;  3TOF A;  4Y58 A;  3QRS A;  5P81 A;  1GNN A;  4Y5B A;  3T7X A;  1D4I A;  4DJY A;  5P0S A;  3D20 A;  2G69 A;  4QGI A;  4Y9W A;  5ENK A;  5OZB A;  4PPH A;  1HVH A;  5P4V A;  5P1W A;  1ODW A;  2ZJJ A;  2IS0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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