4EJ8A

Apo hiv protease (pr) dimer in closed form with fragment 1f1 in the outside/top of flap
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Small molecule regulation of protein conformation by binding in the Flap of HIV protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-04-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ej8A00
4QJ6A 5DQCA 5P88A 3EXOA 5P1JA 1HVLA 4FE6A 2ANLA 3URLA 3D1YA 4H3IA 2HS2A 5P7YA 5JG1A 2FIVA 4I11A 3K5FA 3ZPTA 1ZPAA 3JVYA 5P6QA 5P8HA 4D8CA 4YCKA 5P8TA 4I0GA 5AH8A 3DK1A 5P6HA 4PPHA 2ZE1A 1XN3A 5OZFA 3A2OA 5P7EA 3OADB 3WZ7A 5P75A 2R9BA 5P82A 1ODXA 1U8GA 3VFAA 4EQ0A 2VNNA 4DUSA 3QP0A 5OZ0A 4APEA 1EPOE 5P0NA 5P8OA 3PM4A 4Y3LA 1C6YA 5P1GA 2RKFA 4BFBA 2EWYA 4I8WA 3U7SA 5P6SA 5P71A 3DCKA 3UDRA 4OBHA 3I25A 3PVKA 3PWRA 5P63A 1FQXA 1N49A 3LITA 3S43A 4FIVA 2APRA 3KM4A 3VYFA 2F3FA 4DQFA 5P62A 5P79A 5IVQA 5OZZA 3PLLA 1HHPA 4X2LA 1HRNA 5P7BA 4J1KA 2NNKA 5P4EA 2WEDA 1T7JA 1VIJA 5E5KA 5P6DA 3TKWA 3Q3TA 3CKTA 1OEXA 3EL9A 2JE4A 5P39A 1XE5A 5P8AA 3FX5A 4ZEAA 5OYWA 3T11A 5OZWA 5P69A 3IN3A 2XYFA 2VJ6A 1LYAB 3UDMA 1T7IA 5P5GA 3I2LA 5P3WA 1XS7D 3TOHA 2QMPA 2G21A 2QCIA 5P32A 1B6JA 5C9FA 2QZWA 3MXDA 4BFDA 5P5XA 1ODYA 5OZLA 3OOZA 2FGVA 4OC6B 4NJSA 4ZSPA 3MWSA 1ZPKA 3GW5A 3OY4A 5P8VA 3SLZA 5P45A 1EC1A 3TKGA 2OHRA 5ISJA 5P7TA 1A94A 5P43A 5P4JA 2J9JA 1KZKA 1FKNA 4NJTA 5P5HA 2FDPA 4H3FA 1HVKA 2WF1A 4CP7A 4J1IA 2R5QA 1EPPE 4Y3RA 2JYSA 4I12A 4RCEA 1YM2A 5P03A 2NXMA 5P3GA 4DJXA 5KQFA 4DPIA 1PSAA 5P6JA 2HIZA 3OAGA 3LIZA 1DIFA 1LYBB 3DUYA 3HZCA 2WJOA 4DQCA 1AM5A 1EBYA 1TQFA 3T3CA 1W5VA 3NU3A 4Y5MA 3EKYA 3B7VA 2QHZA 4Z50A 4WTUA 1HSGA 5P0GA 5P12A 5SZ9A 3PMUA 5P11A 4AZYA 5P0BA 3KA2A 1XDHA 2P3BB 2QNNA 3LPIA 3NSHA 4I10A 2G1NA 4EJ8A 4Y5GA 3NU6A 4K4PA 2AVOA 4H3JA 4KUPA 3PSUA 2G1OA 4HZTA 1SGUA 3D20A 2B7ZA 2OAHA 1IBQA 2VIYA 2FMBA 4DQHA 2NMYA 5C9BA 3D1XA 3VG1A 4CPUA 4F74A 1CZIE 1DAZC 4J17A 2WEBA 3F9QA 3EM4A 5P2YA 3B80A 2VIZA 5P35A 2NPHA 1WBKA 3QIHA 5P2OA 1DW6C 3EM6A 3D91A 1OHRA 2PWCA 1OD1A 2V16C 4Y5PA 3CKRA 2AVMA 5P58A 5OZTA 3OU1B 3OU3A 1BBSA 1BDQA 3UDNA 3CMSA 4L7JA 1FFIC 4RZ1A 5P2HA 4DJOA 2QI0A 5P3RA 5P72A 4PZWA 4HDBA 4QGIA 5P5DA 3VYDA 2AIDA 5P1AA 1BAIA 5P3VA 4XKXA 3BGCA 3S8IA 3OTSA 1KJHA 3BHEA 4Y4UA 5P5EA 4Y5AA 3CICA 2BPXA 2HAHA 3PCWA 5P2NA 1HVRA 3SABA 2G24A 5P6GA 1HVHA 3R2FA 5P3JA 5HE7A 5P7GA 3EL5A 4Q1WA 4ZSMA 5OZBA 1UH9A 1TW7A 4ER4E 4JPEA 3AUPA 1IDAA 2UPJA 4N00A 3K4VC 2CEMA 3LIXA 4K4QA 5P2QA 1QS8A 4CPWA 5OZMA 5CLMA 4AA9A 2R5PA 2ZGAA 2R8NA 3LIQA 5P3DA 3K1WA 4Y9WA 4J1CA 5OYVA 5P78A 1LF4A 1YTHA 3NDWA 4L7GA 5P2TA 5P3ZA 5P6ZA 5P5IA 4I0IA 1W50A 4J5JA 4RCFA 3O9FA 4J0PA 5P1IA 5P3OA 1UH8A 2BPZA 2G20A 3U71A 1D4HA 3Q70A 5P68A 5IVSA 4YD6A 3LHGA 2PSVA 2IENA 3SA4A 4QJ7A 3G70A 5P8NA 5HU0A 2XFKA 1FMXA 5P0OA 3KDDA 5P7JA 1GVVA 1KJGA 2P83A 5DR7A 2ZJJA 1UPJA 5P0EA 2FNSA 5DQ4A 5P8FA 4EXHA 3OXCA 1NPAA 5P7WA 5P3HA 3VCMA 1FFFC 1RNEA 3O9LA 3R0WA 4WY6A 1CMSA 3BXSA 2G1RA 5P6TA 1IZDA 5P0SA 1OEWA 2WF4A 1W5XA 4TRWA 4YA8A 3PGIA 5P10A 4BELA 4Y37A 5P23A 2IS0A 2BJUA 4DJYA 4LC7A 5P2BA 5P17A 1QBSA 2NXDA 1MEUA 1MT8A 5AH7A 1BDLA 2H6SA 4YCYA 5P1LA 4DJUA 4Y50A 2AZCA 4NJUA 5OZ7A 4OBGA 4I8ZA 3SKFA 5P7KA 5P14A 3Q6YA 4L7HA 5P65A 5P4KA 1DMPA 1MESA 5P4ZA 3QRMA 4DJQA 1FGCC 2AOCA 5P85A 2R43A 4Y4WA 4Y35A 2IRZA 5P0XA 5P55A 1AZ5A 2I0AA 4ZSQA 4TVHA 5P0JA 5AHCA 5OZJA 2Q55A 2FDDA 5KOQA 2JXRA 2QD7A 4DQBA 4M8XA 3ER3E 3NDXA 5P48A 2AVQA 2QU3A 1EAGA 3L5BA 4YD5A 5OZSA 3OQKA 4R95A 4GYEA 3OU4B 4YHQA 2G27A 5P1DA 1BV7A 3NLSA 2WF3A 4Q1YA 2VIEA 1LF2A 3QAAA 3NU9A 5P3EA 5P5AA 3SA7A 2XFIA 2ER0E 1AJXA 2AOHA 3G72A 3OADA 1TZSA 3ZMGA 1NPWA 5P6RA 5P2JA 5P07A 1QBTA 2O4KA 2FNTA 2G22A 5HDUA 5P70A 4FRKA 2NR6A 1B6MA 1EPQE 4LXAA 5P6MA 5HDXA 4H3GA 5P57A 4J1FA 4XXSA 5E5JA 4Y4JA 1M0BA 1K1TA 5P5SA 5F01A 2AZ8A 5P67A 1KJ4A 2WL0A 5P19A 3SA5A 2ZDZA 2QZLA 3BUGA 1E82E 4Y56A 2AOGA 4B1CA 4QJ2A 4EJLA 5P41A 1BIMA 1QBUA 3ZKQA 4GJBA 5P8KA 3SAAA 2QI3A 3LIVA 2O4PA 2O4SA 5P6BA 1BVEA 1EPNE 3TPPA 1LYAA 2P8HA 5P30A 5I3YA 5P3FA 4YDGA 4FM7A 4Y3QA 3NWQA 1EBKC 5KQXA 3L38A 5P4HA 4OC6A 3OHHA 4I1CA 3O9DA 2VA7A 3KDCA 3L5CA 5EZXA 1MRXA 3TL9A 4Y6MA 5P25A 2I4UA 3VF3A 4FM8A 3O9IA 5DGUA 1AVFA 5P04A 2ZHRA 4Y44A 4U7QA 1M43A 5P6OA 1G6LA 2IQGA 3RTHA 4Y3EA 1MT7A 4Y5CA 1FIVA 1GVWA 5SY3A 3UF3A 1LYBA 3VEUA 2BPYA 4RYGA 4Y51A 3UDPA 3S85A 3EL0A 1G0VA 3LINA 1YTIA 3VV6A 2A4FA 6FIVA 2Z4OA 5HCOA 3OOTA 1HTEA 1K2CA 4ZSRA 4JPCA 4ER1E 3KMYA 2BQVA 5KQZA 2P3CA 2VIJA 2P3BA 4QJ8A 5P4MA 5P33A 5P4PA 4Y38A 3N3IA 4I0HA 3K5GA 3I8WA 2UXZA 5AHAA 1GNOA 5P2GA 5P3TA 4Y3SA 5P0YA 1HEGE 3FKTA 2CENA 3NDUA 2G94A 3TOGA 5P0KA 4B72A 4F73A 2RKGA 4Y36A 5P5FA 1K6PA 1NSOA 3KFPA 3OQFA 3NXNA 1FQ5A 5P20A 2H6TA 1Q9PA 4Y3ZA 2OHUA 5P0AA 4GJ8A 4GJCA 1HVCA 1HIIA 2ZJIA 2Q5KA 4R5NA 5P1MA 4GJDA 5P2CA 4GJAA 1TSQA 3L59A 2FS4A 2IGXA 2ER6E 3IXOA 5JODA 3R1GB 5P06A 3BC4A 5P4UA 2AODA 3OU1A 5CONA 5P5MA 4LXMA 5COKA 5P54A 3HDKA 5P8SA 5ER2E 3S56A 1PFZA 3QRVA 5P44A 1SBGA 2NXLA 2VNMA 1HVJA 3PWMA 4X7IA 4ZPFA 5P7IA 4J0YA 5P6LA 2PK6A 2QMFA 5AH9A 4YD3A 1T6EX 5P5QA 2QNQA 4B70A 3S54A 5HDVA 4NPUA 3OQDA 2G1SA 3TLHA 1C70A 3PI5A 2CEJA 4OBZA 3HAUA 4GIDA 3WZ6A 5P24A 5SY2A 3M9FA 3JW2A 4ZLSA 4Y5LA 1RPIA 2QMGA 4FL8A 1K6TA 3O9HA 3QRSA 1EBWA 5P5WA 3HAWA 4Y3NA 1JLDA 5P83A 4D88A 5OZ1A 1FG8C 1C6XA 1EPRE 3IXJA 4ZPEA 3URIA 1TSUA 5BS4A 2BKTA 2VA5A 4FSEA 3UFLA 1PPKE 3VV7A 3C9XA 3T7PA 4RVXA 3UDJA 4CKUA 4LBTA 2QAKA 3KT2A 1D4SA 3VYEA 4Y3PA 3OGPA 3T7XA 2ZHSA 4I0DA 1QRPE 4CPSA 1B6KA 5AGZA 4RROA 5UPJA 3S2OA 4OBDA 4FSLA 3UCBA 1DP5A 3PEPA 5P7NA 5OZCA 5HD0A 3VSXA 3MSKA 5P4AA 1PPME 4FAEA 2PYMA 2A1EA 5OZNA 5KR2A 4J55A 4QJ9A 4IVTA 1YTGA 3L5FA 1HBVA 5P27A 1SDUA 1W5YA 2BB9A 2P3DA 3EL4A 1YTJA 4Y4DA 2IDWA 4EJDA 1SGZA 1E5OE 3R4BA 5P8PA 2F3EA 3SPKA 4LHHA 2ASIA 2IEOA 5P8RA 2R3WA 3UDKA 5P46A 3KFSA 4BEKA 1YT9A 5AH6A 5P2UA 4Z2ZA 4FLGA 1BDRA 4HVPA 1F7AA 4FM6A 1B6PA 2P4JA 5OYXA 5P7HA 5P28A 2HC0A 5OZ6A 1D4JA 4B1DA 4I0FA 1ER8E 3ST5A 4Y43A 3K5CA 3ER5E 4Y5NA 3FV3A 5I3VA 3VF5A 4WY1A 4I0ZA 1A9MA 2PYNA 1GVTA 2AOFA 2FLEA 2FXDA 3BXRA 1LEEA 4R91A 1IVQA 3OXXA 4OBZB 5P0CA 3K5DA 3UQRA 3EKXA 1M4HA 5AHBA 1SDTA 3SO9A 4K4RA 5OZ3A 3KF0A 5P5ZA 5HTZA 1FQ4A 3ZKSA 2F3KA 4ZE6A 5P6IA 3VFBA 5KQYA 4FAFA 2HS1A 2I1AA 4RCDA 1APWE 4Y4EA 5P7MA 8HVPA 4Y4AA 4YOBA 4Y3DA 9HVPA 5P6YA 3KYRA 5P3BA 3OWNA 4YOAA 5P00A 5DR1A 3UQWA 3O9AA 2XFJA 3OU4A 4L6BA 5P1EA 4NPTA 3IAWA 4Y3FA 5FIVA 3BUHA 1HVIA 3I7EA 2WHHA 4LAPA 5OZYA 5OZXA 4Y3WA 5P1KA 2ZYEA 5P0HA 3VF7A 5P3IA 2AZ9A 1HXWA 2QZKA 4TRZA 1B11A 2ZJMA 5P49A 3DOXA 5OZRA 1HEFE 5P13A 4Y58A 4XX4A 3OHFA 2Z54A 5IE1A 1MSMA 2I4VA 3O9EA 4Y53A 4DVFA 1MUIA 4K8SA 3LZVA 4HLAA 3EKQA 1ZBGA 4DFGA 5OZUA 1W6HA 4EHCA 3U6AA 2I4DA 3APPA 2QK5A 1UH7A 3FNSA 4A6BA 1B5FB 1HPSA 2OHPA 4Y47A 1YX9A 4COEA 5OZIA 3PSYA 2IKUA 2V11C 5OZVA 4JP9A 7UPJA 5P2VA 3L5EA 5P2KA 4KB9A 4Y39A 1QDMA 4JECA 5ENMA 4H1EA 1MRWA 4MC9A 1RQ9A 2Q11A 1F34A 3QROA 5P61A 3HVPA 3UQUA 2IL2A 3IA9A 3NXEA 3VLBA 3Q5HA 2VKMA 2ER7E 3EC0A 4HDFA 1BXOA 4A6CA 5ER1E 3CYXA 2I4QA 1IVPA 3PBZA 2WF0A 5P2SA 5P89A 3TPLA 4FRJA 5P40A 3NWXA 4CPXA 3VLAA 3H5BA 2AVSA 5P6AA 1WKRA 3SM2A 5P4XA 3K4VA 2P3AA 1AJVA 1HTFA 5P8LA 5DQ5A 5P15A 2B60A 5P34A 5P3NA 5P87A 1QBRA 5OYZA 2VS2A 3QBFA 3VSWA 4OBKA 4J1HA 4YCTA 4PEPA 3OXVA 5P0IA 1T3RA 4DPFA 4Y3YA 5JFPA 3PSGA 5P0RA 5P8JA 1ZJ7A 5P7OA 1MERA 1HPOA 3RSXA 5P5JA 3HLOA 5P26A 4YD4A 3OUDB 5DR3A 2QNPA 4AA8A 3RTNA 1W6IA 2PWRA 3ZKMA 1GVUA 3SA6A 2QP8A 5OYUA 1D4LA 2HM1A 5P76A 5P6FA 1T7KA 2OHTA 1Z8CA 5P6XA 3DM6A 3BVBA 4U7VA 5BRYA 1APVE 1BVGA 5DPZA 5DR4A 4OBFA 4HEGA 4DV9A 1HSHA 4PYVA 3KN0A 4Y4BA 5P73A 1FLHA 5HVPA 5P1ZA 5P1BA 4U8WA 3OGQA 3HVGA 4RVIA 5P4CA 1K2BA 5P7XA 3O9CA 5P1WA 4GJ5A 5IS4A 5OZPA 4GJ9A 3EKPA 5P2MA 4HA5A 4Y48A 1GNMA 5P0LA 3LIYA 4MC6A 3EMYA 5P4TA 3UFNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QJ6 A;  5DQC A;  5P88 A;  3EXO A;  5P1J A;  1HVL A;  4FE6 A;  2ANL A;  3URL A;  3D1Y A;  4H3I A;  2HS2 A;  5P7Y A;  5JG1 A;  2FIV A;  4I11 A;  3K5F A;  3ZPT A;  1ZPA A;  3JVY A;  5P6Q A;  5P8H A;  4D8C A;  4YCK A;  5P8T A;  4I0G A;  5AH8 A;  3DK1 A;  5P6H A;  4PPH A;  2ZE1 A;  1XN3 A;  5OZF A;  3A2O A;  5P7E A;  3OAD B;  3WZ7 A;  5P75 A;  2R9B A;  5P82 A;  1ODX A;  1U8G A;  3VFA A;  4EQ0 A;  2VNN A;  4DUS A;  3QP0 A;  5OZ0 A;  4APE A;  1EPO E;  5P0N A;  5P8O A;  3PM4 A;  4Y3L A;  1C6Y A;  5P1G A;  2RKF A;  4BFB A;  2EWY A;  4I8W A;  3U7S A;  5P6S A;  5P71 A;  3DCK A;  3UDR A;  4OBH A;  3I25 A;  3PVK A;  3PWR A;  5P63 A;  1FQX A;  1N49 A;  3LIT A;  3S43 A;  4FIV A;  2APR A;  3KM4 A;  3VYF A;  2F3F A;  4DQF A;  5P62 A;  5P79 A;  5IVQ A;  5OZZ A;  3PLL A;  1HHP A;  4X2L A;  1HRN A;  5P7B A;  4J1K A;  2NNK A;  5P4E A;  2WED A;  1T7J A;  1VIJ A;  5E5K A;  5P6D A;  3TKW A;  3Q3T A;  3CKT A;  1OEX A;  3EL9 A;  2JE4 A;  5P39 A;  1XE5 A;  5P8A A;  3FX5 A;  4ZEA A;  5OYW A;  3T11 A;  5OZW A;  5P69 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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