4EJDA

Hiv protease (pr) dimer in closed form with pepstatin in active site and fragment 1f1 in the outside/top of flap
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Small molecule regulation of protein conformation by binding in the Flap of HIV protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-04-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ejdA00
5P0HA 5SY2A 1TQFA 5ER2E 2QI0A 5P3GA 1IBQA 3SA6A 3EKVA 1K1UA 1BV7A 5P6YA 5P3PA 5P0EA 1HSHA 4RZ1A 4QJ9A 3NLSA 1B6PA 5P5QA 5P48A 5J25A 5OZZA 3VF7A 4GJDA 2FDPA 1RV7A 5P8FA 3ZLQA 4QJ6A 3IN4A 5P1WA 5P1DA 1A30A 4B1EA 3KFRA 5P3QA 1YM2A 5P5NA 4FL8A 4B78A 4GZFA 1FQ5A 5I3XA 3D1XA 5P2CA 3HBOA 2WKZA 2ZHRA 2IS0A 4HE9A 3L38A 3SKGA 4EXHA 2ZE1A 3L59A 4ZSRA 1QRPE 3PCWA 1BVEA 1B6KA 5P3SA 3HDKA 3UPJA 5P85A 5DR8A 3CKTA 1HEFE 1ODWA 3LNKA 3KF0A 3VUCA 3OUDB 1FQXA 3LZSA 5P5LA 4DJVA 1ODYA 3BUFA 4FRIA 2I1AA 2BKSA 1KJ7A 4Z22A 5HCOA 2QHYA 3HAUA 2PK6A 3K5GA 5P1SA 4B70A 2H6TA 3M9FA 5OZXA 3D20A 4DQCA 3R0YA 3TLHA 2ER7E 4Z4XA 5P1QA 3EL5A 1MUIA 2WL0A 2SAMA 1HIHA 4AA8A 1NSOA 5P08A 4RVIA 3VF3A 5P68A 1GNMA 4ACXA 3EM4A 2UY0A 1PSOE 3UQPA 5P0CA 3PBZA 3VYFA 4EXGA 1B11A 5P5AA 3HD8A 5P2DA 3ZPSA 2R5QA 3NU3A 1HSIA 3K4VA 1NH0A 2BPVA 5P4XA 3ZKXA 5P1JA 3WZ6A 2ZHUA 3QPJA 1U8GA 5OZ9A 4OBZB 5HD0A 1UH9A 1MSMA 2RMPA 2I0DA 2XFJA 2AVSA 5KAOA 3O9LB 1FFIC 4GJ7A 2OHQA 2PWCA 4H3GA 5P05A 3GGXA 5P3YA 5OZFA 4WTUA 4CPRA 5P2HA 5F00A 5P02A 4DI2A 1W51A 5P6QA 1NPWA 5HVPA 1MRXA 3C9XA 5P71A 2FDEA 4J1HA 3BVAA 4RYGA 4JPCA 4RVXA 4I0HA 1YM4A 3OUAA 3UDJA 4Y5EA 5P6TA 5P0SA 4MC2A 3L5CA 1G0VA 5P2BA 3NDTA 4YOAA 2WF4A 4L7JA 1CPIA 5P78A 5P7QA 4RYCA 4LHHA 5OYVA 4YBIA 5P17A 4XX3A 2PSUA 5P8EA 4Q1NA 4GMIA 2ZYEA 2VJ9A 3TOFA 1K6PA 2QI7A 3EKWA 2XFKA 1PFZA 5P8AA 3PJ6A 3NDWA 1SMRA 5P72A 3IVIA 3PEPA 4KE1A 2ZJLA 3PRSA 5P1NA 3EL9A 2QI3A 5P61A 5P2WA 5OZOA 5P1HA 5P5ZA 1MIQA 1YG9A 2I4UA 3K5DA 5P8RA 4RVJA 1LS5A 3OQDA 3OUDA 1GVTA 1EC0A 5P3RA 5P83A 1BAIA 5P4RA 4Y50A 5OZRA 4GJBA 1HRNA 3DM6A 5AHBA 4Q1YA 4DFGA 1MTBA 5P2XA 1FMUA 2NMYA 2PH6A 1AM5A 1TW7A 2Q5KA 2QMDA 5P4YA 3PLLA 5P75A 4S1GA 4BFBA 3BHEA 4L7HA 5P11A 1K1TA 3N3IA 3HVPA 3Q70A 3KFNA 4FGXA 1XN2A 5P1PA 4Y3NA 2AVOA 1FLHA 1FMBA 3JW2A 5IS4A 2AOJA 4FE6A 3S7MA 1D4JA 3KT2A 3QROA 3ZKIA 4EWOA 5P7IA 1ER8E 2QZKA 4YOBA 3NYGA 4R92A 1MT8A 3MSLA 8HVPA 3FNTA 4NPUA 1BXOA 5HE7A 2WJOA 1LEEA 1UH8A 1XE5A 4OD9A 2FMBA 4PZXA 3Q6YA 4NPTA 3QI1A 4RLDA 3NU6A 1EPQE 4Y37A 4DJOA 5P1GA 3T6IA 4L1AB 3NDUA 3O9LA 3OOZA 3UQUA 5P2UA 4Y5LA 4YD5A 2G1YA 1HVLA 3U71A 4X2LA 2WEDA 4CPTA 4Z50A 2FS4A 5P66A 1MT9A 5P2RA 2PH8A 3DV5A 7HVPA 4BEKA 1HWRA 3KMXA 4DH6A 4HVPA 4K4PA 3OU4A 5P3LA 1HVRA 5P81A 5BS4A 3LZUA 5P35A 3TKWA 1FEJC 3PWRA 4YBFA 2ZJMA 3PGIA 1F7AA 2AOCA 4ZSMA 5P50A 1QBUA 5HCTA 4I0IA 3KT5A 3DJKA 4Y3FA 5P42A 1GNOA 2I4VA 3UDYA 2V16C 3GI6A 1XS7D 5KR2A 5P5PA 3BVBA 4QJ8A 4B0QA 3BUHA 1ZJ7A 5P16A 3LITA 5KOQA 3EXOA 4B1DA 1NPVA 1APUE 3D1ZA 4D89A 2OHTA 5P1OA 1F34A 5P3HA 3KM4A 1LYAB 1HVJA 3SA3A 3KDCA 5C9DA 3ZMGA 5P8DA 2WF2A 5ENKA 1APTE 2O4SA 4XKXA 5DQ4A 5P7KA 2PSGA 4TRZA 2AOFA 4Y3LA 5JG1A 1T7JA 3SM2A 3LIQA 5P5EA 2VIEA 1K2CA 1CZIE 2QHZA 3VYDA 2VA5A 1DAZC 3OQFA 4K4QA 5P7WA 2OHKA 5DQ2A 5P6EA 4Y3GA 1BV9A 3OGQA 1HTRB 4Y53A 4Y48A 5P1UA 3ZL7A 5P5SA 3PMUA 4D8CA 5SY3A 1FGCC 4J0TA 3OQ7A 5P0LA 1LYBB 2VIYA 3QRVA 5P3CA 4NJTA 2Q3KA 4FAEA 3TPJA 5P2KA 5P4WA 3T7XA 4DUSA 1EEDP 3PCZA 2FDDA 3S54A 3QS1A 4Y5KA 4QJ2A 1EBWA 4Q1WA 1FG6C 3CYWA 5P5FA 1EBYA 3O99A 3PSUA 2PYMA 3ZPUA 3PLDA 4I0DA 3OY4A 4Y4WA 2ZJKA 1K6CA 5P29A 3MSKA 3RVIA 1HVHA 3IXJA 5P2NA 3Q3TA 3PVKA 3PBDA 5P0VA 3TOGA 2WHHA 4YDFA 2ZHSA 2PK5A 5P2VA 2QAKA 3G72A 5P7XA 5HDZA 5ISJA 2IL2A 3FX5A 5AHCA 5P7OA 3D91A 5P4PA 4MC9A 5P3KA 4B05A 5P1MA 3O9IA 2NR6A 3VFAA 3MXEA 3I6OA 4B1CA 1K6TA 2WEBA 4OBFA 3UHLA 5P47A 5P4UA 5P3ZA 3UQXA 1DW6C 1ZLFA 1G6LA 4Y45A 4I0GA 5P43A 3UQWA 1MRWA 4Y4XA 4Q5MA 5P32A 5P2QA 2Q64A 3R4BA 2Z54A 1MEUA 4M8XA 5P23A 2B8LA 2G26A 5P0DA 1APVE 2VNMA 4I8WA 3RSVA 3QVCA 5I70A 4DJRA 2VIZA 1W5XA 5P2SA 3U6AA 2BPWA 4DQGA 4I0EA 4LXKA 2MIPA 2F3KA 5P4IA 3ZPTA 5OZ7A 4AA9A 3FIVA 5OZ1A 4DJWA 5P3XA 3ER5E 3CIDA 4Y3XA 1SGUA 3UF3A 3PI0A 2G1NA 2I4QA 2QNNA 4TVHA 2IQGA 2HPEA 4U7VA 3PSYA 5F01A 5P4BA 2Q15A 5P63A 4F74A 4ZEAA 5DR0A 4H3FA 3S45A 2BPYA 3PB5A 1HXBA 2B7ZA 1A9MA 2WF3A 4YD3A 1LYBA 5P74A 5P55A 3CKRA 4J1CA 5P8SA 1FQ4A 3SA9A 1D4YA 3K1WA 5P14A 3UDPA 5P06A 2BJUA 5AHAA 3IGBA 5HU1A 5JFUA 4LL3A 4U7QA 4QJAA 2JJIA 2PC0A 5P6DA 1E80E 2R43A 4I11A 4IVSA 5P8GA 5P0WA 3VLBA 4ER2E 1TSUA 1ODXA 2O4NA 4Y4JA 5P0GA 4D83A 5OZHA 2O40A 3FNSA 3Q4BA 3EL1A 4JECA 4HDFA 5P0RA 2QI4A 2AZBA 4H1EA 3EL4A 2Q63A 1C6YA 3OQKA 3WZ7A 2P3BA 1YTGA 1GVVA 2QZWA 3FNUA 4ZPEA 5DQ1A 4FRKA 5P03A 4CPUA 4Y3JA 5P0QA 4Y4AA 2NPHA 5P4DA 2VKMA 1A8KA 2FNSA 2ZJNA 4FM8A 2FLEA 4Y3WA 5P5RA 5OZCA 4EJ8A 1C70A 3IA9A 4Y3DA 2G27A 2RENA 3Q5HA 1D4IA 1EC3A 1E81E 3INFA 5P5WA 3TH9A 1EBKC 5P7FA 2APRA 5HE5A 3SACA 5OZ6A 1XE6A 3QVIA 5P3NA 3EL0A 4OBJA 4N00A 3PSGA 2IEOA 3OADB 2HB4A 4I10A 4CMSA 5P04A 3L58A 1KJFA 3SA4A 2G22A 3EMYA 1DPJA 1SDUA 1TZSA 3I8WA 4CPWA 3QAAA 2PYNA 2P8HA 4OBKA 1IVPA 4OD9B 2OHSA 1J71A 3O9BA 5P87A 4EP3A 5P77A 5JFPA 3UDQA 1FQ8A 5P39A 1BVGA 2R8NA 3JVYA 5P51A 3S8IA 5P0YA 4HDPA 1WBKA 4AMTA 2QK5A 5P0NA 1W6HA 2P83A 5P1YA 2H6SA 2A1EA 4XX4A 1QDMA 5EZXA 5P7CA 2ANLA 4Y5GA 4J54A 5P67A 2OF0A 2V10C 3OU4B 2V11C 4Y3MA 5P73A 3FSMA 4Y3PA 1AIDA 4TRYA 3O9DA 4YD6A 2IKUA 4OC6B 5P1EA 3QBHA 3SQFA 5P3IA 3SO9A 2AOIA 4Y3RA 5P7TA 3VV8A 1XDHA 1GNNA 1T6EX 5KQXA 1IZHA 3CYXA 2AVVA 4GJ6A 5CLMA 3EKQA 5KQZA 4FM7A 4ZPFA 4PPHA 2B42A 3ZOVA 4FAFA 3LPJA 2PSVA 5P0MA 5C9BA 4Y4TA 4KUPA 1D4KA 1T7IA 4Y44A 4KB9A 3OWNA 1HPSA 1SIVA 3BUGA 3EC0A 5P6NA 5P7HA 2QMFA 5AH6A 3PHVA 1WKRA 3VSXA 5ISKA 5P2IA 5P7DA 1VIJA 1M4HA 1PROA 4FS4A 1QS8A 1RNEA 4YCKA 3RTMA 1IZIA 3HLOA 4EJKA 3UTLA 5E5JA 3TPRA 1W5YA 4DJYA 4Y4GA 5P3JA 4NJSA 4IVTA 2IKOA 5P4HA 3IXOA 5HDUA 1ZPKA 6UPJA 5P76A 2QD7A 2R9BA 5ENMA 3ZKGA 3WB4A 3OADA 2VJ6A 3FKTA 1B5FA 3UCBA 3MSJA 1PSNA 2G1RA 2FIVA 1RQ9A 5COKA 1HTFA 4X7IA 3OAGB 1OD1A 5P6SA 4FLGA 5P4OA 4PEPA 3L5FA 5P1ZA 4YCYA 1ZAPA 2F3FA 3NUJA 3OQAA 4FSEA 4DJQA 5P5IA 2UXZA 5ER1E 1SBGA 5P8PA 1AAQA 2QD8A 5OZ8A 3D3TA 4HZTA 2VA7A 1MSNA 2OAHA 3BC4A 1JLDA 3A2OA 3EKPA 1QBSA 2JYSA 5SZ9A 5OZWA 3U7SA 2VIJA 5P0KA 5P18A 4RROA 3DCRA 5OZTA 3S56A 4NKKA 2BPZA 3N4LA 3VV6A 4BELA 5OYRA 2V0ZC 5P6HA 3MXDA 5P5UA 2R3WA 4RCEA 5P6LA 4HA5A 1FIVA 3VG1A 1MERA 5P5YA 5P5CA 4J1FA 1BILA 2JXRA 3DCKA 5I3VA 3URJA 5KR8A 4OC6A 1FG8C 2QP8A 3AUPA 3KMYA 2RSPA 4R8YA 1KJHA 1WBMA 1EC2A 3INEA 1BIMA 2WF1A 1HBVA 5P10A 5OZMA 2JJJA 1AVFA 1HVSA 5P22A 5P5XA 3SABA 4CPXA 2QNQA 3OU1B 4J0YA 5P2EA 5IVTA 1HVIA 2OHUA 5HDXA 1AJVA 1D4LA 3NU4A 1ME6A 1N49A 4J1IA 4D88A 4DQHA 3OTSA 5HU0A 1CMSA 4FSLA 3NDXA 5B18A 4RRSA 2VJ7A 5P8MA 5P8JA 5P1RA 4MC1A 5P6JA 3T7PA 5P3FA 2QI6A 1LF2A 4Y3SA 2QMGA 4Y5AA 2CENA 5OZQA 5P4LA 3CICA 5P40A 3ZKNA 1GVWA 3TPPA 2FGVA 2G1SA 5P0AA 5OZJA 1SDTA 5P84A 4XXSA 5P5DA 3K4VC 5P1KA 5OYUA 3QN8A 1BBSA 2Z4OA 2VS2A 5P4CA 4EJDA 9HVPA 1VIKA 5P1VA 4YE3A 4LAPA 4WY6A 1SDVA 3VLAA 1LF4A 5IE1A 3OAGA 2J9KA 2AZ8A 1PPLE 2ZHTA 4DQEA 7UPJA 1ZBGA 5HTZA 2WEAA 5P8TA 2ZHVA 1T6GA 3NR6A 1YTHA 3UFLA 1LF3A 2NNKA 2O4KA 3UDMA 5P28A 2HIZA 5P6MA 5P5MA 1FKNA 1MESA 2V12C 1MVPA 5P3TA 4B77A 4J55A 3GI5A 2HS2A 5P62A 4RCFA 3NUOA 3UDHA 4YDGA 1K6VA 2P3DA 2G20A 5JODA 3OUCA 3T7QA 5P7PA 3OU3A 2P3BB 2QZLA 4DPIA 5P26A 3LIYA 3EBZA 4ACUA 1Z1HA 2V00A 2FNTA 1EPME 3OXWA 5P27A 1D4HA 3HVGA 3IN3A 3TOHA 5P1CA 3SKFA 5P00A 3LINA 5P7RA 3DK1A 4HDBA 1LV1A 4MC6A 1HPOA 4QGIA 1Z8CA 3LPKA 3INDA 4K4RA 4COEA 5OZNA 3PWMA 4A6BA 1YT9A 5P31A 4HLAA 3OK9A 4UPJA 4CKUA 2NXDA 5P2YA 5P4NA 5P6IA 1K2BA 4LBTA 1YTIA 5OYZA 4Y38A 3OU1A 2RKGA 5P01A 2A4FA 5I3WA 5DQ5A 5P41A 4PZWA 3QP0A 2NNPA 4ZPGA 5OZSA 3L5BA 5P8QA 4ZSPA 5P1IA 1W50A 5OZGA 5P7VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0H A;  5SY2 A;  1TQF A;  5ER2 E;  2QI0 A;  5P3G A;  1IBQ A;  3SA6 A;  3EKV A;  1K1U A;  1BV7 A;  5P6Y A;  5P3P A;  5P0E A;  1HSH A;  4RZ1 A;  4QJ9 A;  3NLS A;  1B6P A;  5P5Q A;  5P48 A;  5J25 A;  5OZZ A;  3VF7 A;  4GJD A;  2FDP A;  1RV7 A;  5P8F A;  3ZLQ A;  4QJ6 A;  3IN4 A;  5P1W A;  5P1D A;  1A30 A;  4B1E A;  3KFR A;  5P3Q A;  1YM2 A;  5P5N A;  4FL8 A;  4B78 A;  4GZF A;  1FQ5 A;  5I3X A;  3D1X A;  5P2C A;  3HBO A;  2WKZ A;  2ZHR A;  2IS0 A;  4HE9 A;  3L38 A;  3SKG A;  4EXH A;  2ZE1 A;  3L59 A;  4ZSR A;  1QRP E;  3PCW A;  1BVE A;  1B6K A;  5P3S A;  3HDK A;  3UPJ A;  5P85 A;  5DR8 A;  3CKT A;  1HEF E;  1ODW A;  3LNK A;  3KF0 A;  3VUC A;  3OUD B;  1FQX A;  3LZS A;  5P5L A;  4DJV A;  1ODY A;  3BUF A;  4FRI A;  2I1A A;  2BKS A;  1KJ7 A;  4Z22 A;  5HCO A;  2QHY A;  3HAU A;  2PK6 A;  3K5G A;  5P1S A;  4B70 A;  2H6T A;  3M9F A;  5OZX A;  3D20 A;  4DQC A;  3R0Y A;  3TLH A;  2ER7 E;  4Z4X A;  5P1Q A;  3EL5 A;  1MUI A;  2WL0 A;  2SAM A;  1HIH A;  4AA8 A;  1NSO A;  5P08 A;  4RVI A;  3VF3 A;  5P68 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3BGC A;  4Y58 A;  2G21 A;  3O9E A;  1E5O E;  3S43 A;  2F8G A;  1OEW A;  4K9H A;  2QD6 A;  2I4W A;  5P6Z A;  3GGV A;  5KR1 A;  2HPF A;  3EKX A;  2R3T A;  4B00 A;  3PWW A;  4PYV A;  1IDB A;  5P6X A;  2ZDZ A;  5P5K A;  2QI5 A;  4Y5N A;  1TCX A;  2PWR A;  1TSQ A;  5P0X A;  5P2G A;  5P6G A;  2XYE A;  2EWY A;  2AVQ A;  3KFP A;  1PPM E;  2FGU A;  1BDQ A;  5P6B A;  4F76 A;  2G1O A;  3VYE A;  4Y9W A;  4ZSQ A;  1YX9 A;  1ZSF A;  5P60 A;  1QBR A;  5P12 A;  5IVS A;  4EYR A;  1FQ6 A;  2Q55 A;  1LYW B;  3OOT A;  5P4T A;  3SA5 A;  2ZJJ A;  2OHN A;  3DV1 A;  3OHH A;  4RGH A;  2NTR A;  5P5J A;  3GGU A;  2HM1 A;  3L3A A;  4DPF A;  3QBF A;  4CPQ A;  5OZ4 A;  5P7J A;  3T11 A;  5DR7 A;  4Y3E A;  2IGY A;  3LPI A;  5DPZ A;  4GID A;  2BBB A;  5P13 A;  1GVU A;  4ZE6 A;  5P8I A;  1XN3 A;  5APR E;  5COO A;  3LIV A;  5P7N A;  3OGP A;  5P24 A;  5P07 A;  5P3V A;  1MT7 A;  5P0B A;  3LZY A;  4A6C A;  3EKT A;  5P3A A;  3TNE A;  2NXM A;  1BWB A;  5P5B A;  1EPL E;  3CIB A;  5P64 A;  4KE0 A;  4K8S A;  1A94 A;  2CEM A;  4ER1 E; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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