4EJKA

Hiv protease (pr) dimer in closed form with pepstatin in active site and fragment 1f1-n in the outside/top of flap
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Small molecule regulation of protein conformation by binding in the Flap of HIV protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-04-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ejkA00
3RSVA 5P22A 1FQ5A 4DQCA 2HM1A 1Z8CA 4GYEA 5P1NA 4Y5KA 3OGQA 2WL0A 5P3PA 4JECA 5P49A 5P5MA 1BXQA 1K2BA 3DV5A 4J54A 3QBFA 3CKRA 1XL5A 1BAIA 2BBBA 1F34A 3IN3A 3KDDA 4FE6A 3OTYA 3BGCA 1FEJC 3HVGA 4X2LA 4Y4XA 4B1DA 2G26A 5P1TA 5P8LA 2WEDA 5P4NA 3OHFA 4YD4A 5P0GA 3UDKA 2WHHA 5P7AA 5DR3A 5PEPA 5P71A 1VIJA 5P15A 3ZKMA 4DJVA 5P2YA 2ZJNA 4QJ8A 4RZ1A 2IGXA 3S7LA 3TLHA 2PSUA 4YD3A 3IA9A 1ZSFA 3NXEA 4DQGA 5BWYA 4Y4DA 4HDBA 2PK5A 3IN4A 3TPJA 1XS7D 1HOSA 2VJ7A 4I11A 4MC6A 2UY0A 4GJ5A 2B42A 2F80A 5P7QA 5P60A 3TOHA 4GJAA 2VIYA 2NMYA 5P4KA 2RKFA 3MXEA 5I3YA 3SA9A 4BFDA 5P81A 1W5VA 3Q3TA 1BIMA 1MSMA 4PZXA 2IL2A 2AOHA 5OZEA 4IVSA 5P7UA 4JPCA 2AIDA 5SZ9A 5AH6A 1GVXA 1G6LA 3L3AA 4B00A 4GMIA 3PLLA 3VF3A 4YCTA 3L5DA 1WBKA 3PLDA 5P0XA 4Y50A 2QHZA 3JW2A 5P1QA 3BC4A 7HVPA 1APUE 2HIZA 1AJVA 5KAOA 4Y57A 2QMGA 5P67A 3QROA 5OZCA 1C6ZA 4Y3YA 4K4PA 4KUPA 1E80E 1QS8A 5TOLA 4OC6B 2PYNA 1ODXA 1TSQA 5P7TA 1WBMA 5P6YA 3GGVA 3OUDB 1EC1A 4Y4WA 5OZYA 4YD6A 3SQFA 1FMUA 5P4HA 5P28A 2G69A 5P63A 2G20A 4FS4A 1TZSA 2OF0A 4FSLA 4J1IA 2QNPA 4QJ6A 2FDEA 3TOGA 1XL2A 2QI1A 2G1RA 3EKVA 2CEMA 4MC1A 5P65A 4CP7A 4Y4TA 4RCFA 1FMBA 3IAWA 5BS4A 3NSHA 5OYZA 2OHKA 5P6VA 2IKUA 3ER5E 3S53A 4EPJA 4AUCA 4ZLSA 3L58A 1W5XA 5P3NA 3APPA 5P03A 4E43A 4EQJA 5P5TA 1B6PA 1YG9A 5DPZA 5P8RA 1MPPA 4I0HA 3TPPA 5OZ5A 1JLDA 2H6SA 1LV1A 4DJQA 5P62A 5P50A 3VFBA 3GGUA 1D4LA 5P43A 1A8GA 5HVPA 1HVHA 5IVRA 5E5KA 3UQPA 3VG1A 4I10A 4U7QA 4Y43A 2FXDA 3B80A 1RPIA 3NXNA 5P64A 5P3TA 2IQGA 3OUBA 2WEZA 3N3IA 3OU3A 4RRNA 4YDGA 1MTRA 5P4MA 5P3FA 2G27A 5OZ0A 3VSXA 3BUGA 3DUYA 4FIVA 3QVIA 2NNPA 5P0YA 5P7IA 4Z2ZA 2H6TA 3S45A 4JP9A 4Q1YA 1ZSRA 3K4VC 2HAHA 4Y3XA 1C70A 1SIVA 2I4QA 2R5PA 3QVCA 1E5OE 1D4SA 3I2LA 3LZUA 4Y51A 5P3EA 3FSMA 3KMXA 4RVXA 3FKTA 3Q5HA 4J0PA 3WZ8A 5OZ1A 1ER8E 5KR8A 4OBGA 5P20A 5FIVA 1LF2A 5ISKA 2NR6A 1FQ8A 5IS4A 1LYWB 3AIDA 5SY3A 5HDXA 5P7PA 5P2DA 5P6DA 4I1CA 3UDRA 1C6YA 3UDPA 5P0LA 2AZCA 4DVFA 4CPWA 4EJ8A 2HC0A 4GZFA 5P6KA 1HEFE 5DQ1A 5P3RA 3LPJA 5P6WA 5P0IA 3S43A 5P3HA 1B6KA 5OZPA 2JE4A 3IXOA 4I0ZA 5P7HA 3OAGA 4Y6MA 3FX5A 5P59A 5P79A 4J0TA 4EHCA 4Y3FA 5P7ZA 5P0TA 3GI4A 3D1ZA 3R0WA 3HAWA 5J25A 1E82E 4YA8A 5P10A 4HDPA 5P0UA 5P6RA 3DM6A 5DR4A 4XX3A 5OZLA 5OZ8A 1APVE 4Y5MA 1FLHA 5P61A 4ZSPA 5HE4A 5P58A 4F76A 5P2AA 2ZGAA 2NPHA 1HXBA 5P41A 2ZJJA 4YDFA 3LIYA 5IVSA 2G1NA 1GVTA 4R93A 5OZIA 4Q1XA 1ZBGA 4GJ8A 5P12A 5OYWA 2OHRA 4YCYA 2R38A 2J9JA 1OD1A 4XXSA 2QNQA 3ZPSA 3NDXA 4RYCA 3PM4A 5P4BA 1PSNA 4XKXA 4AA8A 5IE1A 5P5XA 5ISJA 4LP9A 3OHHA 5AH8A 1BVGA 1AIDA 3L5FA 4NJSA 1GNNA 4QGIA 1PPLE 4FRSA 3D1XA 2QCIA 3Q4BA 3KMYA 5P6LA 3SA6A 2NMZA 2F3KA 3NU3A 2QD6A 5E5JA 2WEBA 3INDA 2Z4OA 1T7JA 3D1YA 2FLEA 4FRKA 2OHSA 2V10C 4LAPA 5P3AA 2I0AA 3QPJA 2V0ZC 5P4EA 1T6EX 3INHA 4Y5PA 4ZSMA 5P1SA 3QRSA 5P3ZA 2ER0E 5P2WA 4Y3TA 2FNTA 1HPSA 2ZHRA 1LF4A 1SDVA 5SXNA 2B60A 1TSUA 2WF4A 1BXOA 5P1AA 5SY2A 3SM2A 1EPME 1YTIA 4ZPGA 4Q1WA 4DJRA 3RTMA 3U7SA 4YBFA 3LITA 1HVKA 4JOOA 3FNSA 4TRYA 2P3DA 4FL8A 3RVIA 4Y5EA 2ER6E 1HRNA 3BGBA 2VA5A 3ER3E 1BBSA 4RCEA 5JFUA 2QHYA 3EC0A 5P57A 5APRE 5KQYA 1PSAA 4EXGA 3QI1A 1SMEA 4I0GA 5P7WA 2OHUA 4F74A 3GI5A 2XFKA 4B05A 3EM6A 5P0PA 2G1OA 3UQWA 5P2VA 3G6ZA 5P56A 3VF5A 2QHCA 3TL9A 1MSNA 3EL9A 2FMBA 6FIVA 2BKSA 2ZDZA 3UFLA 4M8YA 3S43B 1MTBA 4K4RA 3WB5A 1K6CA 3UQUA 2Q15A 5P70A 5P8HA 4AZYA 3OAGB 1W5WA 3D91A 2I4UA 3T6IA 3UDNA 4DV9A 5P8EA 2ZJHA 5P4PA 1ODWA 5P8GA 3VLBA 5OZBA 2WF0A 1GNOA 1IZHA 2PK6A 3ZKGA 5P30A 4I0IA 5DR1A 3AUPA 4H3FA 3Q6YA 3CYXA 2WEAA 3OUDA 1KJFA 3ZMGA 5P32A 2P3BA 5OZFA 2OHNA 3TKGA 4B72A 3O9IA 4BEKA 5P2NA 3GGAA 4Y3SA 4LXAA 3D3TA 1DW6C 4NJUA 2J9JB 1A9MA 1FQ4A 5OZMA 2QZXA 2HPEA 3LZYA 4ZEAA 1HIHA 1PSOE 3FV3A 4PPHA 2ZYEA 1HTGA 2BQVA 3TTPA 3BVAA 5P2QA 3LZVA 3EKYA 5P8VA 1M4HA 5P6BA 4HDFA 4J1EA 5JODA 3SFCA 1EBZA 3OADA 4Y3RA 1ENTE 3NUOA 3VCMA 1K1UA 3NDTA 5P1FA 5P8NA 5P78A 1G2KA 1E81E 1EC3A 2AOCA 5OZ4A 1MERA 2HS2A 5C9BA 3N4LA 1AVFA 1K6PA 3K5CA 4DJPA 1PPKE 3R0YA 5P0OA 1HTRB 3OQFA 2V13A 4I12A 4FCOA 4EXHA 5P1HA 1B5FA 2RKGA 4PHVA 4YOAA 2QZWA 2O4SA 5OZDA 1KZKA 1HWRA 5P11A 4D89A 5HDVA 5P02A 4GJBA 4YOBA 5P3YA 5P3JA 5P01A 2I0DA 4J55A 4Y38A 1QBUA 2P83A 3EKQA 3SKFA 3PBDA 5P51A 5P4FA 3UQRA 4Y4UA 3DV1A 4Y3HA 5P7RA 1TQFA 5HE5A 2QK5A 4TVGA 1NH0A 5KQXA 5P8QA 4Y4ZA 1ZP8A 4Y39A 5OZUA 5P7EA 2HPFA 5P3MA 5DQ5A 5P1IA 4Y3JA 5DQCA 4YD7A 4F73A 5P8UA 2NXMA 1A30A 5EZXA 3GW5A 3EKWA 2OHMA 1APWE 2JJIA 5P77A 5P3VA 1SDTA 2XFIA 4HE9A 4J1FA 5OZ6A 1LYWA 2AZBA 4D83A 1B6JA 1MIQA 5F01A 1UH9A 5P24A 4J1CA 5OZ7A 3PEPA 2PH6A 5P2IA 2WKZA 5BRYA 4D8CA 5P4ZA 3OXXA 1YTHA 5HD0A 5P4DA 5OZ9A 4FRJA 4OD9A 4Y35A 4DQEA 5OZOA 3O9AA 3UDQA 1MRXA 4PZWA 2VJ6A 4TRWA 3OXWA 4YCKA 2ZJKA 5P74A 5P0CA 5P3WA 4Y5NA 3O9CA 2QD8A 4BFBA 4ACXA 2B8VA 5P5BA 5P17A 4CPTA 5P0EA 2EWYA 5HDZA 2P3BB 3OUAA 2OAHA 1LF3A 5P1XA 3T11A 3SA8A 2V11C 5P06A 4L7HA 2NNKA 5P2UA 4D85A 4Y3GA 3OQDA 1BILA 1EPLE 5P5LA 3T7PA 3PI5A 1HSGA 3K5DA 1Z1RA 3EM4A 4RROA 1G35A 3OADB 2FDDA 5P1OA 5P04A 1MT8A 1MRWA 2UXZA 2PMAA 3EL4A 3NU6A 2B7FA 2Q55A 5P6HA 5P7DA 4FGXA 1W51A 2R3WA 5P1PA 5P4YA 3PCZA 5P8OA 5P7OA 5KR2A 5P18A 1B6MA 1EPRE 1AM5A 2Q5KA 4EYRA 2VKMA 5P07A 1B5FB 5P6JA 3PMUA 2R5QA 5OYTA 3ZLQA 1EEDP 2IGYA 5AHBA 5P6NA 3NWXA 4ZIPA 5P6IA 2P4JA 5P3IA 5P5IA 4IVTA 4J17A 5DQ4A 2P3CA 4LXKA 3KFNA 3LIXA 3EKPA 2O40A 2R3TA 3O9HA 3ZKXA 5HE7A 5IVTA 1BDRA 3O9BA 4Y5GA 1ZPAA 4LC7A 2RMPA 3LPIA 2G22A 4L7GA 2RENA 5OYRA 9HVPA 2G94A 1SP5A 2AVSA 5OYVA 3MSKA 5P3GA 1C6XA 3SA5A 3NLSA 5P8BA 1Q9PA 3O9LA 3ZL7A 1HPVA 4Y3MA 5P5NA 2B7ZA 2I4DA 5P3LA 2O4PA 8HVPA 2Q11A 1BVEA 3SPKA 2O4KA 3PVKA 3SA7A 4Y5LA 1XN2A 4DI2A 5P6EA 5P0RA 1SIPA 5P8DA 5P7BA 5P0BA 2BPXA 3HZCA 2ZHUA 1NPVA 3TOFA 2VS2A 2VIZA 1EPQE 4OBDA 4L1AA 5JFPA 3MSJA 2CENA 5IVQA 2QI5A 2QNNA 3CIDA 4YBIA 1W5YA 3IVIA 1FG8C 2G1SA 5P3DA 3CICA 5P6SA 5P5AA 4OD9B 4R92A 3TKWA 5P4JA 1EPNE 4Y44A 2QMFA 2QZLA 5P6CA 3C9XA 1CMSA 5P3SA 5P6ZA 4ER2E 5AH7A 4GJ9A 5P2JA 5P2CA 1LYBA 3DCRA 1YM2A 3PSGA 4RCDA 1PFZA 3ECGA 4K8SA 5P88A 1Z1HA 1K1TA 4FM7A 3B7VA 5AHAA 1HVIA 5P72A 4FAEA 2FDPA 2QI3A 1BDLA 4QJ9A 3K5GA 1A8KA 3OWNA 3OY4A 3NU4A 3A2OA 3G70A 1FFFC 5P1CA 2IS0A 3UDHA 3KF0A 5P31A 2A1EA 4FM8A 5P1LA 3EM3A 5P5JA 2VJ9A 5CLMA 5P19A 5P4LA 1T7KA 2AOEA 5P3XA 2IENA 4Y3DA 3PI0A 1BWAA 4CPQA 3KFSA 5P4UA 1ODYA 4WY1A 3QN8A 3U71A 3UQXA 5P25A 5P7KA 5P7XA 5P87A 4DQBA 1DAZC 5COPA 1FG6C 2F3FA 3KM4A 5AGZA 4B78A 3NYGA 5P1WA 2QP8A 4Y4EA 5P76A 5P8TA 4CPUA 1OHRA 1QBRA 3SABA 5P85A 3DOXA 5P42A 3PBZA 5P5PA 3TH9A 2I4VA 4ZSQA 3QRVA 4OBHA 3EL0A 3I7EA 5P0MA 2B8LA 5P00A 2Q64A 4Q5MA 2APRA 3QBHA 2FGVA 5P0SA 2AZ9A 2AVOA 4DQFA 4A6CA 3OQKA 1IDAA 3TPLA 5P16A 3O9LB 3MSLA 4R95A 5P4TA 4ZPEA 3UPJA 1HVRA 4H3IA 4Y56A 4YHQA 3OXCA 3NWQA 2AOGA 5P7GA 5P86A 4A4QA 1DP5A 1ZJ7A 4QLHA 3WSJA 2F81A 3NU5A 1IZIA 2PH8A 4J5JA 3MXDA 4R91A 3DCKA 5P3CA 4L1AB 2QI7A 2R8NA 2AVMA 2MIPA 5P8IA 3EL1A 4QJAA 2QMDA 5P6MA 3ZPUA 5P1RA 4D88A 4DH6A 4EQ0A 4NPTA 5P2FA 3S8IA 5HTZA 4Y48A 3GI6A 2OHTA 3OU1A 1BV9A 3K4VA 4Z50A 1LZQA 5DR7A 5P4WA 2WJOA 3SO9A 3RTNA 1D4IA 3VYEA 1LYBB 1PROA 5P1JA 4DJOA 3SACA 1W50A 5ENMA 1YTGA 3UTLA 5P5DA 5KOSA 3L59A 4Z22A 2BKTA 3S7MA 3WB4A 1EPPE 3INEA 5P6OA 1QDMA 1XE6A 1TCXA 5OZZA 2IDWA 2BPWA 5P05A 4HZTA 4Y53A 4S1GA 1GVUA 3OOZA 4NJVA 3QS1A 3WZ6A 1EBKC 5P47A 3NU9A 1TW7A 5P6FA 4RGHA 3BUFA 3VV6A 3KT5A 5P5WA 1YM4A 3LNKA 5OZ2A 5P29A 4Q1NA 4DFGA 5P27A 4CPRA 2QD7A 3VUCA 3LHGA 2QZKA 3NDWA 2AODA 2VA6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RSV A;  5P22 A;  1FQ5 A;  4DQC A;  2HM1 A;  1Z8C A;  4GYE A;  5P1N A;  4Y5K A;  3OGQ A;  2WL0 A;  5P3P A;  4JEC A;  5P49 A;  5P5M A;  1BXQ A;  1K2B A;  3DV5 A;  4J54 A;  3QBF A;  3CKR A;  1XL5 A;  1BAI A;  2BBB A;  1F34 A;  3IN3 A;  3KDD A;  4FE6 A;  3OTY A;  3BGC A;  1FEJ C;  3HVG A;  4X2L A;  4Y4X A;  4B1D A;  2G26 A;  5P1T A;  5P8L A;  2WED A;  5P4N A;  3OHF A;  4YD4 A;  5P0G A;  3UDK A;  2WHH A;  5P7A A;  5DR3 A;  5PEP A;  5P71 A;  1VIJ A;  5P15 A;  3ZKM A;  4DJV A;  5P2Y A;  2ZJN A;  4QJ8 A;  4RZ1 A;  2IGX A;  3S7L A;  3TLH A;  2PSU A;  4YD3 A;  3IA9 A;  1ZSF A;  3NXE A;  4DQG A;  5BWY A;  4Y4D A;  4HDB A;  2PK5 A;  3IN4 A;  3TPJ A;  1XS7 D;  1HOS A;  2VJ7 A;  4I11 A;  4MC6 A;  2UY0 A;  4GJ5 A;  2B42 A;  2F80 A;  5P7Q A;  5P60 A;  3TOH A;  4GJA A;  2VIY A;  2NMY A;  5P4K A;  2RKF A;  3MXE A;  5I3Y A;  3SA9 A;  4BFD A;  5P81 A;  1W5V A;  3Q3T A;  1BIM A;  1MSM A;  4PZX A;  2IL2 A;  2AOH A;  5OZE A;  4IVS A;  5P7U A;  4JPC A;  2AID A;  5SZ9 A;  5AH6 A;  1GVX A;  1G6L A;  3L3A A;  4B00 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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