4EP2A

Crystal structure of inactive single chain wild-type hiv-1 protease in complex with the substrate rt-rh
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
203
structure length
198
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEILGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNFPQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEILGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural, kinetic, and thermodynamic studies of specificity designed HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase substrate
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
molecule keywords protease, tethered dimer
total genus 43
structure length 198
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ep2A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ep2A02
3LIQA 5DGWA 5I3YA 3O9IA 4D83A 5P62A 3LIVA 1FMXA 5HE4A 5P4JA 1GNOA 5P6VA 5ER1E 4BFDA 5P3HA 4J55A 3OXVA 5COKA 4GIDA 4N00A 5P52A 3TOGA 3I6OA 2P3DA 3KFPA 3BUHA 1LYBB 3EKWA 4EP2A 5P13A 4H3FA 2CENA 4FM6A 2B8VA 3SM2A 3Q6YA 1Z8CA 2Q3KA 2R9BA 1W6IA 3BVBA 5P2VA 4HE9A 5P6JA 2XFIA 1T7IA 5P6TA 4RVXA 4YDFA 3PBZA 4FSLA 4GZFA 3T11A 3O9CA 3NYGA 4CKUA 1CPIA 4U7VA 5P4CA 2H6SA 2WF4A 3LZSA 3RTMA 4R95A 5P1RA 1EAGA 5P7JA 3LZYA 2VS2A 1YT9A 5I3WA 5P6GA 2I0AA 2B7FA 4FRSA 4HEGA 1AXAA 1HPVA 1FQXA 2RKGA 2Q5KA 5OZVA 2HPEA 1W5WA 5P1EA 3PCZA 2HB2A 3KDDA 4LC7A 1Z1HA 5P1OA 2VIEA 5P73A 3IGBA 1QRPE 5TOLA 5F01A 2G26A 1UH7A 2J9KA 2VKMA 5P2ZA 5P8VA 5P0XA 1T3RA 5DR8A 1BXOA 5OYRA 5OYYA 5P1IA 4TRZA 4FRJA 3ZOVA 2NXDA 3TPJA 3L3AA 5COPA 5DR1A 2QMFA 5AHBA 2FDDA 3ZLQA 5OZ6A 4Y4BA 2Q55A 3KDCA 3O9GA 4U7QA 4Y4AA 3KN0A 4Y4XA 1BILA 1YTIA 1FG6C 5P4KA 3R4BA 2FNSA 1MSMA 5FIVA 1FIVA 5ER2E 2QI7A 3BRAA 1K2BA 4D85A 1HVSA 4Y3NA 5P86A 5OZNA 4J5JA 3PJ6A 5P2UA 3HAUA 3HBOA 2I4XA 1E81E 4QJ8A 2VJ6A 4IVSA 2AODA 4LAPA 1C6XA 1QBTA 4ZPGA 1GVTA 4Y3LA 5P3TA 1SGZA 5P1HA 2OHPA 2PWRA 4HZTA 1XN3A 3D3TA 5P4TA 5OZ9A 2QI1A 3INEA 5P2RA 3OADA 1AM5A 4Y5CA 5P33A 2PH8A 2JJJA 4EQ0A 1KJFA 5P6AA 1HSGA 5OZMA 4F76A 4FRIA 2AQUA 5P8AA 5P0FA 3R1GB 4YE3A 4Y5GA 4LP9A 4OD9B 1FQ6A 5B18A 1LEEA 1TQFA 1A8GA 4EJ8A 3PMUA 3SO9A 4B1CA 1W51A 1MIQA 5P7UA 3OU4B 2HS1A 3S54A 1RV7A 4I0ZA 5P0CA 2HIZA 1NH0A 5P2EA 3TPLA 5OZZA 5JFUA 5C9FA 1ZTZA 4X7IA 2PMAA 3Q4BA 1ER8E 3EXOA 4RCFA 5CLMA 5P31A 3PHVA 4Y35A 5P5WA 2R8NA 3RVIA 3PB5A 3EMYA 1ZPKA 3OUDA 4Y37A 1IBQA 1HHPA 5P4LA 3URIA 4RRNA 4BFBA 2A1EA 4AMTA 2OHSA 5P2MA 5P0BA 5P4NA 5P39A 5P56A 5OZLA 3BGBA 4GYEA 5P17A 2QD7A 5BWYA 5P72A 1K1UA 3SKFA 5P4RA 3LPJA 3CKTA 5E5JA 1SMEA 4QLHA 1UH8A 5P7BA 5P24A 1B6PA 2BPWA 2AOHA 5P3VA 5P1WA 5P57A 5P15A 2G21A 4Y3QA 2WF3A 3NU6A 4TRWA 3K5GA 2ZJJA 2Z54A 1EPQE 5P8FA 5P63A 5P8RA 5P1JA 1HSHA 1LYBA 3OOTA 2IKUA 4K4PA 4EWOA 4Y4EA 5P8TA 1HIHA 3I2LA 4EXGA 5P4QA 2WECA 4J17A 5P70A 4CPUA 3IA9A 3JW2A 3FNTA 2OHNA 2XYEA 1YTGA 3S7LA 5P4UA 5P4VA 2ER0E 1EPPE 3OY4A 3BGCA 3EL9A 1MT7A 1MT9A 3HAWA 4Q5MA 1KJHA 5P3NA 5P8CA 5P8EA 1PPKE 3U6AA 1MT8A 1LV1A 4J0PA 1HIIA 5P7ZA 4DJOA 4QJ6A 5P8UA 5IS4A 2VA7A 3EKXA 4HLAA 1ZJ7A 3UDHA 5P3BA 3WB5A 5OZRA 5OZFA 2IGYA 2WEZA 1B6KA 1NSOA 1SBGA 5P1MA 1HTRB 3R0YA 3NDWA 2WL0A 4ACXA 3NDUA 1FG8C 2IEOA 5P29A 2Q63A 3CIBA 3QI1A 5BS4A 5KQZA 1B6MA 2P3AA 5P7NA 3CKRA 4J1HA 3TNEA 5P2CA 5P7IA 2RENA 5DQ2A 1HVCA 1NPVA 5P8PA 5C9DA 4CMSA 1A30A 1IDBA 1XL5A 5P0PA 3RSXA 5HDVA 5OZDA 5T4SA 5P1ZA 5P8OA 3EM3A 2APRA 5OYVA 3OGQA 5P1QA 5P0LA 5P6YA 1HTGA 2HB4A 1MRWA 4Y5BA 4DJPA 2QAKA 5P7HA 4PHVA 1PPME 4RCDA 3VSXA 2VJ7A 5P4GA 3VFBA 5DR0A 3SA4A 4R8YA 2ZJMA 4Y3RA 5EZZA 2WEAA 3EBZA 2EWYA 3OQFA 1APTE 5P5SA 3KT2A 3KT5A 4I0IA 3UDNA 1BWBA 4FAEA 4B70A 1BDLA 4XX4A 3R0WA 2FMBA 2NNKA 3FKTA 4Y5PA 4MC1A 4Y3SA 2BJUA 4I1CA 3QIHA 5OZSA 3SA5A 5P0IA 3ZKMA 3APPA 5P6MA 3S43B 1W5XA 3N3IA 4OD9A 2HPFA 1C6ZA 3PVKA 2PH6A 4A6CA 5P8IA 5P6LA 1XE6A 3ZKXA 3INFA 1FQ4A 4HVPA 2HM1A 5P0OA 3SM1A 3UDRA 4LL3A 4GJDA 1GVVA 5P76A 5P2KA 4LHHA 4Q1YA 1GKTA 4NJSA 4DJWA 5P47A 2BKSA 3NU4A 5P1LA 4FS4A 4J1EA 1FQ5A 4I0EA 5P2FA 3C9XA 1NPAA 4K9HA 5P5XA 2F80A 5P6BA 3TKGA 1FQ7A 5I3XA 3ECGA 3QN8A 5P66A 1IIQA 4Y6MA 3IAWA 3TL9A 3I7EA 3NU9A 3CICA 5P8QA 5ISKA 2V10C 4EPJA 1FF0C 3OAGB 3LINA 2ASIA 3LIZA 4FM7A 5P1NA 4I0FA 1SDVA 5P83A 3OQAA 1HVLA 3QAAA 4Z22A 5E5KA 5OZQA 1ZAPA 1AJVA 5OZ5A 3R2FA 5P59A 5KR1A 1FQ8A 3TPRA 4Y56A 1HPOA 5DGUA 3ER5E 3H0BA 2ZGAA 2AZ9A 5P0HA 1HWRA 3VYFA 1YX9A 2I4DA 5P85A 4Y3AA 5P7CA 4F75A 5OZ4A 5EZXA 3UDYA 3MXDA 2R43A 5P6DA 4FM8A 5HTZA 1LF4A 4B1EA 5OZUA 5P7GA 1M0BA 5P3LA 5P6CA 2BPXA 4FRKA 1HEFE 2NPHA 1ZPAA 5P38A 3NWQA 5HDXA 2QI6A 5P2DA 5P7AA 4CPTA 3TTPA 4L7HA 1MRXA 5P61A 4R91A 2ER6E 2QP8A 4JOOA 5P3RA 4A6BA 1EPME 4ZSMA 5AH6A 4GJ5A 2PSVA 1TCXA 1TZSA 2IENA 5JFPA 5P49A 5OZ8A 1HXBA 1NPWA 5P1XA 5P1AA 5DQ5A 2PYNA 5P6UA 1AIDA 5OYUA 4DJXA 1LYWB 3K1WA 5P55A 2IQGA 5P88A 3QRMA 3GGXA 5P7WA 2OF0A 6APRE 5P41A 2AOJA 1MPPA 2QD6A 3VV8A 5P2HA 2I1AA 4CPQA 2NXLA 3VEUA 5AH9A 4Y43A 1QBUA 5P46A 5P7KA 5P0JA 3SA8A 4H3JA 3O9BA 4OBZB 1SGUA 5ISJA 2I4QA 3NXEA 1RL8A 4OBGA 1EBKC 5HCOA 3T7QA 4XKXA 4DQHA 2BPYA 2FXDA 2AZBA 3LIXA 1LZQA 3NLSA 1APWE 5P2JA 3PBDA 1BBSA 5P4HA 3EM6A 5P28A 4Y4JA 1IVPA 5KR0A 4Y39A 1B5FB 1ODXA 3D20A 2ZJLA 5AGZA 1K2CA 4YCYA 3QS1A 4Y4UA 1UPJA 3FIVA 1OHRA 4KB9A 3ZPTA 5JODA 3NUJA 1YG9A 2P83A 2IGXA 3SPKA 4H1EA 2UPJA 4CP7A 5P0TA 4OBHA 1GVUA 5P08A 4DJQA 2HS2A 4YBFA 2ZHRA 1SH9A 2F3KA 2ER7E 5P80A 2HAHA 3OXCA 3B7VA 3PSUA 3INDA 1DAZC 3CKPA 3NDTA 5P82A 3KYRA 3SACA 2AOGA 1QS8A 5P3QA 2O40A 1D4SA 3OQ7A 1N49A 3O99A 1ZBGA 4WTUA 5P1YA 2ZHTA 3VG1A 3PSGA 5P32A 5BRYA 5AH8A 5P8KA 1XN2A 5OZAA 5P4ZA 3DJKA 2WJOA 4FE6A 5P2TA 2BB9A 2FLEA 3SLZA 4YCTA 5P4YA 4L1AB 3PCWA 4Y44A 3IXKA 2QZXA 4PYVA 1BWAA 2OHTA 5P6XA 2R38A 2PSUA 3QRSA 3S56A 4DJYA 1KJGA 1EC2A 5P81A 3AIDA 1WBKA 5P03A 4YCKA 5P2IA 4Y5LA 4J0YA 4YOAA 5P79A 3H5BA 4E43A 1PPLE 3WZ8A 3BC4A 2P3CA 3KMXA 3WSJA 3UQRA 5P4WA 4ZIPA 3T7XA 3O9AA 1MERA 1K1TA 2G94A 3GI4A 5P6RA 2AZCA 5P0WA 4I11A 4YHQA 1IDAA 5OZYA 2G1YA 1ODWA 5J25A 2OHLA 5P0GA 3UDJA 1CMSA 4ZE6A 5P7OA 5P19A 4ZSQA 1BDQA 2QZWA 1KZKA 1MVPA 1OD1A 5P58A 5P7MA 5P8HA 2JYSA 4DJUA 3S85A 3OWNA 5KQFA 3PWWA 3MSJA 3T3CA 5OZ1A 5P5DA 4DPFA 3PMYA 2QHYA 3NDXA 5P6HA 3VCMA 2OAHA 1D4KA 5P4BA 1BV7A 3INHA 5PEPA 1FGCC 3RU1A 2PYMA 1AVFA 2WF0A 3O9LA 2J9JB 3WZ7A 5P1GA 2QI4A 4Q1NA 2WEDA 4IVTA 5OZOA 5OYTA 5UPJA 3B80A 3S7MA 3K4VA 5P8BA 5P69A 4ACUA 5P2BA 1YM4A 3Q70A 5P6SA 3NWXA 5IVTA 2VNNA 2G22A 3BVAA 4Y3TA 4Y36A 3GW5A 4GJCA 1B6LA 2PK6A 3DV1A 3PLLA 3ZMGA 2AOIA 1W6HA 5P87A 4B00A 3G70A 1T6GA 3JVYA 2QHCA 4APRE 1HVKA 5P5HA 1KJ4A 3L5BA 3QVIA 4GJ8A 4GJAA 3EL0A 5P7EA 1DW6C 5P40A 3EKYA 1RPIA 3TOHA 5AHCA 2OHRA 1G6LA 3L5CA 3LNKA 1LYWA 3KDBA 1FFFC 2G27A 4R93A 3VF3A 1JLDA 1XL2A 4FGXA 4ZEAA 3CYXA 4I0JA 5P0RA 1M43A 2V11C 5P4IA 4YOBA 5P60A 2Q11A 3MSLA 5P0EA 4Y4TA 1PSOE 3RSVA 4EJDA 2JXRA 4YD5A 3D1ZA 5HU0A 4HDBA 4OBZA 6UPJA 4ER4E 5P4MA 3PWMA 5P3EA 3KFSA 5P1CA 4H3IA 2PC0A 3OGPA 1OEWA 4Y45A 4Y3MA 1QDMA 4Y3XA 2P3BB 4Y3WA 4U8WA 1IZIA 1ZLFA 2P8HA 3EKVA 2QNPA 1B5FA 1XDHA 5P7SA 3TH9A 3D91A 2NMZA 5P78A 1D4IA 5P7FA 5JG1A 2AOFA 4PPHA 1ZP8A 5OZ7A 5P4AA 2AOCA 1LS5A 8HVPA 5OZJA 3F9QA 4FLGA 4JPCA 4OC6B 2VIJA 4AZYA 3IVIA 2MIPA 3T6IA 1TSQA 4NJTA 5HDUA 5OZ2A 2UY0A 4GJBA 3UTLA 5IE1A 1BAIA 4Y53A 5P7XA 5P4FA 3LPIA 3LZUA 5P3WA 4YD4A 3MXEA 5SY3A 5P1UA 1WBMA 4J1FA 4RLDA 5P8LA 4M8XA 2QI5A 2AVSA 4B05A 3OTYA 4RGHA 3UDKA 2WHHA 3UQPA 3QVCA 2ZHUA 3HVPA 7HVPA 2FDPA 4ZPEA 5P53A 3RTNA 4R92A 5P2LA 3FNUA 1EBZA 4L1AA 4DJRA 2G1NA 5P25A 4Y3HA 3S53A 5IVQA 3UQXA 5P4DA 3RTHA 2B7ZA 3AUPA 5P0SA 4YA8A 2QZKA 2PSGA 3MWSA 2IL2A 5P6IA 3DUYA 1LF3A 1RQ9A 5OZ3A 4Y54A 4J0VA 4Q1XA 2O4NA 1MEUA 3DCRA 4Y3JA 5P20A 2OHKA 2BBBA 2R3TA 1IZHA 2AVOA 5P5UA 3WZ6A 4BEKA 5P5NA 5P89A 3CMSA 1EPNE 5P8JA 5P2SA 1FMBA 1QBSA 4PEPA 5P43A 3ZKSA 3S8IA 7UPJA 5P64A 2QZLA 5P07A 3WB4A 5P14A 5P45A 5P2NA 1MSNA 1PROA 2R5QA 3NU3A 5P27A 2AVMA 5P3KA 1LYAB 2ZJKA 5P22A 1FFIC 5P6ZA 2ER9E 4DFGA 5P0UA 3OU4A 3VFAA 4EQJA 4Y3DA 2IRZA 1EBWA 2V16C 1AZ5A 3K5DA 3VV6A 5P3CA 2V00A 3EM4A 3O9FA 3GGAA 5P4XA 4RYCA 4EYRA 1T7JA 4EP3A 5I3VA 5CONA 2FGUA 4APEA 5OZ0A 1FB7A 1SMRA 3HW1A 5P5ZA 3NUOA 4WY1A 5P44A 5P26A 3BHEA 3Q3TA 3KM4A 5P50A 4FAFA 1VIKA 1SIVA 3CIDA 5P8GA 3SKGA 2ZYEA 4DQFA 4JECA 2QMDA 3VYDA 1META 4EHCA 2WKZA 1AJXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LIQ A;  5DGW A;  5I3Y A;  3O9I A;  4D83 A;  5P62 A;  3LIV A;  1FMX A;  5HE4 A;  5P4J A;  1GNO A;  5P6V A;  5ER1 E;  4BFD A;  5P3H A;  4J55 A;  3OXV A;  5COK A;  4GID A;  4N00 A;  5P52 A;  3TOG A;  3I6O A;  2P3D A;  3KFP A;  3BUH A;  1LYB B;  3EKW A;  4EP2 A;  5P13 A;  4H3F A;  2CEN A;  4FM6 A;  2B8V A;  3SM2 A;  3Q6Y A;  1Z8C A;  2Q3K A;  2R9B A;  1W6I A;  3BVB A;  5P2V A;  4HE9 A;  5P6J A;  2XFI A;  1T7I A;  5P6T A;  4RVX A;  4YDF A;  3PBZ A;  4FSL A;  4GZF A;  3T11 A;  3O9C A;  3NYG A;  4CKU A;  1CPI A;  4U7V A;  5P4C A;  2H6S A;  2WF4 A;  3LZS A;  3RTM A;  4R95 A;  5P1R A;  1EAG A;  5P7J A;  3LZY A;  2VS2 A;  1YT9 A;  5I3W A;  5P6G A;  2I0A A;  2B7F A;  4FRS A;  4HEG A;  1AXA A;  1HPV A;  1FQX A;  2RKG A;  2Q5K A;  5OZV A;  2HPE A;  1W5W A;  5P1E A;  3PCZ A;  2HB2 A;  3KDD A;  4LC7 A;  1Z1H A;  5P1O A;  2VIE A;  5P73 A;  3IGB A;  1QRP E;  5TOL A;  5F01 A;  2G26 A;  1UH7 A;  2J9K A;  2VKM A;  5P2Z A;  5P8V A;  5P0X A;  1T3R A;  5DR8 A;  1BXO A;  5OYR A;  5OYY A;  5P1I A;  4TRZ A;  4FRJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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