4EP3A

Crystal structure of inactive single chain wild-type hiv-1 protease in complex with the substrate ca-p2
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
203
structure length
198
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEILGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNFPQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEILGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural, kinetic, and thermodynamic studies of specificity designed HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase substrate
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
molecule keywords protease, tethered dimer
total genus 44
structure length 198
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ep3A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ep3A02
4GZFA 4J0YA 4J1IA 3ECGA 1BDRA 3S54A 4J0VA 5COPA 2AZ8A 2QNNA 4EXHA 5P8QA 3Q6YA 3S7LA 1FGCC 5P6WA 5P88A 3ZKMA 5P75A 4J1HA 2O4LA 3UDYA 4EXGA 5P44A 2BPYA 5CLMA 5P8LA 5P7IA 1DP5A 5P7WA 2FXEA 5P16A 1SIVA 3EM3A 1HTRB 4Y5AA 5P2RA 5P32A 4RCFA 2Q3KA 5DQ5A 3SA5A 4ZPGA 4Y54A 5P86A 3K4VC 5P1QA 3EL9A 5SY3A 3DUYA 5P73A 5P5JA 5P6CA 3QRMA 5P43A 1ZSRA 1B5FB 5P82A 2I1AA 2VJ7A 5OYVA 1HPXA 2I4XA 5OZRA 3QAAA 2XFJA 4F75A 3WZ8A 2OAHA 3NXEA 3L5EA 3OQFA 5P5IA 4ACUA 4HZTA 1KJ4A 5HU1A 3HZCA 5IVSA 1MTBA 5P6UA 4DJQA 1HBVA 5I3WA 1C6ZA 1FQ4A 5OZ1A 2G1YA 2AOJA 5P6PA 2AIDA 1FFFC 3BXSA 3R4BA 4Y5MA 4GB2A 5HVPA 4FCOA 3T3CA 2ZE1A 3UPJA 5P4PA 4ER1E 3KDDA 3UDKA 4Y3MA 4R92A 5P51A 1B6JA 2B7ZA 3DK1A 5P4FA 3ER3E 3SPKA 4DI2A 2R43A 4XX3A 3VLBA 1C70A 5P56A 4OBZB 1EEDP 5P50A 2AZBA 5P0AA 5P0WA 5P3KA 4I0GA 1YM4A 4PZWA 4Y9WA 2NNKA 3SA4A 4HLAA 3SA6A 4DQGA 3O9LA 1XE5A 3EKQA 3Q70A 4QJAA 1OHRA 1MRWA 2AVSA 1E5OE 1K1UA 2QD6A 4QLHA 3KDCA 2ZYEA 5P72A 1BVEA 5P77A 2EWYA 1K6PA 2PYNA 1FMXA 2Q5KA 3G6ZA 3OOTA 5BS4A 3GI0A 4S1GA 5AHAA 3GI5A 5P4UA 4ZE6A 1FIVA 4R8YA 3S53A 3LPJA 3A2OA 2QZLA 5P2EA 5P34A 1EPLE 4GJ5A 5P7UA 3U7SA 4Z2ZA 4JECA 3ZPUA 4NPTA 4YCYA 3ZKSA 2OHUA 1HVKA 3OQKA 1F7AA 5OZGA 5P5RA 4Y5BA 2I4WA 5DGWA 2WF1A 3Q3TA 2ZHVA 3PM4A 4J17A 2QZXA 3PI5A 4Y35A 2NXMA 5JFUA 4ER2E 5P5DA 5P4YA 5P2YA 4JP9A 2A1EA 5TOLA 5F00A 4U7VA 1CPIA 3NLSA 1HXBA 2V11C 2XFKA 1B6LA 5P4AA 1M43A 3HVGA 2HPEA 3VSWA 3CICA 3D3TA 1FB7A 1BAIA 5HDVA 1IZHA 4RRSA 4R95A 4YD6A 5P15A 2G22A 5P5AA 5P7KA 4EHCA 1ME6A 1LYWB 2J9JA 5OZHA 2QK5A 5P20A 5ER1E 4GJ7A 5P18A 1FFIC 4KE1A 4Q1YA 3KMXA 2NMZA 4I0HA 2QMDA 2WECA 1UH8A 5P1AA 3OXWA 3OOZA 3BVBA 2ZDZA 5P79A 4Y3SA 5P0ZA 5COOA 4DJWA 3UQUA 5P49A 4N00A 1QBRA 5P4JA 3PJ6A 5APRE 5HDZA 3ZKXA 5P2TA 1HTFA 5P3TA 5OZEA 5P7PA 1TSQA 2QMPA 5P38A 3F9QA 3PSUA 4K9HA 5P6IA 1MT7A 3FNSA 4Y37A 4F74A 1MSNA 3UDPA 5P61A 4FM8A 2NPHA 3T11A 2FGUA 5E5KA 2QCIA 3LZVA 3EC0A 2FXDA 3IXOA 5P6NA 4GIDA 4GJBA 4Q5MA 2FDDA 2RKFA 5OYTA 4Q1XA 5OYQA 2RMPA 1CMSA 2B42A 3KT5A 3NWXA 1K2CA 4Y4TA 5OZJA 4Y3LA 4DPIA 1LYAA 3SAAA 5P64A 1FG8C 4L1AB 3LIXA 5ENKA 2HIZA 3ZL7A 1XDHA 1PFZA 5P66A 4PPHA 5P0JA 1ZJ7A 4R91A 5P3QA 5P4IA 2OHNA 3WZ7A 5P28A 2QI5A 2PQZA 2V0ZC 2HC0A 1DMPA 1TZSA 4KB9A 1UPJA 1PSAA 1G6LA 2P3BA 4HDPA 4YBFA 5F01A 1HRNA 5P2MA 5P22A 3QVIA 3OU4A 1K2BA 4B0QA 2AOIA 3KFRA 3T7QA 1GVTA 1N49A 3KFNA 2OHTA 5DR8A 4ER4E 5P30A 1GVVA 3TPJA 4OBGA 5P1YA 5P7NA 5P59A 1ZPKA 5P29A 5P1EA 2WL0A 2ER9E 3BGCA 6APRE 1D4YA 3S8IA 4CPRA 2JXRA 2QI3A 5P3VA 5P4KA 5P6BA 5P5NA 1YG9A 2AVQA 1ZLFA 4LC7A 2FDEA 5P8NA 1OEXA 5P0SA 1E81E 4BEKA 1W6IA 5P7HA 3K5GA 5P7CA 5P6AA 5PEPA 1QRPE 3QIHA 4OD9A 5KR2A 3HLOA 3PRSA 5C9FA 3DV1A 3RTNA 1SMRA 3VG1A 3PSYA 5P1SA 5P0VA 2UY0A 5DR3A 3T7XA 2QNQA 4APRE 3OUDB 5KR8A 5OZ3A 5OZ5A 4H3IA 1KZKA 3S56A 2VNMA 1NH0A 2WEAA 3O9EA 4HVPA 2AOCA 5HDUA 4OBHA 3OU1B 2IGXA 2AVOA 4EJKA 3EKPA 4B70A 2BPZA 3NDXA 1MVPA 5P00A 4DJRA 5P5OA 1SBGA 1MPPA 4Y4ZA 5P7QA 1FLHA 2F81A 3DOXA 2B7FA 3WSJA 4Y3FA 4DJXA 1APWE 5EZXA 3Q4BA 5P3RA 1GVXA 2NMYA 3FIVA 4RVXA 4NPUA 2BPWA 5P2ZA 3EKYA 2IEOA 5OZ4A 5P67A 1MTRA 2AOFA 5OZAA 5UPJA 2RSPA 5P8SA 2PWRA 5P52A 4L7HA 4Y3YA 5AH9A 4ZSRA 5P6VA 5P8DA 5P8PA 3ZKNA 3I8WA 5P4TA 2V00A 4Q1NA 5P26A 3VCMA 4D8CA 4Y3GA 1SMEA 9HVPA 5IVRA 4B00A 3IVIA 1EC0A 2APRA 4Y3WA 2ASIA 1MSMA 5P1JA 1T6GA 4Y39A 4RLDA 3INHA 5P7VA 3URLA 4U7QA 4RGHA 5BWYA 1EC1A 2R3WA 4K8SA 5P0GA 4Y3EA 4OBDA 3VUCA 2HAHA 3MSJA 3KN0A 4Y4XA 1HWRA 3KMYA 3EM4A 1BVGA 4R5NA 4J1KA 1HEGE 5P6ZA 2R5QA 3LZUA 3IVHA 3UDMA 4H1EA 3DM6A 3IN3A 2PSGA 2WF2A 4YDGA 4DV9A 3GI6A 3MWSA 1Z1RA 3EL5A 2UXZA 5B18A 3NU4A 1HIVA 3LNKA 3URIA 3EBZA 5P1ZA 3U71A 4RZ1A 4YD4A 2Q64A 1K6TA 3NU9A 3OXVA 1GKTA 3PMUA 1C6XA 4COEA 2OHSA 5P1WA 3GGAA 5P5QA 1SIPA 5P0DA 3LZYA 3O9IA 1FQ7A 3KF0A 5P8BA 2ZHUA 1IVQA 1K6CA 4YBIA 1DW6C 5KAOA 2G69A 2HPFA 4I0DA 2PWCA 4YCTA 2NXLA 5P02A 5P01A 2WHHA 5P1VA 4DVFA 1G35A 2OHMA 4TVHA 4ZSQA 1YTGA 5KQZA 5P1LA 1HSGA 5P3BA 5OZ2A 3UTLA 4QJ7A 2PK6A 4D88A 5P8CA 1FG6C 1A8KA 1RNEA 4Y3JA 1HSIA 5P6RA 5P2OA 4A6BA 2NXDA 5P4HA 3OUCA 3KFPA 2JJJA 1VIKA 5P40A 4CP7A 1HVRA 3TOHA 1FQXA 3LPIA 4Y6MA 5E5JA 5P63A 3TOGA 4FE6A 5P5BA 2QHCA 4Y3HA 2VA5A 3UQWA 1HHPA 2FNSA 1ER8E 2H6TA 5P7GA 1HTGA 5P6KA 5IE1A 5OZ9A 1SGUA 1HPOA 4FS4A 4Y47A 1PPKE 4OBKA 2IDWA 4Y58A 3TLHA 3SQFA 5OYWA 4WY1A 5P4RA 3K5FA 4Y5KA 5OZXA 4I0FA 1JLDA 5P7OA 3K4VA 3LZSA 4H3FA 1HVSA 4YA8A 3BXRA 2O4PA 3TOFA 1SDUA 2Z4OA 5KQFA 1B5FA 5P5KA 5P39A 1ZBGA 2G1SA 5P8TA 3CKPA 3QPJA 3ZOVA 1D4JA 3ZKGA 1B11A 5JODA 2H6SA 2FGVA 5P4BA 2BBBA 4QGIA 2G26A 5P3YA 3NDWA 5HU0A 3D1XA 1E80E 4A4QA 5P60A 2XFIA 1W6HA 4Y3ZA 1IDBA 1SDTA 1XN3A 1HVHA 2QD7A 3HDKA 5P7DA 5P70A 8HVPA 2QZWA 3HAWA 2A4FA 2P8HA 3NWQA 4B77A 3IN4A 1AM5A 3N3IA 3OY4A 5HE4A 4Y4BA 3HBOA 5KOQA 3K5DA 3UF3A 4FRKA 2ZHRA 1HSHA 3PCZA 2QI6A 2Q15A 3D1ZA 2IKOA 4TRWA 1T7KA 3S7MA 1VIJA 4WTUA 2OHPA 2VA6A 4Y43A 4DQBA 5P1BA 1FF0C 1EBZA 3OQDA 4DH6A 3NDUA 1YTHA 5P8IA 3FNUA 5DR7A 5P74A 5P37A 4DJVA 4DJOA 4RRNA 5IVTA 5P5EA 1SGZA 1QS8A 2ZJLA 1MUIA 3CYWA 5P24A 3JVWA 3APPA 2P3AA 5P0LA 3CKTA 4CPQA 5P2LA 4IVSA 2AZCA 2QAKA 1BWAA 2NR6A 4GYEA 3VYEA 3IA9A 2B60A 2OF0A 5P25A 5P2KA 5P17A 1APTE 3LIVA 5P48A 3EKTA 4J0PA 4F73A 3OHHA 2AOEA 4RVJA 4B78A 3SA7A 5P04A 3VV6A 3QP0A 4LXMA 2FS4A 3OK9A 5OZQA 4WY6A 1OEWA 1RPIA 1W50A 4Y44A 1HXWA 5P0OA 5P6YA 2V12C 4B1EA 3MSKA 4J55A 5P2IA 4Y4GA 1GNMA 3BHEA 3QI1A 3EL4A 4J1CA 4I0ZA 3RU1A 5P85A 1IVPA 3MXEA 3SM2A 2ZJKA 2WF0A 4FM7A 5P3MA 3PMYA 4GJ6A 5KQYA 5P3NA 5P7ZA 1TSUA 3BUFA 4RYCA 1EPME 2ZJMA 2HS1A 5P3AA 1LYWA 5P5SA 3IXJA 3CIBA 1AJXA 5P5FA 2ZHSA 5HCOA 3B7VA 2B8LA 3VF5A 4J0TA 4MC6A 2Q55A 4H3JA 5P0MA 5I3XA 3ZLQA 1XL5A 3OAGA 3IXKA 1LF3A 3VF3A 3OHFA 3UDQA 5P83A 2BPVA 1HIHA 1UH9A 2G94A 5P3CA 1BV7A 3ZPTA 1PROA 5P87A 3VLAA 1A8GA 3UQPA 3PVKA 5P4CA 1FMUA 5P3HA 5P19A 4Y5LA 3L5FA 4AZYA 5P7YA 3AIDA 1D4IA 1LZQA 2WEBA 4LAPA 1LF2A 2FMBA 1G0VA 4CPWA 3UDHA 3TH9A 1Z1HA 4Q1WA 4ZSMA 5P2FA 3UFNA 1BIMA 4LHHA 1NPVA 1APVE 3QROA 4PHVA 3NUOA 3DV5A 2ANLA 5P42A 5P10A 1SDVA 3CMSA 4NJUA 4CPXA 5P0UA 5P6GA 1W5YA 5P6EA 5OYYA 4APEA 2J9KA 1QBTA 3SKFA 3FX5A 4EP3A 5JG1A 2BPXA 1EPPE 4L1AA 5OZ0A 2VIZA 3LIZA 2BKSA 4LXKA 5P7AA 3QBHA 4J0ZA 5P8KA 2WEDA 5CONA 3PWRA 4J54A 5OZZA 3O9BA 5P71A 3Q5HA 3VFAA 3L5CA 5AH6A 4DJPA 3APRE 5P5CA 5P2UA 4EYRA 2HS2A 1ODYA 5P7JA 4D83A 4Y3QA 5P4MA 5IVQA 1BILA 1A9MA 5P0EA 4I10A 4FGXA 5I70A 5P4NA 3OADB 3L58A 4Y3PA 2QHYA 5C9BA 5P3GA 4YD3A 3LPKA 4Y3RA 3PCWA 1XS7D 1FMBA 2AODA 5KQXA 5AHBA 1NSOA 4EQ0A 3PSGA 5P0PA 2Z54A 5P06A 2QU2A 5P6SA 3R0YA 4Y3NA 1RL8A 4ZEAA 2IL2A 4EJLA 5P2WA 3FNTA 4J1EA 3NDTA 3VSXA 1PPLE 3BRAA 4Y48A 3OUDA 5P1GA 5P76A 1W51A 1FQ6A 3UDJA 5P58A 4QJ9A 5P1RA 2ER6E 3D91A 3EMYA 5KOSA 1LV1A 2F80A 1D4LA 1TW7A 4OBJA 1PPME 5DQCA 1AAQA 2I4UA 3OU1A 4LXAA 5OZPA 2ZHTA 1U8GA 4LL3A 4B72A 3OWNA 1EBWA 5COKA 5P7RA 2RKGA 5OZLA 4HEGA 4PYVA 3TPPA 4D89A 4OC6B 5P3PA 3TKGA 2B8VA 3BVAA 2HB3A 7HVPA 5SY2A 3HD8A 1SH9A 3UQXA 5P0BA 5OZWA 1GVUA 3SLZA 3T6IA 1MRXA 4L7GA 4TVGA 2R9BA 3SACA 2V10C 3OXXA 4GJ9A 3DCKA 1W5VA 5P8JA 3VV7A 3MSLA 5P4XA 2IENA 1B6KA 1M0BA 5P7FA 1LYBB 3FSMA 5P3UA 5ISKA 3R1GB 1EPNE 3RSXA 3D1YA 2NNPA 5OZVA 4Y51A 2QHZA 1HVCA 2PSVA 3OGPA 4NJVA 1EC2A 4D85A 3T7PA 3JW2A 3OU3A 5P5HA 3K1WA 2P83A 2CEMA 1HPSA 1ZP8A 1W5WA 5P13A 4JPEA 3S45A 5P6XA 5P03A 1ODWA 4Y57A 6UPJA 1YT9A 1T7IA 4MC2A 3VV8A 1XN2A 5P33A 2PH8A 4LBTA 5P14A 3TPLA 4FSLA 3PEPA 2VJ9A 3PB5A 1NPAA 3OUAA 5P7EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GZF A;  4J0Y A;  4J1I A;  3ECG A;  1BDR A;  3S54 A;  4J0V A;  5COP A;  2AZ8 A;  2QNN A;  4EXH A;  5P8Q A;  3Q6Y A;  3S7L A;  1FGC C;  5P6W A;  5P88 A;  3ZKM A;  5P75 A;  4J1H A;  2O4L A;  3UDY A;  4EXG A;  5P44 A;  2BPY A;  5CLM A;  5P8L A;  5P7I A;  1DP5 A;  5P7W A;  2FXE A;  5P16 A;  1SIV A;  3EM3 A;  1HTR B;  4Y5A A;  5P2R A;  5P32 A;  4RCF A;  2Q3K A;  5DQ5 A;  3SA5 A;  4ZPG A;  4Y54 A;  5P86 A;  3K4V C;  5P1Q A;  3EL9 A;  5SY3 A;  3DUY A;  5P73 A;  5P5J A;  5P6C A;  3QRM A;  5P43 A;  1ZSR A;  1B5F B;  5P82 A;  2I1A A;  2VJ7 A;  5OYV A;  1HPX A;  2I4X A;  5OZR A;  3QAA A;  2XFJ A;  4F75 A;  3WZ8 A;  2OAH A;  3NXE A;  3L5E A;  3OQF A;  5P5I A;  4ACU A;  4HZT A;  1KJ4 A;  5HU1 A;  3HZC A;  5IVS A;  1MTB A;  5P6U A;  4DJQ A;  1HBV A;  5I3W A;  1C6Z A;  1FQ4 A;  5OZ1 A;  2G1Y A;  2AOJ A;  5P6P A;  2AID A;  1FFF C;  3BXS A;  3R4B A;  4Y5M A;  4GB2 A;  5HVP A;  4FCO A;  3T3C A;  2ZE1 A;  3UPJ A;  5P4P A;  4ER1 E;  3KDD A;  3UDK A;  4Y3M A;  4R92 A;  5P51 A;  1B6J A;  2B7Z A;  3DK1 A;  5P4F A;  3ER3 E;  3SPK A;  4DI2 A;  2R43 A;  4XX3 A;  3VLB A;  1C70 A;  5P56 A;  4OBZ B;  1EED P;  5P50 A;  2AZB A;  5P0A A;  5P0W A;  5P3K A;  4I0G A;  1YM4 A;  4PZW A;  4Y9W A;  2NNK A;  3SA4 A;  4HLA A;  3SA6 A;  4DQG A;  3O9L A;  1XE5 A;  3EKQ A;  3Q70 A;  4QJA A;  1OHR A;  1MRW A;  2AVS A;  1E5O E;  1K1U A;  2QD6 A;  4QLH A;  3KDC A;  2ZYE A;  5P72 A;  1BVE A;  5P77 A;  2EWY A;  1K6P A;  2PYN A;  1FMX A;  2Q5K A;  3G6Z A;  3OOT A;  5BS4 A;  3GI0 A;  4S1G A;  5AHA A;  3GI5 A;  5P4U A;  4ZE6 A;  1FIV A;  4R8Y A;  3S53 A;  3LPJ A;  3A2O A;  2QZL A;  5P2E A;  5P34 A;  1EPL E;  4GJ5 A;  5P7U A;  3U7S A;  4Z2Z A;  4JEC A;  3ZPU A;  4NPT A;  4YCY A;  3ZKS A;  2OHU A;  1HVK A;  3OQK A;  1F7A A;  5OZG A;  5P5R A;  4Y5B A;  2I4W A;  5DGW A;  2WF1 A;  3Q3T A;  2ZHV A;  3PM4 A;  4J17 A;  2QZX A;  3PI5 A;  4Y35 A;  2NXM A;  5JFU A;  4ER2 E;  5P5D A;  5P4Y A;  5P2Y A;  4JP9 A;  2A1E A;  5TOL A;  5F00 A;  4U7V A;  1CPI A;  3NLS A;  1HXB A;  2V11 C;  2XFK A;  1B6L A;  5P4A A;  1M43 A;  3HVG A;  2HPE A;  3VSW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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