4EP3A

Crystal structure of inactive single chain wild-type hiv-1 protease in complex with the substrate ca-p2
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
203
structure length
198
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEILGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNFPQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEILGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase substrate
molecule keywords protease, tethered dimer
publication title Structural, kinetic, and thermodynamic studies of specificity designed HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 44
structure length 198
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ep3A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ep3A02
1MTBA 5P6SA 3OTSA 4FRJA 3ZL7A 2NNKA 1EAGA 2NPHA 4Y47A 5P2DA 1K6TA 3UDNA 4CP7A 5P14A 3BGBA 5DQCA 5AHAA 5P12A 3NU9A 2OF0A 3EM3A 5AHCA 2Q54A 2NXMA 3TPPA 5P7NA 2FNSA 5P0SA 5P04A 4ZPEA 1BV9A 3QBHA 4GZFA 5P2JA 4DVFA 2WF4A 1WBMA 5I3WA 1PSNA 1ZLFA 5DQ4A 3SA6A 5P4VA 5P5CA 3F9QA 1G6LA 4RVXA 2ZE1A 4D85A 3TH9A 2Q3KA 4NPUA 5P57A 1DW6C 4Y4DA 3OK9A 4AA9A 4DJOA 3QAAA 2Q63A 2G22A 4B78A 5P4GA 4EJLA 1JLDA 5P6JA 2HB4A 5P08A 4FL8A 5OZEA 2QI7A 3DUYA 2JJJA 4L1AA 1MSMA 5P5ZA 3EKTA 5P00A 3OQDA 3RVIA 3LIXA 2O40A 1T3RA 3BVAA 3ZKXA 4J0PA 3SFCA 1MT7A 2VJ9A 5P6QA 2JXRA 4DQEA 5P4SA 2OHNA 1Z8CA 2G69A 4HE9A 3EKWA 4OBKA 3N3IA 2F81A 2Q11A 4H3IA 3U6AA 1LYAA 2OHLA 3IVIA 5OZ6A 1D4IA 5P4JA 3L5DA 5HU1A 1EBZA 1XN2A 5P5AA 3B80A 5P2EA 1HTEA 3VYFA 3MSJA 5P4HA 3VF3A 5OYQA 5P3DA 5P62A 3VF5A 5DQ5A 5P4XA 4LL3A 4Y57A 4RCDA 1APUE 5OZ9A 5P6IA 3RTMA 2PSVA 2ER7E 3SACA 1IZDA 5P5EA 4Y3SA 4EWOA 5I70A 5P5PA 5KR2A 4GJ8A 3QVCA 1FMXA 3KT2A 4LC7A 3O9GA 1APTE 4OD9B 5P5NA 3ZKIA 2AOEA 3UQPA 4DQCA 2ASIA 2AZ8A 5P2YA 4A6CA 1EPRE 3LNKA 4L7GA 5P35A 3H0BA 3ZPUA 1EC2A 3B7VA 2VIJA 4FSEA 5P4WA 4Y4AA 4NKKA 1META 4QJ7A 5P7AA 2WJOA 3S53A 2EWYA 3U7SA 3UQRA 1TW7A 5HDXA 5P4ZA 1K6PA 4D88A 2AOHA 2VS2A 3IA9A 1BAIA 5I3YA 2BPYA 5IS4A 2VJ7A 2OAHA 4L1AB 5BWYA 3EM6A 4J1CA 5P5OA 3OOTA 3UFNA 3Q3TA 5P0PA 4FRKA 4Y56A 2FXDA 5DR8A 5P4KA 4BFDA 3G70A 2CEMA 3FNSA 2B42A 5P22A 5HD0A 2ZHVA 5P7OA 5C9FA 1AZ5A 5KQYA 3OUAA 1K2BA 2QU3A 5P2FA 3FNTA 2QI4A 1NPVA 4B00A 5P5LA 1SMEA 4Y4BA 4QJAA 5P5WA 1SMRA 3K5GA 5P77A 5P8OA 2BQVA 4YD3A 2I1AA 5HE7A 4AUCA 5P4FA 2I4QA 2AOGA 1CZIE 2F3KA 5P58A 2QZLA 4B1CA 4FM8A 5P1MA 3LIQA 4JECA 3H5BA 5BRYA 4OBZA 1IZHA 5P6FA 1F7AA 5P25A 4Y3WA 3DM6A 2FGUA 5P8GA 3SA3A 5P30A 4BELA 5DPZA 1SP5A 2ZHSA 1AIDA 4TVHA 4Y5MA 5P2XA 3U71A 2IQGA 2VIEA 1HIVA 3QRVA 5P8NA 3IXOA 2OHKA 3K4VC 3PI5A 5OZ1A 3FKTA 4GJDA 1ZPAA 2A1EA 4DV9A 4ZPGA 1YTJA 4I12A 3EKVA 2AIDA 1RPIA 4R92A 3LHGA 5HDUA 1SDTA 3KF0A 5P0WA 4DJPA 3OY4A 3NDTA 4TRWA 3NU4A 2G20A 1NPWA 3T7QA 4CKUA 5P7WA 2B60A 5OZCA 1HSGA 4H3GA 4YDGA 2QNNA 2R43A 5P7VA 4Y4GA 3ZPTA 5IVRA 2FS4A 2ZJMA 5P37A 2Q5KA 4PYVA 5E5KA 2FXEA 5DGWA 3OAGB 2FLEA 5P54A 2I0AA 1F34A 5P0XA 4QJ6A 1HSHA 3SKGA 1GNMA 5P8BA 5P3LA 1MRXA 4GJ5A 5AGZA 4EP3A 1FLHA 5P89A 5P1JA 5T4SA 2HS1A 1MERA 3LIVA 5P60A 5HDVA 4Y5CA 1EEDP 4K8SA 4WTUA 2G1YA 2NXLA 3O9EA 2H6TA 3SA8A 4GMIA 1VIJA 1KJHA 5OZKA 1ZBGA 3KMXA 1HVSA 3QI1A 2R8NA 2HPEA 3I8WA 4Y35A 5P83A 3ZKNA 2WEZA 3URIA 4Q1NA 5OZTA 2WEAA 5P5IA 5OZQA 1GKTA 4Y3EA 5P1SA 3K5CA 1QBTA 3TOGA 2NMYA 1AJVA 1M0BA 3O9BA 3Q4BA 3GI0A 4Y4UA 1PSAA 5P8MA 3RTHA 4CPRA 2P3BB 3QROA 5P1DA 5KOSA 1FGCC 3URLA 1E80E 4K4RA 3O9HA 4DPIA 5P5SA 2P8HA 4TRYA 3WZ6A 2BKSA 5P38A 5P4UA 3UDKA 4Y4JA 1ODXA 5P3JA 1CPIA 5P09A 5P2KA 1HVRA 2PYMA 1HOSA 5OYWA 4YOBA 5COPA 5HDZA 3OXWA 3M9FA 4Y9WA 1FQXA 3S43A 1CMSA 5OZLA 2PK6A 5P1LA 5P3WA 1SDVA 4JOOA 4I11A 1YTIA 3TKWA 5P8DA 3WZ8A 5P2WA 2AOFA 4EHCA 5P5MA 1ME6A 3CIDA 5OZFA 4Y3GA 5ENMA 4KB9A 7UPJA 2WECA 1BDLA 4Y4EA 5P1HA 3NLSA 5P8SA 2P3DA 4GIDA 5P5VA 5OYUA 2F80A 1LYBA 5P28A 4L7JA 2FDEA 3L58A 2FNTA 3EL1A 4J17A 2A4FA 4LAPA 1BXQA 1ZAPA 3C9XA 1IZIA 5P6GA 2HM1A 4FM6A 1YX9A 3OUDA 1HHPA 2MIPA 3SPKA 1DAZC 5P4QA 3LINA 5P0BA 1Z1RA 4LP9A 1RNEA 2QI6A 3NWQA 1HVCA 4X7IA 4L6BA 5P76A 3NDUA 2ZYEA 3DCKA 5P2AA 4QJ9A 4MC1A 5P1CA 4NJSA 3DOXA 5P33A 1SIPA 4FRIA 4LXMA 5P2UA 1QDMA 5SXNA 5EZXA 5P6VA 5CLMA 4EP2A 3NR6A 3O9AA 2AOIA 4BEKA 2FIVA 1HVLA 3D3TA 3PI0A 4Y3LA 3N4LA 5DGUA 3KA2A 3S43B 4I0GA 5P4CA 3SA5A 5P2MA 3WB5A 5P8UA 5P8AA 2XYFA 3EKXA 2XFKA 5P84A 3GGAA 3OU4A 3VYEA 1FQ4A 1B6JA 1FQ6A 3ZOVA 3OQAA 2OHTA 4EQJA 5P7XA 3VFBA 1SGZA 5P2GA 4M8YA 5P0IA 1AAQA 2QMDA 1BXOA 2ZJIA 3UDPA 3RSXA 2PWCA 1FG8C 3HAUA 1IIQA 1YTHA 3OOZA 6UPJA 4J1HA 4Y41A 3L38A 1OEXA 4NJTA 4DH6A 5ER2E 3DCRA 2QMPA 1AJXA 5P6XA 3CKRA 5DQ1A 2V16C 5SZ9A 4DJWA 4B1EA 3UCBA 1BWBA 1EPLE 1EPNE 1FMUA 3K5DA 5HE5A 3LPIA 1HTFA 4HLAA 5OYTA 5JG1A 3UF3A 2PH6A 5P2IA 1B5FB 4PPHA 4HEGA 6APRE 1C70A 3EKYA 1A94A 5P88A 5P8IA 5P39A 2VKMA 5P2NA 5OZBA 5P1XA 3L59A 3MSKA 4OC6A 5P50A 5KR0A 1GNNA 3GGVA 4Y36A 2PK5A 5P1UA 4YD5A 5P7JA 3FX5A 1B6KA 3HZCA 3BC4A 2NR6A 4R93A 5P5UA 4KUPA 5P8FA 2NTRA 5I3XA 4OBDA 1GVUA 2PWRA 4APRE 3FIVA 5COOA 4FSLA 5P24A 5P5HA 4RLDA 2ZHUA 3O9LA 5P1TA 1HVHA 5P8KA 5ENKA 5P2QA 3ZLQA 1MEUA 2VIYA 2ZJKA 2VNMA 5P5XA 2QNQA 1LF4A 3UPJA 4RVIA 2FMBA 3T7XA 5KR8A 5APRE 5P3RA 2QI5A 5P2LA 4J0YA 5P2TA 2AVSA 2ZJJA 4CPUA 1MPPA 1HIIA 5OZ4A 2O4PA 3VV6A 5OYSA 5OZYA 5P5QA 2P3AA 1KZKA 1QBUA 4ER4E 3R0YA 5P0EA 5P43A 2AODA 3EL0A 5P6NA 3UQXA 1GVXA 5P8VA 5P81A 5P52A 1E82E 4GJ7A 5P3YA 3TPJA 5P68A 3JW2A 4RVJA 4DJUA 1W5WA 3SM1A 4U7VA 4DUSA 8HVPA 5P66A 2RKFA 2RENA 3HVGA 2P4JA 3SM2A 1FMBA 4FM7A 5P1EA 3S54A 1TCXA 5P67A 3OQFA 3TNEA 3GGUA 5P8CA 3ZKGA 4MC9A 5HE4A 2R3WA 5P6ZA 4X2LA 5HVPA 3NU6A 3PHVA 3Q70A 4YDFA 5COKA 2SAMA 2BPVA 1LYWA 2IDWA 3OU1A 2J9JA 2BJUA 5P6UA 3S8IA 5P40A 1YTGA 1TSUA 1Z1HA 2NNPA 1SIVA 1YM2A 5OZRA 3KN0A 1T6EX 2O4SA 5OZ5A 5P6CA 5IVSA 3INHA 3IXKA 3EL9A 1KJ7A 2QZWA 2PSGA 2CENA 4Y3RA 2QMGA 2B7ZA 4UPJA 2ZGAA 4Y5NA 5P5JA 4I0JA 5P3TA 2QNPA 3KFSA 3PLLA 4NJUA 2HIZA 1BWAA 1D4SA 2WF2A 4KE0A 5P47A 2OHRA 1HPOA 3UHLA 3FSMA 3PJ6A 3T6IA 3SA7A 3NYGA 4ZSQA 1W5XA 5P6WA 3WSJA 5P1VA 4AA8A 2OHUA 5PEPA 5OZHA 3S56A 3CKTA 5P1QA 1FG6C 5OZJA 1W6HA 5P7DA 5P69A 1LYAB 5P10A 4I8ZA 4FS4A 2QHZA 3UQWA 4TRZA 4EYRA 5P6PA 5P87A 4ZIPA 4OBFA 1WKRA 4Y3TA 4Y48A 1QBRA 2V13A 5P0YA 3OUCA 5OZIA 3VEUA 4CPTA 3ER3E 2XYEA 3QRMA 5F00A 5P8LA 2WF0A 4J1IA 5P6RA 5P16A 2O4NA 5OZVA 2ZHRA 5P45A 4OBJA 5P7CA 4XXSA 1ZP8A 3KDBA 1KJGA 5JFUA 4RZ1A 1SH9A 3NDXA 5HU0A 5P20A 4Q1YA 2BPWA 2V00A 4EXGA 5P0HA 2Q55A 2R3TA 5P2VA 1GVTA 3QP0A 3T11A 1B11A 2JJIA 4QGIA 4Y43A 3IXJA 2G94A 1FQ8A 1FEJC 5P3OA 3KFNA 5P1ZA 4PEPA 3OXVA 5P1NA 3VYDA 3GI6A 2AOJA 2IL2A 3I7EA 5P23A 3T7PA 4JPCA 1HTGA 5P3PA 4Y5KA 4J0VA 1HRNA 5OZXA 1IBQA 4F74A 3DV5A 3WB4A 4D8CA 1EBWA 2BBBA 5OZOA 2QI1A 5P3AA 1EPPE 4XX3A 3ZKSA 5P06A 5OYXA 5ISJA 1D4HA 3LPKA 5P61A 2IGXA 3OXXA 1HTRB 3HLOA 2PMAA 4Y5BA 2AZBA 4RGHA 1GVVA 4H3FA 4Q5MA 4ER1E 5P7UA 3K5FA 1MESA 1HEGE 5P3QA 3KDDA 3O9CA 3T3CA 3HAWA 4I0HA 3TL9A 1B6LA 5P4MA 4Y3ZA 5P1YA 6FIVA 4ACXA 2NXDA 2QU2A 4B77A 1BIMA 4I0DA 2UXZA 2I4WA 2HS2A 4YCYA 3ST5A 3TOFA 1MSNA 1MT9A 4Y51A 4OBZB 5P5BA 4A4QA 3MXEA 3PGIA 1HXBA 5P8JA 1RL8A 4FE6A 3VSXA 3PCWA 5P2RA 2QP8A 5P3BA 4R5NA 2QAKA 1SDUA 2PQZA 1C6XA 3QVIA 5DR4A 4Y37A 2QHCA 3JVWA 5OZUA 4YHQA 4Z50A 4EJKA 2ER6E 3D1XA 1M4HA 2P3CA 5P8HA 4BFBA 4GJBA 1IVQA 4Y53A 1G0VA 1M43A 5OYRA 4Y38A 3DV1A 4K4PA 2OHPA 2XFJA 3KDCA 4Z22A 3KM4A 3PWWA 2O4LA 4GYEA 1K6CA 4EPJA 5P0FA 4HDFA 4I0IA 5P7SA 2I4DA 5P18A 3EMYA 1HPVA 2BPXA 4QJ2A 2AVOA 5P8RA 4ER2E 1TSQA 1C6ZA 3PM4A 1MIQA 2BPZA 4Y3FA 5OYZA 3SKFA 5P3VA 2G1OA 1U8GA 5P6AA 5P49A 1K1UA 5ISKA 1FKNA 1OD1A 3BVBA 3SAAA 3NXEA 1DMPA 1UH9A 1EBKC 1W51A 2VA6A 2Q15A 1XE6A 1ZSRA 3KFPA 5KAOA 5P3SA 2QD7A 2QD6A 1TZSA 4ZSMA 3PBZA 5P0DA 2ZDZA 1XL2A 1HEFE 2AVQA 5P86A 1FFIC 1LZQA 5P59A 3OADA 1FB7A 5CONA 3Q6YA 1APVE 5HCOA 4HDPA 1UH8A 4HVPA 3LZUA 1FFFC 5P4IA 2QCIA 3LZSA 1HVKA 4Y3XA 5P4DA 5P05A 1PFZA 4CPQA 5BS4A 1A8KA 4DJRA 2WF1A 3AUPA 4Q1XA 2HB3A 5P4PA 3VF7A 3I2LA 3URJA 1NPAA 4ZEAA 1RQ9A 4Y4XA 3O9FA 1J71A 1E81E 3ZKQA 3O99A 3UDYA 3CMSA 5P0QA 2ANLA 5P6EA 5P7BA 3FV3A 3LZYA 5P5DA 3INEA 3QBFA 5C9DA 2P83A 3VCMA 4LXKA 2I4UA 4Y4WA 1W6IA 3CKPA 3HD8A 3PSYA 2VJ6A 5P0NA 4YCTA 2Z4OA 1PROA 2QZKA 5P3NA 5P3HA 1FF0C 4L7HA 3FNUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MTB A;  5P6S A;  3OTS A;  4FRJ A;  3ZL7 A;  2NNK A;  1EAG A;  2NPH A;  4Y47 A;  5P2D A;  1K6T A;  3UDN A;  4CP7 A;  5P14 A;  3BGB A;  5DQC A;  5AHA A;  5P12 A;  3NU9 A;  2OF0 A;  3EM3 A;  5AHC A;  2Q54 A;  2NXM A;  3TPP A;  5P7N A;  2FNS A;  5P0S A;  5P04 A;  4ZPE A;  1BV9 A;  3QBH A;  4GZF A;  5P2J A;  4DVF A;  2WF4 A;  1WBM A;  5I3W A;  1PSN A;  1ZLF A;  5DQ4 A;  3SA6 A;  5P4V A;  5P5C A;  3F9Q A;  1G6L A;  4RVX A;  2ZE1 A;  4D85 A;  3TH9 A;  2Q3K A;  4NPU A;  5P57 A;  1DW6 C;  4Y4D A;  3OK9 A;  4AA9 A;  4DJO A;  3QAA A;  2Q63 A;  2G22 A;  4B78 A;  5P4G A;  4EJL A;  1JLD A;  5P6J A;  2HB4 A;  5P08 A;  4FL8 A;  5OZE A;  2QI7 A;  3DUY A;  2JJJ A;  4L1A A;  1MSM A;  5P5Z A;  3EKT A;  5P00 A;  3OQD A;  3RVI A;  3LIX A;  2O40 A;  1T3R A;  3BVA A;  3ZKX A;  4J0P A;  3SFC A;  1MT7 A;  2VJ9 A;  5P6Q A;  2JXR A;  4DQE A;  5P4S A;  2OHN A;  1Z8C A;  2G69 A;  4HE9 A;  3EKW A;  4OBK A;  3N3I A;  2F81 A;  2Q11 A;  4H3I A;  3U6A A;  1LYA A;  2OHL A;  3IVI A;  5OZ6 A;  1D4I A;  5P4J A;  3L5D A;  5HU1 A; 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 1MEU A;  2VIY A;  2ZJK A;  2VNM A;  5P5X A;  2QNQ A;  1LF4 A;  3UPJ A;  4RVI A;  2FMB A;  3T7X A;  5KR8 A;  5APR E;  5P3R A;  2QI5 A;  5P2L A;  4J0Y A;  5P2T A;  2AVS A;  2ZJJ A;  4CPU A;  1MPP A;  1HII A;  5OZ4 A;  2O4P A;  3VV6 A;  5OYS A;  5OZY A;  5P5Q A;  2P3A A;  1KZK A;  1QBU A;  4ER4 E;  3R0Y A;  5P0E A;  5P43 A;  2AOD A;  3EL0 A;  5P6N A;  3UQX A;  1GVX A;  5P8V A;  5P81 A;  5P52 A;  1E82 E;  4GJ7 A;  5P3Y A;  3TPJ A;  5P68 A;  3JW2 A;  4RVJ A;  4DJU A;  1W5W A;  3SM1 A;  4U7V A;  4DUS A;  8HVP A;  5P66 A;  2RKF A;  2REN A;  3HVG A;  2P4J A;  3SM2 A;  1FMB A;  4FM7 A;  5P1E A;  3S54 A;  1TCX A;  5P67 A;  3OQF A;  3TNE A;  3GGU A;  5P8C A;  3ZKG A;  4MC9 A;  5HE4 A;  2R3W A;  5P6Z A;  4X2L A;  5HVP A;  3NU6 A;  3PHV A;  3Q70 A;  4YDF A;  5COK A;  2SAM A;  2BPV A;  1LYW A;  2IDW A;  3OU1 A;  2J9J A;  2BJU A;  5P6U A;  3S8I A;  5P40 A;  1YTG A;  1TSU A;  1Z1H A;  2NNP A;  1SIV A;  1YM2 A;  5OZR A;  3KN0 A;  1T6E X;  2O4S A;  5OZ5 A;  5P6C A;  5IVS A;  3INH A;  3IXK A;  3EL9 A;  1KJ7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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