4EQ0A

Crystal structure of inactive single chain variant of hiv-1 protease in complex with the substrate p2-nc
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
203
structure length
198
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGSDFTVLEEMNLPGKWKPKMIRGIGGFIKVRQYDQIPVEILGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNFPQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGSDDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEILGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase substrate
molecule keywords protease, tethered dimer
publication title Structural, kinetic, and thermodynamic studies of specificity designed HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 42
structure length 198
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4eq0A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4eq0A02
2QHCA 5P3BA 2R43A 5OZWA 1JLDA 3G72A 4QJ9A 1MT9A 5KQFA 2AOHA 3EKWA 5OYQA 2VJ7A 2WF0A 4I0FA 3OAGA 5P2XA 5P5YA 5P7MA 3OQ7A 3PRSA 5P4SA 4FM8A 1ZAPA 4Y3XA 2AOIA 1MT8A 1SIPA 4Y4UA 2I4VA 4ZPGA 1EPME 1HTFA 2RENA 5P1PA 3OXVA 5P43A 1DP5A 4Y3PA 1MERA 5OZAA 1HRNA 2AZBA 3LPJA 5P7ZA 4FRIA 5P60A 2I0AA 5P1OA 2F80A 5DGUA 5OZQA 5P3GA 4A6CA 5KOQA 1FQ5A 5P40A 3A2OA 5P2BA 3AIDA 4I0HA 5P5UA 3PHVA 2AZ9A 1ODXA 5P7AA 5P81A 5P45A 3FV3A 3RU1A 1EPPE 2PYMA 5P7TA 2ZJIA 3HVGA 4GJ7A 4EXHA 1BVGA 4FLGA 7UPJA 3UDYA 1YTJA 5P66A 5P6PA 5P2JA 3OQAA 3SKFA 2A4FA 3QROA 1K2BA 2NNKA 3DM6A 1UPJA 3SA6A 4Y4JA 1FG8C 5P3AA 1OEXA 5P4KA 1LYBB 5P7WA 3HLOA 5P6XA 2QNQA 4BELA 2ZHVA 2QI0A 2G1OA 5P4XA 3RTNA 4TRZA 1HWRA 1MEUA 4H3IA 2AOFA 3ZKXA 3HZCA 1KJGA 3PI0A 3PMUA 5P31A 2G20A 4DUSA 4I0IA 2UXZA 5P55A 2JJIA 2F8GA 3OHFA 4Q5MA 5P84A 1CZIE 5P8LA 5KR8A 2PMAA 3K4VC 4I0GA 3TPRA 5P4YA 4H3JA 5DR0A 1E80E 3FX5A 1RV7A 4OBDA 1HVRA 2G1NA 4B0QA 1XN3A 4WY6A 5P3LA 4ZLSA 1SDUA 2AVQA 1FFFC 5P2AA 3IXJA 2QAKA 5OZ0A 1HIIA 1AVFA 3SA7A 2I1AA 1EC3A 3GW5A 2AZCA 3OUDA 4Y5AA 5P6ZA 5P73A 4TVHA 5DQ4A 1BXQA 4APEA 3M9FA 2AODA 2VKMA 3OU1B 4K4RA 4Y45A 5P54A 3O9GA 4D89A 2R38A 2PK6A 2XYEA 4RLDA 4FL8A 2PH6A 1D4SA 2Q15A 4ZPEA 1QDMA 3FNTA 4N00A 2I0DA 4RCEA 2R3WA 5I3WA 1D4IA 4FIVA 3SQFA 3KDBA 4UPJA 5HDUA 5P5CA 3IAWA 5P1IA 5P1KA 1LS5A 5IVRA 5HCTA 3HAWA 3T7PA 1D4JA 4EJDA 3KFNA 2WEAA 2WHHA 5OZCA 1UH8A 3SLZA 4Y3HA 3FSMA 2V13A 3URJA 1SGZA 4Y4EA 1EBZA 3CKTA 2NXDA 3H0BA 5P11A 3DV5A 4X7IA 3CIBA 2OHPA 4GIDA 5P58A 4NJVA 5P7FA 5AH8A 4EQ0A 3VV7A 3QRMA 5P0WA 2G1RA 4CP7A 5C9DA 5KQZA 2ANLA 1HOSA 3EXOA 4HVPA 1FB7A 2R5QA 4R91A 1C6YA 3ZKQA 5P8QA 5JFUA 1EC2A 4L1AA 1YTGA 1DPJA 5P7LA 1HSGA 2O40A 5P09A 1DAZC 4K4QA 4Y3EA 1W5VA 4Y3DA 3NU6A 2ZJJA 3OY4A 5HU1A 1FKNA 5P1QA 1IBQA 2QI1A 1LYAA 3G70A 1BILA 4ACUA 4B1DA 5P51A 3KDCA 5P1FA 5P1LA 1META 2FGUA 1BDRA 3MSJA 2OHNA 5P4BA 2H6SA 1TCWA 4Z4XA 1HPXA 5P8BA 5P1DA 5P80A 5P76A 4DJRA 5P1CA 4DV9A 5P3IA 1E82E 4GJAA 4LP9A 4Y4AA 5P4AA 3SA5A 2FDDA 3TKGA 1LYWA 1HEGE 3LZYA 5P4ZA 3QPJA 1YG9A 5P83A 3UDNA 5P5ZA 5P0PA 2VJ6A 5P3UA 2NXLA 4OBZB 1UH7A 3IVHA 5P0QA 1YM4A 5P7CA 5JODA 3HDKA 5P7KA 1FMXA 3LZVA 3INDA 3VLBA 1XL5A 2WL0A 1SP5A 3VFAA 2F81A 4K4PA 5P3VA 1APWE 5P01A 3O9HA 3I2LA 4AMTA 3ZKGA 5P27A 3C9XA 4HE9A 4ER2E 4ZSQA 2RKGA 3L5CA 1MTBA 3GGAA 3PCWA 4Y4XA 5P2OA 3DV1A 4FM7A 3EL4A 4ZIPA 4MC2A 5P2UA 5OZKA 4I12A 5P1AA 3DK1A 5BRYA 4HDPA 4F74A 1PFZA 2WEZA 2RSPA 5P89A 3O99A 5OZVA 3QRSA 1HPOA 5P3FA 4YOAA 4Y3YA 2B42A 4Y58A 5P61A 5C9FA 3OXWA 2B60A 2BKSA 3TPJA 6APRE 5OYUA 2ER9E 2VIYA 3GGUA 4CPUA 5P0LA 2HS1A 2VA6A 2ZJLA 5OZ8A 1Q9PA 1TW7A 3SM2A 2P3DA 2SAMA 1EC0A 3I25A 4FE6A 5P87A 1FLHA 2QD8A 4WTUA 4Y4BA 3LIXA 3EKYA 5P5XA 4NJUA 1HIVA 3ER5E 2FIVA 4B70A 4D83A 3SABA 1K6PA 5P8RA 4ZSRA 5P16A 3IVIA 5P3EA 1GNOA 1APVE 3R1GB 4Y3TA 4Y3NA 2IRZA 5HE4A 1BWAA 3OQKA 5P2DA 1T6GA 4HZTA 3QN8A 5P4IA 1C70A 4M8XA 3NU3A 2WF4A 4XX3A 1Z8CA 3OUBA 3EL0A 5SY2A 1RL8A 3S7MA 1QS8A 5OZ4A 5SY3A 2BBBA 2P3BA 4GJ5A 3BXSA 1U8GA 4Y50A 3S8IA 5P8SA 3PWWA 3ST5A 4DH6A 2AVSA 1F7AA 3O9LA 5BWYA 5OYZA 1WBKA 4J17A 1SH9A 3TH9A 5P8NA 3EM6A 4J0VA 3WZ8A 3OU4B 3N3IA 4H3FA 4J1EA 5P6OA 1OHRA 2ZJNA 5FIVA 5P00A 3INEA 5P0KA 4CPRA 3ZOVA 3TL9A 3U7SA 4R5NA 3N4LA 1QRPE 2WF1A 5P7IA 1EPLE 5P0RA 4F73A 4Q1WA 5P7NA 4B77A 3K1WA 5P1TA 5P8MA 3PSGA 2V0ZC 1IIQA 5P3CA 5HDXA 3UDMA 5OYWA 3SA9A 3GGXA 3OXXA 2IQGA 1FQ7A 1XL2A 2AVVA 5P7PA 1NPVA 5P70A 4KB9A 5P04A 3QBFA 5P0ZA 3KT2A 2PWRA 5P1HA 3OWNA 5P1MA 4FAEA 5P6YA 3PSYA 4Y3WA 3S2OA 4OBJA 1B6PA 3OU1A 4KE0A 1XDHA 3UDRA 2G24A 3L5DA 4B78A 3QAAA 3VG1A 3KT5A 1QBTA 3NU5A 3T11A 5P65A 5UPJA 4LAPA 5P4MA 5P5IA 5P2ZA 5IVQA 2O4SA 5P78A 1QBUA 1LEEA 5P1YA 5KQXA 8HVPA 1PSNA 5P24A 2FGVA 5ISJA 1HVKA 3CMSA 5DR3A 1APUE 4FCOA 5IE1A 5OZ3A 4QGIA 3NR6A 4Y4GA 2NR6A 3BVAA 5P3ZA 1MSMA 4Q1XA 3SO9A 1G35A 3ZLQA 5P6UA 4YBIA 3UCBA 5P0TA 4OBFA 3ZPUA 5P8VA 1F34A 5P4CA 3BUHA 3RVIA 5P47A 5HU0A 1FQ8A 1MRWA 5E5JA 2F3FA 3FIVA 5ENMA 1DIFA 3Q5HA 4R92A 4YD3A 3KFSA 2QI7A 5ISKA 2I4WA 5COKA 5P7HA 4B00A 1NSOA 2Q64A 5P3QA 1D4HA 1VIJA 3BRAA 5DQCA 3UDHA 2V11C 4GJ6A 3EC0A 2QP8A 1OEWA 2P3AA 3TOHA 1FQ4A 1IDBA 3PB5A 5P36A 5P8FA 3APRE 3DUYA 3PMYA 5P0OA 4E43A 3OGPA 4RVXA 2WKZA 5P1JA 5P4TA 1ODYA 4DQFA 2OAHA 4JECA 5P59A 5OZIA 5OZFA 4LXKA 5P18A 1IZIA 2VNNA 2QMFA 4DQBA 4MC6A 3VF7A 3K5GA 5P0GA 2VIJA 4J0ZA 5OYTA 2ZYEA 2Q11A 3ZKIA 1KJ7A 5P6CA 2WEDA 5P7BA 5P1NA 2R8NA 2AQUA 4Y39A 4Y5BA 4BFDA 4L7HA 4X2LA 5P7SA 3O9CA 2G1SA 1GVWA 4OBZA 3KM4A 1YM2A 4Y3RA 3L58A 2HS2A 5P6DA 5P5HA 5P5EA 4CPTA 3GI4A 4Q1YA 5P50A 4PEPA 4EWOA 5P32A 5P25A 5P5NA 4A6BA 3HBOA 3T7QA 4Y3QA 2HB3A 5P3NA 5P5QA 3VV6A 4AA8A 2VJ9A 5P23A 5P8AA 1E81E 5P8PA 1IZEA 1MT7A 3OOZA 1WKRA 4EQJA 4Y5NA 5OZNA 1A8KA 2G21A 3BGCA 5P10A 2ASIA 2VIEA 4GJBA 1ME6A 3FKTA 5DGWA 3PBDA 1M43A 3KFRA 4J1FA 5P4FA 3QP0A 4J1CA 2QMDA 3IN4A 2VNMA 5P19A 3KDDA 4Y3LA 2P3CA 2OHMA 3NU4A 4DPIA 4EP2A 1B11A 1HTGA 5P7XA 5P2TA 3S43B 2F3EA 1KJHA 1HVJA 3NYGA 2A1EA 5JG1A 4FS4A 5CONA 4Y5PA 3Q4BA 5P2RA 2I4QA 4LXAA 5P4PA 1Z1RA 5P75A 4GJ9A 4YA8A 3NUJA 5P0SA 4Y57A 5P0VA 2G69A 1FMBA 2FXDA 1XE6A 2ZDZA 5B18A 5P5JA 3WZ6A 1YT9A 4APRE 1G6LA 3GI5A 3S85A 1SIVA 4PYVA 3PVKA 2BPVA 3ZKSA 1MTRA 5P5TA 3D20A 2NTRA 1EPQE 4NPUA 3BUGA 3K4VA 1ODWA 4QJ7A 5KR2A 1M4HA 5P8KA 2QZWA 2IGYA 3VF5A 2NNPA 3EM4A 2ER0E 1EPNE 5P5MA 2IEOA 5P22A 3IXKA 3LZUA 1LF2A 3T7XA 4Y54A 3VYEA 1GVXA 3OU4A 2Q3KA 1ZTZA 2G1YA 3U6AA 2O4NA 5COOA 5P82A 2XFKA 5P1WA 5P6BA 3RTHA 5DQ5A 1T7KA 2J9JB 4I0EA 5P35A 4PHVA 5OZDA 1XE5A 1ZP8A 5P6RA 2BJUA 1W5YA 5P4VA 2XFJA 3D1XA 5P72A 1BDQA 4DQGA 5DQ1A 5P5RA 5P41A 4HDFA 3U71A 5P0JA 3SKGA 1W5WA 5OZ5A 2QI3A 5IVSA 5HTZA 4JPEA 1HHPA 1ZPKA 5OZZA 5T4SA 5P0BA 4EJKA 3I7EA 5P3HA 5P3WA 2OHTA 2ZJHA 2O4LA 3LNKA 1HVSA 1QBSA 2G27A 3UDPA 3MXEA 2V10C 3B7VA 1XS7D 2F3KA 2NMYA 4D8CA 5P3SA 4L7GA 2Q63A 1IDAA 1K1TA 3LIVA 4Y56A 1MIQA 4RYGA 4OBHA 4DJYA 1FG6C 5HCOA 2B8VA 5P8TA 2FXEA 3NSHA 3R4BA 1K6TA 4JPCA 2OF0A 1N49A 3L5FA 2PSGA 4GJDA 5P1VA 3D3TA 1PSAA 4NJSA 2AOGA 5P2QA 5P77A 5P6IA 3OK9A 1HSHA 4I0ZA 2VIZA 5P48A 1GVUA 5P12A 3BHEA 3KMYA 5AH7A 3OADB 5P2SA 5OZMA 5OZJA 3JVYA 3KYRA 5P30A 5P7GA 2QK5A 4ACXA 1A30A 4Y4DA 2ZHTA 4CPXA 4U7VA 2QNNA 3H5BA 3O9DA 5P5VA 2OHLA 4B1EA 4RROA 3SAAA 4DPFA 5PEPA 4Y4WA 2V16C 1CMSA 5P3DA 4YDFA 2QNPA 2ZJKA 3LHGA 5P38A 4BEKA 2FNTA 4EXGA 1SMRA 4L7JA 4DJUA 5P02A 2PYNA 3SA8A 4I8ZA 1PROA 5P7UA 2WF3A 2IENA 2I4UA 5P7YA 2PSUA 3LITA 3MXDA 4EYRA 1ER8E 5P0NA 2AOCA 5P1GA 2EWYA 5P7JA 1B5FB 4Y5EA 3IN3A 1FEJC 1W51A 2HAHA 3ZL7A 5OZTA 5EZXA 5P44A 5P29A 1LZQA 4S1GA 3S54A 5P8DA 4AUCA 4YD5A 1ENTE 2Z4OA 3MWSA 4Y36A 6FIVA 4ZEAA 4GZFA 3KMXA 3UQRA 3NXEA 4JP9A 5ENKA 5P2IA 3QBHA 3QI1A 5P3MA 5P37A 4OD9B 5P2KA 2H6TA 4TVGA 3DJKA 3EL9A 1AAQA 5CLMA 2I4DA 1AZ5A 3R2FA 1LYBA 1K1UA 2WF2A 5P3YA 1TSQA 4DVFA 2AVOA 7HVPA 3OUCA 4XKXA 4BFBA 4GYEA 5JFPA 2QU3A 1D4KA 5P5SA 4KE1A 4I0DA 3R0YA 4Z50A 5OZOA 1AM5A 5P6QA 2JXRA 1SBGA 2BKTA 1BVEA 5KOSA 3F9QA 3SM1A 3L5EA 5P07A 2B7FA 2QCIA 5P2CA 3VV8A 4FRJA 5P4DA 1IVPA 5P0UA 3NDWA 3EKTA 1BXOA 5P03A 1HXBA 5P6LA 5P4NA 3EMYA 5P6SA 1GVVA 1HVLA 4YCTA 3VUCA 5DR7A 1SGUA 4K9HA 2Z54A 4COEA 3G6ZA 5HE5A 3UFNA 2OHUA 2ZJMA 2QD6A 2CENA 1LYAB 3NXNA 3S43A 3BUFA 4I1CA 3TKWA 5OZ1A 4NJTA 5P86A 5P7DA 5P49A 4ZPFA 4CKUA 3KA2A 4OBGA 3AUPA 5OZSA 3UQWA 3WB5A 3PEPA 3B80A 5P56A 2ZGAA 5P8HA 1NPAA 3QVCA 4R8YA 4CPWA 2OHRA 1MRXA 1A94A 5OZUA 3SFCA 1GNNA 3ZKNA 2HB2A 5ER1E 1EC1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QHC A;  5P3B A;  2R43 A;  5OZW A;  1JLD A;  3G72 A;  4QJ9 A;  1MT9 A;  5KQF A;  2AOH A;  3EKW A;  5OYQ A;  2VJ7 A;  2WF0 A;  4I0F A;  3OAG A;  5P2X A;  5P5Y A;  5P7M A;  3OQ7 A;  3PRS A;  5P4S A;  4FM8 A;  1ZAP A;  4Y3X A;  2AOI A;  1MT8 A;  1SIP A;  4Y4U A;  2I4V A;  4ZPG A;  1EPM E;  1HTF A;  2REN A;  5P1P A;  3OXV A;  5P43 A;  1DP5 A;  4Y3P A;  1MER A;  5OZA A;  1HRN A;  2AZB A;  3LPJ A;  5P7Z A;  4FRI A;  5P60 A;  2I0A A;  5P1O A;  2F80 A;  5DGU A;  5OZQ A;  5P3G A;  4A6C A;  5KOQ A;  1FQ5 A;  5P40 A;  3A2O A;  5P2B A;  3AID A;  4I0H A;  5P5U A;  3PHV A;  2AZ9 A;  1ODX A;  5P7A A;  5P81 A;  5P45 A;  3FV3 A;  3RU1 A;  1EPP E;  2PYM A;  5P7T A;  2ZJI A;  3HVG A;  4GJ7 A;  4EXH A;  1BVG A;  4FLG A;  7UPJ A;  3UDY A;  1YTJ A;  5P66 A;  5P6P A;  5P2J A;  3OQA A;  3SKF A;  2A4F A;  3QRO A;  1K2B A;  2NNK A;  3DM6 A;  1UPJ A;  3SA6 A;  4Y4J A;  1FG8 C;  5P3A A;  1OEX A;  5P4K A;  1LYB B;  5P7W A;  3HLO A;  5P6X A;  2QNQ A;  4BEL A;  2ZHV A;  2QI0 A;  2G1O A;  5P4X A;  3RTN A;  4TRZ A;  1HWR A;  1MEU A;  4H3I A;  2AOF A;  3ZKX A;  3HZC A;  1KJG A;  3PI0 A;  3PMU A;  5P31 A;  2G20 A;  4DUS A;  4I0I A;  2UXZ A;  5P55 A;  2JJI A;  2F8G A;  3OHF A;  4Q5M A;  5P84 A;  1CZI E;  5P8L A;  5KR8 A;  2PMA A;  3K4V C;  4I0G A;  3TPR A;  5P4Y A;  4H3J A;  5DR0 A;  1E80 E;  3FX5 A;  1RV7 A;  4OBD A;  1HVR A;  2G1N A;  4B0Q A;  1XN3 A;  4WY6 A;  5P3L A;  4ZLS A;  1SDU A;  2AVQ A;  1FFF C;  5P2A A;  3IXJ A;  2QAK A;  5OZ0 A;  1HII A;  1AVF A;  3SA7 A;  2I1A A;  1EC3 A;  3GW5 A;  2AZC A;  3OUD A;  4Y5A A;  5P6Z A;  5P73 A;  4TVH A;  5DQ4 A;  1BXQ A;  4APE A;  3M9F A;  2AOD A;  2VKM A;  3OU1 B;  4K4R A;  4Y45 A;  5P54 A;  3O9G A;  4D89 A;  2R38 A;  2PK6 A;  2XYE A;  4RLD A;  4FL8 A;  2PH6 A;  1D4S A;  2Q15 A;  4ZPE A;  1QDM A;  3FNT A;  4N00 A;  2I0D A;  4RCE A;  2R3W A;  5I3W A;  1D4I A;  4FIV A;  3SQF A;  3KDB A;  4UPJ A;  5HDU A;  5P5C A;  3IAW A;  5P1I A;  5P1K A;  1LS5 A;  5IVR A;  5HCT A;  3HAW A;  3T7P A;  1D4J A;  4EJD A;  3KFN A;  2WEA A;  2WHH A;  5OZC A;  1UH8 A;  3SLZ A;  4Y3H A;  3FSM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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