4EQJA

Crystal structure of inactive single chain variant of hiv-1 protease in complex with the substrate rt-rh
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
203
structure length
200
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGSDFTVLEEMNLPGKWKPKMIRGIGGFIKVRQYDQIPVEILGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNFGGPQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGSDDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEILGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural, kinetic, and thermodynamic studies of specificity designed HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase substrate
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
molecule keywords protease, tethered dimer
total genus 43
structure length 200
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4eqjA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4eqjA02
2PQZA 3EL0A 3UPJA 2HAHA 5P5RA 2PYMA 4RYGA 5OZFA 3NXEA 1NPVA 4Y3DA 3HLOA 5OYWA 3LIQA 1AXAA 3QS1A 3EL1A 2WKZA 5P8JA 1B6KA 1T3RA 3LZYA 5ENMA 3S85A 1TSUA 2NPHA 2O4NA 3Q4BA 2VIJA 5P50A 5C9DA 3WSJA 5P42A 3VUCA 2V00A 5KR0A 3QIHA 1MSNA 5P19A 5P5BA 4B1EA 4J0VA 1PPKE 1HPXA 1ODWA 5P2HA 5P7YA 3HVPA 1IVQA 3R4BA 2PSGA 1APUE 3OADA 1HBVA 1G6LA 5P6GA 1J71A 1D4SA 3Q5HA 2VJ9A 5P0VA 1SDUA 2WJOA 2BPVA 3FNUA 2QI1A 3I7EA 4Y3QA 5HD0A 1XDHA 1MRWA 4GJCA 3RSVA 3OUDB 1C6YA 4D83A 5P4VA 3DV1A 4J0TA 2QD7A 1A94A 4FRJA 1APTE 5P25A 5B18A 1FMUA 5DR3A 2G22A 4H1EA 4AA9A 5OZQA 2F81A 4J1EA 3VV7A 4H3IA 5P57A 1D4YA 1W6IA 3I6OA 5KQFA 1EPOE 4DQCA 5P3FA 4GJ5A 1FQ4A 3TKWA 5P8TA 4J54A 2RMPA 3EBZA 3DOXA 2A4FA 3RTHA 4QJ6A 4DJQA 2ZDZA 3VLAA 4OBFA 2FGUA 4I0FA 3EM6A 5P2TA 3QRVA 3IXJA 1W5WA 1MT8A 4I11A 3TOFA 3K1WA 2ANLA 3EKWA 4F74A 4RLDA 2AVVA 3OU1B 2JJIA 2R3TA 5OYUA 5P39A 3SA3A 3U71A 2F3EA 5P53A 5P4YA 5P3BA 1QBSA 3EKVA 5OZHA 1FIVA 3JVYA 5P5VA 4KUPA 5OZPA 5P86A 5AH6A 1GVTA 3PHVA 5P4OA 2G1NA 1M4HA 5SY3A 5OZEA 5P4FA 5P04A 3QP0A 4XKXA 2I4UA 1C6XA 4AMTA 4Y3PA 3QVCA 2AZBA 4HA5A 1IVPA 5P06A 5OYZA 1FG6C 3SM2A 4DJUA 2JJJA 4R8YA 5I3WA 2AVMA 4MC1A 4J55A 2WEAA 5HDZA 1SMEA 3PJ6A 3VCMA 3HZCA 5P0AA 3KFNA 2IGYA 4J1CA 5P1AA 4Y3LA 5P5EA 3PBZA 5OZVA 5P1JA 1GVVA 4CPWA 4CP7A 5BS4A 3HW1A 5P74A 5T4SA 3H0BA 3VF5A 5P3SA 4RRSA 5P45A 5KOQA 5EZZA 5P1EA 4B0QA 2BB9A 4QJ9A 5P4NA 3SLZA 3GGUA 4OC6A 1META 5HE5A 3UDJA 2AIDA 2OF0A 4J0PA 5P12A 5OZGA 9HVPA 4R95A 5P47A 4Q1XA 5P1GA 4EJKA 5P63A 4TRWA 3ER5E 3PMYA 2ZJLA 1BV9A 1B6LA 5P87A 4TRYA 1T7JA 4I0EA 5P7IA 4I0JA 2B8VA 3B7VA 3VYFA 4Y3GA 2VS2A 4J1KA 4QJ7A 5P0BA 3MXEA 1G0VA 3WZ8A 1SIVA 5P0QA 1E80E 3BC4A 5P2SA 3O99A 3DJKA 3GI6A 3HDKA 4OBHA 5P1YA 5P4TA 2J9JB 4FGXA 2AOCA 5P8BA 4I8ZA 3TNEA 1HVIA 3DM6A 4Y57A 3SO9A 1HTGA 1D4LA 5P2JA 1EAGA 1EPQE 4LXKA 4S1GA 1IIQA 2F3FA 5OZCA 5P31A 3UF3A 3UDYA 4K4QA 4FSLA 5P8KA 4GJ8A 1EBYA 2QI5A 5P03A 3RVIA 5P77A 4WTUA 4F73A 3R0YA 5P49A 4A6BA 4FRSA 5P5DA 1Z8CA 2PWCA 3NWQA 1G35A 3NU9A 3OGQA 5P67A 1GNNA 3IN4A 3QRMA 4EYRA 3KMYA 5P6RA 2B7ZA 3R2FA 4LHHA 2F8GA 1EC0A 5P28A 3L5DA 5I3VA 5P71A 3JW2A 5P6IA 5P8QA 5OZ3A 4Y3EA 5KR8A 4OD9A 5OYRA 2PWRA 3LZVA 4Y3YA 3KM4A 5KQXA 3N4LA 4ACXA 1HVKA 2RKGA 5P32A 1MERA 2CEJA 1RNEA 5JODA 1ODXA 2Z4OA 3TPJA 1HEGE 2HC0A 2QI6A 3NU3A 3TPPA 5P7HA 4Y38A 5P1VA 4L7HA 5P48A 3B80A 5P1HA 2QI7A 4GMIA 4ER2E 3ECGA 5P1MA 1RQ9A 2CEMA 5HE4A 5P0CA 5P7PA 3KT5A 1PSNA 3D3TA 4ER4E 4NJTA 2WL0A 3K5GA 4ZEAA 3D20A 2ASIA 5TOLA 1E81E 5UPJA 2BQVA 4Y48A 4ZPGA 3S43A 5P3DA 5P2MA 1KZKA 1HOSA 3PWMA 5P7LA 1K2BA 2BPYA 1FFIC 5OYTA 5P54A 3UDQA 2R8NA 3O9AA 5P7KA 4MC9A 5P6PA 4I0IA 4Y36A 5P22A 2RENA 3CKPA 4Y5KA 3UQXA 1C6ZA 3EMYA 3AIDA 5P16A 1UH8A 3LPJA 4DFGA 5KR1A 2FDEA 1BXQA 3VEUA 4DQHA 3NDWA 4Y3NA 5P0KA 4Y4GA 5P7DA 5P2WA 5P1PA 5IS4A 4XXSA 2PMAA 3OOZA 1DW6C 2R9BA 4EP2A 1GNOA 5IE1A 4EJDA 3FNTA 1WKRA 5OZBA 4DUSA 1SDVA 5P8GA 3EM4A 5P7UA 4Y3FA 2PC0A 3Q3TA 4EP3A 2I1AA 4LXAA 3IVHA 4Z50A 3BUFA 5P81A 4CPRA 2PSVA 5P64A 5OZWA 5KAOA 5P27A 1BIMA 2I4WA 5P5MA 3PLDA 1OHRA 3OUBA 1MTBA 2QAKA 2WF2A 3ZOVA 2G69A 3APPA 5P60A 2ZHVA 4DJWA 1F34A 4GJ9A 5P8FA 4OBZA 1HTEA 5OZKA 1IBQA 3S7LA 1BXOA 3QBFA 5P5IA 3SA7A 2WF4A 5COOA 5P3MA 3PRSA 3I2LA 2O4PA 3KF0A 5DR4A 1B6MA 1A30A 4I0HA 1EPPE 3NUOA 2AODA 2A1EA 3OGPA 2XFJA 5P4CA 3FV3A 4TVHA 3HD8A 1EC3A 3O9BA 2UXZA 3T3CA 2HB4A 2O4LA 1LZQA 5OZXA 2FDDA 4WY1A 3K4VA 4RRNA 2IDWA 5AGZA 5KOSA 5DQ1A 2O4SA 4B00A 5P1RA 3BVAA 1D4KA 5P5YA 2ZJNA 1FG8C 4K4PA 3URIA 1T7KA 3LZSA 2I0AA 3LIZA 4Y3MA 1AJVA 2NNPA 5ISKA 5P5PA 5OZJA 2QZKA 5F00A 1Q9PA 1JLDA 3O9LB 1FF0C 3NR6A 5P0GA 3OQ7A 5P5FA 4B1CA 3URLA 4LP9A 2FXDA 4Y5PA 5PEPA 5P7NA 3ZKMA 3WZ6A 4L7GA 2MIPA 3U7SA 1D4IA 2ZJJA 3CMSA 4QLHA 3GI4A 5COKA 2B42A 5P7MA 5P5AA 1IZDA 1KJHA 2V0ZC 4I0DA 4N00A 4EWOA 4CPSA 4DQEA 1K6PA 4OBKA 1PSAA 3BXSA 2HPFA 4PZWA 1K6VA 1AVFA 1K1UA 5P15A 1B5FB 2ZYEA 5ENKA 5DR7A 5P56A 3OXVA 4WY6A 4DQFA 1BWBA 5P2RA 2Q63A 1N49A 5P35A 2BKTA 3LIXA 4Y4DA 5P5ZA 1HEFE 4L1AB 3G70A 5P0MA 1M43A 5P6LA 3PLLA 4CPXA 2JE4A 3LINA 1UH7A 2QI4A 3KDCA 1TW7A 5P1LA 4ZE6A 1DIFA 5DGUA 2P3AA 1YTHA 4DJXA 3G72A 1AZ5A 2AQUA 2OHKA 3ZL7A 5OZ6A 5P8NA 5P18A 1DP5A 3VV8A 3ZKGA 5P3HA 5P7VA 2QMGA 1RV7A 4JPCA 5OZDA 4Y3RA 2NMZA 5I3YA 3IN3A 1YM4A 5SZ9A 1E5OE 5P3YA 2VA6A 2VJ7A 4Y3SA 3VLBA 3SFCA 4FM8A 4FM7A 5P2YA 2WEBA 3L38A 2F3KA 5P0PA 1FQ8A 1YTGA 2R5QA 4J5JA 4CPUA 3GGXA 2Q5KA 4R92A 3OHHA 4LL3A 5P41A 3JVWA 2QD8A 4GJ6A 5HCOA 4K8SA 2XYFA 2AOHA 4YD5A 2G21A 4Y3ZA 5P5UA 3PBDA 5P5QA 5P4HA 3OU4B 5P0IA 3IXKA 3PEPA 5P4JA 3VV6A 5IVQA 5JFUA 1K1TA 1W5VA 3K5DA 4COEA 3A2OA 4YD6A 5P7AA 3LIYA 5P6VA 3CKTA 4HDBA 1FGCC 5OZ8A 5P5GA 4K4RA 4Y37A 5P4LA 1HSGA 2ZJHA 1MUIA 3OUDA 5P7TA 5P3PA 1NPWA 5P7WA 1VIJA 2O40A 5P2DA 5P8HA 3KDDA 4Y4WA 5P7EA 4HDFA 4Y4XA 1HVRA 5P0XA 8HVPA 3OTYA 1K2CA 5P8CA 1BDRA 2OHQA 4NJVA 4GJBA 2OHPA 4FAEA 4XX4A 5P1FA 1OD1A 3CIDA 5P5KA 1BDQA 3UDHA 1YT9A 4Y5LA 5P1KA 5P89A 4H3GA 3H5BA 5OYYA 2P3CA 3KT2A 4GIDA 4B05A 5P0WA 1GNMA 1A8KA 3FSMA 1QBUA 6FIVA 3MWSA 1UH9A 3OU1A 4AA8A 4OC6B 4DJPA 2V10C 2EWYA 3OXXA 2PH8A 2WEZA 5P3XA 5OZRA 2PK6A 1LYBA 3K5FA 4OBDA 4YCKA 4LAPA 4EQ0A 1HIHA 1LEEA 2G24A 2R3WA 4AZYA 2AOGA 3KYRA 5EZXA 1T6GA 5P3KA 5KQZA 1LYWA 3INDA 5P7RA 4HZTA 4ZSPA 3OAGA 3FX5A 1LF4A 1VIKA 3ZKXA 1FEJC 1HPOA 3S56A 3RSXA 4Y43A 4DJYA 2WF0A 1HHPA 3OQFA 3SABA 1Z1RA 2AZ9A 1ZSRA 2WECA 4QJ8A 3QBHA 4RROA 1IDAA 2ER0E 2P4JA 3EKQA 1QBRA 1BVEA 5P8EA 4Y44A 4FLGA 4FAFA 1FQXA 3MSLA 5OZZA 4ZSRA 2QI0A 4U7QA 2IKUA 2V11C 2V12C 3NU5A 2BKSA 2G27A 5P2FA 3UQPA 3NSHA 1W5YA 2BPXA 5OZNA 5I70A 4DVFA 2PK5A 4DJVA 1YTJA 5P8MA 4FE6A 3TL9A 2B7FA 5OZUA 3D1ZA 4D8CA 5P40A 3Q70A 2FIVA 3ZPTA 1A9MA 4RZ1A 4Y35A 4BFBA 1HTRB 5P84A 6UPJA 3OXCA 1BDLA 5P1NA 3SA9A 5P1WA 3SACA 3TTPA 3BXRA 1EPNE 3D1XA 4L7JA 5P5TA 5P6ZA 5OYVA 5ER2E 5P4RA 5P4MA 5P6XA 3VSWA 2G20A 2NR6A 2J9JA 3DCRA 4Y47A 4FCOA 2OHLA 5P7FA 3NLSA 4Y41A 5P6BA 1ZLFA 3KMXA 6APRE 3S7MA 1HXBA 5P2LA 5P80A 4GJ7A 3O9GA 3T6IA 3OUCA 4EHCA 5P2IA 4QGIA 5P3TA 1EPME 5AH8A 2WEDA 3EKYA 1MT9A 4Y3AA 3UFNA 3NXNA 3NYGA 1TCXA 5OZTA 5OZ4A 1HWRA 2AOEA 1YG9A 2G94A 5OZMA 5P2UA 3UCBA 3S43B 5P6KA 3UDMA 4ZLSA 3L5EA 4FRIA 5P8RA 3GW5A 4I8WA 3L5BA 3GI0A 4RVIA 1G2KA 1KJGA 5OZ7A 2B60A 1AM5A 2I4VA 4J1IA 3UQWA 3O9HA 4YA8A 3OQDA 1C70A 1XS7D 5P1IA 1EBWA 2NNKA 3T7QA 4YD4A 3O9FA 3QAAA 3L5FA 5P3EA 5P5XA 2F80A 3UDNA 5P85A 5P8AA 4Y4BA 3HBOA 5C9BA 3LZUA 3GI5A 3N3IA 5P66A 4ZIPA 3R1GB 5AHBA 1EC2A 5J25A 5AH7A 2G26A 5IVSA 5P24A 2HS1A 5P88A 5P0YA 1B6PA 2JXRA 1F7AA 3LIVA 3VF7A 5KR2A 3OXWA 2G1OA 1FMBA 1LF2A 3G6ZA 2VNMA 2IENA 4J1FA 4NPTA 4YCYA 4J0ZA 4OBGA 5P6FA 4Y4JA 4A4QA 3ZLQA 1ENTE 3OWNA 3TH9A 4EJ8A 1EPRE 5P00A 5P20A 4GYEA 2QHYA 3RTNA 2ZE1A 4E43A 2ZHTA 3BUGA 3VFBA 1YM2A 1SGUA 2HPEA 2I4XA 5P58A 2IRZA 4DPIA 5E5KA 4Y5BA 5P23A 5P83A 4Y3JA 5P1BA 5CLMA 5P0EA 3ZPSA 4EJLA 1FMXA 3ZKQA 4JOOA 3ZMGA 3O9IA 5P7SA 4DH6A 3PWRA 3QRSA 5SY2A 5OZSA 5P30A 1HXWA 5OZ5A 2WHHA 4HLAA 3Q6YA 4FSEA 3PSGA 2NXDA 5P76A 4Q1WA 1W5XA 5I3XA 4PHVA 4D89A 4KE1A 5P26A 5P5HA 3CIBA 1LS5A 2AOIA 2IQGA 2R5PA 2HM1A 4LXMA 1QS8A 4YOAA 3OU3A 4NKKA 5P10A 3SAAA 2APRA 3QVIA 5P3QA 1B11A 5P2OA 1M0BA 2I4QA 5P4EA 5P5OA 3KN0A 5P0OA 3CICA 4FIVA 3O9CA 2AOFA 1A8GA 4B70A 2G1RA 5P14A 1ZP8A 4BFDA 1FLHA 2P3BA 4K9HA 3TPRA 4AUCA 1SH9A 3OOTA 1GVXA 3BHEA 1DMPA 4Y4AA 5P0DA 5OYSA 5OZ0A 2QZWA 3QN8A 4TVGA 4BEKA 5P5SA 2OAHA 4UPJA 1ZPAA 1FB7A 1HVLA 1NPAA 1KJ7A 3PVKA 2XFIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PQZ A;  3EL0 A;  3UPJ A;  2HAH A;  5P5R A;  2PYM A;  4RYG A;  5OZF A;  3NXE A;  1NPV A;  4Y3D A;  3HLO A;  5OYW A;  3LIQ A;  1AXA A;  3QS1 A;  3EL1 A;  2WKZ A;  5P8J A;  1B6K A;  1T3R A;  3LZY A;  5ENM A;  3S85 A;  1TSU A;  2NPH A;  2O4N A;  3Q4B A;  2VIJ A;  5P50 A;  5C9D A;  3WSJ A;  5P42 A;  3VUC A;  2V00 A;  5KR0 A;  3QIH A;  1MSN A;  5P19 A;  5P5B A;  4B1E A;  4J0V A;  1PPK E;  1HPX A;  1ODW A;  5P2H A;  5P7Y A;  3HVP A;  1IVQ A;  3R4B A;  2PSG A;  1APU E;  3OAD A;  1HBV A;  1G6L A;  5P6G A;  1J71 A;  1D4S A;  3Q5H A;  2VJ9 A;  5P0V A;  1SDU A;  2WJO A;  2BPV A;  3FNU A;  2QI1 A;  3I7E A;  4Y3Q A;  5HD0 A;  1XDH A;  1MRW A;  4GJC A;  3RSV A;  3OUD B;  1C6Y A;  4D83 A;  5P4V A;  3DV1 A;  4J0T A;  2QD7 A;  1A94 A;  4FRJ A;  1APT E;  5P25 A;  5B18 A;  1FMU A;  5DR3 A;  2G22 A;  4H1E A;  4AA9 A;  5OZQ A;  2F81 A;  4J1E A;  3VV7 A;  4H3I A;  5P57 A;  1D4Y A;  1W6I A;  3I6O A;  5KQF A;  1EPO E;  4DQC A;  5P3F A;  4GJ5 A;  1FQ4 A;  3TKW A;  5P8T A;  4J54 A;  2RMP A;  3EBZ A;  3DOX A;  2A4F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2IKO A;  2OHT A;  5P65 A;  1W51 A;  1FKN A;  5P13 A;  1IZI A;  4Y53 A;  3WB4 A;  4PEP A;  1AID A;  1MSM A;  5P6S A;  3UTL A;  5P1X A;  3K4V C;  2G1Y A;  2P3B B;  2QCI A;  1APW E;  3T11 A;  1LF3 A;  4RCF A;  1W50 A;  2WF1 A;  3EC0 A;  3OK9 A;  5P38 A;  3SKF A;  3OY4 A;  1DPJ A;  3EKT A;  3OUA A;  4YDG A;  5P69 A;  1OEW A;  3OHF A;  3PGI A;  4Y5N A;  5P7O A;  5P72 A;  1PPL E;  5P37 A;  5P4Z A;  4Y5A A;  2VIY A;  2O4K A;  4Y3W A;  3L58 A;  5P8O A;  5CON A;  1PRO A;  3BGB A;  3DV5 A;  2PYN A;  2OHU A;  4YD7 A;  2AZC A;  3LNK A;  5P08 A;  5P1Z A;  5P3C A;  4KB9 A;  1D4J A;  1SBG A;  5F01 A;  2FDP A;  2UY0 A;  3NU6 A;  4J17 A;  5P6Q A;  2R38 A;  5HDV A;  5HU0 A;  2ZHR A;  2FGV A;  3TOG A;  4M8Y A;  1EBZ A;  5P2Z A;  1T6E X;  4GJD A;  1QDM A;  3VSX A;  1IDB A;  2Q11 A;  3DK1 A;  4Y9W A;  4FRK A;  5P5N A;  4B72 A;  4Y45 A;  1UPJ A;  1HVJ A;  5OZI A;  5P7G A;  4Z4X A;  5OZ2 A;  5KQY A;  3IVI A;  5DQC A;  1SIP A;  2BPW A;  2FNS A;  1MPP A;  2FS4 A;  1QRP E;  1RL8 A;  3IXO A;  5DR8 A;  3EKP A;  3MXD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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